19
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Benzotiyazol grubu içeren sülfonamidlerin tümör ilişkili karbonik anhidraz IX XII(CA-IX, CA-XII) izoenzimleri ve sitozolik karbonik anhidraz I, II (CA-I, CA-II) izoenzimleri üzerine spesifik inhibisyon etkilerinin incelenmesi
Karbonik anhidrazlar (CA, EC 4.2.1.1) metabolize dokular ve akciğerler arasında CO2 /HCO3- transport ve respirasyonu, pH ve CO2 homeostazisi, çeşitli doku ve organlarda elektrolit sekresyonu, biyosentetik reaksiyonlar (glukoneogenez, lipogenez, ürogenez vb.), kemik yıkımı, kalsifikasyon, tümör gelişimi gibi pek çok fizyolojik ve patolojik süreçte görev alırlar. CA-I ve CA-II memeli kırmızı kan hücrelerinde bulunan iki ana sitozolik CA izoformudur. CA-IX ve CA-XII ise tümör ilişkili-CA izoenzimleridir ve bu izoenzimler ekstrasellüler asidifikasyonu tetikleyerek tümör gelişimine katkıda bulunurlar. Araştırmamızda yeni sentezlenmiş olan benzotiyazol grubu içeren 14 adet sekonder sülfonamid türevi CA inhibitörünün, CA-I, CA-II, CA-IX, CA-XII üzerine olan inhibisyon etkileri incelenmiştir. İnhibisyon çalışmaları SX.18MV-R Applied Photophysics Stopped-Flow Kinetik aleti ile yapılmıştır. CA-I ve CA-II için en etkin inhibisyonu gösteren bileşik AnA14 bileşiği olarak tespit edilmiştir. AnA14 bileşiğinin inhibisyon değerleri CA-I ve CA-II için sırasıyla 8,11 ve 0,19 μM olarak bulunmuştur. Diğer inhibitörler ise CA-IX ve CA-XII izoenzimleri üzerinde CA-I ve CA-II'ye göre daha etkili bir inhibisyon etkisi göstermiştir.
Yeni sentezlenmiş kromon temelli sülfonamidlerin (KTS) sitozolik karbonik anhidraz I-II (CA I-II) ve tümör ilişkili karbonik anhidraz IX-XII (CA IX-XII) izoenzimleri üzerine inhibisyon etkilerinin araştırılması
Karbonik anhidraz (CA, EC. 4. 2. 1. 1) enzimi, karbondioksit/bikarbonat'ın hidratasyon/dehidratasyonunu geri dönüşümlü olarak katalize eden, çinko iyonu içeren metalloenzimlerden biridir. Sitozolik CA izoenzimlerinden CA I, eritrositlerde en bol miktarda bulunan enzim iken, diğer bir sitozolik izoenzim olan CA II çoğu organda yüksek eksprese olup birçok önemli fizyolojik sürece katkı sağlar. Tümör ilişkili izoenzimler CA IX ve CA XII ise hipoksi ile indüklenen, kanser süreci ile ilişkili olan ve birçok tümörde yüksek eksprese edilen tümör ilişkili proteinlerdir.Bu çalışmada on iki adet yeni sentezlenmiş kromon temelli sülfonamid (KTS) türevi bileşiklerin CA-I, CA-II, CA-IX ve CA-XII izoenzimleri üzerine inhibisyon etkisi in vitro olarak incelemiştir. CA aktivitesinin belirlenmesinde hidrataz aktivitesi kullanılmış ve Stopped flow kinetik cihazı ile ölçüm yapılmıştır. Yeni sentezlenmiş kromon temelli sülfonamidler ile yapılan inhibisyon çalışmalarına göre, tümör ilişkili CA-IX için 7a ve 11a bileşikleri, tümör ilişkili CA-XII için ise 4a ve 10a bileşikleri en etkin bileşikler olmuştur. CA-IX için kinetik değerler, 7a ve 11a bileşikleri için sırasıyla Ki= 14.26 nM ve Ki= 18.39 nM'dır. CA-XII için kinetik değerler, 4a ve 10a bileşikleri için sırasıyla Ki= 4.54 nM ve Ki= 5.23 nM'dır. Kromon temelli sülfonamid türevi olan söz konusu bu bileşiklerin tümör ilişkili CA-IX ve CA-XII izoenzimlerine karşı seçicilik gösterdiği tespit edilmiştir. Seçicilik gösteren bu bileşiklerin bazı klinik uygulamalarda tedavilere yeni yaklaşımlar getirebilecekleri düşünülmektedir.
Çocukluk çağı akut miyeloid lösemilerinde kemik iliğinden köken alan mezenkimal stromal hücrelerin biyolojik ve immünolojik özellikleri
Akut miyeloid lösemi (AML), çocukluk çağında sık görülen lösemi tiplerindendir ve kemik iliğinde anormal blastların birikimi ile karakterize edilmektedir. Çalışmamızda AML hastalarının kemik iliğinden alınan MKH'ler ile sağlıklı bireylerin kemik iliğinden alınan MKH'lerin biyolojik ve immünolojik karşılaştırılması yapıldı. Çalışmamız 7 AML hastası ve 7 sağlıklı verici ve 1 sağlıklı mononükleer hücre vericisi (MNC) olmak üzere toplam 15 birey üzerinden yürütülmüştür. MKH'lerin morfolojik, popülasyonun ikiye katlanması (PD), adipojenik ve osteojenik farklılaşması ve hücresel canlılığı incelenmiştir. AML hastaları ve sağlıklı MNC vericisinin periferik kanlarından izole edilen MNC'lerin T hücre aktivasyon belirteçlerinden (CD3, CD4, C25, CD69 ve HLA-DR) kapılama pozitif/pozitif olanların yüzdelerine flow sitometri cihazı ile bakılmıştır. En son deney aşamasında MNC ile etkileşime giren MKH'nin hücresel canlılıkları yüzdece değerlendirilmiştir. PD değerlerinin AML hastaları ile sağlıklı bireylerde benzer olduğu tespit edilmiştir (z= 1.074; p=0.394). PHA eklenen ve PHA eklenmeyen kuyucuklarda, CD değişken değerlerine ait sonuçlar benzerdir (p>0.05). AML hastalarına ait kuyucuklarda hücresel canlılık değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark olmadığı belirlenmiştir (x2= 2.184; p=0.823). Sağlıklı bireyler için elde edilen hücresel canlılık değerleri tüm kuyucuklar için benzerdir (x2= 10.714; p=0.057). Kuyucuk 2'de sağlıklı bireyden elde edilen değerler, AML hastalarından elde edilen hücresel canlılık değerlerine göre istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur (z= 2.246; p=0.026).
Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemili hastaların ve sağlıklı vericilerin kemik iliklerinden elde edilen mezenkimal kök hücrelerin lösemik blastlar üzerindeki etkilerinin karşılaştırılması
Akut lenfoblastik lösemi çocukluk çağında en sık görülen kanserdir. Kür oranı yüksek olmasına rağmen, çocuklarda önde gelen ölüm sebeplerinden biridir. Kemik iliği mikroçevresi lösemi başlangıcında ve sürecinde önemli rol oynar. Mikroçevreyi oluşturan hücreler, özellikle mezenkimal kök hücreler (MKH), büyüme faktörleri, sitokinler ve hücre içi sinyallar üreterek ALL hücrenin sağkalımını, çoğalmasını ve ilaç direnci göstermesini düzenler. MKH'lerin lösemik hücre sağkalımına etkisi tam olarak bilinmemekle beraber salgılanan çeşitli sitokinler ya da blastlarla etkileşiminin etkisinin olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızda ALL'li ve sağlıklı bireylerin MKH'lerinin blastik hücreler üzerindeki apoptotik etkisi in vitro da hücre-hücre kontağı olmadan (membranlı) ve hücre-hücre kontağı sağlanarak (membransız) yapılan kokültür deneyleriyle incelenmiş ve blastik hücrelerin apoptotik özellikleri flow sitometri yöntemiyle analiz edilmiştir. Ayrıca MKH'ler de β-katenin proteinin ve apoptotik proteinler olan Bax, Bcl-2 ve Kaspaz 3'ün ekspresyon çalışmaları immunositokimyasal olarak belirlenmiştir. Kokültür sonuçlarımıza göre hasta ve sağlıklı MKH'lerin blastlarla etkileşiminde apoptotik anlamda bir fark olmadığı ancak membranlı ve membransız olarak kokültüre edilen blast hücrelerinin apoptoz oranlarının değiştiği saptandı. MKH'lerde incelenen β-katenin, Bax, Bcl-2 ve Kaspaz 3 ekspresyonunun hasta-sağlıklı gruplarda ve membranlı–membransız gruplarda değiştiği görüldü. Anahtar Kelimeler: Apoptoz, çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemi, mezenkimal kök hücre, β-katenin
Akciğer kanserli hastalarda kanda dolaşan tümör hücrelerinin akım sitometrisi ile tespiti
Dolaşımdaki tümör hücreleri (CTC'ler) karsinomların metastatik yayılımında önemli role sahiptir. Bu nedenle, son yıllarda birçok kanser türünde hastalığın seyri ve tedavi etkinliğini anlaşılmasında yardımcı olabileceği düşünülen CTC'ler üzerine yoğunlaşılmıştır. Teknik yaklaşımlardaki gelişmeler ile özellikle akciğer kanseri gibi dokularına ulaşılması zor olan tümörlerde sıvı biyopsi olarak tüm kandan CTC tespitinin değeri her geçen gün artmaktadır. Tanı anında sıklıkla metastaz yaptıkları teşhis edilen akciğer kanseri, hem kadınlarda hem de erkeklerde kanser ölüm nedenlerinin birincil sebebidir. Çalışmamızın amacı modifiye ettiğimiz metot ile akciğer kanserli hastaların periferik kan örneklerinde (7.5 mL) CTC tespitidir. CTC sayısının tespit edilmesi için 9 akciğer kanserli birey ve 9 sağlıklı birey çalışmaya dahil edilmiştir. Uyguladığımız metotta CTC zenginleştirilmesi için fikol yoğunluk gradiyent ayrımı ve manyetik mikro-boncuklar yardımı ile CD45 negatif seçilim gerçekleştirilmiştir. Son olarak, CTC'ler epitelyal adezyon molekülü (EpCAM) ve sitokeratin (CK 7,8,14,15,16,19) ekspresyolarının hedef alınması ile çoklu parametreli olarak akım sitometrisi ile analiz edilmiştir. Çalışmamız sonucunda akciğer kanserli hastaların tümünde CTC gözlenirken, sağlıklı bireylerde gözlenmemiştir (Z=3.823; p<0.001). Böylece, modifiye ettiğimiz metodun akciğer kanserinde CTC tespitinde kullanılabilirliği gösterilmiştir.
Kanda dolaşan tümör hücrelerinin farklı evrelerdeki meme kanserli hastalarda tespiti
Meme kanseri, dünyada kadınlar arasında en sık görülen, ölüme sebep olabilen bir kanser türüdür. Dolaşımdaki tümör hücreleri (CTC'ler), meme kanserli hastalar için tümör belirteci olarak prognostik bilgi sunabilecek nadir hücrelerdir. Meme kanserli hastalarda CTC varlığı kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu nedenle çalışmamızda, meme kanserli hastalardaki CTC sayısı ile ER, PR durumu, c-erb-B2 değeri, serum tümör belirteç (CEA ve CA15-3) seviyeleri arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 11 meme kanserli hasta ve 8 sağlıklı gönüllü kadın dahil edilmiştir. Periferik kan örneğinin, fikol yoğunluk farkına dayalı ayrımı ve CD45 kaplı mikroboncuklar kullanılarak negatif seçilimi gerçekleştirilmiştir. Zenginleştirilmiş hücreler, Anti-CK(14,15,16,19), Anti-CK(7,8), Anti-EpCAM, Anti- CD45, Anti-CD44 ve Anti-CD24 antikorlar ile işaretlenmiştir. Tüm hücreler BD FACS Aria™ III Cell Sorter (akan hücre ölçer) ile analiz edilmiştir. CTC'ler, CK+ CTC, EpCAM+CTC, CK+CSC, EpCAM+CSC ve CSC olarak subpopulasyonlarına ayrılmıştır. İstatistiksel analizler, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, hasta grubunda daha fazla sayıda CTC olduğunu göstermiştir. CTC sayısı ile ER ve PR durumu, c- erb-B2 değeri arasında anlamlı bir ilişki saptanamamıştır (p<0.05). Buna ek olarak, CTC sayısı ile serum tümör belirteç seviyeleri arasında da ilişki bulunamazken, sadece EpCAM+CTC ile CEA seviyesi arasında güçlü bir korelasyon tespit edilmiştir.
Mesane kanserli hastalarda kanda dolaşan tümör hücrelerinin akan hücre ölçer cihazı ile tespiti
Mesane kanseri ürotelyumdan kaynaklı kanserler içinde en sık görülen malignitedir. Dünya genelinde yaşa bağlı görülme oranı; erkeklerde 100 000'de 10.1, kadınlarda ise 100 000'de 2.5'tir. İnvaziv olmayan mesane kanseri, tümör derinliğine bağlı olarak, çoğunlukla transüretral rezeksiyon (TUR) ile tedavi edilir. Yüksek dereceli, invaziv olmayan ve tekrarlayan mesane kanserleri radikal sistektomi (RC) ile tedavi edilir. İnvaziv olan mesane kanserlerinde de radikal sistektomi altın standart tedavi şeklidir. Metastaz; periferik kan dolaşımındaki tümör hücrelerinin varlığı ile doğrudan ilişkilidir ve kanserden ölümlerin başlıca sebebi; dolaşımdaki tümör hücrelerinin (CTC'ler) primer tümörden ayrılarak diğer organlara yayılarak metastaza sebep olmasıdır. CTC'lerin varlığı ve sayısı ile metastaz görülme durumu ilişkilidir. Radikal sistektomi sonrası CTC varlığı kötü sağkalımı göstermektedir. Son derece heterojen bir doğaya sahip CTC'ler oldukça nadir bulunduklarından dolayı kantitatif analizleri daha avantajlıdır. Çalışmamızda, TUR veya RC ile tedavi edilen mesane kanserli hastaların 7.5 ml kan örneklerinde CTC saptanması hedeflenmiştir. 10 mesane kanserli hastada; akan hücre ölçer cihazında belirteçler EpCAM, CK 14, 15, 16, 19 ve CK 7, 8 ile pozitif seçilim, CD45 negatif seçilim ile CTC tespit edilmiştir. 10 hastanın 5'inde (%50) CTC sayıları opere öncesi ve opere sonrası olarak değerlendirilmiştir. Opere sonrası CTC sayılarında anlamlı düşüş gözlenmiştir (Z=2.032; p=0.042). Çalışmamıza dahil edilen 10 kontrol bireyinde CTC'ye rastlanmamıştır.
Kanda dolaşan tümör hücrelerinin kolorektal kanserli (CRC) hastalarda akım sitometrisi ile tespiti
Kolorektal kanser (CRC), dünyadaki ölümlerin önde gelen nedenlerinden biridir. CRC gibi katı tümörlü hastalarda kansere bağlı ölüm nedenleri arasında metastatik CRC en sık rastlanan formdur. Metastaz, kanser hastalarının periferik kanlarındaki dolaşımdaki tümör hücrelerinin (CTC) varlığı ile ilişkilidir. Çalışmamızda, CTC zenginleştirme ve saptama stratejileri için modifiye edilmiş uygun yöntemle kolorektal kanser hastalarının kan örneklerinde CTC'ler tespit edildi. İlk önce 7.5 mL periferik kan numuneleri toplandı ve periferik kan mononükleer hücreleri (PBMC'ler) taze kan numunelerinden fikol gradyanı ayrımı ile izole edildi. Daha sonra, PBMC'lerdeki lökositler, negatif bir seçim için CD45 ile konjuge edilmiş manyetik mikro boncukları ile uzaklaştırıldı. Son olarak, elde edilen hücreler anti-epitelyal hücre adhezyon molekülü (anti-EpCAM), sitokeratinler (CK8, CK19 ve anti-CD45 olarak lökosit-spesifik işaretleyici) ile etiketlendi. Tüm numuneler BD FACS Aria III akış sitometrisi ile analiz edildi. 10 kolorektal kanseri hastası ve 7 sağlıklı birey ile çalışılmıştır. Çalışmamızda, CK19 tabanlı kapılama stratejisi ile kolorektal kanseri hastaların kan örneklerinde 2-13 CTC tespit edilirken, sağlıklı bireylerin kan örneklerinde CTC'lerin saptanmadığı gözlenmiştir. Kanser hastalarının kan örneklerinden CTC saptanmasının, hastalık durumunun gerçek zamanlı izlenmesi ve kişisel terapi geliştirilmesi için bir tümör biyolojik belirteci olabileceği düşünülmektedir.
Hepatoselüler karsinom hücrelerinde hipoksi ile indüklenen faktör-1 inhibisyonunun GLUT1 ve paraoksonaz enzim ailesi üzerine etkisinin incelenmesi
Hipoksi ile indüklenebilir faktör-1 (HIF-1), hipoksiye adaptasyonun ana düzenleyicisi olan bir transkripsiyonel aktivatördür. Kanser hücreleri artan miktarda ROS üretir ve bu da oksidatif stresin oluşmasına yol açar. Oksidatif stresin azaltılması amacı ile antioksidan savunma sisteminde yer alan enzimlerden paraoksonaz (PON, EC 3.1.8.1) ailesi (PON1, PON2 ve PON3) devreye girer. Bir glukoz taşıyıcısı olan GLUT1'in ekspresyon seviyesi değişikliğinin bir çok kanser tipinde HIF-1 ekspresyon seviyesi ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Laktat dehidrogenaz (LDH), sitozolde laktat üreterek, glikoliz yoluyla devam eden ATP üretimini kolaylaştıran bir enzimdir. HIF-1α'ın artışı ile glukoz taşıyıcılarının ve LDHA'nın artan ekspresyonu, hızla prolifere olan tümör hücrelerinin ihtiyaçlarına mükemmel bir adaptasyon sağlar. Çalışmamızda; HepG2 hücre hattında oluşturulan normoksik ve hipoksik koşullarda HIF-1α inhibitörü Echinomycin'in PON aktiviteleri (paraoksonaz ve laktonaz) ve HIF-1α, GLUT1, LDHA ve PON ailesi protein düzeyleri analiz edilmiştir. HepG2 hücrelerinde Echinomycin'in IC50 dozu WST-1 testi ile 5.7 μM olarak belirlenmiştir. HIF-1α için uygulanması gereken hipoksik zaman aralığı ELISA ve western blot analizleri ile "4 saat" olarak belirlenmiştir. Spektrofotometrik olarak ölçülen PON aktivitelerindeki değişiklikler istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Western blot yöntemi ile ölçülen PON1, PON2, PON3, HIF-1α, GLUT1, LDHA proteinlerinin ekspresyonlarındaki değişiklikler de istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Glukoz taşıyıcıları, hepatoselüler karsinom, HIF-1α, hipoksi, laktat dehidrogenaz, laktonaz, paraoksonaz
Prostat kanserinde yağ damlacığı oluşumu ile ilişkili pla2g7, ucp2 ve nedd4l genlerinin ekspresyonlarının araştırılması
Prostat kanseri (PCa), tüm dünyada erkek nüfusunu etkileyen en yaygın ikinci kanser türüdür. Ayrıca kısmen düzensiz lipid metabolizması ile karakterize edilen bir kanserdir. PCa hücrelerinin; lipidleri lipid damlacıkları şeklinde depoladığı gözlemlenmiştir. PCa'da kullanılan kemoterapötik veya endokrin ajanların lipid damlacıklarında birikmesi ve terapi direncini desteklemesi çok olasıdır. Lipid metabolizmasında ve lipid damlacığı oluşumunda yer alan bazı genler bulunmaktadır. Çalışmamızda, bunlardan PLA2G7, UCP2 ve NEDD4L genlerinin protein ekspresyon seviyeleri incelenmiştir. Fosfolipaz A2 Grup 7 (PLA2G7) geni; fosfolipaz A2'yi kodlar ve fosfolipitleri yağ asitlerine hidrolize eder. PLA2'ler, lipid damlacık sentezi için ihtiyaç duyulan serbest yağ asitleri havuzunun oluşturulmasına katkıda bulunur. Mitokondriyal ayrışma proteini 2 (UCP2)'nin ise, glukoz kullanımı yerine yağ asidi metabolizmasının teşvik edilmesini sağlayan bir metabolik anahtar olarak işlev görebileceği belirtilmektedir. Nöral öncü hücre gelişimsel olarak aşağı regüle edilmiş 4 benzeri (NEDD4L), substrat ubikitinasyonu ve protein degredasyonunu düzenleyerek çoklu hücresel prosedürlere katıldığı bildirilen bir E3 ubikitin ligazdır. Bugüne kadar, NEDD4L dahil olmak üzere birçok E3 ubikitin ligazı lipid mekanizmasının düzenleyicileri olarak tanımlanmıştır. Bu çalışmada; orta seviye metastatik olan DU145 ve ileri metastatik olan PC3 prostat kanseri hücre hatları arasında PLA2G7, UCP2 ve NEDD4L genlerinin protein ekspresyonu seviyelerine bakılarak artan metastaz potansiyeli ile ilişkisini göstermek amaçlanmıştır. İlk olarak DU145 ve PC3 hücre hatları kültüre edilmiştir. Daha sonra ELISA testi ile bu genlerin protein ekspresyonları incelenmiştir. Çalışmamızda, iki hücre hattı arasında PLA2G7 protein seviyesinde anlamlı bir fark olmadığı, UCP2 proteininin prostat kanserinde artan metastaz potansiyeli ile seviyesinin arttığı ve NEDD4L proteininin ise artan metastaz potansiyeli ile seviyesinin azaldığı gösterilmiştir. Sonuç olarak UCP2'nin prostat kanserinin ilerlemesini destekleyebileceği, NEDD4L'nin hücre proliferasyonu kontrolü ile arasında bir ilişki olduğu düşünülebilir. Anahtar Kelimeler: Lipid damlacığı, NEDD4L, Prostat kanseri, PLA2G7, UCP2
Melanom hücre hattında Karbonik Anhidraz-IX inhibisyonunun B-RAF proteini üzerine etkilerinin araştırılması
Melanomda önemli bir biyolojik belirteç olan CA-IX, tümör hücrelerinde yüksek derecede eksprese olan ve inhibisyonu yoğun şekilde çalışılan önemli bir enzimdir. Bu transmembran yapıdaki enzimin IC kuyrukları aracılığıyla karsinogenezde rolleri olan bazı yolakları etkilediği keşfedilmiştir. Hücre dışı sinyallerden hücre içi yanıtlara geçişte önemli olan ve birçok hücresel işlevi düzenleyen MAPK yolağı tümör oluşumu ile de ilişkilidir. CA-IX'un ekspresyonunun, MAPK yolağının bileşenleri tarafından düzenlendiği bilinmektedir. Bu yolağın mutasyona uğramış BRAFV600E tarafından aktivasyonu melanom büyümesini, hayatta kalmasını ve anjiyogenezi uyarır. CA-IX inhibisyonunun MAPK yolağı üzerindeki etkisi bugüne kadar aydınlatılmamıştır. Bu tez çalışmasında, CA-IX proteininin inhibisyonunun, MAPK yolağında yer alan B-Raf proteini üzerine olan etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Söz konusu çalışmada, AZA ve VMF inhibitörleri BRAFV600E mutasyonu olan A375 melanom hücrelerine uygulanmıştır. Hücre proliferasyonu WST-1 deneyi ile belirlenmiştir. Bu hücrelerde CA9 ve HIF1A ekspresyonları qRT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. CA-IX protein düzeyine AZA inhibitör uygulamasının etkisi ELISA testi ile gösterilmiştir. HIF-1α, CA-IX, B-Raf ve ERK proteinlerinin lokalizasyonları ve ekspresyonları, AZA uygulanmış ve uygulanmamış melanom hücrelerinde immünofloresan boyama ile incelenmiştir. Ayrıca Western Blot analizi ile HIF-1α, B-Raf, p-B-Raf, ERK ve p-ERK proteinleri değerlendirilmiştir. Bu tez çalışmasında, AZA ile CA-IX inhibisyonunun p-B-Raf ve p-ERK protein düzeylerinde azalmaya sebep olduğu gösterilmiştir. Bu sonuçlara göre; AZA uygulamasının MAPK yolağındaki B-Raf proteini üzerine olan inhibisyon etkisi, CA inhibitörlerini bu yolak için potansiyel bir ajan olarak düşündürmektedir.
Hidrosefali hastalığının tedavi sürecinde tümör ilişkili CA-VII, CA-IX VE CA-XII enzim düzeylerinin incelenmesi
Hidrosefali, beyin omurilik sıvısının (BOS) serebral ventriküller ve subaraknoid boşlukta anormal birikimi ile karakterize, tedavi edilmediği takdirde ciddi nörolojik komplikasyonlara yol açabilen bir hastalıktır. Hem konjenital (primer) hem de edinilmiş (sekonder) nedenlerle gelişebilir, genellikle tümör, enfeksiyon, prematürite veya travma gibi patolojilerle ilişkilidir. Bu çeşitlilik, hastalığın insidans ve komplikasyon oranlarının belirlenmesini zorlaştırmaktadır. BOS, merkezi sinir sistemi içinde dolaşarak, koruyucu bir etki gösterir, iyon dengesinin sağlanmasında ve beyin iç ortamının düzenlenmesinde önemli görevler üstlenir. BOS üretimi ve dolaşımı, çeşitli moleküler mekanizmalarla, özellikle karbonik anhidraz (CA) enzim ailesi tarafından kontrol edilmektedir. Beyin tümörlerine bağlı hidrosefali, genellikle tümörün BOS dolaşımını tıkaması veya BOS üretimini artırması sonucu gelişir. Bu süreçte, CO₂'nin MSS'den BOS'a transferi ve burada tamponlanması, pH homeostazı açısından kritik öneme sahiptir. Ancak, CO₂ ve karbonik anhidraz sisteminin hidrosefali ve tümör oluşumu üzerindeki etkileri tam olarak açıklığa kavuşmamıştır. Karbonik anhidrazlar, CO₂'nin hidrasyonunu katalizleyerek HCO₃⁻ ve H⁺ iyonlarının oluşumunu sağlar ve pH düzenlenmesi, metabolik süreçler, BOS üretimi ve tümör gelişiminde önemli roller üstlenir. Özellikle kanserle ilişkili izoformlar olan CA-VII, CA-IX ve CA-XII, moleküler düzeydeki patofizyolojinin anlaşılması açısından kritik öneme sahiptir. Bu çalışmanın amacı, hidrosefali tanısı almış çocuk ve erişkin hastalarda, tümörle ilişkili CA-VII, CA-IX ve CA-XII enzimlerinin aktivite düzeyleri ve protein ekspresyonlarını değerlendirmektir. Elde edilecek veriler, bu enzimlerin hidrosefali sürecine katkısını, BOS pH düzenlemesindeki rollerini ve patogeneze etkilerini detaylı şekilde analiz etmeyi hedeflemektedir. Bu çalışmada elde edilen bulgulara göre; çocuk ve yetişkin grupları arasında BOS'taki CA-VII (p=0,023) ve CA-XII (p=0,047) düzeyleri anlamlı şekilde farklılık göstermiş, çocuklarda bu enzim düzeyleri daha yüksek bulunmuştur. Serum düzeylerinde ise yalnızca CA-IX enzimi anlamlı fark göstermiş (p=0,000) ve yetişkinlerde çocuklara kıyasla belirgin şekilde daha yüksek saptanmıştır. Ayrıca, çocuk grubunda BOS ve serum CA-XII düzeyleri arasında güçlü ve anlamlı pozitif bir korelasyon (r=0,794, p=0,001) bulunmuştur. Cinsiyete ve yetişkinlerdeki BOS-serum ilişkisine dair karşılaştırmalarda ise istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır. Çalışma, hidrosefali oluşum mekanizmalarının daha iyi anlaşılmasına katkı sağlamayı ve bu enzimleri potansiyel tanısal ve tedavi edici hedefler olarak değerlendirmeyi amaçlamaktadır.
Hidrosefali hastalığının tedavi sürecinde tümör ilişkili CA-VII, CA-IX VE CA-XII enzim düzeylerinin incelenmesi
Hidrosefali, beyin omurilik sıvısının (BOS) serebral ventriküller ve subaraknoid boşlukta anormal birikimi ile karakterize, tedavi edilmediği takdirde ciddi nörolojik komplikasyonlara yol açabilen bir hastalıktır. Hem konjenital (primer) hem de edinilmiş (sekonder) nedenlerle gelişebilir, genellikle tümör, enfeksiyon, prematürite veya travma gibi patolojilerle ilişkilidir. Bu çeşitlilik, hastalığın insidans ve komplikasyon oranlarının belirlenmesini zorlaştırmaktadır. BOS, merkezi sinir sistemi içinde dolaşarak, koruyucu bir etki gösterir, iyon dengesinin sağlanmasında ve beyin iç ortamının düzenlenmesinde önemli görevler üstlenir. BOS üretimi ve dolaşımı, çeşitli moleküler mekanizmalarla, özellikle karbonik anhidraz (CA) enzim ailesi tarafından kontrol edilmektedir. Beyin tümörlerine bağlı hidrosefali, genellikle tümörün BOS dolaşımını tıkaması veya BOS üretimini artırması sonucu gelişir. Bu süreçte, CO₂'nin MSS'den BOS'a transferi ve burada tamponlanması, pH homeostazı açısından kritik öneme sahiptir. Ancak, CO₂ ve karbonik anhidraz sisteminin hidrosefali ve tümör oluşumu üzerindeki etkileri tam olarak açıklığa kavuşmamıştır. Karbonik anhidrazlar, CO₂'nin hidrasyonunu katalizleyerek HCO₃⁻ ve H⁺ iyonlarının oluşumunu sağlar ve pH düzenlenmesi, metabolik süreçler, BOS üretimi ve tümör gelişiminde önemli roller üstlenir. Özellikle kanserle ilişkili izoformlar olan CA-VII, CA-IX ve CA-XII, moleküler düzeydeki patofizyolojinin anlaşılması açısından kritik öneme sahiptir. Bu çalışmanın amacı, hidrosefali tanısı almış çocuk ve erişkin hastalarda, tümörle ilişkili CA-VII, CA-IX ve CA-XII enzimlerinin aktivite düzeyleri ve protein ekspresyonlarını değerlendirmektir. Elde edilecek veriler, bu enzimlerin hidrosefali sürecine katkısını, BOS pH düzenlemesindeki rollerini ve patogeneze etkilerini detaylı şekilde analiz etmeyi hedeflemektedir. Bu çalışmada elde edilen bulgulara göre; çocuk ve yetişkin grupları arasında BOS'taki CA-VII (p=0,023) ve CA-XII (p=0,047) düzeyleri anlamlı şekilde farklılık göstermiş, çocuklarda bu enzim düzeyleri daha yüksek bulunmuştur. Serum düzeylerinde ise yalnızca CA-IX enzimi anlamlı fark göstermiş (p=0,000) ve yetişkinlerde çocuklara kıyasla belirgin şekilde daha yüksek saptanmıştır. Ayrıca, çocuk grubunda BOS ve serum CA-XII düzeyleri arasında güçlü ve anlamlı pozitif bir korelasyon (r=0,794, p=0,001) bulunmuştur. Cinsiyete ve yetişkinlerdeki BOS-serum ilişkisine dair karşılaştırmalarda ise istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır. Çalışma, hidrosefali oluşum mekanizmalarının daha iyi anlaşılmasına katkı sağlamayı ve bu enzimleri potansiyel tanısal ve tedavi edici hedefler olarak değerlendirmeyi amaçlamaktadır.
Serviks kanseri hücre hattında 2z-(1,2- dihidro-6- metoksi-2-okso- 1-pentil-3h- indol 3- yliden) hidrazid benzoik asit (MDA77)' in KLK-6 ve KLK-8 proteinleri düzeyi üzerine etkisi
Serviks Kanseri Hücre Hattında 2z-(1,2- Dihidro-6- Metoksi-2-Okso- 1-Pentil-3h- İndol 3- Yliden) Hidrazid Benzoik Asit (MDA77)' in KLK-6 ve KLK-8 Proteinleri Düzeyi Üzerine Etkisi Serviks kanseri, özellikle İnsan Papilloma Virus (HPV) nedeniyle oluşan ve dünya genelinde kadınlarda meme, kolorektal ve akciğer kanserinden sonra en sık görülen dördüncü kanser türüdür. Tedaviye dirence sebep olarak hastalığın mortalitesini artırmaktadır. Erken tanı ve etkin tedavi stratejilerindeki gelişmelere rağmen serviks kanseri, küresel ölçekte önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Konvansiyonel ve hedefe yönelik tedavi alanında kaydedilen ilerlemelere karşın, yetersiz birincil tedavi yanıtı ve tedaviye bağlı toksisite, serviks kanseri yönetiminde karşılaşılan başlıca engeller arasında yer almaktadır. Kallikrein ilişkili peptidaz (KLK) gen ailesi, insan genomundaki en büyük proteaz gen kümesi tarafından kodlanmaktadır ve yüksek oranda korunmuş 15 serin proteazdan oluşmaktadır. Kallikrein (kininogen), arjinin ve lizin amino asitleri arasından proteinleri kesen enzimlerdir. KLK'lar inflamatuar yanıt, tromboz ve kan pıhtılaşmasının düzenlenmesinde önemli rol oynarlar. Kallikrein 6 (KLK-6), tripsin benzeri bir serin proteazdır. KLK-6 sinir sistemi plastisitesi sağlamasının yanı sıra hücre dışı matrisin yeniden şekillenmesinde, tümör istilası ve PI3K gibi kanser sinyal yolaklarının düzenlenmesinde rol oynadığı bulunmuştur. KLK-8, epidermal proliferasyon, farklılaşma, sinir sistemi plastisitesi düzenleme gibi biyolojik aktivitelerde rol alan hücre dışı serin proteazdır. KLK-8'in aşırı ekspresyonu, yumurtalık, rahim ağzı ve akciğer kanserleri de dahil olmak üzere birçok malignitede gözlenmiştir. Kannabinoidler, Cannabis sativa, Cannabis indica ve Cannabis ruderalis bitki türlerinden elde edilen aktif bileşiklerdir. Kannabinoidler etkilerini endokannabidinoid sistem reseptörleri (CB1, CB2 ve G-protein bağlı reseptörler) aracılığıyla gösterirler. Kannabinoidlerin tümör büyümesini engellediği çalışmalarda gösterilmiştir. Kannabinoidlerin, tümör hücresi proliferasyonunu inhibe etmek ve apoptoza yönlendirmek gibi anti-tümörojenik aktiviteye sahip olduğu bildirilmiştir. Bu çalışmada, HeLa hücre hattı kullanılarak kannabinoid türevi MDA77 ile kontrol ilacı olarak epigenetik düzenleyici A-485'in KLK-6 ve KLK-8 protein düzeyleri üzerindeki etkileri ELISA yöntemi ile incelenmiştir. Elde edilen bulgular, özellikle MDA77'nin KLK-6 ve KLK-8 proteinleri üzerinde A-485'ten daha güçlü bir inhibisyon etkisine sahip olduğunu göstermektedir. MDA77'nin serviks kanserinde potansiyel bir terapötik ajan adayı olabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: A-485, Kanser, KLK-6, KLK-8, MDA77, Serviks kanseri
Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemili hastaların ve sağlıklı vericilerin kemik iliklerinden elde edilen mezenkimal kök hücrelerin lösemik blastlar üzerindeki etkilerinin karşılaştırılması
Akut lenfoblastik lösemi çocukluk çağında en sık görülen kanserdir. Kür oranı yüksek olmasına rağmen, çocuklarda önde gelen ölüm sebeplerinden biridir. Kemik iliği mikroçevresi lösemi başlangıcında ve sürecinde önemli rol oynar. Mikroçevreyi oluşturan hücreler, özellikle mezenkimal kök hücreler (MKH), büyüme faktörleri, sitokinler ve hücre içi sinyallar üreterek ALL hücrenin sağkalımını, çoğalmasını ve ilaç direnci göstermesini düzenler. MKH'lerin lösemik hücre sağkalımına etkisi tam olarak bilinmemekle beraber salgılanan çeşitli sitokinler ya da blastlarla etkileşiminin etkisinin olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızda ALL'li ve sağlıklı bireylerin MKH'lerinin blastik hücreler üzerindeki apoptotik etkisi in vitro da hücre-hücre kontağı olmadan (membranlı) ve hücre-hücre kontağı sağlanarak (membransız) yapılan kokültür deneyleriyle incelenmiş ve blastik hücrelerin apoptotik özellikleri flow sitometri yöntemiyle analiz edilmiştir. Ayrıca MKH'ler de β-katenin proteinin ve apoptotik proteinler olan Bax, Bcl-2 ve Kaspaz 3'ün ekspresyon çalışmaları immunositokimyasal olarak belirlenmiştir. Kokültür sonuçlarımıza göre hasta ve sağlıklı MKH'lerin blastlarla etkileşiminde apoptotik anlamda bir fark olmadığı ancak membranlı ve membransız olarak kokültüre edilen blast hücrelerinin apoptoz oranlarının değiştiği saptandı. MKH'lerde incelenen β-katenin, Bax, Bcl-2 ve Kaspaz 3 ekspresyonunun hasta-sağlıklı gruplarda ve membranlı–membransız gruplarda değiştiği görüldü. Anahtar Kelimeler: Apoptoz, çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemi, mezenkimal kök hücre, β-katenin
Yeni sentezlenmiş kromon temelli sülfonamidlerin (KTS) sitozolik karbonik anhidraz I-II (CA I-II) ve tümör ilişkili karbonik anhidraz IX-XII (CA IX-XII) izoenzimleri üzerine inhibisyon etkilerinin araştırılması
Karbonik anhidraz (CA, EC. 4. 2. 1. 1) enzimi, karbondioksit/bikarbonat'ın hidratasyon/dehidratasyonunu geri dönüşümlü olarak katalize eden, çinko iyonu içeren metalloenzimlerden biridir. Sitozolik CA izoenzimlerinden CA I, eritrositlerde en bol miktarda bulunan enzim iken, diğer bir sitozolik izoenzim olan CA II çoğu organda yüksek eksprese olup birçok önemli fizyolojik sürece katkı sağlar. Tümör ilişkili izoenzimler CA IX ve CA XII ise hipoksi ile indüklenen, kanser süreci ile ilişkili olan ve birçok tümörde yüksek eksprese edilen tümör ilişkili proteinlerdir.Bu çalışmada on iki adet yeni sentezlenmiş kromon temelli sülfonamid (KTS) türevi bileşiklerin CA-I, CA-II, CA-IX ve CA-XII izoenzimleri üzerine inhibisyon etkisi in vitro olarak incelemiştir. CA aktivitesinin belirlenmesinde hidrataz aktivitesi kullanılmış ve Stopped flow kinetik cihazı ile ölçüm yapılmıştır. Yeni sentezlenmiş kromon temelli sülfonamidler ile yapılan inhibisyon çalışmalarına göre, tümör ilişkili CA-IX için 7a ve 11a bileşikleri, tümör ilişkili CA-XII için ise 4a ve 10a bileşikleri en etkin bileşikler olmuştur. CA-IX için kinetik değerler, 7a ve 11a bileşikleri için sırasıyla Ki= 14.26 nM ve Ki= 18.39 nM'dır. CA-XII için kinetik değerler, 4a ve 10a bileşikleri için sırasıyla Ki= 4.54 nM ve Ki= 5.23 nM'dır. Kromon temelli sülfonamid türevi olan söz konusu bu bileşiklerin tümör ilişkili CA-IX ve CA-XII izoenzimlerine karşı seçicilik gösterdiği tespit edilmiştir. Seçicilik gösteren bu bileşiklerin bazı klinik uygulamalarda tedavilere yeni yaklaşımlar getirebilecekleri düşünülmektedir.
Çocukluk çağı akut miyeloid lösemilerinde kemik iliğinden köken alan mezenkimal stromal hücrelerin biyolojik ve immünolojik özellikleri
Akut miyeloid lösemi (AML), çocukluk çağında sık görülen lösemi tiplerindendir ve kemik iliğinde anormal blastların birikimi ile karakterize edilmektedir. Çalışmamızda AML hastalarının kemik iliğinden alınan MKH'ler ile sağlıklı bireylerin kemik iliğinden alınan MKH'lerin biyolojik ve immünolojik karşılaştırılması yapıldı. Çalışmamız 7 AML hastası ve 7 sağlıklı verici ve 1 sağlıklı mononükleer hücre vericisi (MNC) olmak üzere toplam 15 birey üzerinden yürütülmüştür. MKH'lerin morfolojik, popülasyonun ikiye katlanması (PD), adipojenik ve osteojenik farklılaşması ve hücresel canlılığı incelenmiştir. AML hastaları ve sağlıklı MNC vericisinin periferik kanlarından izole edilen MNC'lerin T hücre aktivasyon belirteçlerinden (CD3, CD4, C25, CD69 ve HLA-DR) kapılama pozitif/pozitif olanların yüzdelerine flow sitometri cihazı ile bakılmıştır. En son deney aşamasında MNC ile etkileşime giren MKH'nin hücresel canlılıkları yüzdece değerlendirilmiştir. PD değerlerinin AML hastaları ile sağlıklı bireylerde benzer olduğu tespit edilmiştir (z= 1.074; p=0.394). PHA eklenen ve PHA eklenmeyen kuyucuklarda, CD değişken değerlerine ait sonuçlar benzerdir (p>0.05). AML hastalarına ait kuyucuklarda hücresel canlılık değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark olmadığı belirlenmiştir (x2= 2.184; p=0.823). Sağlıklı bireyler için elde edilen hücresel canlılık değerleri tüm kuyucuklar için benzerdir (x2= 10.714; p=0.057). Kuyucuk 2'de sağlıklı bireyden elde edilen değerler, AML hastalarından elde edilen hücresel canlılık değerlerine göre istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur (z= 2.246; p=0.026).
Benzotiyazol grubu içeren sülfonamidlerin tümör ilişkili karbonik anhidraz IX XII(CA-IX, CA-XII) izoenzimleri ve sitozolik karbonik anhidraz I, II (CA-I, CA-II) izoenzimleri üzerine spesifik inhibisyon etkilerinin incelenmesi
Karbonik anhidrazlar (CA, EC 4.2.1.1) metabolize dokular ve akciğerler arasında CO2 /HCO3- transport ve respirasyonu, pH ve CO2 homeostazisi, çeşitli doku ve organlarda elektrolit sekresyonu, biyosentetik reaksiyonlar (glukoneogenez, lipogenez, ürogenez vb.), kemik yıkımı, kalsifikasyon, tümör gelişimi gibi pek çok fizyolojik ve patolojik süreçte görev alırlar. CA-I ve CA-II memeli kırmızı kan hücrelerinde bulunan iki ana sitozolik CA izoformudur. CA-IX ve CA-XII ise tümör ilişkili-CA izoenzimleridir ve bu izoenzimler ekstrasellüler asidifikasyonu tetikleyerek tümör gelişimine katkıda bulunurlar. Araştırmamızda yeni sentezlenmiş olan benzotiyazol grubu içeren 14 adet sekonder sülfonamid türevi CA inhibitörünün, CA-I, CA-II, CA-IX, CA-XII üzerine olan inhibisyon etkileri incelenmiştir. İnhibisyon çalışmaları SX.18MV-R Applied Photophysics Stopped-Flow Kinetik aleti ile yapılmıştır. CA-I ve CA-II için en etkin inhibisyonu gösteren bileşik AnA14 bileşiği olarak tespit edilmiştir. AnA14 bileşiğinin inhibisyon değerleri CA-I ve CA-II için sırasıyla 8,11 ve 0,19 μM olarak bulunmuştur. Diğer inhibitörler ise CA-IX ve CA-XII izoenzimleri üzerinde CA-I ve CA-II'ye göre daha etkili bir inhibisyon etkisi göstermiştir.
MCL-1 inhibitörü AZD5991 ile genisteinin kombinasyon terapisinin MCF-7 meme kanseri hücrelerinde sinerjik etkisinin araştırılması
Meme kanseri, dünyada oldukça yaygın görülen ve kadınlarda en yüksek mortaliteye sahip kanserdir. Erken teşhis sayesinde ölüm oranları azalırken, çoğu hasta için hayatta kalma oranları artmaktadır. Ancak tedavi maliyetleri, yan etkiler ve direnç gibi sorunlar nedeniyle alternatif tedavilere ihtiyaç duyulmaktadır. AZD5991, hücrelerin yaşam döngüsü ve apoptozis gibi biyolojik süreçlerinde rol oynayan önemli bir gen olan Mcl-1 proteinini inhibe ederek apoptozu tetikler Bazı kurubaklagillerde bulunan ve bir izoflavon olan genistein de kanser hücrelerinde benzer süreçleri kontrol edebilen potansiyel kemoterapötik bir ajandır. Literatürde bu iki ajanın birlikte kullanımıyla ilgili bir çalışma bulunmamaktadır. Bu doğrultuda çalışmamızda, Mcl-1 inhibitörü AZD5991 ile genistein izoflavonunun kombinasyon terapisinin insan meme kanseri MCF-7 hücre hattında sitotoksik, antiproliferatif ve apoptotik etkileri ile protein düzeyleri üzerine olan etkileri kontrol gruplarıyla karşılaştırılmalı olarak incelenmiştir. Elde edilen veriler, Graphpad prism ve İmageJ programlarında analiz edilmiştir. Hücre canlılığı, SRB testiyle belirlenmiş; optimum etkinlik 48 saatlik inkübasyon sonrasında sırasıyla 100 µM Genistein, 30 µM AZD5991 ve 73 µM Genistein + 10 µM AZD5991 kombinasyon dozlarında elde edilmiştir. Genistein ve AZD5991'in tekli uygulamalarında hücre canlılığı sırasıyla %63 ve %61 olarak belirlenirken, kombinasyon uygulamasında bu oran %43'e düşmüştür. Hücre göçü, yara iyileşme testi ile analiz edilmiş; Genistein ve AZD5991'in migrasyonu anlamlı derecede inhibe ettiği gözlemlenmiştir (p<0.0001). Apoptoz, JC-1 boyası ile mitokondriyal membran potansiyeli üzerinden değerlendirilmiştir. Genistein, AZD5991 ve Kombine tedavilerinin MCF-7 hücrelerinde hedeflenen genlerin ekspresyon düzeyleri üzerindeki etkileri değerlendirilmiştir. Bax, Bcl-2, Caspase-9, P21 ve Caspase-8 genlerine ait ΔΔCt ve kat değişimi (fold change) analizleri, Genistein tedavisinin Bax, Bcl-2, Caspase-9, P21 ve Caspase-8 genlerinin ekspresyonunda anlamlı farklılıklara yol açtığını göstermiştir. Apoptotik hücre ölümü ile ilişkili Mcl-1, Bax, P21, P53 ve Parp-1 proteinlerinin ifadeleri western blot yöntemiyle incelenmiştir. MCF-7 hücrelerinde tek başına AZD5991 ve Genistein uygulamaları ile kombinasyon tedavisinde Mcl-1protein ifadesinin azaldığı, Bax ifadesinin ise arttığı gözlemlenmiştir. Çalışmamızdan elde ettiğimiz veriler, meme kanseri tedavisinde, Genistein ve AZD5991'in kullanımı üzerine yapılacak ileri çalışmalar için ön veri oluşturması açısından değerlidir. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri; MCF-7; Apoptoz; AZD5991; Genistein; Mcl-1