Theses supervised by Prof. Dr. Zülal Aşçı Toraman
16 theses · Fırat University
Kutanöz mantar enfeksiyonu şüphesi olan hastalardan alınan deri kazıntı örneklerinde dermatofit ve diğer mantar etkenlerinin konvansiyonel ve PCR yöntemleriyle saptanması
Dermatofitoz, dermatofit adı verilen patojenik keratinolitik mantarların neden olduğu küresel öneme sahip bir hastalıktır. Dermatofitler morfolojik özellikleri temel alınarak; Microsporum, Epidermophyton ve Trichophyton olmak üzere üç cinse; doğal kaynaklarına göre de; antropofilik (insan kökenli), zoofilik (hayvan kökenli) ve geofilik (toprak kökenli) olmak üzere üç gruba ayrılırlar. Keratinize dokuların mantar enfeksiyonlarında en kolay, en hızlı ve en pratik inceleme yöntemi örneklerin direkt mikroskobik incelemesidir. Direk mikroskobik inceleme örnekleme kalitesine, mikrobiyoloğun tecrübe ve becerisine bağlı olduğu için duyarlılığı değişkenlik gösterir. Kültür direk mikroskobiye yardımcıdır ve tüm yüzeyel mantar enfeksiyonları ile herhangi bir sistemik tedavi gerektiren dermatofit enfeksiyonlarının tanısında kullanılmalıdır. Ancak dermatofitoz tanısında kullanılan mikolojik kültür ve ileri tür düzeyi identifikasyon yöntemlerinin kullanılması tanıyı geciktirir. Bu çalışmada dermatoloji polikliniğine kutanöz mantar enfeksiyonu şüphesi ile başvuran hastalardan alınan deri kazıntı örneklerinde dermatofit ve diğer mantar etkenlerinin konvansiyonel ve PCR yöntemleriyle saptanması amaçlanmıştır. Çalışmaya Mayıs 2020-Temmuz 2020 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Dermatoloji Polikliniğine dermatofit ön tanısıyla başvuran 130 hastaya ait alınan saç, saçlı deri, deri kazıntısı ve tırnak örnekleri dahil edilmiştir. Her klinik örnek, öncelikle direk mikroskobik inceleme için %20'lik KOH ile preparatları hazırlanıp ışık mikroskobunda önce küçük (10x) sonra büyük büyütmeli (40x) objektiflerle incelenmiştir. Yapılan incelemede mantar hif/miçel ve sporları aranmıştır. Klinik örneklerin mikolojik kültürü için steril petri kutusuna alınan örneklerin SDA, antibiyotikli SDA, PDA besiyerlerine ekimleri yapılmıştır. Ekimi yapılan besiyerleri 4 haftalık süre sonunda makroskobik olarak SDA ve/veya PDA besiyerinde üreyen kültürdeki koloniler; koloni örgüsü, koloni yüzeyi, yüzey ve taban pigmentasyonu açısından değerlendirilmiştir. PDA besiyeri, koloninin taban ve yüzeyde pigmentasyon oluşturma özelliği için değerlendirilmiştir. Kültürde üreme gözlenen kolonilerden DNA izolasyonu için CTAB metodu uygulanmıştır. Çalışmada ITS (ITS1/ITS4) gen bölgelerini hedefleyen primerlerle PCR uygulanmıştır. Konvansiyonel yöntemlerle küf ya da maya olarak tanımlanan kültürlere PCR analizi sonrası dizi analizi uygulanmıştır. Elde edilen dizilere göre tanımlama nükleotid BLAST programı (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/) ile gen bankasındaki nükleotid dizilerinin karşılaştırılması ile yapılmıştır. Dermatofit ön tanılı hastalardan alınan 130 klinik örneğin 102 (%78,4)'sinin direk mikroskobik incelenmesinde mantar hif ve/veya sporlarına rastlanmıştır. Direk mikroskobide pozitif olarak değerlendirilen 99 (%76) ve negatif olarak değerlendirilen 7 (%25) örnek olmak üzere toplam 106 (%81,5) örneğin mikolojik kültürlerinde üreme gözlenmiştir. Üreme olan kültürlerden yapılan ileri identifikasyon değerlendirmelerinde tanımlanan dermatofitlerin dağılımında en sık T. rubrum (%49) türünün ürediği saptanmıştır. Kültürde üreyen suşların konvansiyonel yöntemler ile tanımlanan türlerinin ITS gen bölgelerinin hedefleyen primerlerle yapılan PCR ile identifikasyon sonuçları aynı (sadece konvansiyonel yöntemle T. mentagrophytes olarak tanımlanan 36 nolu suş PCR ile T. rubrum olarak tanımlanmıştır) tanımlanmıştır. Çalışmamızda kültürden izole edilen dermatofitoz etkenleri ileri identifikasyon yöntemleri uygulanmadan önce moleküler tanı yöntemleri kullanılarak hızlı bir şekilde tür düzeyinde tanımlanabilmiştir. Alt yapısı uygun olan laboratuvarlarda dermatofitozların rutin tanısında moleküler yöntemlerin uygun bir tanı aracı olabileceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: dermatifoz, Trichophyton, Epidermophyton, Microsporum, PCR
Hastane çalışanlarında latent tüberküloz infeksiyonu tanısında tüberkülin cilt testi ile quantiferon-tb gold testinin karşılaştırılması
Tüberküloz (TB), geçmişten günümüze infeksiyon hastalıklarında daima önemli bir yere sahip olmuştur. Son zamanlarda giderek artan küresel çabalara rağmen TB olgularının sayısı hızla artmaktadır. Tüberküloz için bilinen ilk tanı testi tüberkülin cilt testi (TCT)'dir. Fakat TCT, tanıda bazı yönleriyle kısıtlılık göstermektedir. Son yıllarda, TCT'ne oranla daha spesifik sonuç veren çalışmalar yapılmaktadır. Çalışmamızda, latent tübeküloz infeksiyonu tanısında TCT ile Quantiferon-TB Gold in Tube (QFT-G) testinin tanısal değeri hastane çalışanlarında araştırılarak bu iki testin etkinliğinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Latent tüberküloz infeksiyonu tanısında TCT ile QFT-G testini karşılaştırmak amacıyla hastane çalışanlarında yapmış olduğumuz bu çalışmamıza, Fırat Üniversitesi Hastanesinde çalışan 71 gönüllü sağlık çalışanı dahil edilmiştir. Çalışmaya alınan tüm sağlık çalışanlarına anket formu düzenlenmiştir. Çalışma grubuna, daha önce TCT yaptırıp yaptırmadıkları sorgulanmış ve Bacille Calmette-Guerin (BCG) aşısı skar sayıları ile birlikte anket formuna kaydedilmiştir. Ayrıca akciğer filmleri çektirilmiştir. Bu çalışma grubundan, QFT-G testi için üretilmiş yüzeyi antijenle kaplanmış özel tüplere kan örnekleri alındıktan sonra, TCT olan Purifeid Protein Derivative (PPD) uygulanmıştır. Çalışmamızda TCT'leri, 0-4 mm, 5-14 mm, 15 mm üzeri olmak üzere üç gruba ayrılarak değerlendirilmiştir. TCT'nin 15 mm üzerindeki QFT-G pozitiflik oranı %12,67 olarak bulunmuştur (p<0.01). Bu sonuç, TCT endurasyon çapının, QFT-G testi pozitif olma olasılığı ilgili bir bağlantısının olmadığını gösteriyor. Quantiferon-TB Gold testinin, avantajları ve dezavantajları dikkate alındığında, BCG aşılaması ile TCT sonucuna göre ülkemizde olduğu gibi rutin aşılanmaların uygulandığı topluluklarda, numune toplama kolaylığı, sonuçların kısa sürede elde edilmesi ve hastayla bir kez karşılaşılması gibi avantajları dikkate alınarak hastane çalışanlarında olduğu gibi TCT'ne alternatif olarak kitle taramalarında kullanılabilir olacağı sonucuna varılmıştır. Aktif hastalık oluşturma olasılığı yüksek olan vakaların tespit edilmesinde QFT-G testi ile TCT pozitif kontrol gruplarının karşılaştırıldığı uzun süreli çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Tüberkülin cilt testi, QuantiFERON-TB Gold testi, latent tüberküloz infeksiyonu, tüberküloz.
Non-fermantatif gram negatif bakterilerde biyofilm oluşumu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Nonfermentatif Gram-negatif bakteriler (NFGNB) immün sistemi baskılanmış ve özellikle ilaç tedavisi alan hastalarda, artan oranlarda, fırsatçı patojenler olarak infeksiyonlara neden olmaktadırlar. NFGNB'den Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophilia ve Burkholderia cepacia önemli hastane infeksiyonlarına yol açmaktadırlar. Mikroorganizmaların virulans özelliklerinden olan biyofilmler, kateterler, eklem ve kalp protezleri gibi kalıcı ya da kalıcı olmayan tıbbi araçları veya kistik fibrozis gibi bazı hastalıklarda solunum yollarını kolonize eden bakterilerin bakteri yüzeylerinde glikokaliks özellikte mukoid bir yapı olup, bakteriyi antibakteriyel ajanlar ile konak bağışıklık sisteminden koruyarak kronik infeksiyonlara zemin hazırlayabilirler. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa), Acinetobacter baumanii (A.baumanii), Stenotrophomonas maltophilia (S.maltophilia) ve Burkholderia cepacia (B.cepacia) izolatlarının biyofilm üretimi ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Biyofilm oluşumunun belirlenmesinde Kongo Kırmızılı Agar (KKA), Standart Tüp (ST) Yöntemi ve Mikropleyt (MP) Yöntemi kullanıldı. 150 adet non-fermentatif Gram-negatif bakteri izolatının CRA yöntemine göre izolatların 71'i(%47,33) biyofilm pozitif iken 79'u(%52,67) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Kristal viole boyar madde kullanılarak yapılan ST yöntemine göre izolatların 57'si(%38), biyofilm pozitif iken 'u(%52,67) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Safranin boyar madde kullanılarak yapılan ST yöntemine göre ise 65'i(%43,33) biyofilm pozitif olarak tespit edilirken 85'i(%56,67) biyofilm negatif olarak belirlendi. Kristal viole boyar madde kullanılarak yapılan MP yöntemine göre izolatların 61'i(%40,66), biyofilm pozitif iken 89'u(%59,34) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Safranin boyar madde kullanılarak yapılan MP yöntemine göre ise 83'ü(%55,33) biyofilm pozitif olarak tespit edilirken 67'si(44,67) biyofilm negatif olarak belirlendi. Farklı klinik örneklerden izole edilen mikroorganizmalarda biyofilm varlığı oranı konu ile ilgili yapılan diğer çalışmalarla uyumlu bulunmuştur. Biyofilm oluşumunun belirlenmesine yönelik yapılan test yöntemleri arasında gold test olarak ifade edilen mikropleyt yöntemi, yaptığımız çalışmada da en yüksek biyofilm pozitiflik oranına sahip olarak bu durumu desteklemiştir. Biyofilm pozitif olan Acinetobacter baumanii (A.baumanii)'suşlarının disk diffüzyon yöntemine göre belirlenen antimikrobiyal duyarlılık sonuçlarına göre en çok direnç Amoksisilin-Klavunat(AMC) ve Trimetroprim- Sülfometoksazol(SXT)'e iken bu durum Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa)'da ciprofloxasin(CİP) ve Trimetroprim- Sülfometoksazol(SXT) şeklinde gerçekleşti. Sonuç olarak, non-fermentatif Gram negatif suşlarında biyofilm üretiminin belirlenmesinde kullanılan yöntemler arasında biyofilm poziflik oranı en fazla safranin boyası kullanılarak yapılan MP yöntemi olmuştur. Bunun yanısıra antimikrobiyallere karşı direnç gelişiminde biyofilm oluşumunun önemli rol oynadığı sonucuna ulaşıldı.
Otomatik kan kültürü sistemlerinde negatif çıkan kan kültürlerinin inkübasyon süreleri uzatılarak hacek grubu bakterilerin araştırılması
Kanda herhangi bir enfeksiyon etkeninin bulunup bulunmadığını saptamak için yapılan teste kan kültürü denir. Kan kültürünün amacı, kanda hangi tür de mantar veya bakteri bulunduğunu tespit etmektir. Bu yöntem özellikle menenjit, osteomiyelit, artrit, endokardit, peritonit, zatürre ve nedeni bilinmeyen ateş gibi hastalıkların tanısında kullanılır. Kanda bulunan enfeksiyon; titreme, düşük veya yüksek ateş, hızlı nefes alma, artan nabız veya çarpıntı, kas ağrılar ile kendini göstermektedir. Bu sepsis sonucu zihinde bulanıklık, azalmış idrar, baş dönmesi, baş ağrısı, ciltte döküntü ve hatta organ yetmezliğine kadar ilerleyen olaylar meydana gelebilir. Bu bulguların bulunduğu hastanın tedavi edilebilinmesi için tanının doğru ve hızlı birşekilde tesbit edilmesi gerekir. Bu tanıyı koymak için, zaman kaybetmeden hekimler kan kültürü istemi yapması zorunludur. Zamanında ve uygun şartlarda alınan kan kültürlerinin hızlı bir şekilde raporlanmasıyla, sepsis tanısı koyulan hastanın tedavisi yönlendirilir ve hastanın hayatta kalması sağlanır. Bu nedenle kanın rol oynadığı enfeksiyonlarının saptanmasında, kan kültürü en önemli ve kolay bir yöntemdir. Kan kültürü yöntemi bakteriyel veya fungal mikroorganizmaların saptanması sağlanır. Aynı zamanda tespit edilen patojenlerin antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesine avantaj sağlar. Çalışmamızda, standart kan kültürü yöntemlerinde negatif sonuç için belirlediği 5 günlük inkübasyon süresi uzatılarak; Haemophilus spp., Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens ve Kingella spp. (HACEK) gibi zor üreyen bakterileri tespit edilmesi amaçlanmıştır. Fırat Üniversitesi Hastanesi çeşitli kliniklerinde yatan hastalardan Mikrobiyoloji Laboratuvarına gelen 500 aerop ve/veya anerop kan kültürü şişesi, otomatik kan kültürü cihazına (BD, Bactec Fx, USA) yüklendi. Kan kültürü şişelerinin otomotik kan kültürü cihazına yüklenmesinden sonra cihazın inkübasyon döneminde standart pozitif sinyal verme süresi olan beş (5) günün sonunda negatif olarak sonuçlanan 500 aerop ve/veya anaerop kan kültürü şişesi HACEK grubu bakteriler yönünden değerlendirmeye alındı. Negatif kan kültür şişelerinden preparatları hazırlanarak Gram boyamaları yapıldı. Gram boyama sonucuna göre bakteri saptanmayan kan kültür şişeleri 35-37°C de etüvde72 saat ek bir inkübasyon süresine tabi tutuldu. Bu süre sonunda kan kültürlerinin beş (5) (%1)'inde örnekte üreme saptanırken 495'inde (%99) üreme saptanamadı. Üreme saptanan beş örnekte birer tane olmak üzere; Kingella kingae, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Staphylococcus epidermitidis, Candida glabrata üredi. Bu sonuç standart klavuzlarda belirlenen 5 günlük üreme süresinin bazı durumlarda (zor üreyen bakteriler, kandaki mikroorganizma miktarının azlığı v.s. gibi nedenlere bağlı olarak) yetersiz olduğunu göstermektedir. Dolayısıyla negatif sonuç için belirlenen inkübasyon süresinin yeniden gözden geçirilmesi için uzun çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: HACEK, Kan kültürü
Kronik inflamatuar barsak hastalarında ASCA, pANCA ile maya veya kandida kolonizasyonunun araştırılması
İnflamatuvar barsak hastalığı (İBH), gastrointestinal sistemin çeşitli yerlerinde tutulum gösteren, inflamasyonla seyreden kronik bir hastalıktır. İnflamasyonun yerine göre en sık görülen türleri, ülseratif kolit (ÜK) ve Crohn hastalığı (CH)'dır. İBH'nın daha az oranda görülen diğer bir türü ise, indetermine kolit (İK)'tir. İBH'nın doğru teşhisi; özellikle CH ve ÜK'in ayrımı, tedavisi ve prognozu açısından oldukça önemlidir. Bu türlerin ayrımında ve İK'in saptanmasında, Anti-Saccharomyces cereviciae antikor (ASCA) ve perinükleer anti-nötrofilik sitoplazmik antikor (pANCA) serolojik değerleri birlikte kullanılmaktadır. Ayrıca, özellikle CH'nın gelişiminde maya veya kandida kolonizasyonu sık görülmektedir. İnsan gastrointestinal sisteminde, en fazla izole edilen tür Candida albicans (C.albicans)'tır. Bunu Candida tropicalis (C.tropicalis) ve Candida glabrata (C.glabrata) izlemektedir. Bu çalışmada, kronik inflamatuar barsak hastalarında serumda ASCA ve pANCA antikorlarının, dışkıda kandida kolonizasyonunun tespit edilerek korelasyonunun incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda, gastroenteroloji kliniğinde ve polikliniğinde İBH tanısı konan 120 hasta ile aynı yaş aralığında olan 30 sağlıklı kontrol grubunun, serumlarından indirect immunofluorescence assay (IIFA) yöntemi ile ASCA ve pANCA antikorları ve dışkı örneklerinden mikolojik tanı yöntemleri ile kandida kolonizasyonunun varlığı tespit edilerek, kandida türleri belirlendi. Çalışmamızda, ÜK hastalarında %51,9 oranında pANCA pozitifliği, CH'da ise %60 oranında ASCA pozitifliği istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). İBH tanısı konan 120 hastadan alınan dışkı örneklerinin 76(%63,3)'sında, 30 kontrol grubundan alınan dışkı örneklerinin ise 16(%53,3)'sında kandida türleri üremiştir. Ancak, 5 ve üzeri koloni sayıları olan 49 İBH ile kontrol grubunun 9'unun kültürü değerlendirilmeye alınarak maya veya kandida türleri tanımlanmıştır. 49 İBH'dan 24(%20,0)'ünde C.albicans, 7(%5,8)'sinde C.glabrata, 4(%3,3)'ünde Saccharomyces cerevisiae (S.cerevisiae), 4(%3,3)'ünde Candida kefyr (C.kefyr), 3(%2,5)'ünde Candida firmetaria (C.firmetaria), 3(%2,5)'ünde Candida krusei (C.krusei), 3(%2,5)'ünde Candida dubliniensis (C.dubliniensis) ve 1(%0,8)'inde Candida melibiosica (C.melibiosica) tanımlanmıştır. 9 sağlıklı bireyin ise 4(%13,3)'ünde C albicans, 2(%6,7)'sinde C.glabrata, 2(%6,7)'sinde C.krusei ve 1(%3,3)'inde C.kefyr tanımlanmıştır. İBH ve kontrol grubunda, maya veya kandida türleri istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Her iki grubun da dışkı kültüründe; benzer türler üremiş olup, en çok üreyen tür C.albicans olmuştur. ASCA ve pANCA antikorları ile kandida türleri arasında anlamlı bir sonuç bulunamamıştır. Ancak, ASCA ve pANCA pozitifliklerinde, negatifliklerine oranla daha fazla oranda maya veya kandida kolonizasyonu görülmüştür. Ayrıca, İBH'da ASCA ve pANCA floresan şiddeti ile üreyen maya veya kandida türlerinin koloni sayıları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p<0,05). Günümüzde İBH'nda, ÜK ve CH'nın kesin olarak birbirinden ayrımını sağlayacak ve tanı koyduracak test yoktur. Ancak, ASCA ve pANCA serolojik testleri hastalığın ayrımında ve tanısında kullanılabilecek yardımcı testler olabileceği gibi; bu testlerdeki otoantikorlar ile çapraz reaksiyon veren enfeksiyöz ajanların, özellikle de mayaların araştırılması, bu serolojik testlerin özgüllüğünü ve tanıdaki önemini arttırabilir. Anahtar Kelimeler: İBH, Ülseratif Kolit, Crohn, Anti-Saccharomyces cereviciae (ASCA), pANCA, Candida spp.
Fırat Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen diyareli dışkı örneklerinde enfeksiyon etkenlerinin araştırılması
Normal dışkılama günde üç ile üç günde bir arasında değişen 200-300 gram ağırlığında kıvamlı ve şekillidir. İshalle seyreden hastalıklar az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde kardiyovasküler hastalıklardan sonra ölüme neden olarak 2. sırada yer alır. 5 yaş altı çocuklarda ise ana ölüm nedenidir. İshal çoğunlukla gastrointestinal sistemin özellikle incebağırsak ve kalınbağırsak bölümünün bakteri, virüs ve parazitler gibi etkenlerle karşılaşmasıyla gerçekleşir. Bunlar arasında Salmonella spp. , Shigella spp. , Campylobacter jejuni (C. jejuni), Clostridium difficile (C. difficile), Shiga like toksin üreten Escherichia coli (E. coli), Entamoeba histolytica (E. histolytica), G. intestinalis, Rotavirüs, Astrovirüs, Norovirüs, Adenovirüs ve Cryptosporidium parvum (C. parvum) yer alır. Bu çalışma, Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Merkez Laboratuvarı'nda dışkı örneklerinde bakteriyel, viral, paraziter diyare etkenlerinin belirlenmesi amacıyla tetkik istenen 100 hastanın dışkı örneği incelenerek yapılmıştır. Kabul edilen dışkı örneklerinde, C. parvum, E. histolytica, G. intestinalis, C. difficile, Rotavirus, Adenovirüs, Astrovirüs, Norovirüs, C. difficile antijenleri immünokromatografik yöntem esasına dayanan kaset testi ile değerlendirilmiştir. Bakteriyel diyare etkenleri Real Time PCR ile çalışılmıştır. Bu çalışmamızda alınan 100 dışkı örneğinden 1 hastada Salmonella spp. , 1 hastada Shigella spp. , 12 hastada C. jejuni. , 9 hastada Shiga like toksin üreten E. coli, 27 hastada C. difficile, 16 hastada Rotavirus, 8 hastada Adenovirüs,5 hastada Astrovirüs, 6 hastada Norovirüs, 1 hastada C. parvum, 1 hastada G. intestinalis tespit edilmiştir. Çalışmamızda E. histolytica etken olarak tespit edilememiştir.
Tüberküloz tanısında mikroskopi, kültür ve moleküler yöntemlerin karşılaştırılması
Çalışmamızda tüberküloz ön tanısı ile Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen, her biri farklı hastalardan alınmış 100 klinik örnek mikobakteriyolojik inceleme amacıyla çalışmaya dahil edilmiştir. Bu çalışmada tüberküloz tanısı alan hastaların örneklerinde kültür altın standart kabul edilerek Asido Rezistan Boyama (ARB), kültür ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemi ile tüberküloz basili varlığını araştırıp, bu üç yöntemin özgüllüğünü ve duyarlılığının karşılaştırılması amaçlanmıştır. Örneklerin 50 tanesi kültür altın standart kabul edilerek kültür pozitif hastalardan; diğer 50 örnek ise kültür negatif hastalardan mikroskopi ve moleküler yöntemler ile karşılaştırılmak üzere çalışmaya dahil edilmiştir. Asido Rezistan Boyama yöntemlerinden Ehrlich Ziehl Neelsen yöntemi, kültürde MGIT 960 Sistemi ve moleküler yöntem olarak da GeneXpert MTB/RIF cihazı kullanılmıştır. Kültür pozitif 50 örneğin mikroskopik değerlendirmesinde 39 örneğin ARB pozitif, 11 örneğin ise ARB negatif olduğu görülmüştür. ARB negatif olan 11 örneğin 10'unun PZR pozitif olduğu görülmüştür. Bu örneklerin 49'u PZR pozitif, sadece 1'i PZR negatif olarak saptanmıştır. Kültür negatif 50 kontrol hasta örneğinin değerlendirmesinde ARB veya PZR pozitif örnek saptanmamıştır. ARB ve PZR'nin duyarlılıkları sırasıyla %76 ve %98, her iki yöntemin özgüllüğü ise %100 olarak saptanmıştır. Kültür pozitif 50 örneğin ilaç duyarlılık testinde RİF direnci görülmemiştir. Aynı örneklerin GeneXpert MTB/RIF cihazıyla değerlendirilmesinde benzer şekilde RİF direnci görülmemiştir. Sonuç olarak, tüberküloz kültürü altın standart kabul ederek yaptığımız bu çalışmada PZR ve ARB'nin özgüllük oranlarının eşit olduğu fakat PZR'nin ARB'ye göre daha yüksek duyarlılık oranına sahip olduğu görülmüştür. Kısa sonuç verme süresi, yüksek duyarlılık ve özgüllük oranları nedeniyle GeneXpert MTB/RIF cihazının rutin kullanıma girmesinin tüberküloz tanısı ve ilaç direnci tespitine olumlu yönde katkı sağlayacağı düşünülmüştür. Anahtar Kelimeler: Tüberküloz, PZR, Kültür, Mikroskopi, ARB.
Metisilin dirençli staphylococcus aureus ve vankomisin dirençli enterokok suşlarında daptomisine duyarlılıklarının invitro e-test yöntemiyle araştırılması
Gram pozitif mikroorganizmaların hem toplumda hem de hastanede yol açtığı pek çok ciddi infeksiyon vardır. Aynı zamanda çok ilaca direnç sadece birkaç tedavi seçeneği bırakacak kadar artmaktadır. Gram pozitiflerin yol açtığı infeksiyonlar metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), vankomisine dirençli enterokok (VRE) gibi tedavisi zor etkenlerle gelişir. Vankomisine direnç gelişimi; duyarlılıkta azalma ve klinik başarısızlık raporları artarak ortaya çıkmaktadır. Daptomisin son zamanlarda geliştirilmiş, MRSA ve VRE suşları dahil olmak üzere geniş bir aerobik ve anaerobik Gram pozitif etki alanına sahip antimikrobiyal bir ajandır. Dirençli Gram pozitif patojenlerin neden olduğu enfeksiyonlarda yeni bir tedavi seçeneğidir. Çalışmamıza Ekim 2011-Haziran 2013 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji Bölümüne gönderilen çeşitli örneklerden, izole edilmiş 81 adet MRSA ve 11 adet VRE suşu dahil edilmiştir, gönderilen klinik ve gelen örnek tipi ayırt edilmeksizin rastgele toplanmıştır. Bu suşların daptomisine karşı duyarlılığı E-test (Biomerieux S.A. France) yöntemi ile CLSI önerileri dikkate alınarak Mueller Hinton Agarda (Oxoid UK) belirlendi. Bu sonuçlar BD Phoenix (Becton Dickinson U.S.A.) tam otomatik bakteri identifikasyon cihazı kullanılarak doğrulandı. Çalışmamızda da Biomerieux S.A.-France'in E-testleri kullanılmış ve daptomisinin MIK değerleri, S.aureus için MIK50: 0.5 μg/ml, MIK90: 1 μg/ml, E. faecium için MIK50: 2.5 μg/ml, MIK90: 3 μg/ml olarak belirlenmiştir. Bakterilerin hepsi daptomisine duyarlı bulunmuştur. Bu çalışmada elde edilen sonuçlara göre daptomisin; MRSA ve VRE suşları tarafından meydana gelen enfeksiyonlarda alternatif olarak kullanılabilecek en önemli antibiyotiklerden biri olduğu görülmüştür. Daptomisin gibi yeni ajanlar pek çok ciddi Gram pozitif izolata etkili olmakla birlikte direnç sorunu devam etmektedir. Farmakokinetik profilleri ve güvenlik profilleri uygun olan Gram pozitiflere karşı yeni ajanlara klinik ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Daptomisin, Metisilin dirençli Staphylococcus aureus, Vankomisin dirençli Enterokok
Gram negatif basillerde tigesiklinin invitro aktivitesinin incelenmesi
Hastane enfeksiyonları, morbidite ve mortalite oranlarının yüksek olması, hastanede kalış süresinin uzaması ve yüksek tedavi maliyeti nedeniyle önemli bir sağlık sorunudur. Son yıllarda özellikle yoğun bakım üniteleri başta olmak üzere hastane enfeksiyonlarında en sık izole edilen etkenlerin başında gram negatif basiller gelmektedir.Günümüzde gram negatif basillere bağlı olarak oluşan enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antimikrobiyal ajanlara karşı giderek artan direnç tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Bu durum yeni antimikrobiyallerin geliştirilmesini gerektirmektedir.Tigesiklin yeni geliştirilen antimikrobiyal ajanlardan biridir. Glisilsiklin grubu ilaçların ilk üyesidir. Tigesiklin bakterileriyel ribozomun 30S alt ünitesine bağlanır ve rRNA'nın hedefine ulaşmasını engelleyerek protein sentezini inhibe eder.Bu çalışmada, Fırat Üniveristesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında çeşitli klinik örneklerden izole edilen 25 Escherichia coli, 25 Klebsiella spp., 25 Acinetobacter baumannii ve 25 Pseudomonas aeruginosa olmak üzere 100 Gram negatif basilin tigesiklin duyarlılığının araştırılması amaçlandı. Bu suşların antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle belirlenirken, tigesiklin duyarlılığı ise broth mikrodilusyon yöntemi ile test edilmiştir.Test edilen Escherichia coli ve Klebsiella spp. suşlarının %100'ü, Acinetobacter baumannii suşlarının %96'sı tigesikline duyarlı bulunurken, Pseudomonas aeruginosa suşlarının %100'ü tigesikline dirençli tespit edilmiştir.Sonuç olarak, Pseudomonas aeruginosa dışında gram negatif basillerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde tigesiklinin uygun klinik endikasyonlarda kullanılabileceği kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: Broth mikrodilusyon yöntemi, tigesiklin, gram negatif basil, antimikrobiyal ajan.
Diyabetli hastalarda yüzeyel mantar enfeksiyon etkeni olarak saptanan dermatofit ve mayaların tiplendirilmesi, mayaların antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Diyabetes mellitus (DM) kronik hiperglisemi, karbonhidrat ve yağ metabolizması bozuklukları ile seyreden bir hastalıktır. Diyabetik hastaların %30'undan fazlasında hastalıkları süresince herhangi bir tipte deri tutulumuna rastlanır. Diyabet hastalarında yüzeyel deri enfeksiyonları arasında en sık rastlanan enfeksiyonlar dermatofitozis ve kandidiyazistir.Bu çalışmada, Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikoloji Laboratuarında incelenmek üzere, Dahiliye Anabilim Dalı Endokrinoloji Bilim Dalı Polikinliği ve/veya yataklı servisinde 2009-2010 yılları arasında diyabet tanısı ile takip edilen, yüzeyel mikoz şüpheli toplam 80 diyabetli hastadan 130 adet deri ve tırnak kazıntı örnekleri alınmış ve mikolojik olarak incelenmiştir.Klinik örneklerde; direkt mikroskobik inceleme, mikolojik kültür, konvansiyonel tanı yöntemleri, mayaların tanımlanması için API ID32C (VİTEK, Biomerieux, France) kiti ve Candida spp. suşlarında vorikonazol ve flukonazole diskleri kullanılarak CLSI kriterlerine göre disk difüzyon antifungal duyarlılık testi uygulanmıştır.Mikoz şüphesiyle alınan 130 klinik örneğin 89 (%68)'unda direkt mikroskobik inceleme pozitif bulunurken, 41 (%32)'inde negatif olarak saptanmıştır. Örneklerden yapılan mikolojik kültürün 78 (%60)'inde üreme saptanırken, 46 (%35)'ın da üreme saptanamamış ve 6 (%5) kültürde ise kontaminasyon saptanmıştır.Üreme saptanan 78 örneğin 28 (%36)'inde Trichophyton rubrum, 3 (%4)'ünde Trichophyton mentagrophytes, 11 (%14)'inde Trichophyton rubrum + Candida spp.,2 (%3)'sinde Trichophyton mentagrophytes+Candida spp., 5 (%6)'inde Trichophyton rubrum+Trichophyton mentagrophytes ve 29 (%37)'unda ise Candida spp. üremiştir.Üreyen 29 Candida spp.'nin, 16 (%55)'sı Candida albicans, 7 (%24)'si Candida sake, 4 (%14)'ü Candida parapsilosis ve 2 (%7)'s Candida krusei üremiştir. 29 Candida spp. suşundan yapılan antifungal duyarlılık testi sonucunda, flukonazole en fazla direnç Candida parapsilosis (%100) ve Candida sake (%72) türlerinde saptanırken, vorikonazole direnç yine en fazla Candida parapsilosis (%25) ve Candida sake (%14) türlerinde saptanmıştır.Sonuç olarak, risk faktörleri göz önüne alınarak diyabetli hastalarda yüzeyel deri enfeksiyonlarının oluşmasını önlemek için gerekli koruyucu önlemlerin alınması gerektiği, enfeksiyon etkeninin saptanarak özellikle yine bu grup hastalarda gelişen kandidiyazislerde tedavilerinin yapılmadan önce antifungal duyarlılık testlerinin yapılarak uygun antifungal ilaçla tedavi edilmesinin büyük önem taşıdığı kanısına varılmıştır.
Deşik klinik örneklerden soyutlanan kandida türlerine virulans faktörlerinden proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktivitelerinin araştırılması
1.ÖZET Kandidalar doğada, insan ve hayvanların florasında bulunan maya morfolojisinde mikroorganizmalardır. Son yıllarda kanser, transplant ve immunsüpresif hastaların yaşam süreleri, gelişmiş tedavi protokolleri nedeniyle uzamış ve dolayısıyla bu hastalarda mantar enfeksiyonu görülme sıklığı artmıştır. Mantar enfeksiyonlarında Candida albicans dışında diğer kandida türlerinin izolasyonundaki artış, bu türlerin virülans faktörlerinin önemini arttırmıştır. Enfeksiyon oluşumunda konak faktörleri kadar kandidaların virülans faktörleri de önemli bir yer tutmaktadır. Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 kandida susunun türleri belirlenmiş ve türlere göre proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktiviteler: araştırılmıştır. 100 kandida susunun; 58' i C. albicans,14' ü C. glabrata, 11' C. tropicalis, 52' i C.famata, 4' ü C. sake, 3' ü C. knısei, 2' si C guillermondii, V C. lusiianiaee, l'i C. pelliculose, 1' i C. curvata olarak adlandırılmıştır. Proteinaz enzim aktivitesi, Sığır Serum Albumin Agar'da, protein lizisine bağlı olarak şeffaf zonlann oluşup oluşmamasına göre değerlendirilmiştir. Proteinaz oram türlere göre; % 82.7 C albicans, % 72.7 C. tropicalis, % 40 C.famata, % 50 C guillermondii, % 100 C. lusitaniae, % 100 C. curvata olarak tespit edilmiştir. C sake, C. krusei ve C. pelliculose de proteinaz aktivitesi görülmemiştir. Proteniaz aktivitesinin kilinik örneklere göre dağılımı ise, dışkı, boğaz, balgam, yara % 100, kan % 83.3, vaginal akıntı % 57.9, idrar % 46.6 olarak değerlendirilmiştir. Fosfolipaz enzim aktivitesi, Yumurta Sanlı Agar besiyerinde değerlendirilmiştir. Koloni çapının, koloni ve presipitasyon zonunun uzunluğuna oranlanarak, l'-e eşit olanlar olumsuz, l'den küçük olanlar olumlu olarakdeğerlendirilmiş ve türlere göre C. albicans % 89.6, Ctropicalis % 72.7 olarak bulunmuştur. Diğer türlerde fosfolipaz aktivitesi görülmemiştir. Klinik örneklere göre ise, boğaz % 100, kan ve idrar % 66.6, vaginal akıntı % 59.4 oranında fosfolipaz aktivitesi tespit edilmiştir. Esteraz aktivitesi Tween 80 Ağarda, inokülasyon bölgesinin etrafında ışığı geçiren opak kristaller veya opak alan oluşumu gözlenenler olumlu, gözlenmeyenler olumsuz olarak değerlendirilmiştir. Türlere göre C. albicans %93.1, C. tropicalis % 100, C. glabrata % 7.1, C. famata %60, G guillermondii %50, C. curvata % 100, olarak tespit edilmiştir. Diğer türlerde esteraz aktivitesi gözlenmemiştir. Klinik örneklere göre esteraz aktivitesi, dışkı, boğaz, balgam ve yarada % 100, vaginal akıntıda % 73.9, kanda % 66.6, idrarda % 53.3 oranında tespit edilmiştir. Sonuç olarak, kandidalarda virülans faktörlerinden olan proteinaz,fosfolipaz ve esteraz üretimi sıklığı, çalışmamızda izole edilen suşlar arasında orta ve üst düzeyde saptanmış olup, kandida enfeksiyonlarında bu enzimlerin araştırılması, tedavinin planlanmasında yaralı olacaktır. Anahtar kelimeler : Kandida türleri, proteinaz, fosfolipaz, esteraz..
Kan kültürü şeşelerinden doğrudan hızlıantibiyotik duyarlılık testi
Kan dolaşımı enfeksiyonları ve sepsis, yüksek mortalite oranlarına sahip acil durumlardır ve uygun antimikrobiyal tedavinin hızla başlanması kritik öneme sahiptir. Konvansiyonel antibiyotik duyarlılık testleri genellikle 2-3 gün sürdüğünden, tedavi kararlarını geciktirebilmektedir. Bu çalışmanın amacı, pozitif kan kültürü şişelerinden doğrudan disk difüzyon yöntemiyle uygulanan hızlı antibiyotik duyarlılık testi yönteminin performansını (hız, doğruluk, güvenilirlik) çeşitli Gram-negatif ve Gram- pozitif bakteri türleri için standart disk difüzyon yöntemiyle karşılaştırmalı olarak değerlendirmektir. Çalışmaya, pozitif sinyal veren kan kültürü şişelerinden izole edilen Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium suşları dahil edildi. Hızlı antibiyotik duyarlılık testi, doğrudan kan kültürü şişesinden Mueller-Hinton agar plaklarına ekim yapılarak ve antibiyotik diskleri yerleştirilerek uygulandı. İnhibisyon zon çapları 4., 6., 8. ve 16-20. saatlerde okundu. Bu sonuçlar, standart 16-20 saatlik inkübasyon sonrası subkültürden yapılan standart disk difüzyon sonuçları (referans yöntem) ile karşılaştırıldı. Performans; kategorik uyum (CA), çok büyük hata (VME), büyük hata (ME) ve küçük hata (mE) oranları hesaplanarak değerlendirildi. Geliştirilen hızlı antibiyotik duyarlılık testi yöntemi, test edilen çoğu bakteri türü için 6 ila 8 saatlik inkübasyonla stabil ve yorumlanabilir sonuçlar verdi. Bu süre, konvansiyonel yöntemlere kıyasla antibiyotik duyarlılık test sonuçlarının yaklaşık 36 saat daha erken elde edilmesini sağlama potansiyeli taşımaktadır. Genel olarak, birçok bakteri-antibiyotik kombinasyonunda, özellikle 8. saat okumalarında, referans yöntemle kabul edilebilir düzeyde kategorik uyum (%90 üzeri) saptandı. Acinetobacter baumannii ve Enterococcus faecalis izolatları için test edilen tüm antibiyotiklerde %100 CA ve sıfır hata oranı elde edildi. Ancak, klinik açıdan kritik öneme sahip ve kabul edilemez düzeyde yüksek hata oranları da belirlendi: Staphylococcus aureus için klindamisin ile %80 VME, Escherichia coli için amoksisilin/klavulanat ile %100 ME, Klebsiella pneumoniae için imipenem ile %46.7 ME ve Pseudomonas aeruginosa için seftazidim ile %57.1 ME oranları saptandı.Ayrıca Klebsiella Pneumoniae trimetoprim/sülfametoksazol ve Escherichia coli seftazidim kombinasyonlarında da yüksek VME oranları gözlendi. Pozitif kan kültürü şişelerinden doğrudan uygulanan disk difüzyon temelli hızlı antibiyotik duyarlılık testi yöntemi, antibiyotik duyarlılık sonuçlarını önemli ölçüde hızlandırma potansiyeline sahip umut verici bir yaklaşımdır. Yöntem, Acinetobacter baumannii ve Enterococcus faecalis gibi bazı patojenler için mükemmel performans göstermiştir. Ancak, Staphylococcus aureus klindamisin, Escherichia coli amoksisilin/klavulanat gibi bazı kritik kombinasyonlarda saptanan kabul edilemez VME ve ME oranları, yöntemin bu spesifik durumlar için tek başına güvenilir olmadığını göstermektedir. Bu nedenle, hızlı antibiyotik duyarlılık testi sonuçlarının, özellikle yüksek hata riski taşıyan kombinasyonlar için, bir ön bildirim olarak değerlendirilmesi ve tedavi kararlarının (özellikle de-eskalasyon) mutlaka standart yöntemlerle doğrulanması gerekmektedir. Yöntemin klinik faydasını artırmak için daha fazla optimizasyon, geniş çaplı validasyon ve hızlı tanımlama yöntemleriyle entegrasyonu önerilmektedir.
İdrar yolu enfeksiyon etkenlerinin kromojenik agar besiyeri ile araştırılması
Amaç: İdrar yolu enfeksiyonlarının sebep olduğu klinik sendromlar, dünya çapında özellikle kadın hastalar üzerinde ciddi etki yaratmaya devam etmektedir. İdrar yolu enfeksiyonları (İYE), yoğun bakım ünitesinde meydana gelen hastane kaynaklı enfeksiyonların %20-50'sini oluşturur ve geriatri hastalar üzerinde önemli bir morbidite nedenidir. Yoğun bakım ünitesinde yatarak tedavi alan hastalar önemli sayıda hastane kaynaklı enfeksiyona maruz kalmaktadır ve bu hastalarda enfeksiyona neden olan mikroorganizmaların önemli bir çoğunluğu yüksek oranda çoklu ilaca direnç geliştirmektedir. Çalışmamızda, yoğun bakım hastalarından alınan idrar kültürlerinde, kromojenik besiyeri kullanılarak enfeksiyona neden olan patojenlerin doğrudan birinci plaktan tanımlanmasını ve buna bağlı olarak uygun ampirik tedavinin daha erken başlamasına olanak sağlamayı hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, T.C. Fırat Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı/Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na Nisan 2023-Eylül 2023 tarihleri arasında yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan rutin kültür için gönderilen 600 adet idrar örneği hem geleneksel yöntemler hem de kromojenik agar besiyeri (CHROMagar MH Orientation besiyeri, Fransa) ile incelenmiştir. %5 koyun kanlı Columbia agar, EMB (Eosin Methylene Blue) agar ve CHROMagar MH Orientation besiyerine ekimleri yapılan idrar örnekleri 35-37 °C' de aerobik ortamda 18-24 saat etüvde inkübe edilmiştir. İnkübasyon sonunda üreme saptanan besiyerlerinde geleneksel yöntemlerle patojenlerin identifikasyonları yapılmıştır. CHROMagar besiyerindeki renk pigmentasyonları üretici firmanın önerileri doğrultusunda değerlendirilmiştir. Çalışmada elde edilen verilerin istatistiksel analizleri için Chi-square kullanılmıştır (p<0.05). Bulgular: Çalışmamızda; 600 tane idrar örneğinin 207 tanesi pozitif idrar kültürü olarak değerlendirilmiştir. Hastaların takip edildiği yoğun bakım ünitelerine göre dağılımı %53,00 (n:318) anesteziyoloji ve reanimasyon yoğun bakım, %37,00 (n:222) dahili yoğun bakım, %10 (n:60) ise diğer yoğun bakım üniteleri olarak saptanmıştır. İdrar kültürlerinden en sık izole edilen tür Candida spp. (n=145) olmuştur. Escherichia coli (E.coli) (n=21) Gram negatif bakteriler arasında izole edilen en baskın tür olarak tespit edilmiştir. İdrar kültürlerinden izole edilen Gram pozitif bakteriler Enterococcus faecium (E.faecium) (n=4) ve Enterococcus faecalis (E.faecalis) (n=1)'dir. Kromojenik agarda tespit edilen türlerin pigmentasyonunun üretici firmanın talimatlarına uygun olduğu görülmüştür. Kanlı agar ve MacConkey agarda kontaminasyon olarak değerlendirilen 5 idrar örneği, CHROMagar MH Orientation besiyerindeki kültürlerinde saf kültür olarak patojen bakteri ürediği saptanmıştır Bu kültürlerde saf kültür olarak Enterococcus spp. (E.faecium (n=3), E.faecalis (n=2)) üremiştir. CHROMagar MH Orientation besiyerindeki üremelerin hiçbirinde kontamisyon saptanmamıştır. Geleneksel besiyerlerinde üreme olmadı şeklinde değerlendirilen 12 örnek de ise CHROMagar MH Orientation besiyerinde saf kültür olarak Candida spp. (C.albicans (n=4)) ve Enterococcus spp. (E.faecium (n=5), E.faecalis (n=3)) üremiştir. Sonuç: Çalışmamızın genel bulguları CHROMagarın tüm üropatojenlerin gelişimini desteklediğini ortaya koymuştur ve organizmaların renk morfolojilerine göre hızlı bir şekilde tanımlanmasını, karışık bakteri kültüründe bile 24 saat içinde kolayca üremesini sağlamıştır. İdrar kültürü pozitifliğinin cinsiyetlere göre dağılımına bakıldığında cinsiyetlere göre kadın cinsiyetinde toplam idrar kültüründe saptanan üreme pozitifliği toplam erkek cinsiyetinde saptanan üreme pozitifliğine göre Chi-square analizi anlamlı bulunmuştur (p=0,0003) (Tablo 4). Ayrıca çalışmamızda idrar kültürlerinde test edilen CHROMagar Orientation kromojenik besiyerinin, günlük iş yükünü ve gerekli tanımlama kiti sayısını önemli ölçüde azaltan, çekici ve kullanımı kolay tarama besiyerleri olduğu kanaatine varılmıştır.
Hematolojik maligniteli hastaların kan kültürü sonuçlarının incelenmesi ve antibiyotik direnciyle ilişkili risk faktörlerinin araştırılması
Hematolojik malignitesi olan hastalarda gerek hastalığın tedavisinde kullanılan kemoterapatik ilaçlar, gerek hastalığın neden olduğu nötropeni hastaları olası enfeksiyonlara açık hale getirmektedir. Bu hastalarda gelişen kan dolaşım enfeksiyonları oldukça mortal seyredebilmektedir. Bu nedenle hematolojik malignitesi olan hastalarda enfeksiyonun doğru bir şekilde kontrolü büyük önem arz etmektedir. Çalışmamızın amacı hematolojik malignitesi olan hastalarda kan dolaşım enfeksiyonlarında üreyen etkenler, bu etkenlerin sıklığı, üreyen izolatlarda antimikrobiyal direnç profillerinin ortaya konması ve dirençle ilişkili faktörlerin incelenmesidir. Çalışmamızda 2020-2023 yılları arasında Fırat Üniversitesi Hastanesi hematoloji servisinde kan dolaşım enfeksiyonu olan 112 hasta retrospektif olarak incelendi. 112 kan dolaşım enfeksiyonu gözlendi. Tekrarlayan üremeler ve cilt florası olarak değerlendirilen üremeler çalışmaya dahil edilmedi. Kadınların oranı %49,1 ve erkeklerin oranı da %50,9 olarak bulundu. En sık gram pozitif bakteriler izole edildi. Tüm etkenler içerisinde en sık koagülaz negatif stafilokoklar görüldü. Antimikrobiyal direnç oranlarımız yapılan başka çalışmalara nispeten daha yüksek oranda gözlendi. 4 yıllık süreç içerisinde kan kültüründe üreyen izolatlarda giderek artış gösteren bir çoklu ilaç direnci tespit edildi. Artan direnç oranları endişe verici olarak değerlendirildi. Uzun süreli hastanede yatışı olan ve katateri olan hastalarda direnç oranları daha yüksek olarak gözlendi. Hastalara uygulanan ampirik antibiyotik tedavisi antibiyogram sonucuyla karşılaştırıldığında uygun olmayan verilen tedaviye dirençli enfeksiyon etkeninin görülmesinin hasta popülasyonunda mortaliteyi artırdığı gösterildi. Artan direnç uygulanan ampirik tedavileri yetersiz kılmakta ve bu hastalarda mortaliteyi artırmaktaydı. Sonuç olarak çalışmamız yerel epidemiyolojinin önemini bir kez daha göstermektedir. KDE'da etkili bir ampirik antibiyotik tedavisi başlanmasına yardımcı olacak bir yerel epidemiyoloji bilgisi, mortalite oranlarının düşmesine olanak sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: kan dolaşım enfeksiyonları, antimikrobiyal direnç, kan kültürü
Aspergillus yönünden pozitif olan sinozal mukoza ve polip örneklerinde miR-628-3p ve miR-4455 ifade seviyelerinin moleküler yöntem ile araştırılması
Aspergillus türleri, insan sağlığı üzerinde önemli etkiler yaratabilen, küf mantarları sınıfına ait mikroorganizmalardır. Aspergillus türlerinin sinozal mukoza ve polip örneklerinde varlığı, özellikle kronik sinüzit gibi hastalıkların patogenezi ile ilişkilidir. Çalışmada amaç özellikle Aspergillus türlerinin sinüs poliplerinde ve mukoza dokusunda nasıl birikim sağladığını, bu mantarların hastalık gelişimindeki rollerini miR-628-3p ve miR-4455 ifade düzeyleri ile nasıl etkileşimde bulunduğunu moleküler yöntemler kullanarak göstermektir. Çalışmada, T.C. Malatya İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Fakültesi Kulak, Burun ve Boğaz Polikliniği'ne başvuran Ekim 2024-Aralık 2024 tarihleri arasında, nazal polip tanısı alan 45 hastanın dokuları değerlendirmeye alındı. Çalışmada örnekler mikolojik ve moleküler testlerde olmak üzere ikiye ayrıldı Örneklerin bir kısmı %10 potasyum hidroksit (KOH) kullanılarak ışık mikroskobu altında incelendi, bir kısmı ise Sabouraud dekstroz agarda (Merk, Darmstadt, Almanya) 14 gün boyunca 30°C'de kültürleri yapıldı. Örneklerin Ekstraksiyon için, üreticinin önerilerine göre bir DNA ekstraksiyon kiti (Invetech, Berlin, Almanya) kullanıldı. Daha sonra Aspergillus pozitif örneklerden miR-4455 ve miR-628-3p seviyelerine bakıldı. Önce Trizol ile RNA izolasyosu yapıldı. RNA izolasyonu sonucunun kalite kontrolü ise 3.5 μL RedSafe içeren % 1'lik agaroz jelde yürütüldü. Bantlar SYNGENE G-BOX ChemiXRQ UV jel görüntüleme sistemi ile görüntülenip RNA'ların degredasyon durumları kontrol edildi. RNA molekülerinin miktarı ve verimi Qubi̇t HS RNA Assay Kit (Katalog No: Q32852, Q32855) kullanılarak Qubit Florometre cihazında ölçümleri yapıldı. Uygun kalitedeki RNA örneklerinden ABScript III RT Master Mix for qPZR (RK20428) ile cDNA sentezi yapıldı. Sentezlenen cDNA örnekleri ile Applied Biosystem Step One Plus Real-Time cihazında PZR reaksiyonu gerçekleştirildi. cDNA sentezi yapıldıktan sonra miR-4455 ve miR-628-3p ifade düzeylerinin belirlenmesi için qRT-PZR reaksiyonu kuruldu. Veriler gruplar arasındaki farklılıkları ortaya koymak için qRT-PZR sonucunda elde edilen sonuçlar DataAssist v3.01 programında analiz edildi. Sonuçta Aspergillus pozitif örneklerde miR-4455'in kontrol grubuna kıyasla daha yüksek ekspresyonu, miR-628-3p'nin daha düşük fold change değeri ile azalışı görülmüştür. Özellikle miR-628-3p'de kontrol ve polip örneklerinin ifade düzeyi miR-4455'e kıyasla daha düşük seviyede olduğu görülmüştür. MiR-4455'in daha fazla artmış ekspresyonu, bu miRNA'nın polip oluşumuna katkıda bulunabileceği ya da inflamatuar süreçlerde önemli bir rol oynayabileceğini göstermektedir. MiR-628-3p, benzer şekilde ekspresyonu ile bu sürece dahil olabilir, ancak etkisi miR-4455'e kıyasla daha sınırlı olabilir.
Kan kültürlerinden hastane kaynaklı izole edilenCandida auris'in farklı yöntemlerle tanımlanması veantifungal duyarlılıklarının değerlendirilmesi
Candida auris, küresel olarak çoklu ilaca dirençli, sağlık bakımıyla ilişkili bir mantar patojeni olarak ortaya çıkmıştır. C.auris tüm dünyada hastalardan giderek daha fazla izole edilmektedir. Son raporlar, mikroorganizmanın yanlış tanımlanması, yüksek oranlarda antifungal ilaç direnci ve önemli hasta ölümlerine neden olması tanı ve tedavisinde zorluklara neden olduğunu göstermiştir. Deri kolonizasyonu ve çevresel ortamlarda uzun süre canlı kalmasını kolaylaştıran virülans faktörleri ile sağlık kuruluşları içinde ve arasında hızla bulaşmaya neden olan yeni tanımlanmış bir kandida türüdür. Bu çalışma da, yoğun bakım hastalarından alınan kan örneklerininden yapılan kan kültürlerinde farklı yöntemler kullanılarak elde edilen ve biyokimyasal testlerle C.auris olarak tanımlanan suşların kromojenik agar besiyeri ve moleküler yöntem kullanılarak yeniden test edilmesi, sonuçların karşılaştırılması ve mikrodilüsyon antifungal duyarlılık profillerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Geleneksel yöntemler ile kandida türü olarak saptanan suşlar BioMérieux Vitek2 compact (BioMérieux, Fransa) ve MALDI-TOFF MS BioMérieux Vitek MS v.3.2 cihazı ile (BioMérieux, Fransa) identifikasyonları yapıldı. Bu sistemler ile C.auris olarak tanımlanan 30 suş çalışmaya dahil edildi. 30 C.auris suşu 26 hastanın kan kültüründen izole edildi. Dört hasta farklı kliniklerde farklı zamanlarda yatışta kaldığı sürede C.auris türü izole edildiği için çalışmaya dahil edildi. 26 hastanın 14 (%53.85)'ü erkek hasta, 12 (%46.15)'si ise kadın hasta idi. 60 ve üstü yaş (%69.23) en yüksek grubu oluşturdu. İzole edilen suşlar en fazla İç Hastalıklar Yoğun Bakım 2 kliniğinde (%36.67) ve Temmuz-Eylül (%43.33) ayları arasında saptandı. C.auris olarak tanımlanan suşların identifikasyonunda CHROMagar Candida Plus'ın ve Real Time PCR yöntemlerinin değerini araştırmak amacıyla tekrar test edildi. Sabouraud Dekstroz Agar (SDA) ve CHROMagar Candida Plus besiyerleri ve mısır unu-Tween 80 agarda koloni rengi ve morfolojisi değerlendirilerek karşılaştırıldı. Ticari sistemler ile C. auris olarak tanımlanan 30 suşun hem CHROMagar Candida Plus hemde Real Time PCR yöntemiyle 26 14 (%88.24)'sı C.auris, 3 (%8.82)'ü C.parapsilosis,1 (%2.94)'i C.tropicalis olarak tanımlandı. Kolorimetrik mikrodilüsyon yöntemi (Thermo Scientific™ Sensititre™ YeastOne™ YO9 AST Plate) (SYO; Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, ABD) ile yapılan antifungal duyarlılık test sonucunda en yüksek direnç amfoterisin B (%100.00)'de saptandı. Sonuç olarak yapılan çalışmada CHROMagar Candida Plus'ın C.auris dahil olmak üzere kandida izolatlarının görsel olarak tanımlanmasına yardımcı olmak için yararlı bir kültür yöntemi olabileceği, ancak karışık floralı örneklerde benzer maya kolonilerinin varlığında ve özellikle yakın akrabalık özellikler nedeniyle C.auris'in yanlış tanımlanamasına neden olan maya grubu türlerin çıkması durumunda MALDİ-TOFF MS veya Real time PCR gibi genom düzeyinde araştırma gerekmektedir. C.auris olarak tanımlanan suşların mutlaka antifungal duyarlılık profillerinin CDC'nin önerileri doğrultusunda ve EUCAST veya CLSI kriterleri kullanılarak belirlenmesi direncin ortaya konulması açısından çok önemlidir.