Gastrik biyopsi ve dışkı örneklerinden izole edilen Helicobacter pylori genomik DNA'sında klaritromisin ve levofloksasin duyarlılığının moleküler yöntemler ile belirlenmesi

Klaritromisin ve levofloksasin direnci, Helicobacter pylori enfeksiyonu tedavi başarısızlığının en önemli nedenidir. Çalışmamızda GenoType HelicoDR testinin, fenotipik duyarlılık testi ve moleküler metodların yanısıra eş zamanlı olarak H. pylori saptanması ve klaritromisin ve levofloksasin duyarlılığının belirlenmesindeki etkinliğinin ve dışkı örneklerine uygulanabilirliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Dispeptik yakınmalı 58 (40K, 18E; 41.1 ± 13.5 yaş) hasta çalışıldı. Çalışmamızda uygulanan tüm metodlar hem antrum hem de korpus biyopsi örneklerine ve hastaların dışkı örneklerine uygulandı. Kültür, histopatoloji ve hızlı üreaz testinin en az ikisinin pozitifliğinde H. pylori pozitif olarak değerlendirildi. Klaritromisin ve levofloksasin duyarlılıkları konvansiyonel E-test yöntemi ile saptandı. H. pylori saptanması, klaritromisin ve levofloksasin duyarlılığının belirlenmesinde GenoType HelicoDR testi non-invaziv bir moleküler metod olarak dışkı örnekleri için modifiye edildi ve aynı zamanda GenoType HelicoDR testi gastrik biyopsi örneklerine de uygulandı. Ayrıca, FRET-real-time PCR H. pylori saptanması ve klaritromisin duyarlılığının belirlenmesinde hem biyopsi hem de dışkı örneklerine uygulandı. Farklı metodlar ile klaritromisin ve levofloksasin duyarlılık sonuçları farklı olan hastaların biyopsi ve koloni DNA örnekleri sekans analizine gönderildi. Elli bir (%87.9) hasta H. pylori pozitif saptandı. Kırk dokuz (%84.5) kültür pozitif saptandı. Klaritromisin ve levofloksasin için E-test metodu ile 35 (%71.4), 35 (%71.4) hasta duyarlı, 10 (%20.4), 9 (%18.4) hasta dirençli ve 4 (% 8.2), 5 (%10.2) hastanın antrum ve korpus gastrik biyopsi örneğinde miks enfeksiyon (duyarlı ve dirençli bakteri) saptandı. Tüm hastalar GenoType HelicoDR testi ile H. pylori pozitif saptandı; klaritromisin ve levofloksasin için 37 (%63.8), 33 (%56.9) hasta duyarlı; 5 (%8.6), 11 (%19) hasta dirençli; 16 (27.6%), 14 (24.1%) hastada miks enfeksiyon saptandı. GenoType HelicoDR testi dışkı örneklerine de adapte edilmiştir. Dışkı GenoType HelicoDR testi ile 54 (%98.2) hasta H. pylori pozitif, 1 (%1.8) hasta H. pylori negatif saptandı. Dışkı ve doku GenoType HelicoDR testi sonuçları klaritromisin için 35 (%63.6) hastada, levofloksasin için 40 (%72.7) hastada uyumlu saptandı. Dışkı GenoType HelicoDR testinin duyarlılığı %100 (κ = 0.225) saptandı. FRET-real-time PCR ve GenoType HelicoDR metodlarının uyumu dışkı örneklerinde %81.0 ve doku örneklerinde % 66.7 saptandı. Üç hastanın sekans analizinde üç yeni mutasyon (C2136T, C2310A, C2428T) saptandı ve bu hastalarda klaritromisin direnci ile ilişkili bilinen üç nokta mutasyon açısından sekans analizi ile wild type saptandı. Bu üç hasta aynı zamanda E-test yöntemi ile de klaritromisin dirençli saptandı. GenoType HelicoDR ve FRET-real-time PCR; hızlı ve kültürden bağımsız, direkt biyopsi örneklerinden çalışılabilen ve hem wild type hem de dirençli H. pylori suşlarını içeren miks enfeksiyonları saptayabilen yöntemlerdir. Bununla birlikte, GenoType HelicoDR testinin en önemli avantajlarından biri özellikle klaritromisin direncinin yüksek olduğu bölgelerde levofloksasin duyarlılığının eş zamanlı klaritromisin ile birlikte saptanabilmesidir. Non-invaziv bir yöntem olarak GenoType HelicoDR testinin dışkı örneklerinde uygulanabilmesi, klinik yaklaşımda antimikrobiyal duyarlılığın tedavi öncesi invaziv girişim olmadan saptanmasını sağlaması nedeniyle büyük önem taşımaktadır.