Theses supervised by Prof. Dr. Erhan Koçak
15 theses · Isparta University of Applied Sciences
Türkiye'de pirinç biti sitophilus oryza(L.)(Curculionidae:Coleoptera) popülasyonlarında moleküler tanı yöntemleri kullanarak endosimbiyont bakterilerin belirlenmesi
Ökaryot organizmalardaki simbiyotik bakteriler oldukça konukçusu olduğu olduğu organizmada çok değişik etkiler gösterebilmektedirler. Birlikte evrilmeye bağlı olarak konukçu simbiyont ilişkileri obligat ya da fakültatif olarak düzenlenmiştir. Bu simbiyotik ilişki böceklerin yaşama kabiliyetlerini arttırmakta ve onlara esnasiyel amino asitleri, vitaminleri ve faydalı birçok bileşiği konukçusuna sağlamaktadır. Bunun yanında insenktisitlerin detoksifikasyonu, doğal düşmanlara karşı farklı savunma mekanizmalarının ortaya çıkması, sıcaklık gibi önemli bir stres faktörüne karşı toleransın arttırılması gibi faydalar da sağlayabilmektedir. Bazı böceklerin virüs taşıma yeteneklerini hem olumlu hem de olumsuz yönde etkileyebilmektedir. Moleküler biyoloji ve fonksiyonel genom bilim çalışmalarındaki hızlı ilerlemeler özellikle tarımsal ürünlerde zararlı olan böceklerin endosimbiyontlar ile kurdukları ilişkinin tam olarak aydınlatılmasında büyük önem arz etmektedir. Çalışma kapsamında Tarım ve Orman Bakanlığı'na bağlı Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü'nden 6 adet Sitophilus oryzae (L.) popülasyonu alınmıştır. Söz konusu böcek türünde Wolbachia sp., Rickettsia sp. ve Spiroplasma sp. endosimbiyont bakterileri, sentetik primerler ve PCR metodu uygulanarak yoğunlukları belirlenmiştir. Buna göre; K5 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp., E8 popülasyonunda %50 Wolbachia sp., %100 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., C4 popülasyonunda %33,3 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp., saptanmıştır. A2 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %0 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., A3 popülasyonunda %33,3 Wolbachia sp., %33,3 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., A6 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp. saptanmıştır.
Fosfine dirençli ve hassas sitophilus granarius popülasyonlarında endosimbiyont bakterilerin durumu
Buğday dünyada yetiştiriciliği yapılan en önemli bitkilerden birisidir. Buğday'da hasat sonrası en büyük sorun ise depo zararlılarının varlığıdır. Bu zararlılara karşı fosfin gazı uygulanmaktadır. Ancak birçok pestisite olduğu gibi bu bileşiğe karşı da depolanmış ürün zararlıları direnç geliştirmektedir. Böceklerin pestisitlere karşı direnç geliştirmesinde endosimbiont bakterilerin rolü olduğuna yönelik çalışmalar vardır. Bu çalışmada Türkiye'nin dört farklı bölgesini temsilen beş ilden sekiz popülasyonda fosfine dirençli ve hassas buğday biti Sitophilus granarius (Coleoptera: Curculionidae) bireylerinde endosimbiont bakterilerden Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma varlığı incelenmiştir. Bunun için bireylerin DNA izolasyonu, Touchdown PCR ve agaroz jel elektroforezi yapılarak bulaşıklık oranları belirlenmiştir. Fosfine dirençli ve hassas popülasyonlardaki bulaşıklık oranları Wolbachia için sırasıyla ortalama %49.75 ve%87.25, Rickettsia için sırasıyla ortalama %45.65 ve %37.50 ve Spiroplasma için sırasıyla ortalama %49.80 ve %28.50 olarak bulunmuştur. Popülasyonların üçünde ikişer endosimbiyont diğer beşinde ise tüm endosimbiontlar belirlenmiştir. Ayrıca hassas popülasyonlarda çoklu enfeksiyon durumları W+R, W+S, W+R+S için %33, %25, %12 ve R+S için bulunamamıştır. Dirençli popülasyonlarda çoklu enfeksiyon W+S, W+R+S; %12, %4 olarak bulunmuş ve W+R, S+R çoklu enfeksiyonuna rastlanmamıştır.
Orta Afrika ülkesi Çad'da domates güvesi Tuta absoluta (Lepidoptera: Gelechiidae) popülasyonlarında endosimbiyont bakteri türlerinin belirlenmesi
Güney Amerika orijinli olan domates güvesi Tuta absoluta (Meyrick, 1917) (Lepidoptera: Gelechiidae), domateste zararlı en önemli türlerden birisidir. Bu zararlı, domates sektörünün çok önemli bir sosyo-ekonomik ve beslenme rolü oynadığı Çad'da ilk defa bu çalışma ile belirlenmiştir. Çad'daki surveylerde domates üreticileri ile yapılan görüşmelerde T. absoluta nedeniyle domates üretiminde çok büyük ekonomik kayıpların oluştuğu ve kimyasal mücadelede de genellikle başarısız oldukları anlaşılmıştır. Bu tez çalışması, istilacı egzotik bir tür olan T. absoluta'nın Çad popülasyonlarında endosimbiyont bakterilerden Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma'nın belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Bu amaçla yapılan surveylerde, T. absoluta larvaları Çad'ın sadece Am-timan ve Moundou bölgelerinden toplanabilmiştir. Moundou lokasyondan 10 larva Am-timan lokasyondan altı larva olmak üzere toplam 16 larvada endosimbiyotik bakteriler Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma'nın varlığı ve bulunma oranları PCR reaksiyonu ile belirlenmiştir. Toplam bulunma oranı Wolbachia enfeksiyonu için ortalama %87.5, Rickettsia enfeksiyonu için %100 ve Spiroplasma enfeksiyonu için %93.75 olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, Çad'da ilk kez belirlenmiş olan T. absoluta'nın simbiyontları olarak Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma tespit edilmiştir. Şimdiye kadar yapılan çalışmalara bakıldığında Spiroplasma ve Rickettsia çalışmamızda yüksek oranlarda belirlenmiştir.
Antalya ili nar yaprakbiti aphıs punıcae passerini (Hemıptera: Aphididae) popülasyonlarında endosimbiyont bakterilerin belirlenmesi
Yaprakbitleri tarımsal alanda pek çok bitkide konukçu olarak yaşarlar. Yaprakbitleri'nin konukçu bitki şeçimine üreme iklim ve ilaç direnci gibi aktivitelerine etkileyen endosimbiyontlar vardır. Genel olarak yaprakbitleri üzerinde endosimbiyont ile ilgili çalışmalar yapılmıştır. Ancak narda yaprakbiti Aphis punicae'nın endosimbiyontları ile ilgili çalışma bulunmamaktadır. Bu tez çalışması, nar ağaçlarında önemli bir tehdit unsuru olarak görülen nar yaprakbiti Aphis punicae (Hemiptera: Aphidie)'nın Antalya ilinin farklı lokasyonlarındaki nar ağaçlarından alınarak moleküler yöntemler ile endosimbiyont bakterilerden Wolbachia, Hamiltonella defensa, Rickettsia ve Arsenophonus varlığının belirlenmesi amacı ile yürütülmüştür. Bu amaçla Korkuteli, Döşemealtı-Bademağacı, Döşemealtı-Çığlık, Kemer, Konyaaltı, Merkez-Meydankavağı, Muratpaşa-Güzeloba, Aksu, Serik, Alanya olmak üzere 10 lokasyondaki yaprakbiti örnekleri parklar, yol kenarı ve bahçe alanlarında bulunan ağaçlar üzerinden toplanmıştır. Her lokasyodan alınan bireylerde endosimbiyontların varlığı ve bulunma oranları PCR reaksiyon ile belirlenmiştir. Toplamda 10 lokasyondan beşer adet birey alınarak toplam 50 bireyde dört endosimbiyotun bulunma oranları Wolbachia %52, Hamiltonella defensa, %62, Rickettsia %68 ve Arsenophonus %74 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak Antalya ilinde Aphis punicae'nın simbiyontları olarak Wolbachia, Hamiltonella defensa, Rickettsia ve Arsenophonus ilk kez tespit edilmiştir. Wolbachia, Hamiltonella defensa, Rickettsia ve Arsenophonus endosimbiyontları ikili, üçlü ve dörtlü şekilde enfekte olmuştur. Aynı anda dört endosimbiyontun bulunduğu Korkuteli, Çığlık, Kemer, Konyaaltı, Alanya ve Serik olarak altı lokasyonda dokuz bireyde görülmüştür.
Antalya ili örtüaltı domates alanlarında beyazsinek (Hemiptera: Aleyrodidae) popülasyonlarındaki endosimbiyont bakterilerin belirlenmesi
Geniş konukçu dizisine sahip olan Tütün beyazsineği (Bemisia tabaci) (Gennadius) ve Sera beyazsineği (Trialeurodes vaporariorum) (Westwood) (Aleyrodidae) tüm dünyada ve ülkemizde tarımsal alanlarda var olan en önemli bitki koruma sorunları içerisinde ilk sıralarda yer almaktadır. Çalışma kapsamında Antalya ili örtüaltında yetiştirilen domates bitkilerinden toplanan beyazsinek popülasyonlarında Wolbachia, Rickettsia ve Arsenophonus endosimbiyont bakterilerinin enfekte durumu moleküler yöntemlerle saptanmıştır. Bu amaçla T. vaporariorum ve B. tabaci popülasyonları Antalya'nın Alanya, Manavgat, Serik, Aksu ve Kumluca ilçelerinden toplanmıştır. Toplanan beyazsinek örneklerinde Wolbachia, Rickettsia ve Arsenophonus'un varlığı ve bulunma oranları PCR reaksiyonu ile belirlenmiştir. Dünyada yapılan çalışmalarda B. tabaci ve T. vaporariarum'da Wolbachia, Arsenophonus ve Rickettsia olmak üzere üç simbiyontun varlığı belirlenmişken, ülkemizde yalnızca B. tabaci'de bu üç simbiyont belirlenmiş T. vaporariarum türüne ait beyazsineklerde bir çalışma yapılmamıştı. T. vaporariorum popülasyonlarında %36 Wolbachia, %32 Rickettsia ve %68 Arsenophonus saptanırken B. tabaci popülasyonlarında %28 Wolbachia, %40 Rickettsia ve %52 Arsenophonus saptanmıştır. Sonuç olarak ülkemizde T. vaporariorum popülasyonlarında yapılan ilk çalışmadır ve yüksek oranda enfeksiyon belirlenmiştir. Çeşitli böcek gruplarında birkaç farklı endosimbiyont türü aynı konukçuda, yaygın olarak bulunmaktadır. Dünyada beyaz sinek popülasyonlarında yapılan bir çalışmada Wolbachia ve Rickettsia endosimbiyontlarının beraber bulunduğu bireylerde, birbirleriyle rekabet saptanmışken ülkemizde daha önce çalışma yapılmamıştır. Çalışmamızda B. tabaci ve T. vaporariorum popülasyonlarında çoklu enfeksiyon durumu incelendiğinde tek bireyde beraber bulunan Wolbachia ve Rickettsia'nın antagonistik ilişki yaptığı gözlemlenmiştir.
Batı Akdeniz bölgesi Tuta absoluta (Lepidoptera:Gelechiidae) popülasyonlarında endosimbiyont bakteri türlerinin belirlenmesi
Ökaryot organizmalardaki endosimbiyotik bakteriler konukçusu olduğu organizmada değişik etkiler göstermektedir. Endosimbiyontların konukçu fizyolojisindeki etkisi birçok çalışmada vurgulanmıştır. Bu organizmaların önemi; konukçu beslenmesinden, savunma reaksiyonlarına, direnç mekanizmasından üreme değişimlerine kadar geniş kapsamlıdır. Yapılan çoğu çalışmalarda aynı tür böceğin farklı bölge popülasyonlarında, endosimbiyont kompozisyonu farklılık göstermektedir. Domates güvesi [Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera:Gelechiidae)] zararlılar içerisinde domates yetiştiriciliğini tehdit eden en önemli türlerden biri durumundadır. Moleküler biyoloji ve fonksiyonel genom bilim çalışmalarındaki hızlı ilerlemeler özellikle tarımsal ürünlerde zararlı olan böceklerin endosimbiyontlar ile kurdukları ilişkinin tam olarak aydınlatılmasında büyük önem arz etmektedir. Çalışma kapsamında Batı Akdeniz Bölgesi'nde Antalya, Muğla, Isparta ve Burdur illerinden 11 lokasyondan toplam 55 adet T. absoluta bireyi toplanmıştır. Söz konusu böcek türünde endosimbiyont bakterilerden Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma taraması yapılmıştır. Bu bireylerde endosimbiyont bakteri olan Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma'nın varlığı ve bulunma oranı PCR reaksiyonlarından sekans yapılarak belirlenmiştir. İllerde bulunma oranları ortalama %76.3 Wolbachia, %78.1 Rickettsia ve %90.9 Spiroplasma enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak Rickettsia ve Spiroplasma'nın T. absoluta için Dünya ve Türkiye genelinde ilk kayıt olduğu belirlenmiştir. Bu zamana kadar bulunamayan Spiroplasma ve Rickettsia çalışmamızda yüksek oranda değer göstermiştir.
Batı Akdeniz bölgesi Tuta absoluta (Lepidoptera:Gelechiidae) popülasyonlarında endosimbiyont bakteri türlerinin belirlenmesi
Ökaryot organizmalardaki endosimbiyotik bakteriler konukçusu olduğu organizmada değişik etkiler göstermektedir. Endosimbiyontların konukçu fizyolojisindeki etkisi birçok çalışmada vurgulanmıştır. Bu organizmaların önemi; konukçu beslenmesinden, savunma reaksiyonlarına, direnç mekanizmasından üreme değişimlerine kadar geniş kapsamlıdır. Yapılan çoğu çalışmalarda aynı tür böceğin farklı bölge popülasyonlarında, endosimbiyont kompozisyonu farklılık göstermektedir. Domates güvesi [Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera:Gelechiidae)] zararlılar içerisinde domates yetiştiriciliğini tehdit eden en önemli türlerden biri durumundadır. Moleküler biyoloji ve fonksiyonel genom bilim çalışmalarındaki hızlı ilerlemeler özellikle tarımsal ürünlerde zararlı olan böceklerin endosimbiyontlar ile kurdukları ilişkinin tam olarak aydınlatılmasında büyük önem arz etmektedir. Çalışma kapsamında Batı Akdeniz Bölgesi'nde Antalya, Muğla, Isparta ve Burdur illerinden 11 lokasyondan toplam 55 adet T. absoluta bireyi toplanmıştır. Söz konusu böcek türünde endosimbiyont bakterilerden Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma taraması yapılmıştır. Bu bireylerde endosimbiyont bakteri olan Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma'nın varlığı ve bulunma oranı PCR reaksiyonlarından sekans yapılarak belirlenmiştir. İllerde bulunma oranları ortalama %76.3 Wolbachia, %78.1 Rickettsia ve %90.9 Spiroplasma enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak Rickettsia ve Spiroplasma'nın T. absoluta için Dünya ve Türkiye genelinde ilk kayıt olduğu belirlenmiştir. Bu zamana kadar bulunamayan Spiroplasma ve Rickettsia çalışmamızda yüksek oranda değer göstermiştir.
Batı Akdeniz bölgesi Tuta absoluta (Lepidoptera:Gelechiidae) popülasyonlarında endosimbiyont bakteri türlerinin belirlenmesi
Ökaryot organizmalardaki endosimbiyotik bakteriler konukçusu olduğu organizmada değişik etkiler göstermektedir. Endosimbiyontların konukçu fizyolojisindeki etkisi birçok çalışmada vurgulanmıştır. Bu organizmaların önemi; konukçu beslenmesinden, savunma reaksiyonlarına, direnç mekanizmasından üreme değişimlerine kadar geniş kapsamlıdır. Yapılan çoğu çalışmalarda aynı tür böceğin farklı bölge popülasyonlarında, endosimbiyont kompozisyonu farklılık göstermektedir. Domates güvesi [Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera:Gelechiidae)] zararlılar içerisinde domates yetiştiriciliğini tehdit eden en önemli türlerden biri durumundadır. Moleküler biyoloji ve fonksiyonel genom bilim çalışmalarındaki hızlı ilerlemeler özellikle tarımsal ürünlerde zararlı olan böceklerin endosimbiyontlar ile kurdukları ilişkinin tam olarak aydınlatılmasında büyük önem arz etmektedir. Çalışma kapsamında Batı Akdeniz Bölgesi'nde Antalya, Muğla, Isparta ve Burdur illerinden 11 lokasyondan toplam 55 adet T. absoluta bireyi toplanmıştır. Söz konusu böcek türünde endosimbiyont bakterilerden Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma taraması yapılmıştır. Bu bireylerde endosimbiyont bakteri olan Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma'nın varlığı ve bulunma oranı PCR reaksiyonlarından sekans yapılarak belirlenmiştir. İllerde bulunma oranları ortalama %76.3 Wolbachia, %78.1 Rickettsia ve %90.9 Spiroplasma enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak Rickettsia ve Spiroplasma'nın T. absoluta için Dünya ve Türkiye genelinde ilk kayıt olduğu belirlenmiştir. Bu zamana kadar bulunamayan Spiroplasma ve Rickettsia çalışmamızda yüksek oranda değer göstermiştir.
Türkiye'nin cryptolestes ferrugineus örneklerinde moleküler tanı yöntemleri kullanarak endosimbiyont bakteri türlerinin belirlenmesi
Böcek mikrobiyal florasının en önemli üyelerini bakteriler oluşturmaktadır. Bu mikroorganizmalar böcekler için uygun gıda oluşturmak, besin sindirimine katkıda bulunmak, faydalı vitamin ve enzim sentezlemek, azot bağlamak, insektisitlere direnç sağlamak, feromon üretmek ve böcek patojenleri ile rekabet etmek amacıyla böceklerin yaşamına önemli katkılar sağlamaları yanında böcekleri öldüren, hastalandıran, pasifize ve kontrol eden bakteriler de bulunmaktadır. Zararlılar ile mücadelede yeni, çevreye duyarlı ve daha etkili mücadele yöntemleri gerekmektedir. Öncelikle ülkemizde bulunan zararlı böcek türlerinin, nasıl bir endosimbiyont bakteri komposizyonuna sahip olduğu belirlendikten sonra bu bakteri türlerinin özellikleri göz önünde bulundurularak, yapılacak deneyler yeni bir mücadele stratejisini mümkün kılabilir. Buradan hareketle, ülkemiz depolarında yaygın olarak bulunan sekonder zararlı, Küçük Kırma Biti Cryptolestes ferrugineus'taki endosimbiont varlığının fosfine dirençli ve hassas popülasyonlarda araştırılması kayda değer bulunmuştur. Bundan hareketle ülkemizde bulunan farklı hububat depolarından fosfine karşı direnç seviyeleri farklı 10 adet (5 dirençli,5 hassas) C. ferrugineus popülasyonu toplanmıştır. Söz konusu böcek türünde ülkemizde ilk kez Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma sentetik primerler ve PCR metodu uygulanarak varlıkları belirlenmiştir. İncelenen 60 bireyin 12'sinde en az bir adet endosimbiyont belirlenmiştir. Bir bireyde söz konusu üç endosimbiyont bakteri türü araştırılmış olup bir bireyde sadece bir tür endosimbiyonta rastlanmıştır. Toplam 10 popülasyondan 3'ünde Wolbachia, 6'sında Rickettsia ve 1 popülasyonda ise Spiroplasma belirlenmiştir. Türkiye genelinde 10 popülasyonun 7'sinin (%70) en az bir endosimbiontla bulaşık olduğu fakat fosfine karşı dirençte etkilerinin olmadığı sonucuna varılmıştır. Bu çalışma ayrıca C. ferrugineus'un endosimbiyont bakteriler ile enfekte olduğunu gösteren dünyadaki ilk çalışma özelliğini taşımaktadır.
Türkiye'nin cryptolestes ferrugineus örneklerinde moleküler tanı yöntemleri kullanarak endosimbiyont bakteri türlerinin belirlenmesi
Böcek mikrobiyal florasının en önemli üyelerini bakteriler oluşturmaktadır. Bu mikroorganizmalar böcekler için uygun gıda oluşturmak, besin sindirimine katkıda bulunmak, faydalı vitamin ve enzim sentezlemek, azot bağlamak, insektisitlere direnç sağlamak, feromon üretmek ve böcek patojenleri ile rekabet etmek amacıyla böceklerin yaşamına önemli katkılar sağlamaları yanında böcekleri öldüren, hastalandıran, pasifize ve kontrol eden bakteriler de bulunmaktadır. Zararlılar ile mücadelede yeni, çevreye duyarlı ve daha etkili mücadele yöntemleri gerekmektedir. Öncelikle ülkemizde bulunan zararlı böcek türlerinin, nasıl bir endosimbiyont bakteri komposizyonuna sahip olduğu belirlendikten sonra bu bakteri türlerinin özellikleri göz önünde bulundurularak, yapılacak deneyler yeni bir mücadele stratejisini mümkün kılabilir. Buradan hareketle, ülkemiz depolarında yaygın olarak bulunan sekonder zararlı, Küçük Kırma Biti Cryptolestes ferrugineus'taki endosimbiont varlığının fosfine dirençli ve hassas popülasyonlarda araştırılması kayda değer bulunmuştur. Bundan hareketle ülkemizde bulunan farklı hububat depolarından fosfine karşı direnç seviyeleri farklı 10 adet (5 dirençli,5 hassas) C. ferrugineus popülasyonu toplanmıştır. Söz konusu böcek türünde ülkemizde ilk kez Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma sentetik primerler ve PCR metodu uygulanarak varlıkları belirlenmiştir. İncelenen 60 bireyin 12'sinde en az bir adet endosimbiyont belirlenmiştir. Bir bireyde söz konusu üç endosimbiyont bakteri türü araştırılmış olup bir bireyde sadece bir tür endosimbiyonta rastlanmıştır. Toplam 10 popülasyondan 3'ünde Wolbachia, 6'sında Rickettsia ve 1 popülasyonda ise Spiroplasma belirlenmiştir. Türkiye genelinde 10 popülasyonun 7'sinin (%70) en az bir endosimbiontla bulaşık olduğu fakat fosfine karşı dirençte etkilerinin olmadığı sonucuna varılmıştır. Bu çalışma ayrıca C. ferrugineus'un endosimbiyont bakteriler ile enfekte olduğunu gösteren dünyadaki ilk çalışma özelliğini taşımaktadır.
Türkiye'nin cryptolestes ferrugineus örneklerinde moleküler tanı yöntemleri kullanarak endosimbiyont bakteri türlerinin belirlenmesi
Böcek mikrobiyal florasının en önemli üyelerini bakteriler oluşturmaktadır. Bu mikroorganizmalar böcekler için uygun gıda oluşturmak, besin sindirimine katkıda bulunmak, faydalı vitamin ve enzim sentezlemek, azot bağlamak, insektisitlere direnç sağlamak, feromon üretmek ve böcek patojenleri ile rekabet etmek amacıyla böceklerin yaşamına önemli katkılar sağlamaları yanında böcekleri öldüren, hastalandıran, pasifize ve kontrol eden bakteriler de bulunmaktadır. Zararlılar ile mücadelede yeni, çevreye duyarlı ve daha etkili mücadele yöntemleri gerekmektedir. Öncelikle ülkemizde bulunan zararlı böcek türlerinin, nasıl bir endosimbiyont bakteri komposizyonuna sahip olduğu belirlendikten sonra bu bakteri türlerinin özellikleri göz önünde bulundurularak, yapılacak deneyler yeni bir mücadele stratejisini mümkün kılabilir. Buradan hareketle, ülkemiz depolarında yaygın olarak bulunan sekonder zararlı, Küçük Kırma Biti Cryptolestes ferrugineus'taki endosimbiont varlığının fosfine dirençli ve hassas popülasyonlarda araştırılması kayda değer bulunmuştur. Bundan hareketle ülkemizde bulunan farklı hububat depolarından fosfine karşı direnç seviyeleri farklı 10 adet (5 dirençli,5 hassas) C. ferrugineus popülasyonu toplanmıştır. Söz konusu böcek türünde ülkemizde ilk kez Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma sentetik primerler ve PCR metodu uygulanarak varlıkları belirlenmiştir. İncelenen 60 bireyin 12'sinde en az bir adet endosimbiyont belirlenmiştir. Bir bireyde söz konusu üç endosimbiyont bakteri türü araştırılmış olup bir bireyde sadece bir tür endosimbiyonta rastlanmıştır. Toplam 10 popülasyondan 3'ünde Wolbachia, 6'sında Rickettsia ve 1 popülasyonda ise Spiroplasma belirlenmiştir. Türkiye genelinde 10 popülasyonun 7'sinin (%70) en az bir endosimbiontla bulaşık olduğu fakat fosfine karşı dirençte etkilerinin olmadığı sonucuna varılmıştır. Bu çalışma ayrıca C. ferrugineus'un endosimbiyont bakteriler ile enfekte olduğunu gösteren dünyadaki ilk çalışma özelliğini taşımaktadır.
Türkiye Eurygaster austriaca Schrk. (Hemıptera: Heteroptera: Scutellerıdae) popülasyonlarındaki genetik farklılıkların belirlenmesi
Bu tez çalışmasında, Türkiye genelinde 17 ilin buğday ekim arazilerinden toplanan Eurygaster austriaca Schrk. popülasyonlarının 14 farklı AFLP moleküler marker primer kombinasyonuyla genotip farklılıklarının ortaya konulması hedeflenmiştir. Yassı vücutlu süne (E. austriaca) ile ilgili gerçekleştirilmiş herhangi bir moleküler çalışmaya rastlanamadığı için genotipleme protokolü olarak AFLP metodu tercih edilmiştir. Yassı vücutlu süne için hiçbir genom bilgisi mevcut olmadığından, herhangi bir dizi bilgisine bağlı olmayan ve ayrıca duyarlı ve güvenilir bir teknik olduğu kabul edilmiş olan AFLP tekniği kullanılmıştır. Moleküler çalışmaların sonucunda, en yüksek polimorfizm Uşak popülasyonunda %45.4, en düşük polimorfizm oranı Bursa popülasyonunda %17.7 olarak belirlenmistir. En yüksek polimorfizm oranını (%86.8) elde ettiğimiz reaksiyonda kullanılan primer çifti EcoRI ATT – MseI CGG'dir. En düşük polimorfizm oranını (%53.9) elde ettiğimiz reaksiyonda kullandığımız primer çifti ise, EcoRI ACC – MseI CCC'dir.AMOVA (Analysis of Molecular Variance) analizi sonucunda elde edilen popülasyonlar arası varyasyon değeri %23.08 düzeyinde bulunmuş, popülasyonlar içerisinde ise bu değer %76.91 seviyesinde tespit edilmiştir. PhiST değeri 0.23 olarak bulunmuştur. Popülasyonlar arası genetik farklılaşma, neighbour joining ve UPGMA dendrogramları popülasyonların farklılaşmalarını belirlemiştir. Görsellik açısından ek olarak Principle Coordinate Analizi popülasyonların gruplanmalarını daha net bir şekilde ortaya koymuştur.
Türkiye Eurygaster austriaca Schrk. (Hemıptera: Heteroptera: Scutellerıdae) popülasyonlarındaki genetik farklılıkların belirlenmesi
Bu tez çalışmasında, Türkiye genelinde 17 ilin buğday ekim arazilerinden toplanan Eurygaster austriaca Schrk. popülasyonlarının 14 farklı AFLP moleküler marker primer kombinasyonuyla genotip farklılıklarının ortaya konulması hedeflenmiştir. Yassı vücutlu süne (E. austriaca) ile ilgili gerçekleştirilmiş herhangi bir moleküler çalışmaya rastlanamadığı için genotipleme protokolü olarak AFLP metodu tercih edilmiştir. Yassı vücutlu süne için hiçbir genom bilgisi mevcut olmadığından, herhangi bir dizi bilgisine bağlı olmayan ve ayrıca duyarlı ve güvenilir bir teknik olduğu kabul edilmiş olan AFLP tekniği kullanılmıştır. Moleküler çalışmaların sonucunda, en yüksek polimorfizm Uşak popülasyonunda %45.4, en düşük polimorfizm oranı Bursa popülasyonunda %17.7 olarak belirlenmistir. En yüksek polimorfizm oranını (%86.8) elde ettiğimiz reaksiyonda kullanılan primer çifti EcoRI ATT – MseI CGG'dir. En düşük polimorfizm oranını (%53.9) elde ettiğimiz reaksiyonda kullandığımız primer çifti ise, EcoRI ACC – MseI CCC'dir.AMOVA (Analysis of Molecular Variance) analizi sonucunda elde edilen popülasyonlar arası varyasyon değeri %23.08 düzeyinde bulunmuş, popülasyonlar içerisinde ise bu değer %76.91 seviyesinde tespit edilmiştir. PhiST değeri 0.23 olarak bulunmuştur. Popülasyonlar arası genetik farklılaşma, neighbour joining ve UPGMA dendrogramları popülasyonların farklılaşmalarını belirlemiştir. Görsellik açısından ek olarak Principle Coordinate Analizi popülasyonların gruplanmalarını daha net bir şekilde ortaya koymuştur.
Türkiye Eurygaster austriaca Schrk. (Hemıptera: Heteroptera: Scutellerıdae) popülasyonlarındaki genetik farklılıkların belirlenmesi
Bu tez çalışmasında, Türkiye genelinde 17 ilin buğday ekim arazilerinden toplanan Eurygaster austriaca Schrk. popülasyonlarının 14 farklı AFLP moleküler marker primer kombinasyonuyla genotip farklılıklarının ortaya konulması hedeflenmiştir. Yassı vücutlu süne (E. austriaca) ile ilgili gerçekleştirilmiş herhangi bir moleküler çalışmaya rastlanamadığı için genotipleme protokolü olarak AFLP metodu tercih edilmiştir. Yassı vücutlu süne için hiçbir genom bilgisi mevcut olmadığından, herhangi bir dizi bilgisine bağlı olmayan ve ayrıca duyarlı ve güvenilir bir teknik olduğu kabul edilmiş olan AFLP tekniği kullanılmıştır. Moleküler çalışmaların sonucunda, en yüksek polimorfizm Uşak popülasyonunda %45.4, en düşük polimorfizm oranı Bursa popülasyonunda %17.7 olarak belirlenmistir. En yüksek polimorfizm oranını (%86.8) elde ettiğimiz reaksiyonda kullanılan primer çifti EcoRI ATT – MseI CGG'dir. En düşük polimorfizm oranını (%53.9) elde ettiğimiz reaksiyonda kullandığımız primer çifti ise, EcoRI ACC – MseI CCC'dir.AMOVA (Analysis of Molecular Variance) analizi sonucunda elde edilen popülasyonlar arası varyasyon değeri %23.08 düzeyinde bulunmuş, popülasyonlar içerisinde ise bu değer %76.91 seviyesinde tespit edilmiştir. PhiST değeri 0.23 olarak bulunmuştur. Popülasyonlar arası genetik farklılaşma, neighbour joining ve UPGMA dendrogramları popülasyonların farklılaşmalarını belirlemiştir. Görsellik açısından ek olarak Principle Coordinate Analizi popülasyonların gruplanmalarını daha net bir şekilde ortaya koymuştur.
Türkiye'de pirinç biti sitophilus oryza(L.)(Curculionidae:Coleoptera) popülasyonlarında moleküler tanı yöntemleri kullanarak endosimbiyont bakterilerin belirlenmesi
Ökaryot organizmalardaki simbiyotik bakteriler oldukça konukçusu olduğu olduğu organizmada çok değişik etkiler gösterebilmektedirler. Birlikte evrilmeye bağlı olarak konukçu simbiyont ilişkileri obligat ya da fakültatif olarak düzenlenmiştir. Bu simbiyotik ilişki böceklerin yaşama kabiliyetlerini arttırmakta ve onlara esnasiyel amino asitleri, vitaminleri ve faydalı birçok bileşiği konukçusuna sağlamaktadır. Bunun yanında insenktisitlerin detoksifikasyonu, doğal düşmanlara karşı farklı savunma mekanizmalarının ortaya çıkması, sıcaklık gibi önemli bir stres faktörüne karşı toleransın arttırılması gibi faydalar da sağlayabilmektedir. Bazı böceklerin virüs taşıma yeteneklerini hem olumlu hem de olumsuz yönde etkileyebilmektedir. Moleküler biyoloji ve fonksiyonel genom bilim çalışmalarındaki hızlı ilerlemeler özellikle tarımsal ürünlerde zararlı olan böceklerin endosimbiyontlar ile kurdukları ilişkinin tam olarak aydınlatılmasında büyük önem arz etmektedir. Çalışma kapsamında Tarım ve Orman Bakanlığı'na bağlı Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü'nden 6 adet Sitophilus oryzae (L.) popülasyonu alınmıştır. Söz konusu böcek türünde Wolbachia sp., Rickettsia sp. ve Spiroplasma sp. endosimbiyont bakterileri, sentetik primerler ve PCR metodu uygulanarak yoğunlukları belirlenmiştir. Buna göre; K5 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp., E8 popülasyonunda %50 Wolbachia sp., %100 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., C4 popülasyonunda %33,3 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp., saptanmıştır. A2 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %0 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., A3 popülasyonunda %33,3 Wolbachia sp., %33,3 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., A6 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp. saptanmıştır.