Vitis cinsinde pmeıı (pektin metil esteraz inhibitör) genlerinin biyoinformatik değerlendirmesi ve bazı vitis türlerinde tuz stresinin PMEI genleri üzerine etkisinin in-silico analizi.

Pektin Metil esteraz İnhibitör (PMEI) genleri, bitkiler için çok önemli bir yere sahiptir. Bitkilerde stres yanıtı, bitki gelişimi, meyve oluşumu ve olgunluğu gibi birçok farklı biyolojik süreçte görev almaktadırlar. Bu çalışmada asma (Vitis) bitkisindeki PMEI genleri biyoinformatik analizler aracılığıyla in-silico incelenmiştir. Vitis vinifera türünde 46 gen, Vitis riparia türünde ise 43 gen PMEI genleri olarak saptanmış, VvPMEI ve VrPMEI olarak adlandırılmışlardır. Bulunan filogenetik ağaçlarda aynı sınıfta yer alan proteinlerin motif kalıplarının benzer olduğu görülmüştür. VvPMEI ve VrPMEI hedefleyen miRNA'lar bulunmuş, bu genlerin stres yanıtı ile ilişkileri saptanmaya çalışılmıştır. Vr-PMEI-9, VvPMEI-10, VvPMEI-18, VvPMEI-34 ve VvPMEI-35 genlerinin tuz, soğuk ve kuraklık stresi ile ilişkili olabilecek potansiyel genler olduğu görülmüş, bunun yanısıra meyve oluşumu, renklenme ve olgunlaşma ile ilişkili olabilecek potansiyel hedef genler belirlenmiştir. Ayrıca, veri tabanlarından elde edilen tuz stresine maruz kalmış asma gen dizilerinde gen ekspresyon düzeylerindeki değişimlerin in-silico olarak elde edilip edilmediği FastPCR programı denenerek araştırılmış ve gen ekspresyonundaki değişimleri belirleyebildiği görülmüştür. Sonuç olarak, elde edilen veriler ışığı altında bu çalışmanın daha ileride yapılacak araştırmalara ve ıslah çalışmalarına kaynak olabileceği düşünülmektedir. Tuz stresine ve diğer abiyotik strese dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesinde in-silico çalışmaların zaman ve maliyetten tasarruf gibi birçok avantajının olduğu belirlenmiştir.