Theses supervised by Prof. Dr. Leyla Açık
15 theses · Gazi University
Dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan fosfazen bileşiklerinin biyolojik aktivitesi
Bu çalışmada, dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan fosfazen bileşiklerinin antimikrobiyal aktivitesi ve DNA ile etkileşimleri araştırıldı.Sentezlenen yeni fosfazen bileşiklerinin insan patojeni olan bakteri ve mantarlar üzerindeki etkileri ve DNA ile etkileşimleri araştırılarak çalışmada kullanılan bileşiklerin antimikrobiyal veya antikanser ajanlar olarak değerlendirilip değerlendirilemeyecekleri amaçlandı. Bu nedenle, 11 farklı fosfazen bileşiğinin (İF1-İF11) antimikrobiyal aktivite çalışmaları için B. cereus (NRRL-B-3711), B. subtilis (ATCC 6633), E.coli (ATCC 25922), E. coli (ATCC 35218), E. faecalis (ATCC 292112), P. aeruginosa (ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427), S. aureus (ATCC 25923) bakterileri, C. albicans (ATCC 10231) ve C. tropicalis (ATCC 13803) mayaları kullanıldı. Antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesi amacıyla Agar Kuyucuk Difüzyon Yöntemi seçildi.Maddelerden İF5, İF6, İF7 ve İF8 bileşiklerinin antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğu gözlendi. Bu bileşiklerin B. cereus ve B. subtilis bakterilerine karşı etkili olduğu, bunlara ek olarak, İF5'in E. faecalis, İF6'nın ise S. aureus ve C. tropicalis mikroorganizmalarına karşı da etki belirlendi. E.coli (ATCC 25922), E. coli (ATCC 35218), P. aeruginosa (ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427) ve C. albicans (ATCC 10231) mikroorganizmalarının tüm bileşiklere karşı dirençli oldukları görüldü. Çalışılan bileşikler arasında en fazla sayıda mikroorganizmaya karşı etki gösteren ve en geniş inhibisyon zonu oluşturan İF6'nın en etkili antimikrobiyal aktiviteye sahip bileşik olduğu tespit edildi.Bileşikler ile pBR322 plazmid DNA arasındaki etkileşim agaroz jel elektroforez yöntemiyle incelendi. Tüm maddelerin konsantrasyona, inkübasyon süresine bağlı olarak DNA'yı parçalama ve kesme şeklinde etkiler gösterdikleri bulundu. Restriksiyon analizinde hem BamHI hem de HindIII kesimi kesimi gözlendi.Anahtar Kelimeler : Fosfazen, Antimikrobiyal Aktivite, DNA Etkileşimi
Akut apikal abselerden alınan örneklerde bulunan anaerobik bakterilerin tür tayini ve kantifikasyon
Periapikal enfeksiyonlarının çoğu, pulpa ve kök kanalı içindeki mikroorganizmaların apikal foramenden periapikal dokulara doğru yayılmasıyla oluşan iltihabi hücrelerdir. Periapikal doku enfeksiyonu ender olarak ise pulpada nekroz oluşturan kimyasal maddelere ve fiziksel nedenlere bağlı olabilir. Yapılan çalışmalarda periapikal doku ve pulpa enfeksiyonuna çoğunlukla anaerobik bakterilerin sebep olduğu gözlenmiştir. Öncelikle bakteriler dentin duvarlarına tutunarak, ağrılı alevlenmelerle şiddetli bağışıklık sistemi cevabı oluşturarak pulpa iltihabına sebep olur. Pulpa iltihabı ilerleyerek apikal dokulara ulaşır. Periapikal dokularda önce akut sonra kronik apikal doku enflamasyonu başlar. Akut apikal inflamasyon; kökün apeksi etrafındaki dokularda yaygın likefaksiyon şeklinde olabilen lezyonlardır. Periapikal iltihabi lezyonların oluşumdaki asıl sebep olan kök kanalında bulunan mikroorganizmaların teşhisi uygulanması gereken tedavi için önemlidir. Bunun için enfekte kök kanalından alınan örneklerin kültüre edilmesi gerekmektedir. Ancak endodontik patojenlerin çoğu özel anaerobik şartlarda ve geç üreyen bakteriler olması nedeniyle kültür yöntemini zorlaştırmaktadır. Bu çalışmada kök kanal enfeksiyonlarında en sık görülen bakterilerin tanımlanmasında hızlı, özgül ve güvenilir bir yöntem olarak kabul edilen ve karışık flora içinde bile hızlı tür tayinine imkan sağlayan polimeraz zincir yöntemi (PZR) uygulanmıştır. Materyal olarak pulpal ve periapikal enfeksiyon hastalıkları olan dişlerin kök kanallarından aseptik şartlarda kültür örnekleri Gazi Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi'nden alınmıştır. Alınan örneklerin bakteri DNA izolasyonları yapılmış; örneklerde Porphyromonas endodontalis, Prevotella intermedia, Peptostreptococcus micros, Prevotella nigrescens, Prevotella intermedia, Actinomyces israelii, Treponema denticola, Porphyromonas gingivalis, Streptococcus anginosus türlerinin 16S rRNA bölgelerine ait primerler tasarlanarak PZR ile çoğaltılmıştır. Sonuç olarak Porphyromonas endodontalis %40, Prevotella intermedia %30, Peptostreptococcus micros %40, Prevotella nigrescens %25, Actinomyces israelii %30, Treponema denticola%37,5, Porphyromonas gingivalis %27,5, Streptococcus anginosus %17,5 oranlarında görülmüştür.Anahtar Kelimeler : Moleküler Biyolojisi , Endodontal Mikroorganizmalar, 16S rRNA, PZR
Klasea bornmuelleri (Azn.) bitkisinin biyolojik aktivitesinin incelenmesi
Bu çalışmada Klasea bornmuelleri (Azn.) bitkisinin metanol, etanol ve su ekstrelerinin antimikrobiyal, antioksidan, sitotoksik aktiviteleri ve DNA etkileşimlerinin araştırılması amaçlandı. Bu amaçla ekstrelerin antimikrobiyal etkileri agar kuyucuk ve minimal inhibisyon konsantrasyonu (MİK) ile incelendi. Metanol ve su ekstresinin testedilen bazı bakterilere karşı orta derecede antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğu gözlendi. Metanol ekstresinin E. coli ATCC 25922, E. coli ATCC 35218 ve S. aureus ATCC 25923 bakterilerine karşı etkili olduğu, su ekstresinin K. pneumoniae ATCC 25955 bakterisine karşı etkili olduğu bulundu. Çalışılan diğer on mikroorganizmanın ekstrelere karşı dirençli oldukları tespit edildi. Çalışılan ekstreler arasında en fazla sayıda mikroorganizmaya karşı etki gösteren ve en geniş inhibiyon zonu oluşturan metanol ekstresinin en etkili antimikrobiyal aktiviteye sahip ekstre olduğu tespit edildi. Ekstrelerin antioksidan etkileri 2,2?-difenil-1-pikrilhidrazil (DPPH) radikali süpürücü aktivite ve Folin-Ciocalteau reaktifli fenolik içerik tayiniyle incelendi. Antioksidan aktivitede etanol ekstresinin (IC50: 50,5±0,5 µg/ml), metanol (IC50: 83,5±0,5 µg/ml) ve su ekstresine (IC50: 91,7±0,5 µg/ml) göre DPPH radikali süpürücü aktivitesi ve fenolik içeriği daha yüksek bulundu. Ekstreler ile pBR322 DNA arasındaki etkileşim agaroz jel elektroforezi yöntemiyle incelendi. Metanol ve etanol ekstresinin konsantrasyona ve inkübasyon süresine bağlı olarak DNA?yı parçalama ve kesme şeklinde etkiler gösterdikleri bulundu. Ekstrelerin sitotoksik etkileri HeLa ( Serviks Kanseri) ve MCF-7 (Meme Kanseri) hücre dizilerinde 3-(4,5-dimetilthiazol-2-yl)-2, 5-difeniltetrazolium bromid (MTT) yöntemiyle belirlendi. Sitotoksisite propidium iyodür (PI), 4',6 diamidino-2-fenilindol (DAPI) ve 3?,3?-diheksiloksakarbo siyanin iyodür (DiOC6) floresan boyama yöntemleriyle de araştırıldı. Etanol ve su ekstrelerinin 0,001-100 ?g/ml konsantrasyon aralığında ve 24 saat sürede HeLa (Etanol IC50: 9,84±0,05 ?g/ml, Su IC50: 0,1±0,005 ?g/ml) ve MCF-7 (Etanol IC50: >100 ?g/ml, Su IC50: 11,04±0,05 ?g/ml)?ye karşı sitotoksik etki gösterdiği tespit edildi. Floresan boyama sonuçlarına göre etanol ekstresinin HeLa hücre dizisi üzerinde apoptotik etkisi olduğu belirlendi. Sonuç olarak HeLa hücre dizisinin MCF-7 hücre dizisine göre etanol ekstresine daha duyarlı olduğu tespit edildi.
Tip 2 diabetli Türk hastalarda bazı gen polimorfizmlerinin belirlenmesi
Tip 2 diyabet ile ilişkilendirilen 2. kromozomun q bandının 37.3 bölgesinde yer alan Kalpain 10 (CAPN10) geni intron 6 bölgesinde SNP-19 (rs3842570), intron 3 bölgesinde SNP-44 (rs2975760) ve kromozom 5q31-q32 bandında yerleşim gösteren glukokortikoid reseptör (NR3C1) geni ekzon 2 bölgesinde N363S (rs6195) polimofizmlerinin taranması amacıyla PZR-RFLP yöntemiyle 125 Tip 2 diyabet hastası (T2DM) ve 112 kontrol grubu olmak üzere 237 birey incelenmiştir. Kalpain 10 geni SNP-19, SNP-44 ve NR3C1 geni N363S polimofizmleri allel frekansları ile T2DM gelişimi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır (p>0,05). Tip 2 diyabet gelişimi için CAPN10 geni SNP-19 delesyon allelinin, SNP-44 C allelinin ve NR3C1 geni N363S G allelinin risk faktörü olduğu tespit edilmiştir. Kalpain 10 geni SNP-19, SNP-44 ve NR3C1 geni N363S polimofizmleri genotip frekansları ile T2DM gelişimi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır (p>0,05). Tip 2 diyabet gelişimi için CAPN10 geni SNP-19 del/del, SNP-44 TC ve NR3C1 geni N363S AGT genotiplerinin risk faktörü olduğu ve CAPN10 SNP-44 TC genotipinin T2DM gelişimini 1,34 kat, kadınlarda 3 kat ve erkeklerde 5 kat artırdığı, ayrıca NR3C1 N363S AGT genotipinin T2DM gelişimi 2,41 kat, kadınlarda 2,5 kat ve erkeklerde ise 2,25 kat artırdığı tespit edilmiştir. Tip 2 diyabet hastalarında CAPN10 geni SNP-19 delesyon alleli ve del/del genotipi, SNP-44 C allleli ve TC genotipi, NR3C1 geni N363S G alleli ve AGT genotipi ile artmış vücut-kitle indeksi ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Bu tez çalışmasında, Tip 2 diyabetli hastalarda diyabet gelişimi ile ilişkilendirilen CAPN10 ve NR3C1 genlerinde polimorfizm analizi yapılmasıyla, diyabet tanılı bireylerin aile ve akrabalarındaki genç bireylerde hastalık belirtisi oluşmadan ve/veya hastalık ilerlemeden erken tanı konulması ve tedaviye başlanmasıyla hastalığın ilerlemesinin engellenmesi yolunda adım atılmış olacaktır.
İnsan dişlerinde periapikal hastalıklara sebep olan bazı patojen bakterilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve Porphromonas gingivalisin eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile nicel olarak tespiti
Akut apikal inflamasyon, periapikal dokularda hasara yol açan sınırlandırılmış veya yaygın likefaksiyon şeklinde olabilen lezyonlardır. Her ne kadar oluşan enfeksiyon bakterilere ve pulpada nekroz oluşturan irritan başka maddelere bağlı olabileceği ileri sürülse de mikroorganizmalar dişin pulpası ve periapikal dokuları ile ilgili hastalıklarda en önemli etiyolojik faktörler olarak kabul edilmektedir. Kanal içindeki bakteriler de periapikal lezyona sebep olabilir. Bu nedenle bakteriler kanal içinden ve kök kanal sisteminden uzaklaştırılmalıdır. Bu sayede tedavide başarı sağlanabilir. Kök kanalı içinde inflamasyona (abse) yol açan çok sayıda bakteri bulunmaktadır ve bu karışık flora hem aerobik hem de anaerobik mikroorganizmalardan oluşmaktadır. Son yıllarda kök kanalı enfeksiyonları ve periapikal hastalıkların büyük çoğunluğundan anaerobik bakterilerin sorumlu olduğu rapor edilmektedir. Bu nedenle kanal içindeki aerob veya anaerob tüm mikroorganizmalar, kök kanal sisteminden uzaklaştırılmadığı sürece tedavide başarısızlıklar olabilecektir. Son yıllarda toplumumuzda uygunsuz antibiyotik kullanımı veya çoklu ilaç direncine sahip mikroorganizmaların sayısında artış görülmesi nedeniyle özellikle inatçı ve tekrarlayan enfeksiyonlarda kanal içinde bulunan mikroorganizmaların türlerinin belirlenmesi, tedavi için gerekli antibiyotik seçimine karar verilmesi açısından önem taşımaktadır. Bu nedenle enfekte alanlardan alınan örneklerin kültürünü yapılması gibi klasik, konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemler kullanılarak mikroorganizma türünün tespit edilmesi gerekmektedir. Ancak ağız içi bakterilerinin çoğunun geç ve güç üreyen bakteriler olması, bir kısmının anaerob koşullarda inkübasyon sürelerinin uzun olması nedeniyle kültür yöntemi ile tespiti uzun zaman almaktadır. Bununla birlikte karışık floradan tür düzeyinde tanımlanması çok fazla besiyeri ve tanımlama kiti kullanımı gerektirdiği için masraflı ve zor olmakta, ayrıca her mikroorganizma türünün de in vitro kültürünün yapılabilmesi mümkün olamamaktadır. Bu çalışmada kök kanal enfeksiyonlarında en sık görülen bakterilerin tanımlanmasında hızlı, özgül ve güvenilir bir yöntem olarak kabul edilen ve karışık flora içinde bile hızlı tür tayinine imkân sağlayan polimeraz zincir yöntemi (PZR) ve mikroorganizmaların nicel değerlendirilmesinde kullanılan nicel eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPZR) teknikleri uygulanmıştır. Materyal olarak pulpal ve periapikal enfeksiyon hastalıkları olan dişlerin kök kanalından aseptik şartlarda kültür örnekleri Ankara Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Endodonti bölümünde alınmıştır. Alınan örneklerin DNA izolasyonları yapılmış ve Porphyromonas gingivalis türü bakteri için tasarlanan 16S rRNA bölgesine özgü primerlerle PZR işlemi yapılmıştır. Daha sonra Porphyromonas gingivalis türü PZR pozitif olarak bulunan örneklerden eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPZR) lightcyler 480 (Roche, İsviçre) ile nicel analizleri yapılmıştır.Anahtar Kelimeler: Moleküler Hücre Biyolojisi, Endodontal Mikroorganizmalar, Eş Zamanlı PZR
Kronik böbrek yetmezliği hastalarında IL-4 ve IL-6 gen polimorfizmi
Kronik böbrek hastalığı (KBH) kronik, renal veya sistemik hastalıklara bağlı olarak böbrek fonksiyonlarının dönüşümsüz kaybı şeklinde tanımlanan, Türkiye'de ve dünyada epidemi halini almış önemli bir halk sağlığı sorunudur. Diyaliz tedavisi görmekte olan KBH hastalarında, kardiyovasküler hastalıklar başta olmak üzere mortaliteyi artıran pek çok komplikasyon görülmektedir. Geçmiş çalışmalarda, bir takım çevresel ve genetiksel etmenlerin ilerleyici böbrek hasarı ve komplikasyonlarının oluşumunu tetiklediği öne sürülmektedir. Bu etmenlerden biri inflamasyon olup, interlökin 4 (IL-4) ve interlökin 6 (IL-6) sitokinlerinin de içinde yer aldığı bir dizi mekanizmalar sonucunda oluşmaktadır. Yapılan araştırmalar serum IL-4 ve IL-6 seviyelerinin kardiyovasküler komplikasyonlarla ilişkilendirilebileceğini ortaya koymuş olmasına rağmen, bu sitokin genlerindeki polimorfizmlerin kronik veya sistemik hastalıklarla ilişkisi konusunda farklı populasyonlarda çelişkili sonuçlara ulaşılmıştır.Bu çalışmanın amacı IL-4 intron 3 ve IL-6 -174 G/C gen polimorfizmleri ile kronik böbrek yetmezliği (KBY) arasındaki ilişkiyi tanımlamaktadır. Bununla birlikte, analizi yapılan genotiplerin, hastalığın klinik ve laboratuvar bulguları ile bir bağlantısı olup olmadığı araştırılmıştır.Bu amaçla 137 KBY hastası ile 106 sağlıklı kontrol bireyin IL-4 intron 3 ve IL-6 -174 G/C genlerinin genotip ve allel dağılımları saptanarak, bu dağılımların bir takım hemogram ve biyokimyasal parametrelerle ilişkisi incelenmiştir. Tanımlanan IL-4 intron 3 gen allel ya da genotiplerin KBY ve klinik bulgularla anlamlı bir ilişkisi olmadığı ortaya konmuştur. IL-6 -174 G/C genotip dağılımının hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı bir fark tespit edilmiş olup, bazı klinik ve laboratuvar bulgularıyla yapılan karşılaştırmalarla bu durum desteklenmiştir.Bu çalışmanın, KBY'deki mortalite etmenlerinin moleküler düzeydeki sürecinin aydınlatılmasına ve yeni teşhis, tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine yardımcı olması ümit edilmektedir.Anahtar Kelimeler : Kronik böbrek yetmezliği, polimorfizm, interlökin-4, interlökin-6
Achillea teretifolia willd. özütlerinin antimikrobiyal, antioksidan ve sitotoksik etkilerinin incelenmesi
Bu çalışmada Achillea teretifolia Willd.'ın su ve metanol özütlerinin antimikrobiyal, antioksidan ve sitotoksik etkilerinin araştırılması amaçlandı. Bu amaçla özütlerin antimikrobiyal etkileri agar kuyucuk ve minimal inhibisyon konsantrasyonu (MİK) ile, antioksidan etkileri ise 2,2'-difenil-1-pikrilhidrazil (DPPH) radikali süpürücü aktivite ve Folin-Ciocalteu reaktifli fenolik içerik tayini ile incelendi. Özütlerin sitotoksik etkileri HeLa (Serviks Kanseri), MCF-7 (Meme Kanseri), DU145 ve PC-3 (Prostat kanseri) ve insan gingival fibroblast (HGF) hücre dizileri üzerinde 3-(4,5-dimetilthiazol-2-yl)-2, 5-difeniltetrazolium bromid (MTT) yöntemiyle belirlendi. Sitotoksisite propidium iyodür (PI), 4',6-diamidino-2-fenilindol (DAPI) ve 3',3'-diheksiloksakarbo siyanin iyodür (DiOC6) floresan boyama yöntemleriyle de araştırıldı. Sitotoksik etkili özütlerde Western blotlama ile apoptotik yolağı uyaran aktif kaspaz-9 ve poli ADP riboz polimeraz (PARP) proteinleri araştırıldı. Sonuçlara göre, metanol özütünün bazı bakterilere karşı antimikrobiyal etkili iken, su özütünün antimikrobiyal bir etki göstermediği tespit edildi. Antioksidan aktivitede ise, metanol özütünün suya göre DPPH süpürücü aktivitesi ve fenolik içeriği daha yüksek bulundu. Özütlerin 0,001-25 ?g/ml konsantrasyon aralığında ve 24 saat sürede PC-3 ve DU145 hücre dizilerine karşı sitotoksik bir etkisi bulunmazken, MCF-7 (IC50>100?g/ml) ve HeLa'ya (Metanol IC50: 0,0055±0,0040 ?g/ml, Su IC50: 0,10±0,05 ?g/ml) karşı sitotoksik etki gösterdiği tespit edildi. PC-3 ve DU145 hücre dizilerinin daha yüksek konsantrasyondaki özütlerle muamelesi sonucu su (PC-3 için IC50:1,30±0,03 mg/ml, DU145 için IC50:1,30±0,05 mg/ml) ve metanol (PC-3 için IC50:0,35±0,06 mg/ml, DU145 için IC50:0,40±0,05 mg/ml) özütünde sitotoksik etki saptandı. HGF'ye karşı ise su özütü etkisizken, metanol özütünde 48 saatte konsantrasyona bağlı sitotoksik etki tespit edildi. Floresan boyama ve Western blotlama sonuçlarına göre metanol özütünün HeLa hücre dizisini PARP ve kazpaz-9 enzimlerini aktive ederek apoptoza götürdüğü belirlendi. Sonuç olarak özütlere en duyarlı kanser hücresinin HeLa olduğu ve metanol özütünün tüm deneysel çalışmalarda su özütüne göre daha etkili olduğu tespit edildi.
Bazı fosfazen bileşiklerinin antimikrobiyal aktivitelerinin belirlenmesi ve bu bileşiklerin DNA ile etkileşimi
NA7, NA8, NA9, NA12, E1, E2 ve E3 adlı fosfazen bileşiklerinin biyolojik aktiviteleri bir grup insan patojeni bakterisi olan Escherichia coli (ATCC 25922), Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Pseudomonas aeruginosa (ATCC 27853), Enterococcus fecalis (ATCC 292112), Proteus vulgaris (ATCC 8427), Escherichia coli (ATCC 35218), Bacillus cereus (NRRL B-3711), Bacillus subtilis (ATCC 6633), Candida albicans mayası ve Candida tropicalis mayasına karşı çalışılmıştır. Ayrıca bileşiklerinin Mycobacterium tuberculosis ATCC H37 Rv referans suşu ve çoklu antibiyotik direnci gösteren 6 farklı klinik M. tuberculosis suşu üzerinde etkileri çalışılmıştır. İlave olarak bu maddelerin DNA üzerine etkileri araştırılmış ve DNA üzerinde de etkili olduğu anlaşılmıştır. Jel elektroforez sonucunda DNA üzerinde en etkili madde NA12 maddesinin olduğu anlaşılmıştır.
Rahim ağzı, yumurtalık ve rahim kanserli olgularda p53 72. kodon ve MTHFR C677T polimorfizminin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) analizi ile araştırılması
Bazı p53 polimorfizmleri artan kanser geliştirme riskiyle ilişkilidir. p53'ün yaygın bir polimorfizmi, 72. kodonda gerçekleşmektedir. Bu polimorfizmin ya bir prolin ya da bir arjinin bölgesi içeren değişmiş bir proteinle sonuçlanmaktadır. MTHFR, 5,10-metilentetrahidrofolat redüktaz proteinini kodlar. 5-metiltetrahidrofolat, plazma folatının birincil formudur. MTHFR folat metabolizması, DNA sentezi ve tamirinde önemli bir role sahiptir. MTHFR C677T polimorfizminde alanin yerine valin aminoasiti kodlanmaktadır. Bu çalışmada rahim ağzı (serviks), yumurtalık (over) ve rahim (endometriyum) kanserlerinde p53 72. kodon ve MTHFR C677T 4. ekzon polimorfizmi araştırıldı. Çalışmaya endometriyum, serviks ve over kanserli 106 hasta ve 101 sağlıklı birey dahil edilmiştir. Genomik DNA periferal kandan izole edildi. p53 ve MTHFR geninde mutasyona uğrayan 4. ekzon Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile çoğaltıldı. BstUI enzimi p53 mutasyonlarını, HinfI enzimi ise MTHFR mutasyonları belirlemek amacıyla kullanıldı. Sonuç olarak, serviks kanseri ve sağlıklı bireyler arasında p53 geni 72. kodon polimorfizminde Arg/Pro heterozigot genotipinin görülme sıklığında istatistiksel açıdan anlamlı bir fark tespit edilmemiştir. Ancak, Arg/Arg genotipinin görülme oranı hastalarda kontrol grubuna göre daha düşükken Pro/Pro genotipinin görülme oranı hastalarda daha yüksektir. Endometrium kanserinde ise, kanserli hastalar ve sağlıklı bireyler arasında Arg/Arg genotipinde istatistiksel açıdan anlamlı bir fark tespit edilirken, Arg/Pro ve Pro/Pro genotipinde istatistiksel açıdan anlamlı bir fark tespit edilememiştir. MTHFR geni C677T (Ala/Val) polimorfizmi serviks ve endometrium kanserli hastalar ve sağlıklı bireylerde, 677CC homozigot normal ve 677CT heterozigot mutant genotipleri arasında istatistiksel açıdan anlamlı bir fark bulunamamıştır. 677TT homozigot genotipinde ise istatistiksel açıdan anlamlı bir fark tespit edilmiştir. p53 geni 72. kodon ve MTHFR C677T polimorfizmi için over kanserli hastalarla sağlıklı bireyler karşılaştırıldığında tüm genotiplerde, istatistiksel açıdan anlamlı bir fark gözlenmemiştir. Bu çalışmanın sonuçlarına göre p53 72. kodon ve MTHFR C677T polimorfizminin serviks, endometrium, over kanserleri riski için önemli bir belirleyici olabilir fakat karsinogenez için yeterli değildir.Anahtar Kelimeler: Serviks kanseri, endometriyum kanseri, over kanseri, p53 72. kodon, MTHFR
Polikistik over sendromunda CAPN 10-19 (kalsiyum ile aktive edilmiş nötral proteinaz 10 SNP 19) ve CAPN 10-43 (SNP 43) geni polimorfizmi sıklığı, bunların insülin direnci ve klinik parametreler ile ilişkisi
Polikistik over sendromu (PKOS), yumurtlama olmaması (kronik anovulasyon) az adet görme veya hiç adet görmeme (oligoamenore) ve kanda androjen yüksekliği (hiperandrojenemi) ile karakterize üreme sistemi ile ilgili hormonal bozukluktur. Bu endokrin hastalığın, genetik ve çevresel faktörlerin etkileşimiyle meydan geldiği öne sürülmektedir. CAPN geni trombosit aktivasyonu, membran füzyonu, apoptoz, farklılaşma, hücre döngüsünün devamlılığı ve sinyal iletimi gibi hücresel Ca+2 düzenleyici faaliyetlerde bulunmaktadır. Aktivitesinin düzenlenmesindeki bozukluklar sinirsel bozukluklar, Alzheimer, metastaz gibi patolojilere yol açabilmektedir. CAPN 10-19 ve CAPN 10-43 gen polimorfizmleri ile PKOS' lu hastalarda sıklıkla görülen insülin direnci, obezite, kanda HDL düşüklüğü LDL yüksekliği (dislipidemi) ve androjen yüksekliği gibi bazı belirtiler arasında yakın bir ilişki bulunmamasına karşın, PKOS'lu kadınlarda CAPN 10-19 ve CAPN 10-43 gen polimorfizmleri hakkında sınırlı sayıda çalışma ve elde edilen sonuçlarda çelişkiler bulunmaktadır.Çalışmanın amaçlarından biri, Türk PKOS'lu hastalarda CAPN 10-19 ve CAPN 10-43 gen polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi incelemektir. İkinci amaç ise genotipler ile hastalığın bazı klinik ve biyokimyasal belirtileri arasında bir bağlantı olup olmadığını araştırmaktır.Çalışmamıza yaş ve vücut kütle indeksi (VKİ) uyumlu olan 119 PKOS' lu ve 136 sağlıklı kadın dahil edilmiştir. Her iki grupta CAPN 10-19 ve CAPN 10-43 genlerinin genotip ve allel dağılımları saptanmıştır. Ayrıca bu genotiplerin VKİ, lipit profili, insülin direnci ve hormon parametreleri ile ilişkisi incelenmiştir. Çalışmamızda kontrol ve PKOS gruplarında CAPN 10-19 genotip ve allel dağılımlarında istatistiksel bir fark göstermediği saptanmıştır. CAPN 10-43 polimorfizmi incelediğinde G allel sıklığının kontrolde, A alleli sıklığının PKOS'da fazla olduğu ve farkın anlamlı olduğu saptanmıştır. CAPN 10-19 polimorfizmi ile VKİ, lipit profili, insülin direnci ve hormon parametreleri arasında anlamlı bir ilişki bulunmamasına karşın, CAPN 10-43 polimorfizmi hem kontrol hem de PKOS grubunda bu parametreler arasında yakın bir ilişki saptanmıştır. CAPN 10-43 AA genotipli PKOS' lu hastalar GG ve GA genotipli PKOS' lu hastalara oranla daha yüksek insülin direnci, kolestrol, HOMA (Homeostasis model assesment) ve HOMA2 (Homeostasis model assesment 2) düzeyleri gösterilmiştir. CAPN 10-43 AA genotipli kontrol ve PKOS'lu hastalar karşılaştırıldığında, PKOS'da insülin direnci, kolestrol, HOMA, HOMA2 değerlerinin anlamlı olarak daha yüksek olduğu gösterilmiştir (p<0,05).Sonuç olarak, çalışmada kullanılan olgular değerlendirildiğinde CAPN 10-19 polimorfizminin PKOS ile bir ilişkisi olmadığı, buna karşın CAPN 10-43 polimorfizmin PKOS ve bu sendromun bazı metabolik bozuklukları ile ilişkili olduğu gözlenmiştir.
Tiroit kanserli olgularda RET (REarranged during Transfection) proto-onkogen mutasyonlarının araştırılması
RET proto-onkogeninin klonlanmasının ardından RET proto-onkogeninde meydana gelen mutasyonların medüller tiroit kanseri, papiller tiroit kanseri ve Hirschsprung hastalığına neden olduğu tespit edilmiştir. Tiroit kanseri ile ilişkilendirilen 10. kromozomun q kolunun 11.2 bandında yer alan RET proto-onkogeninin 10., 11. ve 13. ekzonlarındaki mutasyonların taranması amacıyla Polimeraz Zincir Reaksiyonu-otomatik DNA dizi analizi yöntemiyle 108 tiroit hastası ve 85 kontrol grubu olmak üzere 193 birey incelenmiştir. 108 tiroit hastası içerisinden 15 hastada (%13,88) RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesinde ve 31 hastada (%28,70) 13. ekzon bölgesinde mutasyonlar tespit edilmiştir. Ancak, incelemiş olduğumuz 108 tiroit hastasının hiçbirinde RET proto-onkogeninin 10. ekzon bölgesinde mutasyon gözlenmemiştir. RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) ? CAT (histidin), 632. kodonda GAG (glutamik asit) ? AGC (serin), 633. kodonda CTG (lösin) ? TGG (triptofan), 634. kodonda TGC (sistein) ? TGG (triptofan), 635. kodonda CGC (arjinin) ? AGC (serin), 637. kodonda GTG (valin) ? GTT (valin), 659. kodonda TGC (sistein) ? TAC (tirozin), 662. kodonda AAG (lizin) ? AGT (serin), 691. kodonda GGT (gly) ? GGG (gly), 697. kodonda CTG (leu) ? ATG (met), 701. kodonda GAG (glutamik asit) ? AAG (lizin), 702. kodonda AAC (asparajin) ? AAA (lizin) ve 703. kodonda CAG (glutamin) ? AAG (lizin) mutasyonlarının literatürde henüz tanımlı olmayan mutasyonlar olduğu tespit edilmiştir. Diğer araştırmacılar tarafından günümüze kadar yapılmış çeşitli çalışmalarda, medüller tiroit kanseri ile ilişkilendirilmiş Cys630Ser mutasyonu papiller tiroit kanserli 5 hastada, folliküler tiroit kanserli 1 hastada ve multipl endokrin neoplazili 1 hastada belirlenmiş olup multipl endokrin neoplazi tip 2A ile ilişkilendirilmiş Gly691Ser mutasyonu ise papiller tiroit kanserli 2 hastada belirlenmiştir. RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 763. kodonda AAC (aspartik asit) ? AAT (aspartik asit), 765. kodonda TCC (serin) ? TGC (sistein), 767. kodonda AGC (serin) ? AGG (arjinin), 770. kodonda CGA (arjinin) ? CAA (glutamik asit) ve 795. kodonda AGC (serin) ? ACC (treonin) mutasyonlarının literatürde henüz tanımlı olmayan mutasyonlar olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilmiş tüm mutasyonlar ile hasta ve kontrol grubu arası korelasyon analizleri yapılmış, istatistiksel olarak bir anlam bulunamamıştır (p=0,67). Bu tez çalışmasında, tanımlanmış olan mutasyonların tiroit kanseri ve tiroit hastalıkları patogenezinde oynadıkları rolün anlaşılabilmesi ve RET proto-onkogeninin genetik profilinin belirlenmesine yönelik olarak ileride yapılacak gen ifadesi çalışmalarına bir temel oluşturması amaçlanmıştır. Tiroit kanserli hastalarda kanserle ilişkilendirilen RET proto-onkogeninde mutasyon analizi yapılmasıyla, tiroit kanseri tanılı bireyin ailesindeki ve akrabalarındaki genç bireylerde hastalık belirtisi oluşmadan ve/veya hastalık ilerlemeden erken tanı konulması ve tedaviye başlanmasıyla hastalığın ilerlemesinin engellenmesi yolunda adım atılmış olacaktır.
Doku kültüründe yetiştirilen Alyssum corsicum (Brassicaceae) bitkisinde nikel birikiminin belirlenmesi ve moleküler analizi
A. corsicum, yeni bir teknoloji olan bitkisel arıtım çalışmalarında ağır metallerden özellikle nikelin çevreden temizliği ve geri kazanılmasında kullanılmaya aday bir bitki olarak önem kazanmaktadır. Bu araştırmada A. corsicum bitkisi doku kültürü şartlarında 0.01 mM, 0.04 mM, 0.2 mM nikel derişimleri varlığında yetiştirilmiştir. Bitkinin nikel biriktirme potansiyeli ve metal içeriğindeki değişim X ışını floresans spektroskopisi (XRF) ile belirlenmiştir. Ayrıca bitkinin gövde alt ve üst yaprak yüzeylerinde Fe, Mg, Ca, Ni metallerinin oranları ve oluşan morfolojik değişimler taramalı elektron mikroskobu-enerji dağılımlı X ışını analizi (SEM-EDX) ile belirlenmiştir. Bitkinin nikel metalini köklerden (499.7 µg/g) çok gövdesinde (932,5 µg/g) biriktirdiği ve nikel metalinin artan derişimleri ile birlikte yaprak tüyü yoğunluğu ve yapısında değişiklikler olduğu gözlenmiştir. Değişiklikler yaprak tüy uçlarında kıvrılmalar, yer yer yaprak tüylerinin dinamik ve çıkıntılı yapısını kaybetmesi olarak ortaya çıkmıştır. Ayrıca yaprak tüy merkezlerinin değişik şekiller oluşturduğu ve bunların üzerlerinde düzensiz çıkıntıların oluştuğu gözlenmiştir. Bitki gövde ve köklerinde yapılan antioksidant enzim analizinde gövde ve köklerdeki katalaz ve glutatyon reduktaz enzim aktivitesinin 0.01 mM nikel derişiminde belirgin bir artış gösterdiği daha sonra düştüğü, askorbat peroksidazın ise gövde ve kökteki aktivitesinin sadece 0.04 mM nikel derişiminde belirgin bir artış gösterdiği diğer derişimlerde ise aktivitenin değişken olduğu gözlenmiştir. Bitkinin toplam yaprak proteinlerinin sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile incelenmesi sonucu RuBisCo proteinine ait 49 kDa ve 14 kDa ağırlığında iki temel bant ve 45 kDa ve 18.4 kDa arasında dağılan çok sayıda küçük bantlar tespit edilmiştir. Bitkilere ait protein bant desenlerinin tüm nikel derişimleri için aynı olduğu ve bantların yoğunluk ya da hareket bakımından kontrolden fark göstermediği görülmüştür. Rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA-Polimeraz zincir reaksiyonu (RAPD-PZR) işleminde denenen primerlerle 1000 bp-300bp arasında değişen bantlar elde edilmiştir. OPW10, OPB10, OPA17 primerleri ile yapılan çoğaltmalarda bant farklılıkları görülmezken, OPO04 ve B7 primerleri ile elde edilen RAPD profillerinde bazı farklılıklar ortaya çıkmıştır. 0.2 mM nikel derişimi uygulaması ile bitkide farklı ifade edilen genler bulunmuş ve bunların dizi analizleri yapılmıştır. 0,2 mM nikel uygulanan bitkide bulunmadığı gözlenen, farklı ifade edilen gen dizisilerinden birisi Arabidopsis thaliana 1. kromozom dizisinin BAC T24P13 kısmına ait genomik dizisi ile %93 benzerdir. Nikel uygulanan bitkide ortaya çıkan farklı ifade olmuş bir gen dizisi ise Arabidopsis thaliana Lhca2 protein (Lhca2) mRNA' sı ile %99 benzedir. Nikel uygulanan bitkide ifadesi azalan bir gen dizisinin Lobularia maritima kloroplast DNA' sı, tamamlanmış dizisi ile %99 benzer olduğu görülmüştür.
Escherichia coli, Klebsiella ve Acinetobacter suşlarında plazmit veya kromozomal kaynaklı genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz varlığının araştırılması ve moleküler yönden incelenmesi
Bu çalışmada Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına başvuran hastalara ait çeşitli kültür örneklerinden izole edilen toplam 94 suş incelenmiştir. Suşların %53,2'si Escherichia coli, %20,2'si Acinetobacter baumanniii, %18,1'i Klebsiella pneumoniae, %4,3'ü Klebsiella oxytoca, %2,1'i Klebsiella terrigena, %2,1'i ise Klebsiella ornithinolytica olarak adlandırılmıştır. Suşlardaki genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) varlığı çift disk sinerji testi (ÇDST) ile tespit edilmiştir. ÇDST sonucunda suşların %69'unun GSBL enzimi ürettiği, %31'inin ise üretmediği saptanmıştır. Suşların plazmit DNA'ları izole edilmiştir. 71 izolatta plazmit DNA tespit edilmiş, 23 izolatta ise plazmit DNA'ya rastlanmamıştır. İzolatların 0,4 kb ile 19,3 kb arasında değişen büyüklüklerde 1?10 adet plazmit DNA taşıdıkları belirlenmiştir. Plazmit taşıyan GSBL pozitif 58 izolat akridin oranj (AO) çözeltisi (mg/ml) ile muamele edilmiş ve tekrar plazmit DNA izolasyonuna alınmıştır. AO uygulanan suşların %81'inde plazmit DNA bantlarının AO uygulanmayanlara göre daha ince olduğu görülmüştür. ÇDST sonucunda AO uygulanan izolatların %6,9'unda antibiyotik direncinin azaldığı saptanmıştır. Bu nedenle suşların %6,9'unda GSBL üretiminin plazmit kaynaklı olabileceği düşünülmüştür. Geriye kalan suşlarda (%93,1) GSBL yapımının plazmit kaynaklı olmadığı belirlenmiştir. Bu durumun AO'nun tüm suşların plazmitlerini gideremediğinden kaynaklandığı düşünülmektedir. İzolatların GSBL enzim tiplendirilmesi için TEM, SHV, CTX-M ve OXA primerleri tasarlanmış ve bu primerler kullanılarak Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile hedef diziler çoğaltılmıştır. PZR ürünlerinin dizi analizleri yapılarak DNA gen veritabanında BLAST yazılımı ile karşılaştırılmaları yapılmış ve buna göre suşların %50'sinde TEM, %14,87'sinde SHV, %11,7'sinde CTX-M tipi GSBL olduğu tespit edilmiştir. %23,43'ünde GSBL tiplerine rastlanmamıştır. PZR'de ÇDST'de tespit edilemeyen iki izolatın GSBL pozitif olduğu bulunmuştur.
Ankara'daki topraklardan izole edilen Bacillus türlerinin tanımlanması, moleküler düzeyde tiplendirilmesi ve biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Arastırmada Ankara'nın farklı yerlerinden alınan toprak örneklerinden Bacillus türlerine ait toplam 60 bakteri izole edilerek, Analitik Profil ndeks (API) test kitleri ile tanımlanmıstır. Biyolojik kontrolde kullanılan Bacillus thuringiensis türlerinin tanımlanması 16S rRNA dizi analizi ile yapılmıstır. zolatların toplam hücre proteinleri izole edilmis ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamit jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile analiz edilmistir. Her bir izolata ait protein bantları birbiri ile karsılastırılarak POPGEN istatistik programında izolatlar arasındaki genetik uzaklıklar hesaplanmıs ve dendrogram olusturulmustur. Bireyler arasındaki genetik uzaklıkların %0- %95 arasında oldugu bulunmustur. Elde edilen dendrograma göre izolatlar iki ana grupta toplanmıstır. Birinci ana grupta, B. cereus, B. anthracis ve B. thuringiensis' in yer aldıgı, ikinci ana grupta ise B. sphaericus, B. subtilis, B. licheniformis, B. laterosporus, B. pumilus, B. megaterium, B. stearothermophilus, B. brevis, B. firmus ve B. circulans türlerinin yer aldıgı belirlenmistir. Bakterilerin plazmit DNA'ları izole edilmis ve büyüklükleri hesaplanmıstır. zolatlardan 57 tanesinde plazmit DNA tespit edilmis, 3 tanesinde ise plazmit DNA tespit edilememistir. zolatların 1,1 kb ile 19,3 kb arasında degisen büyüklüklerde 1?9 adet plazmit DNA tasıdıkları belirlenmistir. v Bacillus thuringiensis izolatlarının kristal genlerinin tanımlanması polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PZR-RFLP) ile yapılmıstır. Sonuçlar B. thuringiensis FÖ21 izolatının cry1 (272 bp) ve cry2 (1556 bp) genlerini içerdigini göstermistir. lave olarak B. thuringiensis FÖ16 ve B. thuringiensis FÖ19 izolatlarında da sadece 1556 bp'lik cry2 genini tasıdıkları belirlenmistir. cry2 genleri tiplerinin için DdeI enzimi ile kesilmistir. DdeI enzimi ile kesimi sonucunda elde edilen fragmentlere göre üç izolatın da cry2Aa ve cry2Ab genlerini birlikte tasıdıkları belirlenmistir. Kristal proteinler izole edilmis ve SDS-PAGE ile analiz edilmistir. zolatların 130 kDa ve 65 kDa büyüklügünde iki adet kristal protein tasıdıkları belirlenmistir. B. thuringiensis izolatlarının tasımıs oldukları parasporal kristal yapılarının morfolojik incelemeleri taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile yapılmıstır. Yapılan inceleme sonunda izolatların hepsinin baklava dilimli, kübik ve yuvarlak sekilli parasporal kristal yapılar tasıdıkları bulunmustur. Parasporal kristal tasıyan izolatların toksik etkileri Ephestia kuehniella (Lepidoptera) ve Trogoderma granarium (Coleptera) 3. dönem larvaları kullanılarak yapılan biyolojik denemelerle belirlenmistir. zolatların LC50 ve LC99 degerleri Probit analizi ile larvaların % ölüm oranları ise Abbot's formülü ile hesaplanmıstır. FÖ21, FÖ16 ve FÖ19 izolatlarının E. kuehniella larvaları üzerindeki ölüm oranları sırasıyla %83, %80 ve %57 olarak belirlenmistir. Bacillus thuringiensis FÖ21 ve Bacillus thuringiensis FÖ19 izolatlarının test edilen kontrol suslarından daha etkili oldugu tespit edilmistir. Elde edilen sonuçlar bu çalısma kapsamında izole edilen Bacillus thuringiensis izolatlarının biyolojik kontrol ajanı olarak kullanılabilecegine isaret etmektedir.
Oosit gelişim kapasitesinin değerlendirilmesinde insan kümülüs hücrelerindeki gen ifade profillerinin biyobelirteç olarak incelenmesi
Bu çalışmada, tüp bebek tedavisi sonucunda iyi/ zayıf morfolojiye sahip embriyo geliştiren oositlerin kümülüs hücrelerinde, versikan (VCAN), prostaglandin-endoperoksit sentetaz 2 (PTGS2), inositol-trifosfat 3-kinaz A (ITPKA) genlerinin ifade seviyeleri incelenmiştir. Artmış ya da azalmış gen ifadesinin, embriyo morfolojisi ve tedavi sonuçları ile karşılaştırılarak, potansiyel gebelik olasılığını değerlendirebilecek bir biyobelirteç araştırılması hedeflendi. Çalışmaya Gazi Üniversitesi Tüp bebek Merkezine gebelik istemi ile başvuran 20 açıklanamayan infertil hasta dâhil edildi. Tüp bebek tedavisi ile kontrollü ovaryen hipersitümülasyon yapılarak elde edilen oositlerin kümülüs hücreleri toplanarak donduruldu. Tedavi boyunca gelişen en kaliteli embriyolar hastaya transfer edildi. Transfer sonrası 12. günde serumda β-hcg seviyesi ölçülerek gebelik sonucu değerlendirildi. Hastaların geliştirdiği en kaliteli/zayıf morfolojiye sahip embriyoların gelişimini sağlayan oositin kümülüs hücreleri çözülerek RNA izolasyonu yapıldı ve qPCR ile ilgili genlerin ifade seviyeleri değerlendirildi. Tedavi sonucunda hastaların geliştirdikleri en iyi kaliteli embriyo ile en zayıf kaliteli embriyoların kümülüs hücrelerindeki ITPKA (p-value = 0.11), VCAN (p-value = 0.78), PTGS2 (p-value = 0.19) gen ifade seviyelerinde anlamlı bir farklılık gösterilmemiştir (p değeri < 0,005 anlamlılık düzeyi). Transfer edilen iyi kaliteli embriyoların kümülüs hücrelerinde ilgili genlerin ifadesi ile gebelik sonuçları karşılaştırıldığında, ITPKA geninin ekspresyonunda anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. Kümülüs hücrelerinde VCAN geninin ifade seviyesi ise daha yüksek bulundu, ancak istatistiksel olarak anlamlı değildi (p= 0.10). PTGS2 geninin ekspresyon seviyesi, gebe olmayan gruba göre gebe olan grupta önemli ölçüde artmıştı (p= 0.01; anlamlılık düzeyi p> 0.05). Gebe olanlar hastaların iyi kaliteli embriyolarının kümülüs hücrelerinde PTGS2 geninin ifadelenmesi, gebe olmayanlara göre 3,18 kat arttı. Bulgulara göre gen ekspresyonundaki 3,18 kat artış, gebelik tahmininde biyobelirteç olarak kullanılabilir. Bu sayede tüp bebek tedavisindeki başarı oranının artırılabileceği düşünülmektedir.