75
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Comparative analysis of myeloid-derived suppressor cells from blood and spleen in gastric and pancreatic cancer
Under physiological conditions, development and maturation of the myeloid cells take place in the bone marrow. In case of chronic inflammatory disorders such as cancer, production of chemokines, growth factors, and cytokines are augmented, and myelopoiesis is boosted. However, the myeloid cells enter circulation without full maturation and may interfere with immune responses. These immature immunosuppressive cells are called "myeloid-derived suppressor cells (MDSCs)". MDSCs employ different mechanisms such as reactive oxygen species, nitric oxide, arginase 1, indoleamine 2,3-dioxygenase to suppress immune responses. MDSCs are accumulated in the peripheral blood, bone marrow, liver, and especially in the spleen and support tumor formation and metastasis in tumor-bearing mice. On the other hand, since obtaining spleen samples is very challenging, peripheral blood is generally used in human studies. Increased amounts of MDSCs were found in the peripheral blood of cancer patients and were associated with bad prognosis. However, there is more room for research about MDSCs in the human spleen. In this study, from peripheral blood and spleen samples of gastric and pancreatic cancer patients who underwent splenectomy, the subtypes of MDSCs were determined. Particularly, polymorphonuclear MDSCs (PMN-MDSCs) were accumulated in the spleen, and they were in close proximity with T cells. Increased percentages of PMN-MDSCs both in peripheral blood and spleen were associated with bad prognosis regardless of clinical stage. Furthermore, the spleen specimens which were obtained from the patients with traumatic injury served as non-malignant controls. PMN-MDSCs were accumulated in injured spleen similar to that of observed in the cancer patients. Increased percentages of PMN-MDSCs in the spleen were positively correlated with injury severity scores. Furthermore, the splenic PMN-MDSCs as well as the circulating PMN-MDSCs, displayed similar distribution, morphological properties, capacities to produce reactive oxygen species, nitric oxide, and suppressed T cells. Both in cancer and traumatic injury the expression of human MDSC-associated immune regulatory molecules were increased. In conclusion, our results demonstrated the immune modulatory function of the human spleen through MDSCs in inflammatory disorders such as cancer and trauma.
Tip-1 yardımcı T (TH1) hücrelerin radyasyon stresi altında fonksiyonel ve fenotipik değişimlerinin incelenmesi
Tümör mikroçevresindeki immün baskılayıcı ortam nedeniyle, anti-tümör yanıtta öncül rol alan T lenfositlerin fonksiyonel ve fenotipik durumundaki değişimlerin anlaşılması önemlidir. Kanser gibi kronik inflamasyonda T hücreler, yüksek inhibitör reseptör ifade eden yorulmuş fenotipte ve fonksiyonunu kaybetmiş hücrelere farklılaşabilmektedir. Yorulmuş T hücrelerin efektör fonksiyonları inhibitör reseptörlerin blokajı yardımıyla geri kazandırılabilir. Radyoterapi ve blokaj tedavisi ise anti-tümör immün yanıtları artırabilecek bir kombinasyon olarak ön görülmektedir. Bu in vitro tez çalışması kapsamında, THR sinyali anti-CD3 monoklonal antikoru ile ve ko-stimülasyon ise bir monositik hücre hattı aracılığıyla sağlanmış; bu sayede, CD4+ yardımcı T hücreler sürekli olarak uyarılmıştır. Kullanılan ko-kültür modelinin farklı inkübasyon sürelerinde (0, 24, 72 ve 120 saat), farklı fenotiplerdeki T hücrelerin farklı dozlarda (0 Gy, 2 Gy, 5 Gy, 8 Gy ve 12 Gy) radyasyon stresi altında fonksiyonel ve fenotipik değişimleri incelenmiştir. Naif CD4+ T lenfositlerin uyarımla birlikte IL-2, IFN-γ ve TNF-α üreten efektör hücrelere farklılaştığı; ardından, yüksek düzeyde inhibitör reseptör ifade eden ve sitokin üretimi azalmış, yorulmuş hafıza-benzeri T hücrelere dönüştüğü görülmüştür. Hücrelerin en radyosensitif olduğu uyarım periyodunun, apopototik düzey ve DNA kırık sayıları hesaplanarak 72. saat olduğu ve efektör T lenfositler ile efektör hafıza-benzeri T lenfositlerin en hassas alt gruplar olduğu bulunmuştur. Radyasyona en dirençli alt tipler ise naif T ve merkezi hafıza benzeri T lenfositler olmuştur. Radyasyonun Th hücrelerde mitokondri membran potansiyelini değiştirmediği görülmüştür. Radyasyon maruziyeti öncesinde uygulanan anti-PD-1 blokajının ise Th1 hücre canlılığı üzerinde olumsuz bir etkisi olmadığı gösterilmiştir. Sonuç olarak, Th1 hücrelerinin PD-1 blokajı ile yeniden fonksiyon kazanma sürecinde radyasyon hassasiyeti göstermediği değerlendirilmiştir.
İnsan serebral mikrovasküler endotel hücrelerinin T hücre ko-inhibisyonuna etkisi
Naif yardımcı T (Th) lenfositlerin sürekli uyarı ile ilk önce efektör hale geldiği, geç dönemlerde ise sitokin üretimi ve çoğalma kapsitesi düşük olan yorulmuş/hafıza Th hücrelere dönüştüğü bilinmektedir. Ayrıca bu farklılaşma sürecinde T lenfositlerin üzerlerindeki kostimulatuvar ve koinhibitör molekkülerde değişiklikler olmaktadır. Serebral endotel hücreleri T lenfositlerle karşılaştıklarında yapısal değişiklikler gösterir. Ancak farklı yapısal ve fonksiyonel özellik taşıyan T hücrelerinin kan beyin bariyeri endotel yapısının nasıl değiştirdiği net değildir. Bu tez çalışması ile serebral mikrovasküler endotel hücrelerinin ve farklı aktivasyon durumlarındaki T hücrelerle etkileşimi ve süregelen inflamasyon durumunda genotipik ve fenotipik değişikliklerinin araştırılması planlanmıştır. Çalışmada ticari olarak elde edilen insan serebral mikrovasküler endotel hücre (hCMEC/D3), akut myeloid lösemi (THP-1) hücre hatları ve sağlıklı bireylerin periferik kan polimorfonükleer hücrelerinden saflaştırılmış CD4+ T lenfositler kullanılmıştır. hCMEC/D3 hücreleri inflamatuvar sitokinler (TNF-α, IFN-γ) ile kültür ortamına alındıktan sonra hücreler üzerinde ifade olan çeşitli yüzey molekülleri (CD40, CD80, CD86, HLA-DR, CD14, PD-L1, PD-L2, CTLA-4, LAG3, TIM3 gibi) akım sitometri ile; farklı transkript varyantları RT-PCR ile analiz edilmiştir. CD4+ T lenfositler, THP-1 hücreleri ile ko-kültür edilerek farklı fenotip ve fonksiyonel özelliklere ulaştırılmıştır (0, 24, 72 ve 120. saatler). Sonrasında FACS yöntemi ile tekrar saflaştırılan CD4+ T hücreler h-CMEC/D3'ler ile ko-kültür edilmiş ve seçilmiş yüzey belirteçlerinin ifadesi, hücrelerin proliferasyonu ve supernatanlardaki çeşitli sitokinlerin düzeyi akım sitometri yöntemi ile değerlendirilmiştir. IFN-γ olmak üzere inflamatuvar sitokinler, h-CMEC/D3 hücrelerinin CD40 ve CD86 kostimutaltör moleküllerinin ifade yüzdesini arttırmaktadır. IFN-γ h-CMEC/D3 hücrelerinin HLA-DR ifadesini arttırmıştır. Naif ve aktif CD4+ T hücrelerin ko-kültürler sonrasında değerlendirilen h-CMEC/D3'lerdeki HLA-DR ifade yüzdesi kontrol ile karşılaştırıldığında artmıştır. Ko-stimulauvar CD40 molekülünin ifadesini en belirgin oranda naif ve 24.saatteki efektör T hücreler arttırmış, 120.saat sonrasındaki yorgun/hafıza T hücreler CD40 ifadesini etkilememiştir. Ko-inhibitör moleküllerden PD-L1 ve PD-L2 h-CMEC/D3'lerde kontrol durumda da yüksek oranda bulunmaktadır. PD-L1 ifade yoğunluğu en belirgin olarak 0 ve 24. saatlerde artmıştır.120. saatteki yorulmuş T hücreler PD-L1 ve PD-L2 ortalama floresan yoğunluğunu etkilememiştir. Serebral mikrovasküler endotel hücreleri Th hücrelerle karşılaştıklarında antijen sunma kapasiteleri artmaktadır. Naif ve aktive Th hücreler h-CMEC/D3'lerin hem kostimulasyonunu hem ko-inhibisyonunu yorgun Th lenfositlere göre daha fazla uyarmaktadır.
İnsan makrofajlarında nitrik oksit sentaz 2 (NOS2) ifade ve aktivitesinin bazal benzeri meme kanseri hücrelerinden üretilen faktörler varlığında incelenmesi
Makrofajlar patojenlere karşı immün cevapta doğal immünitenin önde gelen hücreleridir ve kazanılmış bağışıklık cevaplarının düzenlenmesinde rol alırlar. Mikrobisidal özelliğe sahip makrofajlar LPS gibi bakteriyel ürünler, IFN-γ veya TNF-α gibi sitokinlerle uyarılarak proinflamatuvar cevabı ilerletirler. Nitrik oksit (NO) ve reaktif oksijen türleri (ROT) üretimi anti-mikrobiyal yanıtların biyokimyasal mekanizmasında elzemdir. NO üretimi nitrik oksit sentaz (NOS) enzimleri tarafından sağlanır. Uyarılabilir NOS izoformu (NOS2)'nin fare makrofajlarındaki varlığı pek çok çalışma ile kanıtlanmışken, insanlarda NOS2 ifadesine ve NO üretim düzeyine dair pek çok çelişkili yayın bulunmaktadır. Bu tez çalışması, monosit-makrofaj dönüşümü sırasında bazal-benzeri meme kanseri hücrelerinden üretilen faktörlerin miyeloid hücrelerin geçirdiği aktivasyon ve farklılaşma süreçleri sırasında NOS2 ifadesini ve NO değiştirebilmesi hipotezine dayanmaktadır. Bu amaçla, THP-1 monositik hücre hattı, bazal-benzeri meme kanseri hücre hattı süpernatanları varlığında makrofaj yönünde farklılaştırıldı ve lipopolisakarit (LPS) ve interferon (IFN)-γ ile uyarıldı. Hücrelerde fenotipik (CD14, TLR4, MD2, CD40, CD11c ve IFNγR), fonksiyonel (ROT ve NO üretimi) ve morfolojik (May-Grünwald Giemsa, aktin hücre iskeleti boyaması) farklılaşma parametreleri incelendi. Ayrıca, THP-1 hücrelerinin bu koşullarda farklılaştırılması sırasında fibronektin ve Matrijel kaplı yüzeyler ile de deneyler gerçekleştirildi. Bu koşullar altında NOS2 ifade düzeyi mRNA ve protein düzeyinde araştırıldı. Fare kökenli makrofaj ve meme kanseri hücreleri varlığında ve ek olarak kullanılan insan hücre hatları süparnatanları varlığında doğrulama deneyleri gerçekleştirildi. İnsan bazal-benzeri meme kanseri hücre hattı prototipi olarak kullanılan MDA-MB-231 hücrelerinden salgılanan faktörler varlığında farklılaştırılan THP-1 hücrelerinde ROS ve NO üretiminin moldüle olduğu belirlendi. Kanser süpernatanları varlığında LPS'nin etkisinin sınırlanabildiği ancak IFN-γ'nın daha belirgin etkisi olduğu izlendi. İnsan NOS2 düzeylerinin meme kanseri süpernatanları varlığında olumsuz etkilendiği ve bunun NO üretimine de yansıdığı belirlendi. Elde edilen bulgular, özellikle kanser hücresinden salgılanan faktörler varlığında insan NOS2 ifadesinin ve dolayısı ile NO üretiminin monosit-makrofaj faklılaşma derecesine bağlı olarak transkripsiyon-translasyonel düzeylerde düzenlenebileceğine işaret etmektedir.
Pankreas kanseri hücre hattında TFAM ekspresyon düzeyinin hücre fonksiyonları üzerine etkisi
Pankreas kanseri genellikle geç bir aşamada farkedilir çünkü çok ileri evrelere ulaşana dek semptomları görülmez. Kilo kaybı, karın bölgesinde ağrı, sarılık (karaciğerdeki toksik yapılanma nedeniyle cildin sarıya dönmesi) en yaygın görülen semptomlardır. Bunlar genellikle tümör belli bir büyüklüğe eriştikten sonra ortaya çıkar ve çoğu zaman bereberinde karaciğer metastazı vardır. Karsinomaların metastaz yapması için, epitelyal tümör hücreleri, birincil bölgede istila, ikincil bir yerde yayılma ve kolonizasyonu içeren karmaşık bir dizi olaydan geçer. Bu metastatik kaskadı, sadece tümör hücrelerinde çalışan sayısız sinyal yolu ile değil aynı zamanda stromal hücrelerle olan ilişkileri de modüle edilebilir. İstilacı yetenekler elde etmek için, epitelyal tümör hücreleri, hücre- hücre adezyonlarının kaybını kolaylaştıran ve hücre hareketliliğini, kök hücre benzeri özellikleri ve apoptoza karşı direnci arttıran bir işlem olan bir epitel-mezenkimal geçişine (EMT) maruz kalabilir. Bu özellikler, tümörün farklılaşmasını arttırdığı ve metastaza gidişi arttırdığı bilinmektedir. MikroRNA'ların hücre çoğalması, farklılaşması, kök hücrenin yenilenmesi ve apoptoz gibi birçok biyolojik süreçte düzenleyici işlevlerinin olduğu bilinmektedir. miRNA'lar, hedefledikleri mRNA'lara göre onkojenik veya tümör baskılayıcı özellik kazanabilirler. Kanserin gelişimini arttırdığı düşünülen miRNA'lar 'onkomir' olarak tanımlanmaktadır. Onkogen olarak işlev gösteren bu miRNA'lar hedefi olan tümör baskılayıcı genleri baskılayarak tümörün gelişmesine katkı sağlarlar. Genellikle kanserlerde kontrolsüz büyümeyi arttırıcı ya da antiapoptotik olarak fonksiyon gösterdikleri rapor edilmiştir. Görevleri bir onkogenin ekspresyonunu kontrol etmek olan miRNA'lar ise 'tümör baskılayıcı miRNA'lar' olarak tanımlanmaktadır. Tümör baskılayıcı miRNA'ların ekspresyonundaki azalışın onkogenlerin ekspresyonunu arttırdığı ve sonuçta tümör oluşumuna neden olduğu bilinmektedir. mir200 ailesinin düşük ekspresi, invazyon ve metastaz malign tümör ilerlemesinin göstergelerindendir. Taranan literatür bilgilerine göre mir200a; meme, over, prostat, kolorektal kanser, mide ve pankreas kanserlerinde tümör baskılayıcı olarak görev almıştır. Bu çalışmada, mir200a'nın tümör baskılayıcı özelliği üzerinde durularak araştırmalar yapılacaktır. Oksidatif fosforilasyondan sorumlu olan mitokondri, hücresel enerjinin üretim merkezidir. Warburg'un, kanserin oksidatif fosforilasyondaki veya mitokondrideki bozulmalardan kaynaklandığını öne sürmesiyle son yıllarda mitokondri ve kanser arasındaki ilişkiyi belirlemeye yönelik çok sayıda çalışma yapılmıştır. Elde edilen verilere göre kanser hücrelerinde mtDNA'da mutasyon birikimi çekirdek DNA'sına göre 10 kat daha fazladır. Bu mutasyonlar çoğu kez homoplazmiktir ve erken evre kanser hücrelerinde belirlenebilir. Bu bulgular mtDNA mutasyonlarının kanserin işaretçisi olarak kullanılabileceği fikrini doğurmuştur. Aynı zamanda bu işaretlerin erken evre kanserlerde belirlenebilmesi kanser tedavisine erken başlama olanağını sunması açısından da önemlidir. İnsan mitokondrilerindeki transkripsiyon, POLRMT adı verilen DNA'ya bağlı bir RNA polimerazı tarafından yönlendirilir. Transkripsiyonun başlatılması, POLRMT'nin TFAM (mitokondriyal transkripsiyon faktörü A) ve TFB2M (mitokondriyal transkripsiyon faktörü B2) ile ilişkisini gerektirir. TFAM, transkripsiyon aktivasyonuna ek olarak DNA'yı nükleoid içinde paketleyen bir DNA bağlayıcı proteindir. mir200a, TFAM'ı hedefleyerek downregüle etmektedir. Bu tezde, pankreas kanseri hücre hattında TFAM ekspresyon düzeyinin kanser hücre fonksiyonları üzerine etkisi, mir200a ile TFAM ilişkisi üzerinden araştırılacaktır.
Farklı aktivasyon basamaklarına ilerletilen yardımcı T hücrelerinde adezyon ve migrasyon mekanizmalarının incelenmesi
Kanser ve kronik enfeksiyonlarda analog farklı T lenfosit profilleri irdelendiğinde, bu hücreler fonksiyonel ve fonksiyonu-bozulmuş nitelemesi ile iki alt-gruba ayrılabilir. T hücre reseptör (THR) sinyali ve kostimülasyon sayesinde uyarılan naif T lenfositler aktivasyon sürecine girerler. Bu tez çalışmamızda kullanılmış olan ko-kültür modelinde, THR sinyali anti-CD3 antikoru ve kostimülasyon sinyalleri monositik hücre hattı aracılığıyla sağlanarak yardımcı T lenfositlerin (Th) sürekli uyarımı sağlanmış ve fonksiyonel ve disfonksiyonel Th lenfositler elde edilmiştir. Ko-kültürdeki Th lenfositlerin aktive olduğu, çoğaldığı, farklılaştığı, efektör fonksiyonlarını kazandığı ve öncül-yorulmuş/hafıza Th lenfosit popülasyonunu oluşturduğu, ko-kültürün 0., 12., 24., 48., 72., 96., 120. ve 144. saatlerinde fenotipik, fonksiyonel, morfolojik, transkriptomik, adezyon ve migrasyon dinamikleri açısından gösterilmiştir. Ko-kültüre alınan naif CD4+ T lenfositlerin IFN-, TNF- ve IL-2 üreten efektör Th1 hücrelerine farklılaştığı ve kültürün geç dönemlerinde sitokin üretimi ve çoğalma kapasiteleri düşük ve yüzeylerinde inhibitör reseptör ifadesi artmış öncül-yorulmuş/hafıza Th1 hücrelerine dönüştüğü açıklanmıştır. Bu hücrelerin PD-1 ve CTLA-4 reseptörlerinin blokajlarıyla fonksiyonelliklerini geri kazandığı ve özellikle, anti-PD-1 blokajı altında adezyon ve migrasyon kapasitelerinin arttığı belirlenmiştir. Sonuç olarak geliştirilen ko-kültür modeli ile Th1 hücrelerinin kontrol noktası blokaj immünterapi yaklaşımından nasıl etkilendiği kapsamlı ve detaylı olarak değerlendirilmiştir.
Akciğer kanser hücrelerinden salınan eksozomların makrofaj polarizasyonuna ve fonksiyonlarına etkisinin araştırılması
Akciğer kanseri, dünya çapında hem kadınlarda hem erkeklerde en çok ölüm oranına sahip olan kanser türünden biridir. Gelişen teknoloji ve bilgi birikimimiz ile kansere yönelik tedaviler, tümör mikroçevresi, tümör kökenli eksozomlar, tümör ilişkili makrofajlar gibi kavramları hedeflemeye yönelmiştir. Eksozomlar, tümörigenez, tümör progresyonu, metastaz, tedaviye karşı direnç gibi olayları destekleyen ve içeriklerini hücrelere aktararak tümör mikroçevresinde hücreler arası iletişimi sağlayan tümör mikroçevresinin önemli bir parçasıdır. Tümör mikroçevresinin, makrofajları eğiterek Toll Like Reseptör ya da lipopolisakkaritler ile dönüşümü desteklenen ve anti-tümör aktiviteye sahip M1 makrofaj yerine M2 fenotipine sahip tümör progresyonunu destekleyen tümör ilişkili makrofajlara dönüştürdüğünden yola çıkarak bu çalışmada eksozomların ve TLR agonistlerinin bu süreçteki etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda, A549 akciğer kanseri hücrelerinden salınan eksozomlar ve TLR4 agonisti ile uyarılan A549 akciğer kanseri hücrelerinden salınan eksozomlar CD9 antikoru ile boyanarak akım sitometride analiz edilmiştir. Bu eksozomların THP-1 monositik hücre dizisinde makrofaj polarizasyonu, fagositoz kapasitesi ve hücre döngüsü üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Çalışmamızın sonuçları, her iki koşulda da elde edilen eksozomların makrofaj morfolojisini değiştirdiğini, hücrelerin adezyon ve agregasyonunu arttırdığını göstermektedir. Ayrıca sonuçlarımız, TLR4 agonisti ile uyarılan A549 akciğer kanseri hücrelerinden salınan eksozomların, M2 makrofaj fenotipine sahip popülasyonu anlamlı ölçüde azalttığı ve M1/M2 fenotip karışık bir popülasyon oluşturduğunu ve TLR4 agonisti ile uyarılan eksozomların THP-1 hücrelerinde fagositoz kapasitesi ve hücre döngüsü üzerinde anlamlı ölçüde etkisinin olmadığını göstermektedir.
Β-catenin N-terminal bölge değişikliklerinin neoplastik süreçlerdeki rolünün araştırılması
β-catenin, Wnt sinyal yolağının merkezinde yer alan çok fonksiyonlu bir proteindir. β-catenin'in hücre içi yerleşimi ve seviyesi, N-terminal bölgesinde yer alan özel bir amino asit dizisi sayesinde sıkı bir şekilde kontrol edilmektedir. Bu amino asit dizisi CTNNB1'in (β-catenin'i kodlayan gen) üçüncü ekzonu (ekzon 3) tarafından kodlanmaktadır ve bu ekzonda görülen mutasyonlar N-terminal bölgede yer alan amino asit dizisini değiştirerek neoplastik transformasyona neden olmaktadır. Araştırma grubumuz tarafından CTNNB1 ekzon 3 mutasyonlarının tespit edilmesini sağlayan immünohistokimyasal boyama temelli bir yöntem tanımlanmıştır. Bu tez çalışmasının birincil amacı, tanımladığımız yöntemi kullanarak patogenezi bilinmeyen neoplastik hastalıklarda CTNNB1 ekzon 3 mutasyonlarının araştırılmasıdır. Bu kapsamda, dalağın nadir görülen vasküler lezyonlarından biri olan sklerozan anjiomatoid nodüler transformasyon (SANT) olgularında tanımladığımız yöntemle N-terminal bölge değişiklikleri incelenmektedir. İmmünohistokimyasal boyama sonucunda ekzon 3 mutasyonu varlığını düşündüren bulgular elde edilmektedir. Bu bulgular polimeraz zincir reaksiyonu ve Sanger sekanslama ile doğrulanmaktadır. Tez çalışmasının ikincil amacı ise tanımladığımız immünohistokimyasal boyama yöntemini kullanarak β-catenin'in N-terminal bölgesini etkileyebilecek post-translasyonel modifikasyonların araştırılmasıdır. Bu amaç doğrultusunda immünohistokimyasal ve immünofloresan boyama yöntemleri kullanılarak S33, S37 ve T41 amino asitlerinden fosforile olan β-catenin'in (fosfo-S33/S37/T41-β-catenin) hücre içi yerleşimi incelenmektedir ve bu proteinin kolon kanseri hücrelerinin çekirdeğinde birikebileceği gösterilmektedir. Ek olarak kolorektal kanser protein lizatlarında Western Blot yöntemi ile N-terminal ve C-terminal bölgesinden proteolitik olarak kesilmiş, düşük moleküler ağırlığı sahip β-catenin formlarının bulunabileceği ileri sürülmektedir.
To examine the role of hypoxia on anti-tumour immunity
Inhibition of tumor angiogenesis has been extensively utilized in the treatment of metastatic colorectal cancer and renal cell carcinoma. Complete disruption of tumor angiogenesis results in hypoxia which promotes tumor metastasis and treatment resistance. Although angiogenesis inhibitors are successful to some extent, majority of patients experience the recurrence and acquired resistance. Spatial and temporal changes in tumor microenvironment sculpt the anti-tumor immune response. However, little is known how tumor oxygenation and vessel normalization in vivo influence immune infiltration in YUMMER melanoma tumors. We hypothesized that tumor vessel structure implicates in immune cell composition in melanoma. Therefore, we utilized a previously well-defined mouse model which targets one copy of Phd2 gene. Haplodeficiency of Phd2 normalizes the endothelial alignment and improves pericyte coverage of blood vessels, thereby increasing tumor perfusion and oxygenation. We demonstrated that mitigation of "true" hypoxia through blood vessel normalization improves anti-tumor immunity, thereby delaying tumor growth. In addition, our study highlighted that disruption of hypoxia using Phd2 haplodeficient mouse model re-shaped tumor microenvironment through improved CD4+ and CD8+ T cell infiltration, recruitment of pro-inflammatory macrophages, and diminished infiltration of PD-L1hi anti-inflammatory macrophages. Subsequently, tumor growth is delayed in a T cell dependent manner. In conclusion, Phd2 haplodeficiency restores tumor oxygenation and enhances anti-tumor immune cell infiltration in melanoma tumors.
BMPR1A'nın plazma hücrelerinin gelişimine etkisinin ve germinal merkez dinamiklerindeki öneminin araştırılması
Bone morfogenetik protein reseptör 1A (BMPR1A) sinyal yolağı erişkin ve embriyonik kök hücrelerde aynı zamanda erişkin lenfoid hücrelerde kendini yenileme, çoğalma ve farklılışmayı düzenler. Bu çalışmada, B hücrelerinde kondisyonel Bmpr1a kaybı olan transgenik fareleri ve yeni Bmpr1a.IRES.EGFP fareleri kullanarak BMPR1A'nın germinal merkez dinamiklerini ve kemik iliği plazma hücre kompartmanının oluşumunu düzenlediğini gösterdik. C57Bl/6J (B6) farelerde, Bmpr1a mRNA'sının germinal merkez B hücreleri (GMBH), hafıza B hücreleri (HBH) ve kemik iliği plazma hücreleri (KİPH) içinde yüksek düzeyde olduğunu saptadık. B hücre-spesifik Bmpr1a kaybı olan farelerde, GMBH kompartmanı boyutunun kontrol farelerin % 77'sine düştüğünü ve IgG1+ KİPH kompartmanının kontrol grubunun % 34'üne gerilediğini saptadık. Benzer şekilde, yüksek afiniteli IgG1 ve orta afiniteli IgM antikorları serumda azaldı. T-bağımlı cevapta BMPR1A'nın önemine rağmen, T-bağımsız cevapta BMPR1A sinyali gerekli değildi. Sınıf-değişim mekanizması da Bmpr1a yokluğunda etkilenmedi. İlginç şekilde, Bmpr1a ifadesi Xbp1, IRF-4 ve Blimp1 ifadesi yüksek olan germinal merkez B hücre alt grubuna özgüydü. Bmpr1a.eGFP fare çalışmaları Bmpr1a ifadesinin germinal merkez B hücrelerinde zaman içinde arttığını ve KİPH populasyonunun bir alt-grubunda Bmpr1a'nın yüksek düzeyde olduğunu gösterdi. Genel olarak, bu çalışma BMPR1A sinyalinin germinal merkez dinamiklerinin düzenlenmesinde ve T-bağımlı cevapta kemik iliği plazma hücresi oluşumunda rolü olduğunu gösterdi.
Larinks kanseri'nde anjiyogenez, proliferasyon, hücre adezyonu ve invazyon ile ilgili biyobelirteçlerin hastalık özellikleri ile ilişkisinin araştırılması
Larinks skuamoz hücreli karsinomu (LSCC) sık görülen bir baş boyun kanseri tipidir. Tanı ve tedavi seçeneklerindeki yıllar içerisinde ilerlemeye rağmen sağkalımda anlamlı artış elde edilememiştir ve halen ciddi bir morbidite ve mortalite kaynağıdır. Bu durum hastalık tanı ve takibinde kullanılabilecek güvenilir biyobelirteçlerin bulunması ihtiyacını doğurmaktadır. Bu çalışmaya Mayıs 2018 ile Şubat 2020 arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda primer LSCC tanısı alan 60 hasta ve 20 adet sağlıklı gönüllü dahil edilmiştir. Bireylerin serum örneklerinde Angiogenin, Endoglin, VEGF, sVEGFR1, VEGFR2, IGFBP-3 ve Osteopontin düzeyleri ELISA yöntemi ile çalışılmıştır. Tüm hastalar prospektif olarak takip edilmiştir ve biyobelirteç düzeyleri, klinik parametreler, sağkalım ve prognoz açısından karşılaştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilenlerin 76'sı erkek 4'ü kadındır. Genel yaş ortalaması 62,86 ± 9,6'dır. Ortalama takip süresi 19,5 ± 9,7 aydır. Hasta grubunda Osteopontin, IGFBP3, VEGF, sVEGFR1, VEGFR2 düzeyleri kontrol grubuna göre anlamlı olarak yüksektir (sırasıyla p<0,001, p<0,001, p<0,001, p<0,01 ve p<0,01). Herhangi bir biyobelirteç ile T evresi, lenf nodu metastazı, uzak metastaz ve klinik evre arasında anlamlı bir ilişki gösterilememiştir. Osteopontin ve sVEGFR-1 düzeyleri lokal rekürrensi olan vakalarda anlamlı olarak yüksektir (p=0,034 ve p=0,038). En yüksek sensitivite ve spesifite oranı %81,4 duyarlılık ve %80 özgüllük ile IGFBP3'de izlenmiştir (p<0,001). Sağkalım analizi yapıldığında 1 yıllık ve 2 yıllık sağkalım oranı sırasıyla %92 ve %85,5 olarak bulunmuştur. sVEGFR-1'in eşik değer üstü değerleri VEGFR-2'nin ise median değer altındaki değerleri sağkalım açısından kötü prognostik etkiye sahiptir. Sonuç olarak, araştırılan biyobelirteçlerin bazılarının düzeyleri larinks kanserinde normal popülasyona göre artmış olsa da tek başına tanı koydurucu değildir. Sağkalım ve rekürrens değerlendirilmesinde Osteopontin, sVEGFR-1 ve VEGFR2 üzerine daha fazla çalışma yapılması önerilmektedir.
Her2 ekspresyonu olan meme kanseri hücrelerinde ökaryotik elongasyon faktör-2 kinaz (EEF2K) aktivasyonunun rolü
HER2'nin sürekli aktivasyonu, hücre çoğalması, sağkalımı ve migrasyonu gibi çeşitli biyolojik cevapların regülasyonunun bozulmasına ve tümör gelişimine yol açmaktadır. eEF2K, protein sentezinin düzenlenmesinde rol oynayan bir protein kinazdır. Bazı kanser hücrelerinde, eEF2K aktivitesinin artmasıyla birlikte hücrelerin stres koşullarına adaptasyon ve ilaç direnci geliştirdiği bilinmektedir. HER2 ifadesi olan kanser hücrelerinde eEF2K'nın ekspresyon düzeyi ve aktivitesi henüz bilinmemektedir. Bu amaç doğrultusunda yapılan in silico analizler sonucunda, HER2 ilişkili sinyal yolağı proteinleri gen ekspresyonları ile eEF2K gen ekspresyonunun korelasyon gösterdiği ve üçlü negatif meme kanserine oranla HER2+ meme kanserinde eEF2K'nın daha kuvvetli düzenlendiği belirlendi. HER2 ifadesi olan 5 hücre dizisinde trastuzumabın PI3K/Akt/mTOR sinyal yolağı üzerinde inhibitör etkisi gösterildi ve eEF2K/eEF2 protein aktiviteleri ile ilişkisi incelendi. Trastuzumabın sinyal kaskadında en güçlü inhibitör etkisinin Akt aktivasyonu üzerinde olduğu belirlendi. İlaç uygulanan BT-474, MDA-MB-361, MDA-MB-453 ve UACC-893 hücrelerinde eEF2K'nın aktivasyonunun 6 saatin sonunda azalmakla beraber, 48 saatin sonunda arttığı ve eEF2 fosforilasyonu artışı ile hücrelerde proliferasyonun azaldığı gösterildi. eEF2K aktivitesindeki değişiklikler trastuzumabın S6K protein aktivasyonu üzerindeki etkisi ile uyumlu bulundu. Buna göre, HER2 eksprese eden meme kanserinde AKT ve S6K aktivitilerinin baskılanmasının eEF2 aracılı hücre proliferasyonuna etkisi ilk kez gösterildi. Hücre proliferasyonu analizlerine göre, BT-474 ve SKBR-3 hücrelerindeki proliferasyonun daha güçlü olarak baskılanması dikkat çekti. Bu sonuçlara ilave olarak, trastuzumabın eEF2K'nın aktivatörü olan AMPK'nın ekspresyonunu da BT-474 ve SKBR-3 hücrelerinde istatistiksel anlamlı olarak azaldığı saptandı. Sonuç olarak, HER2 ifadesi olan meme kanseri hücre dizilerinde PI3K/Akt/mTor sinyal yolağının eEF2K aktivitesi üzerinde düzenleyici etkisi olduğuna ve HER2 meme kanserinde eEF2K'nın önemli bir terapötik hedef olabileceğini kanaat edildi.
The role of regnase-1 protein in sculpting of tumor microenvironment
The tumor microenvironment (TME) contains cancer-associated fibroblasts (CAFs) and their tumor-supportive role helps to build an environment in favor of cancer cell progression. Recent researches have revealed that targeting the tumor microenvironment, as well as the cancer cells, inhibits cancer progression far more effectively, while also overcoming the development of drug resistance. Macrophage polarization also helps cancer cells transform the microenvironment into a pro-tumoral environment. In previous studies, Gunaydin et al. have shown that CAFs play a major role in shaping the TME, thereby inducing the accumulation of monocytes in the TME and their differentiation into M2-like macrophages, enabling them to transform into a subtype that can perform immunosuppressive functions. However, the mechanisms underlying monocyte accumulation in the TME of CAFs are not yet known. The fact that Regnase-1 (MCP-1 Induced Protein) is induced by MCP-1, the major regulator of monocyte recruitment, and control in inflammatory processes prompted us to investigate the effects of this protein on monocyte recruitment by CAFs to the TME. In this study, α-SMA (α-smooth muscle actin) positive CAFs were obtained from patients with breast tumors and Regnase-1 protein expression in these cells was investigated. According to our study results, it was observed that CAFs obtained from breast tumors expressed Regnase-1 and MCP-1 protein. Our study results showed that there is a statistically significant correlation between MCP-1 and Regnase-1 protein expressions in CAFs, as well as between these protein expressions and CAF grade.
Interaction mechanisms between small cell lung cancer cells and T lymphocytes
Tumors are capable of reshaping their microenvironment to escape from immune destruction. For this purpose, tumor cells initiate an immune regulatory program that is typically used by the normal cells to mitigate immunopathologies. Small cell lung cancer (SCLC) is associated with aggressive tumor growth together with a tendency to early dissemination and distant metastasis. Optimal drug responses are observed upon conventional chemotherapies; yet, inevitable therapy resistance develops shortly after. These facets of SCLC bring forward the cancer stem cell concept. Recent studies described the candidate stem cell populations of SCLC. Although mesenchymal or cancer stem cells are stated to be immune-tolerogenic, less is known how SCLC stem cells interact with immune cells. Thus, the aim of the study is to define the relationship between T cells and SCLC including its stem cell population and reveal their immunomodulatory capacities. SCLC cell lines (NCI-H82, NCI-H69, SCLC-21) which grow in suspension, stem cell-like adherent subclones isolated from NCI-H82 and NCI-H69, and CD44+CD90+ subpopulation from the adherent subclone of NCI-H69 were used. As an in vitro model, cancer stem cell (CSC) characteristics were confirmed by chondrocyte, osteocyte and adipocyte differentiation, tumor initiation and transcriptomics. PBMCs obtained from healthy volunteers were co-cultured with these subclones of SCLC cells in the presence of α-CD3 mAb and expression of activation markers, proliferation rate, cytokine production, and upregulation of co-inhibitory receptors were determined on T cells. PD-L1 and PD-L2 expression were measured on SCLC cells upon IFN-γ exposure or PBMC co-culture with or without IFN-γ blockade. The impact of PD-L1 expression on CD8+ T cell proliferation and T cell killing of SCLC cells were determined. Functional capacity of TIM-3+LAG3+ and TIM-3-LAG3- CD8+T cells upon SCLC co-culture was assessed in vitro. SCLC cells allowed or even supported T cell responses more prominently by stem-like SCLC cells. Furthermore, stem-like SCLC cells displayed adaptive resistance features by inducing PD-L1 and PD-L2 upon exposure to IFN-γ and activated PBMCs. However, the presence of PD-L1 on these cells was not leaded to decreased proliferation of CTLs and resistance against T cell-mediated killing. Alternatively, upregulation of co-inhibitory receptors indicated that T cells became prone to inhibitory signals; thus, more sensitive to immune suppression in the presence of SCLC cells. To summarize, the stem-like SCLC subclones possess significant immune regulatory capacities by upregulating co-inhibitory molecules in the microenvironment which could be important for immune modulation in SCLC tumors which have implications for future immunotherapeutic approaches. Keywords: SCLC, CSC, costimulation, T cell activation, PD-1, PD-L1, TIM-3, LAG3
Kronik lenfositik lösemi B hücreleri ve normal B hücrelerinin karşilaştirmali proteomik analizi ile yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi
Kronik Lenfositik Lösemi (KLL) batı ülkelerinde en yaygın olarak görülen erişkin lösemi tipi olup geniş bir klinik spektrum gösteren heterojen bir B hücresi kanseridir. KLL hastalarında genomik değişiklikler büyük oranda bildirilmiş ve genomik-transkriptomik teknikler hastalığın tedavisi, prognozu, sınıflaması ve progresyonu ile ilgili yönleri incelemek için temel bir araç olarak kullanılmıştır. Bununla birlikte, gen ekspresyonu her zaman B hücresindeki proteinlerin ekspresyonunu gerçekten temsil etmediği için proteomik yaklaşımlar konusunda ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez çalışmasında, DNA-bazlı protein afinite reaktifleri kullanılarak karşılaştırmalı proteomiks analizler ile KLL hastası ve sağlam kişilerin B hücre örnekleri arasındaki proteom seviye farklılıklarının saptanması ile bu proteinlerin etkin olduğu metabolik yolakların, hastalığın tanı ve tedavisinde kullanılabilecek biyobelirteçlerin ve yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Proteomik test platformu ile 1129 protein araştırılmış ve 132 proteinin ekspresyon seviyesinin anlamlı olarak değiştiği saptanmıştır. Bu proteinlerin içinde en anlamlı seviyede azalan ve artan proteinlerin validasyonu moleküler testler ile yapılmıştır. Bulgular KLL hastaların ve sağlam kişilerin B hücre örneklerinde belirgin bir proteom farklılıkların olduğunu göstermiştir. Analizler ile en anlamlı oranda değişen proteinler içinden başta APOE4 ve ACY1 olmak üzere SPOCK2, GZMH, GNLY, ANXA1, LTA4H, CST2, CST6, PROS1, F9 ve THBS1 proteinlerin KLL tanısında biyobelirteç için aday olabileceği tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada farklı biyoinformatik araçların kombine olarak kullanılması ile proteinlerin ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar KLL hastalığı'nın LXR/RXR sinyal yolağı ve trombosit mekanizması ile ilişkili değişikliklerle bağlantılı olabileceğini göstermiştir.
Miyelodisplastik sendrom tanılı hastalarda P53 genine ait polimorfizmlerin belirlenmesi ve hastalıkla ilişkilerinin ortaya konulması
Miyelodisplastik sendrom (MDS), azalmış hematopoez ve yüksek apoptozis ile karakterize; artmış akut miyeloid lösemi (AML) dönüşüm riski olan klonal bir hastalıktır. MDS'nin patogenezi henüz tam olarak aydınlatılmamıştır. Hastaların yaklaşık % 50'si anormal karyotiplidir ve bu oran sekonder MDS'de % 80'e çıkmıştır. P53, hücre döngüsü düzenlenmesi, apoptotik ve enflamatuar yanıt ve genomik denetimi de içeren bir dizi hücresel fonksiyonları etkileyen, kök hücre homeostazının kilit düzenleyicisidir. P53 genomik bütünlüğün korunmasında yer aldığından, birçok kanser türünde en sık değişime uğramış genlerden biridir. Çalışmamızda, p53 tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP'ler) MDS'nin anormal farklılaşması üzerindeki etkisini araştırmak için, MDS tanılı 100 hastadaki 4 yaygın polimorfizmi (rs35163653, rs35993958, rs1800371, rs1042522) inceledik. MDS hastalarından alınan kan örnekleri DNA izolasyonundan sonra, her p53 polimorfizmi için erime eğrisi (melting curve) analizi ile PCR yapıldı. Sonuçlar LightCycler yazılımı ve IBM SPSS Statistics 25.0 kullanılarak değerlendirildi. İncelenen 4 polimorfizm arasında, rs1042522 çalışma grubunda C/G (R72P) dönüşümü polimorfizminde anlamlı bir değişiklik bulundu. Çalışmamızda atasal olmayan allellerin rs1042522 polimorfizmi için daha yüksek olduğunu bulduk (C:0,303 G:0,697). rs1042522 polimorfizmi, bazı çalışmalarda hematolojik kanserler ile ilişkilidir; önceki bulgulara benzer şekilde, verilerimiz bu polimorfizmin MDS ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Allel frekans sonuçlarımız, Kafkas popülasyonu için HapMap allel veri tabanı ile uyumludur. Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları, linkage SNP' lerinin p53 fonksiyonunu değiştirdiğini ve maligniteleri seçtiğini göstermiştir. Kodon 72' de bulunan ve en çok çalışılan nonsynonymous SNP'lerden biri olan rs1042522 (R72P), solid tümörlere yatkınlık ve duyarlılık ile ilişkilendirilmiştir. Bu nedenle, hematolojik bozukluklar üzerindeki etkisini araştırdık ve rs1042522 polimorfizmi olan kişilerin MDS açısından yüksek risk altında olduğu sonucuna vardık. Çalışmamız, ülkemiz literatüründe yapılmış rs1042522 polimorfizminin MDS hasta grubundaki etkisini gösteren ilk çalışmadır. Önerimiz, rs1042522 polimorfizminin gelecekte klinikle korele olmak üzere MDS teşhisinde bir belirteç olarak kullanılabileceği yönündedir.
Prostat kanserinde 8-ohdg oluşumuna ve dna hasarına androjen yolağının etkisi
Kaynağı metabolik yolaklar gibi endojen ve eksojen kaynaklı olan reaktif oksijen türleri (ROS) hücre içinde DNA, lipid ve proteinlere zarar verebilmektedir. Genomda DNA lezyonlarını, tek zincir veya çift zincir kırıkları oluşturabilmektedir. Bilinen en yaygın baz hasarı olan 8-OHdG lezyonları onarılamadığı taktirde genomda mutasyonlara neden olabilmektedir. Androjen reseptörü sinyalizasyonu normal prostatik doku gelişiminde ve prostat kanseri progresyonunda oldukça önemlidir. Bu çalışmada oksidatif bir ajan olan menadion ile 8-OHdG odaklarının Aklides Nuc sistemde tanınması ve androjen reseptör sinyal yolağının 8-OHdG hasarına olan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Yapılan çalışmalarda androjen reseptörü ve NKX3.1 susturulması ve NKX3.1 proteinin over-ekspresyonu sağlanmıştır ve genomda 8-OHdG odaklarının belirlenmesi gözlemlenmiştir. Bunun yanında 8-OHdG odaklarının Aklides Nuc sistemde tanınması ve analizlerinin yapılması sağlanmıştır. Sonuç olarak; androjen reseptörü sinyal yolağı ve NKX3.1 proteini genom çapında oksidatif hasarların onarımında ve prostat kanseri progresyonunda önemli bir faktördür.
Cyp1a1 geni t3801c polimorfizminin meme kanseri riski üzerineolan etkisinin saptanması
Dünya Sağlık Örgütü'ne göre (WHO), KANSER hücrelerin kontrol dışı aşırı çoğalarak bir kitle oluşturması, komşu yapıları tutması (invazyon) ve vücudun diğer bölgelerine sıçraması (metastaz) ile yayılan bir hastalık gurubudur. Kanser dünyada kalp hastalıklarından sonra gelen ikinci ölüm nedeni olup giderek görülme sıklığının artması nedeniyle yakın bir gelecekte birinci ölüm nedeni olması beklenmektedir. Meme kanseri tüm dünyada kadınlar arasında en sık görülen kanser tipidir. Hormonlar, genetik yatkınlık, tütün, alkol, radyasyon, aşırı kilo veya aşırı zayıf olmak, çevresel kirleticiler, meme kanseri nedenleri arasındadır. Sitokrom P450 1A1 (CYP1A1), ekstrahepatik (karaciğer dışı) bir enzim olup ve endojen substratlar ve ilaçların metabolize edilmesinin yanı sıra bazı toksinler ve çevresel kirleticilerin aktivasyonundan sorumludur. Sitokrom P450 1A1 (CYP1A1), ksenobiyotiklerin faz 1 metabolizmasında anahtar role sahip olan bir enzimdir. Bu enzim aril hidrokarbon hidroksilaz aktivitesine sahiptir. Fonksiyonel olarak aromatik hidrokarbonların (PAH) metabolizmasından sorumludur. CYP1A1 geni polimorfizmlerinin birçok farklı kanserde risk yönünden ilişkisi irdelenmiş olsa da meme kanseri ile ilgili çok fazla çalışma bulunmamaktadır. Epidemiyolojik çalışmalar CYP1A1 polimorfizmleri ve meme kanseri riski arasında ilişki olabileceğini göstermektedir. Bu çalışma kapsamında ise Türk popülasyonun'da CYP1A1 T3801C polimorfizminin meme kanseri riski ile olan olası ilişkili araştırılmıştır. Çalışmanın bir diğer amacı ise CYP1A1 geni T3801C polimorfizminin meme kanseri hastalarında menopoz durumu, lenf nodu metastazı, uzak metastaz, reseptör durumu, ışın tedavisi ve kemoterapı alımı, ailesel yatkınlık gibi parametreler için olası bir belirteç olduğunu saptamaktır. Bu çalışmada, meme kanseri tanısı almış 100 hasta ve meme kanseri tanısı almamış 100 sağlıklı bireyden alınan periferik kan örneği kullanılmıştır. CYP1A1 geni T3801C polimorfizmi periferik kandan izole edilen genomik DNA materyalinde RFLP methodu ile belirlenmiştir.
Endoplazmik retikulum stres faktörü olan IRE1α'nın, pankreas kanseri hücrelerinde hücre ölümü üzerindeki etkilerinin araştırılması.
Amaç: Bu çalışmada endoplazmik retikulum stres faktörü olan IRE1α'nın pankreas kanseri üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, pankreas kanseri hücre hattı Panc-1 ile in vitro olarak yapıldı. Hücre hattı, hücre kültürü yöntemleri ile çoğaltıldı ve deney ilaçları olan gemsitabin, STF-083010 ve thapsigargin ile muamele edildi. IRE1α inhibitörü olan STF-083010'un pankreas kanseri hücrelerinde sitotoksisite, apoptoz, hücre döngüsü, kaspaz 3/ 7 ve invazyon üzerindeki etkileri test edildi. Ayrıca hücre ölümü ve endoplazmik retikulum stresinin protein düzeyindeki etkilerine western blot deneyi ile bakıldı. Verilerin analizinde One Way Anova testi ve ikili karşılaştırma için ise Bonferroni testi kullanıldı. Bulgular: STF-083010 için IC50 oranı 160 µM, Gemsitabin için 4 mg/ ml olarak bulundu. Ayrıca düşük doz kemoterapi ile STF-083010 tedavisinin sinerjistik etki gösterdiğini bulduk. Kontrol grubunda %6,25 total apoptoz ve %5,42 nekroz saptanırken, gemsitabin grubunda %36,67 total apoptoz ve %3,1 nekroz, STF-083010 grubunda %34,97 total apoptoz ve %0,97 nekroz, Gemsitabin + STF-083010'de ise %43,52 total apoptoz ve %3,5 nekroz saptandı. Bu sonuçlar istatistiksel olarak da anlamlıydı. Kaspaz 3/7 oranı ise kontrol grubunda %9,68 iken Gemsitabin grubunda %27,7, STF-083010 grubunda %26,12, Gemsitabin + STF-083010 %49,84 olarak bulundu. Western blot sonuçlarında ise pro-apoptotik Bak proteininde, kontrol ve gemsitabin grubuna kıyasla STF-083010 grubunda artış gözlendi. Ayrıca anjiyogenez belirteci VEGFR2'de kontrol ve gemsitabin grubuna kıyasla STF-083010 grubunda önemli bir azalış gözlendi. STF-083010'un anti-proliferatif etkisi aynı zamanda klonojenik deneyde de gözlendi. İnvazyon deneyinde, kontrol grubuna kıyasla STF-083010 ve gemsitabin + STF-083010 grubunda metastatik hücre miktarında azalış gözlendi. Sonuç: Bu çalışmada pankreas kanseri hücrelerinin ER stresi altında olduğu ve IRE1 inhibitörü STF-083010'un bu stresin hayatta kalma yanlısı yolağını inhibe ederek hücrelerin apoptoza girmesini sağladığı sonucuna ulaşıldı. Ayrıca tümör anjiyogenezinin (VEFGR2 bağlamında) pankreas kanseri hücrelerinde aktif olduğu, STF-083010 kullanımının VEGFR2 ekspresyonunda azalışa yol açarak anjiyogenezi inhibe edebileceği sonucuna varıldı.
Seksen beş yaş ve üzeri kanser olguları ve klinik özelliklerinin araştırılması
Yaşlılarda başlıca mortalite ve morbidite nedenlerinden biri kanserdir ve yaş ilerledikçe kanser riski de artmaktadır. Çok yaşlılarda gelişen kanserler ve yaklaşım konusunda deneyimler oldukça sınırlıdır. Bu çalışma ile Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Tıbbi Onkoloji Bilim Dalında 1 Ocak 2015-31 Aralık 2017 tarihleri arasında izlenen 85 yaş ve üzeri solid kanser olguları ve klinik özelliklerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Hastane kayıtlarından elde edilen veriler SPSS (Statistical Package for Social Sciences) versiyon 22 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA) paket programı kullanılarak analiz edilmiş ve p<0,05 olan değerler anlamlı kabul edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen 150 hastanın yaş ortalaması 89,53±2,68, olguların %58'si erkek, %42'sini de kadındır. En sık başvuru şikayetleri vücutta kitle (%28,7), idrar yolu enfeksiyonu (%17,4) ve ağrıdır (%16). Hastaların %79,3'ünde komorbid hastalıklar mevcuttu. Sırasıyla hipertansiyon (%66), kalp yetmezliği (%26) ve kronik obstrüktif akciğer hastalığı (%22,7) en sık görüldü. Kronik obstrüktif akciğer hastalığı erkek hastalarda (%33,3), kadınlardan (%7.9) anlamlı derecede daha yüksekti (p<0.001). En sık tanılar deri (%30), akciğer (%12,7) ve mesane (%11,3) kanserleriydi. İlk evreleme tetkiki olarak Pozitron Emisyon Tomografisi (PET-BT) anlamlı olarak daha sık kullanılmıştı (%42,7 p<0,001). Erkeklerde akciğer (p=0,013) ve mesane (p=0,001) kanserleri kadınlara göre daha sık saptandı. Hastaların %26.7'si sigara kullanmış iken, bu alışkanlık erkeklerde (%43,7) kadınlardan (%3,2) anlamlı olarak yüksekti (p<0,001). Sigara kullanan erkeklerde akciğer ve mesane kanseri sıklığı da kadınlara oranla çok daha yüksek olarak bulundu. Yaş grubu ve komorbidite nedeniyle hastalara uygulanabilen tedaviler ağırlıklı olarak cerrahi tedaviler ve hormonal tedavilerdi. Kemoterapi (KT) gerektiren tümörlerde uygulanabilen hasta oranları düşüktü. Bu çalışma ileri yaştaki hastalarda komorbid hastalıkların sıklığı, sigaranın karsinogenezdeki önemi, PET-BT'nin evrelemede gelişen önemi ve tedavi uygulamalarındaki güçlükler açısından bilgilendirici olmuştur. Daha geniş ve prospektif çalışmaların gerekli olduğu muhakkaktır.
Kurutulmuş incir yağı'(Oleum ficus carica L.) nın pankreas kanseri hücrelerinde hücre ölümü üzerinde etkisinin in vitro araştırılması
Amaç: Bu araştırma Oleum Ficus Carica L.`deki antosiyaninlerin pankreas kanseri hücrelerine olan etkisinin değerlendirilmesi amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırmamız Adnan Menderes Universitesi'nde yapılmıştır. Araştırmaya Eylül 2020 tarihinde literatür taraması ile başlanmış olup, araştırma proje materyelleri Mart 2021 tarihinde tamamlanmıştır. Mart 2021-Haziran 2021 tarihleri arasında deney grupları oluşturularak elde edilen örneklerden MTS/PMS, Muse Analyzer ve Klonojenik analizleri yapılmıştır. Bulgular: İncir Yağı, Gemcitabine ve Kombine (Gem+İncir) gruplarında IC50 değerlerini belirlemek için MTS/PMS deneyi yapıldı. Muse Analyzer deneyinde annexinV kiti kullanılarak kontrol, gemcitabine, incir, kombine (gemcitabine+incir) gruplarında apoptotik değerlendirme için yapıldı. Tüm gruplarda canlılık ve apoptoz sonuçları yüzdelik oranla gösterildi. Son olarak Klonojenik Deney yapılarak, kontrol grubunda hücrelerin koloni oluşturduğu, ancak ilaç uygulanan kuyucuklarda ( incir yağı, gemcitabine, gemcitabine+incir) koloni oluşturmadığı gözlemlendi. Sonuç: Yaptığımız çalışmanın sonucuna göre kurutulmuş incir yağının pankreas kanseri hücrelerinde hücre ölümünü tetiklediği kanısına varıldı. Çalışmanın pankreas kanseri tedavisi için gelecekte yeni araştırmalara işık tutabileceği, incir yağının tümordeki hücre ölümünü tetikleyen bir ilaç/kimyasal olabileceği düşünüldü. Anahtar kelimeler: Antosiyanin, Apoptoz, Ficus Carica L , Flavonoid, Pankreas Kanser Hücresi.
Ege bölgesi rektosigmoid kanserlerinde dominant K-RAS mutasyon tiplerinin belirlenmesi, ilgili mutasyonların protein fonksiyonu ve yanıtlarına etkisi
Rektum yerleşimli tümörler, tüm kolorektal grubunun ~%27-32?sini oluşturmaktadırlar. Bu bölge tümörlerinin; tümör davranışı ve metastatik süreçlerinin kolonun diğer bölgelerinden farklılandığı bildirilmektedir. Ancak bu bölge tümörlerinin gerek karsinogenez gerekse tedavi seçeneklerinde önemli bir hedef olan K-RAS mutasyon durumuna ilişkin literatürde ayrıntılı bilgi bulunmamaktadır. Amaç: Çalışmamızın amacı rektum yerleşimli tümörlerde K-RAS mutasyonlarının durumunu saptamak, bu mutasyonların protein fonksiyonları üzerine etkilerini belirleyerek tümör davranışları üzerine bilgi edinmektir. Yöntem: 2009-2011 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi?nde rektosigmoid kanser tanısı konulmuş, patoloji blokları uygun örneklerde, Temel Onkoloji AD?nda K-RAS mutasyon analizi yapıldı. Spin kolon tabanlı nükleik asit izolasyonu ile elde edilen DNA materyalinde K-RAS geni kodon 12 ve 13 bölgeleri RT-PCR yöntemi ile incelenerek elde edilen veriler mutasyon açısından değerlendirildi. Bulgular: Rektosigmoid grubun %11.4?ü G12D mutasyonuna, %8.6?sı G12V ve %5.7?si G12A mutasyonuna sahiptir. Olguların %65.7?si WT?dir. Buna karşın kolon grubunun %12.2?si G12D, %10.2?si G12V mutasyonuna sahiptir. Kolon grubunun %69.4?ü WT?dir. Kolon grubunda G12A ve G12S mutasyonları hiç saplanmazken, rektum grubunda G12C ve G13R mutasyonları hiç görülmemiştir. Tüm olgu grubunda en sık rastlanan mutasyon G12D (%11.9) mutasyonudur. Sonuç: Moleküler düzeyde yapılan çalışmalar ve protein modelleme çalışmaları, mutant K-RAS proteinlerinin heterojen davranış modellerini kanıtlamaktadır. Buna bağlı olarak tümör spesifik mutant K-RAS proteinlerinin tümör davranışına ve sağıltım çıktılarının farklılığına yönelik klinik çalışmalar henüz bulunmamaktadır. Çalışmamız rektosigmoid ve kolon bölgelerinde, K-RAS mutasyon tiplerinden agresif ve daha yavaş seyirli olarak bilinen fenotiplerin farklı dağılım hızlarına sahip olduğunu göstermiştir. Bu olgularda tümör davranışı ve sağaltım çıktılarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamakla birlikte olgu sayımızın azlığı buna neden olmuş olabilir. Bu konuya odaklanan prospektif, iyi dizayn edilmiş ve daha fazla olgunun yer aldığı bir çalışmanın literatüre önemli katkısı olacağını düşünmekteyiz. Anahtar Sözcükler: Rektosigmoid kanserler, K-RAS genotipi, K-RAS fenotipi
Anti kanser ilaçları metabolize eden enzimlerin polimorfik özelikleri
Amaç:. 5-Florourasil (5-FU) kırk seneden beri bir çok solid tumorun sağaltımı için kullanılmaktadır. 5-FU sağaltımı alan hastaların %15? indeki derece III-IV mukozit, nötropeni, bulantı, diyare, miyelosüpresyon, el-ayak sendromu toksisiteleri, 5-FU metabolik yolağındaki Dihidropirimidin dehidrogenaz (DPYD), Metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR), Timidilat sentaz (TS) enzimlerinin polimorfik özelikleri ile ilişkilendirilmektedir. Bu çalışmanın amacı 5-FU ilacının metabolizmasını ilgilendiren enzimlere ait genlerin populasyona özgü polimorfizimlerinin belirlenmesi; bu polimofizimler ile sağaltım sonuçlarının ve gözlenen toksisitelerin ilişkili olarak incelenmesidir. Yöntem: 5-FU sağaltımı alan 85 kanser hastası çalışmaya alındı. DPYD, TYMES, MTHFR enzimleri kodlayan genler, yeni nesil Sequenom MassARRAY Analyzer 4 ile tek nükleotid değişimleri açısından tarandı . Bulgular: Altı olguda toksisite saptanamazken, toksisite saptanan 79 olgunun, 47?sinde, hematopoeitik toksisite, 18?inde, el ve ayak sendromu, 11?inde, gastrointestinal toksisite ve 3?ünde ise, deri toksisitesi saptandı. MTHFR 677 C>T mutasyon oranı; % 47,1 wild tip, % 43,5 heterozigot, % 9,4 homozigot mutanttı. TS 1494 ins/del mutasyon oranı; % 36,5 wild tip, % 38,4 heterozigot, % 24,7 homozigot mutant olarak saptandı. DIVS14G>A/G allelik ferakansı %0.6 olarak saptandı. DPYD 85T>C mutasyon oranı; % 47,1 wild tip, % 43,5 heterozigot, % 9,4 homozigot mutant olarak saptandı. DPYD 2846A>T ve D1679T>G/T mutasyonları hiç saptanmadı. Sonuç: MTHFR 677C>T mutasyonu olan olgularda el ve ayak sendromu ve TS1494ins/del mutasyonu olan olgularda hematopoitik toksisiteler daha fazla gözlenmiştir. Ancak toksisite derecesi ile bir ilişki saptanmadı. Seçilen enzimlerin genotiplerinin belirlenmesi 5-FU toksisitesi riskini tahmin etmek için önemlidir. Toksisite ile genotip ve etnik kökenin ilişkisini doğrulamak için popülasyonu temsil gücüne sahip bir çalışmaya ihtiyaç vardır. Anahtar Sözcükler: 5-FU Metabolik Yolağı, MTHFR,TS, DPYD, polimorfizm, farmakogenetik.
Meme kanseri ve trastuzumab tedavisine dirençte p95'in rolü
Amaç: HER2 onkogenini hedefleyen trastuzumab, HER2 amplifikasyonu gösteren meme kanser hastalarında belirgin klinik yarar sağlar. Güçlü aktivitesine rağmen, HER2 pozitif meme kanser hastalarının bazıları, trastuzumab direnci nedeniyle klinik yarar görmez. Trastuzumab direncinin moleküler mekanizmalarından birisi, p95HER2 (truncated HER2)'nin aşırı ekspresyonudur. Bu çalışmanın amacı, p95HER2 aşırı ekspresyonu gösteren meme kanserlerinin trastuzumaba direnç gösterip göstermediğini araştırmaktır. Materyaller ve Yöntemler: p95HER2 ve HER2 ekspresyon seviyesi, eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile saptandı. HER2 protein ekspresyonu ve HER2 gen amplifikasyonu, immunohistokimya ve kromojenik in situ hibridizasyon ile belirlendi. Tüm değerlendirmeler, formalinde tespit edilmiş parafine gömülmüş 80 meme kanser dokusu arşiv materyalinden elde edilen örneklerde yapıldı. Tanı sırasında, hastaların hiçbirinde uzak metastaz yoktu. HER2 pozitif meme kanser hastalarına, kemoterapi ile birlikte yada tek ajan trastuzumab tedavisi uygulandı. Bulgular: Bu çalışma seksen meme kanser hastasından oluşmaktadır. Otuzdokuz olgu, HER2 pozitifti ve trastuzumab tedavisi aldı. Bu 39 hastanın 11'i (%28,2), trastuzumaba dirençli idi ve 28'i (%71,8) trastuzumaba dirençli değildi. Üç hasta takip sırasında eks oldu. Trastuzumab direnci gösteren 11 olguda, p95HER2 ortalama değeri 11,01±19,73 (0,41-5,89) olarak bulundu. Trastuzumab direnci göstermeyen 28 olguda ise p95HER2 ortalama değeri 1,99±1.37 (0,51-6,63) idi. p95HER2 oranı düşük ise, trastuzumab direnci yoktur şeklinde bir sonuç elde edilemedi (p=0,210 Mann-Whitney U testi). Ancak, p95HER2 oranının yüksek olduğu her durumda trastuzumab direnci vardı. Sonuç: p95HER2'nin, trastuzumab direnci ile korele olduğu bulundu. Ancak, yalnızca p95HER2'nin değerlendirilmesinin, trastuzumab direncinin belirleyicisi olmadığı saptandı. Bu sonuç, trastuzumab direncinin öngörülmesinde, p95HER2'nin duyarlı ancak özgün olmadığını düşündürmektedir.
Nöroblastom mikroRNA ilişkisi
Giriş ve Amaç: Nöroblastom tüm çocukluk çağı kanserlerinin % 8-10'unu oluşturur. MikroRNA (miRNA)'lar küçük ve kodlayıcı olmayan RNA'lar olup gen ekpresyonunun posttranskripsiyonel düzenlenmesinde ve bazı kanserlerin patogenezinde önemli bir rol oynamaktadırlar. Bu çalışmanın amacı; farklı klinik ve histolojik özellikler gösteren nöroblastom dokularında miRNA ekspresyon profilini saptamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada 17 adet hastanın arşiv parafin bloklarına ait toplam 24 adet farklı örnek kullanıldı. Bu dokular gruplandırılarak 5 ayrı analizde mikroarray ile mikroRNA profilleri karşılaştırıldı: I. analiz: İyi differansiye (n=6), andifferansiye (n=6) II. analiz: Kemoterapi öncesi (n=3), kemoterapi sonrası (n=3) III. analiz: İyi histoloji (n=10), kötü histoloji (n=8) IV. analiz: Nöroblastom (n=4), Ganglionörom (n=4) V. analiz: düşük risk (n=10), orta risk (n=6), yüksek risk (n=8) Biyoinformatik analizi sonrasında eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile validasyon yapıldı. Bununla birlikte yüksek ve düşük riskli yeni hastalara ait tümör dokularında valide mikroRNA'lar ile karşılaştırma yapıldı. Ayrıca klinik veriler ile farklı eksprese olan miRNA'lar açısından karşılaştırma yapıldı. Bulgular: I. analiz'de 25 adet, II. analiz'de 8 adet, III. analiz'de 3 adet, IV. analiz'de 4 adet, V. analiz'de düşük-orta risk için 7 adet, orta-yüksek risk için 1 adet ve düşük-yüksek risk için 14 adet farklı miRNA tespit edildi (p<0.01). KEGG yolak analizinde bu miRNA'ların en çok kanser yolağını hedefledikleri saptandı. Klinik veriler ile mikroRNA'lar karşılaştırıldığında en belirgin farklılık miR-132 ve miR-490' de görüldü. Yüksek ve düşük riskli yeni vakaların tümör dokuları arasında en çok kat değişimi miR-98-5p'de belirlendi. Sonuç: Çalışmamızın mikroRNA'ları hedefleyen tedavilerin gelişimi ve biyomarker çalışmaları için bilgi verebilecek nitelikte olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: mikroRNA, nöroblastom, ganglionörom
Nöroblastomda kanser kök hücrelerine mezenkimal kök hücre ve tümör infiltre edici lenfositlerin etkisi
Nöroblastom , çocukluk çağında en sık görülen ekstrakranial solid tümördür. Kanser kök hücrelerinin (KKH'ler) tümörün başlatılması, ilerlemesi ve rekürrensinde merkezi bir rol oynadığı düşünülmektedir. Artmış KKH seviyeleri kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu çalışmanın amacı; nöroblastom hücreleri, KKH'ler ve tümör infiltre edici lenfositler (TIL'ler) ve mezenkimal kök hücreler (MKH) olan tümör mikro çevre elemanları arasındaki etkileşimi ex vivo ilk defa araştırmaktır. Nöroblastom ameliyat materyali taze dokularından tek hücre süspansiyonu yapılıp kültüre edildi. CD133+ kök hücreleri, nöroblastoma kanseri hücrelerinden manyetik izolasyon kullanılarak izole edildi. TIL'ler, AIMV ortamı göç yöntemi MSC ile izole edildi ve CD54 +, CD90 + manyetik izolasyon ile izole edildi. İzole edilen hücreler, tümör infiltre edici lenfositler ve CDDP çok kuyucuklu platelere ekildi Sonra hücrelerin canlılığı 24 ve 48 saatte ölçüldü. TIL'lerin fenotipi flow sitometri ve immünhistokimyasal yöntemle belirlendi. nonparametrik sonuçların karşılaştırılması için Mann Whitney U testi testi kullanıldı. P<0.05 anlamlı kabul edildi. Çalışmada yaşları 2-168 (39 ortalama) ay arası 20 hastanın materyali hücre kültürü ile değerlendirildi. Bunların 8'i düşük riskli grupta, 12'si ise yüksek riskli grupta idi. Çalışmaya 10 kız ve 10 erkek çocuk alındı. MKH'ler KKH'leri üzerindeki CDDP'nin öldürücü etkisini azalttığını ve bunu apoptotik etkiyi azaltarak yaptığını bulduk. Ayrıca TIL'ler NB ve KKH üzerindeki CDDP'nin öldürücü etkisini arttırdığını bulduk. Bu etkileşimin kanıtlanması, nöroblastom ve KKH hedefli tedavilerin planlanmasında mikro ortamı düşünmek için yararlı bilgiler sunmaktadır. Anahtar Sözcükler: Nöroblastom, Kanser Kök Hücresi, Mezenkimal Kök Hücre, , Mikroçevre, Tümör İnfiltre Edici Lenfosit
Kolon kanserinde ve ilaç direncinde otofajinin rolü
Amaç: Kolorektal karsinom dünyada üçüncü en sık gözlenen kanserdir. Otofaji, hücresel proteinlerin otofajik vakuoller aracılığı ile lizozomal degredasyonudur. Otofaji gelişimde, uzun yaşamda ve kanser gibi pek çok hastalığın patogenezinde büyük rol oynamaktadır. Tümör gelişimi ve uyarılması üzerine bazı etkiler gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışmanın amacı, otofajinin, otofaji ilişkili protein beclin-1'in ve kolorektal kanserin klinikopatolojik özellikleri ile ilişkisinin belirlenmesidir.Yöntem: Kolorektal kanser hasta doku örnekleri Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı'ndan elde edildi. Tümör ve eşlenik normal doku örnekleri 36 kolorektal kanser hastadan elde edildi. Beclin-1 proteini, kolon kanser doku örneklerinde otofaji varlığını göstermek için western blotting yöntemi kullanılarak belirlendi. Beclin-1 ekspresyonu ile invazyon, metastaz ve evreyi içeren klinikopatolojik özellikler arasındaki ilişki araştırıldı.Bulgular: Beclin-1 protein ekspresyonu hem tümör hem de eşlenik normal doku örneklerinin çoğunda saptandı. Hastaların üçünde hem tümör hem de normal doku örneklerinde beclin-1 ekspresyonu saptanmadı. Beclin-1 protein ekspresyonu yalnızca iki hastanın tümör dokusunda ve dört normal doku örneğinde belirlendi. Buna karşın, kolorektal kanser hastalarının klinikopatolojik özellikleri ile beclin-1 protein ekspresyonu arasında herhangi bir korelasyon saptanmadı.Sonuç: Bu çalışmanın sonuçları otofajinin kolorektal karsinogenezisde işe karııştığını önermektedir. Genişletilmiş çalışmaların yapılması otofaji ve kolorektal kanser ile ilişkili klinikopatolojik özellikleri belirlemede faydalı olabilecektir.
Gastrointestinal stromal tümörlerde kit mutasyonlarının klinik önemi
Biyolojik davranışın oldukça değişken olduğu GİST'lerde, KİT geni ekzon 9, 11, 13 ve 17 aktivasyon mutasyonları tümörün klinik davranışı ile ilişkilidir. Bu çalışmanın amacı Türk populasyonunda ilk kez GİST'lerde KİT geni ekzon 9, 11, 13 ve 17 mutasyonlarının histopatolojik özellikler ve sağaltım yanıtları ile ilişkilendirilmesidir.Çalışmaya GİST tanısı alan 65 olgu alındı. Tümör dokusu DNA'sı KİT geni ekzon 9, 11, 13 ve 17 mutasyonları açısından DNA dizileme ile tarandı.Olguların %8,3'ü KİT geni ekzon 9, %47,5'si ekzon 11, %11,7'si ekzon 13 ve %1,7'si de ekzon 17 mutasyonları içermekteydi. Grubumuzda literatürde daha önce yayınlanmamış mutasyonlar saptandı.KİT geninde herhangi bir mutasyonu olanlar, mutasyonu olmayanlara göre 3,18 kat daha fazla malign potansiyel riski taşımaktadır (OR: 3,18). KİT geni ekzon 11 bölgesinde yer alan W557-K558 kodonlarında mutasyonu olan olgular, bu bölgede mutasyon taşımayan olgulara göre 11 kat daha fazla malign potansiyel riski taşımaktadır (OR: 11).Tüm olgularda ve metastatik olup imatinib kullanan olgularda KİT geni genel mutasyon varlığı ile ekzon 11 mutasyonu varlığı sağkalımı yabanıl tip olmaya oranla belirgin düzeyde uzatmıştır.KİT geninde herhangi bir mutasyonu olanlar, mutasyonu olmayanlara göre 2 kat daha fazla imatinib sağaltımından yararlanmıştır (OR:2). Sonuçlarımız, KİT mutasyonu olan GİST'lerin, imatinib ile adjuvan tedavisi için iyi bir aday olabileceğini düşündürmektedir.GİST'lerde tümör davranışı ile ilişkili moleküler özelliklerin tanımlanması tanı ve sağaltımda yeni biyobelirteçlerin bulunmasında önemlidir. Tümör davranışlarıyla ilişkili yeni moleküler biyobelirteçler, hastalığın daha iyi yönetimini sağlayacak ve yeni sağaltım hedefleri yaratacaktır.Anahtar kelimeler: Gastro İntestinal Stromal Tümörler, KİT gen mutasyonları, DNA Dizileme, Farmakogenomik, Biyobelirteç
Wilms tümöründe mikrosatellit instabilite varlığının ve DNA onarım genlerinden MLH1, PMS2, MSH2, MSH6'nın doku ekspresyon düzeylerindeki değişikliklerin araştırılması
Amaç: Lynch sendromuyla ilişkili kolorektal kanserlerin patogenezindeki rolü ayrıntılı olarak bilinen mikrosatellit instabilite (MSİ) ve yanlış eşleşme tamir (YET) genlerinin Wilms tümöründeki (WT) etkisi kapsamlı olarak araştırılmamıştır. Çalışmamızın amacı MSİ ve YET proteinlerinin WT'ündeki prognostik önemini belirlemektir.Yöntem: Nefroblastomlu 45 olgu çalışma kapsamına alındı. YET protein ekspresyonları arşiv bloklarından yapılan kesitlerde immünhistokimyasal yöntemle incelendi. Tüm olguların parafin bloklarından çıkartılan tümör ve normal böbrek dokularından ekstrakte edilen DNA'ların; BAT25, BAT26, NR21, NR24, mono27, penta D ve PentaC belirleyici genlerinde; real time PCR melting analiz ve floresan kapiller elektroforez (FKE) yöntemleriyle mikrosatellit instabilite varlığı irdelendi. Tüm sonuçlar istatistiksel olarak değerlendirildi.Bulgular: Düşük derecede MSİ 6 olguda (%13,3) gözlendi. MSİ ile evre ve sağkalım gibi bazı prognostik faktörler arasında istatistiksel korelasyon saptanmadı. On dokuz tümörde (%42,2) MLH1, PMS2, MSH2 veya MSH6 protein ekspresyonlarından bazılarında kayıp vardı. YET protein defektiyle; tümör boyutu (p=0,021), evre (p=0,017) ve sağkalım (p<0.01) arasında korelasyon gözlendi. Benzer şekilde MSİ ile tümör boyutu araşında ilişki saptandı (p=0,046). Fakat MSİ ve YET proteinleri arasında ilişki yoktu (p=0,198).Sonuç: Bu çalışma; YET gen defektine bağlı MSİ'nin, Wilms tümörlerinin küçük bir kısmının patogenezinde etkisi olabileceğini göstermiştir. Fakat MSİ ile YET proteinlerinin doku ekspresyonları arasında uyum olmaması; YET genlerinin WT gelişiminde farklı bir mekanizma ile etkili olabileceğini düşündürmektedir.
Multipl miyelomda düzenleyici T hücrelerin ve Programlı ölüm-1`in rolü
T düzenleyici hücreler (Treg) immünsüpresyonda ve otoimmün sistemin kontrolünde rol alarak tümör hücrelerine verilen immün yanıtta önemli bir görev üstlenmektedir. CD200 T hücre aracılı immünitede immünsüpresif etkiye sahiptir. Etkinliğinin arttırılması sonucunda tümör hücrelerinin immün sistemden kaçışı ile ilişkilendirildiği düşünülmektedir. Programlı ölüm-1 (PD-1), T hücreleri, B hücreleri, doğal öldürücü hücreler ve dendritik hücreler üzerinde ekprese edilmektedir. İmmün yanıtta inhibitör sinyallere sahiptir. T hücre apoptozunu uyarır. İnhibisyonu tümör progresyonu ile ilişkilidir.Bu çalışmanın amacı otolog kemik iliği transplantasyonu (OKİT) alan ve almayan multipl miyelom (MM) hastalarında CD4+ CD25+ Foxp3+ Treg hücrelerin, CD200 ve PD-1 pozitif hücrelerin seviyelerinin kıyaslanmasıdır.Hücrelerin analizi için yaşları 41 ve 78 arasında değişen 28 multipl miyelom hastasından (10 kadın, 18 erkek) kan örnekleri steril EDTA içeren tüplere alındı. Periferik kan mononükleer hücreleri (PBMC) Biocoll ayırma solusyonu (d 1.077g/ml) ile yoğunluk gradient santrifügasyonu ile izole edilerek hemen akım sitometri analizine tabi tutuldu. Sonuçların Mann Whitney nonparametric test ile Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) (9.05) yazılımı kullanılarak analizi yapıldı. P değerleri <0.05 olanlar istatistiksel olarak anlamlı olacak şekilde değerlendirildi.Bu çalışmada Treg hücre sayımları OKİT alan hastalarda daha yüksek seviyede tespit edilmiştir (p=0.042). Ayrıca iki grup arasında CD200 ve PD-1 ekspresyonlarının belirgin bir istatistiksel anlam ifade etmediği tespit edilmiştir (sırasıyla p=0.711, 0.404 ). OKİT veya Treg hücrelerin seviyeleri CD200 and PD-1 ekspresyonları ile korelasyon göstermemektedir. Treg hücreleri ve PD-1 seviyeleri arasında literatürde yer alan çalışmalara benzer bir negatif korelasyon gözlenmiştir. Sonraki çalışmalarda MM `da Treg hücrelerin kemik iliğine kemoterapötik ajanların varlığında ve yokluğundaki etkileri sorgulanmalıdır.
13q delesyonlu multipl miyelom hastalarında bortezomib etki mekanizmasının araştırılması
Multipl miyelom (MM), malign plazma hücrelerinin klonal proliferasyonu ile karakterize malign hematolojik bir hastalıktır. Multipl miyelomdaki en önemli sorunlardan biri ortalama sağkalımın 3-7 yıl ile sınırlı olmasıdır. Ayrıca, konvansiyonel ve yüksek doz terapilerin sıklıkla uygulanmasına rağmen, tümör hücrelerinin çeşitli tedavilere karşı direnç geliştirmesi etkin tedavi için diğer önemli sorunu oluşturur. Multip miyelomda kazanılmış tedavi direncinin patogenezini açıklayan mekanizmaların anlaşılması için ayrıntılı çalışmalara gereksinim vardır.Yapılan çalışmalarda 13.'cü kromozomda gözlenen anomalilerin kısa yaşam süresi, kötü prognoz ve konvansiyonel kemoterapötiklere yanıt azlığı ile ilişkisi bildirilmiş ve İntersellüler Adezyon Molekülü (ICAM) ve Nükleer Faktör Kappa B (NF-kB) molekülünün MM'da gelişen kazanılmış ilaç direncinde etkin rol oynayabileceğine dair sonuçlar bulunmuştur.Bu çalışmadaki amacımız, multipl miyelom tedavisinde umut vaad eden bir ajan olan bortezomibin, 13q delesyonu, ICAM ekspresyonu ve NF-kB aktifliği ile ilişkisini inceleyebilmektir.Çalışmamızda, tedavisinde bortezomib kullanılmamış 18 multipl miyelom hastasının kemik iliği aspirasyon örneklerinden Ficoll yöntemiyle izole edilen mononükler hücreler kültüre edildi ve bortezomib uygulandı. Kültür öncesi ve sonrası ICAM düzeyleri immunohistokimyasal olarak ve NF-kB seviyeleri ELİZA yöntemi ile incelendi. Ayrıca FISH yöntemi ile 13q delesyon incelemesi yapıldı.Sonuçlarımıza göre, 13q delesyon pozitifliği %44 olarak bulunmuştur. 13q delesyon varlığı ile NF-kB aktifiği karşılaştırıldığında anlamlı bir fark bulunamamışken, 13q delesyonu negatif hastalarda ICAM kültür öncesi değerlerin kültür sonrası değerlere göre yüksek olduğu bulunmuştur. Diğer yandan 13q delesyonu pozitif hastalarda kalsiyum, C- reaktif protein ve kemik iliği plazma hücre yüzdeleri anlamlı bir şekilde yüksek bulunmuştur.Bu çalışma sonucunda elde ettiğimiz veriler, ile 13q delesyon varlığının ilaç direnci gelişiminde ICAM üzerinden ilişkisinin olabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca, NF-kB aktifliğinin, ICAM ekspresyonun daha fazla sayıdaki hasta serileri ile ayrıntılı incelenmesi gerektiğini düşündürmüştür.Anahtar kelimeler: Multipl miyelom, 13q delesyonu, ICAM, NF-kB, ilaç direnci
İnvaziv meme kanserinde 34 genin epigenetik incelemesi ve gen ekspresyon analizi
Meme kanserinin tanısal sürecinde, tedavi seçiminde yardımcı olabilmek ve tümörün moleküler olarak tanımlanabilmesini sağlayabilmek amacıyla 64 meme tümör, 51 tümör çevre, meme redüksiyon ameliyatından elde edilen 4 sağlıklı meme dokusunda 6'sı referans toplam 34 genin ekspresyon verileri kantitatif revers transkriptaz PCR ile değerlendirildi. Analiz, taze dokularda gerçekleştirildi. Yine aynı amaçla, aynı örneklerde CDH1 ve P16 genlerinin epigenetik değişimleri metilasyon spesifik PCR ile incelendi. Bunların histolojik ve klinik verilerle ilişkileri araştırıldı.Histolojik tiplere göre CDH1 metilasyon sıklığı: lobüler %32, duktal %10,5 miks tümörde %24 olarak bulundu. P16 metilasyonu evre sıfırda, CDH1 metilasyonu ileri evrelerde anlamlı olarak yüksekti.Histolojik derecenin %90.1'inin BRCA2, P16, P53, P73, CDH1, THBS1, PAX5, STK11, BCL2, CASP8, ESR, RARb, MLH3, evre'nin % 73.6'sının BRCA1, BRCA2, CDH1, P16, P15, P73, CDK6, GSTP1, TIMP3, CDH13, ATM, CASP8, ESR, HER2, MLH3, nükleer derecenin %42,2'sinin BRCA1, BCL2, CASP8, ESR, MSH6, MLH3, invaziv grade'in %52,9'unun P53, CDK6, TIMP3, RASSF1, PAX5, STK11, BCL2, RARb, diferansiasyonun %52.8'inin P53, CDK6, TIMP3, PAX5, STK11, BCL2, CASP8, RARb, lenf nodu tutulumunun %56.9'unun BRCA1, BRCA2, CDH1, P16, P15, CDK6, ATM, ESR, metastazın %55.5'inin CDH1, P73, P53, TIMP3, CDH13, ATM, CASP8, HER2, MSH6 gen ekspresyon değişiklikleri ile açıklanabileceği gösterildi. Ayrıca CDH1 ve TIMP3'ün gen ekspresyon değişiklikleri ile meme kanserinin histolojik tiplerine göre gruplandırılmasında %51.4; ESR, HER2, GSTP1 ve CDH13 gen ekspresyon değişikliklerinin ise meme kanserinin hormon reseptörüne göre (ER+HER2+, ER+HER-, ER-HER+,ER-HER2-) gruplandırılmasında %85.5 başarılı bulundu.Elde edilen verilerin meme kanseri hastalarının daha doğru sınıflandırılmasında ve tedavi karar sürecinde yardımcı olabileceği düşünüldü.
Malign melanomda tümör infiltre edici lenfositlerin (TIL) immunohistolojik karakterizasyonu ve regülatör T hücresi'nin tümör dokusu ve dolaşımda değerlendirilip prognoz ile ilişkisinin saptanması
Malign melanomun diğer solid tümörlerden farklı olarak spesifik bir immün cevap sayesinde spontan regresyonun görülmesi immünoterapistlerin ilgisini bu hastalığa çekmiştir. Günümüzde de immünoterapinin başarıya ulaşan hedeflerinden biri haline gelmiştir. İmmün sistemdeki görevleri incelenen regülatör T hücrelerinin (Treg) melanomdaki rolünün anlaşılması için ayrıntılı çalışmalara gereksinim vardır. Bu araştırmanın temel amacı, malign melanom hastalarında tümör infiltre edici lenfositlerin immünohistolojik karakterizasyonu ve dolaşımdaki Treg hücrelerinin serum S100B ile karşılaştırarak prognozu saptamadaki gücünün araştırılmasıdır. Bunun için hem melanom hastalarında (n=30) hem de sağlıklı kontrollerde (n=24), günümüzde en uygun Treg markeri olan FOXP3 transkripsyon faktörünü kullanarak, Treg'lerin miktar ve fenotip analizi yapıldı. Ayrıca immünhistokimyasal TIL tayini yapıldı.Çalışmamızda serum S100B ve dolaşımdaki CD4+CD25+, CD4+CD25+FOXP3+ ve CD8+CD25+FOXP3+ hücrelerinin hasta grubunda kontrol grubuna göre yüksek olduğu bulundu. Serum S100B ile hastaların periferik kanlarında ölçülen CD4+ hücreleri ve de tümörü infiltre eden B lenfositleri arasında ters yönde korelasyon bulundu. Tümörü infiltre eden T lenfositlerinin tümörün Breslow kalınlığı arttıkça azaldığı gösterildi. Clark seviyesi yükseldikçe de tümörü infiltre eden CD4+ T lenfositlerin azaldığı görüldü.Sonuçlarımıza göre tümör progresyonu, hastalığın klinik seyri ile serum S100B ve dolaşımdaki Treg hücre ölçümü paralellik göstermektedir. Ayrıca, hastalık prognozu ile TIL varlığı arasında ters yönde bir ilişki olduğunu ve tümörü süprese edecek olan lenfositlerin azlığının bu tümörün gelişmesine neden olduğunu söylemek mümkündür.Bu çalışma sonunda elde ettiğimiz veriler, Treg'lerin anti tümör immünitesinde olası bir rolü olduğunu göstermektedir. Gelecekte Treg'ler için spesifik marker ekspresyonunu araştıran, inhibisyon mekanizmalarının aydınlatılmasına yönelik ve antijen özgünlüğünü dikkate alan çalışmalar dizayn edilmesinin yararlı olacağı öngörülmektedir. Bununla beraber, CD4+ T hücrelerini artırma ve Treg hücrelerini kısıtlamaya yönelik yeni kanser aşı programları hem CD8+ T hücreleri hem de antijen spesifik immün cevabı düşünerek değerlendirilmelidir.
Kolorektal kanserlerde RAS/RAF/MAP kinaz yolağının klinikopatolojik özelliklerle ilişkisi
Giriş: KRAS mutasyonu, metastatik kolorektal kanserde setuksimab gibi anti-epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR) terapötik ajanlarında başarısızlığın doğrulanmış bir biyobelirteçtir. Pek çok çalışma NRAS gibi diğer RAS mutasyonlarının anti-EGFR monoklonal tedavilerine dirençle ilişkili olduğunu doğrulamıştır. Ancak, PIK3CA mutasyonlarının bu terapilerin etkinliği üzerindeki etkisi hala tartışmalıdır. Amaç: Bu çalışmanın amacı RAS/RAF/MAPK yolağı ilişkili KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA genlerinde mutasyona sahip kolorektal kanserli hastalarda bu mutasyonlarla klinikopatolojik özelliklerin ilişkisini saptamaktır. Metot: Bu çalışmaya, 2009-2014 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi'nde kolorektal kanser teşhisi konmuş hastalar dahil edilmiştir. Spin kolon tabanlı DNA izolasyon yöntemi ile formalinle sabitlenmiş parafine gömülü bloklardan genomik DNA izole edilmiştir. KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA mutasyon durumları elde edilen örneklerden QIAGEN Pyrosequencing Q24 ve AmoyDx Real-time PCR kullanılarak saptanmıştır. Bulgular: Hastaların %44,7'si 60 yaş ve üzeri ve %34,8'i kadındı. %90,6'sında en az bir metastaz vardı. KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA mutasyon oranı sırasıyla %21.2, %12.5, %4.2 ve %46.9 idi. KRAS'ta en sık görülen mutasyon %32,1 ile G13D idi. KRAS mutasyonu kadınlarda erkeklere göre anlamlı oranda fazlaydı (p=0,02). Primer tümör bölgesi kolon olan vakalarda NRAS mutasyonu rektuma göre anlamlı oranda fazlaydı (p=0,08). Q61K, NRAS kodon 61'de saptanan tek sübstitüsyondu. Saptanan diğer mutasyonlar E545D, E542K, E545K ve H1047L iken PIK3CA-H1047R en sık tekrarlanan mutasyondu. Belirtilenler dışında, gen mutasyonu ile yaş, cinsiyet, tümör farklılaşması, evre ve metastaz yeri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmadı. Sonuç: Sonuç olarak, çalışmamız, Türk toplumunda metastatik kolorektal kanserli hastalarda NRAS ve PIK3CA mutasyonları ile klinik özellikler arasında korelasyonun göstermesi için yapılan ilk retrospektif çalışmadır. KRAS, NRAS ve BRAF yabanıl tip hastalarda PIK3CA mutasyonları gözlenmiştir. Bizim kohortumuzda mutasyonlar ve klinikopatolojik özellikler arasında istatistiksel bir ilişki olmasa da bu belirteçler hastalar için uygun terapilerin seçiminde önemli rol oynamaktadır. Birden fazla gen mutasyon örneğinin bilgisi, hastaların anti-EGFR tedavisinden görecekleri yararların öngörülmesinde yararlı bilgiler verebilecektir. Anahtar Kelimeler: Kolorektal kanser, KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA
In vıtro ortamda, erişkin ve çocuk kanserleri sağaltım modelinde, mikro çevrenin apoptotik yolak üzerine etkileri
Amaç ve Hipotez: Yeni sağaltım stratejilerinin geliştirilmesi ve uygulanan kemoterapistratejilerinin daha etkin kılınması amacıyla yapılan çalışmalarda önemli hedeflerden biri detümör mikro çevresi ve doğal anti tümör sistemlerdir. Tümör hücresi ile mikro çevresiarasında çok sayıda etkileşmenin, tümör hücresinin yaşamında etkin rol aldığınıdüşünülmektedir. Reaktif oksijen ve nitrojen ürünlerini kapsayan mikro çevrenin, farklımetabolitler oluşturarak hücresel süreçlerde farklı yolakları etkileyebileceği bilinmektedir.Sağaltım süreçlerinde, apoptotik yolakta, RNS ve ROS temelli mikro çevre bileşenlerininetkileri, sağaltım stratejilerinin gelişmesini ve kemoterapi sağaltımının daha uygunkompozisyonda kullanılmasını amaçlayan yeni bir çalışma alanıdır. Bu çalışmanın amacı invitro bir kanser sağaltım modeli oluşturarak, reaktif oksijen ve nitrojen temelli bir mikroçevrenin apoptotik yolağı ve sağaltım süreçlerini nasıl etkilediğini göstermektir.Yöntem: SHSY5Y, Kelly HeLa ve HEp-2 hücre hatlarında in vitro sağaltım modelioluşturuldu. ROS ve RNS temelli mikro çevre modellerinin deneysel tasarımında; L-Arg,GSNO, SIN-1, H2O2, baskılayıcı olarak L-NAME, SOD, Ebselen, Aminoguanidine.Bicarbonate, viral enfeksiyon modeli olarak BHV-1 kullanıldı. Hücreler üzerine oluşansitotoksik etkiler MTT ve XTT yöntemleri ile değerlendirildi. Apoptotik hücre ölümü için,Hoechst 33342 / Propidyum iyodid çekirdek boyaması, (in situ TdT-mediated dUTP nick endlabeling technique) TUNEL tekniği, apoptozun erken dönemde saptanması için Annexin Vişaretlemesi uygulandı. Nitrik oksit yanıtları Griess Ayıracı ile total nitrit olarakdeğerlendirildi.Bulgular ve sonuç: Servikal karsinoma hücre hattında mikro çevre değişikliğine yanıtınaraştırıldığı deneylerde, L-Arg (endojen NO donörü), doza bağımlı olarak, apoptotik yolağıuyarmıştır. Ortamda süperoksit bulunduğu durumlarda, NO uyarıldığında, hücresel ölüm1sinerjik olarak artmıştır. Endojen NO uyarımı ile oluşan hücresel ölüm apoptotik ölümken,süperoksit ve NO'in birlikte bulunduğu durumlarda baskın olan ölüm şekli nekrotik ölümolmuştur. Bu sonuçlar, NO'in hücresel ölüm şeklini (ortamda baskın olan radikale bağlıolarak) yönlendirmede temel bir rol oynadığını göstermiştir.BHV-1'de ya normal hücresel mikro çevrede ya da kanser hücresinde ?E? döneminden ?L?dönemine geçiş sırasında sunulan proteinler, staurosporin ile uyarılmış apoptozu bilebaskılamaktadırlar. Tersine normal bir hücresel mikro çevrede (MDBK) BHV-1 ?E? genlerisunulurken apoptoz en fazla uyarılırken, kanser hücrelerinde (HEp-2) ?IE? genleri sunulurkenapoptoz uyarılmıştır. BHV-1 apoptozunun kaspaz-8 yolağı ile yani ?dış membran reseptör?yolağından oluştuğunu göstermiştir.SHSY5Y hücrelerinde; ekzojen NO (GSNO), peroksinitrit (SIN-1) radikalinin baskın olduğumikroçevrede, DOXO, CIS, ETOP sağaltım modellerinde, CARBO+ETOP uygulamasında,peroksinitrit ve süperoksit; CIS+ETOP uygulamasında ekzojen NO ve süperoksit hücreölümünü arttırmışlardır.Kelly hücrelerinde; ekzojen NO (GSNO), peroksinitrit (SIN-1) ve süperoksit ve hidroksilradikalleri (H2O2) radikalinin baskın olduğu mikro çevrede, DOXO, CIS, ETOP sağaltımmodellerinde CARBO peroksinitrit ve süperoksit, CIS+ETOP uygulaması, ekzojen NO ilebirlikte, CARBO+ETOP uygulamasında hem ekzojen NO hem de süperoksit hücre ölümünüarttırmıştır. Sağaltım sürecindeki nöroblastoma hücrelerinde gözlenen apoptotik hücre ölümü,ortamda peroksinitrit bulunduğunda 2. 74 kat; ekzojen NO bulunduğunda 2. 18 kat; ROSbaskın bir ortamda 3. 45 kat artmıştır.Bu sonuçlar, mikro çevrede bulunan serbest radikalin cinsine bağlı olarak sağaltımsüreçlerinin etkilendiğini desteklemektedir.TÜRKÇE ANAHTAR KEL MELERNöroblastoma, tümör mikro çevresi, in vitro sağaltım modeli, ROS, RNS, apoptotik yolak.2
Mesane kanserinde yeni immünoterapi ajanların etkinliği
Bu çalışmada, orta-riskli ve yüksek-riskli kas invaziv olmayan mesane kanseri (KİOMK) hastalarından elde edilen primer mesane kanseri hücre kültürlerinde onkogram olarak immünoterapötik ajanların ex vivo etkinliğini ve klinikopatolojik özelliklerle olası ilişkilerini değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmada, 2018-2019 yılları arasında mesane tümörü nedenli transüretral rezeksiyon (TUR-Mt) uygulanan hastalardan taze tümör dokuları ve periferik kan örnekleri alındı. Mononükleer hücreler (MNC) kan örneklerinden izole edildi. Her doku örneğinden primer mesane kanseri hücre kültürleri üretildi. Her bir kültür 5 ilaç uygulama grubuna ayrıldı. Grup-1'de, ilaç verilmeyen primer hücrelere sadece MNC uygulandı. MNC'nin yanı sıra Grup-2 için Mitomisin-C (MMC), Grup-3 için Bacillus Calmette Guérin (BCG), Grup-4 için Nivolumab ve Grup-5 için İpilimumab uygulandı. Canlılık testleri, WST-1 kullanılarak test edildi. Programlanmış Ölüm-1, Ligand-1, Ligand-2 (sırasıyla PD-1, PD-L1 ve PD-L2) ve Sitotoksik T-lenfosit İlişkili Antijen-4 (CTLA-4) ekspresyonları immünohistokimyasal (İHK) olarak araştırıldı. Gruplarda, uygulamalar sonrası canlılık oranları İHK sonuçları ve klinikopatolojik özellikler değerlendirildi ve birbirleriyle karşılaştırıldı. Çalışmada 20 olgu değerlendirildi. Tümöral PD-1 pozitifliğinin, daha kötü patolojik sonuçlarla anlamlı şekilde ilişkili olduğu saptandı. Tüm ilaç gruplarında ilaç uygulamaları sonrası kendi kontrollerine kıyasla daha düşük canlılık oranları gözlendi. PD-L1 pozitif olguların iyi yanıt oranları, MMC (%66'ya karşı %0, p=0,045) ve Nivolumab (%66'ya karşı %0, p=0,045) uygulamaları sonrası PD-L1 negatif olgulara göre anlamlı olarak daha yüksek bulundu. Ayrıca, MMC'den sonra iyi yanıt oranının, yalnızca yüksek riskli ve peritümöral PD-1 pozitif olgularda negatif olgulara kıyasla daha yüksek olduğu gözlendi (%87,5'e karşı %20, p=0,032). Ek olarak, takipte rekürrens gözlenen fakat tedavi almamış 6 hastadan 5'inin hücre kültürlerinde MMC uygulaması sonrası iyi yanıt gösterdiği saptandı (p=0.035). MMC, BCG, Nivolumab ve İpilimumab'ın ex-vivo uygulamalarından elde edilen ilaç yanıtları, yani onkogram sonuçları, kontrolleri ile kıyaslandığında anlamlı düzeyde yüksek bulundu. Orta riskli ve yüksek riskli KİOMK'lu hastalarda İHK ve klinikopatolojik özelliklere göre bazı farklılıklar olmakla birlikte, özellikle PD-L1 pozitif hastalarda Nivolumab yanıt oranının daha iyi olduğu saptanmıştır.
Akciğer kanserli hastalarda KIFC1 proteininin ekspresyon ve metilasyon profillerinin araştırılması
Kansere bağlı ölümlerde ilk sıralarda yer alan akciğer kanseri en sık görülen kanser türüdür. Akciğer kanserinin tanı, tedavi ve takibine yönelik keşfedilen biyomarkerlar ve hedefe yönelik ajanlar olmasına rağmen halen hem ülkemizde hem de dünyada kanser bağlı ölüm nedenlerinin başında yer almaktadır. Bu nedenle akciğer kanserinin moleküler alt yapısını aydınlatmaya yönelik yeni mekanizmaların bilinmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Kinesin aile üyesi (KIFC1)'in normal hücrelerdeki işlevi ve fonksiyonel rolü tartışılmaktayken birçok kanser türünde malign hücrelerin hayatta kalmasında etkili ve kritik bir rol oynadığı bildirilmiştir. KIFC1 proteini kanser hücrelerinde sentrozomların kümelenmesinde ve mikrotübül dinamiğinde kritik rol oynayarak, apoptotik hücre ölümünden kaçmaya yardımcı olan malign hücrelerin hayatta kalması için oldukça önemlidir. Yürütülen çalışmada KIFC1 proteininin akciğer kanserinde invaziv veya non-invaziv biyomarker olarak kullanılıp kullanılmayacağının belirlenmesi amacıyla akciğer kanseri teşhisi alan 39 hastanın tümör dokusu ve tümöre eşlenik normal dokusu ile serum ve lenfositleri ve sağlıklı kontrollere ait lenfosit ve serum örneklerinde ekspresyon ve metilasyonu durumları araştırıldı. qRT-PCR yöntemi kullanılarak doku ve lenfosit numunelerinde KIFC1 gen ekspresyonu karşılaştırıldı. Metilasyon durumunu belirlemek için Metilasyon Spesifik PCR (MSP) yöntemi kullanıldı. Çalışmada ekspresyon düzeyleri artış/azalışı ile metilasyon profilleri ile hastaların klinik ve patolojik özellikleri istatistiksel yöntemler kullanılarak analiz edildi. KIFC1 gen ekspresyonu artan %62,1 (24/37) hastanın %95,8'inde (23/24) unmetilasyon tespit edildi. Hastaların tümör ve eşlenik normal doku örneklerinin ortalama fold&change değerleri karşılaştırıldığında tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre 3,2 kat KIFC1 geninin ekspresyon seviyesinde artma olduğu gözlendi. Hasta serum örnekleri ile sağlıklı serum örneklerinin fold&change değerleri karşılaştırıldığında hasta serumlarında sağlıklı serumlara göre 2,4 kat KIFC1 geninin ekspresyon seviyesinde artış olduğu tespit edildi. Aynı zamanda hastalara ait klinik parametreler ile metilasyon ve eskpresyon sonuçları istatistiksel olarak karşılaştırıldığın da KIFC1 ekspresyonu ile metastaz (p=0,013), tümör evresi (p=0,040) ve tümör grade (p=0,010) arasında istatistiksel olarak anlamlılık tespit edildi. Sonuç olarak, akciğer kanseri tanılı hastalara KIFC1 geninin ekspresyon seviyesindeki artışın sağlıklı popülasyona göre daha fazla olduğu ve bu nedenle KIFC1 geninin ekspresyon ve metilasyon durumlarınn akciğer kanser tarama biyomarkerı olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Ayrıca KIFC1 geninin metilasyon profilinin akciğer kanserinin skuamöz hücreli akciğer kanseri alt tipini tayin etmede potansiyel bir biyomarker olabileceği de değerlendirilebilir. Çalışma sonucu ortaya çıkan sonuçların, daha geniş hasta sayısı ile analiz edilerek devam etmesine ihtiyaç duyulmaktadır.
Mitokondriyal elektron transportunda görev alan NDUFB3 geninin oral premalin lezyonlarda epigenetik biyobelirteç potansiyelinin araştirilmasi
Baş-boyun kanserleri arasında yer alan oral kavite kanserlerinin %90 gibi büyük bir kısmı oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC)'dan oluşmaktadır. Oral kanserler etiyolojik olarak sıkça çevresel özelliklerden etkilenmesi sebebiyle hem genetik hem de epigenetik çalışmaların birlikte incelendiği bir kanser türüdür. Oral kanserlerde gözlenen en yaygın epigenetik modifikasyon DNA'daki 5′-CG-3′ dizisindeki sitozinin 5 pozisyonundaki karbona bir metil grubunun (CH3) kovalent olarak eklenmesi olan DNA metilasyonudur. Demokan ve ark. yapmış olduğu TÜBİTAK-SBAG-114S497 no'lu çalışmada OSCC hastalarında tümör dokusunun eşlenik normal dokuya göre NADH:Ubikinon NADH Dehidrojenaz (NDUFB3) genine ait promoter bölgesinde yer alan CpG adacıklarında hipometillendiği ve ekspresyon seviyelerinde artış gözlenmiştir. Çalışmamızda, 30 OSCC ve 30 OPML hastasına ait eşlenik normal doku, tümör, vücut sıvıları ve 15 sağlıklının normal mukoza ve vücut sıvısı örneklerinde NDUFB3 geninin ekspresyon ve metilasyon seviyelerini inceledik. OSCC ve OPML hasta grupları ile sağlıklı gruplardan elde edilen veriler arasındaki moleküler farklılıklar ve klinik bilgiler karşılaştırılarak NDUFB3 geninin kanserin erken tanısında biyobelirteç olarak potansiyel kullanılabilirliği incelendi. NDUFB3 geninin ekspresyon düzeyini belirlemek için qRT-PCR yöntemi, metilasyon düzeyini belirlemek için qMSP yöntemi kullanıldı. Yapılan deneyler sonucunda; OPML hasta grubunun yaklaşık %23'ünde genin ekspresyon seviyesinde azalma, yaklaşık %36'sında genin ekspresyon seviyesinde artış gözlenirken %40'ında genin ekspresyonunda anlamlı bir değişiklik gözlenmedi. OSCC grubunun yaklaşık %33'ünde eşlenik normal dokuya kıyasla genin ekspresyon seviyesinde artma, %40'ında genin ekspresyon seviyesinde azalma tespit edildi. OSCC ve OPML gruplarının ve sağlıklı grubun tümör, normal doku ve vücut sıvı örneklerinde metilasyona rastlanmamıştır. OSCC ve OPML hasta gruplarının ekspresyon seviyesindeki değişiklikler klinik parametreler ile kıyaslandığında anlamlılık görülmesine rağmen metilasyon varlığı tespit edilememesinden dolayı değişen ekspresyon seviyeleri üzerinde anlamlı bir etkisinin olmadığı tespit edilmiştir. OPML grubunda NDUFB3 geninin hipometilasyonu ve NDUFB3 geninin ekspresyon seviyesinde artma görülmesi spesifik olarak maliniteye yatkın olduğu görüşünü destekler niteliktedir.
Nazofarenks kanseri tedavisinde adaptif radyoterapi tekniğinin araştırılması
Yoğunluk ayarlı radyoterapi, nazofarenks kanserinde primer tedavidir ve başarısı tedavinin doğru biçimde uygulanabilmesine bağlıdır. Tedavi sürecinde ışınlanacak hedefte meydana gelebilen boyut ve pozisyon değişiklikleri tanımlanan dozun hedefe tam olarak verilememesi, sağlıklı dokuların yeterince korunamaması gibi istenmeyen sonuçlara neden olabilmektedir. Bu durum özellikle nazofarenks kanserindeki gibi hayati organlara yakınlığı bulunan tümörlerin radyoterapisinde büyük önem taşımaktadır. Radyoterapinin uygulandığı bölgedeki değişimleri hesaba katarak planlanan ve uygulanan tedavi arasında oluşabilecek dozimetrik farklılıkları en aza indiren yöntem adaptif radyoterapi(ART) tekniğidir. Bu çalışmada, nazofarenks kanseri için adaptif ve adaptif olmayan radyoterapi tedavilerinde tanımlanan tümör ve sağlıklı dokuların hacim ve doz değişimleri 20 hastada karşılaştırılmış, adaptif radyoterapinin dozimetrik etkileri ve uygulanabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda, hastaların ilk çekilen bilgisayarlı tomografi (BT) görüntüleri üzerine tanımlanan hedef ve sağlıklı dokuların hacimlerindeki ve aldıkları dozlardaki değişimler, 10 hastalık ilk grupta 11. ve 21.fraksiyonlarda çekilen kontrol BT'lerinde, diğer 10 hastalık ikinci grupta ise 17. fraksiyonda çekilen kontrol BT'sinde gözlendi. Tüm hastalar için adaptif ve adaptif olmayan radyoterapi tedavilerinde tanımlanan hedef ve sağlıklı doku hacimlerinin hacim ve doz değişimleri karşılaştırıldı. Kontrol BT'leri üzerine hazırlanan adaptif planlar ile adaptif radyoterapinin dozimetrik etkileri her iki grup için araştırıldı. Gross tümör hacimleri (GTV), ilk grup için 1.,11. ve 21.fraksiyonlarda sırasyıla 9,27±6,10, 8,51±5,70 ve 7,67±5,51 cm3; ikinci grup için 1. ve 17.fraksiyonlarda 22,77±18,42 ve 20,27±17,82 cm3 olarak bulunmuştur. Kontralateral parotis dozları, adaptif planlamayla ilk grupta %9,27, ikinci grupta %5,37 daha düşük bulunmuştur. Çalışmamızda, ART'nin parotis dozlarını düşürmede etkin olduğu, uygulanması için en uygun zamanın tedavinin 17-21. fraksiyonları arasında olduğu, tedavinin hasta bazlı değerlendirilmesi gerektiği sonuçlarına varılmıştır.
Over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizlerde tüm genom düzeyinde transkriptomik farklılıkların araştırılması
Over kanseri, jinekolojik kanser türleri arasında malignite ve mortalite oranı yüksek olan ve en sık görülen ikinci kanserdir. Over kanserinin alt tipleri arasında en yaygın ve agresif nitelik taşıyan epitelyal over kanserinde (EOK) geç tanı ve erken aşamada kemoterapiye direncin gelişmesi bu hastalığın tedavisinin önündeki en büyük engeli oluşturmaktadır. Rutin tedavi protokollerinin ileri evre vakalarda etkili olmaması EOK'da, kişiselleştirilmiş tedavilerin önemini vurgulamaktadır. Over kanserinin %15-25'i kalıtsal nitelik taşımaktadır. Son yıllarda özellikle germline ve somatik BRCA1/2 gen mutasyonuna sahip olan over kanserli hastalarda PARP inhibitörlerinin kullanımı gündeme gelmiştir. BRCA1/2 gen mutasyonları sağlıklı bireylerde kanser riskini arttırmakla beraber tek başına kanserin gelişiminde yeterli olmadığı da bilinmektedir. Doğada neredeyse birbiri ile aynı genotipe sahip iki canlı olan monozigotik (MZ) ikizler dahi yaşam boyu farklı fenotipik özellikler geliştirilebilmektedir. MZ ikizlerdeki fenotipik farklılıklara neden olan bu değişiklikler, kanserin gelişiminde ilave mekanizmaların rol oynadığını ve farklı değişikliklere odaklanmamız gerektiğini düşündürmektedir. Bu bağlamda söz konusu tez çalışmasında yeni nesil dizileme teknolojisi kullanarak genom düzeyinde transkripte olan tüm RNA molekülleri over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizler ile BRCA1 mutasyon taşıyıcısı olan diğer sağlıklı kardeşin periferik kan ve over dokuları karşılaştırılarak incelenmiştir. BRCA1 mutasyonu taşıyan ancak sadece birinin over kanserine yakalandığı tespit edilen yüksek riskli ailede over kanseri gelişiminin altında yatan genetik farklılıklar tüm genomda transkripte olan moleküller incelenerek araştırılmıştır. Over kanserine sahip MZ ikiz, sağlıklı ikizi ve sağlıklı kardeşin over dokuları ve periferik kan örneklerinden elde edilen 6 örneğe ait total RNA'nın, BGI-Seq500 NGS platformunda RNA-Seq dizileme işlemi ile yapılan transkriptomik analizi sonucunda, dokuda ve kanda sağlıklılara göre ekspresyon değişimi gösteren protein kodlayan genler, lncRNA'lar, öncül miRNA'lar ve füzyon transkriptler tespit edilmiştir. Yapılan analizde filtreleme işlemleri ve ekspresyon değişim katsayıları (log2Fc) over kanseri için bilinen tümör markerları olan CA125 ve CA15-3 ekspresyon verilerine göre belirlenmiştir. Bu analize göre, 3 farklı grupta ekspresyon değişimi gösteren 66 protein kodlayan gen, 25 novel lncRNA, 9 miRNA ve 2 füzyon transkriptin ekspresyon seviyelerinde farklılık gözlenmiş olup bu moleküllerin, epitelyal over kanseri ile ilişkili aday moleküller olduğu düşünülmektedir.
Prostat kanserli hastalarda FMNL1 ve PAK1 seviyelerinin belirlenmesi
Prostat kanseri klinik olarak çok heterojen bir hastalıktır. Prostat spesifik antijenin (PSA) kansere spesifik bir belirteç olmaması nedeniyle ve ayrıca ileri evrede görülen yaygın kemik metastazları ve hormon tedavisinden kaynaklanan kemik deformasyonları sebebiyle hem prostat kanserine spesifik olan, hem de erken evrede tanı sağlayacak yeni biyobelirteçlerden faydalanılması gerekmektedir. Çok domainli polipeptidler olan formin protein ailesinin üyesi Formin like-protein 1 (FMNL1), aktin polimerizasyonu, hücre yüzey uzantıları oluşumu, vezikül transportu, hücre-hücre ve matriks-hücre bağlantısı (adezyon) ile hücre göçü süreçlerinde büyük öneme sahiptir. Protein kinaz olan p21 ile aktiflenmiş kinaz (PAK) proteinleri filopodyum ve lamellipodyum oluşumunu destekleyerek hücre iskeleti organizasyonunda rol oynar, aynı zamanda hücre sağkalımı, mitoz ve transkripsiyon gibi diğer hücresel aktiviteleri de düzenler. Çalışmamızda 60 prostat kanserli hasta ile 20 sağlıklı kontrolün plazma ve idrar örneklerinde çalışıldı. FMNL1 ve PAK1 mRNA ve protein ekspresyonlarının incelendiği çalışmada hasta ve kontrollerin FMNL1 mRNA ve protein ekspresyon seviyeleri arasında hem plazma hem idrar örneklerinde istatistiksel bir farklılık bulunamadı (p>0.05). Hasta ve kontrollerin PAK1 mRNA ekspresyon seviyeleri arasında plazma ve idrar örneklerinde istatistiksel bir farklılık bulunmadı (p>0.05). PAK1 protein seviyelerinde de plazma örneklerinde anlamlı fark bulunamazken (p>0.05) idrar örneklerinde hastalarda kontrol grubuna göre düşük bulundu (p=0.00). Hastaların PSA ve diğer klinik özellikleriyle plazma ve idrar FMNL1 ve PAK1 seviyeleri arasında herhangi bir ilişki bulunamadı.
Özofagus kanseri radyoterapisinde 2 farklı optimizasyon algoritmasının doz dağılımına etkisinin incelenmesi
Tedavi Planlama Sistemi'nde (TPS) VMAT tekniği ile hazırlanan planlardan elde edilen doz – volüm histogramları (DVH), optimizasyon sonucu elde edilen planlardan farklı olabilmektedir. Bu farklılığın ortadan kaldırılması amacıyla geliştirilen intermediate doz optimizasyon modülü, özellikle akciğer gibi inhomojen yapılarda daha iyi doz dağılımı sağlamaktadır. Çalışmada intermediate doz optimizasyon modülü kullanımının özellikle akciğerlerin yer alması sebebiyle inhomojenitenin daha yoğun olduğu toraks yerleşimli hastalardaki ve nispeten daha az yoğun olduğu abdomen yerleşimli hastalardaki etkisi iki ayrı hasta grubu için araştırılması amaçlanmıştır. Oluşturulan tedavi planları hedef hacim reçete edilen dozun %95'ini alacak şekilde normalize edilmiştir. Kritik organ dozlarının müsaade edilen doz limitlerinin altında olması sağlanmıştır. Bu tez çalışmasında Eclipse 15.6 TPS'de Analytical Anisotropic Algorithm (AAA) doz hesaplama algoritması ve AAA Intermediate doz optimizasyon modülü ile VMAT tekniği kullanılarak, 10 torasik özofagus ve 10 abdominal özofagus hastası olmak üzere toplam 20 özofagus kanseri tanılı hasta için her iki yöntem ile tedavi planları hazırlanmıştır. 20 hasta için öncelikle AAA doz hesaplama algoritmasıyla ve daha sonra AAA Intermediate doz optimizasyon modülü ile VMAT tekniği kullanılarak hazırlanan planlarda DVH'ler belirlenmiştir. Konformite indeks (CI) değerleri, homojenite indeks (HI) değerleri ve kritik organ dozları karşılaştırılmıştır. Yapılan tez çalışması sonucunda, intermediate doz optimizasyon modülü dahil edilerek oluşturulan tedavi planlarının CI ve HI değerleri için daha iyi sonuçlar verdiği görülmüştür. Özellikle inhomojenitenin akciğerlerin yer alması sebebiyle daha yoğun olduğu torasik özofagus hastalarında intermediate doz optimizasyon modülünün plan kalitesini arttırdığı, CI ve HI değerlerinde daha anlamlı düşüş sağladığı görülmüştür. Kritik organ dozlarında ise az da olsa bir azalma gözlenmiştir.
Meme kanseri radyoterapisinde hibrit teknik kullanılmasının plan kalitesine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, meme ışınlamalarında radyoterapinin başarısını arttırmak için hibrit planlama teknikleri kullanılarak hem tümöre uygulanan dozu daha homojen hale getirmek, hem de çevredeki sağlıklı dokulara uygulanan dozu en aza indirerek lokal kontrolü arttırmak hedeflenmektedir. Tez çalışmamız radyoretapi tedavisi almış meme kanseri tanılı 10'u sağ ve 10'u sol olmak üzere 20 hastanın BT görüntülerinden yararlanarak retrospektif olarak yapılmıştır. Her hastaya 3DCRT, IMRT, VMAT planları ve bu tekniklerden %50-%50 ağırlıklı kombinasyonlar ile elde edilen 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT ve IMRT+VMAT hibrit planları hazırlanmıştır.Tedavi plan kaliteleri değerlendirilirken Doz Volüm Histogramı (DVH) bilgileri kulllanılmıştır. Karşılaştırma parametreleri, Planlanan Hedef Volüm (PTV), Kritik Organ (OAR) dozları, Homojenite İndeks (HI), Konformite İndeks (CI) ve Monitör Unit (MU) değerleridir. Çalışmamızda, sağ ve sol meme ışınlamalarında en iyi CI değeri VMAT, HI değeri ise IMRT+VMAT hibrit planlarda elde edilmiştir. Akciğer için en düşük V20(%) değerleri IMRT+VMAT hibrit planlarında elde edilirken; V5(%) ve V10(%) değerleri 3DCRT, 3DCRT+IMRT ve 3DCRT+VMAT hibrit planlarında elde edilmiştir. Karşı meme dozları 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarında en düşük değere sahiptir. Sol meme kalp V30(%) değeri en düşük olan teknik VMAT iken; V5(%) hacmi en düşük 3DCRT, 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarla elde edilmiştir. Çalışmanın sonucunda; meme ışınlamalarında IMRT+VMAT, 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarının aynı ve karşı taraf akciğer dozunu, ışınlanan akciğer hacmini, karşı meme dozunu, ışınlanan karşı meme hacmini ve kalp dozunu azaltarak plan kalitesini arttırdığı görülmüştür.
Oral skuamöz hücreli karsinomda GNG7 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi
Çalışmamızda, Demokan ve arkadaşlarının 2013 yılında yayınladıkları Kuzey Amerikalı baş boyun kanserli hastalar ile yaptıkları çalışmalarında bu grubun bir alt grubu olan oral kavite kanserli hastalarda (n=9) tümör süpresör bir gen olan GNG7'nin %88,9 oranında metilasyonuna rastlanmış, söz konusu genin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin daha geniş sayıda oral skuamöz hücreli karsinomlu (OSCC) Türk hasta grubunda incelenmesi amaçlanmıştır. İnvaziv/non-invaziv yöntem geliştirerek OSCC'de tanı/erken teşhiste GNG7'nin biyomarker olarak kullanılabilirliğinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmamızda OSCC tanısı almış 50 hastaya ait ameliyat sonrasında elde edilmiş tümör, eşlenik normal doku örnekleri ve ameliyat öncesi toplanan serum örnekleri ile 10 sağlıklı bireyin normal mukoza ve serum örneklerinden DNA izolasyonu yapılarak GNG7 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyeleri incelenip, metilasyona bağımlı/bağımsız ekspresyon analizleri gerçekleştirildi. Metilasyon analizi için QMSP, ekspresyon düzeylerinin analizi için ise QRT-PCR yöntemleri uygulanmıştır. Tümör dokusunda eşlenik normal dokuya oranla hastaların %48'inde (24/50) ekspresyon seviyesinde azalış, %32'sinde (16/50) ekspresyon seviyelerinde artış tespit edilmiştir. Dokuz hastaya (%18) ait tümör dokusunda genin promoter bölgesinde metilasyon gözlenirken, eşlenik normal doku ve serum örneklerinde metilasyona rastlanmadı. Metilasyon saptanan 9 hastanın 7'sinde (%77,8) ekspresyon oranında azalma gözlenirken, 2 hastada ekspresyon artışı bulundu. Tüm hastaların normal doku ve serum örnekleri ile sağlıklıların doku ve serum örneklerinde GNG7metilasyonu tespit edilmedi. Metilasyon gözlenen OSCC hastalarında sağlıklı bireylere oranla 35 kat ekspresyonunda azalma saptandı. Ekspresyon seviyesinde artış ile nüks arasında (p=0,05) ve sigara kullanımına bağlı olarak ekspresyon seviyelerindeki artış ve azalış arasında ileri derecede istatistiksel anlamlılık tespit edilmiştir (p=0,0001).GNG7 geninin OSCC hastalarının alt gruplarında yapılacak daha geniş popülasyon içeren çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. GNG7 geninin, OSCC'nin tanı/erken teşhis ve takibinde biyomarker olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Uveal malign melanomlu hastaların periferik dolaşımında miRNA'ların araştırılması
Uveal malign melanom yetişkinlerde göz içerisinde, görme yeteneğini, yaşam kalitesini ciddi anlamda etkileyen bir malignitedir. Kötü prognozlu olan bu tümör erken aşamalarda metastaz yapma eğilimi olması nedeniyle sağkalım süresini kısaltmaktadır. Bu nedenle bu hastalıkta özellikle periferik kanda gerek tedavi protokollerinin geliştirilmesi ve tedavi takibinin yapılmasında gerekse erken tanıda kullanılabilecek belirteçlere gereksinim olduğu görülmektedir. Ayrıca Uveal malign melanoma ile ilişkili literatürde genetik ve epigenetik araştırmalar son derece kısıtlıdır. MikroRNA'lar yaklaşık 22 nükleotid içeren, protein kodlamayan RNA'ların bir üyesidir. miRNA'lar gen anlatımının baskılanması ve hedef mRNA'ların post-transkripsiyonel aktivitelerinin düzenlenmesinde rol oynamaktadırlar. Bu nedenle kanser gelişiminde önemlidirler. miRNA'lar proliferasyon, farklılaşma ve apoptoz yolakları üzerinden hücrelerin malign transformasyonuna katkıda bulunmaktadırlar. Sunulan çalışmada miR-181b, miR-155, miR-454 olmak üzere 3 farklı miRNA'nın ifade düzeyi 72 uveal malign melanom hastası ve 72 sağlıklı kişiye ait serum örneklerinde Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak araştırıldı. Çalışmanın sonucunda miRNA gen ifade düzeylerinin hasta gruplarında sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı, istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Her bir miRNA için elde edilen p değerlerinin sırasıyla; miR-181b, p< 0,001; miR-155, p< 0,001 miR-454, p=0,005 olduğu belirlendi. Ayrıca miRNA ifade seviyeleri ile hastaların klinik verileri karşılaştırmalı olarak incelendiğinde; hastaların miR-155 düzeyi ile radyasyon tedavisi arasında bir ilişki olduğu ve bu ilişkinin anlamlı olduğu (p=0,040(p<0,05)), miR-454'ün artan ifade düzeyi ile sırasıyla sigara ve alkol kullanımı arasında bir ilişki olduğu (p=0,009 ve p=0,026 (p<0,05)) saptandı. Elde edilen bulgular, incelenen miRNA'ların kanserli hastalarda onkogenik özellik gösterdiğini ve uveal malign melanoma hastalığının oluşumunu primer ve metastatik evrelerde tetiklediğini düşündürmektedir. miR-181b, miR-155 ve miR-454 uveal melanoma hastalığının diyagnozunda ve prognozunda kullanılmasında potansiyel biyobelirteçler niteliği taşıdığı görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Uveal malign melanoma, miR-181b, miR-155, miR-454, Biyobelirteç Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2019-35336
Pankreas kanserli hastaların periferik kanında EPS8 ve kank1 gen ekspresyonlarının incelenmesi
Pankreas kanseri, erken evrede tanısı mümkün olmayan, etkin tedavisi bulunmayan bir hastalıktır. Tek küratif seçenek cerrahi rezeksiyondur, genel sağkalım kısadır. Pankreas duktal adenokarsinomasının yönetiminde kullanılan FDA onaylı tek biyomarker CA19-9'dur. Rutin uygulamada pankreas kanserinin erken teşhisi için kullanılan herhangi bir tarama testi bulunmamaktadır. Bu nedenle yeni terapötik hedeflerin araştırılması, yararlı prognostik markerların belirlenebilmesi için çalışmalar yapılmalıdır. Yayınlanan in silico çalışmalarda ve literatür taramasında belirlenen EPS8 ve KANK1 gen ekspresyon düzeylerinin pankreas kanserinde son derece önemli olduğu gösterilmiştir. EPS8 geni normal pankreas hücrelerinde eksprese edilmezken pankreas tümörü hücrelerinde ekspresyonu son derece yüksektir. Ayrıca, her iki gen hücre iskeleti sistemiyle ilişkilidir. Kanser gelişiminde ve metastazda hücre iskeleti önemli bir yer tutmaktadır. Bu amaç doğrultusunda tez çalışmasında 68 pankreas kanserli hasta ile 71 sağlıklı kişide EPS8 ve KANK1 genlerinin ekspresyon düzeyi incelenmiş ve erken teşhis için biyomarker olup olamayacakları araştırılmıştır. Katılımcıların periferik kanından elde edilen RNA'dan qPCR yöntemiyle bu genlerin ekspresyonları belirlenmiş ve SPSSv28 ile sonuçlar analiz edilmiştir. Sonuç olarak; pankreas kanserli hastaların periferik kanında EPS8 ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 1,62 kat; KANK1 ekspresyon düzeyinin ise 2,88 kat arttığı ve bu artışın istatistiksel olarak anlamlı olduğu (p < 0,05) görülmüştür. Ayrıca periferik kanda EPS8 ekspresyon düzeyi ile hastaların sağkalım durumları arasında anlamlı bir ilişki olduğu saptanmıştır (p = 0,027). KANK1 ekspresyon düzeyi ile ailesinde prostat kanseri görülen pankreas kanseri hastaları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p = 0,048). Özetle, EPS8 ve KANK1 genlerinin pankreas kanseri için periferik kanda non-invaziv biyomarker olarak kullanılıp kullanılamayacağını gösteren ROC analizinde her iki genin de istatistiksel olarak anlamlı biyomarkerlar olduğu saptanmıştır.
Lokalize prostat kanserinde stereotaktik vücut radyoterapi tedavi planlarının dozimetrik karşılaştırılması
Amaç: Bu çalışmada; klinik olarak lokalize prostat kanserli hastalara uygulanacak olan radyoterapi tedavisi için hazırlanacak düzleştirici filtreli (FF) ve düzleştirici filtresiz (FFF) ışınlar kullanılarak Volümetrik Modülasyonlu Ark Tedavisi (VMAT) ve Streotaktik Vücut Radyoterapisi (SBRT) tekniğiyle oluşturulan tedavi planlarının doz dağılımlarını karşılaştırmak amaçlanmıştır. Metot: Çalışmaya lokalize prostat kanseri olan 17 orta ve yüksek risk grubundaki hasta dahil edildi. Her hasta için hem tek izosentırlı 2 tam ark FF ışınları ile VMAT planları hem de FFF ışınları ile SBRT planları hazırlandı. Her hasta için hazırlanan planlar 6 MV enerjide 6,7 Gy'lik fraksiyon dozunda 5 fraksiyonda toplam hedef doz 33,5 Gy olacak şekilde planlandı. Tüm planlar için, hedef hacimler ve risk altındaki organlar (OAR) için kümülatif doz hacmi histogramları (DVH'ler) oluşturuldu. Her plan için elde edilen değerler karşılaştırıldı. Çalışma sonunda FF ışınları kullanılarak hazırlanan VMAT tedavi planları ile FFF ışınları ile hazırlanan SBRT planlarının dozimetrik olarak karşılaştırılması yapıldı. Elde edilen CI,HI, PTV'nin aldığı maksimum, minimum ve ortalama doz değerleri ile kritik organların farklı hacimlerine karşı gelen doz değerlerinin karşılaştırılması yapıldı ve raporlandı. Elde edilen verilerden ve literatürdeki benzer çalışmalardan lokalize prostat kanserli hastaların tedavisinde dozimetrik dağılım açısından VMAT-FF ve CK-FFF planlarının SBRT tekniği olarak uygun bir tedavi yöntemi olduğunu gösterildi.
Prostat kanserlerinin hacim modülasyonlu ark terapisinde filtreli ve filtresiz ışınların ve PTV boyutunun tedavi planına etkilerinin karşılaştırılması
Bu çalısmanın iki amacı vardır. Birincisi düzlestirici filtreli (WFF-6X) ve düzlestirici filtresiz (FFF-6X) ışınlarla Hacim ayarlı Ark Terapisi tekniğiyle oluşturulan tedavi planlarını karşılaştırmak. İkinci ise bu iki plan arasında oluşan farkın hedef hacmin boyutuyla olan bağımlılığını gözlemlemektir. Bu çalışmaya, tedavi planları VMAT tekniği ile hazırlanan 20 prostat kanserli hasta dahil edilmiş ve bu hastalar "Grup A" ve "Grup B" olmak üzere onar kişilik iki grupta incelenmiştir. Grup A'ya dahil olan hastaların seminal vezikül ve lenf nodu tutulumu vardır. Grup B hastalarının ise tümörleri prostat bezi ile sınırlıdır. Her hastaya WFF ve FFF ışınlarıyla iki farklı VMAT planı hazırlanmıştır. Bütün VMAT planları, PTV70'in %95'inin verilmek istenilen dozun %95'ini alacağı şekilde normalize edilmiştir. Optimizasyon yaparken hiçbir planda maksimum dozun verilmek istenilen dozun %110'unun üstüne çıkmamasına dikkat edilmiştir. WFF-VMAT ve FFF-VMAT planları arasında sağlıklı karşılaştırma yapmak için her hastanın iki planında da aynı optimizasyon değerleri kullanılmıştır. TP'lerin karşılaştırılmasında DVH kullanılarak hedef hacim ve kritik organ dozlarına, hedef hacimler için hesaplanan CI ve HI değerlerine ve her plan için toplam MU değerlerine bakılmıştır. Her iki teknikle hazırlanan tedavi planlarında hedef hacimler için dozimetrik olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). VMAT-FFF(Grup B) planlarında rektumun D17'si %0,4 oranında, Dmean'i %0,5 oranında düşük iken sağ femurun Dmean'i %2.3 oranında yüksek doz almıştır (p<0,05). Bunlar dışında kritik organlarda istatistiksel olarak anlamlı bir dozimetrik fark yoktur. Gözle görülür en büyük fark MU değerlerinde olmuştur. VMAT-FFF planlarında MU değerleri Grup A için %20.3, Grup B için %11 oranında fazla çıkmıştır.
miR142-3p'nin ekspresyon düzeyinin over kanserli hastaların periferik dolaşımında araştırılması
Kadınlarda en sık görülen kanserler meme, tiroid, kolorektal, uterus korpus, akciğer ve over kanseri şeklinde sıralanmaktadır. Over kanseri, dünya genelinde yılda 150.000'den fazla ölüme sebep olmaktadır. Bu kanserin, geç evrede kendini göstermesi ve kötü prognoz ile karakterize olan bir hastalık olması vakaların büyük çoğunluğunun ölümle sonuçlanmasına neden olmaktadır. Over kanserinin tanı ve tedavisinde hedef, ölüm sayısının azaltılması ve yaşam kalitesinin artırılmasıdır. mikroRNA'lar hedef genler üzerinde süpresör etki gösteren, 19-24 nükleotit uzunluğunda kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar, kanser dahil birçok hastalığın patolojisinde rol almaktadır. miRNA'ların tanıda biyobelirteç adayı olması ve tedavide miRNA'yı taklit eden moleküllerin inhibitörler olarak kullanılması onların yeni terapötik hedef ve ajan olarak kullanılabilecek moleküller olduğunu göstermektedir. Grubumuzda daha önceden miRNA ile ilgili yapılan öncül araştırmada over kanserinin tanısı ve takibinde kullanılacak 99 aday miRNA varlığı saptanmıştır. Sunulan tez çalışmasında bu miRNA'lar arasından miR-142-3p'nin ekspresyon düzeyi daha büyük bir over kanser hasta grubu ile kontrol grubunda karşılaştırmalı olarak incelendi. 147 hasta ve 100 sağlıklı kontrol grubunu kapsayan çalışmada miR-142-3p ekspresyon düzeyi Real-Time PCR yöntemi kullanılarak belirlendi. Over kanserli hasta ve sağlıklı kontroller grubunun periferik kan lenfositlerinde saptanan miR-142-3p'nin ekspresyon düzeyleri arasındaki farklılıklar istatistiksel olarak değerlendirildi. Over kanser hastalarında miR-142-3p ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı saptandı ve bu farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu görüldü (p=0,00). Bu sonuçlar, over kanser hastalarının periferik kanında sağlıklı kontrollere göre anlamlı derecede yüksek bulunan miR-142-3p'nin over kanserinin erken tanısında hassas, non-invaziv bir biyobelirteç olabileceği düşündürmekle beraber overin benign hastalıklarında da ilgili molekülün araştırılması ve değerlendirilmesi için ileri araştırmalara gereksinim duyulmaktadır.
Kodlanan DNA üzerinde kritik noktada var olan SNP'lerin MRNA kırpılması üzerindeki etkisinin araştırılması
Kanser hastalarında yapılan genetik araştırmalar sonucunda DNA üzerinde gözlemlenen bazı mutasyonların, hücredeki tüm mekanizmalarda anahtar rol oynayan proteinler üzerine nasıl etki ettiği bilinmemektedir. Mutasyonların hücresel fonksiyonları nasıl etkilediğini araştıran çalışmalar sonucunda elde edilen bilgileri toplayan online erişimli bilgi bankaları sayesinde hakkında çalışma yapılmış mutasyonları tanıma ve etkilerini tahmin etme şansımız bulunmaktadır. Etkileri henüz araştırılmamış olan varyantların yol açtığı sonuçları tahmin edebilmek için biyoinformatik analiz programları ile in-siliko değerlendirmeler yapılmaktadır ve bu araçlardan elde edilen sonuçlar, mutasyonların klinik önemlerini belirlemede önem taşımaktadır. Biyoinformatik bilimcilerinin ürettiği bilgisayar programları kullanılarak gerçekleştirilen in siliko analizlere ait çıktılar ancak RNA kırpılma analizleri ile doğrulandıktan sonra kesinleştirilebileceğinden, etkileri henüz tanımlanmamış mutasyonlar ile ilgili araştırmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmamızda, kanser üzerinde etkili genlerde tespit edilmiş ve RNA üzerindeki etkileri bilinmeyen varyantların mRNA'yı nasıl değiştirdiğini ortaya koymak amacı ile 14 varyant incelenmiş ve bunlardan 8 tanesinin RNA üzerine etkisinin olmadığı, 2 tanesinin şüpheli olduğu ve 4 tanesinin (BRCA1 c.5152+5G>A, BRCA1 c.4358-3A>G, APC c.532-1G>A, CHEK2 c.921+2T>A) patojenik olduğu tespit edilmiştir.