İnsan bağırsak mikrobiyotasının farklı DNA izolasyon yöntemleri kullanılarak incelenmesi

İnsan mikrobiyotası en yoğun olarak bağırsakta bulunur. İnsan bağırsak mikrobiyatasının (İBM) homeostatik yapısının insan sağlığını olumsuz etkileyebilecek yönde değişimi bağırsak disbiyozisi olarak adlandırılır. Çalışmalarda son yıllarda yeni nesil dizileme (YND) yöntemleri, özellikle 16S rRNA amplikon dizileme hassas, düşük maliyetli ve yüksek çıktılı veri sunmasıyla oldukça yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu tez çalışmasında gönüllülerden (n=3) alınan dışkı örneklerinden üç farklı (Fenol-Kloroform, QIAamp Powerfecal DNA Kit, ZymoBIOMICS Miniprep Kit) yöntem ile bakteriyel genomik DNA izolasyonları gerçekleştirilip ürünlerinin 16S rRNA geni V3-V4 bölgeleri PZR işlemi ile çoğaltılarak Illumina Miseq cihazında dizilendi. 16S amplikon dizileme sonucunda ortalama 83.633 okuma başarısı sağlandı. Ancak taksonomik olarak sınıflandırılabilen ortalama okuma sayısı ise 40.603 olarak belirlendi ve bu okuma derinliğinde elde edilen en anlamlı veri filum düzeyinde gerçekleştirildi. En kapsamlı veri filtreli ticari kitlerle Qiagen (7 filum) ve Zymo (6 filum) elde edilen örnekler ile sağlanmıştır. Fenol klorofom (5 filum) ile elde edilen DNA miktarları çok olmasına rağmen bakteri temsiliyeti bakımından filtreli kitlere göre daha başarısız olduğu görüldü. Örnekler arası karşılaştırmalarda Bacteroidetes filumunun tespitinin filtreli (Qiagen) izolasyonlarda daha etkin olduğu görülmüştür. Bu çalışmanın sonuçlarına göre bakteriyel genomik DNA izolasyon yönteminin bakterilerin tümünün DNA izolasyonunu gerçekleştirmedeki başarısı, biyolojik parametrelerden bağımsız olarak doğrudan mikrobiyal kompozisyonu etkilemektedir.