30
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Gene expression omnibus (GEO) veribankası kaynakları kullanılarak nöral krest kaynaklı dental kök hücrelerinin, nörojenik rejenerasyon ile ilişkili gen ifade profillerinin karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
Merkezi ve periferik sinir sistemi hücre ve dokuların önemli bir kısmı nöral krest kökenlidir ve diş ve çevresinde yer alan nöral krest kökenli mezenkimal kök hücrelerin nörodejeneratif hastalıklara yönelik rejeneratif terapilerde kullanılabileceği düşünülmektedir. Bu araştırmanın amacı, dental ve periodontal alanda yer alan mezenkimal kök hücre tiplerinin nörodejeneratif hastalıkların tedavisinde kullanım potansiyellerinin, moleküler biyoloji düzeyinde biyoinformatik yöntemleri ile değerlendirilmesidir. Bu araştırmada; Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanında yer alan araştırmalardan elde edilen veriler, Transcriptome Analysis Console ve STRING-db yazılımları kullanılarak analiz edildi. Analizlerde, dental kök hücreler, nörojenik farklılaşma kapasiteleri kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücreler ile karşılaştırıldı. Dental kaynaklı kök hücrelerin, kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücrelere göre nöronal yapıların gelişimi ve fonksiyonuyla ilgili ifade düzeylerinin daha yüksek olduğu görüldü. Bu etkinliğin, ortaya çıkmasında ASPM, SLİT2, PTN ve SEMA3A gibi genler ve ilişkili oldukları proteinlerin rol oynayabileceği belirlendi. Dental kaynaklı kök hücreler, kendi aralarında değerlendirildiğinde ise benzer profillere sahip oldukları görüldü. Dental pulpa kaynaklı kök hücrelerde daha yüksek düzeyde ifade edilen LRRTM2 ve WFDC-1 genler ve ilişkili proteinlerin özellikle sinaptik iletim ile ilgili biyolojik süreçler yer aldığı görüldü. Dental kaynaklı kök hücreler, köken aldıkları nöral krest hücreleri ile kıyaslandığında incelenen 40 binden fazla genden sadece %30'unun benzer düzeyde ifade edildiği görüldü. Sonuç olarak; transkriptom verilerine göre dental kaynaklı kök hücrelerin gen ifade profilleri açısından, kemik iliği kaynaklı mezenkimal hücrelere göre nöronal yapılara yönelik rejeneratif tedaviler için daha uygun oldukları görülmektedir. Anahtar Kelimeler: Dentak kaynaklı kök hücreler, nöral krest hücreleri, nörodejeneratif hastalıklar, dental pulpa kaynaklı kök hücreler, transkriptom
Sağlıklı insan uyarılmış pluripotent kök hücrelerinden kortikal nöron elde edilmesi
Uyarılmış pluripotent kök hücreler kişiye özel tedavi olanağı sağlaması, hastalık modelleme ve ilaç denemeleri açısından benzersiz bir kaynaktır. Hastandan alınan kan veya fibroblast hücrelerinden çeşitli transkripsiyon faktörleriyle veya küçük moleküllerle hedef doku ve organ oluşumu sağlanabilir. Böbrek, kalp, karaciğer, beyin vb. doku ve organlara farklılaştırma imkânı bulunmaktadır. Bunların arasında en ilgi çekici olanı şüphesiz beyindir. Diğer doku ve/veya organların aksine biyopsi imkanının olmaması nedeniyle çalışılması zor bir bölgedir. Hastadan alınan kan ve/veya fibroblast örneğine Yamanaka faktörlerinin transferi ile pluripotentlik özellik kazandırılmasının ardından uygun farklılaşma protokolleri ile sinir hücrelerine veya organoide farklılaşma sağlanabilir. Bu tez çalışmasının amacı sağlıklı insan uyarılmış pluripotent kök hücrelerinden (uPKH) altı adet küçük molekül kullanarak 12-15 gün içerisinde kortikal nöron eldesini sağlamaktır. Bu kapsamda karakterizasyonu tamamlanmış olan sağlıklı insan uPKH'leri kültürde çoğaltılmıştır. Pluipotentsi belirteçlerini koruduğu kontrol etmek amacıyla qPCR ve immun floresan boyamalar ile teyit edilmiştir. Nöronal yönde farklılaşma deneyleri için hücrelere altı küçük molekülden oluşan kokteyller her gün farklı dozlarda uygulanmıştır. Hücrelerin morfolojik durumu her gün ışık mikroskobu altında izlenmiştir. Protokolün sonunda hücrelerden RNA toplanmış ve immun floresan boyamalar yapılmıştır. Yapılan qPCR deneylerinin sonucunda pozitif kontrole göre elde edilen hücrelerde kortikal nöron belirteçlerinden DCX , FOXG1 ve REELİN ifadelerinde anlamlı bir artış gözlenmiştir. İmmun floresans boyamalarda nöron belirteçleri olan MAP2 ve TUJ1 pozitif hücreler gözlemlenmiştir.
APC mutant fare intestinal organoidlerinde WNT yolak modülasyonunun kök hücreler üzerine etkilerinin araştırılması
Kolorektal kanser (KRK) gelişiminin en önemli nedenlerinden bir tanesi WNT sinyal yolağında rol alan genlerin mutasyonlarıdır. Vakaların büyük çoğunluğunda WNT sinyal yolağı yıkım kompleksinde negatif düzenleyici olarak görev almakta olan APC tümör baskılayıcı gen mutasyonlarına rastlanmaktadır. Çok hızlı bir çoğalma ve yenilenme sürecine sahip olan intestinal epitel hücrelerde WNT sinyal yolağı yüksek aktivite göstererek intestinal kök hücrelerin ve doku homeostazının düzenlenmesinde aktif görev almaktadır. APC genine ait mutasyonların çoğunluğu yıkım kompleksinin bir diğer elemanı olan AXIN bağlanma bölgesinde gerçekleşmektedir. Yıkım kompleksi elemanlarında oluşan çeşitli mutasyonlar nedeniyle görevini tam olarak yerine getirememektedir. Β-catenin proteini yıkım kompleksi tarafından sitoplazmik bölgede proteozomal degradasyona uğrayamadığında çekirdeğe translokasyonu gerçekleşmekte ve böylece TCF/LEF transkripsiyon faktörünün düzenlenmesinde görev aldığı WNT hedef genlerinin transkripsiyonel aktivitesini arttırmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında laboratuvarıma özgü mutant ApcΔ750 fare ince bağırsak dokularından üretilen olan intestinal organoidlerde WNT ilişkili genlerden Ctnnb1, Axin2 ve Lgr5 RNA düzeyinde incelenmiştir. Analizlerin sonucunda bu genlerin ifadelerinin ApcΔ750 intestinal organoidlerde yüksek olduğu ispatlanmıştır. Tez çalışmasının birincil amacı olarak, anti-kanser etkisi olduğu bilinen XAV939 ve Niklozamit ilaçlarının ApcΔ750 organoidlere uygulandığında Ctnnb1, Axin2 ve Lgr5 gen ifadelerinin RNA düzeyinde azaldığı gösterilmiştir. Ayrıca immünfloresan boyama tekniği uygulanarak kript ve villus domeynlerindeki Ctnnb1 protein seviyesi incelenmiştir. Böylece XAV939 ve Niklozamitin KRK oluşumu öncülü organoidlerdeki Wnt sinyal yolağını inhibe ettiği ve bununla ilişkili olarak İKH aktivasyonunu baskıladığı gözlenmiştir. Çalışmanın ikincil bir amacı ise laboratuvarımızda üretilen ApcΔ750 fare modelinin in vitro çalışmalarda da başarı sağladığını gösterebilmektir.
Uyarılmış pluripotent kök hücrelerin araştırma amaçlı bankalanmasında standardizasyon ve kalite süreci - bir uygulama modeli: "pedi-stem"
Uyarılmış pluripotent kök hücre (uPKH), vücudun herhangi bir hücresinin genetik yapısı değiştirilerek, bu hücreye laboratuvar ortamında embriyonik kök hücre benzeri pluripotent özellik kazandırılması ile elde edilir. uPKH, başta nadir/kalıtsal hastalıklar olmak üzere, birçok hastalık mekanizmasının anlaşılması, yeni ilaç/hücre/gen araştırma ve tedavilerinin, organoid teknolojilerinin geliştirilmesi alanındaki potansiyeli ile çoklu üretim/bankalama gereksinimi doğmuş olan hücre modelidir. Dünyada, araştırma amaçlı uPKH bankalamanın yanısıra gen tedavisi ilacı olarak tedavide kullanılmak üzere pre-klinik/klinik çalışmalar başlatılmış olup bu hücrelerin tedavide kullanılmak amacıyla bankalanmasında biyolojik/biyoteknolojik ilaçların düzenlemeleri geçerlidir. Ancak araştırma amaçlı uPKH bankalanmasında standardizasyon ve kalite süreci henüz tamamlanmış değildir. Bu tez kapsamında, insan üzerinde kullanılmayacak biyolojik materyalin araştırma amaçlı biyobankalanması için hazırlanmış olan ilk standardın (ISO 20387:2018), bir (uPKH) biyobanka oluşumunda referans alınarak, "uPKH üretim" basamağı ile ilgili kalite unsurlarını belirlemeye yönelik özgün değerlendirmeler, neden-sonuç analizleri (Ishawa diyagramları) ve deneysel çalışmalar yapılmıştır. Bu kapsamda, araştırma amaçlı ulusal bir uPKH banka modeli için bilimsel/yazınsal araştırmaya dayalı iş akışı, organizasyon şeması ve banka birimleri gibi temel bileşenler sunulmuştur. Ayrıca, uPKH üretim/yeniden programlama sürecinde, tanımlanmış hücrelerin erken aşamada ayrıştırılmasında kullanıma yönelik, hücrelerdeki metabolik değişim parametrelerinden mitokondriyal kütle ve aktivite değerlendirmeleri sonucunda ROS parlaklığının, değişen ortam koşullarına duyarlılığı dikkat çekmiştir. ROS temelli bir ölçüm sisteminin uPKH elde edilişinde kullanılabilecek bir kalite süreç bileşeni olabilirliğini destekleyici ileri çalışmalara ihtiyaç vardır. Bu çalışma, araştırma amaçlı uPKH bankacılığına yönelik yapılmış, ilk ulusal tez çalışmasıdır.
Mezenkimal kök hücre yaşlanmasında NF-KB/P65 ve PKNOX2 protein-protein etkileşimlerinin incelenmesi
Mezenkimal kök hücreler in vitro kültürde pasajlamalar sonucu replikatif yaşlanmaya uğrayarak kök hücre özelliklerini kaybeder. Grubumuzun daha önceki çalışmalarında sağlıklı Kİ-MKH'de PKNOX2 proteini ile yapılan ko-immünopresipitasyon (ko-İP) sonrası proteomiks analizlerinde PKNOX2 ile etkileşime giren proteinler arasında yaşlanma ilişkili sekretomların ana düzenleyicisi olarak kabul edilen Nüklear Faktör-κB'nin p65 alt ünitesi (NF-κB/p65) bulunmuştur. Bu tez çalışmasında; 1) kültür ortamında yaşlandırılan Kİ-MKH'lerde PKNOX2 ve p65/RelA protein düzeylerinde değişim olup olmadığının araştırılması, 2) PKNOX2 ve NF-κB/p65 (RelA) etkileşiminin kanıtlanması ve 3) yaşlanma sürecindeki etkileşim değişimlerinin olup olmadığının incelenmesi amaçlanmıştır. Replikatif yaşlanma SA-β-Gal boyaması ve p16, p21 protein seviyeleri ile değerlendirildi. Genomik stres, γH2AX seviyeleri immünofloresans görüntüleme ile tespit edildi. Western blotlama sonuçları, PKNOX2 protein düzeylerinin replikatif yaşlanma ile azalma eğiliminde olduğunu gösterdi. 200 μM H2O2 ile indüklenen oksidatif stresin Kİ-MKH'de genel olarak NF-κB/p65 protein düzeylerini arttırdığını gösterdi. Ko-İP sonrası western blotlama ve in situ proximity ligation assay (PLA) teknikleri ile NF-κB/p65 ve PKNOX2 etkileşimde olduğu in vitro ve in situ tespit edildi. PLA analizleri, NF-κB ve PKNOX2'nin etkileşimlerinin Kİ-MKH'lerinin hem sitoplazma hem de çekirdeğinde mevcut olduğunu gösterdi ve etkileşim düzeylerinin 9. pasajda arttığını ve pasaj 12'de düştüğünü gösterdi.
Hematopoetik kök hücre gen tedavi kültür koşulları ve engrafman optimizasyonu
RAG2, ağır kombine immün yetmezliği (AKİY), nadir görülen, T-/B-/NK+ kalıtsal bir primer immün yetmezliktir (PİY) ve hematopoetik kök hücre (HKH) nakli ile tedavi edilmektedir. Uygun donör bulunmadığında bu hastaların başka tedavi seçeneği olmadığından otolog hücreler kullanılarak gen tedavisi (GT) geliştirilmesine gerek duyulmaktadır. AKİY'lere yapılan nakillerde, HKH'lerin kemik iliği (Kİ)'ne yerleşmesi ve uzun ömürlü engraftman sağlanması için hafif hazırlık rejimleri uygulanmaktadır. RIC'e bağlı toksisite ve yan etkileri önlemek amacıyla alternatif hazırlık rejimi protokollerinin geliştirilmesine de gerek duyulmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında; 1) ex vivo fare HKH kültür koşullarının optimizasyonu yapılmıştır, 2) Busulfan (BU) yerine, zararsız granulocyte-colony stimulating factor (G-CSF) ve very late antigen 4 inhibitörünün (VLA-4I) HKH engraftmanı destekleyebilmesi araştırılmıştır, 3) RAG2 fareler, LV-SF-RAG2co veya LV-UCOE-RAG2co devamlı aktivasyonu sağlayan promotör içeren lentiviral konstraktlar ile transdüse edilmiş HKH'lerle nakledilmiştir. Bu çalışmada kısa dönem ex vivo HKH kültürlerinde sadece mTpo'nun eklenmesi yeterli olduğu gösterilmiştir ve bu koşullar LV transdüksiyonlarda kullanılmıştır. Metilasyona dirençli UCOE promotörü, daha güçlü SF promotörüne göre RAG2 farelerde GT 6 ay sonrası periferik kan ve dalakta daha yüksek CD3 ve CD19 oranları vermiştir. G-CSF veya VLA-4I hazırlık rejimi uygulanan RAG2 farelerin HKH nakli ve HKH GT'den sonra engraftman kinetikleri BU grubundan farklı olmasına rağmen 6 ayda immün hücreleri değerlendirildiğinde hem G-CSF hem de VLA-4I'nin kullanımının BU kadar etkili olduğu gösterilmiştir. Bu tez çalışması ile sadece RAG2 için değil, aynı zamanda diğer AKİY hastalıklarında uygulanabilecek yeni bir hazırlık ve tedavi süreci geliştirilmiştir ve ileride klinikte hastaların tedavi veya tedavi desteği olarak kullanılabilmesi için bir alt yapı oluşturulmuştur.
Methionine metabolism in human fetal, adult and cancer stem cells
Methionine is an essential amino acid critical in protein synthesis and methylation reactions. In this thesis, it is aimed to determine the effect of methionine on different human stem cell groups. Mesenchymal stem cells (MSC) derived from human bone marrow (BM) and umbilical cord blood (UCB), breast cancer stem cells isolated from MDA-MB-231 cell line, were treated with different doses of L-methionine in culture. Cell surface marker and cell cycle assessment were performed by flow cytometry. WST-1 was applied for the cell viability determination. Changes in gene expressions (OCT3/4, NANOG, DMNT1, DNMT3A and DNMT3B, MAT2A and MAT2B) with methionine supplementation were examined by RT-qPCR, the changes in histone methylation (H3K4me3, H3K27me3) levels were demonstrated by western blot analysis and SAM/SAH levels by ELISA. As a result of treatment with 0, 10, 25, 50 and 100 µM methionine, cell viability was determined >80% and methionine application for five hours was determined as a fixed time in future studies. In all three cell groups, the cells were mostly arrested in the G0/G1 phase for each culture condition. It was evaluated that BM-MSCs increased all investigated gene expressions in the culture medium containing 100 µM methionine, in addition to SAM/SAH levels. On the other hand, UCB-MSCs were found to increase OCT3/4, NANOG and DNMT1 gene expressions and decrease MAT2A and MAT2B expressions in culture medium containing 10 µM methionine. Moreover, an increase was observed in the He3K4me3 methylation profile. In addition, OCT3/4, NANOG, DNMT1 and MAT2B gene expressions in CSCs increased more at 50 and 100 µM starting from the addition of 25 µM methionine. An increase was determined in H3K4me3 protein expression at 50 and 100 µM methionine supplemented culture condition. This study demonstrates that methionine plays a critical role in metabolism and epigenetic regulation in different stem cell groups, and induces the maintenance of stem cells by regulating pluripotency-related gene expression and protein levels. Keywords: : methionine, stem cell, pluripotency, methylation, metabolism
Assessment of the role and antioxidative and antiapoptotic effects of delta-opioid peptide d-ala2-leu5-enkephalin on the viability of hematopoietic stem cells
Mammadova A., Assessment of the Role and Antioxidative and Antiapoptotic Effects of Delta-opioid Peptide D-Ala2-Leu5-Enkephalin on the viability of Hematopoietic Stem Cells, Hacettepe University Graduate School of Health Sciences Stem Cell Program Master Thesis, Ankara, 2019. Hematopoietic Stem Cells (HSCs) are adult stem cells with the capacity for self-renewal and differentiation into all blood cell lineages. When HSCs are used for transplantation or gene therapy purposes, they can be exposed to short term cell culture and/or freezing procedures. However, the viability and function of HSCs may be negatively affected by oxidative and endoplasmic reticulum stress induced by these processes. There is a need for the development of novel short term HSC expansion protocols that are highly effective, non-toxic and protect cell viability. Therefore, in the framework of this thesis, the role of Delta Opioid Receptor (DOR) activating synthetic peptid D-Ala2-Leu5-Enkephalı̇n (DADLE) on in vitro expansion, oxidative stress, ER stress and hypothermic storage of HSCs was assessed. Umbilical Cord Blood CD34+ HSCs were exposed to oxidative stress induced by H2O2 and ER stress induced by Tunicamycin (TM) and Thapsigargin (TG). Cell proliferation was assessed using WST-1; cell cycle analysis were done using BrdU; apoptosis was measured with Annexin-V/Propidium Iodide and the formation of Reactive Oxygen Species were assessed using H2DCFDA. RT-qPCR was used to investigate the effect of these stress conditions on gene expression of HSCs. Although DADLE was able to protect HSCs in vitro from oxidative stress and ER stress inducing molecules, DADLE was not able to protect HSCs from hypothermia-induced apoptosis. In this study, the effects of DADLE on HSCs were determined for the first time. Alone or in combination with other anti-oxidants or ER stress protective agents, DADLE might be helpful in the development of novel protocols for the ex vivo expansion of HSCs for clinical use, by promoting their survival through enhanced viability and by supporting their long-term maintenance and/or stemness. Key Words: DADLE, Hematopoietic Stem Cells (HSCs), Oxidative Stress, ER Stress, Hypothermia.
Characterization of acute myeloid leukemia stem cells by niche like coculture system
AML heterogeneity show evidence of hierarchical cellular organization and at the top of this hierarchical structure there is a rare group of LSCs. It was mentioned that there is an association between LSCs and disease prognosis. For better understanding of the leukemogenesis and therapy resistant mechanism, LSC in vitro culture is important and still challenging area. In this study, LSCs were maintained using niche like co-culture system in AML patient samples for long-term culture. Proliferation rate, blastic colony formation capacity, leukemia cobblestone formation capacity and ALDH activity was evaluated for determining the LSC frequency, and their self-renewal and leukemia formation capacity in leukemia population. For short-term culture, proliferation index was determined using CFSE analysis. Unlike healthy donor samples, blastic colony formation and cobblestone area formation were observed in AML samples. Majority of cell populations in the control samples show low ALDH activity whereas, AML samples show intermediate ALDH activity. Besides, in ALDH intermediate population LSC percentage was stable during long-term culture for AML samples. For remission samples the LSC percentage decreased. There was a dispersion among sample proliferation capacity because of the heterogeneity. Selected LSC surface markers (VEGFR-2, CD25, TIM3 ve CLL-1) can be used to determine LSC in leukemia samples for distinguishing HSCs and their expressions levels higher in AML diagnose and relapse samples than remission samples. In conclusion, using this niche like coculture system especially at the time of diagnose and ALDH assay, we can determine the LSC frequency and get information for early prognose. This in vitro assay can be used to assess investigating pathways of chemoresistance and screening of new LSC-targeted therapies.
AML kasumi-3 ve KG-1 hücre hatlarında hücre polaritesindeki değişiklikler ve in vitro hedef tedavisinin etkileri
Giriş: AML moleküler patogenezinin tanımı son yıllarda çarpıcı bir ilerleme kaydetmiştir. Lösemik transformasyon için hayati önem taşıyan iki ana genetik olay türü tanımlanmıştır: hematopoietik farklılaşmayı yöneten miyeloid transkripsiyon faktörlerinde değişiklikler ve sinyal transdüksiyon ara ürünlerinin aktive edici mutasyonları. Hematopoietik progenitör hücrelerdeki transkripsiyonel kontrolü değiştiren moleküler olaylar, büyüme faktörü reseptörleri için mevcut olan sinyal iletim moleküllerinin kompozisyonunu değiştirirken, sinyal transdüksiyon moleküllerindeki aktive edici mutasyonlar, çeşitli transkripsiyon faktörlerinin aktivitesinde ve ekspresyonunda değişikliğe neden olurlar. Bu süreçler birbirine oldukça bağımlıdırlar ve normal miyeloid farklılaşması için çok önemlidir. AML, olgunlaşmamış progenitör hücrelerin klonal büyümesi ile karakterizedir. Artan çoğalma ve apoptoz direnci ve aynı zamanda farklılaşma inhibisyonu bu patojenik olayın merkezinde ve büyüme faktörü reseptör sinyal yolaklarının yapıcı ve/veya anormal aktivasyonuna katkıda bulunması muhtemel görünmektedir. Sinyal transdüksiyon moleküllerinin anormal ve yapısal olarak aktivasyonu primer AML kemik iliği örneklerinin yaklaşık %50'sinde bulunmuştur. Bu aktive edici olayların en yaygın olanı RTK FLT3, N-Ras ve K-Ras, KIT'te ve diğer RTK'lerde gözlenmiştir. Bu mutasyonlardan bazıları için, miyeloid hücrelerdeki aktive etme ve dönüştürme yetenekleri in vitro veya fare kemik iliğinde gösterilmiştir. Bu patogenezde hücre sitosteleti ve polaritesinde olan değişikliklerle bağlı literatürde çok az veri bulunmaktadır. Amaç: Bu çalışmada, AML KG-1 ve Kasumi -3 hücrelerinde Planar Hücre Kutuplaşması yolağı proteinlerinin ekspresyonunun hastalığa bağlı olarak değişikliğini öğrenmek ve bu değişikliğe FLT3 inhibitörleri olan Quizartinib (Faz II), Midostaurin (Faz II) ve Lestaurtinib (klinik deneylerde) moleküllerinin ve Mezenkimal Kök Hücre co-kültürünün in vitro hedef tedavisine ektisini öğrenmek amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: KG-1, Kasumi-3, Kemik İliği Kök Hücreleri ve Mezenkimal Kök Hücre hatları hücre protokolünde de gösterildiği gibi 75 sm2'lik flasklara ekilir. Hücreler 37oC ve %5 CO2 ortamında 1 hafta inkübe edilir. Bu süre zarfında hücrelerin besiyeri değiştirilir, gerektiğinde pasaj yapılır. Gereken sayıya ulaştıktan sonra hücreler 6 kuyucuklu yeni flasklara ekilir. Her flaskta 3 kuyucuğa Mezenkimal Kök hücreler ekilir. Üç flaska Quizartinib, üç flaska Lestaurtinib ve son üç flaska Midostaurin eklendi. Çalışma 3 tekrar olarak yapıldı. 24 saat inkübasyon sonrası flasklardan hücreler alındı ve mRNA ekspresyonu yapıldı. Alınan RNA örneklerinden Taqman Reverse Transciptase Reagents ile cDNA elde edildi. Alınan cDNA materyali jel elektroforezinde kontrol edildikten sonra her gen için önceden ısmarlanmış Tagman hazır primerler ile elde olunan karışımlar Taqman 2x RT-PCR kullanılarak ABI7000 RT PCR cihazına yüklendi. Reaksiyon eş zamanlı olarak ABI7000 makinesinin bilgisayarından gözlemlenmiştir. Cihazdan alınan Ct değerlerinden Ct değeri hesaplandı ve katlama formülü ile Fold Change değerleri hesaplandı. Bulgular: Alınan değerlere göre Planar Hücre Kutuplaşması yolağı proteinlerini kodlayan genlerin ekspresyonunda değişim gözlemlendi. Hedef tedavisinde kullanılan moleküllerin etkisi ile malum genlerin ekspresyonlarında azalma görüldü. Mezenkimal kök hücre ko-kültürü ve FLT3 inhibitörleri kullanılan modellerde Fold Change değerleri ortalama 3 defa azalmıştır. Tartışma ve sonuç: Deney bulgularımıza göre sağlıklı kemik iliği hücrelerine kıyasla, lösemi hücre hatlarında hücre polarite genlerinin ekspresyonu artmıştır. Bunun da lösemi prognozunu negatif etkilediği bilinmektedir. Diğer yandan, Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin ve mezenkimal kök hücre ko-kültürü kullanılan modellerde genlerin ekspresyonu, dolaysıyla lösemi prognozu pozitif etkilendiği sonucuna varılmıştır. Bu sonuçlar, kullanılan FLT3 inhibitörü moleküllerinden Quizartinib, Lestaurtinib, Midostaurin için yeni bir etki mekanizmasını ortaya koymaktadır.
Prostat kanser kök hücresinde senesens etkisinin incelenmesi
Prostat kanseri, erkeklerde en sık rastlanan kanserdir ve dünyada erkeklerde kansere bağlı ölümlerde ikinci sırada yer almaktadır. Günümüzde kanseri anlamak ve yeni tedavi stratejileri geliştirmek için birçok çalışma yapılmaktadır. Dünyada kanser üzerine yapılan tüm çalışmalara rağmen hala etkili bir tedavi yöntemi bulunamamıştır. Bunun nedenlerinden biri olarak da yakın zamanda kanser teorilerinden biri olarak kabul edilen ve tümör başlangıç hücreleri olarak da adlandırılan kanser kök hücreleridir. Kanser kök hücreleri; tümör başlangıcı, progresyon, konvansiyonel terapi direnci, nüks ve metastazdan sorumlu hücrelerdir. Bu bakımdan bu hücreleri anlamak etkili ve yeni tedavi statejilerini geliştirmek için oldukça önemlidir. Ölümsüz hücreler olarak adlandırılan kanser hücreleriyle mücadelede diğer önemli konulardan biri de hücresel senesenstir. Senesens (hücresel yaşlanma), hücre döngüsünün kararlı bir şekilde durması olayıdır ve tümörlerin anormal ortamında oluşan yaygın olan bir stres yanıtıdır. Bununla birlikte senesens kanser başlangıcını sınırlayan güçlü bir tümör baskılayıcı mekanizmadır. Bu nedenle senesensin kanserle olan ilişkisinin tüm yönleriyle aydınlatılması oldukça önemlidir. Ayrıca literatürde senesensin kanser kök hücreleri üzerine ilişkisini anlatan makale yok denecek kadar azdır. Bu alan bakımdan literatürde bir boşluk vardır ve bu çalışma ile birlikte literatüre önemli bir katkı sağlanacağı düşünülmektedir. Bu çalışma kapsamında terapi ile indüklenen senesensle i) başta prostat kanser kök hücrelerinde olmak üzere prostat epitel hücrelerinde, prostat kanser hücre hattında ve kök hücre özelliği bulunmayan prostat kanser hücrelerinde hücresel senesens indüksiyonu gerçekleştirmek, ii) senesensin prostat kanser kök hücrelerinde proliferasyon, hücre döngüsü ve apoptoz gibi davranışlar üzerindeki etkilerinin neler olduğunun ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda floresanla aktive hücre ayırma (FACS) metodu kullanılarak prostat kanser kök hücrelerinin izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Ardından kemoterapötik bir ajan olan Doksorubisinin farklı dozları kullanılarak terapi yoluyla senesens indüksiyon prensibi kullanılarak; hem kanser kök hücrelerinde hem de prostat epitel hücre ve prostat kanser hücrelerinde senesens tetiklenmiştir. İndüksiyonu teyit edebilmek için; senesens ilişikili β galaktosidaz boyama (SA-β gal) ve Ki-67 senesens belirteçleri kullanılmıştır. Senesensin hücre canlılığı, hücre döngüsü ve apoptotik etkileri ise Muse® Cell Analyzer cihazında analiz edilmitir. Bu analizlerin yanı sıra apoptozla ilişkili sinyal yolaklarındaki genler gerçek zamanlı PCR ile analiz edilmiştir. Bu çalışma ile birlikte; senesensin prostat kanser kök hücreleri üzerindeki proliferasyon, hücre döngüsü ve apoptoz etkileri ortaya konmuştur. Subtoksik bir dozda uygulan DOX (10nM, 25 n M ve 50nM ) ile hem kanser kök hücrelerinde hem de diğer hücre gruplarında senesens indüksiyonu sonrasında senesensli hücrelerde düşük Ki-67 seviyesi ve pH 6'da pozitif SA-β gal boyaması saptanmıştır. Bunların yanı sıra hücreler, senesens hücrelerine özgü olan morfolojik değişiklikler göstermişlerdir. DOX ile indüklenen senesens sonrasında hücrelerin G2/M hücre döngüsü kontrol noktasında durdukları saptanmıştır. Bu çalışma ile birlikte apoptoz ve senesens ile ilişkili birçok anlamlı gen saptanmıştır. Tüm bu veriler kanser kök hücrelerin indüksiyonunda terapötik bir ajanın kullanılabileceğini göstermiştir. Bunun yanı sıra proliferasyonu duran prostat kanser kök hücrelerinin hücre döngüsü, apoptotik davranışları ve çeşitli senesens davranışları aydınlatılmıştır.
miRNA kullanılarak NOTCH1 ınhibisyonu ile kanser kök hücre ve tümör mikroçevresinin hedeflenmesi
Pankreas kanseri, 6 ay ortalama hasta sağkalımı ile son derece zayıf sağkalım oranlarına sahip en agresif kanserlerden biridir ve karşılanamayan bir terapötik zorluğu temsil etmektedir. Pankreas kanseri ilerleyişini ve mekanizmaları hala tam olarak anlaşılamamıştır. Yalnızca tümör hücrelerini hedef alan stratejilerin pankreas kanseri hücrelerini ortadan kaldırmada başarısız olduğu ve metastazı, ilaca direnci ve hasta ölümlerini önlediği kanıtlanmıştır. Kanser kök hücreleri hücre göçü / istilası, ilaç direnci ve metastaz özellikleri sebebiyle önemli klinik etkilere sahiptir. NOTCH ve ilişkili sinyal yolaklarının kanser kök hücrelerinde yüksek/artmış aktivite gösterdikleri; bu hücrelerin sürdürülmesi ve sağkalımı için önemli olduğu bilinmektedir. NOTCH1'in pankreas kanseri kök hücrelerinin regülasyonundaki fonksiyonel rolü açıklığa kavuşmamıştır. Planlanan çalışmayla klinikte kullanılan toksik olmayan nanolipozom teknolojisi ile NOTCH1'i hedefleyen miRNA temelli tedavi modeli uygulanmıştır. NOTCH1 hedef alınarak kanser kök hücre özelliklerinin baskılandığı, tümör büyümesi ve yayılmasının durduğu görülmüştür. Tedavi yaklaşımı olarak etkin bir şekilde kullanılabileceği öngörülmektedir .
Ovaryum kanserinin oluşumu ve ilerleyişinde ovaryum kanseri kök hücrelerinden salınan eksozomal miRNA'ların rolü
Ovaryum kanseri jinekolojik kanserler arasında ölüme en çok neden olan genellikle asemptomatik bir kanser türüdür. Tümör kitlesindeki heterojen hücre popülasyonlarının çok küçük bir kısmını oluşturan Kanser Kök Hücreleri (CSC) ise malign progresyona sebep olan, tedaviye yanıtı değiştiren hücrelerdir. Hücresel sinyallemenin ana düzenleyicisi olarak, hem normal hem de kanser kök hücreleri, tümör mikro-ortamını, büyümesini, ilerlemesini ve varsayılan immünolojik fonksiyonu değiştiren çeşitli otokrin ve parakrin sinyalleri orkestra etmek için eksozomlar salgılarlar. Bu eksozom adı verilen endozomal yolak orijinli nano kesecikler (50-180nm) orijinlendiği hücrenin parmak izini taşıması yönü ile özellikle kanserin tanı ve tedavisinde potansiyel belirteçler olma özelliği taşır. Aynı zamanda eksozomlar mRNA ve mikroRNA(miRNA)'lar gibi taşıdıkları kargo içerikleri ile kanser ilerleyişine, immün sistemden ve apoptozisten kaçış, anjiyogenez, invazyon, metastaz gibi onkojenik hedefleri uyararak, antitümör immün yanıtı değiştirerek katkı sağlarlar. Hücreler arası iletişiminde eksozomların ve eksozomal miRNA'ların vasıtası ile bilgi aktarımı kanser gelişimindeki en önemli mekanizmalardan biridir. Ovaryum kanseri kök hücrelerinin (OCSC'ler) onkojenik fenotipi teşvik etmek için tümör mikro ortamları ile nasıl etkileşime girdiği konusunda literatür bilgileri hala eksiktir. Ovaryum kanserinin kompleks mekanizmalar içeren heterojen yapısı nedeniyle tek bir biyobelirteçle tüm alt tiplerinin ve evrelerinin yüksek hassasiyet ve özgünlükle tespit edilmesi mümkün değildir. Bu nedenle tanı ve tedavide tüm vücut sıvılarından elde edilebilen eksozomlar ve serum, plazma gibi vücut sıvılarında korunmuş halde bulunan hücre tipine göre spesifik olan ve kökenlendiği tümör ile ilgili biyobelirteçler içeren eksozomal miRNA'lar kullanılması çok daha büyük bir potansiyel taşımaktadır. Tüm bu bilgiler ışığında bu çalışmada OCSC'lerden türetilmiş eksozomal miRNA'ları ve bu miRNA'ların tümör mikroçevresinin regüle edip düzenleyebilme yeteneğini ortaya çıkarmayı ve böylece bu miRNA'ların ovaryum kanseri hastalarında tanısal olarak kullanılıp kullanılamayacağını araştırmayı hedefledik. Bu tez çalışmasında OCSC'lerden ve OCSC'lerden izole edilen eksozomlardan salınan miRNA'ların ifade düzeyine bakılmış, bu gruplar arasında yüksek oranda değişiklik gösteren miRNA'ların ovaryum kanserinin oluşumu, ilerleyişi, kanser kök hücrelerinin proliferasyonu, invazyonu, migrasyonu üzerindeki rolleri hem in vitro hem de nanolipozom teknolojisi ile primer tümör üzerinde in vivo olarak incelenmiştir. Buna ek olarak OCSC'ler ve eksozomlarında diferansiyel olarak eksprese edilmiş miRNA'ların tümör ile ilişkili makrofaj (TAM) microarray dataları ile de benzerlik gösterdiği, hem OCSC eksozomlarının hem de TAM'ların pek çok ortak miRNA'yı yukarı ve aşağı regüle ettiği gösterilmiştir. Bu microarray verilerinde en çok yukarı regüle olmuş miRNA'lardan biri olan miR-103a-3p'nin, OCSC eksozomlarından salınarak kanser proliferasyonunu, göçünü, istilasını ve anjiyogenezi arttırdığı ve M0 tipi makrofajların immünosupresif M2-tipi makrofajlara polarizasyounu indüklediği de çalışmamız ile ortaya çıkarılmıştır. Bu in vitro etkinin ovaryum kanseri ortotopik fare modelinde nanolipozomal-miR-103a-3p kullanılarak in vivo etkisi de OC hücreleri, CSC'leri ve TAM'lerın tümördeki infiltrasyonu üzerinde gösterilmiştir. Genel olarak çalışmamız, OCSC'lerinin ve OCSC'lerinden salgılanan eksozomların, özellikle onkojenik miR'leri transfer ederek, bunları tümör mikro-ortamı içinde bir ilerleme ve istila aracı olarak kullandığını ve tüm bunlara ek olarak OCSC'lerin bu miRNA'ları TAM'lerin polarizasyonu ve tümördeki infiltrasyonunu sağlamak adına yönlendirerek tümör mikro ortamını ve bu ortamdaki heterojeniteyi regüle ettiğini göstermiştir.
İnsan diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücreler (DPSCS) ile meme kanseri (MCF7) kök hücreleri kokültüründe kanibalizm ve dormansi ilişkisi incelenmesi
Kanser, insidansı her yıl giderek artan evrensel bir hastalıktır ve son yıllarda dünya kanser istatistiklerine göre ölüm nedenleri arasında ilk sırada yer almaktadır. Kadınlarda ise en sık görülen kanser tipi meme kanseridir ve kansere bağlı ölümlere bakıldığında akciğer kanserinin ardından ikinci sırada yer almaktadır. Bu tez çalışmasında kokültüre edilen mezenkimal kök hücreler ile meme kanseri kök hücrelerinde dormansi ve kanibalizm araştırılması hedeflenmektedir. Anormal fagositoz olarak da adlandırılan hücre kanibalizmi, bir hücrenin diğer bir hücreyi canlı olarak yemesidir. Dormansi ise hücrelerin özellikle kanser sürecinde sessiz kaldığı fakat varlığını kaybetmediği süreç olarak söylenebilir. Kanserli hücrenin mikroçevresi dormansi ile ilişkilidir, bu yüzden çevresinde bulunan hücreler ve sinyallerinin direkt etkili olduğu düşünülmektedir. Mezenkimal kök hücreler hem tümör progresyonunda hem de tümör süpresyonunda etkilidir. Bu yüzden mezenkimal kök hücrelerin modülasyonunun kanser hücrelerindeki davranışının tam olarak açıklanması; hem yeni tedavi yöntemleri geliştirilmesi için, hem de günümüzde mezenkimal kök hücrelerin kullanımında yaşanan klinik problemlerin çözülebilmesi için oldukça önemlidir. Bu çalışma ile meme kanseri kök hücrelerinin diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücreler üzerindeki kanibalizm davranışının dormansi süreci üzerinde etkisi olup olmadığını göstermek hedeflenmektedir
Anti-inflamatuvar lipid medyatörler ve mezenkimal kök hücrelerin immünomodülatuvar etkileri arasındaki ilişkinin araştırılması
Mezenkimal kök hücreler (MKH) başlangıçta kemik iliğinden izole edilmiş ve takibinde yapılan çok sayıda araştırma ile yağ dokusu, diş dokuları, fetal dokular gibi değişik kaynaklardan izole edilen yetişkin kök hücreleridir. Bu hücreler kıkırdak, kemik ve yağ hücreleri gibi destek dokularına farklılaşabilmektedir. Ancak onların en önemli kullanım alanları eşsiz immünomodülasyon yeteneklerinden dolayı ölümcül akut graft versus host disease (GVHD) başta olmak üzere farklı otoimmün hastalıklardır. Bu çalışma ile anti-inflamatuvar lipid medyatörler olan Lipoksin A4 ve Resolvin D1 moleküllerinin MKH'lerin immünomodülasyon yeteneklerine olan etkilerini araştırmayı amaçladık. Bu amaçla yağ dokusu kökenli MKH'ler ile aktive edilmiş periferik kan mononükleer hücreleri (PBMC) farklı efektör:target oranlarında ko-kültür ettik. Lipoksin A4 ve Resolvin D1 etkinliğini daha iyi anlamak için MKH'lere 15-lipoksijenaz (15-LOX) genini kodlayan plazmit transfeksiyonu yapılarak aynı deneyleri tekrarladık. Etkinlikleri kıyaslamak için hücre kültürü süpernatantlarından Lipoksin A4, Resolvin D1, IFN-g, IL-4, IL-10 ve IL-17a düzeylerini ELISA yöntemi ile tespit ettik. Bulgularımıza göre Lipoksin A4'ün MKH'lerin immünomodülasyon yeteneklerini özellikle yüksek E:T oranlarında arttırabildiğini gözlemledik. 15-LOX trasnfeksiyonu yapılan hücrelerin immünmodülasyon etkilerinin naive MKH'lere göre anlamlı olarak daha yüksek olduğunu gözlemledik. Sonuç olarak, Lipoksin A4 ve Resolvin D1 moleküllerinin naive MKH'lerin immünomodülasyon yetenekleri üzerinde direk bir etki oluşturmayabileceğini, ancak bu moleküllerin sentezlerinde direk rol alan 15-LOX enzimini eksprese eden MKH'lerin normal hücrelerden daha üstün bir etkiye sahip olduklarını bulduk. Daha kesin sonuçlara ulaşmak için in-vitro deneyler ile bulduğumuz bu verilerin in-vivo modeller ile desteklenmesine gereksinim bulunmaktadır.
Oksitosinin takrolimusa maruz kalmış adipoz doku kaynaklı mezenkimal kök hücre hattı üzerine etkilerinin incelenmesi
Takrolimus (FK 506) organ nakillerinde alıcı bireyde immün cevabın oluşmasını engellemek için kullanılan ve bu etkiyi kalsinörin sinyal yolağı üzerinden T hücrelerinin uyarılmasını engelleyerek yapan kemoterapotik bir kimyasaldır. Metabolik olarak incelendiğinde vücutta temel olarak karaciğerde sitokrom P450 enzim sistemi tarafından metabolize edilen takrolimusun farklı hücreler üzerinde yüksek toksik etkilerinin olduğu bilinmektedir. Mezenkimal kök hücreler doku yenilenmesi ve hücresel tedavide kullanılabilmeleri sebebiyle son zamanlarda oldukça önem kazanmışlardır. Bazı klinik vakalarda organ nakli sonrasında hastaya destekleyici amaçla mezenkimal kök hücreler nakledilmektedir. Mezenkimal kök hücreler immünomodülatör etkileri ve rejenerasyona yardımcı olmaları sebebiyle günümüzde gittikçe yaygınlaşan bir kullanıma sahiptir. Oksitosin, primer olarak insanda nöromodülatör olarak işlev gören ve hipofizin nörohipofiz kısmından salgılanan peptit bir hormondur. Oksitosinin hücreler üzerinde oksidatif strese karşı direnç kazandırmak, proliferasyonu arttırmak ve rejenerasyona yardımcı olmak gibi etkileri vardır. Yapılan çalışmada takrolimus adlı etken maddenin, insan adipoz doku kaynaklı mezenkimal kök hücreler üzerindeki sitotoksik etkilerinin araştırılması hedeflenmiştir. Bunun yanında yine aynı şekilde nöral bir peptit hormon olan oksitosinin, adipoz doku kaynaklı mezenkimal hücreler üzerinde takrolimus kaynaklı oluşan toksisiteyi inhibe edip etmediği araştırılmıştır. İnsan adipoz doku kaynaklı mezenkimal kök hücre hattı üzerinde takrolimusun sitotoksik etkisi WST-1 analizi kullanılarak zaman ve doza bağımlı olarak değerlendirilmiştir. Belirlenen zaman ve doz ile yapılan izobologram analizleri sonucunda madde kombinasyonlarının endeks değerleri belirlenmiştir. Takrolimus ve oksitosinin IC50 dozu (72. saat) insan adipoz doku kaynaklı mezenkimal kök hücreler için sırasıyla 17.44 µM ve 13.43 µM olarak belirlenmiştir. İzobologram analizleri sonucu antagonistik olarak belirlenen iki etken maddenin kombinasyonlarının endeks değerleri ED50: 1.418, ED75: 1.25719, ED90: 1.23533 olarak kaydedilmiştir. Apoptotik ve nekrotik ölüm oranlarını belirlemek amacıyla anneksin V yöntemi uygulanmıştır. Analiz sonucunda apoptotik olmayan, erken apoptotik, geç apoptotik, toplam apoptotik ve ölü hücreler hem yüzde olarak hem de hücre/ml olarak hesaplanmıştır. Oksidatif stres ile birlikte oluşan ve reaktif oksijen metabolitlerinin verdiği zararı belirlemek amacıyla lipit peroksidasyonu, süperoksit dismutaz (SOD) aktivitesi, katalaz (CAT) aktivitesi, glutatyon peroksidaz (GPX) aktivitesi ölçülmüştür. Ayrıca antijen-antikor bağlanma prensibine göre çalışan immünofloresan boyama yöntemi ile hücrelerin içerisinde bulunan yapıtaşları ve meydana gelen kimyasal reaksiyonlar gösterilmiştir. Yapılan çalışmada elde edilen veriler doğrultusunda takrolimusun adipoz doku kaynaklı mezenkimal kök hücreler üzerinde oksidatif stres yaratarak hücrelerin erken apoptoza gitmelerine neden olduğu görülmüştür. Oksitosine maruz bırakılan hücrelerde proliferasyonun arttığı gözlemlenirken takrolimus ve oksitosin kombinasyonlarında takrolimusun hücreler üzerindeki sitotoksik etkisinin azaldığı belirlenmiştir. Çalışma sonunda belirlenen dozun alıcıya modifiye edilmesiyle, hem immünosupresif ilacın hem de mezenkimal kök hücrelerin birbirlerinden negatif yönde etkilenmeden immün sistem üzerinde gerekli baskıyı oluşturacakları düşünülmektedir. Bu duruma bağlı olarak organ nakilleri sonrasında uygulanan tedavi protokollerinde destekleyici olarak oksitosinin kullanımına ışık tutacağı da öngörülen sonuçlar içerisindedir.
Kordon kanı kökenli mezankimal kök hücrelerin kahverengi adipositlere farklılaştırılması
Mitokondriden zengin olan kahverengi yağ hücreleri "depolanmış trigliseritleri" yakarak onların içindeki enerjiyi ısıya dönüştürerek enerji tüketimini sağlayan ve bu özellikleri nedeniyle de diyabet, obezite, ve obeziteyle ilişkili çeşitli metabolik hastalıkların tedavisinde yararlı olma potansiyali olan hücrelerdir. Kordon kanı Mezenkimal Kök Hücre (KK-MKH)'leri Kemik İliği kökenli mezenkimal Kök Hücre (Kİ-MKH)'leri gibi diğer KH kaynaklarından daha az immünojenik olup allojenik ve otolog transplantasyonlarda kullanılabilirler. Şu ana kadar literatürde kordon kanından elde edilen mezankimal kök hücrelerin kahverengi adipositlere farklılaştırılmasını gösteren bir çalışma mevcut değildir. Bu projede kordon kanından elde edilen mezankimal kök hücrelerin in vitro koşullarda kahverengi adipositlere farklılaştırılması ve onların farklılaşma kapasitesi ve etkinliğinin adipoz doku kökenli MKH (AD-MKH)'ler ile kıyaslanması amaçlanmıştır. Çalışmamızda KK-MKH'leri Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalında normal doğum sonrası rutinde atılan 10 adet plasenta ve kordon kanından toplanmıştır. AD-MKH'leri ise Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahi Kliniğinde liposakşın/lipektomi ameliyatı olan 6 adet gönüllü hastadan izole edilmiştir. KK-MKH'lerinin beyaz ve kahverengi adipositlere farklılaşma yeteneği AD-MKH'leri ile kıyaslanmıştır. İzole edilmiş MKH'ler akış sitometri analizi ile karakterize edilmiştir. Akış sitometri sonuçlarına göre hem KK-MKH'leri hem de AD-MKH'leri CD34 ve CD45 yüzey markerleri için negatif iken, CD90 ve CD105 yüzey markerleri için yüksek oranda pozitiflik gösterdiler. 3. pasaj MKH'ler, beyaz ve kahverengi olmak üzere iki farklı farklılaşma besi ortamında kültüre edilerek beyaz ve kahverengi adipositlere farklılaştırılmıştır. Kahverengi adipositleri elde etmek için MKH'ler rekombinant bone morphogenic protein 7 (BMP7) içeren farklılaşma medyumu içinde kültüre edilmiştir. Elde edilen beyaz ve kahverengi yağ hücrelerinin karakterize edilebilmesi için yapılan Oil Red O boyaması sonuçlarına göre, AD-MKH'lerden elde edilen beyaz ve kahverengi adipositler sırasıyla %85 ve %61 kırmızı pikseli gösterirken, KK-MKH'lerden elde edilen beyaz ve kahverengi adipositler ise sadece %3 ve %1,9 oranında kırmızı pikseli göstermiştir. Kahverengi adipositlere özgü UCP1 protein miktarı, Western blot ve floresan mikroskop analizleri ile incelenmiştir. Floresan analiz sonuçlarına göre, hem KK-MKH'lerden hem de AD-MKH'lerden elde edilen kahverengi adipositler farklılaştırılmamış kontrol hücrelerine göre daha fazla UCP1 proteini içermektedirler ancak sadece AD-MKH'lerden elde edilen kahverengi adipositlerin sitoplazmalarında yuvarlak parlayan cisimcikler görülmüştür. Bu cisimcikler literatüre göre bir araya gelen çok fazla sayıda kümeleşmiş mitokondriler olabilir. Western blot sonuçlarına göre KK-MKH ve AD-MKH'lerden elde edilen kahverengi adipositler farklılaştırılmamış MKH'lere göre sırasıyla 4 ve 10.64 kat daha fazla UCP1 proteini eksprese etmektedir (P<0.004). Sonuç olarak, AD-MKH'ler hem beyaz hem kahverengi adipositlere yüksek bir verimlilik ile farklılaşırken, KK-MKH'leri adipositlere çok az bir farklılaşma eğilimi göstermiştir. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlara göre, KK-MKH'leri hem beyaz hem de kahverengi adipositlere farklılaştırılmak için uygun KH tipleri değidir. Böylece adiposit hücrelerin transplantasyonu ile yapılan tedavilerde yada rekonstrüktif cerrahilerde kullanımı AD-MKH'ler gibi olumlu sonuç vermeyebilir. Bunun aksine AD-MKH'ler yüksek bir verimlilik ile kahverengi adipositlere farklılaştırılabildiği için diyabet, obezite ve obeziteyle ilişkili metabolik hastalıkların tedavisinde de yeni umut vaat edici bir tedavi yaklaşımı olabilirler. Bu konuda ileri in vivo ve ardından klinik çalışmalara gereksinim vardır.
Sinoviyal kökenli mezenkimal kök hücrelerin polarizasyonunda yer alan gen-protein expresyonu ve farmakolojik modülasyonu
Amaç: Juvenil İdiopatik Artrit(JIA) patogenez basamakları iyi anlaşılamamış kronik, inflamasyon sebebiyle dokusal erozyonun sonucunda oluşan bir hastalıktır. Hastalık tanısı konulmasında birçok klinik ve laboratuvar kriteri söz konusudur. JIA patogenezinde meydana gelen değişimler arasında immün hücrelerin gruplar halinde Sinoviyal sıvıya migrasyonu da vardır. Bu migrasyon dokunun kendini rejenere etme kabiliyetinde görev alan mekanizmalarda aksamalara yol açmaktadır. Hem sinoviyal hem de sinoviyal sıvıya göç eden immün hücrelerin polaritesindeki moleküler değişimler bu tip immün hasarlanmada önemli olduğu tartışılmaktadır. Hücre içi polarite WNT sinyal yolakları tarafından kontrol edilir. Non kanonik sinyal yolağında görev alan proteinler PARD3, DVL1, SCRIB ve Ca+2 yolağında rol alan DMP1 proteinleri hücrelerin şekillerini, birbirleriyle olan bağlantılarını, stabil durumda formasyonlarını ve ekstrasellüler alandan gelen sinyale bağlı olarak göç etme mekanizmasını kontrol ederler. Bu çalışmada, sinoviyal kök hücre hasar taklit modelinde hücre polaritesinde yer alan proteinlerin fonksiyonel değişimini değerlendirmek için gen ekspresyon düzeylerini saptayarak, JIA patogenezinde hücre polaritesinde yerini ve bu değişimin farmakolojik modülasyonunu araştırmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu amaçla JIA hasar taklidi Sinoviyal kökenli kök hücreleri kültür modelinde immün uyarılar ile polarite değişimi ve farmakolojik modülasyonunu ortaya koymak için bahsi geçen WNT yolağının önemli proteinlerinin ekspresyon seviyeleri ve invitro ilaç etkileri değerlendirilmiştir. Deneyde 6 kuyucuklu 3 plate'de Sinoviyal kökenli kök hücreler kültürlendi. Toplam 18 kuyucuğun 3 kuyusu normal kültür, sırasıyla 3'er kuyusu IL-1, TNF-a, IL-1+TNF-a, IL-1+Canakinumab, TNFa+Adalimumab olacak şekilde 48 saatte bir pasajlanarak 2 pasaj şeklinde manipüle edildi. Ardından kültür ortamından alınan örneklerden mRNA izolasyonu yapıldı ve izole mRNA'lardan Reverse-Transkriptaz PCR ile cDNA elde edildikten sonra cDNAların RealTime PCR ile daha önce sipariş verilen PARD3, DVL1, SCRIB, III DMP1 Taqman hazır probları kullanılarak ekspresyon seviyeleri Ct değeri olarak ABI7000 RT-PCR cihazında ölçüldü. Çıkan sonuçlar Ct hesabı ile değerlendirildi. Bulgular: Değerlendirmelere göre JIA hasar taklitleri ve farmakolojik modülasyonlarda hücre içi polarite yolaklarının değişime uğradığı gözlemlendi. IL-1 ve TNF-a hasar taklitlerinde polarite proteinlerinin ortamda azalmasına sebep olacak bir gen ekspresyonu azalması gözlemlendi. Bunun yanında stabil halde formasyonu koruyan hasar anında mineralizasyon başlangıcı olan DMP1 proteini hasar taklidi ile ekspresyon seviyesini artırmıştır. Farmakolojik modülasyonlarda elde edilen bulgularda ekspresyon seviyelerindeki değişimler daraltılmıştır ancak tamamen durdurulduğu sadece hücre içinde diğer yaşamsal yolaklara da yardım eden DVL1 proteini kodlayan Dvl1 geninde gözlemlenmiştir. Tartışma ve Yöntem: Bulgularımızda elde edilen verilere göre JIA çerçevesinde gerçekleşen hasarın hücre içi polariteye ve dolaylı olarak hücre-hücre bağlantılarına verdiği internal zarardan dolayı kök hücrelerinde dokularda tutunma yetisini kaybettiği ve bunun sonucunda erozyona maruz kaldığı, kök hücrelerin rejenerasyon yetilerinin bağlanma/polarite kaybı sonucunda azaldığı ancak mineralizasyon gibi acil önlemlerin daha iyi çalıştığı kanaatine varıldı.
Hepatoselüler karsinoma ve nöroblastoma hücre hatlarında insan telomerazı htert alt birimi olası glikozilasyon profilinin biyoinformatik ve deneysel yöntemlerle belirlenmesi
Ökaryotik bir ribonükleoprotein olan telomeraz, "hTERT" katalitik alt birimi, "hTR" kalıp RNA'sı ve "p23/hsp90", "SnoRNA", "TEP1", "hnRNAPS C1/2", "La", "L22" ve "hStau" şeklinde bağlı proteinlerden oluşan bir holoenzim komplekstir. Her hücre bölünmesinde, kromozomların uçları (telomerler) kısalmaktadır. Bu kısalma ile birlikte hücresel senesens ve hücre bölünmesinin durdurulması tetiklemektedir. Telomeraz, telomerlere yeni nükleotidlerin eklenmesini katalizleyen (insanda: TTAGGG) bir ters transkriptazdır ve tüm malignant tümörlerin yaklaşık %90'ında belirlenmiştir. İnsan tümör hücrelerinin, evrensel olarak hücresel senesens ve DNA hasar-sinyal yol izlerini baypas ettiği düşünüldüğünde; telomeraz, ilgili moleküler mekanizmalar açısından son derece kritik bir noktada durmaktadır. Bir post-translasyonel modifikasyon olan protein glikozilasyonu, hücre içi ve hücreler arası tanıma, tutunma, sinyal iletimi ve farklılaşma gibi bir çok moleküler ilişkide önemli rollere sahiptir. Özellikle biyolojik tanıma olaylarının büyük bir kısmında bağlanmanın kalite kontrolü ve protein katlanmasında son derece önemlidir. Glikobiyolojinin perspektifinden baktığımızda, çok alt birimli bir ribonükleoprotein olan telomerazın; alt birimlerinin telomeraz kompleksini oluşturmasına ve enzimin katalitik işlevine dair ilgili moleküler mekanizmaların gerekli tanıma ve tutunma reaksiyonlarında glikanların rol oynaması olası görülmektedir. Bu tez çalışmasında, öncelikle hTERT ve farklı türlere ait telomeraz katalitik alt birimi (TERT) amino asit dizilerinde olası glikozilasyon pozisyonlarının biyoinformatik yöntemlerle belirlenmesi; nöroblastoma (SH- SY5Y) ve hepatoselüler karsinoma (Hep G2) hücre hattı örneklerinde, western ve lektin blotlama yöntemleriyle, olası glikanların deneysel olarak incelenmesi ve karşılaştırılması amaçlanmıştır. Yapılan biyoinformatik çalışma sonucunda: TERT proteini amino asit dizisi bakımından farklı türlerde karşılaştırıldığında, bu dizilerin türler arasında yüksek oranda korunduğu ve protein sekonder modellerinde katlanma motifleri açısından farklılıklar olduğu görülmüştür. Homo sapiens hTERT amino asit dizisinde olasılıkla bir N-bağlı ve birden çok O-bağlı glikozilasyon pozisyonu tespit edilmiştir. Ek olarak, Canis familiaris, Bos taurus, Rattus norvegicus ve Mus musculus TERT amino asit dizilerinde de olası O-bağlı glikozilasyon pozisyonları tespit edilmiş olup Rattus norvegicus ve Mus musculus TERT aminoasit dizilerinde olası iki N-bağlı glikozilasyon pozisyonu olduğu görülmüştür. Biyoinformatik verileri destekler şekilde, SH-SY5Y ve Hep G2 hücreleri nukleus lokalizasyonunda, hTERT'e bağlı N-asetilglukozamin (GlcNAc) ve sialik asit (Sia) belirlenmiştir. Her iki hücre hattında da en yoğun şekilde hTERT'e bağlı GlcNAc bulunmuştur. Hep G2 hücrelerinde ek olarak hTERT'e bağlı mannoz tespit edilmiştir. Her iki hücre tipine ait hTERT'de uç şeker olarak belirlenmiş olan α2,6 bağlı Sia'ların, O- ve/veya N-bağlı glikozilasyonla ilişkili olabileceği; hTERT ve etkileştiği bir protein olan TEP-1'in bağlanmasıyla ilgili moleküler reaksiyonlarda, tanıma ve tutunmada rollerinin olabileceği tartışılmıştır. Anahtar kelimeler: Telomeraz; hTERT; Glikozilasyon; Nöroblastoma; Hepatoselüler karsinoma, Sialik asit, GlcNAc, Mannoz, Western/Lektin blotlama
Farklı mezenkimal kök hücre hatlarının inflamatuvar hasarlanma sonrası rejenerasyon kapasitelerinin karşılaştırılması
Ekstrasellüler matriks immün inflamasyon aracılı oluşan patogenezi tam olarak anlaşılmış ancak rejenerasyon etkisi birçok dokuda örneklenmemiş durumdur. İnflamasyon sebebiyle ekstraselüler matriks proteazlarına maruz kalan dokularda immün hasarlanma oluşur ve hücresel aracılı sıvılarda artış gözlenir. Bu durumda bu hasarlanma sonucu dokularda şişlik kızarıklık ve ısı artışı oluşur ki bu da ağrı ve haraket kısıtlılığına sebep olur. Bundan dolayı bu tip patogenezlerde kök hücrelerin moleküler değişimi ve bu hasarlanmanın hücresel rejenerasyonu literatürde aktüel olarak tartışılmaktadır. Kök hücrelerin hasarlı dokudan göç sebebiyle hasarın yaşandığı ekstrasellüler matrixe göç etmesi ve bunun sonucu bazı doku onarım mekanizmalarının aksamaya uğraması dokudaki yıkımı hızlandırmaktadır. Kök hücrelerin rejenerasyon yapabilmek için mikro çevre nişlerine ihtiyacı vardır. Rejenerasyon mekanizmaları üzerine yapılmış birçok araştırmada kök hücrelerde işleyen yolaklar iyi anlaşılmıştır. Tezimde bu yolaklar üzerinde görev alan JUNB, MEPE, MMP13, MMP2 proteinlerine yoğunlaştım. Bu genlerin kodladığı proteinler kök hücrelerin yeniden modellenmesi, asimetrik bölünmesi, doku onarımı gibi önemli işlevlerde görev alırlar. Tezimde dokuda gerçekleşen inflamasyonun doku rejenerasyon mekanizmalarına olan etkisi kök hücre migrasyonunda işlev kaybettiği savunuldu. Dokuyu rejenere etme kabiliyetlerinin kaybetmelerinin sebebi olarak mikro çevre nişlerinin bozulması ve tutunma yetilerinin azalması olduğu düşünüldü.
Farklı kaynaklardan elde edilen mezenkimal kök hücrelerin diyabetik yara iyileşmesine etkisi
Mezenkimal kök hücreler (MKH) deri yara iyileşmesinde etkili bir yöntem olarak gelişmeye devam etmektedir. Kök hücrelerin elde etme kolaylığı, düşük immünojenisite gibi diğer özellikleri, doğal yara iyileşmesi fizyolojisindeki nihai rolleriyle birlikte onlara rasyonel, güvenli ve aynı zamanda efektif bir terapötik yaklaşım getirmektedir. Bu çalışmada dental pulpa ve yağ dokudan elde edilen mezenkimal kök hücrelerin deneysel olarak sıçanlarda oluşturulan diyabetik ayak iyileşmesine ve TNF alfa, IL-1,IL-6 ve IL-10 ekspresyonuna etkisi karşılaştırmalı olarak araştırıldı. Çalışmada 24 adet erkek sıçan kullanıldı. Sıçanların 6 tanesi kontrol olarak kullanıldı. Tek doz 55 mg/kg intraperitoneal streptozotosin uygulaması ile 18 sıçanda diyabet oluşturuldu. Tüm sıçanların ayaklarında 5 mm çapında skar alanları oluşturuldu. 18 sıçanın 6 tanesi diyabetik kontrol olarak kullanılırken 6 tanesine 1x 106 dental pulpa kökenli mezenkimal kök hücre 6 tanesine 1x106 yağ doku kökenli mezenkimal kök hücre lokal olarak uygulandı. Sıçanlar kök hücre uygulamasını takiben 10. Günde sakrifiye edilerek deri dokuları alındı. Deri dokusunda kök hücrelerin proinflamatuar sitokinlerden TNF alfa, IL-1 ve IL-6, anti-inflamatuar sitokinlerden IL-10 ekspresyonuna etkisi immunohistokimyasal olarak incelendi. Kök hücre uygulaması yapılan gruplarda yara iyileşmesinin tedavi görmeyen gruba göre daha iyi olduğu tespit edildi. Mezenkimal kök hücre uygulamasının IL-1 ekspresyonunu azaltırken IL-10 ekspresyonunu artırdığı bulundu. Histokimyasal ve immunohistokimyasal bulgularımız yara iyileşmesi açısından dental pulpa ve yağ doku kök hücreleri arasında fark olmadığını gösterdi. Anahtar Kelimeler: Mezenkimal Kök Hücre, Diyabetik Yara, Dental Pulpa Kök Hücre, Adipoz Kök Hücre, Yara İyileşmesi
Çip üzerinde karaciğer kanseri platformunda ilaca bağlı karaciğer endotel hasarının incelenmesi
Amaç: Günümüzde hastalıklı dokuların morfolojik ve fonksiyonel rekonstrüksiyonu için mikroakışkanlardaki son gelişmelerle birlikte, tasarlanmış in vitro sistemlere damar hücreleriyle birlikte vasküler bileşenler dahil edilmiştir. Bu sayede hemodinamiğin ve ilaçların/çözünür faktörlerin mikroakışkan perfüzyon kanalı yoluyla hepatosellüler kanser (HCC) ile birlikte sağlıklı ve hastalıklı 3B karaciğer mikroçevresinin gerçeğe daha yakın modellenmesine olanak tanımaktadır (Lauschke, 2019). Kemoterapötik ilaçlar karaciğer kanseri üzerinde etkili olmasına rağmen kanser hücrelerine karşı seçici değildir ve sağlıklı hücrelere de etki ederek toksisiteye neden olabilmektedir. Çalışmamızda, 3B karaciğer kanser modeli oluşturularak karaciğer kanserinde kullanılan bir kemoterapi ilacının (Siklofosfamid) endotel hücrelerine etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Endotel hücrelerinin monolayer statik kültürde ve çip üzerinde karaciğer kanser platformu içerisinde 24 ve 96 saat siklofosfamide maruz bıraktıktan sonra ilacın toksik etkisini belirlemek için canlı/ölü boyama ile canlılık analizi, flow sitometri analizi ile hasar belirteci doku faktörünün (CD142) ekspresyonu, ilaç uygulaması sonrasında hücrelerin canlılık ve proliferasyonu (MTT yöntemi ile) ve endotel hücre yüzey belirtecinin (CD31/PECAM1), immunofloresan işaretlemesi yapılarak morfolojik değişiklikleri incelenmiştir. Bulgular: Siklofosfamid'in hem monolayer statik kültür ve 3B dinamik kültürü yapılan endotel hücrelerinin canlılık oranını düşürdüğü gözlemlendi. İkili kültürü yapılan deney gruplarının ilacın etkisine karşı daha dayanıklı olduğu İF işaretleme ve canlı/ölü boyama analizleri ile görüldü. Sonuç: Tez çalışmasında özellikle CD31 ve CD142 belirteçlerinin Siklofosfamid'in endotel hücreleri üzerinde olan hasarı belirlemede yardımcı olabileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Üç boyutlu biyobaskılama yöntemiyle akciğer kanser kök hücreleri kullanılarak In-Vitro ko-kültür sisteminde akciğer üç boyutlu tümör mikro-çevresinin oluşturulması
Amaç: Doku mühendisliği ve rejeneratif tıpta en çok kullanılan yöntemlerden biri olan 3 boyutlu (3B) biyobaskı teknolojisi, kök hücre çalışmaları ve ilaç araştırmalarının da içerisinde olduğu birçok fizyolojik mekanizmanın aydınlatılmasında kullanılan önemli bir tekniktir. Bu teknolojideki ilerlemelere rağmen tam anlamıyla küçük hücreli dışı akciğer (AC) kanseri (A549) modelleri gerçek AC tümör dokusunu taklit etmekte yetersiz kalmaktadır. Bu çalışmada in vivo tümör mikroçevresini morfolojik ve fonksiyonel bir 3B organoid tipte biyobaskı yöntemiyle oluşturabilmek için; AC kanser kök hücreleri, insan endotel hücreleri (EA.hy926) ve sağlıklı AC epitel hücrelerinin (BEAS-2B); tümör mikromimarisi ve hava-sıvı arayüzeyine uygun olarak 3B biyobaskılanması ve karakterizasyonu amaçlandı. Yöntem: EA.hy926 hücreleri in-vivo mikromimari düzenine uygun olarak transwell membrana ekilerek kaplandı. BEAS-2B ve KKH hücreleri özelliklerine uygun olarak geliştirdiğimiz iki tip biyomürekkep kullanılarak 3B biyobaskılanarak hava-sıvı arayüzeyinde kültür edildi. Elde edilen AC 3B tümör mikroçevresi organoidinde canlı/ölü, SEM, histokimya ve immunofluoresan analizleri ile karakterize edildi. Bulgular: Hem biyomürekkep 1'in (BEAS-2B hücreleri) hem de biyomürekkep 2'nin (BEAS-2B ve AKKH) hücre canlılığı, por çapı ve hücre boyutları açıcından in vivodaki mikromimarisine ve hücreye spesifik olan belirteçlerine uyumlu olduğu görüldü. Sonuç: Geliştirilen bu biyomürekkepler, biyobaskılama tasarımı ve hava-sıvı arayüzeyi modellerinin; ileride tümör mikroçevresinde bulunan diğer hücrelerin de eklendiği ve uzun süreli kültüre olanak tanıyan biyoreaktörler kullanılarak kurgulanan çalışmalara ihtiyaç duyulduğu düşünülmektedir.
Ön koşullandırma ile eğitilmiş insan Warton jeli kökenli mezenkimal kök hücrelerin immunoterapötik yeteneklerinin araştırılması
Başlık: Ön Kоşullandırma ile Eğitilmiş İnsan Whartоn Jeli Kökenli Mezenkimal Kök Hücrelerin İmmunоterapötik Yeteneklerinin Araştırılması Amaç: Bu tez çalışmasının amacı, immünmodülatif özellikleri bakımından diğer mezenkimal kök hücre (MKH) kaynaklarına göre belirgin avantajlara sahip olan insan göbek kordonu bağ dokusundan elde edilen Wharton jeli MKH'lerinin (iWJ-MKH), önemli bir pro-inflamatuar sitokin olan interferon gama (IFN-γ) ile önkoşullandırılarak immünosupresif etkinliğinin artırılmasını sağlamak ve bu etkinin in vitro bağışıklık sistemi modeli olarak kullanılan insan T hücreleri üzerinde detaylı biçimde değerlendirilmesidir. Yöntem: Periferik kandan izole edilen ve in vitro bağışıklık sistemi modeli olarak kullanılmak üzere PHA ile aktive edilen T hücreleri, IFN-γ ile önkoşullandırılmış iWJ-MKH'ler ile kokültür edildi. Önkoşullandırma sonrası iWJ-MKH'lerde IDO ve PGE2 düzeyleri ELISA yöntemiyle kantitatif olarak analiz edildi. IFN-γ'nın iWJ-MKH'lerin T lenfositler üzerindeki immünosupresif etkisine katkısını değerlendirmek amacıyla kokültür sonrası; hücre canlılığı ve proliferasyonu (CCK-8), apoptoz oranı (Annexin V/PI boyama), hücre döngüsü dağılımı (flow sitometri ile hücre döngüsü analizi), anti ve pro-inflamatuar sitokin düzeyleri (TGF-β1, IFN-γ), regülatör T hücre (Treg; CD4⁺CD25⁺Foxp3⁺) oranı, T-bet düzeyi ve T hücrelerine özgü yüzey belirteçleri/gen ekspresyonları (CD3, CD4, CD25, CD45, CD4⁺CD8 ve CD69) analiz edildi. Bulgular: IFN-γ ile önkoşullandırılan iWJ-MKH'lerde IDO ve PGE2 düzeylerinde anlamlı bir artış tespit edildi. Kokültür uygulaması sonrasında ise T hücrelerinde proliferasyonun azaldığı, apoptoz oranının arttığı ve Treg hücre oranında belirgin bir yükseliş olduğu gözlemlendi. Sonuç: Elde edilen bulgular, IFN-γ ile önkoşullandırılan iWJ-MKH'lerinin immünomodülatör kapasitesinin arttığını ve T lenfosit yanıtlarını baskılama yeteneklerinin güçlendiğini göstermiştir. Ayrıca, bu immünosupresif etkinin uygulanan doz ve maruziyet süresine bağlı olarak artış gösterdiği belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: İnsan göbek kordonu kök hücreler, interferon gama, ön koşullandırma, hücresel tedavi, immünosüpresif tedavi.
İlaçla uyarılmış karaciğer hasarında mezenkimal kök hücre kaynaklı rejeneratif etkinin araştırılması
Bаşlık: İlаçlа uyаrılmış kаrаciğеr hаsаrındа mеzеnkimаl kök hücrе kаynаklı rеjеnеrаtif еtkinin аrаştırılmаsı. Аmаç: Kаrаciğеr, mеtаbоlizmа, dеtоksifikаsyоn vе hоmеоstаzdа mеrkеzi işlеvlеri оlаn hаyаti bir оrgаndır. Mеzеnkimаl kök hücrе (MKH) tеrаpisi, kаrаciğеr hаsаrlаrının tеdаvisindе umut vаdеdеn bir yаklаşımdır. Bu çаlışmаdа, Whаrtоn jеli kаynаklı MKH'lеrin (WJ-MKH) аsеtаminоfеn (АPАP) ilе indüklеnеn hеpаtоtоksisitе üzеrindеki pоtаnsiyеl rеjеnеrаtif еtkilеri in vitrо kоşullаrdа аrаştırılmıştır. Yöntеm: WJ-MKH dоz оptimizаsyоnu gеrçеklеştirildiktеn sоnrа, kаrаciğеr fizyоlоjisini tаklit еdеn mikrоаkışkаn bir mоdеldе hеpаtоsit, еndоtеl hücrеlеri vе WJ-MKH'dеn оluşаn üçlü hücrе kültürü оluşturulmuştur. АPАP'ın fаrklı kоnsаntrаsyоnlаrının еtkilеri MTT sitоtоksisitе tеstiylе dеğеrlеndirilmiş, IC50 dеğеri bеlirlеnmiştir. Оptimum dоzdа cаnlı/ölü hücrе bоyаmаlаrı vе аpоptоz аnаlizlеri gеrçеklеştirilmiştir. İmmünоflоrеsаn bоyаmаlаrlа АFP, NRF2, HNF4α vе VЕ-Kаdеrin bеlirtеçlеrinin еksprеsyоnlаrı incеlеnmiştir. Bulgulаr: АPАP uygulаmаsı hücrе cаnlılığını аzаltmış, üçlü kültür mоdеli isе hücrеsеl bütünlüğü kısmеn kоrumuştur. АFP vе NRF2 еksprеsyоnlаrındаki dеğişikliklеr, hücrеlеrin hеpаtоtоksisitеyе kаrşı sаvunmа mеkаnizmаlаrını аktivе еttiğini göstеrmiştir. HNF4α vе VЕ-Kаdеrin düzеylеrindе isе bаzı kоşullаrdа аzаlmа gözlеnmiştir. Dinаmik kültür оrtаmı, stаtik mоdеlе kıyаslа bаzı bеlirtеçlеrdе fаrklılаşmаlаrа yоl аçmıştır. Sоnuç: WJ-MKH'lеrin АPАP ilе оluşturulаn kаrаciğеr hаsаrındа rеjеnеrаtif yаnıtı dеstеklеyеbilеcеği, üçlü kültür mоdеlinin vе dinаmik mikrоçеvrе kоşullаrının dаhа fizyоlоjik yаnıtlаr еldе еtmеktе аvаntаj sаğlаyаbilеcеği dеğеrlеndirilmiştir. Bu tеz çаlışmаsı BАP TYL-2024-3141, TUBİTАK 1004 20АG003 vе 20АG031 vе TUBİTАK 2218 122C158 prоjеlеri ilе dеstеklеnmiştir. Аnаhtаr Kеlimеlеr: Аsеаtminоfеn, MTT, Whаrtоn jеli kаynаklı mеzеnkimаl kök hücrе, İlаcа bаğlı kаrаciğеr hаsаrı
Allojeneik hematopoietik kök hücre nakli yapılan hastalarda akut graft versus host hastalığı ve kronik graft versus host hastalığı'nın retrospektif değerlendirilmesi
Enfeksiyon proflaksisinde, immünsüpresif stratejilerde, DNA bazlı doku tiplendirmesinde ve destekleyici bakım önlemlerinde kaydedilen gelişmelerle birlikte allojeneik hematopoietik kök hücre nakli (Allo-HKHN) ile önemli oranda hastalık kontrolü ve kür sağlama başarısı sağlanmıştır. Graft Versus Host Hastalığı (GVHH) da Allo-HKHN sonrasında görülen en ciddi morbidite ve mortalite nedeni olan komplikasyonlardan biridir. Bu gözlemsel çalışmanın amacı; Allo-HKHN yapılan hastalarda nakil sonrası GVHH'nin görülme sıklığı, akut GVHH (aGVHH) ve kronik GVHH (krGVHH) gelişiminde ki risk faktörlerinin belirlenmesi, proflakside kullanılan ilaçların GVHH gelişimi üzerine etkisi, GVHH'nin mortalite ve morbidite üzerine etkisini araştırmaktır. Çalışmada Adnan Menderes Üniversite Hastanesi ve Özel Kent Hastanesi Erişkin Kemik İliği Nakil Merkezlerinden Ocak 2013 ile Mayıs 2019 tarihleri arasında Allo-HKHN yapılan ve yeterli dosya verilerine ulaşılan 162 hasta GVHH açısından geriye dönük olarak değerlendirildi. Hastaların tıbbi değerlendirme ve izlem amaçlı yapılmış olan laboratuvar incelemeleri, patoloji ve epikriz raporları hastane otomasyon sisteminden ve hastanede kayıtlı dosyalarından elde edildi. Çoğunluğunu akut lösemilerin oluşturduğu Allo-HKHN yapılan hastaların %54,3'ünde nakil sonrasında GVHH tanısı saptandı. GVHH tipinin ve derecesinin sağkalım sürelerini etkilediği görüldü. Sağkalım süreleri açısından GVHH tipinden en çok etkilen tanı AML idi. CMV-Reaktivasyonunun pozitifliği ile GVHH tipi arasında da anlamlı bir ilişki bulundu. GVHH'den en sık etkilen organ deri olarak saptandı. Enfeksiyon en sık ölüm nedeni olarak saptanırken, GVHH'den ölen hastaları oranı %3,06 idi. Bu çalışma sonucunda GVHH tipi ve derecesi ile CMV-Reaktivasyonunun sağkalımı çok önemli oranda düşürdüğü gösterilmiştir. Ayrıca aGVHH derecesinin de özellikle AML tanılı hastaların sağkalımını ciddi oranda düşürdüğü gösterilmiştir.
Fankoni anemisi kemik iliği mezankimal kök hücrelerinde hox ve tale transkripsiyon faktörleri: Gen ifadeleri ve protein etkileşimleri
HOX/TALE proteins maintain tissue identity and their altered expression is seen in many cancers. The main aim of this thesis is to evaluate whether HOX/TALE gene expression changes due to genomic instability. To answer this question, Fanconi anemia (FA) bone marrow mesenchymal stem/stromal cells (BM-MSCs) were investigated. FA is an inherited bone marrow (BM) failure disease, which shows cancer predisposition due to genomic instability. FA BM-MSCs were characterized at molecular and cellular level compared to donors. The gene expression profile was evaluated by RT-qPCR. Differentially expressed gene was further analyzed to define its function related to BM-MSCs biology, as well as, to assess its interactions with the members of FA/BRCA pathway using co-immunoprecipitation (Co-IP). PKNOX2 expression significantly decreased in FA cells compared to donors, and its expression was stimulated by rTGF-β1 treatment. When BM-MSCs, transfected with PKNOX2 expression plasmid (PKNOX2:MSC) were characterized, decrease in CD105 level and lateral motility were observed. Co-culture assays of cryopreserved CD34+HSCs on PKNOX2:MSCs displayed increase in CD34+CD38+ percentage and clonogenic capacity. Proteome analysis following Co-IP revealed that a total of 219 proteins directly interacted with PKNOX2, but FA/BRCA pathway members were not among these proteins. However, interactors of PKNOX2 interactome may regulate double-strand break repair via NHEJ, HSC differentiation and G2/M transition. In conclusion, decrease in PKNOX2 expression of FA BM-MSCs may cause cell cycle arrest, increase in NHEJ-related gene expression and trigger the formation of genomic unstable microenvironment that can promote hematopoietic defects seen in patients.
Değişik kaynaklı MKH'lerin detaylı karakterizasyonu, lenfohematopoezi destekleyici özellikleri ve izolasyonunda cd271 antijeninin önemi
Mezenkimal Kök Hücreler (MKH), kendini yenileyebilen multipotent hücrelerdir ve rejeneratif tedavilerin temelini oluşturmaktadır. CD271 antijeni, kemik iliğinden (Kİ) saf MKH izolasyonu için kullanılan en etkin belirteçtir. Bu tez kapsamında; CD271 antijeni kullanılarak insan Kİ'nden MKH izolasyonu ve karakterizasyonu yapılmıştır; plastiğe aderan Kİ-MKH ve CD271+ kök hücrelerin (KH), koloni oluşturma kapasitesi, immün profili, proliferatif ve farklılaşma kapasiteleri kıyaslanmıştır. Ayrıca CD271 antijeninin, fetal dokulardan saf MKH izolasyonu için kullanılıp kullanılamayacağı araştırılmıştır; Kİ-kaynaklı MKH ve CD271+ KH'lerin fonksiyonu ve lenfohematopoetik desteği karşılaştırılmıştır; lenfohematopoetik farklılaşmasına desteğini anlamak için NOTCH reseptör ve ligandların ifadelerine bakılmıştır. CD271 antijeni düşük oranlarda Kİ'nde ifade edilse de, CD271+ KH'ler; Kİ'nin tüm koloni oluşturma kapasitesine sahip ve aderan Kİ-MKH'ler ile benzer bir immünofenotip, farklılaşma profili, sitokin salınımı ve NOTCH reseptör ve ligand ifadeleri göstermekte olup, benzer şekilde hematopoetik hücre desteğini sağlamaktadır. Ancak, CD271 antijeni Kİ'nden saf MKH'lerin izolasyonunda kullanılabilirken, fetal dokulardan saf MKH izolasyonu için kullanılamamaktadır. Bu sebeple; plasenta koryon (PK), plasenta amniyon (PA) ve göbek kordonundan (GK) MKH saflaştırılması için farklı izolasyon ve/veya kültür koşullarının optimizasyonu gerekmektedir. Medyuma salınan sitokin profiline ve NOTCH reseptör ile ligand ifadelerine bakıldığında, CD271+ KH'ler ve Kİ-MKH'ler birbirine yakındır. Ancak, fetal dokulardan izole edilen MKH'lerin profilleri birbirine yakın iken, Kİ'nden izole edilen MKH'lerden belirgin farklar göstermektedir. Bu farklar; ex vivo Hematopoetik kök hücre'lerin (HKH) çoğaltılması ve lenfohematopoetik farklılaşmaya olan desteği bakımından büyük önem taşıdığı için, klinik açıdan tartışılmıştır.
Hipoksinin kanser kök hücrelerine etkisinin incelenmesi
Hipoksi, oksijen eksiği olarak tanımlanan bir ortamdır ve kanser kök hücrelerinin karakterinin devamlığını sağlaması nedeniyle tümörlerde önemli bir role sahiptir. Bu çalışmanın amacı, kanser kök hücrelerinin 2 boyutlu (2B) ve 3 boyutu (3B) kültürlerde hipoksik şartlar altında davranışlarını ve karakterlerini incelemektir. Çalışmada, CD133 yüzey proteini ile karakterize edilmiş olan osteosarkoma kanser kök hücreleri, manyetik aktiflenmiş hücre ayırım (MACS) tekniği ile osteosarkoma kanser kök hücrelerinden izole edilmiştir. Kontrol grubu olarak da satın alınmış olan osteosarkoma kanser kök hücre hattı (OKKH, Celprogen Inc.) kullanılmıştır. OKKH, CD133+ ve CD133- hücreler 3 gün boyunca hipoksik (%1 O2) ve normoksik (%21 O2) koşullarda kültive edilmiştir. 3B model için bakteriyel selüloz doku iskelesi kullanılmıştır. Hücrelerin 3 boyutlu morfolojileri SEM analizi ile incelenmiş, kantitatif PCR, ALP aktivitesi ve immünohistokimyasal boyama ise kanser kök hücrelerinin 2B ve 3B olarak hipoksik şartlar altında karakterlerinin incelenmesi için uygulanmıştır. Hücre canlılığı 3. ve 7.günlerde MTT analizi ile gösterilmiştir. Bu çalışma, kanser kök hücre davranışını ve in vitro tümörigenezin çalışılması için bir 3B hipoksik tümör model olarak da tanımlanabilir. Bu tez projesi Aliye Üster Vakfı tarafından desteklenmiştir.
Regülatör hücrelerin kronik böbrek hastalığına bağlı vaskülopatideki rolü
Kronik Böbrek Hastalığında (KBH) en önemli morbidite ve mortalite nedeni kardiyovasküler hastalıklardır (KVH). KBH'li çocuklarda KVH, gizli ve sinsi olarak başlamaktadır. KVH oluşumunda metabolik ve immünolojik faktörler sorumlu tutulmaktadır ve kardiyovasküler tutulumun KBH'nin hangi evresinde başladığı, sıklığı ve nedeni hakkında kanıtlanmış kesin bir bilgi yoktur. İmmün sistem hücrelerinden T lenfosit ve alt gruplarının ( Th1, Th2, Th17 ), B lenfosit ve alt gruplarının ve bu hücrelerden salınan sitokinler aracılığıyla KBH'ye bağlı KVH ve ateroskleroza katkısı olduğu bildirilmiştir. Fakat immün sistemin hücrelerinin ve salgıladıkları sitokinlerin KVH ve aterosklerozdaki hücresel mekanizması hakkında net bir bilgi yoktur. Bu tez çalışmasında da KBH'ye sahip çocuklarda kardiyovasküler tutulum risklerinin değerlendirilmesi için AIx (Augmentasyon İndeksi), PWV (Nabız Dalga Boyu), CIMT (Karotis İntima-Media Kalınlığı), SVKİ (Sol Ventrikül Kitle İndeksi) gibi arteriyal kalınlık belirteçleri kullanılarak tutulumun hastalığın hangi evresinde başladığı ve bu evrelerdeki Treg (Regülatör T hücresi) hücre düzeyinin tutulumla ilişkisi araştırılmak istenmiştir. Her hastaya ve kontrol grubuna yukarıda sayılan kardiyovasküler tutulum değerlendirme testleri ve Treg hücre düzeyini saptamak için flow sitometrik test uygulanmıştır. Hastaların öncelikle K/DQOI kriterlerine göre KBH evrelendirilmesi yapılmıştır. Hastalar evrelerine göre İki gruba ayrılmıştır. Evre 1,2,3 olanlar grup 1'e; evre 4,5 olanlar grup 2'ye alınmıştır. Grup 1 (n:12) ve grup 2'ye (n:13) alınan her hastada kardiyovasküler tutulum parametreleri değerlendirildiğinde ortalama AIx, ortalama PWV, ortalama CIMT, ortalama SVKİ değeri sağlıklı gruba göre yüksek ve istatistiksel olarak anlamlı saptanmıştır (p<0,05). Grup 1 ve grup 2 kendi aralarında karşılaştırıldığında ortalama AIx değerinin grup 2'de grup 1'ye göre anlamlı yüksek olduğu (p<0,05); ortalama PWV, ortalama CIMT ve ortalama SVKİ değerinin de yüksek olduğu ama istatistiksel bir anlamı olmadığı saptanmıştır (p>0,05). Literatürde KBH'ye bağlı KVH'de Treg hücrelerin hücresel mekanizmada rolünün olup olmadığını bildiren herhangi bir yayın yoktur. Bu çalışmamızda hastalığın evresi arttıkça kardiyovasküler tutulumun arttığı ve Treg hücrelerin düzeyinin düştüğü saptanmıştır. Bu sonuçtan yola çıkarak Treg hücrelerin KBH'li çocuklarda kardiyovasküler tutulumda rolü olabileceğini düşünmekteyiz. Bu tez çalışmasında elde edilen sonuçlar önerilen hipotezi destekler niteliktedir. Hastalığın evresi arttıkça Treg hücre düzeyinin anlamlı derecede düştüğü ve kardiyovasküler riskin de arttığı saptanmıştır.