Kısa ardışık tekrar bölgelerinin ("short tandem repeats" - STR) analizi doku karışıklığına çözüm olabilir mi ve aynı hastada non-neoplastik ve neoplastik bölgeler arası str profilinin karşılaştırılması - Ön çalışma

Bazen patolog, "floater" (bulaş) olarak bilinen, preparat üzerinde morfolojik olarak mevcut dokuya uymayan doku fragmanlarının yorumlanmasında zorluklarla yüzleşebilir. Bu bulaşlar Patoloji laboratuarında spesmenin makroskopik incelenmesi sırasında ve rutin teknik sürecinde doku kalıntılarının çapraz taşınması ile oluşabilir. Ayrıca hastaların doku karışıklığı dokuların kanser veya başka önemli lezyon içerdiği durumlarda belirgin medikal ve yasal güçlük yaratabilir. Patoloji laboratuarlarında formalinle fikse dokuların STR ("short tandem repeats") analizi bu doku karışımları ve bulaşlarını çözmek için bir metod olarak ortaya çıkmaktadır. STR veya mikrosatellitler genom boyunca rastgele dağılmış, çoklu tekrarlanan 2-7 bazlık DNA dizileridir. Bu dizilerin tekrarlanma sayısının farklı olduğu allel sayısı toplumda fazla olduğundan STR lokusları polimorfik niteliktedir. Çoklu STR lokusu bir arada incelenerek gerçekleştirilen STR analizinin iki farklı DNA örneğini ayırım gücü yüksektir. Yapılan çalışmalarla tümör dokularında yaygın genetik instabilite ve formaldehidin sebep olduğu DNA hasarı ortaya konmuştur. Bundan dolayı doku karışımında çözüm için kullanılacak STR lokuslarında da genetik alterasyonlar mümkündür. Ayrıca bazen patolojik spesmenler başka materyalin bulunmadığı durumlarda adli kimlik tespitinde ve babalık testinde başvurulan kaynak olabilmektedir. Bu çalışmada tümör dokularında genetik instabilite ve formalinin sebep olduğu DNA hasarının STR analizini nasıl etkilediğini değerlendirilmek için 10 tümör hastası seçilmiştir. Formalinin sebep olduğu etkileri değerlendirmek için hastaların formalinle fikse olmuş normal dokuları kendi aralarında karşılaştırılmıştır. Tümör dokularındaki genetik instabilitenin STR lokuslarında sebep olabilecek etkilerini incelemk için ise her vakanın normal ve neoplastik alanları kendi içinde karşılaştırılmıştır. Seçilmiş olan tüm vakaların STR profilleri birbirinden farklı saptandı. Neoplastik ve non-neoplastik dokular arasında bir alelin kısmi kaybı, mevcut alellere ek bir alelin ortaya çıkması ve mevcut alelin yerine yeni bir alelin ortaya çıkması şeklinde 3 çeşit değişiklik saptadık. 4 vakada neoplastik dokunun STR lokuslarında bir alelin kısmı kaybı görülmesine karşın tam kayıp izlenmemiştir. 9 vakanın neoplastik dokusunda yeni alel görülmesi yanısıra bunlardan ikisinde yeni aleller normal dokuda bulunan alellerle yer değiştirmiştir. Bu STR değişiklikleri STR analizinin yorumlanmasında zaman zaman güçlük oluşturabilse de alelik paternlerin dikkatli incelenmesi ile STR temelli doku kimlik testi formalinle fikse normal dokular ve tümörlü dokulara karışıklıklarının çözümü için uygulanabilir. Bu test kendine Patoloji laboratuarlarında kalite kontrol iyileştirmelerinde önemli uygulama alanı bulabilir. Anahtar kelimeler: Doku karışıklığı, doku kimlik tespiti, STR analizi, kalite kontrol.