Theses supervised by Prof. Dr. Işıl Var Öngel
11 theses · Çukurova University
Bakteriyofajların bazı gıda ve klinik örneklerden izole edilen Salmonella spp. ve Salmonella biyofilmi üzerine etkisi
Salmonella ve Salmonella biyofilmi dünya genelinde öncelikle gıda sektörü ve klinikde gastrointestinal rahatsızlıklara neden olmaktadır. Son yıllarda antibiyotikler ve dezenfektanlar patojenlere ve onların biyofilm yapılarına karşı etkili olamamaktadır. Bu nedenle bakteriyofaj terapisi gibi yeni mücadele yöntemleri ortaya konmaktadır. Bu çalışmada bakteriyofajların Salmonella spp. ve Salmonella biyofilmi üzerine etkisini araştırmak için 191 adet Gıda örneği (24'ü tavuk eti, 63'ü balık eti, 22'si kırmızı et, 72'si yer fıstığı ve 10'u çeşitli sebzeler), 37 adet gıda işletmesinden alınan tüm malzeme ve ekipman yüzey örnekleri, 9 adet su örneği (seyhan nehri, seyhan gölü, sulama kanalı, kanalizasyon suları ve süt işletmesi atık suları) ve klinik örnek olarak 43 safra taşı ve 25 diş örneği incelenmiştir. Bakteriyofaj olarak ise bu çalışmada 4 adet su örneğinden izole edilen fajlar ve ve Hollanda'dan temin edilen Salmonellex™ fajı kullanılmıştır. Sonuç olarak 37 gıda işletme yüzeyinin 12'sinde, 24 tavuk etinin 22'sinde, 22 kırmızı etin 12'sinde, 9 su örneğinin 3'ünde ve 25 diş örneğinin 2'inde toplamda 51 Salmonella spp. izolatı elde edilmiştir. Şüpheli bu Salmonella spp. izolatların PCR ve API 20E test kiti ile doğrulanmaları yapıldığında 48 izolatın Salmonella spp. olduğu belirlenmiştir. Salmonella bakteriyofajı izolasyonunda da analize alınan 8 su örneğinin sadece 4'ünden izolasyon gerçekleştirilmiştir. İzole edilen bu fajlar TEM ile hücre morfolojisi ve PFGE yapılarak genom büyüklüğü değerlendirilmiştir. PSCs1, PSDs1, PSSr1 ve PSMc1 olarak kodlanmış olan fajların Miyoviridae ailesine, PSCs2'nin ise Siphoviridae ailesine ait olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca ticari olarak kullanılan Salmonellex™ faj preparatının içeriği incelendiğinde Miyoviridae ailesinden iki farklı bakteriyofaj bulundurduğu gözlenmiştir. Analize alınan örneklerden izole edilen seçilmiş 5 Salmonella spp.ve referans suşa mikroplakada,çelik yüzeyde safra taşında ve diş örneklerinde biyofilm oluşturulmuştur. Mikroplaka'da oluşturulmuş olan Salmonella biyofilm üzerine izole edilen fajların ve Salmonellex™ fajının azalma etkisi incelendiğinde PSDs1 bakteriyofajı 1011 PFU/mL'lik bir titrede, % 65.6 olarak en yüksek etkiyi göstermiştir. Safra taşları ve diş örnekleri ve çelik yüzeyinde oluşturulan aynı suşlara ait biyofilmler üzerine ise araştırmada kullanılan 6 faj'ın hepsinin yine1011 PFU/mL'lik faj titresinde etkili olduğu görülmüştür.
Adana piyasasında satışa sunulan süt ve peynirlerde clostridium tyrobutyricum varlığının araştırılması
Geç şişme özellikle düşük asitli, sert ve yarı sert peynirlerde görülen süt endüstrisinde önemli ekonomik kayıplara sebep veren genellikle Clostridium tyrobutyricum kaynaklı bir kalite problemidir. Bu çalışmada peynirde geç şişme problemine yol açan Clostridium tyrobutyricum bakterisinin Adana piyasasından toplanan süt ve peynir örneklerinde varlığı araştırılmıştır. Örnekler, aynı zamanda, toplam koliform, Escherichia coli, Escherichia coli O157:H7 ve toplam aerobik mezofilik bakteri açısından da değerlendirilmiştir. Analiz edilen toplam 100 örneğin 15'inden Clostridium tyrobutyricum izole edilmiştir. Clostridium tyrobutyricum izole edilen bu örneklerin 1'ini UHT süt, 6'sını çiğ süt, 1'ini pastörize süt, 3'ünü kaşar peynir ve 4'ünü beyaz peynir örnekleri oluşturmaktadır. Ayrıca analize alınan örneklerin 30'unda koliform grubu bakteriler 2.30 EMS/ml - <110.00 EMS/ml aralığında bulunmuştur. Koliform grubu bakteriler gözlemlenen bu 30 örneğin 20'sinde 9.30 EMS/ml - <110.00 EMS/ml aralığında Escherichia coli tipI, 1'inde ise 2.30 EMS/ml oranında Escherichia coli O157:H7 tespit edilmiştir. Analiz edilen örneklerin 42'sinde toplam aerobik mezofilik bakteri miktarının 1x102 - 1.6x104 kob/ml aralığında olduğu saptanmıştır.
Pirinç unu ve pirinç unu bazlı gıda örneklerinden izole edilecek Bacillus cereus'un klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanması
Doğada yaygın olarak bulunan Bacillus cereus, bir yandan gıda bozulmaları, diğer yandan kusma ve ishal gibi şikâyetler ile insanlarda gıda zehirlenmelerine sebep olan ve intoksikasyon yapan bir bakteridir. Bu çalışmada Bacillus cereus varlığını araştırmak üzere pirinç unu ve pirinç unu bazlı toplam 192 adet gıda örneği kullanılmıştır ve örnekler Adana piyasasından tedarik edilmiştir. Klasik yöntem ile izole edilen toplam 32 izolattan 10'u Bacillus cereus olarak tanımlanırken, 14'ü Bacillus subtilis, 4'ü Escherichia coli, 2'si Pseudomonas aeruginosa, 2'si Proteus mirabilis olarak belirlenmiştir. İzolatların 74 bebek maması örneğinin 18'sinden (oransal olarak %24.3), 50 ambalajlı pirinç unu örneğinin 11'sinden (oransal olarak %22), 10 dökme satılan pirinç unu örneğinin 3'ünden (oransal olarak %30) olduğu tespit edilmiştir. Klasik yöntemle Bacillus cereus olarak tanımlanan suşlar PCR yöntemi ile moleküler olarak da tanımlanmıştır. Bacillus cereus'ların genotipik yakınlıklarının tespiti amacı ile RAPD- PCR yöntemi kullanılmıştır ve çalışmaya bütün suşlar dahil edilmiştir. Bacillus cereus suşlarının arasındaki genetik yakınlık incelendiğinde %70'lerde kaldığı görülmüştür. Sonuç olarak; genetik olarak birbirlerinden farklı oldukları ve tek kaynaktan köken almadıkları
Yer fıstığı ve ayçiçeği yağı eldesinde farklı ekstraksiyon yöntemlerinin aflatoksinlerin yağa geçişi üzerine etkileri
Bu çalışmada, yer fıstığı ve ayçiçeğinin yağ eldesinde kullanılan ekstraksiyon yöntemlerinin yağa geçen aflatoksin miktarına etkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, aflatoksin içermeyen yer fıstığı ve ayçiçeği örnekleri 5 ve 10 µg/kg konsantrasyonlarında aşılandıktan sonra üç farklı ekstraksiyon yöntemiyle yağları çıkarılmış ve elde edilen yağlarda ve küspelerde HPLC-FLD cihazında aflatoksin analizi yapılmıştır. 5 µg/kg aşılanmış yer fıstığından elde edilen yağlara geçen aflatoksin miktarları soğuk preste 1.29 (%25.8) µg/kg, kavrulmuş tohumların soğuk preslenmesinde 1.11 (%22.2) µg/kg ve çözgen (hekzan) ekstraksiyon yönteminde ise 1.03 (%20.6) µg/kg bulunmuştur. Yer fıstıkları 10 µg/kg aşılandığında yağlara geçen aflatoksin miktarları sırasıyla 2.69 (%26.9) µg/kg, 2.37 (%23.7) µg/kg, 2.19 (%21.9) µg/kg olarak bulunmuştur. Ayçiçeğinden elde edilen yağlara geçen aflatoksin miktarları ise 5 µg/kg aşılananlarda soğuk preste 2.76 (%55.2) µg/kg, kavrulmuş tohumların soğuk preslenmesinde 1.87 (%37.4) µg/kg ve çözgen (hekzan) ekstraksiyon yönteminde ise 0.91 (%18.2) µg/kg bulunmuştur. 10 µg/kg aşılananlarda ise sırasıyla 5.77 (%57.7) µg/kg, 4.69 (%46.9) µg/kg ve 1.96 (%19.6) µg/kg olarak bulunmuştur. Çalışılan her iki aflatoksin konsantrasyonunda ve her iki yağlı tohumda en fazla yağa aflatoksin geçişi soğuk pres yöntemiyle olmuş, bunu kavrulmuş tohumların soğuk preslenmesiyle elde edilen yağlar takip etmiş, en az geçiş çözgen (hekzan) ektraksiyon yönteminde olmuştur.
Mersin merkez ilçelerinde yaşayan farklı sosyo -ekonomik düzeydeki kadınların yiyecek hazırlama, pişirme, saklama ve sunma uygulamaları üzerine bir araştırma
Bu araştırmada; Mersin Merkez ilçelerinde ikamet eden çalışmaya katılmayı kabul eden farklı sosyo-ekonomik düzeye sahip kadınların yiyecek hazırlama, pişirme, saklama ve sunma uygulamaları incelenmiştir. Bu uygulamaların tespitinde literatür taraması sonucu elde edilen bilgilerden yola çıkılarak amaca uygun hazırlanan anket formları kullanılmıştır. Tesadüfi örneklem yöntemi ile seçilmiş kadın katılımcıların anket sorularına verdiği cevaplar veri olarak değerlendirilmiştir. Ankete katılan kadınların yaşları 35.17±11.25 olup %38.2' nin ev hanımı, % 40.5'nin üniversite mezunu olduğu görülmüştür. Katılımcıların el hijyeni konusundaki en düşük bilgi düzeyinin el dezenfektanı kullanımı ile ilgili olduğu görülmüştür.% 16.6' nın yumurtayı saklamadan önce yıkadıkları, % 36'nın çatlak ve kırık yumurtaları yemeklerde kullandıkları, % 11.4'nün filizlenmiş sebzeleri yemeklerde kullandığı, %51 inin küflenmiş besinlerin küflü kısımlarını atarak kullandığı, % 43.8'nin bombaj yapmış ürünleri (konserve, peynir, ayran vs.) kullandıkları,%64.6'nın çiğ et doğradıkları tahtada başka bir ürün doğradığı, % 27.1'nin dondurulmuş ürünleri çözdükten sonra tekrar kullandığı, % 70.8 dondurulmuş ürünü dışarıda oda sıcaklığında çözündürdüğü görülmüştür. Açık süt alan katılımcıların %25.5' i sütleri kaynamaya başladıktan sonra 2-5 dakika kaynatma işlemi uyguladıklarını,%8.5 inin ise 20 dakika kaynatma işlemini gerçekleştirdiği belirlenmiştir. Katılımcıların %47.5' i kızartma yağlarını tekrar kullanmadıklarını, % 88,5'i çelik malzemelerden yapılan pişirme kaplarını kullandıklarını, % 38.2 ise tat kontrolünü yemek pişirmede kullandıkları aynı kaşık, kepçe vb. ile yaptıklarını belirtmişlerdir. Aile bireylerinin tek kaptan yemek yeme oranı % 14.9 olarak görülmüştür. Pişmiş ürünleri tekrar ısıtma uygulamasında, pişen ürünleri % 85.8 i tüketebileceği ısıda işlem uygularken, pişirme sıcaklığının üzerinde ısıtma oranı ise % 14.2dir. Bu oran istatistik sonuç olarak önemli bulunmuştur. Bireylerin sosyo demografik ve ekonomik özelliklerinin yiyecek satın alma, muhafaza, pişirme ve sunma aşamalarında farklılıklara neden olduğu gözlemlenmiştir.
Bazı rafinasyon işlem basamakları ile yağ ekstraksiyon yöntemlerinin antep fıstığında toplam aflatoksin ve zeytinde okratoksin a düzeylerine etkisi
Bu çalışmada farklı ekstraksiyon metotlarının Antep fıstığında aflatoksin ve zeytinde OTA üzerine etkileri ile rafinasyon işlem basamaklarının Antep fıstığı yağında aflatoksin ve zeytinyağında OTA üzerine etkileri araştırılmıştır. Antep fıstığı örneklerinden yağ ekstraksiyonu için, doğal kontamine örnekler ve 15 µg/kg Toplam Aflatoksin aşılanmış örnekler olmak üzere iki farklı örnek grubu kullanılmıştır. Çalışmada soğuk sıkım, kavrulmuş örneklerden soğuk sıkım, n-hekzan ile soxhlet ekstraksiyonu ve petrol eteri ile soxhlet exktraksiyonu metotları kullanılarak yağ ekstraksiyonu yapılmıştır. Yağ ekstraksiyonu metotlarının her iki örnek grubunda da aflatoksinin yağa geçişi üzerine etkili olduğu ve metotlar arasında farklılık bulunduğu belirlenmiştir. Doğal kontamine örneklerde, Antep fıstığı yağına en düşük toplam aflatoksin geçişi %9.04 oranıyla n-hekzan ile soxhlet ekstraksiyonunda gerçekleşmiş, bunu %11.30 oranıyla petrol eteri ile soxhlet ekstraksiyonu takip etmiştir. Yağa en fazla aflatoksin geçişinin %17.18 oranıyla kavrulmuş örneklerden soğuk sıkım metodu ile %18.39 oranıyla soğuk sıkım metotlarında gerçekleştiği tespit edilmiştir. Aflatoksin aşılanmış Antep fıstığı örneklerinde ise yağa en düşük aflatoksin geçişi %10.80 oranıyla n-hekzan ile soxhlet ekstraksiyonunda ile %12.12 oranıyla petrol eteri ile soxhlet ekstraksiyonu metodunda gerçeklemiş, bunları %17.10 oranıyla kavrulmuş örneklerden soğuk sıkım metodu takip etmiş ve yağa en yüksek aflatoksin geçişi %19.20 oranıyla soğuk sıkım metodunda gerçekleşmiştir. Zeytin örneklerinden yağ ekstraksiyonu için, doğal kontamine örnekler ve 15 µg/kg OTA aşılanmış örnekler olmak üzere iki farklı örnek grubu kullanılmıştır. Çalışmada soğuk sıkım, sıcak sıkım, n-hekzan ile soxhlet ekstraksiyonu ve petrol eteri ile soxhlet ekstraksiyonu metotları kullanılmıştır. Her iki örnek grubunda da yağ ekstraksiyonu metotlarının OTA'nın yağa geçişi üzerine etkili olduğu ve metotlar arasında farklılık bulunduğu belirlenmiştir. Doğal kontamine zeytin örneklerinde, zeytinyağına en düşük OTA geçişi % 8.98 oranıyla petrol eteri ile soxhlet ekstraksiyonu ile %14.84 oranıyla n-hekzan ile soxhlet ekstraksiyonu metodunda gerçekleşmiş, en yüksek OTA geçişi ise %30.33 oranıyla sıcak pres metodu ve %34.46 oranıyla soğuk pres metodu ile yapılan yağ ekstraksiyonu metodunda gerçekleştiği tespit edilmiştir. OTA aşılanmış örneklerde zeytinyağına en düşük OTA geçişi, % 6.23 oranıyla petrol eteri ile soxhlet ekstraksiyonunda gerçekleşmiş, bunu %17.23 oranıyla n-hekzan ile soxhlet ekstraksiyon metodu takip etmiş, en yüksek OTA geçişinin ise %36.80 oranıyla sıcak pres metodu ile %39.94 oranıyla soğuk pres metodunda gerçekleştiği tespit edilmiştir. Rafinasyon çalışmasında, rafinasyon işlem basamaklarının Antep fıstığı yağında aflatoksin ve zeytinyağında OTA üzerine etkilerini belirlemek için degumming, nötralizasyon ve ağartma prosesleri kullanılmıştır. Antep fıstığı yağı çalışmasında aflatoksin içermeyen Antep fıstığı yağına 15 µg/kg aflatoksin aşılanmış ve bu yağ örneklerine rafinasyon işlemi uygulanmıştır. Antep fıstığı yağında aflatoksinleri azaltmada en etkili işlem basamağı %69.50'lik oranla degumming olmuş, bunu %58.19'luk oran ile nötralizasyon ve % 21.49'lık oranı ile ağartma izlemiştir. Rafinasyon işleminin bitiminde Antep fıstığı yağında aflatoksin miktarının %90.33 oranında azaldığı tespit edilmiştir. Zeytinyağı çalışmasında ise, zeytinyağı örneklerine 15 µg/kg miktarında OTA aşılanmış ve rafinasyon işleminin OTA üzerine etkileri incelenmiştir. Çalışma sonucunda zeytinyağında OTA üzerine en etkili yöntemin % 92.37'lik oranla nötralizasyon olduğu, bunu % 39.04 oranı ile ağartma ve % 49.25 oranı ile degumming'in izlediği belirlenmiştir. Rafinasyon işleminin bitiminde zeytinyağındaki OTA miktarının %97.80 oranında azaldığı belirlenmiştir. Antep fıstığı ve zeytin ile yapılan çalışmalar sonucunda hem aflatoksin, hem de OTA miktarlarının yağ ekstraksiyonu ve rafinasyon işlem basamaklarının kombine uygulanmasıyla son üründe aflatoksin/OTA miktarının oldukça düşük seviyelere düşürülebileceği belirlenmiştir.
Identification of efflux pump mutants and genetic variants conferring cross-resistance between bedaquiline and clofazimine in Mycobacterium tuberculosis clinical strains
TB is a contagious, endemic infectious disease with polymorphic clinical and radiological features. The prognosis of this disease is usually favorable under well-conducted treatment. The treatment is based on anti-tuberculosis drugs whose success requires compliance with treatment; Bedaquiline and Clofazimine are included in the use of drugs in WHO category 5 antibiotics. That's why the genetic bibliography on resistance mechanisms for the two antibiotics is lacking. This study is the first in Turkey, using 100 local MDR-TB strains to show the mechanisms of resistance in relation to MIC values. Our work is based genetically on the isolation of spontaneous mutants in the genes PepQ, RV0678, and Rv1666 through sanger sequencing and the effect on the expression of the efflux pump, phenotypically on the determination of MIC values, and, in the end, epidemiologically on the building of a table that will improve the bibliography of resistance by using spoligotype methods. MIC values of bedaquiline and clofazimine for our TB strains were determined as 0.25 g/mL:>6.4 g/mL and 0.016 g/mL:>3 g/mL, respectively. The mutations responsible for cross-resistance to bedaquiline and clofazimine in our Turkish strains were not detected by Sanger sequencing, but we did find the mutation C415A in the PepQ gene. Among the clinical samples of Turkish patients, according to the result obtained by the Spoligotyping method, Ghana families with 45.9% members and LAM families with 28.6% members were determined. In conclusion, the mutations we observed reduce the antituberculous effect but do not create a complete resistance for cross-resistance; It has been determined that the high MIC values have a significant bactericidal activity, especially when combined with two antibiotics.
Gıda örneklerinde norovirüs ve rotavirüslerin moleküler ve serolojik yöntemler ile saptanması karakterizasyonu ve virüsler üzerine dezenfektanların etkilerinin belirlenmesi
Gda kaynaklı gastroenterit salgınlarının genellikle bakteriyel kaynaklı olduğu düşünülse de, bu salgınların %67'sinin virüslerden kaynaklandığı bildirilmektedir. Bu amaçla bu çalışmada Adana/Türkiye'den alınan çeşitli gıdalarda norovirüs (NV) ve rotavirüs (RV) riski değerlendirilmiştir. Sistematik Derleme ile potasiyel kontamine gıdalar belirlenmiş ve bu belirlenen gıdalarda hem serolojik hem de moleküler yöntemlerle NV ve RV varlığı araştırılmıştır. Serolojik yöntem olarak immünokromatografik hızlı test kasetleri, moleküler yöntem olarak ise RT-PCR tercih edilmiştir. Bunun yanı sıra çöktürme işlemi işlemi ile ve proteinaz K enzimi kullanılarak virüs saflaştırma yapılmıştır. Çalışmadaki metotların performansını belirlemek için, 10 üzeri 9 NV ve RV genom kopya/ml inoküle edilmiş marul örnekleri ile geri kazanım işlemi gerçekleştirilmiştir. Ayrıca NV ve RV ile kontamine edilmiş çeşitli yüzeylere farklı dezenfektanlar uygulanarak bu virüslere karşı antimikrobiyal aktivite değerlendirilmiştir. Yapılan çalışmada tekerrürleriyle birlikte 7 gıda grubundaki gıdalardan toplamda 120 gıda örneği kullanılmıştır. Bu 120 gıda örneği arasında marul, salatalık, dereotu, nane, ıspanak, maydanoz, yeşil soğan, kırmızı biber, turp, semizotu, domates, havuç, mevsimlik salata, soğan salatası, ezme salata, pişmiş soğan, kıyma, tavuk göğsü, tavuk budu, çiğ balık, taze çilek, dondurulmuş çilek, taze böğürtlen, dondurulmuş böğürtlen, musluk suyu, bici-bici, havuç suyu, portakal suyu, donmuş ıspanak, donmuş mısır, donmuş bezelye, donmuş kırmızı fasulye, çiğ süt, peynir, tereyağı, yoğurt, ekmek, simit, poğaça ve pide bulunmaktadır. Çalışma sonucunda her iki metot ile bu gıda örneklerinde NV ve RV'ye rastlanmamıştır. Fakat metotların performansının gıdalarda yüksek virüs yoğunluklarında etkili oldukları belirlenmiştir. Marul örneklerine inoküle edilen yüksek yoğunluktaki NV ve RV'ün saptanmasında ilk 48 saat içinde virüsler belirlenebilmiş, fakat 48 saat sonra kullanılan yöntemlerinin etkin olmadığı gözlenmiştir. Çeşitli gıdalarda düşük virüs yoğunluklu NV ve RV'nin tanı yöntemlerinden RT-PCR ve immünokromatografik hızlı test kasetleri ile saptanamayacağı görülmüştür. Bu durumun gdaların protein, yağ ve karbonhidrat oranları açısından farklılık göstererek karmaşık matriks yapılarına sahip olmaları ve süreç içerisinde virüslerin çeşitli şekillerde bu yapılara bağlanmasından kaynaklandığı düşünülmüştür. Son yıllarda, gıda kaynaklı gastroenterit salgınlarının artmasıyla birlikte, virüslere karşı kullanılan dezenfektanların etkinliği sorgulanmaya başlanmıştır. Yaptığımız çalışmada marul, cam tabak ve plastik eldivene aşılanmış NV ve RV üzerine uygulanan dezenfektanların antimikrobiyel etkisine bakıldığında; etken madde oranı %10 sodyum hipoklorit ve %1 sodyum hipoklorit olan dezenfektanlar antimikrobiyel etki gösterirken, %0.0015 hipokloröz, %1 metilizotiazolinon içeren deterjan ve %65 etil alkol içeren dezenfektanların virüsler üzerine herhangi bir etkisi gözlenmemiştir. Ev ve işletmelerde kullanılan bu dezenfektanların firmaların önerdiği oranlarda kullanılmasına rağmen NV ve RV üzerine antimikrobiyel etkisinin olmaması bu ürünlerin geliştirilmesi ya da bu amaçla kullanılmaması gerektiğini göstermiştir.
Mycobacterium tuberculosis complex suşlarında pirazinamid direncinin genetik mekanizması ve bedakulin direnci arasındaki ilişkinin moleküler yöntemlerle sorgulanması
Tüberküloz (TB), bilinen en eski hastalıklardan birisidir. Günümüzde özellikle çoklu ilaca dirençli (MDR- ÇİD) ve yaygın ilaca dirençli (XDR – YİD) Tüberküloz basilleriyle enfekte olmuş hasta sayısının artması, hastalığın kontrolündeki en büyük problemdir. Ancak ileri moleküler metotlarla direncin moleküler mekanizması tespit edilerek uygun tedavi rejimleri kısa sürede belirlenebilmektedir. Son yıllarda onaylanan ilaçlardan olan Bedakulinin (BDQ) Pirazinamid (PZA)ile birlikte kullanılması tedavi sürecinin etkili olduğunu düşündürmektedir. Bu çalışmanın amacı, tüberküloz şüphelilerinin klinik örneklerinden izole edilen MDR ve tamamen ilaca duyarlı M. tuberculosis suşları arasında PZA ve BDQ direnci ile ilgili olduğu düşünülen genlerdeki mutasyonları değerlendirmek ve aralarındaki ilişkiyi sorgulamaktır. Türkiyenin 7 farklı ilinden tüberküloz ön tanısı ile Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarında gelen klinik materyalden izole edilen 41 MDR ve 30 tamamen duyarlı toplam 71 MTB örneğin için fenotipik ve genotipik yöntemlerle 1'inin (%1.4) M.bovis 70'inin (%98.6) M. tuberculosis olduğu, ilaç duyarlılık testi (IDT) sonucunda 41 MDR susun 30'unun( %73)PZA dirençli, 11'nin (%27) PZA duyarlı olduğu , %76 'sının izoniazid-rifampisine dirençli olduğu tespit edilmiştir. Sanger sekans dizi analizi ile 27 pncA, 14 panD mutasyonu bulunurken hadC ve Rv0678 genlerinde herhangi bir mutasyon tespit edilmemiştir.
Bakteriyofajların bazı gıdalardan ve gıda işletmelerinden izole edilen Listeria spp. ve onların oluşturduğu Listeria biyofilmi üzerine etkisi
Listeria ve Listeria biyofilmi dünya genelinde öncelikle gıda sektörü ve halk sağlığı açısından önemli gıda kaynaklı hastalıklara neden olmaktadır. Son dönemlerde, patojenlere ve onların biyofilm yapılarına karşı kullanılan antibiyotikler ve dezenfektanlar yetersiz kalmaktadır. Bu durum bakteriyofaj terapisi gibi yeni mücadele yöntemlerinin geliştirilmesine yol açmıştır. Bu çalışmada bakteriyofajların Listeria spp. ve onların oluşturduğu biyofilmler üzerine etkisini araştırmak için toplam 154 adet örnekte tarama çalışması yapılmıştır. Toplam 38 izolat Listeria spp. olarak doğrulanmıştır. İzolasyonu yapılan Listeria spp.'lerden 5'i bu çalışmada kullanılmıştır, ayrıca 4 farklı referans suş ile de çalışılmıştır. Bakteriyofaj olarak ListexTM P100 fajı ve Canterbury Üniversitesi'nden temin edilen FMWLLM3 bakteriyofajı kullanılmıştır. Alınan örneklerden izole edilen Listeria'lar ile mikroplakada ve gıda ile temas eden yüzeylerde (çelik, galvaniz, plastik) biyofilm oluşturulmuştur. ListexTM P100 bakteriyofajının (106 pob/ml konsantrasyonda) çeşitli yüzeylerde 37°C'de 9 günlük inkübasyonu sonrasında en fazla azalmanın yerel izolat L. monocytogenes üzerine 3,96 log iken 25°C'de 9 günlük inkübasyon sonrasında en fazla azalma L. monocytogenes ATCC #13932 üzerine 3,56 log ile olduğu belirlenmiştir. FMWLLM3 bakteriyofajının (106 pob/ml konsantrasyonda) 37°C'de 9 günlük inkübasyonu sonrasında en fazla azalmayı 4,7 log L. monocytogenes Lm 2000/47 üzerine olduğu görülmüştür. FMWLLM3 bakteriyofajının (106 pob/ml konsantrasyonda) 25°C'de 9 günlük inkübasyon sonrasında sonunda en fazla azalmanın L. monocytogenes Lm 2000/47 üzerine 2,88 log olduğu belirlenmiştir. Bunu 2,50 log azalma ile L. monocytogenes takip etmiştir. SEM mikroskobu ile yapılan incelemelerde denemeye alınan tüm yüzeylerde (paslanmaz çelik, plastik ve galvaniz) Listeria spp.'ler biyofilm oluşturmuş ve bu biyofilmler üzerine her iki fajın (106 pob/ml konsantrasyonunun etkisi gözlemlenmiştir. Bu çalışmada ayrıca 5 farklı örnekte (Balık parçaları, nehir suyu, gübre, saman ve silaj) Listeria bakteriyofajları izole edilmiştir. Fakat faj çoğaltma işlemleri sonucunda başarılı sonuç alınamamıştır. Bu sonuç, bir çok Gram pozitif bakterilerde gözlenen bir durum olan bakterinin L forma geçerek faj entegrasyonundan kaçmış ve kendini koruma altına almış olabileceğini düşündürtmüştür.
Buğday tanelerinden aflatoksijenik Aspergillus section Flavi izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Türkiye'de en çok üretilen tahıl olan buğday, hasat, taşıma, depolama ve işleme süreçlerinde Aspergillus section Flavi üyeleri (Aspergillus flavus, A. parasiticus, A. nominus, A. niger) tarafından kontamine olmaktadır. Bu çalışmada A. section Flavi üyelerinin buğdaylarda yaygınlığı ve toksin üretme potansiyellerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla A. section Flavi üyelerine ait türlerin izolasyonu, morfolojik ve moleküler olarak tanımlamaları gerçekleştirilmiştir. Bunun için ilk olarak buğday taneleri PDA besiyerine yerleştirilmiş ve 25℃'de 5-7 gün inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyonun ardından şüpheli Aspergillus izolatları PDA besiyerinde saflaştırılmıştır. Morfolojik olarak tanımlamalar sonucunda elde edilen 25 izolatın tamamı şüpheli A. flavus olarak tanımlanmıştır. Bu izolatların moleküler tanımlamaları ITS, β-tubulin, IGS gen bölgeleri taranarak gerçekleştirilmiştir. Bunun yanı sıra aflatoksin üretim genleri olarak norA, norB, pksA, ver-1, afIR de değerlendirmeye alınmıştır. PCR analizleri sonucunda, ITS, β-tubulin ve IGS gen bölgesi için sırasıyla 600 bp, 340 bp, 674 bp; norA, norB, pksA, ver-1 ve afIR genleri için ise sırasıyla 759 bp, 452 bp, 416 bp, 785 bp, 798 bp büyüklüğünde bantlar elde edilmiştir. Çalışmaya RFLP analizi ile devam edilmiş ve bu amaçla ITS1/ITS4 primerleriyle çoğaltılan 25 PCR ürünü HhaI restriksiyon enzimi ile kesilmiştir. Sonuç olarak ITS gen bölgesinden farklı boyutlarda dört fragman elde edilmiştir. Bu PCR ürünleri A. flavus olarak değerlendirilmiştir. Rastgele seçilen beş A. flavus izolatının β-tubulin ve ITS gen bölgeleri amplifiye edilerek BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analizine tabi tutulmuş ve GenBank veri tabanındaki türlerle karşılaştırıldığında %99-100 aralığında nükleotid benzerliği göstermiştir. β-tubulin ve ITS gen bölgelerinden elde edilen DNA dizilerinin, MEGA X programı yardımıyla Neighbor-Joining metodu kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaçta filogenetik ilişkileri gösterilmiştir. Bu çalışmada, buğday tanelerinden elde edilen Aspergillus izolatlarının yapılan analizler sonucunda A. flavus olduğu görülmüştür. Bunun yanı sıra aflatoksin üretim gen bölgelerinin gösterilmesi, bu izolatların aflatoksijenik A. flavus olma ihtimalini düşündürtmüştür. Anahtar Kelimeler: Aspergillus section Flavi, buğday, aflatoksin, aflatoksin biyosentez genleri