Doğu Karadeniz bölgesinde Cryphonectria parasitica populasyonunda vejetatif uyumsuzluk (vic) genlerinin dağılımının PCR ile belirlenmesi

Son yıllarda Türkiye'de kestane kanseri etmeni Cryphonectria parasitica'nın vejetatif uyum gruplarının sayısında önemli artışların olduğu gözlemlenmektedir. Bu çalışma, vejetatif uyum grup çeşitliliğinin yüksek bulunduğu Doğu Karadeniz Bölgesinde C. parasitica'nın vc gruplarının, vejetatif uyumsuzluk (vic) genlerine ait moleküler belirteçler kullanılarak, PCR ile belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada, 20 adet arazi ve 30 adet tek askospor izolatının vic genotipleri, vic1, vic2 , vic3, vic4, vic6 ve vic7 gen bölgelerine ait spesifik primerler ile belirlenmiştir. Arazi izolatları arasında, EU-2, EU-3, EU-7, EU-8, EU-12, EU-17, EU-21, EU-22, EU-30 ve EU-55 olmak üzere, 11 vc grup, tek askospor izolatları arasında ise, EU-1, EU-2, EU-3, EU-5, EU-8, EU-11, EU-12, EU-17, EU-21, EU-22, EU-29, EU-35, EU-36, EU-51 ve EU-58 olmak üzere, 15 vc grup bulunmuştur. Ardından her bir izolat, ait olduğu vic genotipine ait Avrupa vc grup testerları ile klasik test olan besi yerinde eşleştirme testine tabi tutulmuştur. Arazi izolatlarından 15'i, tek askospor izolatlarından ise, 21'inde, PCR ile eşleştirme testlerinin sonuçları örtüşmüştür. Ancak 5 arazi ile 9 tek askospor izolatında, iki testin sonuçları örtüşmemiştir. Bu bulgular, 2 allelli 6 vic geni ile kontrol edildiği düşünülen C. parasitica'ya ait vejetatif uyumsuzluk sisteminde, başka vic geni veya allellerin var olduğu görüşünü kuvvetlendirmektedir. Vc grup tanısında kullanılan PCR testinin, eşleştirme testine göre, çok daha pratik ve hızlı sonuç vermesine rağmen, iki yöntem sonuçlarının her zaman tutarlı olmaması, vic genleri üzerinde daha çok çalışmaların yapılmasının gerekliliğini ortaya çıkarmıştır.