Eritropoetin'in SHSY-5Y hücrelerinde genomik düzeyde gen espresyonuna etkisinin incelenmesi

Eritropoetin'in SHSY-5Y Hücrelerinde Genomik Düzeyde Gen Espresyonuna Etkisinin İncelenmesiZeynep Filiz ÖNKAL, Dokuz Eylül Üniversitesi,Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Sinir Bilimler Anabilim Dalı, 35340 İnciraltı, İzmirEritropoetin (EPO), eritropoezi uyaran hematopoietik büyüme faktörü ve sitokindir. Son yıllarda beyindeki nöronal ve glial hücrelerde kendisinin ve reseptörünün varlığı ortaya konmuştur. EPO, sinir sisteminin gelişiminde, nöronal canlılığın devamında nöronal hasarın tamirinde kritik roller üstlenir. EPO'nun nöroprotektif etkisinin olası bir mekanizması transkripsiyonel düzeyde gen regülasyonudur. Bu çalışmada amacımız EPO'nun SHSY-5Y nöroblastoma hücre hattında mRNA ekspresyonuna etkisinin incelenmesidir.Projemizde mikroarray ile EPO'in transkripsiyonel düzeyde yaptığı degişiklikler incelendi. Bu amaçla nöronal bir hücre hattı olan SHSY-5Y hücre hattına EPO indüksiyonu uygulanıp bunun sonucunda ekspresyonu değişen mRNA'lar mikroarray ve kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) yöntemleriyle incelendi.Araştırmamızın sonuçlarına göre eBayes hipotez testi ile 24 saatlik EPO indüksiyonu ile kontrol grubu karşılaştırıldığında anlamlı bir değişiklik saptanmadı. 48 saatlik EPO indüksiyonu ile kontrol grubu karşılaştırıldığında anlamlı olarak 438 gen up-regüle, 482 gen down-regüle olarak belirlenmiştir. Kat Değişim (Fold change) sınır değeri olarak karşılaştırıldığında kat değişimi 0,5'den az olanlar azalmış gen ekspresyonu, 1,5'den fazla olanlar artmış gen ekspresyonu olarak kabul edilmiştir. Buna göre 52 genin kat değişim değerleri 1,5 üzeri, 23 genin kat değişim değerleri 0,5'den azdır. Literatür incelemesi yapılarak bu 75 gen içerisinden konumuz ile ilgili olan 26 gen için qPCR konfirmasyonu yapılmıştır. Mikroarray sonuçları ile qPCR sonuçları uyumludur. Seçilen 26 genden 18 tanesinin gen ekspresyonu anlamlı artmış, 8 tanesinin gen ekspresyonu anlamlı olarak azalmış bulunmuştur. Bu genlerin hangi yolaklarda rol aldığı KEGG yazılımı ve reactome programı ile belirlenmiştir. Bu analiz sonrası EPO'nun ekstrasellüler matriks organizasyon, akson, sinyal dönüştürülmesi, protein metabolizması, ile ilgili ana yolakları etkilediği belirlenmiştir.Anahtar Sözcükler: Eritropoetin, SHSY-5Y Hücre Hattı, Gen Ekspresyonu, Mikroarray