Biomarkers-tumor
106 theses under this subject heading
Lipopolisakkarit ve temozolomid ile muamele edilmiş glioblastoma hücresinde gremlin -1 ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi
Glioblastoma (GB) bilinen en maling beyin tümörüdür. Son yıllarda yapılan çalışmalar gremlin 1'i belirli kanser türlerinde potansiyel bir terapötik hedef olarak göstermektedir. Gremlin 1'in tümör dokularında kanserle ilişkili stromal hücreler tarafından eksprese edildiği ve bu şekilde mikroçevre tarafından regüle edilen tümör büyümesine ve invazyonuna katkıda bulunduğu düşünülmektedir. Glioblastoma Multiforma'nın kemoterapi tedavisinde sıklıkla temozolomid (TMZ) kullanılır ve anti-tümör etkisi olan tek alkilleyici ajandır. Lipopolisakkarit (LPS) tümör hücrelerini uyaran bir bakteri hücre duvar elemanı olup, gliomalar üzerinde anti-tümör etkisi bulunmaktadır. Bu deneysel çalışmada; U-118 insan glioblastoma multiforme hücre hattı, hücre kültürü ortamında çoğaltılarak, yaklaşık %95 yoğunluk gözlemlendiği gün flasktan hücreler tripsin-EDTA ile kaldırıldı. Hücre süspansiyonu hazırlanarak 60 mm2lik petrilere hücreler eklenerek çoğalması beklendi. İstenilen yoğunluğa ulaşan hücrelere 200 µM, 100µM, 50 µM, 25 µM konsantrasyon aralıklarında TMZ ve 10 µg/ml, 1 µg/ml, 0,1 µg/ml, 0,01 µg/ml konsantrasyon aralıklarında LPS uygulandı. 24 saat ve 48 saat inkübasyon sürelerinin hemen ardından protein izolasyonu yapıldı. Gremlin 1 protein düzeyleri sodyum dodesil sülfat-poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ve Western blot ile analiz edildi. Çalışmamızda, 24 saat 25 ve 50 µM konsantrasyonlarda TMZ muamele edilen glioblastoma hücre hatlarında Gremlin-1 ekspresyonlarında artış ve 24 saat 0.1 µg/ml konsantrasyonda LPS uygulanan glioblastoma hücrelerinde gremlin-1 ifadesi seviyelerinde bir azalma gösterdik. Bu bulgular glioblastomada gremlin-1 düzeylerinin önemli bir rol oynadığına işaret etmektedir. Glioblastoma tümörlerinde direnç gelişme sıklığı ve sağ kalım süresinin kısalığı düşünüldüğünde gremlin-1'in etkinliğinin araştırılmasının oldukça önemli sonuçlar ortaya çıkarılabileceği kanısındayız.
Erişkin tipi diffüz gliomların tiplendirilmesinde moleküler yöntemlere alternatif olarak immünhistokimyasal biyobelirteçlerin kullanımı
Erişkin tipi IDH (izositrat dehidrogenaz)-mutant difüz gliomlar, 1p/19q kodelesyonunun varlığı ya da yokluğuna göre astrositom, IDH-mutant ve oligodendrogliom, IDH-mutant ve 1p/19q kayıplı olarak iki gruba ayrılmaktadır. Astrositomların derecelendirmesinde 2021 Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) sınıflamasında yer alan değişikliğe göre CDKN2A/B homozigot delesyonu (HD) içeren tümörler, mikrovasküler proliferasyon ve/veya nekroz içermeseler dahi derece 4 olarak sınıflandırılmaktadır. Günümüzde IDH-mutant difüz gliomların tanısında ve derecelendirmesinde erişimi zor ve pahalı moleküler yöntemlerin kullanımı zorunlu hale gelmiştir. Biz bu çalışmada moleküler yöntemlere alternatif olabilecek erişimi daha kolay ve ucuz immünhistokimyasal (İHK) vekil biyobelirteçler bulmayı hedefledik. Hacettepe Üniversitesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı'nda 2014-2021 yılları arasında tanı almış 93 astrositom ve 73 oligodendrogliom vakası kullanılarak doku mikrodizinleri hazırlanmıştır. Bunlardan elde edilen kesitlere 1p/19q ve CDKN2A FISH çalışmaları ile H3K27me3 ve MTAP İHK çalışmaları yapılmıştır ve boyamalar iki gözlemci tarafından değerlendirilmiştir. CDKN2A HD ile MTAP ekspresyon kaybı arasındaki ilişki ve 1p/19q kodelesyonu ile H3K27me3 ekspresyon kaybı arasındaki ilişki incelenmiştir. CDKN2A HD bakılan 161 tümörün 25'inde (%15,1) delesyon saptanmışken, birinci gözlemci 164 tümörün 30'unda (%18,1), ikinci gözlemci 29'unda (%17,5) MTAP kaybı saptamıştır. CDKN2A FISH'e alternatif olarak MTAP'ın sensitivitesi %88, spesifisitesi %95,52-96,27 olarak hesaplanmıştır. Oligodendrogliomların %67,1-68,5'inde, astrositomların ise %21,1-22,6'sinde H3K27me3 ekspresyon kaybı görülmüştür. 1p/19q FISH'e alternatif olarak H3K27me3'ün sensitivitesi %77,42-76,34, spesifisitesi %65,75-67,12 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, MTAP İHK çalışması CDKN2A FISH için güvenilir bir vekil biyobelirteç iken; H3K27me3 İHK çalışması 1p/19q FISH çalışmasına alternatif olabilecek sensitif ve spesifik bir belirteç değildir.
Metastatik renal hücreli kanser hastalarında SMARCA-4 ve LAG-3 ekspresyonunun nivolumab tedavi yanıtına etkisi
Günümüzde metastatik renal hücreli kanser tedavisinde immünoterapi ajanları sıklıkla kullanılmaktadır. İmmünoterapi yanıtını öngörebilecek biyobelirteç bulma yönündeki çalışmalar devam etmektedir; ancak henüz klinik uygulamalarımızda yol gösterecek bir biyobelirteç bulunamamıştır. SMARCA-4, kromatin remodelingden sorumlu gen olan SWI/SNF1 ailesinin bir parçasıdır ve bu gendeki mutasyonlar sonrasında oluşan nadir kanser gruplarında yapılan çalışmalarda immünoterapi ile yanıt alınabileceği saptanmıştır. LAG-3 (Lenfosit aktivasyon gen-3) son dönemde üzerinde çalışmalar yapılan immün kontrol noktası inhibitörlerinden biridir. Çalışmamızda tümör dokusundaki SMARCA-4 ve LAG-3 ekspresyonunun metastatik renal hücreli kanser hastalarında nivolumab tedavisine yanıt ile ilişkisi araştırılmıştır. Üniversitemizde metastatik renal hücreli kanser tanısı ile nivolumab tedavisi alan ve patoloji preparatları olan 72 hasta saptanmıştır. Örnekleri immünohistokimyasal olarak SMARCA-4 ve LAG-3 ile boyanmış ve klinik bulguları ile korele edilmiştir. SMARCA-4 ekpresyon kaybı (SEK) olan grubun nivolumab tedavisi altında genel sağkalımı 41,1 ay (%95 GA 6,4-75,8) iken SMARCA-4 ekspresyonu normal (SEN) olan grubun genel sağkalımı 13,8 ay (%95 GA 0,0-28,2) olarak bulunmuştur (p=0,015). SEK grubunun nivolumab tedavisi altında progresyonsuz sağkalımı 8,7 ay (%95 GA 1,2-16,3) iken SEN grubunun ise 4,3 ay (%95 GA 2,9-5,7) olarak bulunmuştur (p=0,01). Hastalar LAG-3 ekspresyon durumuna göre değerlendirildiğinde iki grup arasında genel sağkalım ve progresyonsuz sağkalım analizlerinde istatistiksel olarak fark saptanmamıştır. Univariat analiz sonucunda genel sağkalım için SMARCA-4 kaybının olmamasının hazard oranı 2,08 (%95 GA 1,1-3,8) (p=0,018) olarak saptanmasına rağmen multivariat analizde bağımsız bir risk faktörü olarak anlamlı bulunmamıştır. Sonuç olarak immünohistokimyasal olarak SMARCA-4 ekspresyon kaybı gösterilen hastaların nivolumab tedavisine yanıtı daha iyi olmakla beraber SMARCA-4 kaybı bağımsız bir prognostik faktör olarak gösterilememiştir. Nivolumab tedavi yanıtını öngörebilecek bir biyobelirteç olarak SMARCA-4 ve LAG-3 kullanımı için farklı çalışmaların yapılması gerekmektedir.
Seröz endometrium kanserli olgularda tedavi sürecinin klinik sonuçlara etkisinin değerlendirilmesi
Endometrium kanseri tüm dünyadaki kadın kanserleri arasında en sık görülen altıncı kanserdir. Seröz endometrium kanseri sıklık açısından endometrioid histolojik alt tipten sonra ikinci olarak gelmektedir ve endometrium kanseri vakalarının %10'unu oluşturmaktadır. En önemli özelliği ise endometrium kanseri ilişkili ölümlerin %40'ından seröz alt tipin sorumlu olmasıdır. Çalışmamızda merkezimizde takip edilen seröz endometrium kanserli hastaların klinik sonuçlarındaki değişiklikleri; evrelerine, cerrahi özelliklerine, patolojik özelliklerine ve tedavi stratejilerine göre tanımlamak amaçlanmıştır. Çalışmamıza Haziran 2001 ile Kasım 2022 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Jinekolojik Onkoloji Kliniğinde tedavi edilen 118 endometrial seröz karsinomlu hasta dahil edilip retrospektif olarak incelenmiştir. Hasta grubumuzun ortalama yaşı 66,1'dir (66,1±8,24) ve tüm hastalar cerrahi olarak yönetilmiş olup %78'i cerrahi olarak tam evrelenmiştir. Ortalama takip süremiz 30 ay (6-219) olarak saptanmıştır. 5 yıllık genel sağ kalım oranı %45,5'tir. Çalışmamızda özellikle ileri evrelerde (evre III veya IV) yapılan lenfadenektominin (p=0,04) genel sağ kalıma anlamlı katkı sağladığı, yapılan rutin omentektominin ise herhangi bir katkı sağlamadığı gösterilmiştir. Yapılan çok değişkenli Cox analizlerine göre yaş ≥60 (HR=3,52 [%95 CI: 1,17–10,57], p=0,25), yüksek serum CA 125 düzeyleri (HR=2,07 [%95 CI: 1–4,3], p=0,04) ve FIGO 2023'e göre evre III veya IV hastalığa (HR=1,18 [%95 CI: 1,06–1,31], p=0,002) sahip olmanın genel sağ kalım açısından bağımsız prognostik faktörler olduğu belirlenmiştir. Yeni FIGO 2023 evrelemesinin eskisiyle karşılaştırılması sonucunda seröz endometrium kanserli hastaların erken evrede olanlarının evrelerinin yükseldiği tespit edilmiştir. Sağ kalımı anlamlı etkileyen faktörler olarak saptanan lenfovasküler alan invazyonu ve servikal tutulumun yeni evreleme sisteminde seröz endometrial kanserli hastalar için evre belirlenmesinde kullanılmaması dikkat çekmiştir. Bununla birlikte, ROC analizinde her iki evrelemenin performansının benzer olduğunu gözlemlenmiştir. Anahtar kelimeler: Seröz endometrium kanseri, sağ kalım, cerrahi evreleme
Kolonik subepitelyal ve perikriptal myofibroblastlar için immunohistokimyasal belirteçlerin tanımlanması ve neoplastik süreçteki ifadelerinin araştırılması
Kolonik subepitelyal myofibroblastlar, lamina propriada kriptlerin hemen altında yer alan; yara iyileşmesi, epitel büyümesi, fibrozis, immuntolerans, inflamasyon, tümör invazyonu gibi birçok süreçte rol alan -SMA pozitif mezenkimal hücrelerdir. Kolonik lamina propriada subepitelyal myofibroblastlar haricinde -SMA boyanan başka mezenkimal hücreler de (örneğin perisitler) mevcuttur. Bu tez çalışmasının amacı; kolonik subepitelyal ve perikriptal myofibroblastlara spesifik bir immunbelirteç bulmaktadır. Çalışmaya Hacettepe Üniversitesi Tıp fakültesi'nde 2019 yıllında adenokarsinom nedeniyle kolektomi ameliyatı olan 20 adet vaka dahil edilmiştir. Olgulara ait normal kolon mukozasını temsil eden parafin bloklardan iki ayrı odak örneklenerek doku mikrodizini hazırlanmıştır. Mikrodizinden elde edilen seri kesitlere ZEB1, -SMA, Desmin, TMEM119, AOC3, PR2D3, MYH11, CD146, CD56 antikorları kullanılarak immünohistokimyasal çalışmalar uygulanmıştır. Ayrıca iki farklı doku mikrodizininde temsil edilen 28 kolorektal adenokarsinom TMEM119, AOC3 ve MYH11 ile boyanmıştır. Bu çalışmada literatürde ilk kez TMEM119 ile kolonik subepitelyal ve perikriptal myofibroblastların pozitif olduğunu göstermiştir. Myofibroblastlarda ZEB-1 ekspresyonu EMT'yi desteklemektedir. Kolorektal kanserlerde stromada myofibroblastik biyobelirteçlerde kayıp da gösterilmiştir.
Meme kanserli hastalarda FABP4 ve asprosin düzeylerinin incelenmesi
Meme kanseri, dünyada ve Türkiye'de kadınlarda en sık görülen ve en sık ölüm nedeni olan kanserdir. Meme kanserinin birçok çevresel ve genetik faktörlerin etkileşimi sonucu geliştiği düşünülmektedir. Meme kanserinin tanı ve tedavisindeki gelişmelere rağmen meme kanseri hastalarının yaklaşık %20'sinde metastaz gelişmektedir. Bu durum, genellikle tedaviye karşı direncin gelişmesi veya ileri evrelerde tanı nedeniyle ortaya çıkan tedavi edilemez bir hastalık oluşmasına neden olmaktadır. Bu nedenle tanı ve tedavide yeni markırların araştırılması büyük önem taşımaktadır. Bu amaçla yaptığımız çalışmada meme kanseri hastalarında asprosin ve FABP4'ün plazma konsantrasyonlarını ve meme kanseri ile aralarında bir ilişki olup olmadığını belirlemek için yapıldı. Çalışmada meme kanseri teşhisi konulmuş 40 hasta ile 40 sağlıklı kadından alınan kan örnekleri kullanıldı. Toplanan kan örneklerindeki asprosin ve FABP4 düzeyleri ELİSA yöntemiyle ölçüldü. Dataların analizi SPSS ile yapıldı. Çalışmada kontrol grubuna göre plazma asprosin ve FABP4 düzeyleri meme kanseri kadınlarda anlamlı bir şekilde yüksek olduğu tespit edildi. Çalışma sonucunda elde edilen veriler hastalığa özgü bulgular çıkartıp, meme kanseri tanı ve tedavisinde yenilikler sağlayacağını ümit ediyoruz.
90Y mikroküre tedavisinde anjiyojenik faktör düzeyleri ile prognoz arasındaki ilişkinin araştırılması
Anjiyojenez kanser oluşumunda kritik bir süreç olup; tümör büyümesi, invazyonu ve metastaz potansiyeli için en önemli belirleyicilerden birisidir. 90Y mikroküre tedavisinde hasta seçimi ve prognoz tayini için daha iyi belirteçlere ihtiyaç vardır ve anjiyojenik faktörler bu bağlamda oldukça umut vericidir. Bu çalışmanın amacı 90Y mikroküre tedavisinde dolaşımdaki anjiyojenik belirteç bazal düzeylerinin ve tedavi sonrası değişimlerinin prognostik öneminin araştırılmasıdır. Çalışmaya primer ve metastatik karaciğer kanserli 22 hasta dahil edilmiştir. Tüm hastalardan tedaviden önceki gün ve tedavi sonrası 1,7 ve 30.günlerde kan örnekleri toplanmış ve bu örneklerden farklı anjiyojenik belirteçlerin (IL-6, IL-8, Ang-2, osteopontin, VEGF-A, HGF, PDGF-BB) düzeyleri ölçülmüştür. Tüm hastalara tedavi yanıtı değerlendirilmesi için anatomik (BT ve/veya MRG) ve moleküler ([18F]FDG PET-BT) görüntülemeler uygulanmış olup, genel sağ kalım süreleri, tedavi uygulanan karaciğer alanında erken tedavi yanıtları, tedavi alanın dışında kalan karaciğerde ve karaciğer dışında progresyon durumları mRECIST ve PERCIST kriterleri ve klinik takip ile belirlenmiştir. Çalışmada tedavi uygulanan karaciğer alanında hastalık kontrolü sağlanan (kısmi yanıt ve stabil hastalık), hedef dışı progresyon saptanmayan ve ekstrahepatik progresyon saptanmayan hastaların genel sağkalım süreleri diğer hastalardan anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Tedavi alanı dışında progresyon gelişen hastalarda tedavi sonrası 1. ve 7. günlerdeki Ang-2 düzeyleri, progresyon saptanmayanlara göre istatistiksel açıdan anlamlı olarak düşük bulunmuştur. Osteopontin 30. gün düzeyleri karaciğer dışında progresyon saptanan hastalarda saptanmayanlara göre anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Ang-2 düzeylerinin mutlak düzeylerinin yanı sıra tedavi öncesinden 1. güne ve 1. günden 30. güne değişim oranları tedavi alanı dışındaki karaciğerde progresyon saptanan ve saptanmayan hastalarda anlamlı olarak farklı bulunmuştur. Benzer şekilde, tedavi edilen karaciğer bölgesinde hastalık kontrolü sağlanan ve sağlanmayan hastalar arasında PDGF-BB düzeylerinin tedavi öncesinden 1. güne değişim oranları anlamlı olarak fark göstermektedir. Sonuç olarak; 90Y mikroküre tedavisinde Ang-2, osteopontin ve PDGF-BB prognoz ön görüsü için ümit vadeden belirteçler olup, Ang-2 ve osteopontinin 90Y mikroküre tedavisi sonrası çeşitli zamanlardaki mutlak düzeyleri ile Ang-2 ve PDGF-BB'nin tedavi sonrası çeşitli zaman aralıklarındaki değişim oranları farklı prognoz gösteren hastaları başarılı şekilde ayırt edebilmektedir.
Tümör belirteçleri ve tiroid fonksiyon testlerinde ölçüm belirsizlikleri ve test istemlerinin akılcı laboratuvar kullanımı açısından değerlendirilmesi
Amaç: Bu çalışmada tiroid fonksiyon testleri (TSH, sT3, sT4), tiroid otoantikorları (Anti-Tg, Anti-TPO) ve tümör belirteçlerinde (AFP, CA 125, CA 15-3, CA 19-9, CEA, PSA, sPSA) uygunsuz test tekrarlarını belirlemek ve ölçüm belirsizliklerini uluslararası kriterlere göre değerlendirmek amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışma, 2023-2024 yıllarına ait laboratuvar kalite kontrol verileri ile hastane bilgi yönetim sisteminden elde edilen test istem verileri kullanarak gerçekleştirildi. Ölçüm belirsizlikleri Nordtest yaklaşımına göre hesaplandı ve sonuçlar %TEa limitlerine (EFLM, Ricos, CLIA, RiLiBAK, RCPA) göre karşılaştırıldı. Uygunsuz test tekrarları, minimum test tekrar sürelerine göre belirlendi. Cinsiyet, yaş grubu, başvuru tipi alt gruplarına ve istem yapılan branşlara göre incelendi. Bulgular: İki yılın ortalama uygunsuz tekrar oranları; tümör belirteçlerinde %2-13, tiroid otoantikorlarında %9-19, tiroid fonksiyon testlerinde ise %8 civarında seyretmiştir. Lojistik regresyon analizine göre uygunsuz test tekrarlarına yaş grubu, başvuru tipi ve branş değişkenlerinin bağımsız etkileri olduğu görülmüştür (p<0.001). Dahili branşlarda, 65 yaş üzerinde ve yatan hastalarda uygunsuzluk oranları anlamlı olarak daha yüksektir. Ölçüm belirsizliği değerlendirmesinde tiroid otoantikorlarının %25-29, tümör belirtçelerinin %8-16, tiroid fonksiyon testlerinde ise %9-13 aralığında belirsizlik değerine sahip olduğu görülmüştür. CLIA ve RiLiBAK limitleri testlerimizin kabul edilebilir ölçüm belirsizliği değerlerine sahip olduğunu göstermiştir. Sonuç: Ölçüm belirsizliğinin düzenli olarak izlenmesi, laboratuvar sonuçlarının güvenilirliği ve klinik kararların doğruluğu açısından önemlidir. Akılcı laboratuvar kullanımı kapsamında testlerin kılavuz önerilerine uygun istenmesi, hem hasta güvenliği hem de sağlık hizmetlerinin verimliliği açısından büyük önem taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Ölçüm belirsizliği, akılcı laboratuvar kullanımı, uygunsuz test tekrarı, tiroid fonksiyon testleri, tümör belirteçleri
Mezenkimal tümörlerin immünhistokimyasal olarak epitelyal - mezenkimal transizyon (EMT) ve mezenkimal - epitel transizyon (MET) açısından değerlendirilmesi
AMAÇ: EMT/MET belirteçlerinin ve bu süreçlerle ilişkili olabilecek diğer immünhistokimyasal belirteçlerin mezenkimal tümörlerdeki ekspresyonunu ve bu tümörlerin biyolojik özellikleri üzerindeki belirleyiciliğini araştırmak. MATERYAL METOD: Çalışmamıza mezenkimal tümör olguları (n=527) yanı sıra karsinom (n=28) ve malign melanom (n=18) kontrol grupları seçilmiştir. 3-4 mm çaplı doku dizilerinden elde edilen kesitler immünohistokimyasal olarak SLUG, TWIST1, E-kaderin, ZEB1, Beta-katenin, P-kaderin, TCF-15 (PARAXIS) ve ALDH1 ile immünhistokimyasal olarak Leica Autostainer ile boyandı. Olgular SLUG, TWIST1 ve E-kaderin boyanma özelliklerine göre METhigh, METlow ve METneg olarak gruplandırıldı. Dediferansiye liposarkomların (n=16) diferansiye-dediferansiye odakları ile nodal metastaz yapan sarkomların (n=7) primer-metastaz odakları da karşılaştırıldı. BULGULAR: Mezenkimal tümörler MET profilleri bakımından %19 oranında METhigh , %71,1 METlow ve %9,8 METneg olarak sınıflanmıştır, epitelyal dönüşüm eğilimi hakim bulgudur. Mezenkimal tümörlerin %8.9'unda P-kaderin ekspresyonu hemen sadece sarkomlarda olarak görülmüştür. Olguların %33,5 inde ALDH1 ekspresyonu mevcuttur; sinir kılıfı tümörlerinde ekspresyonu daha belirgindir (%73,7). Beta-katenin ile nükleer boyanma seyrektir (%4,4), membranöz boyanma %23,3 olarak saptanmıştır. TCF15 ekspresyonu %13,4 oranında görülmüştür. Dediferansiye liposarkomların diferansiye-dediferansiye odakları, nodal metastaz yapan sarkomların primer-metastaz odaklarında bu belirteçler bakımından fark bulunmamıştır (p>0,05). ALDH1, MPNST ve monofazik sinovyal sarkom ayrımında (%59,1'e karşın %9,5); E-kaderin, desmoplastik küçük yuvarlak hücreli tümör ve Ewing sarkomu ayrımında (%75'e karşın %0) ayırıcı tanıda yardımcı olmaktadır. SONUÇ: Mezenkimal tümörlerde MET eğilimi sık bir bulgudur. Dediferansiyasyonla veya nodal metastazla MET arasında direk ilişki saptanmamıştır. P-kaderin'in sadece sarkomlarda izlenmesi tümör progresyonu ile ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. ALDH1 ve E-kaderin gibi belirteçler mezenkimal neoplazilerin ayırıcı tanısında kullanışlı olabilir.
Larinks kanseri'nde anjiyogenez, proliferasyon, hücre adezyonu ve invazyon ile ilgili biyobelirteçlerin hastalık özellikleri ile ilişkisinin araştırılması
Larinks skuamoz hücreli karsinomu (LSCC) sık görülen bir baş boyun kanseri tipidir. Tanı ve tedavi seçeneklerindeki yıllar içerisinde ilerlemeye rağmen sağkalımda anlamlı artış elde edilememiştir ve halen ciddi bir morbidite ve mortalite kaynağıdır. Bu durum hastalık tanı ve takibinde kullanılabilecek güvenilir biyobelirteçlerin bulunması ihtiyacını doğurmaktadır. Bu çalışmaya Mayıs 2018 ile Şubat 2020 arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda primer LSCC tanısı alan 60 hasta ve 20 adet sağlıklı gönüllü dahil edilmiştir. Bireylerin serum örneklerinde Angiogenin, Endoglin, VEGF, sVEGFR1, VEGFR2, IGFBP-3 ve Osteopontin düzeyleri ELISA yöntemi ile çalışılmıştır. Tüm hastalar prospektif olarak takip edilmiştir ve biyobelirteç düzeyleri, klinik parametreler, sağkalım ve prognoz açısından karşılaştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilenlerin 76'sı erkek 4'ü kadındır. Genel yaş ortalaması 62,86 ± 9,6'dır. Ortalama takip süresi 19,5 ± 9,7 aydır. Hasta grubunda Osteopontin, IGFBP3, VEGF, sVEGFR1, VEGFR2 düzeyleri kontrol grubuna göre anlamlı olarak yüksektir (sırasıyla p<0,001, p<0,001, p<0,001, p<0,01 ve p<0,01). Herhangi bir biyobelirteç ile T evresi, lenf nodu metastazı, uzak metastaz ve klinik evre arasında anlamlı bir ilişki gösterilememiştir. Osteopontin ve sVEGFR-1 düzeyleri lokal rekürrensi olan vakalarda anlamlı olarak yüksektir (p=0,034 ve p=0,038). En yüksek sensitivite ve spesifite oranı %81,4 duyarlılık ve %80 özgüllük ile IGFBP3'de izlenmiştir (p<0,001). Sağkalım analizi yapıldığında 1 yıllık ve 2 yıllık sağkalım oranı sırasıyla %92 ve %85,5 olarak bulunmuştur. sVEGFR-1'in eşik değer üstü değerleri VEGFR-2'nin ise median değer altındaki değerleri sağkalım açısından kötü prognostik etkiye sahiptir. Sonuç olarak, araştırılan biyobelirteçlerin bazılarının düzeyleri larinks kanserinde normal popülasyona göre artmış olsa da tek başına tanı koydurucu değildir. Sağkalım ve rekürrens değerlendirilmesinde Osteopontin, sVEGFR-1 ve VEGFR2 üzerine daha fazla çalışma yapılması önerilmektedir.
Lenfomalarda biyokimyasal belirteçlerin sistemik kemoterapiye tümör yanıtının değerlendirilmesinde kullanımı
Lenfomalar, Hodgkin lenfoma ve Hodgkin dışı lenfomalar olmak üzere iki ana grupta incelenen lenfoid malignitelerdir. Farklı patolojik alt gruplarda değerlendirilmesine ve tedavi edilmesine karşın, tedaviye yanıt değerlendirmeleri ve takipleri benzer şekilde yapılmaktadır. Tedaviye yanıt değerlendirme için radyolojik yöntemler ve nükleer tıp tetkikleri kullanılmaktadır. Maliyet ve radyasyon ilişkili morbiditeler düşünüldüğünde, daha maliyet etkin olan ve daha az morbiditeye neden olacak yanıt değerlendirme yöntemleri ile ilgili araştırmalar gerekmektedir. Çalışmamızda lenfoma tanısı ile takip edilen hastaların takiplerinde kullanılan biyokimyasal parametrelerin tedavi yanıtı değerlendirmesinde kullanılabilirliği araştırılmıştır. 01.01.2015-31.12.2017 Tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Onkoloji Hastanesi Medikal Onkoloji Ünitesine lenfoma tanısı başvuran ve tedavi alan 108 hasta dahil edilmiştir. Hastaların yaş ortalaması (±SD) 48,99 (±17,05) olup hastaların %52,8'i erkektir. Hastaların %25'i Hodgkin lenfoma, %65,7'si B hücreli lenfoma, %8,3'ü T hücreli lenfoma ve %1,0'i diğer Hodgkin dışı lenfoma tanısı ile ve olguların %20,4'ü evre I, %22,2'si evre II, %8,3'ü evre III ve %49,1'i evre IV hastalık ile takip edilmektedir. Tedavi öncesi ve sonrası biyokimyasal parametrelerdeki değişim değerlendirildiğinde, sodyum, total protein, beta-2 mikroglobulin, laktat dehidrogenaz, hemoglobin ve C-reaktif protein düzeyinde; nötrofil, lenfosit ve trombosit sayısında; eritrosit sedimentasyon hızında değişim izlenmiştir (p ≤ 0,050). Tedavi yanıtına göre değerlendirme yapıldığında, iyi yanıt izlenen hastalarda total protein, beta-2 mikroglobulin, laktat dehidrogenaz ve C-reaktif protein düzeyinde ve eritrosit sedimentasyon hızında düşme izlenmiş olup, kötü yanıt izlenen hastalarda biyokimyasal parametrelerde anlamlı değişim izlenmemiştir. Tedavi yanıtını öngörebilmek için, biyokimyasal parametrelerde dönüşüm yapılan, 4 puanlı skorlama sistemi önerilmiştir. Sonuç olarak biyokimyasal parametrelerdeki değişimin, lenfomalarda tedavi yanıtının değerlendirilmesinde kullanımı uygun görünmektedir.
İnsan meme kanserinde çevresel kirletici internal doz düzeyleriyle hastalık ilişkisinin araştırılması
Bu tez çalışmasında meme dokusunda kalıcı organik kirleticinin (KOK) konsantrasyonları ile meme kanseri oluşumu ve/veya gelişimi arasında bir ilişki olup olmadığı, ayrıca söz konusu kirleticilerin kan ve doku miktarları arasında bir ilişki olup olmadığı incelenmiştir. Yanı sıra KOK türevlerinin biyotransformasyonunda rol alması beklenen enzimlerde olası genetik varyasyonların meme kanseri için risk faktörü olup olmadığı araştırılmıştır. Bu amaçla tümör nedeniyle meme cerrahisi uygulanan hastalardan ve estetik amaçlı meme küçültme operasyonuna giren kişilerden doku ve kan örnekleri toplanmıştır. Bu örneklerde toplamda 32 KOK türevinin konsantrasyonları, gaz kromatografisi-elektron yakalayıcı deteksiyon (GC-ECD) tekniği ile belirlenmiştir. Kan örneklerinden genomik DNA izole edilerek KOK türevlerinin Faz I biyotransformasyonunda rol alması olası olan sitokrom P450 1A1 (CYP1A1), Faz II konjugasyonunda rol alması beklenen glutatyon S-transferaz M1, T1 ve P1 enzimlerinin genetik varyasyonları ve DNA oksidatif hasar onarım enzimlerinden birisi olan insan 8-okzoguanin glikozilaz 1'in de (hOGG1) genetik varyasyonu, PCR-RFLP tekniği ile analiz edilmiştir. Kanserli ve sağlıklı meme dokularında ölçülen KOK konsantrasyonları karşılaştırıldığında bazı türevlerin miktarının kanser grubunda anlamlı derecede yüksek olduğu saptanmıştır; dolayısıyla bu sonuç, söz konusu türevlerle meme kanseri arasında bir ilişki olabileceğini göstermektedir. KOK türevlerinin konsantrasyonları doku ve kanda ayrı ayrı ölçülmüş ve toplamda 9 türev için pozitif korelasyon gözlenmiş olup, kan düzeylerinin dokudaki kimyasal madde miktarını öngörmede kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. KOK türevlerinin biyotransformasyonunda rol alması beklenen enzimlerden CYP1A1 ve GSTT1'deki genetik varyasyonun meme kanseri için risk faktörü olabileceği belirlenmiş, ayrıca yaş ve sigara kullanımı ile de meme kanseri oluşumu ya da gelişiminin ilişkili olduğu gözlenmiştir.
Endometrial kanserde PI3K/AKT/mTOR sinyal yolağını etkileyen miRNA'ların araştırılması
Endometrial kanser dünya genelinde kadınlar arasında oldukça yaygınlık gösteren bir kanser tipidir. PI3K/AKT/mTOR sinyal yolağının düzensizliği birçok kanser tipinin patogenezinde rol oynamaktadır. Bu çalışmada PI3K/AKT/mTOR yolağını etkileyen miR-7-5p, miR-17-5p, miR-21-5p, miR-145-5p, miR-155-5p, miR-206, miR-221-3p ve miR-222-3p' nin endometrial kanserde in siliko analizleri ve ekpresyon düzeyleri araştırılmıştır. Bu çalışmaya endometrioid adenokarsinom tanısı almış Grade 1 (n=16), Grade 2 (n=16) ve Grade 3 (n=16) arşiv dokuları ile endometrial kanser tanısı almamış Kontrol 1 (n=16) sekretuar faz ve Kontrol 2 (n=16) proliferatif faz sağlıklı endometrium arşiv dokuları dahil edilmiştir. İn siliko analizlerle miRNA'lar ile hedef genleri arasındaki moleküler etkileşimler incelendi. İn siliko analizlerle miR-7-5p'nin hedefleri PIK3CD, PIK3R3, PIK3CB ve AKT3, miR-17-5p'nin hedefleri PIK3R1 ve AKT3, miR-21-5p'nin hedefi PIK3R1, miR-125b-5p'nin hedefi PIK3C2B, miR-145-5p'nin hedefi AKT3, miR-155-5p'nin hedefleri PIK3CA ve PIK3R1, miR-206'nın hedefi PIK3C2A, miR-221-3p ve miR-222-3p'nin hedefi PIK3R1 ve miR-223-3p'nin hedefi PIK3C2A olarak belirlendi. miRNA ekspresyon analizleri RT-PCR yöntemi kullanılarak yapıldı. miR-7-5p ve miR-206'nın ekspresyonları Kontrol 1 ve Kontrol 2'ye göre Grade 1, Grade 2 ve Grade 3 'de (p<0,05). miR-145-5p ekspresyonu Grade-1'de Kontrol-1 ve Kontrol-2'ye göre Grade-2 ve Grade-3'te Kontrol-2'ye (p<0,05) göre azaldığı gözlendi. miR-17-5p ve miR-222-3p'nin ekspresyonlarının Kontrol-1 ve Kontrol-2'ye göre Grade 1, Grade 2 ve Grade 3 'de arttığı saptandı (p<0,05). miR-221-3p ekspresyonun Grade-1 ve Grade-3'te Kontrol-1 ve Kontrol-2'ye göre, Grade-2'de ise Kontrol-1'e göre arttığı tespit edildi (p<0,05). miR-21-5p ve miR-155-5p ekspresyon düzeylerinde gruplar arasında istatiksel olarak anlamlı farklılık gözlenmedi. Sonuç olarak; Endometrial Kanserde PI3K/AKT/mTOR sinyal yolağında etkinliği tespit edilen miRNA'lar moleküler hedefe yönelik tedavi ve tanı stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlayacaktır.
Biyomarker yüklü ASC mikroparçacık aşısına konakçının bağışıklık reaksiyonunun incelenmesi
Prophylactic cancer vaccines effectively prevent specific cancers, but therapeutic vaccines have struggled, often requiring adjuvants and carriers. We developed an innovative antigen delivery platform using extracellular ASC-Speck microparticles that leverage inflammasome activation to enhance immune responses against melanoma. Chimeric ASC microparticles with target antigens were created and purified from transfected HEK293 cells, and tested in a melanoma mouse model for further assessment. These microparticles induced inflammatory responses in immune cells similar to traditional adjuvants. Immunizing mice with tumor-associated antigens (TAAs) such as MAGE-A3, Mage-A1, and Mlana, we evaluated cancer vaccine efficacy. Mice inoculated with B16-MAGE-A3 cells showed tumor growth reduction, with protection rates of 40% for MAGE-A3, 50% for Mage-A1, 0% for Mlana (monovalent), and 66% for the trivalent vaccine. Control mice developed tumors despite high anti-MAGE-A3 antibody titers with Freund's adjuvanted antigen. Treated mice showed more CD80+ and fewer CD206+ macrophages, alongside reduced FoxP3+ CD4 T cells, in tumor tissue, indicating anti-tumor immune responses. The ASC-Speck microparticle platform appears to polarize macrophages towards an M1-like phenotype and reduce Tregs, promoting anti-tumor immunity in the tumor microenvironment. Further research is needed to confirm these findings and elucidate underlying mechanisms, highlighting this platform's potential for novel cancer immunotherapies.
Malign melanoma olgularında yeni B hücre alt gruplarının araştırılması
İmmün kontrol noktası inhibitör (ICI) tedavisinin malign melanoma olgularındaki etkinliğinin belirlenmesi için öngörücü biyo-belirteçlerin tanımlanması, tedavi seçimine ve klinikte takibine yardımcı olması açısından önemlidir. Malign melanomada ICI'nin ana hedefi T hücre efektör fonksiyonları olmasına rağmen, olgun ve farklılaşmış B hücre fenotiplerinin de ICI yanıtları ile pozitif ilişkide olduğu öne sürülmekte ancak ICI tedavisindeki rollerine yönelik çalışmalar az sayıdadır. Bu çalışmada, uzun süreli takip edilen metastatik melanoma (MM)'lı olguların ICI immünoterapisine verdikleri B-hücre aracılı immün yanıtları, tedaviye yanıt veren (YV) ve yanıtsız (YZ) olgulardaki B hücre alt gruplarındaki farklılıkların saptanması ve B hücre ilişkili sitokinlerin prognostik ve öngörücü klinik biyo-belirteç olarak kullanılabilme potansiyellerinin araştırılması amaçlanmıştır. MM'li olgular ve sağlıklı kontrollerden alınan periferik kan örneklerinden akan hücre ölçer ile B hücre alt grupları saptanmıştır. Aynı grupların serum örneklerinden BAFF ve APRIL sitokin seviyeleri Elisa yöntemi ile tespit edilmiştir. ICI tedavisinin, YZ olgularda naif B hücre frekanslarını periferde arttırırken, dönüşmüş bellek (IgD-CD27+), klasik (CD21+CD27+), dönüşmemiş bellek B hücre ve IgA+ B hücre frekanslarını azalttığı saptanmıştır. Tedavinin erken ve geç vizitlerinde dönüşmüş (IgM-IgD-) ve dönüşmüş bellek B hücreler YV'lerde yüksek frekanslarda bulunmuştur. ICI tedavisinin, CD21-/dü dönüşmüş B hücre frekanslarının YZ olgularda arttırdığı, YV olgularda BAFF-R ekspresyonunu azalttığı saptanmıştır. YZ olgulara nazaran her vizitte BAFF-R ve TACI ekspresyonları YV olgularda yüksek tespit edilmiştir. Tedavi başlangıcında YZ olguların BAFF serum konsantrasyonlarının, kontrollerden ve YV olgulardan yüksek olduğu tespit edilmiştir. Tez çalışma sonuçları, serum BAFF seviyelerinin, BAFF-R ve TACI ekspresyonlarının ve CD21-/dü B hücre frekanslarının ICI tedavisi altındaki MM'li hastaların efektif anti-tümör yanıtlarında rolü olduğunu ileri sürmektedir.
Kadın pelvik kitlelerinin benign-malign ayırımında difüzyon ağırlıklı MRG bulgularının farklı `b' değerleri kullanılarak değerlendirilmesi
Bu çalışmanın amacı, jinekolojik pelvik kitle ön tanısı almış kadın hastalarda kitlelerin farklı `b' değerleri kullanarak difüzyon ağırlıklı MRG bulgularının tanıya katkısını araştırmaktır.Çalışmaya Ekim 2009 ile Kasım 2010'da, Radyoloji Anabilim Dalı MR Ünitesi'ne pelvik kitle ön tanısıyla pelvik MR tetkiki istenen 15?82 (ort: 43) yaş aralığında 167 malign ve benign lezyon içeren 154 olgu dahil edildi. Bu hastalardan DAG ile sırasıyla b250, b500, b750, b1000 gradient değerlerinde difüzyon ağırlıklı EPI görüntüler alındı. Pelvik kitle saptanan olgularda lezyonlardan ADC değerleri ölçüldü.Malign lezyon saptanan 47 olgunun ortalama ADC değerleri (b250, b500, b750, b1000) (1.19x10?3, 1.12x10?3, 1.05x10?3, 0.94x10?3 sn/mm2), benign lezyon saptanan 120 olgunun ortalama ADC değerlerinden (b250, b500, b750, b1000) (2.17x10?3, 2.04x10?3, 1.97x10?3, 1.94x10?3 sn/mm2) düşük ölçüldü ve istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,05).Çalışmamız farklı b değerlerinde planlanmış olup tüm değerlerde malign ve benign kitleler arasında anlamlı istatistiksel farklar bulundu. Ancak b 500 altı değerlerde görüntü rezolüsyonu azaldığını ve lezyonların saptanmasının güçleştiğini saptadık. Pelvik bölge değerlendirmelerinde b 500 ile b 1000 arası değerlerin kullanılmasının daha uygun olacağının kanaatindeyiz.Sonuç olarak DAG'ın, konvansiyonel görüntüleme yöntemlerine eklenerek rutin kullanıma girmesinin pelvik kitlelerin malign ve benign ayırıcı tanısında önemli katkılar sağlayacağını düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Manyetik rezonans görüntüleme (MRG), difüzyon ağırlıklı görüntüleme (DAG), ADC, pelvik kitle.
Over kanseri hastalarında leptin G-2548A ve leptinr-Q223R gen varyantlarının, serum leptin ve leptin reseptörü seviyeleri ile ilişkisinin araştırılması
Leptin ağırlıklı olarak adipoz dokudaki adipositler tarafından sentezlenek kana salınan, dolayısıyla kişinin yağ dokusu ile orantılı olarak serum düzeyleri yükselen bir hormondur. Leptinin iştah ve enerji homeostazı üzerindeki etkilerinin uzun yıllardır bilinmesine rağmen, son yıllarda yapılan çalışmalar leptinin kanser gelişiminde önemli rol oynayan migrasyon, büyüme, invazyon ve anjiyogenez gibi mekanizmalar ile de ilişkili olduğunu ileri sürmektedir. Bunun yanında, over kanseri tüm dünyada kadınlar arasında önde gelen mortalite nedenlerinden biridir ve obezitenin bu kanser türü için bir risk faktörü olabileceği düşünülmektedir. Leptin geninin promotor bölgesindeki Leptin G-2548A polimorfizmi adipoz dokuda artan leptin ekspresyonu ve salınımı ile doğrudan ilişkilidir. Leptin reseptör geninin ekstrasellüler domainini kodlayan bölgedeki LeptinR-Q223R polimorfizmi ise reseptörün fonksiyonunu etkileyerek, leptinin reseptörüne bağlanma yeteneğinde bozukluklar oluşturmakta ve bunun da sirkülasyonda artan leptin seviyesi ile ilişkili olduğu ileri sürülmektedir. Son zamanlar da yapılan epidemiyolojik ve moleküler düzeydeki araştırmalar bu polimorfizmlerin prostat, meme, kolorektal kanserler gibi kanserlere yatkınlık oluşturabileceğini iddia etmektedir. Biz de çalışmamızda bu bilgilerden yola çıkarak; over kanserli hastalarda Leptin G-2548A ve LeptinR-Q223R polimorfizmlerinin sıklığını ve leptin ile çözülebilir leptin reseptörü serum düzeylerini sağlıklı kontroller ile karşılaştırarak over kanseri ile olası ilişkisini değerlendirmeyi hedefledik. Çalışmamızda gruplarımız 61 over kanserli hasta ile 51 sağlıklı kadından oluşmaktadır. Leptin G-2548A ve LeptinR-Q223R genlerinin polimorfizmlerinin tayininde Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR), Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi (RFLP) ve Agoroz Jel Elektroforezi yöntemleri kullanılmıştır. Serum leptin ve çözülebilir leptin reseptör düzeyleri ise ELISA yöntemi ile ölçülmüştür. Çalışmamızda her iki polimorfizm, hasta ve kontrol grubu arasında genotip ve allel dağılımları açısından incelendiğinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir. Ayrıca, genotip dağılımına göre leptin ve çözülebilir leptin reseptör düzeyleri arasında da anlamlı bir fark bulunamamıştır. Serum leptin düzeyleri hasta grubunda kontrol grubuna göre anlamlı bir şekilde yüksek bulunmasına rağmen, bu yüksekliğin hastaların vücut kitle indeksinin kontrollere göre yüksek olmasından kaynaklanabileceği düşünülmektedir. Leptin G-2548A ve LeptinR-Q223R gen varyasyonlarının, leptin ve çözülebilir leptin reseptör serum düzeylerinin over kanseri ile ilişkili olup olmadığını belirlemek için büyük gruplar kullanılarak yapılacak geniş kapsamlı araştırmaların daha güvenilir sonuçlar doğuracağı kanısındayız. Anahtar Kelimeler: Over kanseri, Leptin, Leptin reseptör
Evaluation of some antigenic and biochemical parameters in prostate cancer patients
Prostate cancer in men is the most common form of the disease. PCa is a public health concern, particularly in areas where the population is ageing. Patients with prostate cancer who have a prostate-specific antigen level of more than 20 ng/ml, with a Gleason score of 8–10. The aim of this study was to examine some of the blood tests as potential diagnostic indicators for prostate cancer. The research was carried out at the Rezgari Hospital and the Nanakali Hospital in Erbil from 17/4/2021 to 1/12/2021 at the two hospitals in the city. In the "test group," one hundred men with prostate cancer were chosen, and in the "control group," fifty healthy volunteers with similar age and sex were chosen. The data was collected by the use of questionnaires, and the results were analyzed using (SPSS) and Graphpad prism. The EPCA2 showed a highly significant increase in both age groups (50-69 and 70-90) as compared to control subjects. PSCA, showed a significant increase in prostate cancer patients for both age groups (50-69 and 70-90) as compared to the control group in the same age groups. The PSMA result showed a highly significant increase in both age groups (50-69 and 70-90) as compared to its control subjects. Also the results showed that significant increase in Cu and significant decrease in Fe, Se and Zn in PCa patients as compared to control group. PCA3 and PSMA were elevated in prostate cancer patients and can use as a marker for prostate cancer because PCA3 and PSMA more accurate than PSA. PSA showed positive significant correlation with EPCA2, PSCA, PSMA, PCA3, APN, IL-6 and uPa. Also PSA showed no significant correlation with vitamin A, EZH2, DHT, Cu, Fe, Se and Zn. PSA showed negative significant correlation with vitamin E
Kütahya-Tunçbilek-Ömerler Kömür Ocağında çalışan işçilerde bazı tümör marker düzeylerinin değerlendirilmesi
Bu çalışma, Kütahya, Tunçbilek- Ömerler yeraltı kömür ocağında çalışan 36-45 yaşları arasında (Jc =36.27) 29 erkek işçi ile Kütahya'da sigara ve alkol kullanmayan 23-53 yaşları arasında (3c =36. 52) sağlıklı erkek büro memurları üzerinde gerçekleştirilmiştir. İkinci grup kontrol grubu olarak değerlendirilmiştir. CEA ve AFP düzeylerinin tayini RIA metoduyla, diğer tayinler (ALP, ACP, total protein ve albümin) ise spektro fotometrik metodlarla yapılmıştır. Tüm tayinler hem işçi hem de memurların serum numunelerinde gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak; ACP, AFP, ALP ve CEA (tümör markerleri) düzeyleri işçilerde memurlarınkinden önemli derecede yüksek bulunmuştur (sırasıyla p>0.2, p>0.1, p<0.0001 ve p<0.005). Diğer taraftan işçilerde total protein düzeyleri düşük (P<0.025), fakat albümin düzeyleri kontrol grubuna göre bilakis yüksek (P>0.1) bulunmuştur. Bu sonuçlardan kömür ocağındaki kömür tozları, kimyasal maddeler ve ortamın işçilerin organları üzerinde olumsuz etkilere sahip olduğu düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: Tümör markerleri, işçiler, kömür madeni. IV
MiRNA – 370, 125B ve 23 a'' nın yüksek dereceli servikal intraepitelyal neoplazi ve skuamöz hücreli kanser olgularında ifade düzeylerinin belirlenmesi
Bu çalışmamızda mikroRNA'ların yüksek dereceli servikal intraepitelyal neoplazi (HSIL) ve serviks skuamöz hücreli kanserlerinde (SCC) rolünün belirlenmesi; tanı ve tedavinin bireyselleştirilmesine imkan veren prognostik bir marker ortaya koymak amacıyla, formalin ile fikse parafine gömülü bloklardan (FFPE) elde edilen doku örneklerinde, miRNA 370, miRNA 125b ve miRNA 23a'nin ifade düzeylerinin belirlenmesi ile prognostik değişkenlerle karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza 01.01.2006 ile 31.12.2015 tarihleri arasında kliniğimizde servikal patoloji nedeniyle opere olan ve en az iki patolog tarafından yapılan mikroskobik incelemede patoloji raporu SCC , HSIL ve normal servikal doku olarak rapor edilen hastalar dahil edildi.Her bir grup 35 hastadan oluşturuldu. Hastalara ait parafin bloklardan elde edilen kesitlerden miRNA izolasyonu yapılarak , ekspresyon düzeyleri Real Time Qrt-PCR yöntemi kullanılarak ölçülüp kıyaslandı. Ardından bu ekspresyon düzeyleri ile hastalığın prognostik değişkenleri karşılaştırıldı. İstatistiksel değerlendirilmede sayısal değişkenlerin normal dağılıma uygunluk kontrolünde Shaphiro Wilk testi ve Skewness değerleri kullanıldı. Normal dağılıma sahip olan değişkenler için 3 bağımsız grup karşılaştırmasında ANOVA ve Tukey testleri, normal dağılmayanlarda ise Kruskal Wallis H testi kullanıldı. Hastaların hayatta kalım oranlarının analizinde Log Rank, Breslow, ve Tarone-Ware testleri uygulandı. Ölüme etki eden bağımsız değişkenlerin belirlenmesinde Enter yöntemi ile Cox regresyon modeli oluşturuldu. İstatistiksel analizler için SPSS 25.0 paket programı kullanıldı, P<0.05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Çalışmamızda miRNA 370, miRNA 125B ve miRNA 23A'nın HSIL, SCC ve Kontrol grubu olmak üzere her üç (3) grupta da istatiksel olarak farklı dağılım aralığında olduğunu gördük. miRNA 370'nın Kontrol grubu, HSIL grubu ve SCC gruplarında istatistiksel olarak anlamlı artmış olduğu görüldü.miRNA 23-A'nın HSIL ve SCC gruplarında istatistiksel olarak anlamlı artmış olduğu saptandı.Bununla beraber hasta gruplarında miRNA 370, miRNA 125B ve miRNA 23-A 'nın ekspresyon düzeyleri ile prognostik değişkenler karşılaştırıldığında anlamlı korelasyon saptanmadı.
Hipoksi koşulları altındaki meme kanseri hücrelerinde hipertermi ve kurkuminin kanser kök hücre benzeri özelliklere ve epitelyal-mezenkimal dönüşüme etkilerinin incelenmesi
Meme kanserinin heterojen bir hastalık olduğu, hipoksinin invazyon ve metastazda etkin rol oynadığı ve kötü prognoz ile ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı hipoksi koşulu altında Hipertermi, 17-AAG ve Kurkumin üçlü tedavisinin meme kanseri hücre dizilerinde CSC ve EMT belirteçlerinin gen ifadeleri ve hücresel fonksiyonlar üzerindeki etkilerini incelemek ve araştırmaktır. Bu çalışmada ilk olarak hipoksi koşulu oluşturmak için meme kanseri hücre dizilerinde CoCl2'ün doza ve zamana bağlı qRT-PCR yöntemi ile HIF1A ifade düzeyleri araştırılmıştır. Bunun sonucunda MDA-MB-231 hücre dizisinin 3. saatte 25 µM, CRL-2329 hücre dizisinin ise 3. saatte 100 µM CoCl2 ile inkübasyonunun, en yüksek HIF1A gen ifade düzeyi gösterdiği bulunmuştur. Çalışmamızda hipoksi oluşturulmuş meme kanseri hücre dizilerinde 17-AAG ve kurkumin etken maddelerinin MTT deneyi ile 24. ve 48. saat IC50 dozları belirlenmiştir. Belirlenen bu dozlara bağlı olarak hipertermi ile beraber kombine gruplar oluşturulmuştur. Çalışmamızda hipoksi oluşturulmuş hücre dizilerine uygulanan HT + 17-AAG + Kurkumin üçlü tedavinin; hipoksi grubuna, sadece HT ve HT + 17-AAG uygulanan gruplara kıyasla kanser kök hücre belirteci ve epitelyal mezenkimal geçiş ile ilişkili belirteç genlerin mRNA ekspresyon düzeylerini anlamlı bir şekilde azalttığı görülmüştür. Ayrıca hücre migrasyonu deneyi ile elde edilen bulgulara göre de bu kombinasyonun hücreler üzerinde antiproliferatif ve antianjiyogenik etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir. Bu veriler, CSC ve EMT belirteçlerini aşırı ifade eden hipoksik meme tümörlerinde oldukça iyi bir kombinasyon ajanı olabileceğine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: Meme Kanseri, Hipoksi, Hipertermi, 17-AAG, Kurkumin, CSC, EMT
Hipertiroidik hastalarda TSH reseptor antikorunun papiller tiroid kanserleri açısından tanısal değeri
GİRİŞ: Tiroid hastalıkları arasında hipertiroidizme en sık neden olan "Graves" hastalığıdır. Graves, otoimmun bir hastalık olup etioloji mekanizmaları tam olarak öğrenilmemiştir. Bu hastalıkta tiroid antijenlerine karşı oluşan antikorlardan Anti-Tg, Anti-TPO, TRAb gösterilebilir. TRAb otoantikoru TSH-Reseptörlerine karşı oluşur ve Graves hastalığının klinik ve semptomlarının oluşmasında önemli rol oynar. Aynı zamanda Graves hastalarında TRAb düzeyi medikal tedavinin düzenlenmesinde ve postoperatif dönemin takibinde önem taşıyor. Benign hastalıklar nedeniyle opere edilen hastaların patoloji sonuçları incelendiğinde insidental kanser sonuçlarının arttığı görülmüştür. Bu tiroid kanserlerinin %80'i papiller tiroid kanseri olarak karşımıza çıkar. Benign nedenle opere edilen tiroid hastalarının büyük bir grubunu hipertiroidik hastalar oluşturur. Hipertiroidik hastalarda yüksek seyreden TRAb antikoru düzeyi ile tiroid kanserleri ve onların gelişmesi arasındaki ilişki mekanizmaları öğrenilmemiştir. Bu nedenle biz çalışmamızda tiroid hastalarının büyük bir grubunu oluşturan hipertiroidik hastalarda pozitif TRAb düzeyinin preoperatif papiller tiroid kanseri tanısında belirteç olarak değerini araştırmayı amaçladık. MATERYAL METOD: Çalışmamızda Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Anabilim Dalı ve Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesinde 2006-2019 yılları arasında tiroid bezi hastalıkları nedeniyle opere edilen hastalar retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Opere edilen 898 hastanın dosyası incelenirken preoperatif tanının hipertiroidik hastalık olmasına, laboratuvar değerlerinde TRAb otoantikor düzeyinin yüksek olmasına ve patoloji sonuçlarının papiller tiroid kanseri ile uyumlu olmasına dikkat edilmiştir. 898 hastadan 216'sı toksik guatr ön tanısıyla ameliyata alınmış ve 76 hastada patoloji sonucu papiller tiroid kanseri olarak raporlanmıştır. Çalışmamızda hipertiroidik hastalarda cinsiyet, yaş, tiroid hormon T3, T4, TSH düzeyleri, anti-TPO, anti-Tg, TRAb otoantikoru değerleri, tümör boyutu, tümörlerin USG özellikleri, papiller tiroid kanserinin subtipleri gibi veriler karşılaştırılarak TRAb otoantikorunun PTC ile ilişkisi incelenmiştir. BULGULAR: Çalışmaya katılan 216 kişinin yaş ortalaması 46.45±13.22'dir (min:19-max:73). TRAb ve tiroid dokusundan salınan diğer parametreler karşılaştırılınca TRAb'la TSH, T3, T4, anti-TPO arasında zayıf anlamlı ilişki olduğu görülmüştür. Malign ve benign hastalarla TRAb arasında ROC eğrisi analizi yapılmıştır. Benign ve malign ayrımında TRAb değerinin kullanılamayacağı, eğri altındaki alanın anlamlı çıkmadığı bulunmuştur (p<0.724 ). Yaş, cinsiyet ve TRAb değişkenlerinin dâhil edilerek kurulan ikili lojistik regresyon analizinde yaş arttıkça (p<0.001) patoloji sonucunun malign çıkma ihtimalinin 1,05 kat arttığı görülmüştür. USG sonucu diffüz olan hastalarda ve hiperekojen olan hastalarda TRAb pozitifliği anlamlı olarak daha fazla bulunmuştur. SONUÇ: TRAb değerlerinin preoperatif olarak hipertiroidik hastalarda papiller tiroid ca için prognostik anlamının belirlenmesine yönelik yapılan araştırmamızda TRAb'ın tiroid lezyonlarının benign/malign ayrımında iyi bir tanı testi olmadığı görülmüştür. TRAb değeri hipertiroidik hastalarda preoperatif olarak papiller tiroid kanseri için bir tümör belirteci olarak kullanılamaz.
Böbrek kanserinde VHL, PBRM1 VE SETD2 genleri tanıya uygun belirteçmidir? moleküler yöntemlerle araştırılması
Böbrek kanseri ürolojik kanserlerin en ölümcül olanıdır ve yetişkin malignitelerin % 3? ünü oluşturur. Böbrek kanseri tek bir hastalık olmakla birlikte renal hücreli tümörler dahil olmak üzere farklı birçok türü bulunmaktadır. VHL geni RCC ile ilişkisi olduğu bilinen tümör baskılayıcı bir gendir. VHL, hipoksi indüklenebilir faktörlerin bir negatif düzenleyicisi olarak fonksiyon gösterir. Son zamanlarda yapılan dizi analizi çalışmalarında, ccRCC?de histon modifikasyonunda ve kromatin şekillenmesinde görev alan PBRM1 ve SETD2 gibi genlerde birçok yeni ve sık görülen mutasyonlar tanımlanmıştır. PBRM1 geni, tümör baskılayıcı olan VHL geninden sonra en çok mutasyon görülen ikinci gendir. Bu gen, belirli genlerin trankripsiyonel aktivasyonununda ve baskılanmasında görev alan BAF180 proteinini kodlamaktadır. SETD2 geni, histon H3?ün 36. pozisyondaki lizin amino asitinin trimetilasyonundan sorumlu bir histon metiltransferazı kodlamaktadır. Aynı zamnda tümör gelişiminde baskılayıcı bir rol alabilir. Bu çalışmada, böbrek kanseri çeşidine ve hastaların cinsiyet, ortalama yaş gibi klinik özelliklerine göre gruplanan 30 çift örnek, gen ifadesi, SSCP ve Sanger dizileme teknikleri ile analiz edilmiştir. VHL, PBRM1, SETD2 genlerinin aşağı yönlü düzenlendiği bulunmuştur. Ancak, Wilcoxon testi ile yapılan istatistiksel analizlerde anlamlı bir sonuca varılamamaıştır (p>0,05). Yapılan mutasyon taraması sonuçlarına göre farklı bir genotip saptanamamıştır. Sonuç olarak, taranan üç genin mRNA seviyesinde düşüş görülmüştür. RCC?nin patogenezinde görev alan moleküler mekanizmaların anlaşılması, böbrek kanseri moleküler hedefli ilaçların geliştirilmesi adına önem arz etmektedir. Anahtar Kelimeler: Böbrek kanseri, VHL, PBRM1, SETD2, Gen ifadesi analizleri, Mutasyon taraması
Mide kanserınde GKN1 ve GKN2 genleri tanıya uygun belirteç midir? Moleküler yöntemlerle araştırılması
Mide kanseri birçok ülkede yüksek görülme ve ölüm oranına sahiptir. Intestinal tümörlerin evrimi gastrit ile başlayan ve ardından mukozal atrofi, intestinal metaplazi, displazi ve karsinom ve metastatik yayılma ile karakterizedir. Yeni tanımlanmış mitojenik Gastrokin 1 (GKN1) ve Gastrokin 2 (GKN2) genleri normal midede yüksek bir şekilde ifade edilmektedir ve yüzeyel mide epitelinde bulunurlar. GKN1 mide mukozal epitel hücrelerinin homeostazının sağlanmasında önemli bir rol oynar. GKN1 ve GKN2'nin kopya sayısındaki belirgin kayıp ve gen ifadesindeki azalma mide adenom karsinomlarda sık sık gözlenmiştir. Bu çalışmada kanser alttürüne, cinsiyet, yaş klinik özelliklerine göre gruplandırılmış 47 mide kanseri hastasının normal ve tümör dokusu gen ifade analizi, SSCP tekniği ve Sanger dizilemesi ile incelenmiştir. Hem GKN1 hem de GKN2 gen ifadelerinin azaldığı gözlenmiştir ve istatistiki olarak yüksek oranda anlamlı bulunmuştur (Wilcoxon signed rank testi; p < 0,05). Gen taramasının sonucunda mutasyon görülmemiştir. Gastrokin genlerinin etkinliğini yitirmesinde mutasyonların rol sahibi olmadığı anlaşılmaktadır. Sonuç olarak; Gastrokin genlerinin mRNA ifadesindeki azalma mide kanseri ile doğrudan ilişkili ve cinsiyet, yaş ve kanser alttipinden bağımsızdır. GKN genlerinin aşağı yönlü düzenlenmesi kanserin ilk aşamalarında gerçekleşiyor olabilir. Bu ön bulguların epigenetik analiz, miRNA analizi, western blot ve immünohistokimya gibi ileri tekniklerle doğrulanması gerekmektedir. Anahtar Kelimeler: Mide kanseri, GKN1, GKN2, gen ifade analizi, mutasyon taraması.