Theses supervised by Prof. Dr. Ramazan Bilgin
10 theses · Çukurova University
Glutatyon-S-transferaz enziminin epiklorohidrin ara kolu üzerinden magnetik demir nanopartiküllere kovalent immobilizasyonu ve karakterizasyonu
Bu çalışmada, Fe3O4 magnetik nanopartiküllerin sentezi ve glutatyon-S-transferaz enziminin Fe3O4 magnetik nanopartiküllere epikolorohidrin ara kolu üzerinden kovalent olarak immobilizasyonunun araştırılması, serbest ve immobilize enzimlerin maksimum aktivite gösterdiği koşulların (pH ve sıcaklık), kinetik parametrelerinin (Km, Vmax, Termal ve Depolama kararlılıkları) ve immobilize edilen glutatyon-S-transferazın (GST) tekrar kullanılabilirlikleri araştırılmıştır. Serbest ve immobilize enzimler için optimum pH değerleri sırasıyla 7,0 ve 6,0 olduğu belirlenmiştir. Ayrıca serbest ve immobilize enzimlerin optimum sıcaklıkları sırasıyla 37 ve 40 °C olarak ölçülmüştür. Optimum koşullarda, serbest GST enziminin glutatyon(GSH) substratı için Vmax değeri 204,8 U/mg prot ., CDNB substratı için Vmax değeri 194,3 U/mg prot. olarak ölçülmüştür. İmmobilize GST enziminin glutatyon(GSH) substratı için Vmax değeri 33,08 U/mg prot ., CDNB substratı için Vmax değeri 33,29 U/mg prot. olarak ölçülmüştür. Serbest GST enziminin glutatyon(GSH) substratı için Km değerleri sırasıyla 0,1873 mM , CDNB substratı için 0,201 mM olarak, immobilize edilen GST enziminin glutatyon(GSH) substratı için Km değerleri 0,3042 mM, CDNB substratı için 0,2523 mM olarak hesaplanmıştır. Serbest ve immobilize GST enziminin farklı sıcaklıklarda belirlenen termal kararlılıkları karşılaştırılmıştır. Tekrar kullanılabilirliği araştırılmış ve 20 kullanımdan sonra immobilize enzimler için aktivitesinin %50 (ECH)'ini koruduğu belirlenmiştir. Serbest GST enzimi, 4 °C'de ve 25 °C'de 30 gün depolanma süresi sonunda başlangıç aktivitelerinin sırasıyla %32 ve %18'ini koruduğu belirlenmiştir. İmmobilize enzimler için 4°C'de ve 25 °C'de 30 gün depolanma süresi sonunda sırasıyla başlangıç aktivitesinin %41 ve %20'sini koruduğu tespit edilmiştir.
Katalaz enziminin cevizden (Juglans regia) saflaştırılması
Bu araştırmada, cevizden (Juglans regia); ilk kez katalaz (E.C.1.11.1.6) enziminin saflaştırılması, kinetik özellikleri (Km, Vmax), termal ve depolama kararlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Enzimin kısmen saflaştırılmasında; homojenizasyon, ultrasantrifüjleme, amonyum sülfat çöktürmesi ve PD-10 (Sephadex G-25M) kolon kromotografisi basamakları sırasıyla uygulanmıştır. Saflaştırılan katalaz'ın optimum pH değeri 8,0 ve optimum sıcaklığı 25°C'dir. Katalaz'ın 25°C'deki termal kararlılığı 40°C'ye göre ve 4°C'deki depolama kararlılığı 25 °C göre daha yüksek bulunmuştur. Km ve Vmax kinetik parametreleri sırasıyla 10,4 mM ve 159,4 U/mg prot. bulunmuştur. Enzimin 53 kDa'luk 4 eşit alt üniteye sahip olduğu ve molekül ağırlığı 212 kDa olarak belirlenmiştir.
Katalaz enziminin kerevizden (Apium graveolens) saflaştırılması
Bu çalışmada katalaz enzimi ilk kez kerevizden saflaştırılmış ve karakterizasyonu yapılmıştır. Saflaştırılan katalaz enziminin molekül ağırlığının 237 kDa olduğu ve 58 kDa ağırlığında 4 eşit alt birimden oluştuğu belirlenmiştir. Kereviz (Apium graveolens) katalazının optimum sıcaklığının 30 °C ve optimum pH'ının 7,5 olduğu bulunmuştur. Katalaz enziminin depolama kararlılığı için belirli derişimlerde gliserol çözeltisi hazırlanmış ve enzim bu çözeltilerde bekletilmiştir. En yüksek kararlılığın % 20 gliserol çözeltisi içinde olduğu belirlenmiştir. Katalazın termal kararlılığının da 25 °C' de daha iyi olduğu bulunmuştur (% 28). Km ve Vmax değerleri Hidrojen peroksit substratı için sırasıyla 27,5 mM ve 87 U/mg protein olarak bulunmuştur.
Kronik lenfositik lösemide (KLL) metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR) enziminin gen polimorfizmlerinin araştırılması
Metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR), hücre içi folat metabolizmasını düzenleyen, DNA metilasyonu ile karsinogenezde önemli bir rol oynayan anahtar bir enzimdir. Bu çalışmada gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu kullanımı ile 91 KLL'li ve 101 sağlıklı kontrol bireyde MTHFR geni A1298C (rs1801131) ve C677T (rs1801133) polimorfizmleri araştırılmıştır. MTHFR A1298C polimorfizmi allel ve genotip frekansları kontrol ve hasta grubu arasında karşılaştırılmıştır. İstatistiksel analizlerde, A alleli ve AA genotipi anlamlı şekilde koruyucu olarak bulunmuştur. A1298 C polimorfizminde kontrol ve hasta grupları arasında C alleli ve CC genotipi için anlamlı (p=0.04 ve p=0.03) bir ilişki vardır. 1298CC genotipi KLL için 2,58 kat riski artırmaktadır. MTHFR C677T polimorfizmi allel ve genotip frekansları kontrol ve hasta grubu arasında karşılaştırılmıştır. Hasta ve kontrol grubu arasında C677T polimorfizminin alel sıklığı yönünden anlamlı bir fark belirlenememiştir. Bununla birlikte, C677T polimorfizminin CT ve CC genotipleri KLL riskini anlamlı bir şekilde arttırmıştır (P=0.04, OR=4,21 (1,10-16,09) and P=0.05, OR=3,77 (1,00-14,17), sırasıyla). Haplotip analizi yapıldığında haplotipler açısından hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı fark bulunmuştur. AC haplotip bloğu (A1298 ve C677) KLL hastalık riskine karşı koruyucu etki göstermiştir. Sonuçlarımız MTHFR geni 1298C ve C677 allellerinin KLL hastalık riski üzerine önemli etkiye sahip olduğunu göstermektedir.
HLA geni rs3077 ve rs9277535 polimorfizmleri ile kronik Hepatit B virüs enfeksiyonu arasındaki ilişkinin araştırılması
Hepatit B Virüs (HBV) enfeksiyonu dünya genelinde yaklaşık 350 milyon insanı etkilemektedir. Kronik hepatit B (KHB) taşıyıcılarının %10-15'inde karaciğer sirozu, karaciğer bozukluğu ve hepatoselüler kanser gelişebilmektedir. HLA genindeki varyantlar HLA mRNA ekspresyonunu ve antijen sunumunu etkilemektedir. Bu vaka-kontrol çalışmasında HLA rs3077 ve rs9277535 polimorfizmlerininin HBV enfeksiyonunun kronikleşmesindeki etkisi araştırılmıştır. 294 KHB'li hasta grubu ile 234 doğal bağışık kontrol grubu RT-PCR (Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon) yöntemi ile çalışılmıştır. HBV grubu ile kontrol grubu arasında rs9277535 alel sıklığı yönünden anlamlı bir fark bulunmuştur (P=0.05). Ayrıca AG haplotip bloğunun HBV'nin kronikleşmesine karşı koruyucu etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir (P=0.003). Bu çalışma kontrol grubunun doğal bağışık bireylerden oluştuğu beyaz popülasyondaki ilk çalışmadır. Bu çalışmada HLA-DPB1 geni rs9277535 A alelinin özellikle erkeklerde majör bir risk faktörü olduğu belirlenmiştir. Fakat rs3077 polimorfizminin anlamlı bir etkisi belirlenememiştir.
Deve çökerten (Tribulus terrestris L.) bitkisi bileşenlerinin farklı ekstraksiyon yöntemleriyle araştırılması
Bu çalışmada sistematik adı Tribulus terrestris L. olan bitkinin kimyasal kompozisyonunun tespitinde Sub-kritik su ekstraksiyonu (sbkH2O) ve Sub-kritik etanol ekstraksiyonu (sbkEtOH) yöntemlerinin etkileri incelenmiş ve yöntemler kıyaslanmıştır. Ayrıca Ultrasonik (USE) destekli tert-butil metil eter ekstraksiyonu ve tert-butil metil eter ile maserasyonun etkileri incelenmiş ve kıyaslanmıştır. Bunun yanında Tribulus terrestris L.'in sbkH2O ile ekstraktının biyolojik aktivite tayini ve Tribulus terrestris L. ekstraktında Kjeldahl Yöntemi ile toplam azot (protein) tayini yapılmıştır. SbkH2O ekstraktında ana bileşenlerden biri olan Loliolide % 1,86, Loliolide türevi ise % 10,75 oranında tespit edilmiştir. USE'a göre ekstraktın ana bileşenlerinde % 50,30 oranında Oleamide ve % 1,49 oranında Loliolide türevi tespit edilmiştir. Maserasyonda ekstraktın ana bileşeninde % 6,62 oranında Oleamide ve % 0,20 oranında Loliolide türevi tespit edilmiştir. Tribulus terrestris L. ekstraktı ile yapılan biyolojik aktivite tayinine göre Candida albicans türü maya üzerinde yapılan antifungal çalışmada sonuç pozitif bulunmuştur. 22 mm zone çapı oluşmuştur. Kjeldahl Yöntemi ile yapılan toplam azot (protein) tayinine göre ise bitkide %14,47±1,73 oranında protein tespit edilmiştir.
Ankilozan spondilit ve behçet'li hastalarda antioksidan enzimlerden superoksit dismutaz, katalaz, malondialdehit ve redükte glutatyon düzeylerinin araştırılması
Ankilozan spondilit (AS), omurga ve sakroiliak eklemlerin kronik enflamatuar bir hastalığıdır. Behçet hastalığı, göz dahil vücudun birçok sistemini etkileyen kronik bir hastalıkdır. Bu çalışmada, ankilozan spondilit ve Behçet'li hastalarda antioksidan enzimlerden superoksit dismutaz, katalaz, malondialdehit ve redükte glutatyon düzeyleri kıyaslanmıştır. 34 ankiozan spondilit'li hastada süperoksit dismutaz (SOD), katalaz, malondialdehit (MDA), redükte glutatyon (GSH) ortanca düzeyleri (en düşük-en yüksek değerleri) sırasıyla 6,07 (1,34-9,42) U/gHb; 2,38 (0,19-25,51) U/gHbx104; 57,44 (14,18-69,10) nmol/ml; 0,029 (0,003-0,044) µmol/ml olarak bulunmuştur. 24 Behçet'li hastada SOD, katalaz, MDA, GSH düzeyleri ise sırasıyla 1,30 (0,49-7,58) U/gHb; 9,44 (0,01-22,47) U/gHb)x104, 10,43(7,14-57,64) nmol/ml; 0,023(0,001-0,087) µmol/ml. olarak bulunmuştur. Her iki grup arasında SOD, katalaz, MDA düzeyleri istatistiksel olarak anlamlı bulunurken, GSH düzeyleri istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Anahtar Kelimeler:Ankilozan spondilit, Behçet hastalığı, SOD, Katalaz, MDA,GSH
Swiss albino farelerde dietilnitrözamin tarafından oluşturulan deneysel karaciğer hasarında curcuminin SOD ve CAT aktivitelerine ve gsh,mda,aopp seviyelerine etkisinin incelenmesi
Çalışmamızda Swiss albino farelerde Dietilnitrozamin (DEN) ile oluşturulmuş deneysel karaciğer hasarında curcuminin, redükte glutatyon (GSH), malondialdehit (MDA) düzeyleri, ileri protein oksidasyonu ürünleri (AOPP), Süperoksit dismutaz (SOD) ve katalaz (CAT) aktiviteleri üzerindeki etkileri araştırıldı. Denekler (n=9) Hasar kontrol 1, Hasar kontrol 2, curcumin koruyucu ve tedavi ile sağlıklı kontrol grubu olmak üzere 5 gruba ayrıldı. Koruyucu gruba DEN uygulamasından 5 gün önce, tedavi grubuna ise DEN uygulamasından 24 saat sonra 19 gün curcumin oral gavaj (150mg/kg etil alkol içerisinde) verildi. Sağlıklı gruba 19 gün 100 µl etil alkol oral gavaj olarak verildi. Curcumin koruyucu grubunda MDA düzeyleri anlamlı olarak azalırken (p<0.05),(p=0.002) tedavi gruplarında azalma anlamlı bulunmadı.(p>0.05),(p=0.128).AOPP düzeyleri curcumin koruyucu grupta anlamlı olarak azaldı (p<0.05),(p=0.009) ancak tedavi grubundaki azalma anlamlı (p>0.05),(p=0.073) bulunmadı. SOD aktiviteleri her iki grupta da anlamlı olarak artış gösterdi. Sırasıyla (p<0.05), (p=0.001) ve (p<0.05), (p=0.002) olarak bulundu. Redükte GSH düzeyleri azalmış ancak anlamlı bulunmadı. Her iki grupta da CAT aktiviteleri anlamlı olarak artış gösterdi. Her iki grup için (p<0.05), (p=0.001) olarak saptandı. Anahtar Kelimeler: Curcumin, Dietilnitrozamin (DEN), Karaciğer Kanseri
Çelik üretim cüruflarında mangan oksit (MnO) ve demir (II) oksit (FeO) tayinlerinin farklı analiz metotları ile karşılaştırılması
Çelik üretim proseslerinde birincil ve ikincil üretim yapan tesislerde yan ürünlerin doğru bir şekilde karakterizasyonu önemlidir. Çıktı yan ürünlerin (çelik üretim prosesi cüruflarının) kimyasal ve mineralojik tayini tez çalışması kapsamında değerlendirilmiştir. Konverter (BOF) cüruflarının içeriği bazik oksit yapıda bulunan kalsiyum oksit, magnezyum oksit, mangan oksit gibi fazlardan ve asidik oksit yapıdaki silisyum dioksit ve demir (II) oksitlerden oluşmaktadır. Konverter cüruflarındaki Fe yapısının genel olarak Fe2O3 ve Fe3O4 formunda olduğu tespit edilmiştir. Pota fırını (LF) cüruflarının genel yapısının ise kalsiyum alüminat formunda olduğu, minör faz olan demir (II) oksit ve mangan oksit gibi fazların yapı içerisinde %5'den küçük olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada gerçekleştirilen tüm karakterizasyon işlemleri ayrıntılı bir şekilde karşılaştırılarak raporlanmıştır.
Feruloil esteraz enziminin kalsiyum aljinat içerisinde immobilizasyonu ve karakterizasyonu
Enzimler, canlıların yaşamını sürdürmede önemli biyokatalizörlerdir ve endüstride birçok alanda yaygın olarak kullanılmaktadır. Enzimlerin geri kazanımı ve yeniden kullanılabilirliği için enzim immobilizasyonu yapılmaktadır. Bu çalışmada, rekombine feruloil esteraz (FAE) enziminin tutuklama yöntemi ile kalsiyum aljinat içerisinde immobilizasyonu uygulanmıştır. Serbest ve immobilize feruloil esterazın optimum koşulları belirlenmiştir. Bu koşullar pH, sıcaklık, kinetik parametreler, termal ve depolama kararlılıkları ile immobilize feruloil esterazın tekrar kullanım kararlılığıdır. Serbest ve immobilize feruloil esterazın optimum pH'ları sırayla 8.0 ve 7.5, optimum sıcaklıkları ise her ikisi için de 40 °C olarak belirlenmiştir. Serbest ve immobilize feruloil esterazın depolama kararlılıkları 15 gün boyunca belirli zaman aralıklarında incelenmiştir. Serbest feruloil esteraz 5°C'de 15 gün sonunda başlangıç aktivitesinin %86'sını korurken, 25°C'de aktivitesinin %49'unu korumuştur. İmmobilize feruloil esteraz 5°C'de 7 gün sonunda başlangıç aktivitesinin %16'sını ve 25°C'de 3 gün sonunda aktivitesinin %4'ünü koruduğu gözlenmiştir. Serbest feruloil esterazın Km değeri 68.15 mM, Vmax değeri 2.86 U/mg protein, immobilize feruloil esterazın Km değeri 34.96 mM, Vmax değeri 21.79 U/mg protein olarak hesaplanmıştır. Serbest ve immobilize feruloil esterazın farklı sıcaklıklarda termal kararlılıkları belirlenmiştir. Serbest feruloil esteraz 40°C'de 16 saat sonunda başlangıç aktivitesinin %96'sını , 50°C'de ise %22'sini, immobilize feruloil esteraz başlangıç aktivitesinin 40°C'de %47'sini, 50ºC'de ise %31'ini koruduğu tespit edilmiştir. İmmobilize feruloil esterazın tekrar kullanılabilirliği araştırılmış ve 4. kullanımdan sonra aktivitesini %57 oranında koruduğu gözlenmiştir. Sonuç olarak kalsiyum aljinatın feruloil esterazlar için uygun bir immobilizasyon yöntemi olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Feruloil esteraz, İmmobilizasyon, Kalsiyum aljinat