81
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Kanatlı adenovirüsünün serolojik ve moleküler incelenmesi
Kanatlı adenovirüsleri (FAdVs); İnklüzyon Cisimciği Hepatit Sendromu (IBH), Hepatit-Hidroperikardiyum Sendromu (HHS) ve Adenoviral Kaslı Mide Erozyonu Sendromu (AGE) gibi çeşitli hastalıklarla ilişkili bir kanatlı patojenidir. Bu enfeksiyonlar kanatlı sağlığı ve verimliliği için önemli tehditler oluşturmakta ve kanatlı endüstrisinde ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Ayrıca, son dönemde FAdV' unun bursa fabriciusta ve timusta atrofiye neden olduğu belirlenmiş ve immunsupresif özelliği tespit edilmiştir. FAdV; genellikle Enfeksiyöz Bursal Hastalığı Virüsü (IBDV), Tavuk Enfeksiyöz Anemi Virüsü (CAV) ve Kanatlı Reovirus (ARV) gibi immunsupresif etkenlerle birlikter seyretmektedir. FAdV pozitif kanatlılarda klinik ve nekropsi bulgularına göre ayırıcı tanı zordur. Bu sebeple enfeksiyon gözardı edilmekte ve enfeksiyonun diğer immunsupresif hastalıklarla ilişkilendirildiği çalışmalara da az sayıda rastlanılmaktadır. FAdV' unun birden fazla serotipi bulunmaktadır ve aşılama ile elde edilen serotipler arası çapraz koruyuculuk düzeyinde yeterli değildir. Enfeksiyondan korunmada kullanılan ticari ithal aşılar bulunmaktadır. Ancak serotip çeşitliliğinden dolayı ülkesel/bölgesel/çiftlik bazda dahi serotipe bağlı farklılıklar olabilmektedir ve aşılamayla hedeflenen başarı elde edilememektedir. Çalışmada 42 kümeste yer alan 630 tavuktan seçilen iç organlardan PZR için havuz oluşturularak 42 örnek hazırlandı ve FAdV, IBDV, CAV ve ARV yönünden tarandı; serumlar ise, in-house ELISA ile FAdV yönünden analiz edildi. Sahadan izole edilen FAdV ile inaktif ve atenüe aşılar formüle edilerek Swiss albino fare grupları belirli periyotlarda aşılandı. Hem aşılı fare serumlarında hemde sahada toplanan 28 kümese ait serumlarında spesifik FAdV antikor varlığını araştırmak için iki ayrı in-house ELISA geliştirildi. Sonuçların bivariate analiz, lojistik regresyon ve One-Way ANOVA istatistik analizleri ile değerlendirildi. Moleküler incelemede 42 kümesten sadece 3'ünde (%7.14) FAdV tespit edildi; diğer etkenlerin kümes prevalans oranı, IBDV için %66.67 (28 kümes), ARV için %30.65 (13 kümes) ve CAV için %27.57 (12 kümes) olduğunu görüldü. Serolojik analizde ise, 28 kümesten 19'unda (%67,86) FAdV için antikor bulunduğu saptandı. Bir FAdV izolatı için, Vero ve HEK-293 hücre hatlarında adaptasyon için pasajlama çalışmalarına göre monolayer Vero hücre hattında daha iyi adaptasyon ve etken miktarı elde edildi. Vero hücre kültüründe üretilen virüsler ile iki aşı aday hazırlandı. Pasajlanan virüsünün atenuasyonu değerlendirmek için embriyolu tavuk yumurtası üzerinde deneme yapıldı ve 14. pasajın aşı antijeni eldesinde uygun olduğu belirlendi. Ayrıca sitopatik etki oluşumunun 13. pasajda şekillenmeye başladığı tespit edildi. Fare modelinde yapılan seropotens denemesinin sonucuna göre, inaktif aşı için cut off değeri 0,101 üstünde olan %100, canlı aşı için cut off değeri 0,098 üzerinde olan %100 farede pozitiflik belirlendi. Sahada kümeslerde FAdV enfeksiyon yönünden pozitifliğin %67,86 olduğu tespit edildi. Ülkemizde civcivlerde FAdV ile beraber seyreden immünsupresif enfeksiyonlar ilişkilendirildi. Ayrıca sahadan izole edilen FAdV'u Vero monolayer hücre hattına adapte edilerek, etkin inaktif ve atenüe aşılar üretildi ve seropotens grupları üzerinden preklinik çalışmalarının bir kısmı yapıldı. Her iki aşıdan elde edilen sonuçlara göre geliştirme potansiyeline işaret eden umut verici bir bağışıklık uyarımı ortaya konuldu. Bu tez çalışmasının amacı, kapsamlı bir serolojik ve moleküler çalışma ile FAdV'ün prevalansının araştırılmasının yanında, virüs izolasyonu, memeli hücre kültürüne adaptasyonu ve geliştirilen aşısının seropotensinin bir fare modelinde değerlendirilmesidir. Anahtar Sözcükler: Aşı, ELISA, Hücre kültürü, Kanatlı Adenovirüs, PZR
Neonatal buzağı ishallerinden izole edilen Escherichia coli izolatlarına özgü litik bakteriyofajların izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Bakteriyofajlar (fajlar), dünya üzerindeki en yaygın organizmalardır ve keşfedilmiş her ekosistemde bulunabilirler. Son yıllarda dizileme ve biyoinformatik alanlarındaki ilerlemeler, faj çeşitliliği, taksonomisi, konak özgüllüğü, popülasyon yapısı ve genomik özellikler hakkında önemli bilgiler sağlamıştır. Neonatal buzağı ishali, özellikle Escherichia coli kaynaklı enfeksiyonlar nedeniyle dünya genelinde ve ülkemizde sığır yetiştiriciliğinde ciddi ekonomik kayıplara yol açmakta ve artan antimikrobiyal direnç sorunu ile birlikte tedavisinde yaşanan zorluklar, yeni ve alternatif tedavi yöntemlerine olan ihtiyacı artırmaktadır. Faj terapisine yönelik artan ilgi ve fajların genellikle dar konakçı aralığına sahip olması, klinik olarak önemli patojenlere karşı etkili fajların elde edilebilmesi için yeni fajların sürekli olarak izole edilmesini ve detaylı şekilde karakterize edilmesini gerekli kılmaktadır. Bu çalışmada, yeni nesil dizi analiz teknolojisi ve biyoinformatik yaklaşımlar kullanılarak, neonatal ishalli buzağılardan izole edilen enteropatojenik E. coli suşlarına karşı etkili litik bakteriyofajların çeşitli çevresel kaynaklardan izolasyonu, karakterizasyonu ve kolifaj koleksiyonunun oluşturulması hedeflendi. Çalışma kapsamında neonatal ishalli buzağılardan izole edilen 102 E. coli suşunun moleküler karakterizasyonu sonucunda, patotip dağılımında STEC (%29,4), ETEC (%10,8) ve EPEC (%2) suşları tespit edilmiştir. Ayrıca 10 hibrit suş (7 STEC/ETEC, 1 ETEC/EPEC, 2 STEC/ETEC/EPEC) belirlenmiştir. Çevresel örneklerden izole edilen 27 kolifajın litik aktivite analizlerinde, fajların %30'u ETEC-1, %26'sı ETEC-2, %15'i ETEC-3, %69'u STEC ve %8'i EPEC+ETEC patotiplerini enfekte edebildiği, bunların arasından 10 fajın çoklu patotip enfeksiyon kapasitesine sahip olduğu gösterilmiştir. Faj-konak etkileşimini ve popülasyon büyüme dinamiklerini belirlemek için oluşturulan in vitro modelde, seçilen 5 farklı E. coli suşuna özgü izole edilen fajlarla yapılan kültür çalışmalarında, bakteriyel büyüme dinamikleri optik yoğunluk (OD) ölçümleriyle takip edilmiştir. Faj-konak çoğalma kinetiklerinin değerlendirilmesinde OD değişimlerine duyarlı metrik bir sistem Centroid İndeks kullanılmıştır. Yüksek litik aktivite gösteren 12 faj seçilerek, üç farklı MOI (0,1, 1, 10) seviyesindeki terapötik etkinlikleri değerlendirilmiş ve pH 6.3-7.0 aralığının hem bakteriyel üreme hem de faj aktivitesi için optimal olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca fajların 30ºC ve 60º arasında değişen termal stabiliteye sahip oldukları belirlenmiştir. Seçilen beş faja ait genom dizilerinin analizi, bu fajların 44 ve 51bp arasında değişen genom boyutları ve %54,55 ile %54,67 arasında değişen GC içeriği ile doğrusal dsDNA'ya sahip olduğunu ortaya koymuştur. Taksonomik olarak, beş fajın Caudoviricetes takımı içinde yer aldığı ve Dhillonvirus cinsine ait olduğu belirlenmiştir. Bu fajların genomları, varsayımsal ve bilinen işlevsel proteinleri kodlayan 58 ila 71 arasında ORF içermektedir. Ayrıca, genomlar DNA replikasyonu, transkripsiyon düzenlenmesi, nükleotid metabolizması, fajın yapısal oluşumu (kapsid ve kuyruk) ile lizis gibi temel moleküler süreçlerle ilişkili çekirdek genleri ve olası faj savunma sistemi anti-CRISPR proteini barındırmaktadır. Hiçbir genomda integraz, antimikrobiyal direnç, virülans veya toksin genleri gibi istenmeyen özelliklere rastlanmamıştır. Bu çalışma, incelenen E. coli fajlarının, bilinen diğer Escherichia fajlarıyla yüksek düzeyde genomik ve proteomik benzerlik taşıdığını tepit etmiştir. Deneysel süreçte elde edilen bulgular, faj-konak bakteri etkileşimlerinin popülasyon dinamikleri üzerinden değerlendirilmesiyle, seçilen fajların terapötik potansiyelini ortaya koymuştur. Bu doğrultuda, neonatal buzağı ishallerinin tedavisinde kullanılmak üzere etkinliği ve güvenliği optimize edilmiş faj tedavi protokollerinin geliştirilmesine yönelik aday fajlar belirlenmiştir. Farklı çevresel örneklerde kolifaj çeşitliliğine dair veriler sunularak, neonatal ishalli buzağılarda kullanılabilecek karakterize edilmiş bir kolifaj koleksiyonu oluşturulmasına katkı sağlamıştır Anahtar Sözcükler: E. coli, Faj, Neonatal Buzağı İshali, Tek Sağlık
Metritisli süt ineklerinden alınan intra uterin sıvap örneklerinde aerobik bakteriyel etkenlerin izolasyonu ve antibiyotiklere duyarlılıklarının belirlenmesi
Metritis; uterusun travmatik, mikrobik ve kimyasal irritan etkilere karşı gösterdiği yangısal tepki olarak tanımlanmaktadır. Bu çalışmada metritisli süt ineklerinden alınan sıvap örneklerden bakteriyel etkenkenlerin izolasyonu, identifikasyonunu ve antibakteriyel duyarlılıklarını belirlemek amaçlandı. Bu çalışmada; ultrasonografi muayenesi yapılan toplam 253 süt ineğin 186'sından intrauterine/sıvap yıkantı örnekleri alındı, Alınan örnekler Selçuk Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Ana Bilimdalı laboratuvarına soğuk zincirde getirildi. Santrifüje edilen örnekler Kanlı, MacConkey, Mannitol Salt ve Eosin Metilen Blue Agar'a ekildi. Besiyerleri 37 °C de 24-48 saat aerobic olarak inkübe edildi. Üreme olmayan besiyerleri bir hafta inkübasyonda tutuldu. Şüpheli koloniler klasik mikrobiyolojik metodlara göre identifiye edildi. İzole edilen bakterilerin antibiyotik duyarlılık testleri Kirby Bauer metoduna göre belirlendi. İntrauterine yıkantı örneklerinden toplam 48 adet bakteriyel etken izole edildi. Bakteriyel etkenlerin 12'si (%25) Enterococcus spp., 10'u (%20,83) Escherichia coli, 8'i (%16,67) Koagulaz negatif staphylococcus (KNS), 6'sı (%12,50) Corynebacterium spp , 5'i (%10,41) Streptococcus spp.,4'ü (%8,34) Trueperella pyogenes ve 3'ü (%6,25) Staphylococcus aureus olarak identifiye edildi. Antibiyotik duyarlılıklarına göre; Enterococcus spp. izolatlarının; rifaksimin-sefasetril, florfenikol ve rifaksimin'e %91,67 , ampisilin-sulbaktam'a %75 oranlarında duyarlı olduğu tespit edildi. E. coli izolatlarının hemen hemen tüm antibiyotiklere dirençli oldukları belirlendi. KNS izolatlarının, ampisilin-sulbaktam'ın %75, danofloksasin, rifaksimin-sefasetril ve rifaksimin'in% 62,5 oranlarında duyarlı, penisilin %87,5 trimetoprim-sulfametokzasol, sefquinom, sefapirin'e %100 dirençli oldukları gözlendi. Corynebacterium spp. izolatlarının; rifaksimin, rifaksimin-sefasetril ve florfenikol'e %91,67 oranlarınla duyarlı oldukları tespit edildi. Streptococcus spp. izolatlarının; ampisilin-sulbaktam, amoksisilin, rifaksimin sefasetril, rifaksimin ve florfenikol'e %40 duyarlı oldukları, penisilin, danofloksasin, trimetoprim-sulfametokzasol, eritromisin, gentamisin, enrofloksasin ve tylosin'e %100 ix dirençli oldukları tespit edildi. Trueperella pyogenes izolatlarının; rifaksimin-sefasetril, florfenikol ve rifaksimin'e %100 duyarlı bulunurken amoksisilin-klavulanik ve spiramisin'e %100 dirençli oldukları belirlendi. S. aureus izolatlarının; rifaksimin-sefasetril'e %100 duyarlı oldukları, penisilin, sefapirin, gentamisin ve tylosin'e %100 dirençli oldukları gözlendi. Süt ineklerinde metritis vakalarından Streptococcus ssp, E. coli, KNS, T. pyogenes, S. aureus, Corynebacterium ve Enterococcus ssp. gibi bakterilerin izole edildiği ve izolatların antibiyotiklere nispeten dirençli olduklarından koruyucu tedbirlerin alınması gerektiği kanaatine varıldı. .Anahtar Sözcükler: Süt ineği, metritis, bakteriyel etkenler
Pet hayvanlarında yaygın görülen mantar enfeksiyonlarının PCR ile doğrulanması ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Evcil hayvanlardan alınan deri, kıl ve sürüntü örnekleri kullanılarak mantar enfeksiyonlarının mikrobiyolojik ve moleküler yöntemle tanımlanması ile antifungal duyarlılıklarının değerlendirilmesini amaçlanan bu çalışmada, toplamda 60 kedi, 29 köpek, 5 tavşan ve 4 kuş hasta incelendi. Kedilerin ve tavşanların %40'ını dişi, %60'ını erkek hastalar, köpeklerin %41,38'ini dişi, %58,62'sini erkek hastalar, kuşların %25'ini dişi %75'ini erkek hastalar oluşturdu. Hastaların %45,92'sini 2 yaşından genç hastalar oluşturdu. 98 örnekte, %10 KOH testi ile 80 numunede (%81,63) fungal etken varlığı tespit edildi ve Wood lambası muayenesinde 44 dermatofit şüpheli hastanın 30'unda dermatofit varlığı gözlendi. Bakteriyoskopik analizler sonucunda Microsporum canis, Trichophyton mentagrophytes gibi dermatofit türlerinin yanı sıra Aspergillus spp. Candida spp. ve Malassezia pancydermatis gibi patojenler yer almıştır. İzolatlardan 65 tanesi PCR analizi için işleme alınarak, Aspergillus spp. şüpheli izolatlardan %40'ı Aspergillus flavus, %33,3'ü Aspergillus niger olarak doğrulanmış; Trichophyton spp. şüpheli izolatlardan %28,57'si Trichophyton mentagrophytes olarak, Microsporum spp. şüpheli izolatlardan da %21,43'ü Microsporum canis olarak doğrulandı. İn vitro antifungal duyarlılık testleri sonucunda, Aspergillus spp. şüpheli bütün izolatlar için ekonazol'ün geniş zon çapı ile antifungal etkisinin yüksek olduğu belirlendi. M. canis şüpheli izolatlar için, flukonazol ve ekonazol'ün yüksek duyarlılık gösterdiği, T. mentagrophytes şüpheli izolatlar için ise ekonazol, klotrimazol ve mikonazol'ün yüksek etkinlik gösterdiği belirlendi. Ayrıca Candida spp. izolatlarının flukonazole karşı dirençli olduğu tespit edildi. Bu bulgular, evcil hayvanların fungal enfeksiyonlarının tanısında moleküler yöntemlerin ve antifungal duyarlılık testlerinin önemini ortaya koyarak, tanı ve tedavi stratejilerinin geliştirilmesi için veriler sunmaktadır. Tek Sağlık yaklaşımı kapsamında, bu çalışma hayvan sağlığı ve insan sağlığının birbirine olan bağımlılığını vurgulamaktadır. Evcil hayvanlarda gözlemlenen mantar enfeksiyonları, potansiyel zoonotik riskler nedeniyle halk sağlığını doğrudan etkileme potansiyeline sahiptir. Mantar enfeksiyonlarının doğru tanısı, etkili tedavi stratejileri geliştirilmek ve enfeksiyonun yayılmasını önlenmek, veteriner hekimler ve tıp uzmanları için büyük önem taşımaktadır. Anahtar Sözcükler: Antifungal direnç, genotiplendirme, pet hayvanları, zoonotik fungal enfeksiyonlar.
Türkiye'nin çeşitli bölgelerindeki ruminantlardan izole edilen Brucella türlerinin tüm genom dizileme temelli analizi
Bu çalışma, Türkiye'de ve dünyanın birçok ülkesinde önemli bir hayvan ve halk sağlığı sorununa neden olan brusellozis etkenlerinin ruminantlardan izole edilen türlerine tüm genom dizileme (WGS) yapmak amacıyla yürütüldü. Bu kapsamda tek nükleotit polimorfizmleri (SNP) ile WGS-SNP tabanlı filogenetik analiz ve ikili SNP mesafesi hesaplama, WGS tabanlı virulens gen ve direnç gen analizleri gerçekleştirme, geleneksel mikrobiyolojik analizlerle identifikasyon ve biyotiplendirme, fenotipik antimikrobiyal direnç ve faj duyarlılık analizleri yapılarak, elde edilen veriler uyumluluk kapsamında birbiriyle karşılaştırıldı. Çalışmada Türkiye'nin çeşitli bölgelerindeki ruminantlardan izole edilen 21 adet ve insanlardan izole edilen iki adet Brucella spp. izolatı kullanıldı. Kültürel yöntemler, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve WGS analizleri sonucunda 11 adet Brucella melitensis, 12 adet B. abortus identifiye edildi. B. abortus izolatlarının tamamının sığır orijinli, B. melitensis izolatlarının ise koyun, keçi, koç ve insan orijinli olduğu belirlendi. B. abortus izolatlarının 11 (%91,66) adedi biyovar (bv) 3, bir adedi (%8,33) B. abortus bv 9 olarak, B. melitensis izolatlarının 9 (%81,8) adedi B. melitensis bv 3, birer adedi bv 1 ve bv 2 olarak biyotiplendirildi. Tüm genomu dizilenen 23 adet izolatın ortalama GC içeriği %57, genom uzunluğu ise 3,2 megabaz (mb) olduğu belirlendi. Tüm genom SNP tabanlı oluşturulan filogenetik ağaçlandırmada B. melitensis suşlarının tamamının Doğu Akdeniz soyu ile ilişkilendirilen genotip II'nin IIb alt genotipinde yer aldığı tespit edildi. IIb alt genotipinde üç ayrı kümelenme sergileyen yerel izolatlarımız arasında en fazla SNP mesafesinin Siirt ve İstanbul menşeili izolatlar (22RB24671) arasında olduğu tespit edildi. B. abortus izolatlarıyla oluşturulan WGS-SNP tabanlı filogenetik ağaca göre yerel izolatların tamamının C1 kladında yer aldığı görüldü. C1 kladında iki ana kümelenme gösteren yerel izolatlardan Iğdır ili izolatlarının tamamı ve Şanlıurfa/Hilvan ile İstanbul (22RB24674) izolatları İran menşeili suşlarla bir kümelenme oluştururken diğer B. abortus izolatları Çin menşeili suşunda yer aldığı ikinci kümelenmeyi meydana getirdi. Gerçekleştirilen ikili SNP mesafesi karşılaştırma analizinde yerel B. abortus izolatları arasında SNP farkının 0-316 arasında değiştiği belirlendi. Aynı dönemde ve aynı sürüdeki farklı hayvanlardan izole edilen bazı B. melitensis ve B. abortus izolatlarında SNP farkı olmadığı tespit edildi ve bu durum ortak bir bulaş kaynaklı enfeksiyon olarak değerlendirildi. Çalışmaya dahil edilen 23 adet B. abortus ve B. melitensis izolatlarının WGS verileri ile gerçekleştirilen virulens gen analizinde tür, konakçı ve izolasyon yılı fark etmeksizin tüm suşlarda 43 adet virulens geni ile ilişkili bölge tespit edildi. Tespit edilen genlerin büyük bir kısmının kromozom I (Chr I) üzerinde yer aldığı ve lipopolisakkarit (LPS) ile tip 4 salgı sistemiyle (T4SS) ilişkili genlerin çoğunlukta olduğu belirlendi. Gerçekleştirilen WGS tabanlı antimikrobiyal direnç gen analizinde kontrol edilen klasik dirençle ilişkili genler tespit edilmezken, fenotipik direnç analizinde B. abortus izolatlarının %58,33'ü test edilen antibiyotiklerin en az ikisine dirençli bulundu. B. melitensis izolatlarında bu oranın %63,63 olduğu tespit edildi. Sonuç olarak brusellozisin en yaygın iki etkeni olan B. melitensis ve B. abortus izolatlarının WGS tabanlı ileri epidemiyolojik analizi gerçekleştirilerek Türkiye'de dolaşımda olan genotipler belirlendi. Bu verilerin ülkede hastalığın izlenmesi ve salgınların kontrolü açısından önemli olduğu, antimikrobiyal dirençliliğin kaygı verici boyuta ulaştığı ve izlenmesi gerektiği kanısına varıldı.
Pnömonili koyun akciğerlerinde mycoplasma türlerinin moleküler olarak araştırılması
Koyun ve keçilerde akut/subakut veya kronik pnömonik Mycoplasma enfeksiyonları yüksek morbidite ve bazen yüksek mortalite nedeniyle önemli ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Ancak Mycoplasma etkenlerinin üretilmesi zordur. Bu nedenle hastalığın gerçek sıklığı bilinmemektedir. Bu çalışmada mezbahanelerde kesilen koyun ve keçilerin akciğerlerinde makroskopik olarak bulunan pnömoni lezyonlarından Mycoplasma türlerinin araştırılması amaçlanmaktır. Bu amaçla Şanlıurfa ve Adıyaman bölgesindeki mezbahanelerden, pnömonili koyun ve keçilerden aseptik şartlarda lezyonlu akciğer dokuları alınacak ve gerekli analizleri için soğuk zincir şartlarında ve kısa süre içerisinde Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Ana Bilim dalı rutin teşhis laboratuvarına ulaştırılacaktır. Ulaştırılamayacak lezyonlu akciğer dokuları, vakit kaybetmeksizin -20 derecede dondurularak analiz zamanına kadar saklanacaktır. Çalışmada en az 100 akciğer dokusu test edilecektir. Numunelerden direkt DNA analizi yapılacak, aynı zamanda da kültür amacıyla besi yerlerine ekimler yapılarak bu besi yerlerinden DNA izolasyonu gerçekleştirilecektir. Daha sonra elde edilen DNA örnekleri kullanılarak cins ve tür spesifik primer çiftleri kullanılarak muhtemel türler M. ovipneumoniae, M. mycoides subsp. capri, M. capricolum subsp. capripneumoniae, M. capricolum subsp. capricolum, M. agalactiae ve M. arginini açısından test edilecektir.
Streptococus mutans ve Enterococcus faecalis üzerinde propolis ekstresi, karadut ekstresi, klorheksidin glukonat içeren üç farklı solüsyonun antimikrobiyal etkisinin karşılaştırılması
Bu tez çalımasında, propolis ekstresi, karadut ekstresi ve klorheksidin glukonat'ın Streptococcus mutans ve Enterococcus faecalis üzerindeki antimikrobiyal etkilerinin araştırılması amaçlanmaktadır. Bu amaçla propolis ve Morus nigra'nın ekstrakları etanol ve metanol yöntemi kullanılarak hazırlandı. CHG, metanolik Morus nigra ekstraktı ve iki farklı etanolik propolis (ticari propolis ve yerel Pervari propolisi) ekstraktı steril ve boş antibiyotik disklerine emdirilerek Streptococcus mutans ve Enterococcus faecalis üzerine antimikrobiyal etkileri disk diffuzyon yöntemiyle saptandı. Çalışma da özellikle CHG'nin hızlı ama sınırlı bir antimikrobiyal etki gösterdiği, Morus nigra'nın etkisiz olduğu ve propolis ekstraktlarının suşlara bağlı olarak değişen etkiler gösterdiği saptandı. Sonuç olarak, propolis ekstraklarının antimikrobiyal etkisinin propolis türüne bağlı olarak değiştiği, CHG 'nin güçlü antimikrobiyal etki gösterdiği ve M. nigra'nın antimikrobiyal etkisinin olmadığı görüldü. Doğal kaynaklardan elde edilen bileşenlerin mikroorganizmalara etkilerini daha ayrıntılı bir şekilde anlamak ve bu bulguların klinik uygulamalara nasıl yansıyabileceğini değerlendirmek, bakterilere karşı etkili ve güvenilir bir mücadele stratejisi geliştirmeyi hedeflemek açısından daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulduğu sonucuna varıldı.
Şanlıurfa'da hayvancılıkla uğraşan kişilerde, koyunlarında, keçilerinde ve sığırlarında coxiellosis seroprevalansı ve ilişkili risk faktörlerinin belirlenmesi
Coxiella burnetii (C. burnetii) evcil ve vahşi memeli hayvanlar, kuşlar, sürüngenler, keneler, balıklar, artropodlar gibi çok çeşitli konaklarda görülebilen; insan ve hayvanlarda yüksek ateş ve grip semptomlarını gösteren Q ateşi (Q fever) enfeksiyonuna neden olan zoonoz bir bakteridir. C.burnetii kan, süt ve peynirde tespit edilen bir zoonoz olup hayvan sağlığı ve halk sağlığı açısında önemli bir risk faktörüdür. Ülkemizde yapılmış olan birçok çalışmada hem hayvanlarda hem de belirli risk grubundaki insanlarda C. burnetii antikorları saptanmış olup hastalık halk sağlığı açısından önem arz etmektedir. Bu çalışmada amacımız Şanlıurfa'da hayvancılıkla uğraşan insanlarda ve yine Şanlıurfa'da kayıtlı hayvan işletmelerinde bakımı yapılan hayvanlarda C. burnetii antikor varlığını araştırmaktı. Çalışmaya on yıldan fazla hayvancılıkla uğraşan 34 insan ve besledikleri 83 hayvan (8 keçi, 4 sığır, 71 koyun) dahil edildi. Her iki grubun serumlarında C. burnetii antikorları ticari ELISA kiti kullanılarak araştırıldı. Yapılan çalışmada otuz dört insandan 2'si (%5,9) kan vermeyi reddetti. Çalışmaya katılan 32 insanın 10'u (%29,4) C. burnetii pozitif, 3'ü (%8,8) şüpheli ve 19'u (55,9) negatif saptandı. Çalışmaya dahil edilen hayvanların 17'si (%20,5) pozitif, 6'sı (%7,2) şüpheli, 60'ı (%72,3) negatif saptandı. Seropozitiflik ortalaması insanlar için 0,57±0,18, hayvanlar için 0,62±0,21 olarak bulundu. Çalışmada %23,48 seropozitiflik saptandı. Yapılan bu çalışmada saptanan seropozitiflik değerlerine bakılarak Şanlıurfa ilinde C. burnetii açısından riskin yüksek olduğu çıkarımına varıldı. Bu çalışmada anket sonucuna göre çalışmaya katılan birçok insanın süt ürünlerinin hijyenine dikkat etmeden tükettiği görüldü. Zoonoz özelliğe sahip etkenin insanlarda bulaşma yollarından biri olan kontamine gıdaların tüketilmesi, etkenin gıda maddelerinde tespiti insan sağlığı açısından çok büyük risk taşımaktadır. Bu da C. burnetii enfeksiyonunun bulaşması ve yayılımı açısından risk oluşturmaktadır. C. burnetii enfeksiyonun ortaya çıkmasını önlemek için, bu hastalığın yayılımının önlenmesi ve risk altındaki insanların ve hayvanlarının kontrol edilmesi bir zorunluluktur.
Hayvanlarda klinik vakalardan izole edilmiş çoklu antibiyotik direnci bulunan bakterilerde dezenfektan dirençliliği
Bu çalışmada, klinik vakalardan izole edilmiş çoklu antibiyotik direncine (MDR) sahip bakterilerde, qacA/B, qacC/D, qacE, qac∆E1, qacG, qacH, qacJ ve acrA gibi dezenfektan direnç genlerinin varlığının PCR yöntemiyle araştırılması amaçlandı. Bu amaçla 10 adet Staphylococcus aureus, 22 adet Escherichia coli, 6 adet Pseudomonas aeruginosa ve 3 adet Klebsiella pneumoniae ve birer adet Salmonella Kentaky, Salmonella Typhymirıum, Salmonella Infantum olmak üzere toplamda 44 adet izolat kullanıldı. Bu izolatların antibiyotik dirençliliklerini belirlemek için bakteri izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarını belirlemek için penisilin (P, 10 UI), İmipenem (IMP, 10 µg), Marbofloksasin (MAR, 5 µg), Ampisilin (AM, 10 µg), Oksitetrasiklin (T, 30 µg),, Eritromisin (E, 15 µg), Spiramisin (SP, 100 µg), Enrofloksasin (ENR, 5 µg), Gentamisin (CN, 10 µg), Tylosin (TY, 15 µg), Amoksisilin/Klavulonik asit (AMC, 20/10, 30 µg), Seftriakson (CRO, 30 µg), Streptomisin (S, 10 µg), Trimethoprim/Sülfametaksazol (SXT, 1.25/23,75, 25 µg) içeren antibiyotik emdirilmiş ticari kağıt diskler kullanıldı. Dezenfektan direnç genlerinin belirlenmesi için qacG (275 bp), qacJ (306 bp), qacE (350 bp), acrA (567 bp) genleri birinci grupta, qacC/D (249 bp), qacH (295 bp), qacΔE (335 bp) ve qacA/B (629 bp) genleri ise ikinci grupta olmak üzere multipleks PCR yapılarak araştırıldı. Çalışmada direnç genleri pozitif bulunan izolatlar için benzalkonyum klorür ve klorhekzidin glukonat etken maddelerini içeren ve ticari temin edilen preparatlar kullanılarak MİK değerleri belirlendi. Antibiyotik duyarlılıkları araştırılan 22 E. coli ikisi 5, üçü 6, dördü 7, biri 8, biri 9, sekizi 10, ikisi 11 ve biri 13 farklı antibiyotiğe dirençli bulundu. Toplam 6 adet P. aeruginosa izolatının biri 3, ikisi 4, ikisi 7 ve biri 8 antibiyotiğe, 3 adet K. pneumoniae izolatından iki 7, biri 12 antibiyotiğe dirençli olarak değerlendirildi. S. Kentucky 5, S. Typhimurium ve S. Infantis ise 7'şer antibiyotiğe direnç gösterdi. Test edilen S. aureus izolatlarından biri 5, biri 6, altısı 7 ve ikisi ise 12 antibiyotiğe dirençli bulundu. Antibiyotikler için %0-100 arasında dirençlilik oranları belirlendi. Yapılan multipleks PCR sonucunda qacG (275 bp), qacJ (306 bp), qacE (350 bp), acrA (567 bp), qacC/D (249 bp) ve qacH (295 bp) genleri çalışılan izolatların tamamında negatif olarak değerlendirildi. Sadece E. coli suşlarında qacΔE (335 bp) geni 7 izolatta pozitif olarak saptanırken qacA/B (629 bp) geni ise 13 izolatta pozitif olarak değerlendirildi. qacΔE (335 bp) geni pozitif bulunan 7 örneğin tamamı qacA/B (629 bp) geni ile birlikte görüldü. Geriye kalan 6 örnekte ise qacA/B (629 bp) geni tek olarak belirlendi. Direnç genleri pozitif bulunan suşlarda MİK değerleri benzalkonyum klorür için 32-128 (mg/L), Klorhekzidin glukonat için 2-32 (mg/L) olarak belirlendi. Sonuç olarak, Tek Sağlık akapsamında büyük öneme sahip olan biyosit/dezenfektan dirençliliğinin ve beraberinde çapraz antibiyotik direncinin daha detaylı araştırılmasının, antibiyotik direnci için farkındalık oluşturulmaya çalışılırken dezenfektan direncinin göz ardı edilmemesinin önemli olacağı kanısına varıldı.
Şanlıurfa bölgesindeki evcil kanatlılardan mycoplasma gallisepticum izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma, Şanlıurfa bölgesindeki evcil kanatlılarda yaygın olarak görülen kronik solunum yolu hastalığı (Chronic Respiratory Disease) (CRD)'nın etkeni olan Mycoplasma gallisepticum (M. gallisepticum) (MG)'un yerel suşlarını izole etmek, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile etkeni moleküler olarak doğrulamak, izole edilen suşların amplifiye edilen mgc2 gen bölgelerine, sekanslama ve Restriction fragment length polymorphism (RFLP) ile filogenetik analiz yapmak, referans M. gallisepticum S6 suşu ve M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ile, izole edilen saha suşları arasında protein profillerini karşılaştırmak ve hastalıkta oluşan antikorları saptamak amacı ile Western blot (WB) analizlerinin yapılması amacıyla yürütüldü. Çalışmada hayvan materyali olarak 120 evcil kanatlıya ait trakeal svab ve doku örnekleri etken izolasyonu için kullanıldı. İzolasyon çalışması sonucunda, 3 tanesi tavuklara, 4 tanesi ise hindilere ait olan toplam 120 örneğin 7'sinden (%5.8) M. gallisepticum izole edildi. PCR analizi sonucunda, 120 örneğin 65 (%54.2)'i M. gallisepticum yönünden pozitif bulundu. 62 tavuğun 30 (%48.3) 'unda ve 58 hindinin 35 (%60.3)'inde türe özgü DNA tespit edildi. Çalışmada kullanılan 84 trakeal svab örneklerinin 42 (%50)'sinde ve 36 doku homojenatı örneklerinin 23 (%63.9)'ünde türe özgü DNA tespit edildi. Mgc2F ve mgc2R hedef gen bölgelerinin 750-800 bp'de amplifiye edilen PCR ürünlerinin sekanslama sonucunda baz aralıkları (bp) MG4 714 bp, MG79 782 bp, MG9 721 bp, MG68 716 bp, MG95 716 bp, MG120 712 bp, MG66 782 bp, M. gallisepticum 6/85, 718 bp ve M. gallisepticum S6, 787 bp'de elde edildi ve kesim bölgeleri sekans baz aralıkları ile analiz edildi. Elde edilen PCR ürünlerinin AluI, HaeII, HinfI Restriksiyon enzimleri (RE) ile kesimleri sonucu 2 farklı PCR-RFLP tipi elde edildi. MG4, MG9, MG68, MG95, MG120 izolatlarının çoğu aynı PCR-RFLP profili gösterirken, MG66 ve MG79 izolatları ise farklı profil gösterdi. Çalışmada değerlendirilen M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ise MG4, MG9, MG68, MG95, MG120 saha izolatlarına yüksek oranda benzer RFLP profilleri gösterdi. M. gallisepticum S6 suşu ise yüksek oranda farklı kesim profili şekillendirdi. İzolatların Mgc2 gen bölgesinin filogenetik analizi sonucu; birbirine yüksek oranda benzer 5 saha izolatı birinci grup (Grup 1: MG4, MG9, MG68, MG95, MG120), 2 saha izolatı ise benzer ikinci grup (Grup 2: MG66, MG79) şeklinde oluşturuldu. Grup 1 ve Grup 2' de yer alan saha izolatları, Güney Afrika ve Brezilya'da ki izolatlara %96-99, Hindistan, Amerika ve Avustralya 'da ki izolatlarla ise %96-100 arasında benzerlik gösterdi. Ayrıca Grup 1 ve Grup 2'de yer alan izolatlar, sırasıyla 6/85 aşı suşuna %99.5 ve %97.3 oranında, TS-11 aşı suşuna %89-90 ve %100, M. gallisepticum S6 suşuna ise %96-96.5 ve %97.2 oranında benzerlik gösterdi. Sadece M. gallisepticum 6/85 ve Grup 1'de yer alan saha izolatlarının mgc2 genine ait nükleotit baz dizisinde 63 nükleotidin delesyona uğradığı tespit edildi. Sodyum Dodesil Sülfat–Poliakrilamid Jel Elektroforez (SDS-PAGE) analizi sonucu Grup 1 ve Grup 2'de yer alan saha izolatlarının hepsinde belirgin olan 120, 100, 70, 64, 67, 56, 53, 45, 43, 26 kDa ağırlığında protein bantları gözlemlendi. MG68 ve MG95 ile Grup 2'de yer alan izolatlar, diğerlerinden farklı olarak 28 kDa'da bant oluşturdu. Grup 2'deki izolatlar da ayrıca 15 kDa ağırlığında bant oluşturdu. M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ve standart M. gallisepticum S6 suşu'nda belirtilen tüm protein bantları şekillendi. M. gallisepticum türüne özgü proteinlere karşı oluşan antikorların WB analizi Grup 1 ve Grup 2'de yer alan saha izolatların hepsinde p200, p120, p100, p98, p67, p64, p40, p35, p26'ya karşı antikor şekillendi. Grup 1'de yer alan izolatlar da ayrıca p56 ya karşı antikor oluşturdu. WB analizi için poliklonal serum kullanılması ile, bazı M. gallisepticum izolatları arasında antijenik olarak farklılaşma gözlenebilse de, WB analizinde monoklonal antikorların kullanılmasının, antijenite ve immünojenisite açısından daha spesifik ayrım sağlayabileceği tahmin edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışma ile, Şanlıurfa bölgesinde CRD yönünden şüpheli semptom gösteren evcil kanatlılardan patojenik M. gallisepticum etkeninin mevcudiyeti, ve infeksiyonun kanatlı türlerindeki yaygınlığı hakkında ön bilgiler edinildi, hastalık için epidemiyolojik açıdan bir farkındalık oluşturuldu. Kullanılan moleküler yöntemlerin epidemiyolojik yönden saha ve aşı suşlarını ayırt etmede kullanılabileceği, ayrıca bu yöntemlerle izolatlar arasında var olan farklılıkların saptanılabileceği gözlemlendi. Mevcut verilere dayalı olarak saha suşlarının daha fazla tanınması ve tanımlanması için farklı M. gallisepticum genleri üzerinde daha fazla çalışma yapılması gerekmektedir. Ayrıca bölgede bulunan sonuçların, M. gallisepticum infeksiyonu teşhis olasılığını artıracağı, yani aşı suşuna bağlı nihai hastalığı netleştirmede, aşılanmış sürüleri doğal olarak infekte olmuş sürülerden ayırt etmede ve mikoplazma infeksiyonlarının izlenmesi yönünde etkili olacağı düşülmektedir.
Pnömonili sığır akciğer örneklerinde mycoplasma bovis'in real time PCR ile araştırılması
Bu çalışmada, pnömonili sığır akciğerlerinde Mycoplasma (M.) bovis'in gen spesifik primerlerin kullanıldığı Real-Time PCR yöntemi ile araştırılması amaçlandı. Makroskobik olarak pnömoni tanısı koyulan 100 adet sığır akciğer örneğinin 52'sinde Real-Time PCR ile M. bovis identifiye edilirken, 58'inde konvansiyonel bakteriyolojik yöntemler ile çeşitli bakteriyel etkenlerin varlığı tespit edildi. Çalışmada M. bovis'den sonra en yüksek oranda (%25) Escherichia coli tespit edilirken, Pasteurella multocida, Klebsiella pneumoniae, Sphingomonas paucimobilis, Mannheimia haemolytica, Staphylococcus epidermidis ve Staphylococcus spp. örneklerin sırasıyla %13, %7, %7, %4, %1 ve %1'inden izole edildi. Akciğer örneklerinin 42'sinden ise konvansiyonel bakteriyolojik yöntemler ile bakteriyel etken izole edilmedi. Çalışmadan elde edilen bulgular ile M. bovis'in sığırlarda solunum sistemi hastalıklarına neden olan önemli bir etken olduğu belirlenmekle birlikte hastalığın teşhis ve tedavisinde diğer bakteriyel etkenlerin varlığının da göz önünde bulundurulması gerektiği kanatine varıldı. Anahtar Sözcükler: Sığır, Akciğer, Mycoplasma bovis, Real Time-PCR
Van yöresinde koyun klinik mastitis olgularından izole edilen bakteri türlerinin prevalansı ve antimikrobiyel duyarlılıkları
Bu çalışmada, Van ve yöresinde koyunlarda mastitis olgularına neden olan bazı bakteriyel etkenlerin prevalansının ve antimikrobiyel duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. İzole edilen etkenlerin tür düzeyinde identifikasyonu otomatize bakteri identifikasyon cihazı ile yapılırken antimikrobiyel duyarlılığın belirlenmesinde disk difüzyon testi kullanıldı. Çalışmada 103 mastitisli süt örneğinin 51 (%49.51)'inden bakteriyel etken izole edilirken, örneklerin geri kalanında bakteriyel üremenin olmadığı görüldü. Araştırmada en fazla izole edilen bakteriyel etkenlerin sırasıyla Pseudomonas spp. (%27.1), Mannheimia haemolytica (%16.94), Staphylococcus spp. (%13.55) ve Streptococcus pneumoniae (%11.86) olduğu belirlendi. Bununla birlikte Gram negatif bakteriyel etkenlerin sırasıyla %72.2, %52.8, %42.2, %25, %50 ve %50'sinin penicillin, cefoxitin, tetracycline, co-trimaxozole, tilmicosin ve erythromycine dirençli olduğu belirlendi. Gram pozitif bakteriyel etkenlerin ise methicillin, cefoxitin, enrofloxacin, tilmicosin, erythromycine ve gentamicine sırasıyla %21.7, %43.4, %8.7, %8.7, %8.7 ve %4.3'ü dirençli bulundu. Sonuç olarak bu çalışmada koyunlarda mastitis olgularında Gram pozitif bakteriyel etkenlerin yanı sıra Pseudomonas spp. ve Mannheimia haemolytica izolatlarının da önemli rol oynayabileceği gözlendi. Bununla birlikte Van ve yöresinde koyunlarda mastitis vakalarının tedavisinde penicillin, cefoxitin, tetracycline, tilmicosin ve erythromycin kullanımına dikkat edilmesi gerektiği belirlendi. Bakteriyel etkenlerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde etkili antimikrobiyel terapinin yapılabilmesi için etken izolasyon ve identifikasyonuyla birlikte antimikrobiyel duyarlılık testlerinin de önem arz ettiği kanaatine varıldı.
Solunum yollarından izole edilen mannheimia haemolytica suşlarının tiplendirilmesi, bazı virulens genleri ile antimikrobiyal maddelere duyarlılıklarının araştırılması
Bu çalışmada, hasta ve sağlıklı sığır ve koyunların solunum yollarından izole edilen Mannheimia (M.) haemolytica izolatlarının biyokimyasal özellikleri, önemli virülens genlerinin dağılımı, antimikrobiyal maddelere duyarlılıkları ve direnç genlerinin tespit edilmesi amaçlandı. Nazo-farengiyal ve trake-bronşiyal sıvap örneklerinden kültürü yapılan M. haemolytica şüpheli 55 izolatın 48 (%87.3)'i Real Time PCR ile M. haemolytica olarak identifiye edildi. İncelenen izolatlarda, hastalık ve virülens genleri ile ilişkili biyokimyasal özelliklerin arginin-arginin ve sorbitol testlerindeki farklılıklara göre 4 farklı biyokimyasal profil belirlendi. Real Time-PCR yöntemiyle virülens genleri incelenen izolatlarda 3 virülens gen profili tespit edildi. İzolatların %37.5'i I, %33.3'ü III ve %12.5'i II olarak belirlendi. Virülens gen profil II'ye sahip izolatlarda virülens ile ilişkili genlerin tamamı belirlenirken, profil I'e sahip izolatlarda nmaA, profil III'e sahip izolatlarda ise nmaA ve tbpB genlerinin bulunmadığı tespit edildi. Bununla birlikte biyokimyasal profil II'nin hastalık olguları ile ilişkili ve bunun arginin-arginin negatiflik ile ilişkili olduğu belirlendi. Ayrıca virülens gen profil I özelliğine sahip izolatların sadece biyokimyasal profil I ile ilişkili olduğu ve bunun arginin-arginin negatiflikten kaynaklandığı belirlenirken, arginin-arginin pozitif izolatlar ile virülens gen profil III arasındaki ilişkinin önemli olduğu gözlendi. Ayrıca, epsilometer test (E-test) ile antimikrobiyal duyarlılıkları ve minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri incelenen izolatların 9 (%18.75)'unda antimikrobiyal direnç belirlendi. E test ile dirençli bulunan izolatların 1'i sadece eritromisine, 2'si sadece penisiline, 1'i tilmikosin ve penisiline, 1'i tilmikosin, streptomisin ve penisiline, 1'i eritromisin, tilmikosin, streptomisin ve tetrasikline, 3'ü eritromisin, tilmikosin, streptomisin, tetrasiklin, penisilin ve ampisiline dirençli olduğu tespit edildi. Dirençli bulunan izolatların büyük çoğunluğunda (%66.6) çoklu direnç olduğu gözlendi. E test ile dirençli olduğu belirlenen 9 izolatın 6 (%66.6)'sında makrolid erm42, mphE, msrE genleri ve bu izolatların da 5 (%55.5)'inde aminoglikozid direnç geni strA tespit edildi. Sonuç olarak; arginin-arginin negatiflik ile gcp, gs60, tbpB, lktC, adh pozitif, nmaA negatif izolatların kommensal ve patojen M. haemolytica izolatlarının ayrımında kullanılabilecek epidemiyolojik kriter olabileceği ve konu ile ilgili yeni çalışmaların yapılması gerektiği, ayrıca M. haemolytica izolatlarında erm42, mphE, msrE genlerinin makrolid, strA geninin de aminoglikozid direncinden sorumlu genler olduğu ve total DNA'da tespit edilebildiği, tetH ve blaROB-1 genlerinin total DNA'da tespit edilemediği ve bu genlerin plazmid ve transpozon gibi ekstrakromozamal DNA'da belirlenebileceği, bundan dolayı antimikrobiyal direnç geni ile ilgili başka mekanizmaların araştırılmasına yönelik yeni çalışmaların yapılması gerekliliği sonucuna varıldı.
Sığır sütlerinden izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda makrolid-linkosamid direnci ve direnç ile ilişkili genlerin araştırılması
Bu araştırmada, sığırlarda mastitis olgularından izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda Makrolid-Linkosamid grubu antimikrobiyal maddelere duyarlılığın ve direnç genlerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla sığır sütlerinden elde edilen 52 adet KNS izolatı kullanıldı. İzolatlarda; 15'i Staphylococcus capitis, 8'i S. equorum, 8'i S. haemolyticus, 5'i S. epidermidis, 4'ü S. pettenkoferi, 3'ü S. lugdunensis, 2'si S. warneri ve her birinde 1'er izolat olmak üzere, S. cohnii, S. pasteuri, S. vitulinus, S. hominis, S. xylosus, S. chromogenes ve S. kloosi olmak üzere 14 KNS türü identifiye edildi. 52 KNS izolatının 4'ü erythromycin; 1'i clindamycin, 4'ü azithromycin, 1'i spiramycin, 1'i tylosin, 7'sinin tulathromycine dirençli olduğu belirlenirken, 2'si clindamycin, 1'si azithromycin, 6'sının spiramycin, 5'inin tylosin ve 8'inin de tulathromisin'e orta dirençli olduğu tespit edildi. Eritromisin dirençli bulunan 4 izolatın 3'ünde indüklenebilir klindamisin direnci, eritromisine duyarlı diğer 2 izolatın 1'inde yapısal, diğerinde klindamisine orta direnç belirlendi. Erythromycin dirençli, ancak indüklenebilir klindamisin direnci bulunmayan 1 Staphylococcus capitis izolatında msrA ve msrB genleri ile birlikte mphA geni; erythromycin duyarlı, spiramisin, tylosin ve tulatromisine orta dirençli 1 S. capitis izolatında ise sadece mphA geni; erythromycin ve indüklenebilir klindamisin direnci bulunan 1 S. haemolyticus izolatında ermC geni ile birlikte mphA geni, 1 S. epidermidis izolatında ise sadece ermC geni; klindamisine orta dirençli 1 Staphylococcus epidermidis izolatında da mphA ve InuA geni belirlendi. Tylosin veya tulathromisine orta dirençli 2 S. haemolyticus ve tulathromisine orta dirençli 1 S. epidermidis ile tulathromisin dirençli 1 S. chromogenes izolatında mphA geni bulunurken, klindamisine dirençli S. hominis ve tulathromisin-tylosin dirençli Staphylococcus xylosus izolatında belirlenmedi. S. pasteuri izolatında ermC, mphA veya InuA genleri bulunmadı. Sonuç olarak; KNS izolatlarında belirlenen ML grubu antimikrobiyal direnç ve direnç ile ilişkili genlerin varlığının sığırlarda mastitiste önemli rol oynayabileceği kanaatine varılmıştır.
Bitlis bölgesinde koyun ve keçilerde Mycoplasma agalactiae'nın varlığının araştırılması
Bu araştırmada, Bitlis yöresinde süt çekilmesi, sütün azalması ve renk değişikliği gibi klinik semptom gösteren küçük ruminantlarda Mycoplasma (M.) agalactiae varlığının moleküler tekniklerle araştırılması amaçlandı. Bu amaçla Bitlis merkez ve ilçelerinde bulaşıcı agalaksi klinik semptomları gösteren hayvanlardan süt, kan, göz sıvabı, kulak sıvabı ve eklem sıvısından toplanan toplam 120 adet örnek çalışmada kullanıldı. Alınan örneklerin DNA izolasyonları, ticari DNA izolasyon kit protokollerine göre gerçekleştirildi. Daha sonra M. agalactiae tür spesifik olarak belirlenmiş 2 farklı primer çifti (polC ve uvrC) kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) aşaması gerçekleştirildi. polC gen bölgesi için süt örneklerinde %44.08, örneklerin tamamında ise %34.16 oranında pozitiflik saptandı. uvrC gen bölgesi için süt örneklerinde %36.55, örneklerinin tamamında ise %28.30 oranında pozitiflik saptandı. Her iki gen pozitif olan örneklerin tamamının keçi süt örneklerinden olduğu belirlendi. Sonuç olarak, her iki gen bölgesi için yapılan analizlerle tespit edilen pozitifliklerin büyük çoğunlukla her iki analiz için de uyumlu olduğunu gözlendi. Çalışma Bitlis bölgesinde M. Agalactiae'nın varlığının araştırıldığı ilk çalışma olma niteliğindedir. Etkenin bölgedeki yaygınlığını belirlemek için periyodik ve daha geniş alana yayılabilecek çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır. Ayrıca bölgede sirküle olan bulaşıcı agalaksi etkeninin kontrol altına alınmasına, eradikasyon stratejileri amacıyla daha ileri düzey moleküler çalışmaların yapılmasının uygun olduğu kanaatine varıldı.
Gökkuşağı alabalıklarından elde edilen Lactococcusgarvieae izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma, Van ilinde faaliyet gösteren altı farklı gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) üretim çiftliğinden izole edilen Lactococcus garvieae suşlarının mikrobiyolojik ve moleküler düzeyde karakterizasyonunu amaçlamaktadır. Seçilen çiftlikler bölgeye balık temin eden ve anaç balık üretimi yapan, yıllık periyodik üretim gerçekleştiren önemli üretim merkezleridir. Çalışmada, her çiftlikten klinik sem 6 adet balık örneği alınmış, böbrek dokularından TSA besiyerine ekimler yapılmıştır. Üreyen kolonilerden morfolojik ve biyokimyasal analizler (Gram boyama, katalaz, oksidaz, hareketlilik) gerçekleştirilmiş ve şüpheli kolonilerden DNA izolasyonu yapılmıştır. Real-Time PCR ile 16S rRNA bölgesi üzerinden L. garvieae tespiti sağlanmıştır. Pozitif örneklerde antibiyotik direnç genleri (TetA, FloR) ile virulans genleri (Hemoliz, Adhesive Pav) analiz edilmiştir. Sonuçlar, çiftlikler arasında genetik çeşitlilik farkları bulunduğunu ve özellikle antibiyotik direnç genlerinin yaygın olduğunu göstermiştir. Bu durum, bölgesel antibiyotik kullanım baskısına ve patojenitenin yayılımına işaret etmektedir. Çalışmanın çıktıları doğrultusunda, çiftlik bazlı filtrasyon sistemlerinin kurulması ve bakteriyel fauna bilgilerinin anonim olarak paylaşılması gibi öneriler sunulmuştur.
Yılan türlerinden izole edilen Pseudomonas ve Aeromonas türlerinin dağılımı ve direnç profillerinin belirlenmesi
Yılanlar antik dönemlerden beri insanlar için simgesel bir öneme sahip olan, ekosistemin vazgeçilmez parçalarıdır. Son yıllarda sürüngenlerin ve yılanların eşlikçi hayvanlar olarak bakılmaları bazı potansiyel riskleri beraberinde getirmektedir. Zoonoz karakterde olan Pseudomonas ve Aeromonas etkenleri yılanların normal mikrofloralarında bulunabilmekte ve etrafa saçılabilmektedir. Bu çalışmanın amacı; kapalı alanlarda barındırılan yılanlarda Pseudomonas ve Aeromonas etkenlerinin izolasyon oranlarının belirlenmesi ve antibiyotik direnç profillerinin değerlendirilmesini içermektedir. Bu amaçla İstanbul ili ve çevresinde bulunan hayvanat bahçelerinde barındırılan 13 farklı türde, 100 yılandan alınan kloakal sıvab örnekleri, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarında Pseudomonas ve Aeromonas etkenleri yönünden incelenmiştir. İncelenen örneklerden Pseudomonas cinsine ait 47 izolat, Aeromonas cinsine ait ise 7 izolat saptanmıştır. Pseudomonas cinsine ait izolatlar; 22 (%46.8) P. aeruginosa, 23 (%48.9) P. putida, ve 2 (%4.2) Pseudomonas spp. olarak belirlenmiştir. Aeromonas cinsine ait izolat ise; 3 (%42,8) A. caviae, 3 (%42.8) A. veronii ve 1 (%14.2) A. hydrophila olarak saptanmıştır. İzolatların duyarlılıkları 21 antibiyotik için test edilmiş ve izolatlardan hiçbiri bu antibiyotiklere dirençli olarak saptanmamıştır. Toplamda 21 izolat enrofloksasine orta duyarlı [9 (%40.9) P. aeruginosa, 10 (%43.4) P. putida, 2 (%66.6) A. caviae] olarak belirlenmiştir. Bunun yanında 9 izolat [8 (%34.7) P. putida, 1 (%4.3) P. aeruginosa] meropeneme orta duyarlı olarak saptanmıştır. Dünya çapında yılanlarda Pseudomonas ve Aeromonas türleri ile ilgili çalışmalar sınırlı sayıdadır. Ancak bu etkenlerin zoonoz özellikleri ve antibiyotik dirençleri gözardı edilmemelidir.
Koç testislerinde Brucella spp. varlığının bakteriyolojik ve moleküler yöntemlerle karşılaştırmalı olarak incelenmesi
Bruselloz, dünya genelinde yaygın olarak görülen bir zoonozdur. Hastalık, bulaştığı sürülerde damızlık değer kayıplarına, infertiliteye, süt kayıplarına ve abortlara neden olurken; hayvanlarla ve hayvansal ürünlerle temas halinde olan insanlara da bulaşıp halk sağlığı problemlerine yol açmaktadır. Zoonotik karekteri olan Brucella etkenlerinin çevre ve halk sağlığı açısından önemi büyüktür. Bu çalışmanın amacı; İstanbul ilinde bulunan mezbahanelere kesim amacıyla getirilen farklı yaş ve ırkta olan 150 adet erkek toklu ve koç'a ait olan testis örneklerin, Brucella spp. yönünden bakteriyolojik ve moleküler yöntemlerle karşılaştırmalı olarak incelenmesini içermektedir. Bu amaçla, Marmara Bölgesinde bulunan farklı illerden kesim amacıyla mezbahanelere getirilen koçlardan 150 hayvana ait testis örnekleri steril poşetlere alınarak soğuk zincirde Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü (PVKE) Müdürlüğü Brusella Referans Teşhis Laboratuvarına getirildi ve Brucella spp. yönünden bakteriyolojik ve moleküler yöntemlerle karşılaştırmalı olarak incelendi. Alınan örneklerden sadece bir hayvana ait testis örneğinden (%0,67) Brucella spp. izole edildi. Bu izolatın fenotipik testler sonucunda B. melitensis biyotip 3 olduğu belirlendi. Real-Time PCR yönteminde, hazır ekstraksiyon kiti kullanılarak yapılan ekstraksiyon sonrası elde edilen DNA örneklerine, B. melitensis, B. ovis, B. melitensis Rev1 ve B. abortus türlerine ait spesifik primer ve problar kullanıldı. Kültürde B. melitensis biyotip 3 olarak identifiye edilen örnek, Real-Time PCR çalışmasında da B. melitensis olarak identifiye edildi. Bu çalışmada, aynı testis örneğinden hem fenotipik hem de genotipik pozitiflik saptandı ve Marmara Bölgesinden seçilen hayvan çalışma grubunda bruselloz pozitifliğinin %0,67 olduğu belirlendi. Sonuç olarak, elde edilen veriler incelendiğinde, B. melitensis'in hala küçükbaş hayvanlarda baskın bir tür olduğu ve gelecekte gerçekleştirilecek diğer epidemiyolojik çalışmalarda her iki yöntemin etken tanımlanmasında kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. Ancak Real-Time PCR testinde kültür yöntemine göre daha hızlı ve tanısal gücünün yüksek olması ilerde yapılacak kontrol ve eradikasyon çalışmalarında avantaj sağlayabileceği düşünülmektedir. Enfeksiyon yurdumuzda büyük ekonomik kayıplara neden olmasından dolayı, ulusal strateji planlarının devam ettirilmesi gerekliliği görülmektedir. Bu araştırma, ulusal ve uluslararası literatüre katkı sağlayacak ve gelecekte yapılacak geniş kapsamlı çalışmalarda araştırıcılara ışık tutacaktır.
Veteriner hekimlikte Coxiella burnetii'nin meta- ve bibliyometrik yöntemlerle analizi
Bu çalışma, 2000-2023 yılları arasında veteriner hekimlik alanındaki Coxiella burnetii araştırmalarını bibliyometrik ve meta-analiz yöntemleriyle değerlendirerek küresel düzeydeki seroprevalansı incelemiştir. Scopus ve WoS veri tabanları üzerinden toplam 182 araştırma makalesi analiz edilmiştir. Çalışmanın genel amacı, hayvanlarda C. burnetii'nin genel seroprevalansının farklı kıtalarda nasıl değiştiğini anlamak, C. burnetii'nin veteriner hekimlikteki güncel durumunu ortaya koymak ve gelecekteki araştırmalara rehberlik etmektir. Bibliyometrik analizler VOSviewer ve R studio programlarının bibliometrix ve biblioshiny paketleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Analizler, çalışmaların yıllara göre dağılımını, büyüme oranlarını, ülke bazında yayılımını, yazar ve kaynak analizlerini içermektedir. Meta-analiz için R programının "metafor" paketi kullanılarak yapılan çalışma, hayvanlarda C. burnetii'nin genel seroprevalansının farklı kıtalarda nasıl değiştiğini anlamak amacıyla gerçekleştirilmiştir. Analizler kıta bazında Afrika, Asya, Avrupa, Avustralya, Kuzey Amerika ve Güney Amerika olarak ve hayvan türü bazında büyükbaş, küçükbaş, pet, at, deve ve yabani hayvanlar olarak ayrılmıştır. Meta-analiz sonuçları, farklı kıtalardaki hayvan türleri üzerinde yapılan çalışmaların heterojen olduğunu ve C. burnetii seroprevalansının büyük ölçüde değişkenlik gösterdiğini vurgulamaktadır. Büyükbaşta %12.99, küçükbaşta %17.14, develerde %34.06, atlarda %7.16, petlerde %10.80 ve yabani hayvanlarda %9.64 oranında ortalama prevalans belirlenmiştir. Çalışma aynı zamanda bölgesel çapta yapılan araştırmalara odaklanarak hayvan türlerinin kıtalara göre de analizini sunar ve bölgelerdeki araştırmaların güçlü yanları ile noksanlıklarını tespit etmektedir; Analizlerde elde edilen yüksek heterojenite, her bir kıta ve ülkede daha fazla ve kapsamlı seroprevalans çalışmalarının yapılması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Özellikle hayvan hareketliliği, kültürel ve çevresel faktörler gibi C. burnetii seroprevalansı üzerindeki etkilerinden dolayı, hastalığın daha ayrıntılı bir şekilde incelenmesi önerilmektedir. Bu noktada, uluslararası işbirliği ve veri paylaşımının teşvik edilmesi, ortak metodolojilerin benimsenmesi ve standartların oluşturulması, elde edilen verilerin karşılaştırılabilirliğini artırabilir ve bölgesel farklılıkları daha iyi anlamamıza olanak tanıyabilir.
Tavuk dışkılarından izole edilen Salmonella serovarlarının antibiyotik direnç profillerinin araştırılması
Bu çalışmada farklı tavukçuluk işletmeleri ve kesimhanelerden alınan dışkı örneklerinde Salmonella enterica serovarlarının prevalansı, serotip dağılımı ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve güncellenmesi amaçlandı. İstanbul, Balıkesir, Erzurum ve Erzincan illerindeki tavukçuluk işletmeleri ve kesimhanelerden Mart 2020-Aralık 2021 tarihleri arasında kloakal sürüntü ve kesimhane materyalini (sekum) içeren toplam 550 adet örnek Salmonella spp. yönünden incelendi. Toplanan örneklerde Salmonella spp. saptanması için ISO 6579:2002/Amd 1:2007 kültür metodu kullanıldı. Konvansiyonel testlerle Salmonella spp. olduğu saptanan suşların invazyon A(invA) genine spesifik primerlerin kullanıldığı PCR ve BD Phoenix™ ile doğrulaması yapıldı. İzolatların White Kauffmann-Le Minor-Şeması'na göre serotiplendirilmesi yapıldı. İzolatlar, çoklu antibiyotik dirençliği, genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL), karbapenem ve AmpC beta laktamaz pozitifliği yönünden incelendi. Bu örneklerin selektif katı besiyerindeki koloni morfolojilerine göre 76 izolatın (%13,8) Salmonella spp. şüpheli koloni görünümüne sahip olduğu belirlendi. Yapılan konvansiyonel biyokimyasal testler, BD Phoenix™ M50 cihazı ve PCR analizi sonucunda 50 izolatın (%9,1, 50/550) Salmonella spp. olduğu saptandı. White-Kauffmann-Le Minor-Şeması'na göre serotiplendirilen izolatların tamamının Salmonella enterica subsp. enterica serovar Molade(8,20:z10:z6) olduğu saptandı. Antimikrobiyal duyarlılık testi sonucunda izolatların siprofloksasin'e %100.0 (50/50), tigesikline ise %88 (44/50) dirençli olduğu belirlendi. İzolatların tamamının GSBL, karbapenem ve AmpC beta laktamaz yönünden negatif olduğu belirlendi. İzolatlardan herhangi birinin üç veya daha fazla antibiyotiğe karşı direnç göstermediği için bu çalışmada çoklu antibiyotik dirençli izolat belirlenmedi. Elde edilen sonuçlar, Türkiye'de entegre bir işletmeden kesimhaneye gelen hayvanlarda saptanan S. Molade izolatlarında hayvan preparatları olmamasına rağmen saptanan yüksek oranda siprofloksasin ve tigesiklin direnci üzerinde durulması gerektiği ve bu antibiyotiklerin halk sağlığı açısından oldukça önemli olduğunu gösterdi. Özellikle hayvan izolatlarında direnç saptanması için kullanılan antibiyotik panellerinin de güncellenmesi ve hayvanlarda kullanılmasa bile halk sağlığı açısından önem taşıyan antibiyotiklerde gelişebilecek direnç durumlarının sürekli olarak izlenmesi gerektiği düşünüldü.
Kedi ve köpeklerde Acinetobacter baumannii kolonizasyonunun belirlenmesi ve izolatların antibiyotik direnç profillerinin araştırılması
Bu çalışmada kedi ve köpeklerde A. baumannii kolonizasyonu ve direnç profilleri incelendi. Bu amaçla İstanbul Üniversitesi- Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı Kliniğine ve İstanbul'daki çeşitli veteriner kliniklerine koruyucu hekimlik çalışması için getirilen sağlıklı 100 kedi ve 100 köpekten alınan deri, ağız ve rektal sıvab örnekleri İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarında A. baumannii yönünden incelendi. İncelenen örneklerin 3'ünden A. baumannii izole edildi. Örneklerin alındığı toplam 100 kedi ve 100 köpekte A. baumannii izolasyon oranları; köpeklerde %2 (2 izolat), kedilerde ise %1 (1 izolat) olarak belirlendi. A. baumannii izolatlarının antibiyotik duyarlılık profilleri BD Phoenix 100 otomatize mikrobiyoloji sistemi ile gerçekleştirildi. Bu panelde sefotaksim ve tetrasiklin bulunmadığı için bu antibiyotiklere karşı duyarlılıkların incelenmesi amacıyla ek olarak disk difüzyon yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testleri yapıldı. Duyarlılık testi sonuçlarına bir kedi ve bir köpekten elde edilen A. baumannii izolatlarının kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı olduğu saptandı. Yalnızca bir köpekten elde edilen örneğin amikasin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazol ve sefotaksime orta duyarlı olduğu saptandı.
Köpek dışkılarından izole edilen Escherichia coli' lerde kolistin direncinin araştırılması
Bu çalışmada İstanbul'un çeşitli semtlerinde bulunan değişik yaş ve cinsiyette, evde beslenen 100 adet sahipli ve sağlıklı köpeğin dışkı örnekleri rektal svab yöntemiyle Kasım-Aralık 2023 tarihleri arasında toplandı. Toplanan örnekler E. coli varlığı yönünden konvansiyonel bakteriyolojik kültür yöntemi ile incelendi. MacConkey besiyerindeki görünümlerine göre 59 izolatın (%59) E.coli şüpheli koloni görünümüne sahip olduğu saptandı. Şüpheli izolatlara yapılan konvansiyonel biyokimyasal testler (katalaz, oksidaz, sitrat, indol, MR, üre, TSIA'da H2S oluşumu ve karbonhidrat fermentasyon testleri) sonucunda 59 izolatın E.coli olduğu belirlendi. Konvansiyonel yöntemlerle E.coli olduğu belirlenen 59 izolat BD Phoenix™ M50 cihazında da konfirme edildi. E. coli zolatlarının florokinolon, aminoglikozit, tetrasiklin, fenikol, sulfonamid, penisilin ve monobaktam grubu antimikrobiklere karşı duyarlılıkları saptandı. Elde edilen sonuçlarda üç ve/veya üçten fazla ilaç grubunda direnç saptanan 18 izolat çoklu ilaç direnci pozitif olarak kabul edildi. Kolistin direncinin doğrulanması amacıyla sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanıldı. Çalışmada köpek dışkı örneklerinden elde edilen 59 E.coli izolatında, kolistine karşı fenotipik direnç sadece 1 izolatta (%1,69) belirlendi. Bu çalışma sonucu, kolistin direnci saptanan E. coli'nin pet hayvanlarında kolonize olabileceğini ve bu hayvanlar ile insanlar arasında transfer edilebileceğini göstermektedir. Bulgular ayrıca, gıda hayvanları ve insanlara ek olarak, pet hayvanlarının kolistin dirençli E. coli rezervuarı olarak hizmet edebileceğini ve toplumda plazmid aracılı kolistin direncinin hızla gelişen epidemiyolojisine başka bir karmaşıklık katmanı eklediğini göstermektedir.
İstanbul'daki binicilik atlarında borrelia burgdorferi 'nin seroprevalansının elısa ve western blot yöntemleri ile belirlenmesi
Bu çalışmada İstanbul ilinde binicilik atlarında Borrelia burgdorferi'ye karşı antikor varlığının araştırılması amaçlandı. Tek Tırnaklı Hayvanların Tanımlanması ve İzlenmesine Dair Yönetmelik kapsamında farklı cinsiyet, ırk, yaş ve don rengine sahip 138 adet attan alınan kan örnekleri kullanıldı. Kan örnekleri, İstanbul Üniversitesi - Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalında tarama testi olan ELISA ve doğrulama testi olan Western Blot yöntemleriyle incelendi. Kan serumlarına uygulanan ELISA sonucunda, serumların 6'sının pozitif, 2'sinin pozitiflik sınırında değerlere sahip (şüpheli) olduğu saptandı. ELISA bulgularına göre seroprevalansın %4,34 (6/138) olduğu belirlendi. ELISA yöntemiyle pozitif olduğu saptanan 5 örneğin Sarıyer ilçesi, 1 örneğin Çatalca ilçesi ve şüpheli olduğu saptanan 2 örneğin Beykoz ilçelerinden toplanan atlardan alındığı belirlendi. ELISA'da pozitif ve pozitiflik sınırında olarak belirlenen 8 adet örneğe uygulanan Western Blot testleri sonucunda örneklerin negatif olduğu saptandı. Yapılan iki aşamalı test sonucunda 138 kan serumunda B. burgdorferi 'ye karşı oluşmuş antikorlar yönünden pozitif sonuca rastlanmadı. Sonuçlar ELISA'nın tek başına özgül bir test olmadığı, ELISA'da saptanan pozitif sonuçların mutlaka WB gibi daha özgül testlerle sonuçların doğrulanması gerektiğini gösterdi. Çalışmada pozitif sonuç elde edilmemesi, örneklerin alındığı at popülasyonunun yaşam standartları ile ilişkili olduğunu düşündürdü. Bu atlar yaşam standartları yüksek olan, hobi amaçlı yetiştirilen, bakımlı ve dolayısıyla incelenen hastalıkla ilişkili parazitlerin yerleşmesini önleyen antiparaziter tedavi gibi koruyucu Veteriner Hekimlik uygulamalarının eksiksiz uygulandığı hayvanlardı.
Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae suşlarının hidrojen peroksit üretimi açısından değerlendirilmesi
Bu çalışmada Türkiye'nin farklı bölgelerinden kültürle Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae (Mccp) saha izolatı elde etmek, yerel izolatların H₂O₂ üretimi açısından değerlendirilmesi ve elde edilecek DNA'lardan bulaşıcı keçi çiğer ağrısı (CCPP)'nın genetik profilinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışma kapsamında Türkiye'de sahadan klinik belirti gösteren 190 adet keçiden (66 adet burun sıvabı, 123 adet akciğer ve bir adet plevra sıvısı) örnek toplandı. Toplanan örneklerden klasik yöntemle üç adet etken izolasyonu yapıldı. Örneklere uygulanan direkt PCR ile 13 adet Mccp spesifik DNA saptandı. Ayrıca Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Müdürlüğü (PVKEM) kültür koleksiyonda bulunan üç adet izolat, bir adet Tacikistan saha izolatı ve Mccp F38 referans suş H₂O₂ üretim seviyeleri ve saha izolatlarıyla filogenetik yakınlığın belirlenmesi amacıyla çalışmaya dahil edildi. Sonuç olarak toplam 18 adet Mccp DNA'larına Sanger dizileme yöntemi uygulanarak filogenetik ağaç çizildi ve CCPP'nin Türkiye'deki genetik profili ortaya konuldu. Potansiyel aşı suşunu belirlemek amacıyla sekiz izolatın H₂O₂ üretim düzeyleri tespit edildi. En yüksek ve en düşük H₂O₂ üretimleri belirlenen izolatların H₂O₂ üretimleri bitinceye kadar pasajları yapıldı. H₂O₂ üretim düzeyleri belirlenen izolatlar Türkiyede yapılacak CCPP aşı geliştirme çalışmalarında kullanılması amacıyla PVKEM kültür koleksiyonuna kaldırıldı. Bu çalışma ulusal ve uluslararası literatüre katkı sağlacak ve gelecekte yapılacak CCPP aşı çalışmalarına ışık tutacaktır.
Mastit olgularından izole edilen Streptococcus uberis izolatlarının antibiyotik direnç profillerinin moleküler yöntemlerle incelenmesi
Mastit, süt sığırı işletmelerinde önemli ekonomik kayıplara neden olan, toplum sağlığı açısından önem arz eden bir enfeksiyondur. Sütün kalite ve veriminin azalmasının yanında antibiyotiklere dirençli bakterilerden kaynaklanan olgularda tedavi seçenekleri de sınırlanmaktadır. Streptococcus uberis, mastitin en önemli etkenlerinden biridir. Bu çalışmada Ege bölgesi illerinde (İzmir, Manisa, Aydın, Denizli, Kütahya) farklı süt sığırı işletmelerindeki mastitli 300 hayvandan toplanan 1200 süt örneğinde S. uberis varlığının araştırılması ve izolatların fenotipik ve genotipik olarak antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi amaçlandı. Örnek toplanan 300 ineğin 22 (%7,33)' sinde S. uberis izole edildi. İzolatların fenotipik olarak tetrasikline %77,3, eritromisine %27,3, neomisine %22,7, trimetoprim/sulfametaksazole %13,6, kanamisine %4,5 oranında dirençli oldukları belirlendi. İzolatların %13,6'sında çoklu antibiyotik direnci saptandı. Genotipik direnci belirlemek amacıyla yapılan PCR sonucunda izolatların tümünün pbp1B ve pbp2A, %95,4' nün pbp2B taşıdığı, %77,3' ünün blaTEM, %63,6' sının ermB, %59,1' inin tetM, %22,7'sinin gyrA gen bölgesini içerdiği belirlendi. Çalışma sonucunda S. uberis' in Ege Bölgesi illerinde streptokokkal mastit etkenleri arasında en sık karşılaşılan ve bölgede mastit oluşumunda etkili bir patojen olduğu ortaya kondu. Mastit tedavisinde yaygın olarak kullanılan penisilin ve tetrasikline karşı direncin izolatlarda yüksek oranda bulunması, günümüzde aşılması zor bir engel haline gelen antibiyotik direncinin önemini doğrular niteliktedir. Fenotipik ve genotipik direnç profilleri arasındaki uyumsuzluklar direncin yalnızca genin varlığına değil, aynı zamanda gen ekspresyonuna ve çevresel faktörlere de bağlı olabileceğini düşündürmektedir. Bu nedenle, ilerleyen çalışmalarda gen ekspresyon analizleri, transkripsiyon regülasyonunu incelelemeye yönelik moleküler testler fenotipik ve genotipik direnç farklılıklarının azaltılmasına katkı sağlayacaktır.
Otitis externalı köpeklerden izole edilen Malassezia Pachydermatis'in antimikotik profillerinin belirlenmesi
Bu çalışma, otitis eksterna tanısı almış köpeklerden izole edilen maya suşlarının çeşitli antifungal ajanlara karşı in vitro duyarlılıklarını belirlemek amacıyla yapılmıştır. Klinik olarak otitis eksterna tanısı konulan 80 köpeğin dış kulaklarından alınan örnekler kültüre edilmiştir. Bu suşlara yönelik antifungal duyarlılık testleri, EUCAST standartlarına dayalı olarak modifiye edilmiş broth mikrodilüsyon yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Testlerde on farklı antifungal ajan kullanılmıştır: Amfoterisin B, Flukonazol, Flusitozin, Griseofulvin, İtrakonazol, Ketokonazol, Mikonazol, Nistatin, Terbinafin ve Vorikonazol. Her antifungal için minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri belirlenmiştir. Ayrıca, izolatların biyofilm oluşturma kapasiteleri tüp adherens testi ve mikroplaka yöntemiyle değerlendirilmiştir. Kültür sonucu toplam 50 maya suşu izole edilmiştir. İdentifikasyon sonucunda tüm izolatların Malassezia pachydermatis olduğu saptanmıştır. MİK testlerine göre, flusitozin ve griseofulvin dışındaki tüm antifungal ajanlara karşı yüksek düzeyde duyarlılık gözlenmiştir. Biyofilm değerlendirmesinde ise hiçbir izolatın biyofilm oluşturmadığı belirlenmiştir. Bu bulgular doğrultusunda, maya kaynaklı otitis eksterna vakalarının tedavisinde uygun antifungal seçimi için duyarlılık testlerinin önemli bir rehber olabileceği sonucuna varılmıştır.
Yerleşik (şehirlerde) yaşayan yabani kuşlarda termofilik kampilobakter türlerinin prevalansı ve izolatların antimikrobiyal profillerinin belirlenmesi
Bu doktora tezinde, İstanbulda insanlarla iç içe yerleşik yaşayan yabani kuşlarda termofilik kampilobakter türlerinin prevalansının belirlenmesi, izole edilen suşların tür dağılımınının ortaya konulması ve bunların antimikrobiyal direnç profillerininin karakterize edilmesi amaçlandı. Çalışmada, İstanbul'un çeşitli bölgelerinden (kıyı şeritlerinde yaşayan karga ve martılar, şehir merkezindeki turistik bölgelerde yaşayan güvercinler) insanlarla iç içe yerleşik yaşayan yabani kuşlara ait 150 adet taze dışkı örneği tesadüfi örnekleme yöntemiyle toplandı. Kampilobakter izolasyonu için mCCDA agara ekimler yapıldı ve biyokimyasal testlerle Campylobacter spp olarak belirlenen şüpheli izolatlar PCR ile identifiye edildi. İzole edilen suşlarının fenotipik ve genotipik antimikrobiyal duyarlılık profilleri belirlendi. İstanbul'da insanlarla iç içe yerleşik yaşayan yabani kuşların dışkı örnekleri konvansiyonel yöntemlerle incelendiğinde 2/150 (%1,33)'sinden Campyobacter spp. izole edildi. olarak inceleme örneklerinden elde edilen DNA'lara uygulanan mPCR sonucunda ise 15/150'sinde (%10) 16 adet Campylobacter spp. bulundu. Bunların 14'ü (%93,3) C. coli, 2'si (%12,5) C. jejuni olarak identifiye edildi. 127 güvercinin 11'inde (%8,66) kampilobakter tespit edilirken 10'u (%7,87) C. coli, 2'si (%1,57) C. jejuni; 22 martının 4'ünden (%18,18) kampilobakter tespit edilirken tümü C. coli olarak identifiye edildi. Örnek toplanan bölgeler açısından karşılaştırıldığında Campylobacter spp görülme sıklığı en fazla Beyazıt Meydanında (%60) daha sonra ise Küçükçekmece Sahilinde (%40) oldu. Yapılan antimikrobiyal duyarlılık testleri ve tet(O), aphA-3 ve gyrA genlerinin varlığı yönünden yapılan PCR sonucunda her 2 izolatta da gyrA genine rastlanırken tet(O) ve aphA-3 genleri saptanmadı. Bu tez çalışması, İstanbul'da yerleşik yaşayan yabani kuş popülasyonlarının termofilik kampilobakter türleri için önemli bir rezervuar olduğunu ve potansiyel halk sağlığı riski taşıdığını ortaya koydu. Ancak, elde edilen izolatların hiçbirinde antimikrobiyal direncin tespit edilmemesi, bu popülasyonlardaki kampilobakter suşlarının mevcut antibiyotiklere karşı duyarlılığını koruduğunu gösterdi. Bu bulgular, zoonotik bulaşma risklerini azaltmak ve antimikrobiyal direncin yayılımını izlemek için sürveyans programlarının önemini vurguladı.
Kafes kuşlarında enterokok izolasyonu ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi
Entrokoklar, kanatlı hayvanların sindirim sisteminde yaygın olarak bulunur ve çoklu ilaca direnç geliştirme ile virülans genleri taşıma kabiliyetleri nedeniyle hem hayvan hem de insan sağlığı için önemli bir tehdit oluşturur. Bu çalışmada, İstanbul ilinin farklı bölgelerin de bakılan kafes kuşlarından gaita örnekleri toplanarak Enterococcus izolasyon ve identifikasyonunun yapılması, elde edilen Enterococcus türlerinin fenotipik ve genotipik antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve virulans genlerinin araştırılması amaçlandı. Eylül 2024 – Aralık 2025 tarihleri arasında kafes kuşlarında toplam 100 gaita örneği toplandı. Örnekler İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na soğuk zincirde ulaştırıldı. Kültürü yapılan 100 gaita örneğinin 66'sında üreme görüldü ve toplamda 71 izolat elde edildi. İzolatların 43'ünün E. faecalis, 17 sinin E. faecium, 6'sının E. gallinarum ve 5 izolatın E. hirae olduğu belirlendi. Fenotipik olarak ampisilin, vankomisin, teikoplanin, kloramfenikol, siprofloksasin, eritromisin, enrofloksasin, tilosin, linkomisin/spektinomid, tetrasiklin, streptomisin, gentamisin, kanamisin ve klindamisine karşı sırasıyla %5,63, %18,31, %23,94, %29,58, %33,80, %39,44, %49,30, %50,70, %57,75, %67,61, %78,87, %78,87, %92,96 ve %92,96 oranında antibiyotik direnci belirlendi. Bu izolatların 69'unda çoklu antibiyotik direnci belirlendi. İzolatlarda %4 oranında vanB antibiyotik direnç geni belirlenirken, vanA, vanC1, vanC2/3 ve vanD genlerini taşımadığı saptandı. Makrolid genlerinden ermA %4, ermB %25 oranında ve tetrasiklin genlerinden tetM %23, tetL %27 oranında belirlendi. Virülans genlerinden gelE %78,9, ace %60,5 ve hyl %21,1 oranında pozitiflik gösterirken, esp, agg ve cylA genleri açısından negatif oldukları belirlendi. Sonuç olarak, İstanbul'daki kafes kuşlarının çoklu ilaca dirençli Entrokoklar bakterileri için önemli bir rezervuar olduğunu, zoonotik risk taşıdığını ve bölgedeki antibiyotik direncinin izlenmesi ile önleyici stratejilerin geliştirilmesi gerektiği kanısına varıldı.
Klinik ve subklinik mastitiste staphylococcus aureus' un kültürel ve moleküler teşhisi ve izolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Çalışmada materyal olarak Balıkesir İlindeki bir süt işletmesinin 4 farklı sürüsünde bulunan toplam 305 adet sağmal inek, klinik olarak muayene edilmiştir. Hayvanların her meme lobundan ayrı olarak alınan toplam 1.220 adet süt örneği, California mastitis testiyle (CMT) test edilmiştir. CMT sonucunda 1, 2 ve 3 olarak skorlanan hayvanların ilgili meme loblarından laboratuvar alanalizleri için süt örnekleri alınmıştır. 107 (%8.77) adet örnek pozitif olarak değerlendirilmiştir. CMT pozitif 107 örnek, 100 adet hayvandan alınmıştır. CMT pozitif tüm örnekler, somatik hücre sayısı bakımından da analiz edilmiştir. Mastitis enfeksiyonu şüpheli sütler için somatik hücre sayımları (SHS) Bentley FTS/FCM Combi 400 Cihazı kullanılarak gerçekleştirildi. 200.000 hücre/mL'ye eşit veya daha yüksek sayımlar, yaygın olarak subklinik mastitisli hayvanların bir göstergesi olarak kabul edilmektedir.. CMT pozitif sonuç veren toplam 107 adet süt örneği izolasyon amaçlı kullanılmıştır. Örnekler %7 koyun kanlı agara inoküle edilerek, 37℃'de ve arerobik koşullarda 1-3 gün inkübe edilmiştir. Aynı zamanda şüpheli örneklerden mannitol salt agar (MSA), Saboraud dextrose agar'a (SDA) ekimler yapıldı. MSA ve MacConkey agar'lar 37℃'de ve aerobik koşullarda 1-3 gün inkübe edilmiştir. SDA'a ekimler iki seri olarak yapılıp, bir seri 25℃'de diğer seri ise 37℃'de 7 gün inkübe edilmiştir. İnkübasyonu takiben kanlı agarda üreyen koloniler öncelikle makroskobik ve mikroskopik morfolojileri yönünden incelenmiştir. Gram pozitif koklar konvansiyonel testlerle identifiye edilmiştir. Bu amaçla katalaz, koagülaz, çeşitli karbonhidrat fermantasyon testleri, eskulin, indol, metil red, üre ve sitrat testleri gerçekleştirilmiştir. MSA ve MacConkey agara yapılan ekimlerde koloni morfolojisi dikkate alınmıştır. 107 süt numunesinden toplam 156 izolat elde edilmiştir. Miks olarak izole edilen izolat sayısı 83 (%53.20), saf kültür olarak izole edilen etken sayısı ise 73 (%46.79) olarak bulunmuştur. S. aureus dışında izole edilen türler Streptococus spp., E. coli, Bacillus spp. ve maya olarak identifiye edilmiştir. İzolatların Staphylococcus spp. olarak identifikasyonlarının doğrulanması amacıyla konvansiyonel PCR çalışması yapılmıştır. Bu amaçla cins spesifik primerler (756 bp) kullanılmıştır. Çalışmada kullanılan izolatların fenotipik olarak identifikasyonları sonucunda Staphyloccoccus spp. şüpheli izolatların tümü %100'ü S. aureus olarak identifiye edilmiştir. Tüm izolatların Staphylococcus spp. 16S rRNA (geni (756 bp) içerdiğinin belirlenmesiyle identifikasyon doğrulanmıştır. İzole edilen toplam 24 adet S. aures suşu brain heart infusion brothta (BHIB) (1.10493.0500, Merck) üretilip (McFarland No:0.5), Mueller-Hinton agar (MHA)'da (1.05437.0500, Merck) antibiyogram testi yapılmıştır. Test, Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemine göre yapılmıştır (Bauer ve vd., 1966). Teste sefoperazon (75 μg, Oxoid), amoksisilin/klavulanik asit (20/10 μg, Oxoid), oksitetrasiklin (30 μg, Oxoid), penisilin G (10 μg, Oxoid), sulphametaxazole/trimethoprim (25 μg, Oxoid), enrofloksasin (5 µg, Oxoid), vankomisin (30 μg, Oxoid), gentamisin (10 µg, Oxoid), eritromisin (15 µg, Oxoid) ve sefalothin (30 µg, Oxoid) kullanılmıştır (CLSI, 2017). İzolatların antibiyotik duyarlılık testi sonucunda oluşan zon çapları CLSI (2019)'a uygun olarak değerlendirilmiştir. İzolatlar arasında, en yüksek direnç %80.76 (n=21) ile penisilin G'ye karşı olduğu, daha sonra sırası ile %73.07 (n=19) eritromisin, %65.38 (n=17) gentamisin, %46.15 (n=12) enrofloksasin ve %42.30 oksitetrasiklin (n=11) olarak belirlenmiştir. İzolatların en duyarlı olduğu antibiyotik %69.23 ile (n=18) sefoperazon olarak belirlenmiştir. Bunu sırasıyla %65.38 ile (n=17) sefalotin, %61.53 ile (n=16) amoksisilin/klavulanik asit, %53.84 ile (n=14) vankomisin ve trimetoprim/sulfametoksazol olarak belirlenmiştir. Çalışmada izole edilen 26 S. aureus suşunun 4 tanesinin (%15.38) çoklu antibiyotik direncine sahip olduğu tespit edilmiştir. Üç tane izolatın 3 farklı antibiyotik sınıfına, 1 izolatın ise 4 farklı antibiyotiğe dirençli olduğu belirlenmiştir. Toplam 22 izolatın ise çoklu antibiyotik direncine sahip olmadığı saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Sığır, mastitis, patojen, izolasyon, identifikasyon.
Balıkesir ilinde sığır, koyun ve keçilerde akabane virus (AKAV) enfeksiyonunun serolojik olarak araştırılması
Akabane virüsü, ruminantlarda ciddi konjenital anomalilere neden olan, Culicoides türü tatarcıklarla taşınan önemli bir arbovirustur. Viral etken, Bunyavirales takımında, Peribunyaviridae familyasında sınıflandırılmaktadır. Genetik açıdan Orthobunyavirus genusu ve Simbu serogrubunun bir üyesidir. Türkiye'de virüsün varlığı çeşitli yıllarda ortaya konmuş olup dönemsel vektör aktivitesiyle bağlantılı olarak enfeksiyon riskinin arttığı bilinmektedir. Balıkesir ili, uygun coğrafyası ve ılıman iklim koşullarına sahip olması nedeniyle vektör popülasyonlarının gelişimi için oldukça elverişlidir. Bu çalışma kapsamında il genelinde sığır, koyun ve keçilerde Akabane virüsüne yönelik serolojik taramalar yapılmış ve virüsün bölgedeki dolaşım düzeyi değerlendirilmiştir. Analizler sonucunda sığırların %8.93'ünde (15/168), koyunların %10.14'ünde (15/148) ve keçilerin %5.77'sinde (3/52) antikor pozitifliği belirlenmiştir. Akabane enfeksiyonu erişkin hayvanlarda subklinik seyretmekle birlikte, gebelik döneminde enfeksiyonun meydana gelmesi fetusta arthrogripozis-hidranensefali ve düşük yaşama gücü gibi ağır anomalilerle sonuçlanabilmektedir. Enfeksiyonun gebeliğin erken dönemlerinde ortaya çıkması ise çoğunlukla abort ile neticelenmektedir. Elde edilen bulgular, Balıkesir'in ekolojik özellikleri göz önünde bulundurulduğunda Akabane virüsünün bölgede dolaşımını sürdürebileceğini ortaya koymaktadır. Bu durum düzenli serolojik takip çalışmalarının devam ettirilmesini, vektör kontrol stratejilerinin güçlendirilmesini ve riskli dönemlerde aşılama programlarının değerlendirilmesini gerektirmektedir. Seroprevalansın izlenmesi, olası konjenital enfeksiyonların önlenmesi ve ekonomik kayıpların azaltılması açısından büyük önem taşımaktadır.
İnsan ve hayvan kaynaklı mycobacterium bovis suşlarının spoligotiplendirme ve MIRU-VNTR yöntemleri ile epidemiyolojik analizinin yapılması
Zoonotik tüberküloz, çoğunlukla M. bovis'in neden olduğu bir TB şeklidir. Sığır tüberkülozu etkeni M. bovis'in başta sığırlar olmak üzere diğer evcil hayvanlarda ve vahşi yaşamdaki varlığı; insanlara bulaşması ile insanlarda da hastalık oluşturması olasılığını artırmaktadır. Pastörize edilmemiş süt tüketimi, M. bovis'in en önemli bulaş kaynağıdır. Hasta hayvanlardan çıkan infeksiyöz aerosollerin inhalasyonu veya hasta hayvanlar ile direk temas ile bulaş gözlenmektedir. Hasta olan sığırlar tüm vücut sıvıları ile etkeni bulaştırabilirler. Az pişmiş et ürünlerini tüketen bireylerin yanı sıra enfekte sığırlarla yakın etkileşime giren kişilerde de zoonotik TB'ye yakalanma riski daha yüksektir. İnsandan insana bulaş, özelikle bağışıklık sistemi baskılanmış kişiler arasında bildirilmiştir ve çok nadirdir. Sığırlara TB enfeksiyonunun bulaşmasında insanlar da M. bovis kaynağı olarak davranabilir. Ülkemizde insan ve hayvanlardan M. bovis'in moleküler genotiplendirilmesine ilişkin çok az bilgi edinilmektedir. Bu çalışmada; toplam 108 M. bovis izolatı (50 hayvan, 58 insan) spoligotiplendirme ve 24 lokus MIRU-VNTR yöntemi ile analiz edildi. Spoligotiplendirme çalışmaları sonucunda, iki insan kaynaklı izolat tüm spacer'ları pozitif olduğu için; birer insan ve hayvan kaynaklı izolatta hiç spacer gözlenmediğinden dendogram oluşturulurken değerlendirme dışı bırakıldı. Sığır kaynaklı 49 izolat ile insan kaynaklı 55 izolat olmak üzere 104 izolat birlikte değerlendirildiğinde 8 farklı küme ve 30 farklı genotip gözlendi. Spoligotiplendirme ile hayvan ve insan kaynaklı izolatlarda görülen SIT1118/SB0989 (%19,23) en çok görülen genotipti. Elde edilen genotipler içerisinde insan ve hayvan izolatlarında, SIT482/SB0120 paternini gösteren M. bovis aşı suşu genotipi %16,35 oranında gözlendi. SIT685/SB0288 (%12,5) genotipi, hayvan ve insan kaynaklı izolatlarda saptanan bir diğer genotipti. Sadece hayvan kaynaklı izolatlarda (%12,5) görülen SB1593 ise insan kaynaklı izolatlarda saptanmadı. SIT3529/SB0920, SB2466, SIT1185/SB0897, SB0419, SIT3710/SB1595, SB1231, SIT688/SB0129, SIT3687/SB1625 ve SB2510 bu çalışmada gözlenen diğer genotiplerdi. 24 lokus MIRU-VNTR çalışmaları için yedi insan kaynaklı ve altı hayvan kaynaklı izolatta PCR çalışmalarında amplikon elde edilemedi ve MIRU-VNTR testi yapılamadı. Amplikon elde edilmeyen izolatlar dendogram oluşturulurken değerlendirme dışı bırakıldı. İnsan kaynaklı 51 izolat ve sığır kaynaklı 44 izolat olmak üzere 95 izolat birlikte 24 lokus MIRU-VNTR ile genotiplendirildi ve 9 farklı küme ve 55 farklı genotip gözlendi. 24 lokus MIRU-VNTR'nin sipoligotiplendirmeye göre ayrım gücünün daha yüksek olduğu görüldü. Bu çalışmada izolatların genotipik dağılımları incelendiğinde ülkemizde insan ve hayvan izolatları arasında benzer genotipler olduğu tespit edildi. Anahtar Sözcükler: Epidemiyoloji, Genotiplendirme, MIRU-VNTR, Mycobacterium bovis, Spoligotiplendirme.
Sığır tüberküloz ve paratüberküloz enfeksiyonlarının antemortem tanı yöntemleriyle ayrımı
Bu tez çalışmasında, Tüberküloz şüpheli işletmelerde bulunan hayvanlara, Sığır Tüberkülozunun antemortem tanı ve ayrımında kullanılan tüberkülin deri testleri (PPD bovine ve avian) sonuçlarından yola çıkılarak, Paratüberküloz enfeksiyonu teşhisi koymak için serolojik olarak incelendi ve fekal bakteriyoskopi yapıldı. Ayrıca Türkiye'de endemik olarak görülen Sığır Tüberküloz hastalığının antemortem tanı yöntemleri karşılaştırılıp, gama interferon testinin sensitivite ve spesifite değerleri belirlenerek Sığır Tüberküloz hastalığının eradikasyon çalışmalarına katkı sağlayacak verilerin elde edilmesi amaçlandı. Bu kapsamda;, Çankırı/Çerkeş ilçesinden 1, Çorum/Merkez ilçesinden 1, Ankara/Sincan ilçesinden 1, Eskişehir/Odunpazarı ilçesinden 1 ve Konya/Ereğli ilçesinden 1 işletme olmak üzere Tüberküloz şüpheli toplam 5 süt sığır işletmesinde bulunan 423 adet sığıra intradermal tüberkülin testi uygulandı ve bu test altın standart metot olarak belirlenerek, IFN-γ testinin sensitivitesi % 86, spesifitesi % 97 olarak belirlendi. Paratüberküloz enfeksiyonunun tanısı için bu hayvanlara antikor ELISA , fekal bakteriyoskopi ve IFN-γ ELISA yapıldı ve bu testlerin prevalansları sırasıyla % 10,4, % 5,44 ve % 4,96 bulundu ve sığırlardan 4 (%0,95)'ü Map enfeksiyonu tanı yöntemlerinin her birine pozitif sonuç verdi. Ayrıca intradermal PPD aviana pozitif reaksiyon veren 14 sığır PTB enfeksiyonu yönünden şüpheli kabul edildi ve bu sığırlardan 5 (%35,71)'i antikor ELISA'da, 6 (%42,86)'sı fekal bakteriyoskopide, 3 (%21,43)'ü IFN-γ ELISA'da PTB enfeksiyonu yönünden pozitif sonuç verirken, 2 sığırın (%14,29) tüm test sonuçlarında pozitiflik görüldü. Sonuç olarak; Sığır Tüberkülozu antemortem tanısında, intradermal tüberkülin test sonuçlarına benzer sonuçlar veren IFN-γ testininde kullanılabileceği ve Tüberküloz şüpheli sürülerde her iki testin birlikte yapılması çok daha fazla Tüberküloz enfekte hayvanı tespit edelebileceği ancak saha taramalarında kullanımının sınırlı olacağı kanısına varıldı. Tüberküloz enfeksiyonunun tanısı için yapılan karşılaştırmalı intradermal tüberkülin testinde PPD aviana pozitif reaksiyon veren hayvanların Paratüberküloz tanısı için kullanılan diğer testlerle desteklenerek nonspesifik reaksiyonların ortaya çıkarılmasında ya da PTB enfekte hayvanların tespit edilmesinde belirleyici rol oynadığı görüldü. Anahtar Sözcükler: ELISA, Gama-İnterferon, Mycobacterium bovis, Paratüberküloz, Sığır
Clostridium tetani toksoidine karşı tavuk yumurtasından immunoglobulin-Y (IgY) üretimi, saflaştırılması ve serolojik olarak spesifikliğinin belirlenmesi
Tetanoz, Clostridium tetani tarafından üretilen tetanospazmin (TeNT) nörotoksininin neden olduğu, insanlar ve birçok hayvan türü için yaşamı tehdit eden bakteriyel bir hastalıktır. Hastalığın teşhisi ve tedavisinde farede üretilen, kullanımının homojenlik ve özgüllük gibi çeşitli avantajları olan monoklonal antikorlar kullanır. Buna karşılık, poliklonal antikorların, özellikle kümes hayvanlarından ekstrakte edilen IgY'nin dikkate değer bir özelliği, memeli (IgG) antikorlarından daha fazla miktarda elde edilmesidir. Bu tez çalışmasında, Geçit Kuşağı Tarımsal Araştırma Enstitüsü bünyesinde 2015 yılından beri ıslah çalışmaları yürütülen ve 2020 yılında T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı tarafından ırk tescili yapılan 'Anadolu-T' ırkı etçi tavukların saf hatları kullanılmıştır. Tesadüfi olarak seçilen 22 haftalık yaştaki tavuklar, C. tetani toksoidi + adjuvant (FCA/FIA) ile göğüs kasından enjeksiyon yolu ile immunize edildi ve 4 hafta aralıklarla iki hatırlatma enjeksiyonu yapılarak immunizasyon işlemi tamamlandı. Aşılama öncesinde ve 14 gün sonrasında aşılanan hayvanların kanat venlerinden kan alındı ve total antikor titreleri ELISA yöntemi ile ölçüldü. Son bağışıklamadan 14 gün sonra alınan kan örneklerinin serumlarında total antikor titreleri en yüksek seviyeye ulaştığı görüldü. İmmunize edilen ve edilmeyen tavukların yumurtalarından non-invaziv şekilde PEG (6000) ekstraksiyon protokolü kullanılarak IgY antikorları izole edildi. Saflaştırılmış anti-C. tetani IgY antikorlarının moleküler ağırlığı SDS-PAGE analizi ile belirlenerek jel üzerinde uygun ve beklenen konumda görüntülendi. Ardından western blot analizi sonucunda elde edilen görüntüler, izole edilen IgY antikorlarının varlığını doğruladı. Varlığı doğrulanan IgY antikorların anti-C. tetani IgY olduklarını ispatlayabilmek için agar jel immunodifüzyon (AGID) ve çabuk lam aglütinasyon testi yapıldı. AGID test sonucunda izole edilen C. tetani spesifik IgY'ler ile tetanoz toksoidi arasında oluşan presipitat görüntüsü ve çabuk lam aglütinasyon testinde tipik kümeleşmelerin oluşumu, elde edilen yumurta sarısı antikorlarının C. tetani toksoidine spesifik olarak üretildiğini serolojik olarak belirlemiş oldu.
Kanatlı orijinli Salmonella infantis suşlarında CRISPR analizi
Salmonella enfeksiyonları dünyada yaygın olup gıda kaynaklı enfeksiyonlar arasında ilk sıralarda yer almaktadır. Bu nedenle hızlı ve doğru teşhisi önem kazanmaktadır. Bu tez çalışması ile Salmonella Infantis suşlarının CRISPR bölge analizinin yapılıp coğrafi ve yetiştirme tipine göre farklılıkların ortaya konularak bu dizilerin tiplendirmede kullanılabilirliği ile ilgili bilgi sağlamak amaçlanmıştır. Çalışma için Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kültür Koleksiyonu'nda bulunan Marmara, Ege ve Doğu Karadeniz bölgesindeki işletmelerden 2018-2020 yıllarında izole ve identifiye edilmiş 60 adet broiler, 30 adet yumurtacı, 10 adet hindi kaynaklı olmak üzere toplamda 100 adet Salmonella Infantis suşu kullanıldı. Uygun primerler kullanılarak CRISPR dizileri PCR ile çoğaltılıp bant elde edilen suşlar dizi analizine gönderildi. CRISPR bölge analizi, NCBI-Blast ve CRISPRCasFinder veritabanları kullanılarak gerçekleştirildi. CRISPRCasFinder programına CRISPR1 ve CRISPR2 gen bölgelerinin analizi için yüklenen dizilerden 17 adet CRISPR1 ve 12 adet CRISPR2 bölgesi tespit edildi. Broiler izolatlara ait CRISPR1 gen bölgesinde 118 aralık dizisi, yumurtacı izolatlara ait CRISPR1 gen bölgesinde 44 aralık dizisi mevcut olup toplamda bu tez çalışmasında CRISPR1'de 162 aralık tespit edildi. CRISPR2 gen bölgesinde ise broiler izolatlarda toplamda 43, yumurtacı izolatlarda ise 27 olmak üzere toplam 70 adet aralık dizisi belirlendi. CRISPR dizileri orantısal olarak karşılaştırıldığında broilerlerde CRISPR1 bulunma oranı %21,6, yumurtacılarda ise CRISPR1 %13,3 iken broilerlerde CRISPR2 bulunma oranı ise %11,6 oranında bulunurken yumurtacı izolatlarda %16,6 oranında bulundu. Hindi suşlarında CRISPR dizisi saptanamadı. Çoğu CRISPR1 gen bölgelerinde korunmuş tekrar dizisi 5'-CGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC-3' olarak 29 bp uzunluğunda belirlendi. CRISPR1 içeren 6 suştae tek nükleotid farklılığı mevcut olduğu saptandı. CRISPR2 de ise korunmuş tekrar dizisi 5'-CGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC-3' içeren tek izolat olup diğerleri 23 ile 31 bp arasında değişti. Yapılan bu tez çalışmasında faj ve plazmid ile uyumlu çok sayıda aralık dizisi tespit edildi. Bu çalışma sonucunda elde edilen veriler ışığında S. Infantis CRISPR dizilerinde görülen polimorfizmlerin değerlendirilerek tiplendirme çalışmalarında kullanılabileceği ayrıca aralık dizisi analiz sonuçlarına göre bakterilerin maruz kaldıkları faj, plazmid ve diğer genetik elementler hakkında bilgi sahibi olunabileceği görülmüştür. S. Infantis izolatların CRISPR bölgelerinin daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla farklı coğrafik bölgelerden ve farklı yetiştirme tipine dayalı daha fazla örnekle çeşitliliğe devam edilerek izlenmesi yararlı olacaktır. Ayrıca Salmonella CRISPR dizilerinin Cas genleriyle birlikte değerlendirilmesi daha iyi anlaşılabilmesini sağlayacaktır. Anahtar Sözcükler: CRISPR, Kanatlı, Moleküler Tiplendirme, PCR, Salmonella Infantis
Türkiye'de etçi piliçlerden izole edilen Fowl Aviadenovirusların moleküler epidemiyolojisin belirlenmesi
Fowl Aviadenovirus'lar (FAdV), kanatlı hayvanları etkileyen adenoviruslar içerisinde bulunan ve etçi piliç yetiştiriciliğinde önemli ekonomik kayıplara neden olan viral etkenlerdir. Vertikal ve horizontal olarak bulaşabilmeleri nedeniyle damızlık ve etçi piliç kümeslerinde FAdV kökenli hastalıkların kontrol altına alınmasında etkenlerin epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi oldukça önemlidir. FAdV'ler etçi piliçlerde %80'lere kadar ulaşabilen değişen mortalitelerde İnklüzyon Cisimcikli Hepatitis (IBH), Hepatitis Hidroperikardiyum Sendrom (HHS) ve Adenoviral Taşlık Erozyonu (AGE) hastalıklarına neden olmaktadır. FAdV'ler çoğunlukla genç yaştaki etçi piliçleri etkilemektedir. FAdV'lerin farklı coğrafik bölgelerde farklı genotiplerinin baskın olması nedeniyle koruma-kontrol programlarında genotip hedefli çalışmaların sürdürülmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasında, Türkiye'de etçi piliç yetiştiriciliğinin yoğun olduğu bölgelerde dolaşımda olan FAdV saha serotiplerin belirlenerek baskın genotiplerin ve moleküler epidemiyolojilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, damızlık aşı durumları, yaş ve bulaşma yolları gibi epidemiyolojik olarak önem arz eden parametreler göz önünde bulundurularak örneklemeler yapılmıştır. Karaciğer ve kloakal sıvap örneklerinden elde edilen viral DNA'lar, PCR yöntemi ile hekzon loop-1 gen bölgesini hedef alan primerler kullanılarak FAdV teşhisi sağlanmıştır. Aşısız kümeslerin (20/40) %50'si aşılı kümeslerin ise (4/40) %10'u, toplamda ise iki yetiştirme döneminde kümeslerin %30'unun FAdV pozitif olduğu görülmüştür. FAdV yönünden pozitif çıkan kümeslerde dolaşımda olan serotiplerin belirlenmesi amacıyla hekzon geni dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Dizi analizi sonucunda hem karaciğer hem de kloakal sıvaplardan teşhis edilen FAdV'lerin hepsinin FAdV-8b serotipi ile benzediği görülmüştür. Ayrıca saptanan tüm FAdV-8b'lerin kendi aralarında %100 homolojiye sahip olduğu belirlenmiştir. Damızlık aşı durumuna göre seçilen kümeslerin aşısız damızlıklardan elde edilen yavru hatlarında, aşılı kümeslere göre FAdV teşhisinin 5 kat fazla olduğu görülmüştür. Elde edilen hekzon loop-1 gen bölgesi dizileri GenBank veri bankasına girilerek erişim numaraları alınmıştır. Hekzon loop-1 gen bölgesinin Türkiye ve dünyadan çeşitli hekzon gen bölgesi dizileri ile filogenetik analizi gerçekleştirilmiş ve Endonezya (%100) ile Türkiye'den (%96,72-%96,48) daha önce bildirilen FAdV-8b serotipleri ile ile yüksek homoloji gösterdiği tespit edilmiştir. FAdV-8b'lerin filogenetik bağlantıların daha iyi anlaşılabilmesi ve moleküler epidemiyolojisi hakkında daha derin bilgilere sahip olmak amacıyla pozitif örnekler içerisinden rastgele bir tane seçilerek tüm genom dizileme analizi gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak 45.995 bç uzunluğunda bir consensus genom elde edilmiştir. Türkiye'den ilk defa bu tez çalışmasından elde edilen bir FAdV tüm genom dizisinin SUB14015087 erişim kodu ile GenBank veri bankasına girişi gerçekleştirilmiştir. Tüm genom dizilemesi sonucunda elde edilen consensus genom FAdV'lerin genetik yapısının daha iyi anlaşılabilmesi için geniş bir veri çıktısı sunmuştur. Sonuç olarak bu tez çalışması, moleküler yöntemlerle elde edilen verilerin çeşitli filogenetik analizlerle incelenerek FAdV'lerin epidemiyolojisi hakkında geniş çaplı bilgilere ulaşılmasını sağlamıştır. Ayrıca, elde edilen hekzon gen bölgesi dizileri ile tüm genom dizilerinin GenBank veri tabanına girişlerinin yapılması, gelecekte yapılacak çalışmalara kaynak oluşturacak önemli bir adımdır. Bu tez çalışması, FAdV kaynaklı hastalıkların korunma ve kontrol çalışmalarının düzenlenmesinde kullanılabilecek değerli moleküler epidemiyolojik bilgiler sunarak, ekonomik kayıpların önüne geçilebilmesi ve koruma kontrol çalışmalarının etkin bir şekilde yürütülebilmesi için FAdV'lerin moleküler epidemiyolojisinin anlaşılmasının önemine vurgu yapmaktadır.
Listeria ivanovii'nin sahada hızlı tanısına yönelik LAMP tekniği geliştirilmesi
L. ivanovii, ruminantlarda abort, ölü doğum ve neonatal septisemiye neden olan önemli bakteriyel patojenlerden biridir. L. ivanovii, bir sürü içerisinde hızlı bir şekilde yayılabilir. Sürü içerisinde daha fazla sayıda duyarlı hayvanın infekte olmaması için etkenin hızlı tanısı önemlidir. Tez çalışmasında, L. ivanovii'nin saha şartlarında hızlı ve duyarlı tanısına olanak sağlayan bir LAMP yöntemi geliştirilmesi amaçlanmıştır. Tez çalışmasında öncelikle L. ivanovii hemD genine spesifik 6 adet LAMP primeri tasarlanmıştır. Geliştirilen LAMP tekniğinin spesifitesinin ve sensitivitesinin değerlendirilmesi için çalışmalar yapılmış ve tekniğin sensitivitesi, aynı örneklerle, aynı geni hedef alarak gerçekleştirilen gerçek zamanlı PCR ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Spesifite çalışmaları sonucunda, LAMP tekniğinin sadece L. ivanovii suşlarına ait DNA'lar ile pozitif sonuç verdiği tespit edilmiştir. Sensitivite çalışmalarında, LAMP tekniğinin ilk uygulaması, LAMP kitinin kullanım kılavuzunda belirtildiği şekilde gerçekleştirilmiş ve LAMP tekniği, gerçek zamanlı PCR tekniğine göre daha düşük duyarlılık göstermiştir. Bu nedenle, bir optimizasyon çalışması yapılmış ve LAMP tekniği için optimal reaksiyon koşulları belirlenmiştir. Optimal LAMP tekniğinin, bakteri sulandırmalarında ve yapay kontamine fötal karaciğer, kotiledon ve fötal mide içeriği örneklerinde ekstraksiyona giren hedef bakteri sayısı yönünden saptama limitleri, sırasıyla, 25 x 102 kob/25 μl, 25 x 103 kob/25 mg, 25 x 102 kob/25 mg ve 25 x 102 kob/25 mg olarak ve reaksiyona giren hedef bakteri sayısı yönünden saptama limitleri, sırasıyla, 37,5 kob/3 μL, 375 kob/3 μL, 37,5 kob/3 μL ve 37,5 kob/3 μL olarak tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, tekniğin duyarlılığının ekstraksiyona giren hedef bakteri sayısı yönünden gerçek zamanlı PCR tekniği ile benzer olduğunu, reaksiyona giren hedef bakteri sayısı yönünden ise LAMP tekniğinin daha duyarlı olduğunu ortaya koymuştur. Kolorimetrik bir LAMP kiti kullanılarak optimizasyon sonrasında tekniğin validasyonu yapılmış ve oluşan amplifikasyon ürünleri çıplak gözle değerlendirilmiştir. Böylece, geliştirilen LAMP tekniğinin sahada uygulanabilirliği ortaya koyulmuştur. Ayrıca, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Rutin Teşhis Laboratuvarı'na gönderilen 50 adet saha numunesi ile tekniğin validasyon çalışması yapılmış ve bu örneklerin 2'sinde L. ivanovii saptanmıştır. Sonuç olarak, tez çalışmasında L. ivanovii'nin sahada tanısı için spesifik ve duyarlı bir LAMP tekniği geliştirilmiştir. Literatür incelemelerinde, Veteriner Mikrobiyoloji alanında ilk kez, genel literatürde ikinci kez L. ivanovii'nin saptanması için geliştirilmiş bir LAMP tekniği olduğu görülmüştür. Bu nedenle, sunulan tez çalışmasının literatüre katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Kolibasillozisli broylerlerden aşılama öncesi ve sonrasında elde edilen kanatlı patojenik Escherichia coli izolatlarının filogenetik karakterizasyonunun incelenmesi
Amaç: Ticari zayıflatılmış canlı Escherichia coli aşısı ile aşılanan broiler sürülerinden elde edilen kanatlı patojenik E. coli (APEC) izolatlarının filogenetik gruplarındaki değişiklikleri, aşının filogenetik çeşitlilik üzerindeki etkilerini ve broylerlerin yaşamlarının erken ve geç dönemlerinde elde edilen APEC izolatlarının antibiyotik direnç profillerini karşılaştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmanın materyalini, 2022 yılı boyunca 15 çiftlikten, aşılama öncesinde 180 ve aşılama sonrasında 180 olmak üzere, toplam 360 E. coli izolatı oluşturdu. Bakteriyel identifikasyon ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize mikrobiyoloji sisteminde (BD Phoenix 100™) ve Gram-negatif identifikasyon kartı (NMIC/ID-433) kullanılarak yapıldı. İzolatların filogenetik gruplandırması chuA, yjaA, TspE4.C2 ve arpA genlerini hedef alan Clermont multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemine göre yapıldı. Filogenetik grupların aşılama öncesi ve sonrası dağılımı Ki-kare (χ2) testi ile istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Aşılama öncesinde, izolatlar sırasıyla B1 (%22,8), F (%21,7), E (%21,1), C (%12,2) ve D (%8,9) gruplarında yoğunlaşmıştır. Aşılama sonrasında ise grup A (%56,7) ve B1 (%27,2) grupları baskın hale gelirken; C, D ve B2 gruplarının tamamen kaybolduğu gözlemlenmiştir. Broylerlerin yaşamlarının erken döneminde, tetrasiklin ve penisilin grubu antibiyotiklere karşı yüksek direnç oranları tespit edilirken, geç dönemlerinde tetrasiklin, penisilin, kinolon ve folat grubu antibiyotiklere karşı direnç oranlarında belirgin bir artış gözlemlenmiştir. Sonuç: Broylerlere uygulanan ticari canlı zayıflatılmış E. coli aşının filogenetik grupların dağılımında dikkate değer değişikliklere neden olduğu, özellikle filogrup B1 hariç tüm filogruplarda önemli etkiye sahip olduğu belirlendi. İzolatların yaygın kullanılan antibiyotiklere karşı yüksek direnç oranlarına sahip olduğunu, ancak klinik açıdan kritik öneme sahip kolistin gibi antibiyotiklere karşı düşük direnç seviyeleri saptandı. Anahtar kelimeler: İlaç Direnci, Kanatlı Hayvan, Aşı, Escherichia coli, Filogeni.
Hindilerden izole edilen lactobacillus türlerinin probiyotik özelliklerinin araştırılması
Amaç: Bu araştırmada hindi ileum içeriğinden izole edilmiş olan probiyotik bakterilerden biri olan Lactobacillus spp. türlerinin probiyotik özelliklerinin incelenmesi ve hindi gelişimine olan katkısının incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 2021 yılı Kasım ve Aralık aylarında özel bir kesimhaneden toplanan 50 adet ileum içeriği, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarına soğuk zincirde teslim edilerek, selektif besiyerlerine ekimi yapılarak inkubasyona bırakıldı. Markiewicz ve Biedrzycka (2005) 'nın çalışmalarında uyguladıkları PCR tekniğiyle, şüphelenilen kolonilerden cins ayrımı yapıldı. İzole edilen bakterilerin safra dirençliliklerini test etmek amacıyla safra tolerans testi uygulandı. pH tolerans testiyle de izolatların pH dirençlilikleri belirlendi. Kongo kırmızısı içeren MRS agara ekim yapılarak izolatların hidrofobisitelerine bakıldı. Kirby Bauer Disk Difüzyon tekniği ile de antibiyogram testi uygulanarak antibiyotik direnç mekanizmaları incelendi. Bulgular: Araştırmada kullanılan kesim yaşına yaklaşmış 50 hindiden alınan ileum içeriklerinden hazırlanan spesifik besiyerlerine yapılan ekimler sonucunda, anaerobik koşullarda 35°C'de 48 saat boyunca inkube edildikten sonra geliştirilen izolatların sadece 27'sinde bakteriyel üreme görüldü. Bu 27 örneğin 6'sında da PCR testi sonucunda cins bazında Lactobacillus acidophilus tespit edildi. Safra tolerans testinde %0,5 konsantrasyonlarındaki safrada sadece 3 izolatın %100 dirençli olduğu gözlendi. pH tolerans testinde ise pH 5'e maruz kalan izolatlardan sadece ikisinin %100 dirençli olduğu saptandı. Tüm Lactobacillus spp. izolatlarının sadece 7 tanesinin non-hidrofobik, Lactobacillus acidophilus izolatlarının ise sadece ikisinin non-hidrofobik olduğu gözlendi. Kirby Bauer Disk Difüzyon Tekniği ile yapılan antibiyogram testi sonucunda ise Lactobacillus spp. izolatlarının üç grup antibiyotiğe karşı yüksek dirençlilik gösterdiği, birine karşı ise oldukça duyarlı olduğu gözlendi. Lactobacillus acidophilus izolatlarının ise üç grup antibiyotiğe karşı oldukça dirençli olduğu; diğer dört gruba karşı ise oldukça duyarlı olduğu tespit edildi. Sonuç: Bu çalışmanın sonucunda; izolatlarda safra oranı arttıkça probiyotiklerin canlılık oranlarında azalma olduğu, pH oranı ise nötre yaklaştıkça canlılığının arttığı gözlendi. Elde edilen sonuçlar, L. acidophilus ve Lactobacillus spp. izolatlarının çoklu antibiyotik direnci gösteren suşlarının probiyotik olarak kullanılabilir özellikte olduğunu ve hindi sindirim kanalının gelişiminde önemli rol oynadığını göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus spp., probiyotik.
Hindi kökenli Enterococcus faecium, bifidobacterium ve Lactobacillus türlerinin probiyotik özelliklerinin araştırılması
Amaç: Bu çalışmada potansiyel probiyotik bakterilerden olan Lactobacillus spp., Enterococcus faecium ve Bifidobacterium spp'nin sağlıklı hindi bağırsaklarından izolasyonu ve izole edilen bakterilerin probiyotik olarak kullanılma potansiyellerinin araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmada Aydın ilinden 100 adet hindiye ait bağırsak örneği incelendi. Bağırsak mukozalarından alınan örneklerden Lactobacillus spp., Enterococcus faecium ve Bifidobacterium bakterilerinin izolasyonu amacıyla selektif besi yerlerine ekim yapıldı. Şüpheli kolonilerin identifikasyonu PCR ile yapıldı. İzole edilen bakterilerin % 0,5-1,0 safra konsantrasyonlarına direnci için Safra Tolerans Testi gerçekleştirildi. İzolatların pH 3 ve pH 5'e direnç durumları pH Tolerans Testi ile belirlendi. İzolatların hidrofobisiteleri %0,03 Kongo Kırmızılı agar kullanılarak incelendi. İzolatların antibiyotik dirençlilikleri sekiz farklı antibiyotik diski kullanılarak Kirby Bauer Disk Difüzyon Testi ile belirlendi. İzolatların patojen Escherichia coli izolatına karşı antagonistik etkilerinin araştırılmasında Radyal Difüzyon yöntemi kullanıldı. Bulgular: Örneklerden 14 adet Lactobacillus spp., 5 adet Enterococcus faecium ve 5 adet Enterococcus faecalis izole edildi fakat Bifidobacterium izole edilemedi. İzolatların tümünün %0,5-1,0 safra konsantrasyonlarına, pH 3-5'e dirençli oldukları saptandı. 14 Lactobacillus spp. izolatlarından 5 tanesinin hidrofobisite testi negatif sonuç verirken 9 tanesinin hidrofobik karakterde olduğu, 10 Enterokok izolatının 7 tanesinin hidrofobik karakterde olduğu ve çoğunluğunun E.coli'ye karşı antagonistik etki göstermediği belirlendi. Sonuç: Çalışma sonucunda izolatların çoğunluğunun hidrofobik özellikte olduğu, safra ve düşük pH'ya dirençli olduğu fakat çoğunun E.coli'ye karşı test edilen koşullarda yeterli düzeyde antagonistik etkili olmadığı belirlendi. Laktobasil ve enterokok izolatlarından çoklu antibiyotik direnci gösterenlerin varlığı belirlendi. Anahtar kelimeler: Bifidobacterium, Enterococcus faecium, Hindi, Lactobacillus spp., Probiyotik
Kanatlı patojenik Escherichia coli'lerde mobilize kolistin direnç geni-1'in araştırılması
Amaç: Bu çalışma, kanatlı patojenik Escherichia coli (APEC) izolatlarında plazmit aracılı kolistin direnci sağlayan mobilize kolistin direnç geni 1 (mcr-1) varlığının belirlenmesi ve kolistin dirençli izolatların antibiyotik direnç profillerinin incelenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, kolibasillozis şüpheli 200 broyler karaciğer örneği materyal olarak kullanıldı. E. coli izolasyonları klasik konvansiyonel yöntemler ile gerçekleştirildikten sonra identifikasyonlar ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize mikrobiyoloji sistemi (BD Phoenix 100TM, ABD) sistemi yardımı ile yapıldı. Fenotipik olarak kolistin dirençli olduğu tespit edilen izolatlarda mcr-1 gen varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile incelendi. Bulgular: İki yüz broyler karaciğer örneğinden elde edilen 156 (%78) E. coli'nin 10 (%6,4)'unun fenotipik olarak kolistin dirençli olduğu saptandı. Kolistin dirençli E. coli izolatların %80'inin levofloksasine, %70'inin sefazolin ve sefuroksime, %60'ının sefotazidime, %50'sinin gentamisin ve seftriaksona, %40'ının sefepime, %30'unun seftolozan tazobaktama, %20'sinin piperasilin tazobaktama dirençli oldukları belirlendi. Tüm izolatlar amikasin, ertapenem, imipenem, meropenem duyarlı; ampisilin, amoksisilin klavulanat, ampisilin sulbaktam, trimethoprim sulfamethoksazol ve tigesiklin dirençli olup; çoklu antibiyotik direncine (MDR) sahip idi. Fenotipik olarak kolistin dirençli oldukları tespit edilen tüm izolatların genotipik olarak da mcr-1 genini taşıdıkları tespit edildi. Sonuç: Bu bulgular, APEC izolatlarında kolistin direncinin mobilize olmasının, plazmidik direnç genlerinin hızlı yayılmasına ve geniş kapsamlı antibiyotik direncinin artmasına katkı sağladığını göstermektedir. Beşeri hekimlikte de kullanılan antibiyotiklere direnç saptanmış olması halk sağlığı için potansiyel bir tehdit oluşturabilir. Gelecekteki çalışmalar, farklı bölgelerden alınan örneklerle yapılmalı ve bu riskin daha iyi anlaşılması için geniş bir örneklem grubunu içermelidir.
Beymelek lagünü su ve balık örneklerinden izole edilen bakterilerde antibiyotik direnç genlerinin tespiti
Amaç: Bu araştırma doğal sucul ortamlardan biri olan Beymelek lagünündeki su ve balık örneklerinden izole edilen bakterilerde en sık karşılaşılan antibiyotik direnç genlerinin varlığının tespiti amacıyla yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma Antalya ili Demre ilçesi sınırlarında bulunan Beymelek lagününün beş farklı noktasından iki farklı dönemde alınan su örnekleri ve lagün deniz bağlantı noktasından elde edilen balık türleri ile gerçekleştirilmiştir. Su ve balık örneklerinden izole edilen bakteriler tanımlandıktan sonra belirlenen 16 gen için PCR işlemi uygulanmıştır. Su numunelerinin alındığı noktalarda sıcaklık, pH ve tuzluluk değerleri ölçülmüş ve elde edilen veriler doğrultusunda bakterileri türleri ve seçilen antibiyotik direnç genleri varlığı kıyaslanmıştır. Bulgular: Şubat ayında alınan su örneklerinden 16, ağustos ayı örneklerinden ise 12 bakteri suşu izole edilmiştir. Sıcaklık ve tuzluluğun artması bazı bakterilerin izole edilmesini desteklerken, toplam bakteri sayısında azalmaya neden olmuştur. Hem su örneklerinden hem de balıklardan ortak olarak izole edilen bakteri türleri Pseudomonas luteola, Pseudomonas stutzeri, Kocuria kristinae ve Kocuria rhizophila iken, su örneklerinden ortak olarak izole edilen bakteriler Micrococcus luteus ve Kocuria rhizophila olmuştur. 38 bakteri suşunda bakılan 16 antibiyotik direnç geninden yalnızca intI1, blaTEM, ermB, sul1, sul2 ve tetW genleri izole edilmiştir. Sonuç: Bu çalışmada çevre kökenli bakterilerde antibiyotik direnç geni varlığı teyit edilmiştir.
İshalli sığırlarda eschericiıa fergusonii varlığının ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Araştırmamızda E. fergusonii etkenlerinin, yetiştiriciliği yapılan sığır populasyonlarında fenotipik ve genotipik olarak belirlenmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Araştırma materyalini oluşturan hayvanlar sığır yetiştiriciliği yapılan çiftliklerden temin edilmiş, toplam 100 adet ishal şikayeti olan hayvandan rektal svap alınmıştır. Alınan svaplar, soğuk zincirde vakit kaybetmeden Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalına getirildikten sonra 5 ml Tryptic Soy Broth (TSB) içeren tüplerde 37°C'de 24 saat inkube edilmiştir. TSB'de yapılan ön inkubasyondan sonra her bir sıvı besiyerinden bir öze dolusu süspansiyon alınarak % 4 adonitol ilaveli Simmon Citrate Agara ekimi yapılmış, 37°C'de 24 saat inkube edilmiştir. Üreme gözlenen kolonilerden adonitol pozitif olan koyu sarı ve turuncu koloniler seçilerek Sorbitol-MacConkey agara ekim yapılmıştır. 37°C'de 24 saat inkube edilen SMAC agarda sorbitol fermente etmeyen şeffaf Gram negatif küçük kokobasil koloniler seçilerek saflaştırıldıktan sonra biyokimyasal özeliklerinin belirlenmesi için API 20E test kiti ile değerlendirilmiştir. API testi sonucunda toplam 49 adet E. coli izole ve identifiye edilmiştir. API 20E identifikasyon testleri sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni olan E. coli uidA ile moleküler olarak doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan moleküler identifikasyon sonucunda, çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu suşların da uidA geni taşıdığı tespit edilmiştir. API 20E identifikasyon testleri sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni olan E. coli uidA ile moleküler olarak doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan moleküler identifikasyon sonucunda, çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu suşların da uidA geni taşıdığı tespit edilmiştir. Antibiyogram testi sonucunda Saha suşlarına karşı kullanılabilecek etkili antibiyotikler olarak Amoksisilin-Klavulanik Oksitetrasiklin, Florfenikol ve Sefaperazon belirlenmiştir.
Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen candıda türlerinin moleküler tanısı
Sığır mastitisi, süt endüstrisinin ekonomik açıdan önemli ve Candida cinsine ait mayaların etiyolojik etkenler olarak katılabileceği en yaygın hastalıklardan birisi olarak bilinmektedir. Bu çalışmada, subklinik mastitisli sığır sütlerinden Candida türlerinin izolasyonu, izolatların geleneksel yöntem, kromojenik agar ve sekans analizi kullanılarak identifikasyonlarının yapılması amaçlandı. Çalışmanın materyalini 20 süt sığırcılığı işletmesindeki 280 subklinik mastitisli ineğe ait 400 süt örneği oluşturdu. Süt örneklerinden %24,0 (96/400) oranında Candida spp. izole edildi. Geleneksel yöntem ile izolatların %16,7 (16/96)'si Candida albicans olarak identifiye edilirken %83,3 (80/96)'ü non-albicans olarak belirlendi. Kromojenik agar kullanılarak izolatların %49,0 (47/96) [%21,9'u (21/96) Candida krusei, %17,7 (17/96)'si C. albicans, %9,4 (9/96)'ü Candida tropicalis)]'nun identifikasyonu yapılırken; izolatların %51,0 (49/96)'inin identifikasyonu yapılamadı. Sekans analizi sonucunda ise izolatların %22,9 (22/96)'unun Candida parapisilosis, %21,9 (21/96)'unun C. krusei, %19,8 (19/96)'inin Candida keyfr, %16,7 (16/96)'sinin C. albicans, %9,4 (9/96)'ünün C. tropicalis, %4.2 (4/96)'sinin Candida glabrata, %3,1 (3/96)'inin Candida guilliermondii, %1,0 (1/96)'inin Candida lipolytica, %1,0 (1/96)'inin Trichosporon asahii olduğu tespit edildi. Bu çalışmada subklinik mastitisin etiyolojisinde çok farklı Candida türlerinin rol oynayabileceği; ancak, bu bölgede enfeksiyona neden olan ana maya türlerinin non-albicans Candida türler belirlendi. Candida izolatlarının identifikasyonlarında moleküler yöntemlere göre daha düşük maliyetli ve kolay uygulanabilir olan geleneksel yöntem ile C. albicans'ın; kromojenik agar ile C. krusei, C. tropicalis ve C. albicans türlerinin identifiye edilebildiği; diğer Candida türlerinin identifikasyonlarında moleküler yöntemler ile daha başarılı sonuçlar alındığı saptandı. İyi hijyen ve sağlık uygulamaları ile antibiyotiklerin dikkatli kullanılmasının sığır mikotik mastitis insidensini düşüreceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Candida, subklinik mastitis, identifikasyon, geleneksel yöntem, kromojenik agar, sekans analizi
Mastitisli ineklerden izole edilen candida albicans izolatlarında virülens faktörlerinin belirlenmesi
Son yıllarda sığır mastitisinin etiyolojisinde mayaların önemi giderek artmaktadır. Bu çalıĢmada mastitisli ineklerden toplanan süt örneklerinde Candida albicans‟ın neden olduğu mastitis prevalansının belirlenmesi, C. albicans‟ın fenotipik ve genotipik yöntemlerle identifikasyonu ve virülens faktörlerinin saptanması amaçlandı. Bu amaçla anket sonuçlarına göre mastitis problemi bulunan 20 süt sığırı iĢletmesinden 178 hayvandan 686 süt örneği toplandı. Bu örneklerden 49 maya izolatı elde edildi. Fenotipik testlerle (germ tüp testi, klamidospor oluĢumu, kromojenik besiyerinde ve 45°C‟de üreme) 5 izolat Candida albicans olarak identifiye edildi. Fenotipik testlerle C. albicans olduğu saptanan 5 izolat, C. albicans CALB1 genine spesifik primerler kullanılarak yapılan PZR ile doğrulandı. C. albicans izolatlarında adhezyondan (ALS1) ve fosfalipaz (PLB1) üretiminden sorumlu virülens genleri araĢtırıldı. Ġzolatların 2 (%40)‟sinde ALS1 ve PLB1, 1 (%20)‟inde ALS1 ve 1 (%20)‟inde PLB1 genleri saptanırken, 1(%20) izolatta her iki genin de bulunmadığı belirlendi. C. albicans izolatlarının tüp adherens yöntemiyle biyofilm oluĢturma özellikleri incelendiğinde 3 (%60) izolatın güçlü pozitif, 1 (%20) izolatın zayıf pozitif ve 1 (%20) izolatın ise negatif olduğu belirlendi. Sonuç olarak, bu çalıĢma ile mastitisli ineklerden izole edilen C. albicans izolatlarında önemli virülens genleri olan ALS1 ve PLB1 genleri ve biyofilm oluĢumu belirlendi. Anahtar Kelimeler: Biyofilm, Candida albicans, Mastitis, Virülens genleri
Sığır, koyun ve keçi sütlerinden izole edilen staphylococcus aureus izolatlarında metisilin ve antiseptik direnç genlerinin araştırılması
Çiftlik hayvanlarından mastitis etkeni olarak en sık izole edilen patojenlerin başında Staphylococcus aureus gelmektedir. Antibiyotiklere karşı hızla direnç geliştiren Staphylococcus aureus antiseptik ve dezenfektanlara da direnç geliştirmektedir. Direnç genlerini hem kendi türlerine, hem de diğer bakterilere aktarabildikleri için önemli sorunlara yol açmaktadır. Bu çalışmada, Burdur ili ve çevre köylerinde sığır, koyun ve keçilerden toplanan süt örneklerinden fenotipik testler ile S. aureus olarak tanımlanan kolonilerin, genotipik olarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile doğrulanması, S. aureus izolatlarında metisilin ve antiseptik direnç genlerinin tespit edilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının incelenmesi amaçlandı. Bu amaçla mastitis problemi bulunan işletmelerden 257 hayvandan (90 sığır, 107 keçi, 60 koyun) 694 adet süt örneği toplandı. Fenotipik testler ile (Gram boyama, katalaz, koagülaz, mannitol salt agar, DNase) 75 izolat S. aureus olarak tanımlandı ve 60'ı nuc genine spesifik primerler kullanılarak yapılan PZR ile S. aureus olarak doğrulandı. Bu izolatlarda metisilin (mecA, mecC) ve antiseptik (qacA/B,smr) direnç genlerinin varlığı PZR ile araştırıldı. İneklerden izole edilen S. aureus suşlarından 1'inde mecA geni tespit edilirken, S. aureus izolatlarında mecC geni saptanamadı. S. aureus izolatlarının 3'ünde qacA/B geni, 2'sinde ise smr geni belirlendi. Yapılan antibiyotik duyarlılık testleri sonucunda fenotipik olarak S. aureus olduğu tanımlanan 60 izolatın 24'ü sefkuinoma, 21'i penisiline, 9'u ampisilin sulbaktama 7'si oksitetrasikline, 6'sı amoksisilin klavulanik aside, 3'ü seftiofura, 2'si oksasiline, 1'i sefaperazona, 1'i sefoksitine dirençli bulundu. Sonuç olarak bu çalışma ile, S. aureus izolatlarında metisilin ve antiseptik direnç genlerinin düşük oranda saptanması, Burdur ili ve çevre köylerinde metisilin ve antiseptik direnç genlerinin henüz problem olmadığı, ancak bu bakterinin zoonotik öneme sahip olması nedeniyle halk sağlığı açısından önemli olabileceği kanaatine varılmıştır.
Hayvan, gıda ve çevre örneklerinden lısterıaların izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma, Şubat 2007-Ocak 2008 tarihleri arasında Elazığ ve çevresinde yapıldı. Sığır ve koyunlardan, süt ve peynirlerden ve bu hayvanların yetiştirildiği çevrelerden 12 ay boyunca örnekler toplanarak listeriaların varlığı araştırıldı. Bölgedeki listeriaların varlığının mevsimsel dağılımı ortaya konuldu. İzole edilen L. monocytogenes suşlarının moleküler tiplendirilmesi yapılarak, profil dağılımı ortaya konuldu. Ayrıca L. monocytogenes suşları ile hayvan, gıda ve çevre olguları arasındaki ilişkiler araştırıldı.Elazığ ve çevresinden seçilen 6 sığır ve 5 koyun işletmesinden süt, peynir, su, yem, süt tankı, fekal ve çevresel örnekler toplandı. Bu çalışmada sığır çiftliklerinden 415, koyun çiftliklerinden de 304 adet olmak üzere toplam 719 adet örnek incelendi. Bu örneklerin dağılımı 132 adet (72 adet sığır, 60 adet koyun) gaita, su, yem, çevre, 106 adet süt (75 adet sığır, 35 adet koyun), 57 adet peynir (28 adet sığır, 29 adet koyun), 28 adet sığır süt tankı svabı şeklinde oldu.Süt ve süt ürünlerinde listeria izolasyonu Association of Official Agricultural Chemists/International Dairy Federation (AOAC/IDF), diğer örneklerde ise United States Department of Agriculture/Food Safety and Inspection Service (USDA/FSIS)'in önerdiği yöntem kullanılarak yapıldı. İzole edilen Listeria spp. suşları biyokimyasal testler ile isimlendirildi. İzolatlar Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile cins düzeyinde ve L. monocytogenes izolatları ise tür düzeyinde PCR ile doğrulandı. Hem PCR hem de biyokimyasal testler ile identifiye edilen L. monocytogenes izolatları Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ve Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) moleküler analiz yöntemleri ile tiplendirildi.Toplam 719 örneğin 46 adedinden (% 6.40) Listeria spp. izolasyonu yapıldı. Bu izolatların moleküler ve biyokimyasal yöntemler ile 8'i (% 17.4) L. monocytogenes, 18'i (% 39.0) L. innocua, 8'i (% 17.4) L. seeligeri, 7'si (% 15.2) L. grayi ve 5'i (% 10.8) L. welshimeri olarak saptandı. Listeriaların 39 adedi (% 9.4) sığır, 7 adedi (% 2.4) koyun orijinli örneklerden izole edildi.İzole edilen L. monocytogenes suşlarının RAPD analizleri iki farklı primerle birlikte (HLWL74 ve HLWL85) yapıldı. HLWL74 primeri ile 4 farklı profil 1-4 arası sayıda bantlar, HLWL85 primeri ile 6 farklı profil ve 1 ile 3 arası bantlar elde edildi. RFLP analizi ile tiplendirmede inlA genine spesifik PCR'dan sonra AluI ve Tsp509I restriksiyon enzimleri kullanıldı. AluI restriksiyon enzimiyle 2 farklı profil ve 2-3 arasında bantlar elde edildi. AluI ve Tsp509I restriksiyon enzimleriyle toplam 4 farklı profil elde edildi. Çalışmada, RAPD analizinin RFLP analizine göre daha ayırt edici bir test olduğu saptandı.Sonuç olarak; listeriaların, o bölgedeki insan ve hayvanlar için risk faktörü olduğu tespit edildi. Ayrıca sığır çiftliklerinin koyun çiftliklerine oranla daha yüksek bir riske sahip olduğu belirlendi. Elde edilen bulgular, süt ve süt ürünlerinin listeria kontaminasyonunun, bakterilerin hayvanlardan süte geçmesinden daha çok, gıdaların işlenmesi esnasında çevreden kaynaklandığını göstermektedir. Ayrıca bu çalışmada listeriaların görülme sıklığı ve bulundukları yerler açısından sonbahar ve ilkbahar mevsimlerinde, diğer mevsimlere göre daha fazla oranda izolasyon ve identifikasyonu yapıldı.
Broylerlerde escherichia coli o157'nin prevalansı ve pulsed field gel electrophoresis (PFGE) yöntemi ile tiplendirilmesi
Bu çalışmada; Escherichia coli (E. coli) O157'nin broyler tavuk örneklerindeki varlığının kültür ve immunomanyetik separasyon (IMS) ile araştırılması, moleküler yöntemlerle karakterize edilerek virülens genlerinin saptanması, Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi ile alt tiplendirmesi ve böylece izolatlar arasındaki genetik ilişkilerin ortaya konması amaçlandı.Bu amaçla, Elazığ ve Malatya illerindeki üç farklı kanatlı kesimhanesinden 1000 broylere ait karaciğer ve sekum örnekleri ile aynı işletmelerde bulunan 1000 broylere ait karkas örnekleri toplandı. Ayrıca bu çalışmada, broyler izolatları ile insan izolatları arasındaki genetik ilişkiyi ortaya koymak amacıyla, aynı bölgedeki beş hastaneye ishal şikâyeti ile başvuran hastalardan temin edilen 367 gayta numunesi incelendi. Broyler sekum ve insan gayta örneklerinden direkt ekim ve immunomanyetik seperasyon (IMS) sonrası ekim gerçekleştirilirken, karkas ve karaciğer örneklerine yalnızca direkt ekim uygulandı.Broyler tavuklarda örneklerin direkt ve IMS sonrası ekiminde saptanan sorbitol negatif izolatların Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile incelenmesinde; karaciğerde % 0,1 (1/1000) ve sekumda % 0,4 (4/1000) olmak üzere iç organlardan hayvan bazında % 0,5 oranında E. coli O157 tespit edilirken, karkas örneklerinden etken izolasyonu yapılamadı. İnsan gayta örneklerinden ise % 2,7 (10/367) oranında pozitiflik saptandı.Kümes bazında bakıldığında; kümeslerin % 12'sinde (3/25) etken identifikasyonu yapıldı. E. coli O157 pozitif bulunan bu işletmelerden bir tanesi Malatya'da ve iki tanesi Elazığ'da yer alıp, bu kümeslerdeki pozitiflik oranları sırasıyla % 2 (1/50), % 6,7 (2/30) ve % 4 (2/50) olarak bulundu. Kümes bazındaki pozitiflik oranları arasındaki farkın istatistiksel olarak önemli olduğu tespit edildi (P <0,001).Virülens genlerine spesifik PCR ile incelenen beş broyler tavuk ve on insana ait E. coli O157 izolatının hiçbirinde H7, shigatoksin 1-2 ve enterohemolizin genleri bulunamadı. Buna karşın, broyler izolatlarının tamamı ve bir adet insan izolatı intimin geni yönünden pozitif olarak tespit edildi.PFGE analizi sonucunda hem broyler hem de insan izolatlarında birbirinden farklı 4'er profil saptandı. Bu çalışmada elde edilen insan E. coli O157 izolatları ile kanatlı orijinli izolatlar arasında herhangi bir genetik ilişki saptanamaması, bulaşma kaynağının kanatlı kökenli olmadığı fikrini desteklemektedir.Sonuç olarak bu çalışmada, broyler tavukların E. coli O157 serotipini taşıdığı tespit edildi. E. coli O157'ye bağlı enfeksiyon ve salgınların epidemiyolojisinin daha iyi anlaşılabilmesi ve etkin kontrol stratejilerinin geliştirilebilmesi için ruminant türlerinin yanı sıra başta broyler olmak üzere kanatlı hayvanların da incelenmesinin faydalı olacağı düşünülmektedir.
Elazığ bölgesinde koyun ve keçi sütlerinden listeria türlerinin izolasyonu
52 6. ÖZET Bu çalışmada Listeria türlerinin varlığı yönünden incelemek amacıyla Nisan ve Eylül 1 995 tarihleri arasında Elazığ ili merkez ve çevre köylerinde 1 4 koyun ve 1 2 keçi sürüsündeki sağlıklı ve atık yapmış hayvanlardan ayrı ayrı çiğ süt örnekleri toplandı. Toplam 300 süt numunesi alındı. Bunlardan 100 tanesi sağlıklı koyunlardan, 50 tanesi atık yapmış koyunlardan ve 150 tanesi sağlıklı keçilerden alındı. Listeria izolasyonu amacıyla International Dairy Federation (IDF) tarafından önerilen metot kullanıldı. Bu metoda göre süt numuneleri Modified Listeria Enrichment Broth'da 30 °C'de 24 ve 48 saat inkube edildi. 24 ve 48 saatlik zenginleştirme sonrası LSA'a sürme ekimler yapıldı. İncelenen tüm süt örneklerinden %1.66 oranında (5/300) Listeria spp. izole edildi. Bunların 4'ü (%4) sağlıklı koyun sütünden, l'i (%0.66) sağlıklı keçi sütünden izole edildi. Koyun izolatlarının 3 tanesi L welshimeri, bir tanesi L dentrificans, keçi izolatı ise L. welshimeri olarak identifıye edildi. Atık yapmış koyun sütlerinden hiç izolasyon yapılamadı. Tüm izolatlar 48 saat zenginleştirme yapılan örneklerden elde edildi. 24 saatlik zenginleştirmede izolasyon yapılamadı. Bu çalışmada hiç patojen Listeria spp. izole edilemedi. Sonuç olarak çiğ sütlerden L. monocytogenes izole edilememiş olması, diğer çalışmalarda süt ürünlerinden (ör. peynir) izole edilen bu bakterinin sütlerin kendisinden değil, daha çok çevresel kontaminasyonlardan kaynaklanabileceğini göstermiştir. Ayrıca çalışmanın bulguları listerik abortuslann bu bölgede ciddi bir hayvancılık sorunu olmadığı kanısını güçlendirmektedir.
Brucella melitensis dış membran protein geninin klonlanması
Bu çalışmada Brucella melitensis suşundan omp31 geninin klonlanması amaçlandı. Böylelikle aşı geliştirmek, hızlı tanı kiti geliştirmek gibi daha ileri biyoteknolojik çalışmalar ve yaklaşımlarda kullanılabilecek yerli ve potansiyel bir ön çalışma olacağı düşünüldü. Çalışmada materyal olarak Brucella melitensis REV-1 canlı aşı suşu kullanıldı. İzolasyon ve suşun doğrulanmasının ardından, DNA ekstraksiyonu yapıldı. Dış membran proteini kodlayan gen bölgesi gen bankasından bulundu. Bu bölgeyi klonlamak için gerekli primerler dizayn edildi. Primer dizaynından sonra polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yoluyla çoğaltılan gen bölgesi, pET28a ekspresyon vektörüne klonlanarak Escherichia coli BL21 bakterisine transformasyonu gerçekleştirildi. E. coli BL21 hücresinden plazmid ekstraksiyonu gerçekleştirildi ve klonlama için kullanılan restriksiyon enzimi ile kesim sonucunda insert ve plazmid ayrı olarak gözlemlendi. 790 bp büyüklüğünde bulunan insert, tekrar klonlama primeri ile çoğaltılarak doğrulamak amacıyla sekans analizi yapıldı. Sekans analizi sonrasında elde edilen dizi gen bankası ile karşılaştırıldı ve insertin B. melitensis dış membran proteini olduğu doğrulandı. Rekombinant dış membran proteini Omp31 (rOmp31)'in aşı adayı olma potansiyelini bulmak için deneysel çalışmalarda kullanılabilecek deneysel bir komponent olma özelliği vardır. Böylelikle bu çalışmanın aşı geliştirmek, hızlı tanı kiti geliştirmek gibi daha ileri çalışmalarda kullanılabilecek yerli ve potansiyel bir ön çalışma olacağı düşünülmüştür.
Broiler piliçlerde immun kompleks infeksiyöz bursal hastalık (Gumboro) aşısının etkinliğinin ELISA ile araştırılması
Araştırmamızda iki firmaya ait 10000'er başlık 10 adet kuluçkahaneden 0, 7, 14, 21, 28, 33 ve 42. günlerinde kümes başına 23 kan örneği olmak üzere toplamda her örnekleme günü için 230 ve araştırmanın sonunda ise genel toplamda 1610 adet kan örneği alındı ve serumları ayrılarak Biocheck Firmasının İnfeksiyöz Bursal Hastalığı antikor test kiti (Code:CK113, Lot No: FS4925, Exp. Date:31/05/2010) ile analizleri yapıldı.Kümeslerden alınan kan serum örnekleri; ELISA IBDV antikorlarının 0, 7, 14, 21, 28, 33, 42. günler için firmalara göre ortalama değerleri değerlendirildiğinde; firma A için çalışma grubu ortalaması: 1572, 705, 107, 3542, 7832, 7844, 12477 ve ort. % CV değeri: 43, 65, 46, 81, 32, 66, 31, kontrol grubu: 1572, 946,108, 453, 9143, 5758,13525 ve ort. CV değeri: 43, 56, 68, 158, 27, 46, 24 olarak bulunurken; firma B için çalışma grubu ort.: 1557, 745, 117, 3585, 7932, 7976, 12688 ve ort. % CV değeri: 43, 62, 56, 71, 32, 64, 33, kontrol grubu: 1557, 880,105, 412, 8972, 5342,12535 ve ort. CV değeri: 43, 52, 65, 122, 29, 48, 21 olarak tespit edilmiştir. Biocheck firmasının öngördüğü titre değerlerine göre IBD için immun kompleks aşı uygulaması sonucunda 5000-14000 titre değeri bağışıklığın oluştuğunu göstermektedir.Araştırmanın sonunuda Transmune IBD aşı grubunda kontrol gurubuna göre 1 hafta daha erken antikor yanıt oluştuğu açık olarak görülmektedir.