Türkiye'deki yerli tavuk ırkları ve ticari tavuk tipleri arasındaki, MHC gen bölgesindeki, genetik farklılıkların belirlenmesi

Bu çalışmada 30 Denizli, 30 Gerze, 10 Lohmann-LSL beyaz yumurtacı, 10 Brown nick kahverengi yumurtacı ve 10 broiler tavuğuna ait, TAP 1 gen bölgesi için 6. ekzondan 7.ekzona, TAP 2 gen bölgesi için 4. ekzondan 6. ekzona ve Tapasin gen bölgesi için ise 5. ekzondan 6. ekzona kadar olan bölge incelenmiştir. İncelenen tüm ırklarda TAP 1 431 bp, TAP 2 399 bp ve Tapasin' in 448 bp uzunluğunda olduğu belirlenmiştir. Ancak, Tapasin gen bölgesinin dizileme analizlerinde baz dizilimlerinde kesin sonuçlar elde edilememiştir. TAP 1 gen bölgesinde Denizli'de 15, Gerze'de 7, kahverengi yumurtacılarda 8, beyaz yumurtacılarda 8 ve broilerlerde 10; TAP 2 gen bölgesinde ise Denizli'de 16, Gerze'de 14, kahverengi yumurtacılarda 5, beyaz yumurtacılarda 9 ve broilerlerde 13 polimorfik bölge belirlenmiştir.İncelenen tüm gruplar arasında, popülasyon içi genetik uzaklık değeri en yüksek TAP 1 bölgesi için 0,0087, TAP 2 bölgesi için 0,0175, TAP 1 + TAP 2 bölgesi için 0,0123 ile Denizli ırkında bulunmuştur. Popülasyon içi en düşük genetik uzaklık değeri TAP 1 bölgesi için 0,0056 ile Gerze ırkında, TAP 2 ve TAP 1 + TAP 2 gen bölgeleri için sırasıyla 0,0048 ve 0,0063 ile kahverengi yumurtacılarda bulunmuştur. Bu sonuçlar, TAP 1 Gen bölgesi bakımından Gerze ırkının, TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen bölgeleri bakımından kahverengi yumurtacıların diğer ırklara oranla daha homojen yapıda olduğunu, dar bir bölgede yetiştirilmiş ve yakın akraba olabileceklerini, TAP 1, TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen bölgeleri bakımından Denizli ırkının ise diğerlerine oranla daha heterojen yapıda olduğunu ve popülasyon içerisindeki örneklerin yakın akraba olma olasılığının düşük olabileceğini düşündürmektedir.TAP 1 gen bölgesi bakımından popülasyonlar arası genetik uzaklık değerleri en düşük Gerze ve broiler arasında (0,0069 ± 0,0025), en yüksek ise Denizli ile broiler arasında (0,0137 ± 0,0039) tahmin edilmiştir. TAP 2 gen bölgesi bakımından popülasyonlar arası genetik uzaklık değerleri en düşük kahverengi yumurtacı ve broiler popülasyonları arasında (0,0132 ± 0,0039), en yüksek ise Denizli ile beyaz yumurtacı popülasyonları arasında (0,0248 ± 0,0062) tahmin edilmiştir. TAP 1 + TAP 2 gen bölgesi bakımından popülasyonlar arası genetik uzaklık değerleri en düşük Gerze ve broiler popülasyonları arasında (0,0108 ± 0,0023), en yüksek ise Denizli ile beyaz yumurtacı popülasyonları arasında (0,0175 ± 0,0033) tahmin edilmiştir.Neighbor-Joining ağaç yöntemi kullanılarak çizilen İnterior-Branch Test ve Bootstrap Test filogenik ağaçlara göre, iki büyük küme görülmektedir ve bu büyük kümelerden birini Gerze ırkı ve broilerler, diğer büyük kümeyi ise Denizli ırkı ve yumurtacı tavuklar oluşturmaktadır. Tajima Nötraliti Test sonuçlarına göre TAP 1, TAP 2, TAP 1 + TAP 2 gen bölgelerine ait değerler sırasıyla, ? değeri için 0,0097, 0,0183, 0,0136; ? değeri için 0,0065, 0,0106, 0,0084; D değeri için 1,3913, 2,1317, 1,9558 bulunmuştur.Gerze ve Denizli ırklarının genetik uzaklık değerleri ve filogenik ağaç sonuçları bu iki ırkın birbirinden farklı ırklar olabileceği ve farklı bölgelerden köken alma ihtimalini akla getirmektedir.Bu çalışma Denizli ve Gerze yerli tavuk ırklarındaki MHC bölgesindeki TAP 1, TAP 2 ve Tapasin gen bölgelerindeki polimorfizmleri belirlemek, yerli tavuk ırkları ve bu ırklar ile ticari tavuk tipleri arasındaki MHC gen bölgesindeki farklılıkları ortaya koymak amacıyla yapılmıştır. Ayrıca, yerli tavuk ırklarının MHC gen bölgesinde yapılacak diğer genetik çalışmalara alt yapı oluşturacaktır. Sonuçlar, tavuk TAP genleri ve bu genlerin polimorfizm seviyeleri hakkında yapısal bilgileri sağlamaktadır.Anahtar Kelimeler: MHC, Polimorfizm, TAP, Tapasin, Tavuk, Denizli ırkı, Gerze ırkı.