Medical Microbiology

Çocuklarda görülen alt solunum yolu enfeksiyonlarında adenovirusların sıklığının araştırılması

Adenoviruses are wide spectrum illnes apents those we often see as the infections keep in the respiratory system, gastrointestinal system and eyes. The adenoviruses are responsible for the 5-10% of the lower respiratory track infections.In this study the frequency of adenoviruses appearence as lower respiratory track infection in children?s age group is searched by the cell culture, polymerase chain reaction (PCR) and direct fluorescent antibodies staining (DFA) methods and the positivity ratio is found 5,8%. It is found that adenoviruses are especially responsible for bronchitis-bronchiolitis picture but a significiant relationship is not determined between age, accompanying chronic disease, phisical examination, laboratory findings, radiologic findings and seasonal distribution. If cell culture is taken as the reference test PCR and DFA?s sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive volue (PPV) charecteristics are found 100%, 97.5%, 58.3%, 100% and 57%, 95.5%, 40%, 97.7% in order.As a result in this study it is detected that adenoviruses are factors of the cildren?s lower respiratory track infection. However the golden standart for adenoviruses infections diagnosis is the cell culture, PCR method can be used, which is highly sensitive and spesific in diagnosis. DFA?s low sensitivity restricts its application, however it should be kept in mind that the sample quality could be understood by this method.

Akdeniz Üniversitesi Hastanesinde kök hücre nakli yapılan pediyatrik hastalarda hhv-6 enfeksiyonlarının sıklığının ve klinik öneminin prospektif olarak araştırılması ve viral entegrasyonun tanısal testler üzerindeki etkisinin araştırılması

Kök hücre alıcılarına uygulanan immün sistemi baskılayıcı ilaçlardan dolayı, alıcılar aktif enfeksiyon için duyarlı hale gelmektedir. Kök hücre naklinden sonra major komplikasyon aktif enfeksiyondur. Aktif enfeksiyonun, aGVHD, allograft rejeksiyonu ve nonrelaps mortalitede artışa neden olduğu bilinmektedir.Nakil sonrasında görülen aktif HHV-6 enfeksiyonları; viral hepatit, ateş, deri döküntüsü, nötrofil ve platelet engraftment zamanında gecikme, akut GVHD, allograft rejeksiyonu ile ilişkilendirilmektedir. Nakilden sonraki aktif HHV-6 enfeksiyonunun rolünü daha iyi anlama, HHV-6 reaktivasyonu ile ilişkili komplikasyonların sıklığında azalmayı sağlayacak, koruyucu ve tedavi edici seçenekler için yol gösterici olabilecektir. Nakil sonrası HHV-6 aktif enfeksiyonu ve klinik ilşkisi daha önce bazı çalışmalarda erişkinlerde bildirilmesine rağmen çocuklarda büyük ölçüde klinik sonuçları bilinmemektedir.Bu çalışmada, kök hücre nakli olan çocuk hastalarda nakil öncesi hastaların HHV-6 enfeksiyonu açısından serolojik durumu, nakil sonrası ise HHV-6 enfeksiyon sıklığı belirlenerek, aktif HHV-6 enfeksiyonu için risk faktörlerini belirlemeyi ve aktif enfeksiyonlarla klinik bulguların ilişkisini araştırmayı amaçladık. Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesi çocuk kök hücre nakli biriminde 06.10.2011-04.06.2012 tarihleri arasında kök hücre nakli olan, yaşları bir ile 17 arasında değişen 39 hasta çalışmaya dahil edildi. Otuzdokuz hastanın 38'inde nakil öncesi plazma örneklerinden HHV-6 IgG'sine bakıldı. Hastaların %89.5'inde pozitif, %7.9'unda grey zone, %2.6'sında negatif bulundu. Toplam 39 hastanın 12'sinin (%30,8) en az bir örneğinde HHV-6 DNA pozitif bulundu. Nakil sonrası, HHV-6 DNA ilk pozitiflik günü, iki ile 42 gün arasında değişmekteydi.Toplam 26 erkek çocuğun %34.6'sında, 13 kız çocuğun %23.1'inde HHV-6 DNA pozitif bulundu. Serolojisi pozitif bulunan hastaların %29.4'ünün, aynı zamanda HHV-6 DNA'sı da pozitif bulundu. Grey zone çıkan üç hastanın ise ikisinde (%66.7) HHV-6 DNA pozitif saptandı, serolojisi negatif olan bir hastada ise enfeksiyon saptanmadı.Çalışmamızda HLA uyumsuz hastaların %62.5'inde, uyumlu hastaların ise %8.7'sinde HHV-6 DNA pozitif bulundu. HLA uyumsuz hastalarda HHV-6 pozitifliği daha fazla oranda saptandı. Bu bulgu istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p= 0.001).39 hastanın 10'unda (%25.6) aGVHD görüldü. HHV-6 DNA'sını pozitif bulduğumuz hastaların %33,3'ünde aGVHD gelişti. HHV-6 DNA'sı negatif olan 27 hastanın ise altısında (%22.2) aGVHD görüldü. HHV-6 DNA'sı pozitif olan hastalarla aGVHD arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı (p>0.05).Tüm hastaların %23.1'inde deri bulgusu görüldü. HHV-6 DNA'sı pozitif olan 12 alıcının, dördünde (%33.3) deri bulgusu saptandı. HHV-6 DNA pozitifliği ile deri bulgusu arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0.05).HHV-6 DNA'sı pozitif bulunan hastaların %91.7'sinde ateş görüldü. HHV-6 DNA'sı negatif olan hastaların %96.3'ünde ateşin olduğu dönemler görüldü, bir (%3.7) hastada ise hiç ateşli dönem olmadı. HHV-6 DNA pozitifliği ile nakil sonrası ateş yüksekliği olan hastalar arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0.05).39 hastanın 16'sında (%41) KC enzimlerinde yükselme görüldü. HHV-6 DNA'sı pozitif olan 12 hastanın altısında (%50) karaciğer enzimlerinde yükselme görüldü. HHV-6 DNA'sı negatif olan 27 hastanın ise 10'unda (%37) enzimlerde yükselme vardı. HHV-6 DNA'sı pozitif olan hastalarla nakil sonrası KC enzimlerindeki yükseklik arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı.Nötrofil engraftment zamanı 10 ile 89 gün arasında değişmekteydi (ortalama: 20.60±16.50). Transplantasyondan sonra nötrofil engraftmenti görülme zamanının ortanca değeri 16'ydı. Platelet engrafmenti ise 10 ile 150 gün arasında değişmekteydi (ortalama: 26.90±26.811) ve nakilden sonra görülme zamanının ortanca değeri 17'ydi.Nötrofil engraftmenti dört hastada, platelet engraftmenti de dokuz hastada görülmedi. HHV-6 DNA'sını pozitif bulduğumuz 11 hastada nötrofil engraftmenti ortalama 16,55 günde görüldü. Negatif olan 24 hastada ortalama 18,67 günde görüldü. HHV-6 DNA'sı pozitif olan sekiz hastada platelet engraftmenti ortalama 9.19 gün olarak bulunurken, negatif olan 22 hastada ise 17.8 gün bulundu. HHV-6 DNA'sı pozitif olan hastalarla nötrofil ve platelet engraftmenti arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı.Otuz dokuz hastanın dahil edildiği çalışmamızda hastaların hiç birinde kromozoma entegre HHV-6 tespit edilmedi.Sonuç olarak, çocuklarda, kök hücre naklinden sonra, aktif HHV-6 enfeksiyonu yüksek oranda görülmektedir. Alıcı ve verici arasındaki HLA uyumu ve miyeloablatif tedavi uygulanması, HHV-6 pozitifliği için önemli risk faktörleri olarak ortaya çıkmaktadır. Aktif HHV-6 enfeksiyonlarının, alıcılarda deri döküntülerine, ateşe ve karaciğer hasarına neden olabileceği düşünülmektedir. Kromozoma entegre HHV-6'nın tanı testleri üzerindeki etkisinin anlaşılabilmesi için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır

Yenidoğanlarda konjenital cytomegalovirus (CMV) enfeksiyonu görülme sıklığının araştırılması

Cytomegalovirus (CMV) konjenital enfeksiyonların en sık sebebi olarak kabul edilmekte ve konjenital CMV enfeksiyonu tüm dünyada canlı doğumların %0,2-2,2?sinde görülmektedir. Bu enfeksiyon çocuklarda nörolojik hastalıkların ve sensörinöral işitme kayıplarının önemli sebeplerinden biri olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Akdeniz Üniversitesi Hastanesi?nde yenidoğanlarda konjenital CMV enfeksiyonu görülme sıklığının araştırılmasıdır. Bu amaçla Mayıs 2012 - Temmuz 2013 tarihleri arasında Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak, Burun ve Boğaz Hastalıkları Anabilim Dalı Odyoloji Polikliniği?ne işitme testi için başvuran, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Yenidoğan Kliniği?nde takip edilen ve Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı Kliniği?nde doğumu takiben annelerinin yanında yatmakta olan 0-21 günlük toplam 886 (435 kız ve 451 erkek) bebek çalışmaya alınmıştır. Bebeklerin idrar örneklerinde ticari kit (High Pure Viral Nucleic Acid Kit v17.0, Roche Diagnostics, Almanya) ile DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi (LightMix Human Cytomegalovirus, TIB MOLBIOL, Almanya) ile CMV DNA araştırılmıştır. Konjenital CMV enfeksiyonu prevalansı %0,9 olarak saptanmıştır, 3 (%37,5) olguda semptom (prematürite ve/veya düşük doğum ağırlığı ve/veya hiperbiliribünemi) bulunmaktadır. Konjenital CMV enfeksiyonu ile cinsiyet, doğum haftası, doğum şekli, doğum kilosu, kraniofasiyal anomali varlığı, hiperbilirübinemi, fototerapi ihtiyacı, yoğun bakım ihtiyacı, mekanik ventilasyon ihtiyacı, ailede sağırlık olup olmadığı, annenin gebelik döneminde ateşli hastalık geçirip geçirmediği ve işitme testi sonuçları arasında istatistiksel bir ilişki saptanmamıştır. Bu çalışma Türkiye?de yenidoğanlarda konjenital CMV enfeksiyonu görülme oranını araştıran ilk çalışmadır. Bir yılı aşkın bir sürede, çok sayıda olgu ile çalışılarak saptanan %0,9 pozitiflik oranı ülkemizde konjenital CMV enfeksiyonu olduğunu göstermektedir

Sitomegalovirüs spesifik T hücre yanıtının flow sitometri yöntemi ile optimizasyonu

Human Herpesvirüs 5 (HHV-5) olarak tanımlanan insan Sitomegalovirüs (Cytomegalovirüs : CMV), Herpesviridae ailesinin Betaherpesvirinae alt ailesinde Cytomegalovirus cinsi içerisinde yer alır. CMV, primer enfeksiyondan sonra endotelyal hücreler, lökositler ve çeşitli dokularda latent enfeksiyonlara neden olur. Organ naklinde verici CMV seropozitif (D +), alıcı seronegatif (R-) ise nakil alan hastalarda primer CMV enfeksiyonu; CMV seropozitif alıcılarda ise CMV reaktivasyonu ve reenfeksiyon gelişme riski yüksektir. Latent virüs enfeksiyonları transplantasyon alanında immün süpresif tedavi ile sağlanan başarıyı olumsuz yönde etkileyen en önemli faktörlerdendir. Bu nedenle nakledilen organın reddi hatta hastanın kaybı ile sonlanabilen CMV enfeksiyon hastalığının zamanında saptanması son derece önemli ve gereklidir. CMV enfeksiyonu tanısında hücre kültürü, histopatolojik inceleme, serolojik testler, moleküler yöntemler, CMV antijenemi testi ve immünolojik testler gibi geniş bir yelpazeye yayılan testler kullanılmaktadır. Hücre kültürü, CMV tanısında altın standard kabul edilse de günümüzde yerini daha hızlı sonuç veren, daha az emek ve iş gücü gerektiren testlere bırakmıştır. Nitekim günümüzde solid organ transplant hastalarında CMV enfeksiyonunun belirlenmesinde preemptif tedavi uygulanacak hastaların seçiminde ve tedavinin izleminde moleküler yöntemler ile viral yükün saptanması ve kantitasyonu pratik uygulamada yerini almıştır. Özellikle immün sistemi baskılanmış olgularda ve latent virüs enfeksiyonlarında konağın etkene yanıtı ya da yanıtsızlığı klinik tablonun belirlenmesinde anahtar rol oynar. Viral enfeksiyonlardan korunmada özellikle hücresel bağışıklık yanıtının önemi büyüktür ve hafıza CD4+ ve CD8+ T lenfositler hücresel immünitenin fonksiyonel imzalarıdır. Organ nakil hastalarında, etkenin özellikleri yanı sıra konak immün yanıtının bilinmesi, enfeksiyon hastalığının daha erken saptanmasını, immün süpresif tedavinin ve enfeksiyon tedavisinin monitörizasyonunu sağlayacaktır. Hücresel anti-viral immünite en yaygın olarak ELISPOT, Quantiferon ve akış sitometri yöntemleri ile çalışılmaktadır. Araştırmamızda kullandığımız sitokin akış sitometri yöntemi ile hücreleri büyüklük ve granülaritelerine göre birbirinden ayırmanın yanı sıra fonksiyonlarını da ölçmek mümkündür. Akdeniz Üniversitesi Hastanesi?nin güçlü yanlarından birisi organ naklinde göstermiş olduğu başarıdır. Bu başarı biz laboratuvar bilim dallarına da organ nakil hastalarında enfeksiyon hastalıklarının tanısı ve izleminde evrensel- bilimsel yaklaşımları takip etmek sorumluluğunu yüklemektedir. Biz de sorumluluğumuzun bilinci ile laboratuvarımızda organ nakil hastalarında virus spesifik hücresel yanıt araştırmalarına başlamış bulunuyoruz. Araştırmamızda, böbrek nakli yapılmış hastalarda CMV?ye spesifik T hücre yanıtını sitokin akış sitometri yöntemi ile optimizasyon ve validasyonunu ve ardından klinik olguların hücresel immün yanıtlarının monitörizasyonunu planladık. Bu amaçla Aralık 2012- Ağustos 2013 tarihleri arasında Akdeniz Üniversitesi Organ Nakli Merkezi tarafından canlı vericiden böbrek nakli planlanan, 18-66 Y (kısaltma yapma veya ilk yaptıgında ne oldugunu yaz) yirmi bir (7 K, 14 E) hastadan böbrek nakli öncesi ( 0.ay) ve nakil sonrası 1., 3. ve 6. aylarda toplam dörder kez örnek aldık. Prospektif araştırma sürecinde on iki hastanın planlanan tüm örnekleri alınmış ancak dokuz hastanın transplantasyon sonrası 6.ay örneklerini almak için projemizin süresi yeterli olamamıştır. Kontrol grubu olarak böbrek nakli planlanan hastaların sağlıklı, CMV seropozitif vericilerinden (24-66 Y, 10 E ,10 K) örnek alınmıştır. Çalışmamızın optimizasyon ve validasyon testlerinin tamamlanmasının ardından hastalarımızın ve kontrol grubumuzun testlerini çalıştık. Yöntemimizin ana basamakları, tam kandan periferik kan mononükleer hücre (PKMNH) izolasyonu, dondurulup saklanması, çözülmesi, ardından lenfositlerin CMV peptidleri ile ex vivo olarak uyarılması ve CMV spesifik IFN-? üreten T lenfositlerinin yüzey antijenleri ve hücre içi sitokin boyama sonucunda akış sitometride fonksiyonel ayırım yaparak sayılmasıdır. Elde edilen ana bulgular IFN-? üreten CMV spesifik CD4+ , CD8+ ve toplam (CD4++CD8+) T lenfosit yüzdeleridir. Hastanın periferal kanlarındaki lenfosit sayılarıyla bu değerler oranlanarak periferal kanlarında bulunan CMV spesifik IFN-? üreten T lenfosit sayısı hesaplanmıştır ve değerlendirmeler bu sayılar üzerinden yapılmıştır. Tüm hastalar ve kontrol grubu için yapılan testler tamamlandıktan sonra elde edilen bulgular değerlendirildiğinde nakilden sonraki 3.ayda ölçülen periferal kan lenfositlerinin 1.ay değerlerinden anlamlı oranda düşük olduğu görülmüştür. CMV spesifik CD4+ 1.aydan da 3.aya (p=0,003) doğru anlamlı oranda azalma gözterdiği; diğer gruplar arasında anlamlı fark olmadığı saptanmıştır. CMV spesifik CD4+ +CD8+ T lenfosit 3.ay değerinin 1.aya göre anlamlı oranda (p=0,039) azaldığı belirlenmiştir. Hastaların nakil öncesinde test edilen CMV IgG değerlerinin, yaşlarının, cinsiyetlerinin, hastalara uygulanan immün süpresyon ve indüksiyon tedavilerinin IFN-? salınımı yapan CMV spesifik T lenfositler üzerinde anlamlı etkilerinin olmadığı görülmüştür. 6.ay örneğinde düşük düzeyde viremi saptanan olgumuzun 3.ayında CMV hücresel immün yanıtının olmadığı, 6 ayda ise yüksek düzeyde CMV spesifik IFN-? salınımının mevcut olduğu izlenmiştir. Sonuç olarak biz bu çalışma ile hastanamizde ve Türkiye?de ilk defa uygulanan, flow sitometrik yöntem ile böbrek nakli hastalarında CMV spesifik T hücre kantitasyonu yaptık. Optimizasyon ve validasyon çalışmalarımız sonucunda gördük ki altı aylık dondurulma süresinde bile virüs spesifik T hücre yanıtı kantitasyonu olumsuz etkilenmemektedir. Bu çalışma sadece solid organ transplantasyonu değil kemik iliği transplantasyonu alanında da yapılacak olan daha geniş kapsamlı çalışmlara öncü olacaktır

Renal transplant hastalarında BKV spesifik immün yanıtın ELISPOT yöntemi ile ölçülmesi

RENAL TRANSPLANT HASTALARINDA BKV SPESİFİK İMMÜN YANITIN ELISPOT YÖNTEMİ İLE ÖLÇÜLMESİ BKV, böbrek nakil hastalarında geri dönüşü olmayan allograft hasarına neden olabilen en sık viral etkenlerden biridir. BKV seroprevalansı sağlıklı bireylerde %90'lara ulaşmaktadır. Asemptomatik seyreden ve genellikle erken çocukluk döneminde geçirilen primer enfeksiyonun ardından BKV böbrek ve ürotelyal hücrelerde latent olarak kalır. İmmün sistemi sağlam bireylerin %10-40'ında reaktivasyon ve asemptomatik virüriler görülebilir. BKV böbrek transplant hastalarında immün supresyonla birlikte kendi kendini sınırlayan reaktivasyonlara neden olabilir veya BKVN oluşturabilir. BKVN nakilden sonraki ilk yılda hastaların %1-10'unda görülür ve bu hastaların %50-90'ında greft kaybına neden olur. Çalışmamızda Prof. Dr. Tuncer Karpuzoğlu Organ Nakli Enstitüsünde böbrek nakli yapılan 31 olgudan nakilden önce ve nakli takiben +1 ay, +3 ay ve +6 ay sonra kan örnekleri alındıktan sonra PKMN izole edildi ve saklandı. PKMN'de BKV spesifik T hücre sıklığı ELISPOT yöntemi kullanılarak araştırıldı. Hastaların plazma veya idrar BKV viral yük tayinleri gerçek zamanlı PZR ile ölçüldü. Nakilden sonra 7. ayda reaktivasyon gelişen bir hasta da çalışmaya dahil edildi ve reaktivasyon sonrası toplam 4 kez BKV spesifik T hücre yanıtları ölçüldü. Çalışmaya dahil edilen hastaların tüm örneklerinde BKV spesifik T hücre yanıtı ölçülebilir düzeyde bulundu. Kontrol grubunun ortalama spot sayıları ile hastaların transplantasyon öncesi elde edilen spot sayıları arasında anlamlı fark saptanmadı. Hastaların BKV spesifik immün yanıtları karşılaştırıldığında, yanıtın immün supresyonun en yoğun olduğu 1. ayda en düşük olduğu saptandı. İzlem sırasında reaktivasyon gelişen hastalarla; reaktivasyon gelişmeyen hastaların nakil öncesi spot sayıları arasında fark gözlenmedi. İzlem süresince 8 hastada reaktivasyon gelişti. Reaktivasyon gelişen ve BKV DNA'ları 2 ve 3 kez bakılan 2 hastada reaktivasyon zamanında BKV spesifik T hücre yanıtının düştüğü ve immün yanıtta artışın BKV viral yükünde azalma veya temizlenme ile uyumlu olduğu gözlendi. Sonuç olarak, böbrek nakil hastalarında idrar veya kanda BKV DNA yükleri ile eş zamanlı olarak, BKV spesifik immün yanıtın ELISPOT yöntemi kullanılarak izlenmesinin, BKV reaktivasyonunun prognozu ile ilgili ön bilgi verebileceği böylece BKVN gelişiminin önlenebileceği ve tedavi sırasında immün yanıtta oluşan değişikliklerin değerlendirilebileceği düşünülmektedir. Anahtar sözcükler: BKV, Böbrek Nakli, Hücresel İmmünite, ELISPOT.

Antalya merkez bölgesi 17 no'lu sağlık ocağı'na bağlı 1-5 yaş arası çocuklarda haemophilus influenzae tip B doğal bağışıklığının araştırılması

Nozokomiyal kandidüritli hastalardan izole edilen candida türleri, duyarlılıklarının e-test ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri ile araştırılması

Mycobacterıum tuberculosıs kökenlerinde ilaç direncinin genotipik ve fenotipik yöntemlerle araştırılması

Amaç ve Hipotez: Tüberküloz, halen dünyada en yaygın ve ölümcül bulaşı¬cı hastalıklardan biri olmaya devam etmektedir. Tüberküloz kontrolünde en önemli konu, balgamında tüberküloz basili bulunan hastaları erken saptamak ve başkalarına bulaştırmadan etkili ilaçlarla en kısa sürede tedavi etmektir. Bu çalışmada, hastanemize ve Aydın ili Verem Savaş Dispanseri'ne başvuran tüberküloz olgularında tüberküloz hastalığı nedeni olan Mycobacterium tuberculosis'in saptanması, demografik veriler, antitüberküloz ilaçlara direnç oranlarının ve dirence yol açan mutasyonların saptanması, bölgemizdeki tüberküloz hastalara yaklaşımda yol gösterecek verilerin elde edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışma 1 Ocak 2009-1 Haziran 2010 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteri Laboratuvarında yapılmıştır. Tüberküloz hastası toplam 63 kişiden 63 (% 100,0) M. tuberculosis kökeni izole edilmiştir. Çalışma kapsamına alınan bu kökenlerin identifikasyonunda NAP, PZR IS6110, PZR-RFLP; antitüberküloz ilaç direncinin saptanmasında BACTEC 460 TB (Becton Dickinson, ABD) sistemi ve direnç genlerinin saptanmasında Tüberküloz Direnç Kiti (Autoimmun Diagnostika GmbH, Almanya) kullanılmıştır.Bulgular: Çalışmaya dahil edilen toplam 63 (% 26,8) hastanın 48'i (% 76,2) erkek, 15'i (% 23,8) kadındı ve hastaların yaşları 13 ile 85 (ortalama 46,4±18,5) arasındaydı. Hastaların ARB sonuçları değerlendirildiğinde; 45 hastada (% 71,4) ARB pozitif, 18 (% 28,6) hastada ARB negatif bulunmuştur. BACTEC 460 TB ile 63 M. tuberculosis kökeninin 61'inde (% 96,8) antitüberküloz ilaçlar (izoniazid, rifampisin, etambutol, streptomisin) hassas bulunmuş ve ikisinde (% 3,2) antitüberküloz ilaçlardan birine karşı direnç saptanmıştır (bir (% 1,6) hastada izoniazid direnci, bir hastada (% 1,6) streptomisin direnci). BACTEC 460 TB ile çok ilaca dirençli tüberküloz saptanmamıştır. Tüberküloz Direnç Kiti ile test edilen antitüberküloz ilaçlara karşı direnç mutasyonları araştırıldığında, 47 (% 74,6) hastada herhangi bir mutasyon saptanmamıştır. Kalan 16 (% 25,4) hastada toplam 25 mutasyon saptanmıştır. Dört kökende sadece izoniazid mutasyonu, iki kökende sadece rifampisin mutasyonu, iki kökende sadece kinolon mutasyonu, iki kökende izoniazid ve rifampisin mutasyonu, iki kökende izoniazid ve kinolon mutasyonu, iki kökende rifampisin kinolon mutasyonu, bir kökende streptomisin ve kinolon mutasyonu, bir kökende ise izoniazid, rifampisin ve streptomisin mutasyonu saptanmıştır. İzoniazid mutasyonu saptanan dokuz kökenin beşinde katG 315 mutasyonu, dördünde inhA16,15,8 mutasyonu; rifampisin mutasyonu saptanan yedi kökenin ikisinde rpoB 516 mutasyonu, ikisinde rpoB 526 mutasyonu, birinde rpoB 513-516 mutasyonu, birinde rpoB 522-526 mutasyonu, birinde rpoB 529-533 mutasyonu; streptomisin mutasyonu saptanan iki kökenin ikisinde rpsL 43 mutasyonu, birinde rpsL 88 mutasyonu; kinolon mutasyonu saptanan yedi kökenin yedisinde gyrA 90-94 mutasyonu saptanmıştırSonuç: Mycobacterium tuberculosis'in antitüberküloz ilaçlara karşı artan ilaç direnci, tedavinin etkili bir şekilde yapılabilmesini engellemekte ve duyarlılık testlerinin yapılmasını gerekli hale getirmektedir. Tüberkülozun tedavisinde çok ilaca dirençli tüberküloz önemli bir problemdir. Çok ilaca dirençli tüberküloz olgularının artışı, tüberküloz ile mücadeleyi güçleştirmektedir. Bu nedenle çok ilaca dirençli tüberkülozun erken saptanmasında ve yayılmasının önlenmesinde duyarlılık testlerinin klasik kültür yöntemleri yerine daha kısa sürede sonuç veren hızlı yöntemler ile yapılması gerekmektedir. Genotipik yöntemler epidemiyolojik çalışmalarda yararlı olabilir. Ancak mutasyon her zaman fenotipik dirence yansımadığı için mutlaka fenotipik ve genotipik yöntemler birlikte kullanılmalıdır.Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, Tüberküloz, Çok ilaca dirençli tüberküloz, BACTEC 460 TB, Tüberküloz Direnç Kiti

Haemophilus ınfluenzae kökenlerinde antibiyotiklere direnç oranı ve ampisilin direncinin genotipik olarak belirlenmesi

Amaç ve hipotez: Haemophilus influenzae solunum sistemi normal florasında bulunmakla birlikte, akut otitis media, sinüzit, konjuktivit, pnömoni ve çocukluk çağı menenjiti gibi infeksiyonların en sık etkenlerinden biridir. Bu çalışmanın amacı, klinik örneklerden izole edilen H. influenzae kökenlerinde ampisiline ve çeşitli antibiyotiklere direnç oranı ile ampisiline direnç mekanizmalarını belirlemektir.Yöntem: Bu çalışma Aralık 2008-Mart 2011 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında yapılmıştır. Laboratuvara gelen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 56 Haemophilus influenzae kökeni çalışmaya dahil edilmiştir. Kökenlerin tanımlanmasında, X, V, XV diskleri, yarı otomatik tanımlama sistemi ve PZR kullanılmıştır. Haemophilus influenzae olarak tanımlanan kökenlerin antibiyotiklere duyarlılıkları, disk difüzyon ve mikrodilüsyon yöntemiyle araştırılmıştır. Haemophilus influenzae serotip b varlığı, beta-laktamaz üretimi ve beta-laktamaz negatif ampisiline dirençli kökenlerin varlığı PZR ile araştırılmıştır.Bulgular: Test edilen kökenlerin hiçbirinde H.influenzae serotip b tespit edilmemiştir. Kökenlerin hepsi amoksisilin klavulonik asit, ampisilin sulbaktam, sefepim, sefiksim, seftriakson, sefuroksim sodyum, imipenem, kloramfenikol, levofloksasin, meropenem, sparfloksasin ve tetrasikline duyarlı bulunmuştur. Test edilen kökenler; ampisiline % 92,8 duyarlı, % 5,4 orta duyarlı, % 1,8 dirençli, sefaklora % 94,6 duyarlı, % 5,4 orta duyarlı, klaritromisine % 71,4 duyarlı, % 23,2 orta duyarlı, % 5,4 dirençli, ko-trimaksazole % 50 duyarlı, % 14,3 orta duyarlı, % 35,7 dirençli tespit edilmiştir. Ampisiline dirençli olan 1 kökende beta-laktamaz üretimi (% 1,8) pozitif bulunmuştur. ftsI-S geni tespit edilmeyen 11 (% 19,6) kökende Grup III ftsI-BLN geni de tespit edilmemiştir. ftsI-S geni ve Grup III ftsI-BLN geni tespit edilmeyen 11 köken zayıf BLNAR (Grup I ve/veya Grup II) olarak kabul edilmiştir.Sonuç: Çalışmamızda H. influenzae serotip b tespit edilmemiştir. Beta-laktamaz üretimi (% 1,8) düşük oranda tespit edilmiştir. Çalışmamızda Grup III BLNAR saptanmamıştır. Zayıf BLNAR olarak değerlendirilen 11 kökenin ampisilin MİK'inin duyarlı kökenlere göre daha yüksek olduğu görülmüştür. BLNAR kökenlerde diğer ß-laktam antibiyotiklere de (ampisilin-sulbaktam, amoksisilin klavulonik asit, sefaklor, sefiksim, sefuroksim, imipenem, meropenem) MİK'lerinin yükseldiği görülmüştür. Ampirik tedavide amoksisilin klavulonik asit, ampisilin sulbaktam, sefepim, sefiksim, seftriakson, sefuroksim sodyum, imipenem, kloramfenikol, levofloksasin, meropenem, sparfloksasin ve tetrasiklin antibiyotiklerinin kullanılabileceği düşünülmüştür. Çalıştığımız H. influenzae kökenlerinde henüz yüksek bir direnç oranı olmadığı görülmüş ancak zayıf BLNAR'ların varlığı sürveyans çalışmalarının düzenli takibinin yapılmasının gerekli olduğunu düşündürmüştür.Anahtar Kelimeler: Haemophilus influenzae, BLNAR, PZR, MİK

Aydın ilinde bartonella henselae ve bartonella quintana seroprevalansı ve risk faktörlerinin araştırılması

Amaç ve hipotez: Bartonella henselae, B. quintana bakterileri önemli halk sağlığı sorunlarına neden olmaktadır. Aydın ilinde Bartonella henselae, B. quintana seroprevalansı bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı Bartonella henselae, B. quintana türlerinin erişkinlerde epidemiyolojik özellikleri, seroprevalansı, taşıyıcılığını belirlemek ve risk faktörlerini saptamaktır.Yöntem: Bu çalışma Nisan 2009-Mart 2011 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında yapılmıştır. Aydın merkez ve ilçe sağlık ocaklarına başvuran 18 yaş üstü 344 erişkinden alınan kan örnekleri IFA yöntemi ile incelenmiştir. Alınan serum örneklerinde Bartonella henselae ve Bartonella quintana IgG antikor pozitifliği araştırılmıştır. Seropozitif saptanan serum örneklerinde PZR ile Bartonella türleri aranmıştır.Bulgular: Serum örneklerinde Bartonella henselae IgG antikoru 1/64 dilüsyonda %6,1, 1/128 dilüsyonda %2,6, 1/256 dilüsyonda %2,6 olarak, Bartonella quintana IgG antikoru 1/64 dilüsyonda %2,0, 1/128 dilüsyonda %0,3, 1/256 dilüsyonda %0,3 olarak saptanmıştır. Bartonella quintana IgG 1/64 dilüsyonda pozitif saptanan 7 örneğin tümünde Bartonella henselae IgG 1/64 ve üzeri dilüsyon pozitif olarak bulundu. Seropozitif olarak saptanan serum örneklerinde PZR yöntemiyle pozitiflik saptanmamıştır. Araştırmaya katılan kişilerin yaşam özellikleri ve demografik verileri seropozitiflikle karşılaştırıldığında; Bartonella henselae seropozitifliğiyle; kadın cinsiyette olma, 20 yaş altında olma, kedi-köpek teması öyküsü, evde hayvan besleme öyküsü, kedi tırmalaması öyküsü ve doğada uğraş öyküsü olanlarda anlamlı ilişki (p<0.05),Bartonella quintana seropozitifliğiyle; kedi-köpek teması öyküsü, evde hayvan besleme öyküsü, kedi tırmalaması öyküsü ve doğada uğraş öyküsü olanlarda anlamlı ilişki saptanmıştır (p<0.05).Sonuç: Aydın ve çevresinde özellikle çocuklarda ve genç yaş grubunda Bartonella türlerinin neden olduğu infeksiyonlar tanıda düşünülmeli diğer benzeri infeksiyonların ayırıcı tanısında göz önünde tutulmalıdır.Anahtar kelimeler: Bartonella henselae, Bartonella quintana, seroprevalans, IFA, PZR

Dermatofitozların tanısında moleküler yöntemlerin kullanılması

Dermatofitler tüm dünyada yaygın ve sık olarak görülen infeksiyon hastalıklarına (dermatofitoz) neden olan mantarlardır. Bu infeksiyonların tanısında, kullanılan klasik yöntemlerden; direkt mikroskobide yalancı negatiflikler görülmekte ve türe spesifik tanı yapılamamaktadır. Mantar kültürü ise özgül bir yöntem olmasına rağmen üreme için uzun inkübasyon süresi gerektirmekte ve izolatların doğru olarak identifiye edilebilmesi için çoğu zaman ek testlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada dermatofitozların tanısında moleküler yöntemlerin yerinin araştırılması amaçlanmıştır.Aydın Devlet Hastanesi Dermatoloji Polikliniğinden 01. 03. 2010- 30. 06. 2010 tarihleri arasında dermatofitoz şüphesi ile aynı hastanenin Mikrobiyoloji Laboratuvarına yönlendirilen 110 hastadan alınan 123 örnek (63 deri kazıntısı, 60 tırnak örneği) çalışmaya dahil edilmiştir. Örneklerin mikrobiyolojik ve moleküler incelemeleri Adnan Menderes Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılmıştır. Örnekler % 20'lik potasyum hidroksit solüsyonu ile direkt mikroskobik olarak incelenmiş, mantar kültürü için Sabouraud dekstroz agar ve patates dekstroz agar besiyerlerine ekilmiştir. Kültürde üreyen suşlara ve kazıntı örneklerine direkt olarak dermatofitlerin kitin sentaz 1 (CHS1) gen bölgesini hedefleyen primerlerle pan-dermatofit nested PZR, bunun yanı sıra Tricophyton rubrum ve Tricophyton mentagrophytes'e özgü primerlerle nested PZR uygulanmıştır. PZR yöntemleri arasında uyumsuzluk saptanan örneklerde dizi analizi ile tanıya gidilmiştir.Örneklerin 62 (% 50,4)'sinde direkt mikroskobik incelemede mantar elemanları görülmüş, 30 (% 24,4)'unun kültüründe dermatofit üremiştir. Kültürde üreyen suşların klasik yöntemler ve T. rubrum/T. mentagrophytes nested PZR ile identifikasyon sonuçları aynı bulunmuştur. Örneklerin 67 (% 54,5)'sinde pan-dermatofit nested PZR, 65 (% 52,9)'inde T. rubrum/T. mentagrophytes nested PZR pozitif sonuç vermiştir.Çalışmamızda kullanılan moleküler tanı yöntemleri ile dermatofitoz etkenleri hızlı bir şekilde tür düzeyinde tanımlanabilmiştir. Alt yapısı uygun olan laboratuvarlarda dermatofitozların rutin tanısında moleküler yöntemlerin uygun bir tanı aracı olabileceği sonucuna varılmıştır.

HLA-DRB1 tiplerinin kronik hepatit C virüs enfeksiyonu ve prognozu ile ilişkisi

Giriş: Hepatit C virüs enfeksiyonu yüksek kronikleşme oranı ile ciddi bir halk sağlığı problemi oluşturmaktadır. Dünyada her yıl yaklaşık 350.000 kişi kronik HCV enfeksiyonları yüzünden hayatını kaybetmektedir. Hastalığın prognozunu etkileyen faktörlerle ilgili çalışmalar yapılmaktadır. İnsan doku uygunluk antijenlerinin (HLA) allel değişiklerinin HCV enfeksiyonunun prognozu üzerinde etkisinin olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada HLA DR-B1 allellerinin, HCV enfeksiyonunda tedaviye yanıt ve hastalığın prognozu üzerinde etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Materyal-Metod: Çalışmaya Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde Şubat 2014- Ocak 2015 tarihleri arasında takip edilen kronik HCV enfeksiyonu olan toplam 65 HCV enfeksiyonlu hasta alınmıştır. Çalışmaya dahil hastalarda kronik HCV enfeksiyonunun prognozu HCV-RNA değerleri kullanılarak belirlenmiştir. Buna göre hastalar; spontan düzelenler : herhangi bir tedavi görmeden altı aylık kontrolleri sırasında viral yükte ≥ 2 log10 kadar düşme tespit edilenler, tedaviye yanıt verenler: HCV-RNA viral yük takibinde, tedavi sonrası 24. haftada, 48. haftada ve takiben altı ayda bir yapılan kontrollerde viral yükte ≥ 2 log10 kadar düşme olanlar, tedaviye yanıt vermeyen veya nüksedenler :Tedavi sonrası 24. hafta ve 48. hafta viral yükte < 2 log10 düşme olmayanlar veya viral yüklerinde düşme olan ancak altı aylık kontrollerinde tekrar yükselme tespit edilenler olmak üzere üç gruba ayrılmıştır.HLA DR-B1 belirlemek için EDTA'lı tüplere hastalardan alınan tam kan örneklerinden, spin kolon yöntemiyle DNA ekstraksiyonları yapılmış ve alleller LIFECODES HLA-DRB1 eRES Typing Kit (ImmucorTransplant Diagnostics, Inc, Stamford, USA) kitleri ile sekansa spesifik oligonükleotid (SSO) – Luminex yöntemi kullanılmıştır. Çalışmada elde edilen veriler SPSS 23.0 (Inc, Chicago, IL, USA) paket programı ile değerlendirilmiştir. Analitik analizlerde ki-kare testi kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmaya alınan toplam 65 hasta 22-79 yaş aralığında olup, yaş ortalaması 56.5±12,9'dur. Hastaların %43,1 (28)'si erkek, %56,9 (37)'u kadındır. HCV enfeksiyonu olan hastalar prognozlarına göre gruplandırıldığında 36'sı (%55,4) tedaviye yanıt veren grubu, 16'sı (% 24,6) nüks eden veya tedaviye yanıt vermeyen grubu, 13'ü (%20) spontan olarak iyileşen grubu oluşturmuştur. Hastalardan izole edilen HCV-RNA genotiplerinin dağılımı, genotip 1 % 93,6 (61), genotip 2 %1,6 (1), genotip 3 % 1,6 (1), genotip 4 % 3,2 (2) olarak belirlenmiştir. HLA-DRB1 allelleri sıklık sırasıyla 34'ü (%26,15) *11, 20'si (% 15,38) *4, 14'ü (%10,17) *15, 13'ü (%10) *13, 11'i (%8,46) *1, 7'si (% 5,38) olarak en fazla görülmüştür. Daha az oranda görülen alleller ise HLA-DRB1 *3,*10,14,16*7,8 olmuştur. HLA-DRB1*2,5,6,12 allelelerine hiç rastlanmamıştır. Kronik HCV enfeksiyonu ile HLA-DRB1 alleleri arasındaki ilişki değerlendirildiğinde, HLA-DRB1*13 sıklığı ile hastalığın prognozu ve tedaviye yanıt arasında negatif bir ilişkinin olduğu istatistiksel olarak belirlenmiştir. (p< 0,002). Sonuç: Çalışmada hastaların en sık HLA-DRB1*11 alleli taşıdıkları ancak bu alllelin hasta grupları arasında anlamlı bir farklılık oluşturmadığı belirlenmiştir. HLA-DRB1*13 alleli dördüncü sıklıkta görülen allel olmasına rağmen kötü prognoz ve tedaviye yanıt vermeme ilişkili bulunmuştur. Bu sonuçlara göre HLA-DRB1*13 alleli taşımanın HCV infeksiyonun prognozu ve tedaviye yanıtı için risk faktörü olabileceği düşünülmektedir. Bu nedenle HCV enfeksiyonu olan hastalarda prognozun öngörüsü ve etkin tedavi planlanması için HLA-DRB1 allellerinin belirlenmesinin gerekli olabileceği sonucuna varılmıştır

Clostridium difficile toksin A geninin klonlanması

Son 20 yılda gerek hastane, gerekse toplum kaynaklı Clostridium difficile enfeksiyon insidans ve mortalitesinde belirgin bir artış görülmektedir. Hastalığın patogenezinden toksin A (enterotoksin) ve toksin B (sitotoksin) sorumludur. Ayrıca son yıllarda hastane salgınlarına neden olan binary toksin tanımlanmıştır. Bu çalışmada C. difficile toksin A geninin klonlanması ile toksin A elde edilerek tanı testlerinde kullanılabilecek antijen elde edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda, Türkiye Halk Sağlığı Kurumu (Ankara)'ndan temin edilen tcdA pozitif C. difficile 06012 suşu kullanılmıştır. Gen bankasından NCBI Reference Sequence: NC-009089.1 nolu tcdA sekansı baz alınarak spesifik primerler dizayn edilmiş ve primerler sonlarına BamHI restriksiyon enzim yeri eklenerek modifiye edilmiştir. C. difficile suşundan DNA saflaştırılmış ve PCR yoluyla ExTaq polimeraz enzimi yardımıyla tcdA genini içeren DNA fragmanıçoğaltılmıştır. Amplikon ve pUC19 plazmidi Bam HI enzimi ile kesilmiş ve ligasyondan sonra E. coli DH10B suşuna elektroporasyon yoluylaaktarılmıştır. Rekombinant plazmidler incelenmiş ve tcdA geni içeren plazmid seçilerek ileri araştırmalar için stoklanmıştır. Bu çalışmada C. difficile tcdA geni rekombinant toksin sentezi için klonlanmıştır. Toksin A'nın rekombinant teknoloji ile sentezlenmesi ve saflaştırılması daha ileri çalışmalar için kolaylık sağlayacaktır. Toksinin saflaştırılmasıyla poliklonal ve monoklonal antikorların eldesi, serum antikor düzeylerinin saptanması, enzim aktivitesi üzerine in vitro ve in vivo çalışmalar yapılabilmesi mümkün olacaktır.

Genotyping of rhinoviruses in acute respiratory tract infections

Introduction: Rhinovirus (RV) is the most frequent cause of acute respiratory illness. RV is usually the causative agent of upper respiratory infections with mild symptoms and cold. However, it is related with asthma, cystic fibrosis and chronic obstructive pulmonary disease (COPD), pneumonia, sinusitis otitis and wheezing especially in children. RV was identified in three species by molecular methods which are RV-A, RV-B and RV-C. In most of the cases, it was reported that RV-A and RV-C were related to lower respiratory tract infections and asthma inflammation, while RV-B was rarely reported in lower respiratory tract infections. It was also reported that RV-C causes severe infections in children. The aim of the present study was detection of RV species by sequence analysis among the patients with respiratory tract infections and RV positive in nasopharyngeal samples. Additionally, the relation between species and clinical picture, viral load, age and gender was also in the purpose of study. Materials and Methods: The study group was consisted of 96 patients (50 children and 46 adults) who admitted to Adnan Menderes University Hospital with acute respiratory claims and were detected as RV positive previously with two commercial kits [(FTD Respiratory pathogens 21 (Fast-track diagnostics Ltd., Malta) and Anyplex™ II RV16 Detection V1.1 (Seegene Inc., Seoul, Korea)]. Viral loads of samples were determined with a quantitative real-time PCR (LightCycler® 480 RNA Master Hydrolysis Probes, USA). Following the real-time in order to represent the amplicons FastStart High Fidelity PCR System, dNTPack was used as a conventional PCR method. After purification of PCR products BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit was used in sequence analysis PCR. Purified PCR products were also loaded to ABI Prism 3100/3100 and sequencing was performed in two directions. Data from study was evaluated with SPSS 17.0 (Inc, Chicago, IL, USA) pocket program for Windows. Chi-square test was used for analytical comparisons. Phylogenetic analysis was performed with Geneious 9.1.3 program. In the analysis a 400 bp region of VP4/VP2 rhinovirus capsid protein coding region was included. Rhinovirus species were determined by analysing the sequences with references for VP4/VP2 coding region by neighbour-joining method. References were downloaded from GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Test parameters were set as minimum identification 70%, Bootstrap value 1000 replication. Clustering of sequences with references was the approach that we used to determine species of isolates. Results: The age of children were changing from 22 days to 16 years and the mean was 24 months (6,19-72) and the age of adults were changing from 18 to 86 and the mean was 57,63±15,68. After the quantitative PCR analysis, 31 isolates were excluded from the study among 127 samples which were positive with commercial multiplex PCR. Of the 96 samples in which expected amplicons were observed in 32 of adults and 33 of children, totally 65 isolates. After sequence analysis, 28 were (43,07%) RV-A, 7 were (10,76%) RV-B and 28 were (43,07%) RV-C; moreover one sample was EV-D68 (1,53%) and one sample was EV-C (1,53%). The distribution of species in adults was: 15 (48,3%) RV-A, 5 (16,1%) RV-B and 11 (35,4%) RV-C. The distribution of species in children was 13 (%40,6) RV-A, 2 (%6,3) RV-B and 17 (%53,1) RV-C. There was statistically significant relations with RV species and clinical Picture, viral loads, age and gender in both of the age groups (p> 0,05). Discussion: We detected RV-A and RV-B species in same rates, RV-B in lower rate. In child patients RV-C, in adult patients RV-A was the most common species. No statistically significant relationship was found with RV species and clinical severity, viral loads, age and gender in both of the age groups. This was the first study from Turkey that reported the RV species. The findings will have a contribution to understanding of rhinovirus epidemiology and pathogenesis. There is a gap in the field of clinical picture and RV species and that indicates the need for further studies including larger patient populations.

Kinolon dirençli escherichia colı klinik izolatlarında plazmidik direnç mekanizmalarının araştırılması

Kinolonlar, Escherichia coli gibi Gram negatif mikroorganizmaların oluşturduğu enfeksiyonların tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak kinolon direnci bu grup antibiyotiklerin ampirik tedavide sıkça kullanılması nedeniyle hızlı bir artış göstermektedir. Bu çalışmanın amacı 2012 Ocak ve 2013 Aralık tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda kinolon direnci tespit edilen Escherichia coli suşlarında plazmid aracılı qnr, aac(6')-Ib ve qepA direnç genlerinin araştırılmasıdır. Çeşitli klinik örneklerden elde edilen kökenlerin disk difüzyon yöntemiyle ampisilin, ampisilin/sulbaktam, sefazolin, seftazidim, sefotaksim, sefoksitin, sefuroksim, gentamisin, tobramisin, amikasin, siprofloksasin, levofloksasin, norfloksasin, ofloksasin, nalidiksik asit, piperasilin-tazobaktam, ertapenem, imipenem, meropenem, trimetoprim-sülfometoksazol antibiyotik duyarlılıklarına bakıldı. Bu kökenlerin siprofloksasin, levofloksasin, ofloksasin ve norfloksasin MİK değerleri mikrodilüsyon yöntemi ile tespit edildi. Daha sonra qnrA, B, S, C, aac(6')-Ib ve qepA direnç genleri PZR ile araştırıldı. Kinolon dirençli Escherichia coli kökenlerinden 62' sinde (%60,19) plazmid aracılı kinolon direnç geni tespit edilmiştir. Dirençten sorumlu plazmid genleri içinde en sık aac(6')-Ib (%52,42) bulunmuştur. Daha sonra sırasıyla qnrS (%3,88), qepA (%1,94) ve qnr B (%0,97) tespit edilmiştir. Bir izolatta (%1), qnrS ve aac(6')-Ib birlikte bulunmuştur. İzolatların hiçbirinde qnrC ve qnrA direnç genleri bulunamamıştır. En fazla tespit edilen plazmid aracılı direnç geni yapılan çalışmalarla korele olarak, aac(6')-Ib genidir. Bu gen pozitif tespit edilen suşlardaki anlamlı GSBL pozitifliği, tobramisin ve ampisilin sulbaktam direnci, bu direnç geninin diğer direnç paternlerine sıklıkla eşlik ettiğini desteklemiştir.

Escherichia coli ve klebsiella pneumoniae izolatlarında karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin araştırılması

Karbapenemler çoklu ilaç direncine sahip Gram negatif bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde önemli bir yere sahiptirler. Fakat günümüzde karbapenemleri hidroliz eden enzimlerin ortaya çıkmasıyla birlikte karbapenemlerin de antimikrobiyal etkinliklerinin de azalmasına sebep olmuştur. Karbapenemazlar en güçlü hidrolitik aktiviteye sahip bete-laktamazlardır. Enterobacteriaceae ailesi için karbapenem direncinden en sık OXA-48, OXA-58, KPC karbapenemazları ve IMP, NDM, VIM gibi beta-laktamazların sorumlu tutulduğu bilinmektedir. Bu çalışmada enfeksiyon etkeni olarak en sık izole edilen 2 Enterobacteriaceae üyesinde karbapenemaz gen bölgelerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışma Ocak-Aralık 2017 tarihleri arasında Afyon Kocatepe Üniversitesi Hastanesi'nde gerçekleştirilmiştir. Çalışma süresince, çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 207 Klebsiella pneumoniae, 57 Escherichia coli olmak üzere Enterobacteriaceae üyesi toplam 264 ait suş çalışmaya dahil edilmiştir. Karbapenemlerden herhangi birine direnç ya da azalmış duyarlılık gösteren klinik izolatlarında sorumlu gen bölgeleri araştırılmıştır. Bakteri tanımlanması ve antibiyotik testleri, geleneksel yöntemler ve otomatize sistemler (Vitek 2, BioMerieux, USA) gerçekleştirilmiştir. IMP, NDM, OXA-58, OXA-48, KPC ve VIM, karbapenemazlarını kodlayan gen bölgeleri Polimeraz zincir reaksiyon yöntemi (PZR) kullanılarak araştırılması yapılmıştır. Suşların çoğu Anestezi yoğun bakım ünitesi başta olmak üzere cerrahi tıp birimlerinde yatarak tedavi gören hastalardan (% 65,5) ve idrar (% 47,3), kan (% 19,3), yara (% 11,7), trakeal aspirat (% 10,6), balgam (% 6,8) ve diğer örnekler (% 4,3) olmak üzere izole edilmişlerdir. İzolatların % 43'ünde (102 K. pneumoniae, 12 E. coli) imipenem, ertapenem ve meropenemden en az birine direnç veya azalmış duyarlılık tespit edilmiştir. Karbapenem dirençli izolatların % 88'inde, karbapenemaz kodlayan gen bölgelerinden en az birinin varlığı saptanmıştır. Karbapenemaz kodlayan genlerden en sık OXA-48 gözlenmiştir (63 K. pneumoniae, 5 E. coli). Bunu takip eden diğer genler IMP (12 K. pneumoniae) ve VIM (45 K. pneumoniae), NDM-1 (27 K. pneumoniae) şeklinde belirlenmiştir. 264 Enterobacteriaceae Suşlarının hiçbirinde KPC ve OXA-58 genleri saptanmamıştır. Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae üyelerinin dünya çapındaki yayılımı, bu suşlarla oluşan enfeksiyonlarda tedavi seçeneklerinin oldukça sınırlı olması nedeniyle evrensel boyutta önemli bir sağlık sorununu oluşturmaktadır. Bu çalışmanın sonuçlarına bakıldığında karbapenem direncinin özellikle K. pneumoniae suşlarında daha yüksek olduğu ve karbapenem direncinden sorumlu primer enzimin OXA-48 olduğu fakat metallo-beta-laktamazlarında oldukça sık saptandığını göstermektedir.

Rifampisin dirençli M. Tuberculosis izolatlarında rifabutin direncinin belirlenmesi

Mycobacterium tuberculosis, yavaş üreme hızı ve yüksek oranda lipit taşıyan özel hücre duvarı nedeni ile diğer bakterilerden ayrılan önemli bir patojendir. Diğer bakterilere kıyasla doğal direci yüksektir. Son yıllarda klinikte sorun oluşturan ilaç direnci hedef bölgeleri kodlayan gen alellerinde meydana gelen mutasyonla ilişkilidir.Çalışma, rifampisin dirençli M.tuberculosis'e karşı rifabutinin in vitro etkinliği agar proporsiyon yöntemi ile araştırılması amacıyla yapılmıştır.Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarı stoklarında rifampisin dirençli olduğu bilinen 20 suş ve bir standart M. tuberculosis suşu olmak üzere toplam 21 M. tuberculosis suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışmamızda 11(%52) suşun rifabutine duyarlı olduğu gözlendi. Yalnızca 0.5 µg/ml ilaç konsantrasyonunda duyarlılık gösteren suşların 9 (%43) olduğu gözlenmiştir. Ancak çalışmada kullanılan suş sayısının az olması ve moleküler alt yapılarının bilinmemesi nedeniyle rifabutin etkinliklerinin belirlenmesinde bir kısıtlama olarak değerlendirilmiş, konunun geniş kapsamlı çalışmalarla aydınlatılabileceği kanaatine varılmıştır.

Klinik örneklerden izole edilen staphylococcus suşlarının direnç profillerinin belirlenmesi

Klinik örneklerden izole edilen Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklarda metisilin direnci, oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon testi ve dirençten sorumlu mecA genin polimeraz zincir reaksiyonu ile gösterilmesi planlandı.Kasım 2009 ? Nisan 2010 tarihleri arasında Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuarına gelen klinik örneklerden izole edilen ve metisilin direnci şüpheli toplam 150 stafilokok suşuna bu testler uygulandı. Altın standart olarak kabul edilen mecA geni ise polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı.Oksasilin disk difüzyon testine göre Staphylococcus aureus izolatlarının %52'si, KNS izolatlarının %91,1'i dirençli, sefoksitin disk difüzyon testine göre Staphylococcus aureus izolatlarının %53,1'i, KNS izolatlarının %93,3'ü dirençli bulundu. İzole edilen 45 KNS suşunun %66,7'si S.epidermidis, %31,1'i S.hominis ve %2,2'si S.haemolyticus olarak tanımlandı. MRSA suşları arasında bir suş linezolide dirençli bulunmuştur.Stafilokoklarda heterojen dirençli suşlar nedeniyle metisilin direncinin fenotipik yöntemlerle gösterilmesi sıklıkla yanlışlıklara neden olmaktadır. Bu sorunun özellikle koagülaz negatif stafilokok suşlarında, Staphylococcus aureus'a göre daha da belirgin olduğu gözlenmektedir. Çalışmamızda Staphylococcus aureus'lar da fenotipik yöntemlerden, oksasilin (duyarlılık %98,6 ve özgüllük %100) ve sefoksitin disk difüzyon testinin (duyarlılık %100 ve özgüllük %99,2) sonuçları birbirine yakın bulundu. KNS suşlarında fenotipik yöntemlerden oksasilin (duyarlılık %95,3 ve özgüllük %100) ve sefoksitin disk difüzyon testinin (duyarlılık %97,6 ve özgüllük %100) sonuçları yakın bulundu. Ancak, hem Staphylococcus aureus, hem de koagülaz negatif stafilokok suşların da metisilin direncinin gösterilmesinde en uygun yöntem polimeraz zincir reaksiyonu ile mecA geninin belirlenmesidir.

Solunumsal patojen viruslar ve influenza A H1N1(domuz gribi)'nin multiplex PZR yöntemleri ile tanısı

Viral solunum yolu enfeksiyonlarının hızlı, kesin tanısı ve zamanında tedavi girişimlerin sağlanması açısından önemlidir. Bu çalışmamızda solunumsal virusların dağılımının belirlenmesi amacı ile örneklerden DPO? (Dual Priming Oligonucleotide-çift astar oligonukleotid) teknolojisi kullanan multiplex RT PZR kiti RV 12 ile (Seegene Inc., Seoul, Korea) 12 adet solunumsal virus(influenza virus A ve B, insane Respiratory Syncytial Virus(RSV) A-B, rhinovirus A, parainfluenza viruses 1, 2, ve 3, human metapneumovirus, human coronavirus 229E/NL63 ve OC43, adenovirüs) araştırılmıştır.Kasım 2009- Mayıs 2010 tarihleri arasında, 170 örnek UTM transport medium(Copan diagnostics) ile alındı. Test edilinceye kadar -40OC'da saklandı. Bazı örnekler QuickVue ® Influenza A + B flu Dipstick kiti ile A ve B yönünden test edildi. Donmuş örneklerden 12 solunumsal virusun tespiti için mRT-PZR (Seeplex® RV detection kit, SeeGene, Seoul, Korea) uygulandı.mRT-PZR 3 koenfekte olgu dahil 39 hastada (% 33), içinde etken virüsler tespit edildi. RSV A / B (% 35 % 21), influenza A / B (% 3), insan metapneumovirus (% 3), adenovirüs-RSV B (% 3), rinovirüs (% 27 ) ve coronavirüs OC43 (% 3). İnfluenza A, daha sonra referans laboratuvarlarında H1N1 olarak teyit etti.Multiplex PCR metodunun çocuklarda respiratuvar viral patojenlerden kaynaklanan solunum yolu enfeksiyonlarının tanısında oldukça hızlı ve güvenilir yöntem olduğu anlaşılmaktadır.

Klinik örneklerden izole edilen streptococcus pneumoniae suşlarında antibiyogram direnci ve izolatların serotiplendirilmesi

.

Seftazidim dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında Beta laktamazların moleküler epidemiyolojisi

Pseudomonas aureginosa doğada çok yaygın olarak bulunur ve organik materyalin yeniden düzenlenmesinde, önemli rol oynar. Çoğu türler bitki ve hayvanlar için patojendir. P.aeruginosa fırsatçı patojen enfeksiyonlara neden olmaktadır. Sağlıklı kişilerde nadiren hastalığa sebep olur. Sağlıklı bireylerde perine, dış kulak yolu, aksilla, alt gastrointestinal sistem gibi nemli alanlarda kolonize olabilir. Mekanik ventilasyon altındaki erişkinler veya nötropenik hastalar, özellikle geniş spektrumlu antibiyotik tedavisi sırasında veya sonrasında P.aeruginosa?ya bağlı ventilatör kaynaklı veya diğer pnömoniler açısından büyük risk altındadırlar. Bu çalışmada, Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesinde yatmakta olan hastalardan izole edilen P.aeruginosa suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının tespit edilmesi, PER, GES, KPC, VIM, IMP ve OXA gibi direnç enzimlerinin fenotipik ve genotipik olarak saptanması amaçlanmıştır. Çalışmaya alınan 195 P.aeruginosa örneğinin antibiyotik direnç oranları seftazidime %100, gentamisine %11,8, tobramisine %6,2, piperasilin %44,1, amikasine %8,7, aztroenama %60,5, sefepime %50,2, siprofloksasine %26,2, levofloksasine %31,3, imipeneme %48,2, meropeneme %47,2, tazobaktam-piperasiline %90,8 ve ofloksasine %47,2 şekilnde tespit edilmiştir. Çift disk indüksiyon yöntemi ile 195 suştan 174?inde indüklenebilir beta laktamaz tespit edilmiştir. Çift disk sinerji yöntemi ile taranan 195 örneğin 60?ında GSBL pozitifliği saptanmıştır. 52 suşta MBL E test ile metallo beta laktamaz enzimi fenotipik olarak tespit edilmiştir. Moleküler çalışmalar ve dizi analizlari sonucunda 5 izolatta OXA-10, 4 izolatta OXA-14, 4 izolatta VIM-2, 2 izolatta IMP-1, 26 izolotta GES-1 ve 87 izolatta ABC transporter permease geni saptanmıştır. PER ve KPC enzimlerine rastlanmamıştır. Antibiyotik direnci tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de ciddi bir sağlık sorunudur. Bu nedenle antibiyotik direnç mekanizmaları bilinmeli ve direnç gelişimi önlenmelidir. Beta laktamazların ve bu beta laktamazları kodlayan genleri taşıyan kökenlerin saptanması enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılacak antibiyotiklerin seçiminde, tedavinin takibinde, enfeksiyon hastalıklarının önlenmesinde ve enfeksiyon kontrol programlarının geliştirilmesinde yol gösterici olacaktır.

Di̇yali̇z hastalarinda occult hepati̇t c'ni̇n araştirilmasi

7. ÖZET DİYALİZ HASTALARINDA OCCULT HEPATİT C'NİN ARAŞTIRILMASI Occult C Hepatit (OCH) karaciğer enzimleri yüksek veya normal olan, serumda anti-HCV ve serumda HCV RNA negatif saptanan hastalarda Periferik Kan Mononükleer Hücrelerde (PKMNH) HCV RNA'nın pozitif bulunması olarak tanımlanmaktadır. Bu çalışmada hemodiyaliz hastalarında OCH sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya rutin olarak hemodiyalize giren 18 yaşın üzerindeki kronik böbrek yetmezliği olan 60 hasta alınmıştır. Hastaların demografik verileri, HCV için olası bulaş yolları, hemodiyaliz süresi, karaciğer fonksiyon testleri, hepatit göstergeleri ile serumda ve PKMNH'de HCV RNA araştırılmıştır. Hepatit göstergeleri Enzyme İmmunoassay (EIA) (VITROS) yöntemi ile serum ve PKMNH'de HCV RNA ise Real Time PCR yöntemi (TaqMan 48, Roche) ile araştırılmıştır. PCR testinin ölçüm aralığı 15-1.7x108 IU/mL, hassasiyeti ise 15 IU/mL'dir. Hastaların yaş ortalaması 62.75±12.36 yıl, %60'ı erkek olup ortalama diyaliz süresi 8.41±3.99 (1-19) yıl olarak hesaplanmıştır. Çalşmaya alınan ALT değeri yüksek ya da normal, anti HCV'si negatif olgularda serumlarında ve PKMNH'de PCR yöntemi ile HCV RNA araştırılmış ve occult Hepatit C olgusuna rastlanmamıştır. Hemodiyaliz hastalarında HCV enfeksiyonunun sessiz seyretmesi hastalığın ilerlemesi ve virusun bulaşı açısından önemli bir risk oluşturur. PKMNH'de HCV RNA araştırılması occult enfeksiyonu saptamaya yardımcı olacak noninvaziv bir yöntemdir. Anahtar kelimeler: Diyaliz, Occult HCV , periferik kan mononükleer hücreleri.

Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus ve adenovirusun sıklığı ve rotavirusun moleküler epidemiyolojisi

Enterik viruslar (özellikle rotavirus, adenovirus ve nörovirus) bakteriyel olmayan akut gastroenteritlerin en sık nedenidir. Bu çalışmanın amacı, 0-6 yaş akut gastroenteriti olan çocuklarda viral etyolojinin sıklığını araştırmak ve rotavirusların baskın genotiplerini belirlemektir. Yaygın ishal virüsleri ile ilgili epidemiyolojik çalışma, Eylül 2012-Kasım 2013 döneminde Afyonkarahisar ilinde gerçekleştirilmiştir. Afyon Kocatepe Üniversitesi Hastanesi Çocuk Hastalıkları Polikliniği başvuran 6 yaşın altındaki 492 aşılanmamış ve ishali olan çocuklardan alınan dışkı örnekleri çalışma kapsamına alınmıştır. Dışkı örneklerinin tümü bakteriyel etkenlerin varlığını belirlemek amacıyla kültür yöntemleri ile değerlendirilmiş ve herhangi bir bakteriyel üreme gözlenmemiştir. Rotavirus ve adenovirus antijenleri immunokromatografik yöntem (ICT) ile araştırılmıştır (VIKIA Rota-Adeno Kaset Testi, biyo-Merieux, Marcy l'Etoile, Fransa). ICT ile rotavirus pozitif bulunan dışkı örnekleri, reverse transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu tabanlı genotipleme Akut gastroenteritli 492 çocukta rotavirus ve adenovirus pozitifliği sırasıyla %20.3 ve %3.3 olarak bulunmuştur. Viral gastroenteritli çocukların %0.6'sında ise rotavirus–adenovirus birlikteliği saptanmıştır. Kış ve ilkbahar aylarında rotavirus antijeni pozitif olguların sayısında artış gözlenmiştir. Rotavirus epizotlarının %73'ü yaşamın ilk iki yılında gözlenmiştir. G ve P genotiplerinin G1, G2, G4, G9 ve P[4], P[8] genotiplerini içeren toplamda altı farklı kombinasyonu bulunmuştur. En yaygın rotavirus genotipleri; G9P[8] (% 48.7) ardından G9P[4] (% 17.5) olarak bulunmuştur. G1P [8] (% 16.2), G2P [8] (% 11.2), G1P [4] (% 3.7), G4P [8] (% 2.5) diğer genotipleri oluşturmuştur. Bölgemizdeki rotavirus genotiplerinin %66'sının G9P[8] ve G9P[4] olduğu gözlenmiştir. Adenovirus pozitifliğinin sıklığı rotavirustan daha düşüktür. Rotavirus enfeksiyonunun yüksek oranlarıyla ile ilgili olarak, gastroenterit önleme programları hakkında bilgilendirmenin yanı sıra yeni rotavirus suşların ortaya çıkması hakkında bilgi sağlamak amacıyla sürekli izlem gereklidir. Bu durum aynı zamanda, rotavirus aşısı yapımında karar verme politikalarına da yardımcı olacaktır.

Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin varlığının araştırılması

Karbapenemler çoklu ilaç dirençli gram negatif bakteri enfeksiyonlarında önemli bir tedavi seçeneği olarak kabul edilmektedirler. Ancak, günümüzde karbapenemleri hidrolize eden enzimlerin görülmesiyle birlikte karbapenemlerin antimikrobiyal etkinlikleri azalmıştır. Karbapenemazlar en güçlü hidrolitik aktiviteye sahip beta-laktamazlardır. Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenem direncinden en sık KPC, OXA-48, OXA-58 karbapenemazlar ve VIM, IMP, NDM gibi metallo-beta-laktamazların sorumlu olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada enfeksiyon etkeni olarak en sık izole edilen üç Enterobacteriaceae üyesinde karbapenemaz gen bölgelerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışma Ocak 2012 ve Aralık 2012 tarihleri arasında Afyon Kocatepe Üniversitesi Hastanesi'nde gerçekleştirilmiştir. Çalışma süresince, çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 138 Klebsiella pneumoniae, 52 Escherichia coli ve 47 Enterobacter spp. olmak üzere Enterobacteriacea üyesi toplam 237 ait suş çalışmaya dahil edilmiştir. Karbapenemlerden herhangi birine direnç ya da azalmış duyarlılık gösteren klinik izolatlarda sorumlu gen bölgeleri araştırılmıştır. Bakteri tanımlanması ve antibiyotik testleri, geleneksel yöntemler ve otomatize sistemle (Phoenix100, Becton Dickinson Co, Sparks, MD, ABD) gerçekleştirilmiştir. KPC, VIM, IMP, NDM, OXA-58 ve OXA-48 karbapenemazları kodlayan gen bölgeleri Polimeraz zincir reaksiyon yöntemi (PZR) kullanılarak araştırılmıştır. Suşlar, pediatri kliniği başta olmak üzere dahili tıp birimlerinde yatarak tedavi gören hastalardan (% 75) ve idrar (n=108), yara (n=48), kan (n=43), trakeal aspirat (n=23) ve balgam (n=15) örneklerinden izole edilmiştir. İzolatların % 19'unda (33 K. pneumoniae, 7 E. coli ve 6 Enterobacter spp.) ertapenem, imipenem ve meropenemden en az birine direnç veya azalmış duyarlılık tespit edilmiştir. Karbapenem dirençli izolatların %89'unda, karbapenemaz kodlayan genlerden en az birinin varlığı saptanmıştır. Karbapenemaz kodlayan genlerden en sık blaOXA-48 gözlenmiştir (21 K.pneumoniae, 2 E.coli, 3 Enterobacter spp.). Bunu takiben diğer genler blaVIM (21 K.pneumoniae, 2 Enterobacter spp.), blaIMP (10 K.pneumoniae, 1 Enterobacter spp.) ve blaNDM-1 (1 K. pneumoniae) şeklinde belirlenmiştir. Suşların hiçbirinde KPC ve OXA-58 genleri gözlenmemiştir. Karbapenemaz üreten Enterobacteriacea üyelerinin dünya çapındaki yayılımı, bu suşlarla oluşan enfeksiyonlarda tedavi seçeneklerinin oldukça sınırlı olması nedeniyle evrensel boyutta önemli bir sağlık sorununu oluşturmaktadır. Bu çalışmanın sonuçları karbapenem direncinin özellikle K.pneumoniae suşlarında daha yüksek bulunduğu ve karbapenem direncinden sorumlu primer enzimin OXA-48 olduğu ancak metallo-beta-laktamazlarında oldukça sık saptandığını göstermiştir. Bu bulgulara ilaveten hastanemizde ilk kez NDM-1 karbapenemaz üreten K.pneumoniae izolatı tanımlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Enterobacteriacea, karbapenemler, direnç.

Epstein barr virüs rekombinant proteinleri EBNA1 ve LMP1'in INS1-E (832/13) beta hücre kültüründe endoplasmik retikulum (ER) stres markırları, apoptoz ve hücre proliferasyonu üzerine etkisi

Diyabet prevalansı ve insidansı günümüz dünyasında her geçen gün artmakta olan bir sağlık sorunudur. Diyabetin humoral ve dokusal bulguları zengin olmasına rağmen komplikasyonlarının oldukça fazla olması diyabet tanı ve tedavisini önemli kılmaktadır. Bugün içerisinde diyabetinde sayıldığı bir çok hastalığın Endoplasmik Reticulum (ER) stresi ile indüklenen apoptozisle alakalı olduğu kanısı hakimdir. Nitekim yapılan çalışmalarda pankreatik beta hücrelerinde ER organelinin protein alım ve katlama kapasitesi arasındaki dengesizlikten doğan ER stresi ile indüklenen apoptozisin diyabete neden olduğu vurgulanmaktadır. Epstein-Barr Virüs(EBV); Lenfokriptovirüs bir virus olup, bu tür viruslerin genel olarak B lenfositlerde latent enfeksiyon yaptıkları dönemlerde hücre proliferasyonuna ve transformasyon sürecine katkıda bulundukları bilinmektedir. EBV'nin proliferatif etkinliği iki mediatör protein aracılığıyla(Epstein Bar Nuclear Antigen1-EBNA1 ve Latent Membrane Protein1-LMP1) gerçekleşmektedir. Tip 2 diyabet hastalarında uzun süren anti diyabetik tedaviler esnasında, pankreatik hücre kayıpları ve pankreatik kütlenin azalması sonucu eksojen insülin kullanımına geçilmektedir. Bu çalışmada pankreatik hücre kayıplarının rekombinant viral EBV protenleri uygulanarak tersine çevirmenin araştırılması amaçlanmıştır. Yanı sıra ilgili proteinlerin DNA hasarı, ER Stresi üzerine etkileri ve insülin sentez-salınımına nasıl katkıda bulunabilecekleri de araştırılmıştır. Bu amaçlar doğrultusunda ticari olarak elde edilen rekombinant EBNA1 ve LMP1 proteinlerinin Lethal Doz 50 çalışması sonrası her iki proteinin 0,1 ppm ve 0,5 ppm'lik dozlarının çalışma için kullanılmasına karar verilmiştir. Bu proteinlerin belirtilen dozları uygulandıktan sonra proliferasyonun bu durumdan ne derece etkilendiğinin tespit edilebilmesi için proliferasyondan sorumlu oldukları bilinen genlerin mRNA ekspresyon düzeyleri araştırılmıştır. Diğer taraftan DNA hasarı için Comet Assay ve ER stres için ilgili genlerin mRNA ekspresyon düzeyleri de test edilmiştir. RT-PCR çalışmaları neticesinde ER stres markerları olan AFT4, ATF6, PERK, GRP78 ve CHOP genlerinin mRNA ekspresyon düzeylerinde thapsigargin grubunda DMSO Kontrol grubuna göre sırasıyla; 10,62 kat, 19 kat, 15,03 kat, 6,63 kat ve 8,05 kat artışlar saptanmıştır. ER stres markerı olan genlerdeki bu yükselişin çalışmada kullanılan ilgili proteinler vasıtasıyla baskılandığı da belirlenmiştir. Çalışmada sonuç olarak; EBV rekombinant proteinleri LMP1 ve EBNA1'in proliferasyondan sorumlu genlerin ekspresyon düzeylerini artırdığı aynı zamanda ER stres markerı genlerin ekspresyon düzeylerini baskılayarak da ER stresinin neden olduğu beta hücre kayıplarının tersine döndürülmesinde avantaj sağlayabileceği ve bu bakımdan daha üst düzey çalışmalar ile desteklendiği takdirde antidiyabetik tedavilerde viroterapik ajanlar olarak kullanılabilmesinin yolunun açılması potansiyeli bulunduğu sonucuna varılmıştır.

Çeşitli klinik örneklerden izole edilen gram negatif anaerop çomakların tiplendirilmesi ve antibiyotik direnç profillerinin e test yöntemi ile belirlenmesi

Amaç: Bu çalışma anaerobik enfeksiyondan şüphelenilen hastalardan elde edilerek Afyon Kocatepe Üniversitesi ANS Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen Gram negatif anaerop çomakların tanımlanması ve antibiyotik direnç profillerinin E test yöntemi ile belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Gereç ve yöntem: İki yüz yirmi sekiz klinik örnek Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarında 1 Kasım 2014 ile 30 Ekim 2015 tarihleri arasında anaerop bakteri izolasyonunun yapılması için incelendi. Örneklerin, %5 defibrine koyun kanı ilave edilmiş Scheadler agar ve Scheadler buyyon kullanılarak, kültürleri yapıldı. İzole edilen anaerop Gram negatif basiller, konvansiyonel yöntemler ve Vitek 2 (ANC ID Card, bioMerieux, Fransa) kartları kullanılarak identifiye edildi. Penicillin G, klindamisin, sefoksitin, metronidazol, moksifloksasin, imipenem, meropenem, ertapenem ve doripenem direnç oranları her bir izolat için E-test metodu ile belirlendi. Bulgular: Toplam olarak izole edilen 28 anaerop gram negatif çomaklardan, 14'ü B.fragilis grubuna, 9'u Prevotella grubuna ve 5'i de Fusobacterium grubuna ait olarak tanımlanmıştır. En yüksek direnç oranı penisiline karşı (%78.5) bulunurken, klindamisin ve sefoksitin direnç oranları ise sırası ile %17.8, %21.4 olarak bulunmuştur. Metronidazol, moksifloksasin, imipenem, meropenem, ertapenem ve doripeneme karşı ise direnç saptanmamıştır. Sonuç: Çalışmamızda yüksek oranda penisiline karşı yüksek oranda direnç görüldüğünden empirik tedavide penisilin tercih edilmemelidir. Sefoksitin empirik tedavide tercih edilebilir ama antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması daha doğru ve faydalı olacaktır. Karbapenem grubu antibiyotikler ve metronidazole karşı direnç gözlenmemiştir, bu nedenle, bu antibiyotikler gelecekte dirençli suşlar ile meydana gelecek enfeksiyonların tedavisi için saklanmalıdır. Anahtar kelimeler: Anaerop Gram negatif çomaklar, antibiyotikler ve direnç profilleri, E-test yöntemi

Türkiye'de, hepatit c enfeksiyonunun laboratuvar tanısında kullanılan immunoassay metoduna dayalı farklı anti-hcv kitlerinin tanı değerlerinin araştırılması

HCV enfeksiyonun %80'inin kronikleşmesi, hepatosellüler karsinom ve karaciğer sirozuna neden olması, karaciğer transplantasyonuna yol açması gibi nedenlerle günümüzde önemli bir sağlık problemidir. HCV enfeksiyonunun tanısında doğru sonuçların elde edilebilmesi için, günümüzde farklı tanı yöntemleri kullanılmaktadır. Bu çalışmada Türkiye'de rutin laboratuvarlarda HCV enfeksiyonunun tanısında kullanılan farklı anti-HCV testlerinin ve HCV core antijen testinin tanı değerlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi ANS Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na 1 Eylül 2014-30 Haziran 2015 tarihleri arasında rutin olarak anti-HCV ve/veya HCV RNA testleri çalışılması için gönderilen 179 serum örneği dahil edildi. Serum örmekleri en az 3 cc olacak şekilde -800C derin dondurucuda çalışma günlerine kadar saklandı. Örnekler Vitros anti-HCV (Ortho-Clinical Diagnostics, High Wycombe, UK), Advia Centaur anti-HCV (Siemens Healthcare Diagnostics, Tarrytown NY, USA), Elecsys anti-HCV II (Roche Diagnostics, Mannheim, Germany), Architect anti-HCV (Wiesbaden, Germany), Liaison anti-HCV (DiaSorin, Saluggia, Italy), Architect HCV Ag (Wiesbaden, Germany), recomLine HCV IgG (Mikrogen Diagnostik, Neuried, Germany), Cobas® AmpliPrep/ Cobas® TaqMan® HCV Kantitatif Test, versiyon 2.0 (Roche Diagnostics, Mannheim, Germany) ve sadece uyumsuz sonuçlar için Innotest HCV Ab IV (Fujirebio, Gent, Belgium) testleriyle çalışıldı. Beş farklı anti-HCV testleri içinde sonuçlar açısından en yüksek ve en düşük uyum sırasıyla %94.9 ile Elecsys II-Liaison anti-HCV testleri arasında ve %86.5 ile Advia Centaur-Vitros anti-HCV testlerinde saptandı. Diğer anti-HCV testleri ile en düşük uyum gösteren test Advia Centaur olarak belirlendi. Beş farklı anti-HCV testlerinin birbiriyle olan uyumu %83.8 (150/179) olarak bulundu. En iyi S/Co korelasyon değeri Architect-Liaison (r=0.842) anti-HCV testleri arasında elde edildi. En düşük korelasyon Advia Centaur-Elecsys II (r=0.251) anti-HCV testleri arasında gözlemlendi. Elecsys anti-HCV II ve diğer testler arasında korelasyon saptanmadı. HCV RNA'nın altın standart kabul edilerek yapıldığı hesaplamalarda tüm anti-HCV testlerinin duyarlılık ve NPD'leri %100 olarak belirlendi. Çalışılan anti-HCV testlerinin tamamı analitik performansları açısından değerlendirildi ve Advia Centaur en yüksek olarak bulundu sonra diğer testler Liaison anti-HCV, Architect anti-HCV, Elecsys anti-HCV II ve Vitros anti-HCV sırasıyla derecelendirildi. Vitros anti-HCV, Advia Centaur anti-HCV, Elecsys anti-HCV II, Architect anti-HCV ve Liaison anti-HCV testleri için kritik eşik değerler sırasıyla 6.6 S/Co, 5.28 S/Co, 14.88 COI, 3.6 S/Co ve 4.3 S/Co olarak belirlendi. HCV RNA (IU/mL) ve anti-HCV testleri (S/Co veya COI) değerleri arasında korelasyon belirlenmedi. HCV core antijen ve HCV RNA konsantrasyonları arasında Spearman korelasyon testine göre iyi bir korelasyon belirlendi (r=0.943, p<0.001, n=90). HCV RNA sonucu pozitif, antijen testi negatif bulunan bir örnekte düşük viral yük tespit edildi (2.7x101 IU/mL). HCV RNA negatif olup antijen tekrarlı pozitifliği saptanan beş örneğin HCV core antijen değerleri 3.56-6.43 fmol/L arasında saptandı. HCV enfeksiyonu tanısında günümüzde tarama amaçlı kullanılan EIA veya CIA yöntemlerine dayalı üçüncü kuşak anti-HCV testlerinin yalancı pozitif sonuçlar verebilmeleri nedeniyle sonuçlarının ek testlerle desteklenmesi gerekmektedir. HCV RNA testi altın standart test olarak kabul edilmektedir, fakat vireminin olmadığı dönemlerde HCV RNA testinin negatif sonuç verebileceği unutulmamalıdır. Enfeksiyon şüphesi durumlarında testin tekrarlanması gerekmektedir. Son dönemlerde kullanıma giren dördüncü kuşak anti-HCV testleri yüksek duyarlılık ve özgüllükleriyle uyumsuz sonuçların aydınlatılması konusunda oldukça iyi sonuçlar vermektedir. HCV core antijen testleri HCV RNA testinin çalışılamadığı durumlarda enfeksiyon varlığını göstermek adına kullanılabilecek alternatif bir testtir. Tanı algoritma yaklaşımlarındaki problemler hala devam etmektedir. Bu sorunlar ancak HCV hücre kültürlerinden elde edilen saf yapısal antijenlerin ilave edildiği yeni jenerasyon anti-HCV kitlerinin geliştirilmesi ile tam olarak çözüme kavuşturulabilir.

Klinik örneklerden nadir olarak izole edilen ve tanımlanması zor mikroorganizmaların identifikasyonunda kütle spektrometrisi ile dizi analizi yönteminin uyumunun araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada klinik örneklerden nadir olarak izole edilen, tanımlanması zor mikroorganizmaların identifikasyonunda kütle spektrometrisinin (KS) analitik ve pratik performansının değerlendirilmesi ve 16S rRNA dizi analizi yöntemi ile uyumunun araştırılması amaçlanmıştır. YÖNTEM: Çalışmaya klinik numunelerden izole edilen, nadir karşılaşılan, alışılmadık morfolojik/biyokimyasal özelliklere sahip, KS tarafından tanımlanmış 116 bakteriyel suş ile tanımlanamayan 10 suş olmak üzere 126 suş dahil edildi. Dondurularak (-80°C) saklanan suşlardan nükleik asit izolasyonu, 16S rRNA PCR, Sanger dizileme yapıldı. Dizileme ve BLAST analizi ile elde edilen benzerlik yüzdelerine göre 3 farklı tanımlama kriteri (TK) oluşturuldu ve KS sonuçları bu kriterlere göre karşılaştırıldı. BULGULAR: Kriterlere göre cins/tür düzeyinde uyumlu/uyumsuz suş oranları değişiklik gösterdi. Tür düzeyinde tanımlama için ≥%99, cins düzeyinde tanımlamada ≥%97 benzerlik oranı sınır değer kabul edildiğinde (TK 1); cins düzeyinde %73.8, tür düzeyinde %32.5 oranında uyum saptandı. Tür tanımlamada ≥%97, cins tanımlamada ≥%95 benzerlik oranı sınır değer kabul edildiğinde (TK 2); cins düzeyinde %77.7 tür düzeyinde %59.5 uyum saptandı. Tanımlama için herhangi bir sınır değer belirlenmediğinde (TK 3); cins düzeyinde %80.1, tür düzeyinde %65.1 uyum saptandı. Her üç kriterde de cins düzeyinde yanlış tanımlama oranı %10.3 idi. SONUÇ: Çalışmamızda üç farklı kriter oluşturularak sonuçlar değerlendirilmiş olup, bu yönüyle literatürde ilk çalışma olma özelliği taşımaktadır. KS ile dizileme uyum oranları TK1'de düşük olduğu; TK 2'de kısmen daha yüksek olduğu; TK 3'de ise en yüksek uyum oranlarının olduğu saptanmıştır. KS ve dizi analizi yöntemlerinin sağlıklı bir şekilde kıyaslanabilmesi için standart tanımlama kriterlerinin belirlenmesine ihtiyaç vardır. KS yöntemi ile birkaç dakika gibi çok kısa bir sürede bakterilerin tanımlanabilmesi büyük bir kolaylık sağlamaktadır. Dizileme yöntemlerinin pahalı ve zaman alıcı olması ile yoğun iş yükü gerektirmesi ve günlük rutin kullanıma girememesi gibi yönleri dikkate alındığında; sıklıkla izole edilen bakterilere ilaveten nadir saptanan, tanımlanması zor suşlarda da KS'nin kullanımı büyük yarar sağlamaktadır. Bu konuda daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.

Kütle spektrometri yöntemi ile pozitif kan kültürü şişelerinden direkt bakteri identifikasyonunun araştırılması

Giriş ve amaç: Kan dolaşımı enfeksiyonlarında etken mikroorganizmanın hızlı ve doğru bir şekilde tespit edilmesi tedaviye erken başlanılmasına olanak sağlayacağından hayati önem taşımaktadır. Bu çalışmada kütle spektrometri yöntemi ile pozitif kan kültürü şişelerinden çeşitli ön hazırlıklar yapıldıktan sonra direkt bakteri identifikasyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Bu çalışmada hazırlayıp cihaza yüklediğimiz 40 spike örnek pozitif sinyal verdikten sonra 5 ml kan jelli tüplere alındı. Çeşitli süre ve hızda santrifüj aşamasından geçirilen örnek peletleri ince tahta çubuk yardımıyla MALDI-TOF MS slaytlarında ki kuyucuklara inoküle edilip kuruması beklendi. Kuruduktan sonra üzerlerine 1 µl matriks ilave edildi. Bu karışım da kuruduktan sonra slaytlar cihaza yüklenerek identifikasyon sonuçları değerlendirildi. Bulgular: E. coli suşlarında %80, K. pneumoniae suşlarında %100, A. baumannii suşlarında %66, E. cloacae suşlarında %50, S. aureus suşlarında %66, S. epidermidis suşlarında %66, S. hominis suşlarında %50, S. haemolyticus suşlarında %25, E. faecalis suşlarında %100 koloniden identifikasyon ile uyumlu sonuç elde edilmiştir. Bu sonuçlar doğrultusunda gram negatif bakterilerde %80 uyumlu sonuç görülürken; gram pozitif bakterilerde %45 uyumlu sonuç görülmüştür Sonuç: MALDI-TOF MS ile pozitif kan kültürlerinden yapılan direkt identifikasyon sonucunda gram-negatif bakterilerde %80 başarı elde edilirken farklı yöntemler denenmesine rağmen gram-pozitif bakterilerde bu oran %45 olmuştur. Bu konuda özellikle gram-pozitif bakteriler için geniş ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: sepsis, kan kültürü, direkt identifikasyon, MALDI-TOF MS,

Sakarya ilinde izole edilen onikomikoz etkenlerinin octenidin dihidroklorid ve hipokloröz asite duyarlılıklarının belirlenmesi

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada Sakarya ilinde izole edilen onikomikoz etkenlerinin Octenidin Dihidroklorid ve Hipokloröz Asite duyarlılıklarının agar dilüsyon, tüp dilüsyon ve akış sitometrisi ile incelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada kültür koleksiyonunda bulunan onikomikoz etkeni olan dermatofitlerin (Trichophyton, Microsporum, Candida vb.) ve ikincil etken olan Aspergillus niger ve Fusarium soloni'nin çalışmaya hazır hale getirmek için SDA besiyerinde kültürü yapılmışır. Türlerine göre isimlendirmek için MALDI-TOF MS kullanılmıştır. Üreme olan plaklardaki dermatofitlerin Oktenidin Dihidroklorür (OCT-D), Hipokloröz Asit (HOCl) ve Terbinafin için minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri agar dilüsyon yöntemi ve Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) tarafından belirtilen sıvı mikrodilüsyon yöntemi referans alınarak tüp dilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. MİK değerlendirmelerinden sonra minimum fungisidal konsantrasyon (MFK) değerlendirilmiştir. MFK sonuca göre OCT-D, HOCl ve Terbinafin'in fungisidal etkisinin incelenmesi için SYTO 9 ve PI boyaları kullanılarak akış sitometrisi analizi yapılmıştır. BULGULAR: Onikomikoz etkenleri üzerinde yapılan antifungal duyarlılık testlerinin sonucunda agar dilüsyon testi için yaklaşık MİK değeri OCT-D, HOCL ve Terbinafin için sırası ile 250 mg/l, 128 mg/l ve 0,064 mg/l olarak bulunmuştur. Tüp dilüsyon testinin sonucunda yaklaşım MİK değerleri OCT-D, HOCL ve Terbinafin için sırası ile 62,5 mg/l, 64 mg/l ve 0,032 mg/l olarak bulunmuştur. Akış sitometrisi ile yapılan canlılık analizleri neticesinde ise tüp dilüsyon testi kullanılarak bulunan değerlerin daha tutarlı olabileceği görülmüştür. SONUÇ: OCT-D ve HOCl'nin ticari olarak satılmakta olan konsantrasyonlarının çok daha altında MİK değerlerine sahip olması ve öldürücülük oranlarının fazla olmasından dolayı yapılacak olan testler ile topikal tedavi için güçlü bir alternatif olabileceğini düşündürmektedir.

Karbapenem dirençli enterik bakterilere yeni antibiyotiklerin in vitro etkinliği

GİRİŞ VE AMAÇ: Karbapenem dirençli Enterobacterales tedavisinde yeni ve etkili antibiyotiklere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada yeni bir siderofor sefalosporin olan sefiderokolün Klebsiella pneumoniae (K.pneumoniae) ve Escherichia coli (E.coli) suşlarına in vitro etkinliği araştırılmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Daha önce klinik örneklerden izole edilmiş, Karbapenemazlardan OXA-48, NMD, KPC, VIM, IMP, (genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL)'lardan CTX-M-1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M8/25, TEM, SHV, OXA-1-benzeri, PER, VEB, GES ve AmpC'lerden FOX, MOX, DHA, CIT, EBC, DHA enzimlerinin varlığı multipleks ve monopleks PZR temelli yöntemlerle, efluks-aracılı direnç ise karbonil siyanid m-klorofenil hidrazon (CCCP) yöntemiyle fenotipik olarak araştırılmıs, 50 E. coli ve 50 K. pneumoniae izolatı ve Gene-Xpert yapılarak karbapenem direnç genlerine (VIM, NDM, OXA-48, KPC, IMP) bakılmış ve boncuklu besiyerinde saklanmış 21 K. pneumoniae olmak üzere toplamda 121 suş çalışmaya dahil edilmiştir. Sefiderokol antimikrobiyal duyarlılık testinin sınuçları, EUCAST kılavuzuna göre değerlendirilmiştir. Antimikrobiyal duyarlılık testinin gerçekleştirildiği demir uzaklaştırılmış katyon ayarlı Mueller Hinton Broth besiyeri, CLSI önerileri doğrultusunda şelatlayıcı reçine ile manyetik karıştırıcıda 6 saat inkübe edilerek hazırlanmıştır. BULGULAR: Tüm izolatlarda karbapenemaz genleri mevcuttur. Çalışmaya dahil edilen toplam 121 izolatın 51'inde (% 42) sefiderokole direnç belirlenmiş olup karbapenem dirençli (KD) E. coli izolatlarının 25'i (% 50), KD K. pneumoniae izolatlarının ise 26'sı (% 36,61) sefiderokole dirençli bulunmuştur. Sefiderokol direnci E. coli izolatlarında K. pneumoniae izolatlarına göre daha yüksek saptanmıştır. SONUÇ: Sefiderokol, K. pneumoniae ve E. coli'ye tüm suşlar için toplamda % 57 (121/70) oranında etkilidir. Ancak CLSI kılavuzuna göre değerlendirildiğinde bu oran % 74'e yükselmektedir. Çalışmamızda bulunan suşlar birçok β- laktamaz genini de birlikte taşımaktadır. Bu nedenle KD suşların neden olduğu ciddi enfeksiyon durumlarında sefiderokolün önemli bir antimikrobiyal tedavi olabileceği yorumu yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Sefiderokol, K. pneumoniae, E. coli, Antibiyotik direnci, Siderofor

İnhale steroid ilaç kullanan hastaların ağız sürüntüsü örneklerinde maya mantarların araştırılması

Giriş ve Amaç: Ağız boşluğu dış ortam ile sürekli temas durumundadır ve bebeklikten itibaren enfeksiyon etkenleriyle kolonize olmaktadır. Candida türleri insan mikrobiyotasında bulunan mikroorganizmalardır, fakat uygun koşullar oluştuğunda fırsatçı patojenler haline dönüşerek enfeksiyonlara sebep olabilmektedirler. Bu çalışmanın amacı; inhale steroid kullanan hastalarda maya kaynaklı enfeksiyon oranlarının, bu kişilerde izole edilen maya türlerinin çeşitliliğinin ve antifungal direnç oranlarının saptanmasıdır. Yöntem: İnhale steroid kullanan 51 hasta ve kontrol grubu olarak inhale steroid kullanmayan 30 sağlıklı kişi çalışmaya dahil edildi. Bakterilerin üretilmesi amacıyla Sabouraud Dekstroz Agar, Kanlı agar ve çikolata agar kullanıldı. İzole edilen maya mantarlarının tanımlanması amacıyla VITEK MS System (bioMérieux, Inc.), antifungal duyarlılık tespiti amacıyla VITEK 2 Compact System (bioMérieux, Inc.) kullanıldı. Bulgular: Çalışmaya katılan bireylerin %54,9 KOAH, %21,6 astım, %15,17) akciğer dışı hastalıklar, %3,9 dispne, birer tanesinin bronşektazi ve plörezi hastası olduğu saptandı. Çalışmada en sık izole edilen tür %75,8 ile C. albicans olarak saptandı. Diğer türler için oranlar %9,1 ile C. kefyr, %6,1 ile C. tropicalis ve C. glabrata saptanırken en az izole edilen türün ise %3 ile C. dubliniensis olduğu gözlendi. C. albicans suşlarının %28'inin, flukonazole ve vorikonazole dirençli olduğu saptandı. C. albicans suşlarının tamamı flusitozine karşı duyarlı olarak saptandı. C. glabrata suşlarının tamamı flukonazole orta duyarlı, diğer antifungallere duyarlı bulundu. C. kefyr, C. dubliniensis ve C. tropicalis suşlarının antifungallere duyarlı olarak belirlendi. Sonuç: Çalışmamızda oral kandidiyazdan sorumlu en sık etkenin C. albicans olduğu görüldü. En yüksek direnç oranı flukonazol ve vorikonazole karşı tespit edildi. Genel olarak antifungallere karşı anlamlı bir direnç paterni tespit edilmedi. Belirli hasta gruplarında uygun ve etkili antifungal tedaviyi seçmek ve direnç gelişimini izlemek amacıyla in vitro antifungal duyarlılık çalışmaları yapılmalıdır.

HBsAg pozitif kan donörlerinde hepatit delta varlığının değerlendirilmesi

İtalyan b3l3m 3nsanı Mar3a R3zzetto ve ek3b3 tarafından 1970'ler3n ortalarında keşfed3lm3ş olan Hepat3t Delta v3rüsü (HDV), 3nsanlara parenteral yolla bulaşan, Hepat3t B v3rüsü (HBV) varlığında Hepat3t B yüzey ant3jen3n3 (HBsAg) kullanarak karac3ğer hücreler3 3çer3s3nde çoğalab3len ve enfeks3yona neden olab3len küçük ve defekt3f b3r r3bonükle3k as3t (RNA) v3rüsüdür. İnsanlarda var olan HBV enfeks3yonu sonrası süperenfeks3yon veya HBV 3le aynı anda koenfeks3yon yaparak hastalık oluşmasına katkı sağlayab3l3r veya HBV'n3n oluşturduğu karac3ğer hasarını daha da ş3ddetlend3reb3l3r. Yapılmış olan bu çalışmada HBV varlığı HBsAg saptanması sonucu göster3lm3ş kan bağışçılarınının kanlarında HDV'n3n b3r bel3rtec3 olan Ant3-HDV'n3n taranması ve bu 3k3 v3rüsün b3rl3ktel3ğ3n3n araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Ş3şl3 Ham3d3ye Etfal Eğ3t3m ve Araştırma Hastanes3 Kan Merkez3'ne kan bağışı yapmış donörler arasından HBsAg poz3t3fl3ğ3 saptanmış olan 88 bağışçının kan örneğ3 dah3l ed3lm3ş ve yarışmacı ELISA prens3pl3 t3car3 test k3t3 3le Ant3-HDV taraması yapılmıştır. Ant3-HDV S/Co değer3 şüphel3 çıkan k3ş3lerde 3se doğrulama amaçlı olarak reverse transkr3ptaz pol3meraz z3nc3r tepk3mes3 (RT PCR) metoduyla HDV RNA araştırılmıştır. Uygulanan tarama test3 sonucu tüm kan örnekler3nde Ant3-HDV nonreakt 3f (negat3f) olarak saptanmıştır. Bu test sonrasında sonucu negat3f olarak yorumlansa da okuma değer3 poz3t3fl3k sınırına yaklaşmış olan değerler şüphel3 olarak kabul ed3lm3ş ve HDV RNA test3yle doğrulama 3şlem3ne tab3 tutulmuştur, fakat bu doğrulama test3nde de tüm örneklerden negat3f sonuç alınmıştır. Bu çalışmaya dah3l ed3len örneklerde tüm sonuçlar negat3f bulunsa da HDV'n3n kanla bulaşab3len b3r etken olduğunun göz önüne alınması ve özell3kle HBV poz3t3fl3ğ3 bulunmuş k3ş3lerde HDV taramasının da yapılmasının ülkem3zde endem3k b3r hastalık olan HDV'n3n seroprevalansında öneml3 b3r etk3s3 olacağı düşünülmekted3r. Anahtar Kelimeler: Hepatit B, Hepatit Delta, Kan Bankacılığı, Viral Hepatit

Metisilin dirençli staphylococcus aureus (MRSA)'larda daptomisin ve linezolid direncinin retrospektif olarak değerlendirilmesi

Hastane kökenli ve de toplum kökenli en önemli infeksiyon etkenlerinden biri de bilinmektedir ki Staphylococcus aureus bakterisidir. Ciddi infeksiyonlara neden olan bu bakteri, deri ve yumuşak doku infeksiyonlarına, bakteriyemiye, solunum sistemi infeksiyonlarına, üriner infeksiyonlara neden olmaktadır. MRSA infeksiyonlarında uzun yıllar vankomisin antibiyotiği başarılı bir şekilde kullanılmıştır. 1996 senesinde ise ilk defa vankomisine orta duyarlılık gözlenmiştir. Bir yıl sonra da Japonya'da ilk vankomisin dirençli S.aureus'un heterojen izolatı tanıtılmıştır. MRSA suşları bilinmektedir ki bütün β-laktam grubu antibiyotiklere dirençlidir. Aminoglikozid, tetrasiklin, linkozamid, kinolon gibi antibiyotiklere de direnç gösterirler. Son yıllarda glikopeptidlere de direnç geliştiği görülmektedir. Dolayısıyla daptomisin, linezolid, tigesiklin gibi antibiyotiklerin de tedavide kullanımı başlamıştır. Görülmektedir ki S.aureus bakterisi kazanmış olduğu dirençler ile yeni yeni birçok antibiyotik arayışına götürmektedir. Biz de bu çalışmamızda, Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde 2012/2015 yılları arasında görülen MRSA suşlarının daptomisin ve linezolid antibiyotiklerine olan direnç durumlarını retrospektif olarak değerlendirilmesini amaçladık. Geçmişe yönelik olarak çalıştığımız bu bakteri suşlarından MRSA olarak tanımlananların, hangi klinik ve yoğun bakımdan, hangi klinik materyalden, hangi cinsiyetteki hastalardan izole edildikleri ve daptomisin ve linezolid antibiyotiklerine olan direnci incelendi. Toplamda 618 hasta çalışılmıştır. Bu 618 hastadan 130 tanesinde MRSA gözlemlenmiştir. Bu MRSA suşları 26 klinik ve yoğun bakımdan gelen numunelerdendir. Diğer 488 hastadan alınan numuneler ise çeşitli stafilokok türleridir. Buna göre MRSA'nın diğer etkenlere göre görülme durumu % 21,035 olarak hesaplanmıştır. Bu numunelerden MRSA durumları ise; 2 apse, 3 balgam, 2 burun, 1 diyabetik ayak, 1 doku, 9 idrar, 53 kan, 1 kulak, 26 trakeal aspirat ve 32 yara şeklindedir. MRSA görülen 130 hastadan 83 tanesi erkek, 47 tanesi kadın hastadır. Buna göre %63,84 erkek, %36,15 kadın hasta profili görülmüştür. 130 hastada görülen MRSA üzerinde yapılan çalışmada 4 tanesinde Linezolid dirençliyken 126 tanesinde duyarlı görülmüştür. 77 tanesinde daptomisin dirençliyken 53 tanesinde duyarlı görülmüştür. Daptomisin duyarlı olan 53 hastada aynı zamanda linezolid de duyarlıdır. Linezolid dirençli olan 4 hastada ise aynı zamanda daptomisin de dirençli görülmüştür. Daptomisin ve Linezolid antibiyotiklerinin her ikisine de dirençli olan 4 hastaya ait numunelerden 1 tanesi yara, 3 tanesi de kan numunesidir.

Gram negatif basillerde indüklenebilir beta laktamaz (ıbl) aktivitesinin ve antibiyotiklere direnç profilinin araştırılması

Amaç: Bu çalışmada; kliniklerde yatan hastalardan izole edilen Gram negatif basillerin indüklenebilir beta-laktamaz aktivitelerini belirlemek ve antibiyotik direnç profilini ortaya çıkarmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi' nin farklı kliniklerinde tedavi olan hastalara ait idrar, kan, balgam, beyin omurilik sıvısı (BOS), yara yeri ve abse lavajından alınan kültür örnekleri steril şartlarda hastadan alınıp, laboratuvar şartlarında çalışma gününe kadar -80 °C'de muhafaza edilen izolatlar sıvı buyyon besi yerinde 37°C etüvde 48 saat enkübe edilerek canlandırıldı. Canlandırılan bakteriler Gram boyama yöntemi uygulandı. Gram negatif görünümündeki örnekler kanlı agar, çikolata agar, EMB agar ve saboroud dekstroz agar besiyerlerine ekimleri yapılan bakteriler, 37°C etüvde 16-24 saat enkübe edildi. EMB agar besiyerinde üreyen bakteriler çalışmaya dahil edildi. EMB agar besiyerinde üreyen suşların, VITEK-2 tam otomatize cihazı ileri biyokimyasal testlerini 4-6 saatte yaparak identifikasyon sağlandı.Aynı cihaz 16-24 saat içerisinde çalışmaya dâhil edilen P. aeruginosa, E.cloacae complex, P. mirabilis, S.marcescens, M.morganii, S.liquefaciens group ve P.rettgeri türü basillerin antibiyotik duyarlılık sonuçlarını otomatik olarak vermiştir. İndüklenebilir Beta-laktamaz araştırması için ise Müeller-Hinton agara ayrı ayrı ekimleri yapılmıştır. İndükleyici ajan olarak imipenem (10 μg) kullanılmış ve disklerin aralarındaki uzaklık 20 mm olacak şekilde besiyerinin yüzeyine yerleştirilmiştir. Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen 104 izolatın 92 tanesinde indüklenebilir beta-laktamaz aktivitesi tespit edilmiştir. Beta-laktamaz aktivitesi en fazla olan bakteri türü P.aeruginosa, en azbeta-laktamaz aktivitesi olan ise S.marcescens olarak tespit edilmiştir. P.aeruginosa türü bakteri en çok PIP/Tazo'ya, S.marcescens türü bakteri kolistin' e, P.mirabilis türü bakteri ampisilin, sefrazidim, seftriakson, sefuroksim ve sefuroksim-aksetil' e, E.cloacae complex türü bakteri ampisilin, sefoksitin ve amoxicillin' e, diğer türler de ampisilin, kolistin, amoxicillin, sefuroksim ve sefuroksim-aksetil' e direnç göstermiştir. P.aeruginosa türü bakteri en çok cerrahi kliniklerde, S.marcescens ve P.mirabilis türü bakteriler dâhili kliniklerde, E.cloacae complex türü bakteri pediatri kliniğinde yatan hastalardan izole edilmiştir.

Pseudomonas aeruginosa ve acinetobacter baumannii izolatlarında imipenem-edta/meropenem-edta disk yöntemi ve motifiye hodge testi ile metallo beta-laktamaz varlığının araştırılması

Metallo beta-laktamaz (MBL)'lar aztreonam dışında karbapenemler de dahil olmak üzere tüm betalaktam grubu antibiyotikleri hidrolize ederler. Antibiyotiklerdeki direncin yayılmasını sınırlamak ve tedaviye yön vermek amacıyla karbapenem direnç tiplerinin tespit edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı, giderek artan imipenem ve meropenem dirençli Pseudomonas aeruginosa ve Acinetobacter baumannii klinik izolatlarında MBL üretimini iki farklı fenotipik yöntem kullanarak incelenmesidir. Karbapenem dirençli 54 A.baumannii ve 40 P.aeruginosa klinik suşlarına MBL tespiti için Kombine disk difüzyon testi(KDDT) ve Modifiye Hodge testi(MHT) uygulanmıştır. KDDT: 0.5 McFarland bakteri süspansiyonu müller hinton agara ekildi. İki imipenem diski (10μg) aralarında en az 22 mm olacak şekilde besiyeri yüzeyine yerleştirildi, imipenem disklerinden bir tanesinin üzerine 10 μl EDTA eklendi. Aynı yöntem meropenem/EDTA için de uygulandı. İmipenem ve meropenem diskleri zon çapları, EDTA'lı disklerin zon çaplarından 7 mm'den daha az ise pozitif kabul edildi. MHT: Müller Hinton Agar besiyerine E.coli ATCC 25922 standart suşu yayıldı, meropenem 10 μg diski plağın ortasına yerleştirildi. İzolatlar imipenem diskinden perifere doğru ekildi. Duyarlılık zon çapının yonca yaprağı şeklinde bozulması durumunda test pozitif kabul edildi. Bu çalışmada, 40 P.aeruginosa suşunun 5 (%12.5)'i MHT ile, 21 (%52.5)'i imipenem/EDTA disk testi ile 23 (% 57.5)'ü meropenem/EDTA disk testi ile pozitiflik verdi. 54 A.baumannii suşunun 43 (% 84.3)'ü MHT ile, 35 (% 68.6)'i imipenem/EDTA disk testi ile 46 (% 90.2)'sı meropenem/EDTA disk testi ile pozitiflik olarak tespit edildi. Çalışmamızdaki KDDT ve MHT ile elde edilen MBL oranları ülkemizde ve yurt dışında yapılan çalışmalar ile uyumlu bulunmuştur. Sonuç olarak, antibiyotiklere karşı hızla gelişen direnç probleminin önüne geçebilmek için yöresel olarak antibiyotik duyarlılık profilleri belirlenmeli ve direnç yayılımını önlemek için MBL varlığı birden farklı yöntemle taranmalıdır. A.baumannii ve P.aeruginosa'nın etken olduğu enfeksiyonların tedavisinde antibiyotik duyarlılık test sonuçlarına göre antibiyotik reçete edilmelidir. Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Metallo beta-laktamaz

Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı (mcr-1, mcr-2) ve kromozomal kolistin direnç genleri (phop/phoq, pmra/pmrb) varlıklarının araştırılması

Çoklu ilaç direnci gösteren Gram negatif bakterilerin global yükselişi, hasta güvenliği için artan bir tehdit oluşturmaktadır. Son dekatta, karbapenemlere dirençli Enterobacteriaceae (CRE) hastane enfeksiyonlarında, özellikle yoğun bakım ünitelerindeki en önemli patojenlerden biri olmuştur. CRE, aminoglikozitler, florokinolonlar, sefalosporinler ve karbapenemler gibi çoklu antibiyotik direnci gösteren bakterilere karşı tedavinin seçilmesinde sorun yaratmaktadır. Geniş spektrumlu antimikrobiyal aktiviteleri olan polimiksinlere ait olan kolistin, CRE'in neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için kullanılabilecek son seçenek antimikrobiyal ajanlardan biri olmuştur. Kolistinin kullanılmasıyla birlikte kolistin dirençli bakteri prevalansının da arttığı görülmektedir. Birçok bakteriyel patojen, özellikle de K. pneumoniae, çeşitli antibiyotiklere yapısal olarak direnç göstermektedir. 2015 yılına kadar, polimiksin dirençli genlerin kromozomal iki-bileşenli sistemler pmrA/pmrB, phoP/phoQ ve negatif düzenleyici mgrB geninin kodlanması aracılığı ile olduğu bilinmekteydi. Ancak Kasım 2015'te ilk plazmid aracılı kolistin direnç geni mcr-1 tanımlanmıştır. 2016'da mcr-1 geninin hayvanlardan insanlara bulaştığı tespit edilmiş ve takip eden süreçte diğer mcr genlerinin varlıklarının ortaya konulması ve hızla yayılması soruna farklı bir boyut kazandırmıştır. Direncin önlenmesinde, bir antibiyotiğe karşı geliştirilen direncin doğru tanımlanması ve moleküler mekanizmaların bilinmesi oldukça önemlidir. Bu çalışmada, Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı mcr-1 ve mcr-2 ile kromozomal kaynaklı direnç genlerinin (phoP/phoQ, pmrA/pmrB) varlıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen izolatlarda pmrA, pmrB, phoP ve phoQ genlerinin ekspresyon seviyelerinde, dirençli suşlarda duyarlı suşlara oranla anlamlı bir artış saptanmamıştır. Bunun yanı sıra plazmit aracılı direnç mekanizmalarından olan mcr-1 geni varlığına rastanmamışken, 2 adet K.pneumoniae suşunda ise mcr-2 geni tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, kolistin, mcr-1, mcr-2, pmrA/B, phoP/Q

E.coli ve klebsiella spp. suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamazların 3 farklı yöntem ile araştırılması

E. coli K. pneumoniae suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamazların farklı Yöntemlerle Araştırılması Amaç: Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinde hastalardan izole idilen E. coli K. pneumoniae suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamazların Kombine Disk Yöntemi, Çift Disk Sinerji Yöntemi ve Üç Boyutlu Test Yöntemleri ile tespiti amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda hastalardan izole edilen 125 E. coli ve 25 K. pneumoniae suşlarına 3 yöntem uygulanmıştır. Suşlar konvansiyonel yöntemlerle tür düzeyinde tanınmıştır. Çift disk sinerji yöntemi ile GSBL üretimini 125 E. coli izolatı için 85 (%68,00) ve 25 K. pneumoniae izolatı için 9 (%76,00), üç boyutlu test ile E. coli için 125 izolatta 105 (%84,00) K. pneumoniae için de 25 izolatta 17 (%68,00), kombine disk difüzyon yöntemi ile E. coli için 125 izolatta 77 (%61,60) K. pneumoniae için 25 izolatta 17 (%68,00) tespit edilmiştir. Enterobacteriaceae suşlarında farklı direnç genleri sebebiyle fenotipik yöntemlerle GSBL saptanması genellikle yanlış sonuçlara neden olmaktadır. Çalışmamızda E. coli izolatları için fenotipik yöntemlerden, üç boyutlu test , K. pneumoniae izolatı için ise çift disk sinerji yöntemi en yüksek GSBL saptama yöntemi olarak bulunmuştur. Çalışmamızın sonucuna göre moleküler testler ile fenotipik testlerin bir arada çalışılması önerilmektedir. şartlarına uygun olmayan merkezlerde GSBL araştırılmasında en etkili yöntem E. coli için üç boyutlu test , K. pneumoniae için çift disk sinerji testi uygulanmalıdır.

Ocak 2014- ocak 2019 arasında gebelerde toksoplazmozis seropozitivitesinin araştırılması ve ıgm pozitifliği tespit edilenlerde klinik takip ve sonuçları

Ocak 2014-Ocak 2019 Arasında Gebelerde Toksoplazmozis Seropozitivitesinin Araştırılması ve IgM Pozitifliği Tespit Edilenlerde Klinik Takip ve Sonuçları Bu çalışmada Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı ve Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı'na başvuran gebelerin Toksoplazma gondii etkeni ile karşılaşma durumlarının araştırılması ayrıca klinik ve laboratuvar bulguları ile Toksoplazmozis ön tanısı alan gebelerde enfeksiyonun takibi ve bebeklerinde konjenital toksoplazma enfeksiyonu varlığının değerlendirilmesi amaçlandı. Ocak 2014-Ocak 2019 tarihleri arasında normal gebelik takibi amacıyla 15-49 yaş arasındaki 4231 gebenin T. gondii enfeksiyonuna ilişkin klinik ve laboratuvar bulguları ile akut toksoplazma şüphesi ile tedavi alanların fetüs ve yenidoğanlarının enfeksiyona ilişkin durumlarını gösterir kayıtlar değerlendirildi. ELISA yöntemi kullanılarak toksoplazma IgG ve toksoplazma IgM seropozitiflikleri ve IgG avidite sonuçları tespit edildi. Çalışmaya dahil edilen bütün gebeler incelendiğinde toksoplazma IgG ve toksoplazma IgM için seropozitiflik oranları sırasıyla %25.5 ve %2.3 olarak saptandı. Yaş arttıkça toksoplazma IgG ve IgM prevalansının arttığı saptandı. Otuz dokuz gebede avidite test sonucu düşük, 9 gebede avidite sonucu orta ve 50 gebede yüksek avidite olarak saptandı. Düşük ve orta avidite değerlerine sahip tüm gebeler ile yüksek aviditeye sahip elli gebeden reaktivasyon düşünülen on beşi olmak üzere toplam 63 gebe tedavi grubunu oluştururken yüksek avidite değerleri saptanan 35 gebeye tedavi başlanmayarak gebelik sonuna kadar izlendi. Tedavi alan gebelerin 45 (%71.4)'i tedaviye uyum gösterirken 18 (%28.6)'i tedaviye uyum sağlamadı. Tedavi uyumlu gebelerin fetüs veya yenidoğanlarının alttı (%13)'sı IUGG ve/veya abortus ile neticelendi. Buna karşın tedavi uyumsuz gebelerin fetüs veya yenidoğanlarının 8 (%44.4)'i IUGG ve/veya abortus ile sonuçlandı. Gebelerin yapılan ultrasonografik incelemesinde 13'ünde IUGG, ikisinde plasental değişiklikler, birinde bağırsak anomalisi, dördünde kardiyak ritim bozukluğu, birinde perikardiyal efüzyon, ikisinde kardiyak anomali, dördünde hidrosefali, ikisinde spina bifida, ikisinde meningomyelosel, ikisinde ventrikülomegali saptandı. Sonuç olarak düşük veya ölü doğumlara sebep olabilen Toksoplazma gondii etkeninin bölgemizdeki gebe hastalarda halen önemini koruyan sağlık sorunları arasındadır. Serolojik yöntemlerin bu enfeksiyonların teşhisinde ve IgG avidite testi yapılarak şüpheli durumların netleştirilmesinde hekime yol gösterici bir yöntem olabileceğini düşünmekteyiz. Bununla beraber toksoplazma enfeksiyonu sonucunda IgM pozitifliğinin ve düşük avidite değerlerinin uzun süre devam edebilmesi gebelik döneminde akut toksoplazmozun ekarte edilebilmesini güçleştirdiği için serolojik olarak IgM ve IgG ile beraber aviditenin değerlendirilmesi doğru tanı açısından önemlidir. Anahtar Kelimeler: Toksoplazmozis, Seroprevalans, Toksoplazma gondii, Avidite, Spiramisin

COVİD- 19 pandemisi döneminde solunum yolu enfeksiyonuna neden olan etkenlerin araştırılması

Solunum yolu enfeksiyonları tüm dünyada önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Özellikle pandemi potansiyeli olan etkenlerin yakından izlenmesi olası pandemilerin erken tanısı ve kontrolü için önemlidir. 2019 yılının sonunda tanımlanan SARS CoV 2 etkeni ve neden olduğu COVID-19 pandemisinin ilk başlangıcı da ILI sürveyansı sırasında vaka sayısında görülen artış ile ortaya çıkmıştır. Yeni tanımlanan bir virüs olması nedeniyle SARS CoV-2 ve COVID-19 pandemisinin diğer solunum yolu virüsleri ile birlikteliği ve bu virüslerin yıl içindeki aktivitesine olan etkisi araştırılmaktadır. Bu çalışmada COVID-19 pandemisi döneminde benzer klinik semptomları olan hastalarda şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS CoV-2) ile solunum yolu enfeksiyonlarının gelişmesine en sık neden olan virüslerden, İnfluenza A/İnfluenza B; İnfluenza A H1/H3/H5/H7; İnsan MetapneumoVirüs (HMPV), İnsan respiratuar sinsityal virüsü (HRSV) A / B, İnsan rinovirüsü (HRV); İnsan bocavirüsü (HBoV); İnsan enterovirüsü (HEV), İnsan parechoVirüs (HPeV), İnsan adenovirüsü (AV), İnsan koronavirüsü (HCoV) HKU/NL63/OC43/229E; Parainfluenza (PIV) 1/2/3/4 virüslerinin eş zamanlı olarak varlığı araştırıldı. Aralık 2020-Nisan 2021 tarihleri arasında Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi klinik ve polikliniklerinde viral solunum yolu infeksiyonu ön tanısı konulan 0-90 yaş arasında 100 hastadan alınan nazofaringeal sürüntü örnekleri multipleks tek basamaklı ters transkripsiyon polimeraz zincir tepkimesi (Multiplex RT qPZR) yöntemi ile incelendi. Çocuk hastalardan alınan 50 örneğin ikisinde (%1) SARS-CoV-2 ve birinde (HCoV) OC43 pozitif olarak saptandı. Erişkin hasta grubunda 14 örnek (% 28) SARS-CoV-2 pozitif olarak saptanırken diğer solunum yolu virüsleri saptanmadı. Mevsimsel grip sezonu aktivitesinin ve COVID-19 vakalarının yüksek olması beklenen bir dönemde yapılan çalışmada, SARS CoV-2 virüsü ve diğer solunum yolu virüslerinin düşük oranda saptanması, bu sonuçlara COVID-19 pandemisi için alınan kişisel önlemlerin ve karantina önlemlerinin etkili olduğu şeklinde yorumlandı. SARS CoV-2 aktivitesinin ve mevsimsel influenza ile diğer solunum yolu virus aktivitelerine olan etkisinin önümüzdeki yıllarda yakından takip edilmesi gerektiği düşünüldü.

Karbapenemaz üreten klebsıella spp. suşlarında oxa-48-lıke genlerinin araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Son yıllarda karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae izolatlarının dünya genelinde giderek arttığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarında OXA-232, OXA-181, OXA-162, OXA-204, OXA-244, OXA-163, OXA-245 gen bölgelerini tespit etmektir. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmamız için kullanılan izolatlar, SEAH Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan alınmıştır. İdentifikasyon ve antibiyotik duyarlılık analizleri VITEK 2 otomatize sistemi ile değerlendirilmiştir. Karbapeneme dirençli olan izolatların karbapenemaz üretimleri Modifiye Hodge Testi ile saptanmıştır. Her bir suşa ait MİK (Minimum İnhibitör Konsantrasyonu) değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Daha sonra bu izolatlardan, Real time PCR (qPCR) yöntemi ile OXA-48 gen bölgesini içerenler tespit edilmiştir. Sonrasında High Resolution Melting Analysis (HRMA) yöntemi ile OXA-48 varyantları olduğundan şüphelenilen suşlar hangi varyant olduğunu tespit etmek için Sanger dizi analizi yöntemi ile irdelenmiştir. BULGULAR: Karbapenemaz üreten K. pneumoniae suşlarında imipenem için VITEK 2 ve mikrodilüsyon yöntemi arasında %82, meropenem için %77, ertapenem için %90 uyum saptanmıştır. qPCR yöntemi ile 100 K. pneumoniae suşunun 45 tanesinde OXA-48 gen bölgesi pozitif olarak tespit edilmiştir. OXA-48 varyantlarını belirlemek için PCR ile pozitif bulunan 45 suş HRMA metodu ile yorumlanmıştır. Sonrasında dizi analizi ile 41 suşun OXA-48/OXA-245 gen bölgelerini içerdiği, 2 suşun OXA-181 ve 2 suşun da OXA-244 gen bölgelerini içerdiği tespit edilmiştir. SONUÇ: Çalışmamız sonucunda OXA-48 pozitifliği %45 olarak bulunmuştur. Bu suşların da %4.4'ünün OXA-181, %4.4'ünün de OXA-244 bölgelerini içerdiği bulunmuştur. Ülkemizde OXA-48 varyantlarının geniş kapsamlı olarak irdelendiği ilk çalışma olması, epidemiyolojik çalışmalara katkı sağlaması, karbapenemaz tespiti ile ilgili yerli tanı kitlerinin yapımına zemin oluşturması, kliniklere doğru ve etkin sonuçların iletilmesi nedeniyle çalışmamız önem arz etmektedir.

Hastane içme ve kullanma sularının mikrobiyolojik analizi; Sakarya

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada hastane içme ve kullanma su ve sürüntü örnekleri mikrobiyolojik yönden incelenerek, hastane içme ve kullanma sularının hastalar ve hastane personeli sağlığı açısından risk oluşturup oluşturmadığı araştırıldı. GEREÇ VE YÖNTEM: Araştırmamızda 40 farklı içme ve kullanma suyu başlıklarından alınan su ve sürüntü örnekleri materyal olarak kullanıldı. Su örneklerinin mikrobiyolojik analizleri için membran filtrasyon yöntemi ve sürüntü örnekleri için tek koloni düşürme ekim yöntemi kullanıldı. Ayrıca çalışmada kullanılan besiyerlerinde üreyen mikroorganizmaların identifikasyonu MALDI-TOF MS (BioMerieux, Fransa) cihazı ile yapıldı. BULGULAR: Alınan su ve sürüntü örneklerinin kültürü neticesinde; koliform grubu bakteriler, E. coli, Enterokok ve Legionella spp. üremesi saptanmadı. İncelenen sürüntü örneklerinde MALDI-TOF MS ile identifiye edilen mikroorganizmaların üreme oranları sırası ile; % 22,5 Staphylococcus spp., % 5 Bacillus spp., % 10 Micrococcus luteus, % 10 Küf ve maya ve % 2,5 Pseudomonas oryzihabitans'tır. İncelenen su örneklerinde MALDI-TOF MS ile identifiye edilen mikroorganizmaların üreme oranları sırasıyla; %15 Staphylococcus spp., % 15 Bacillus spp., % 5 Acinetobacter spp., % 5 Delftia acidovorans, % 2,5 Ralstonia insidiosa, % 2,5 Pseudomonas aeruginosa, % 2,5 Corynobacterium durum, % 2,5 Shingonomas yonoikuyae ve % 2,5 Elizabethkingia meningoseptica şeklindedir. SONUÇ: Araştırmamzda hastanemiz içme ve kullanma sularının bakteriyolojik analizinde; patojen bakteri üremesi saptanmadığı ve ilgili yönetmeliklere uygun olduğu görüldü. Fakat hastanemiz içme ve kullanma suyu ve sürüntü örneklerinde fırsatçı patojen bakterilerin izole edilmesi önem arz etmektedir. Hastane içme ve kullanma sularında da periyodik olarak patojen veya fırsatçı patojenlerle ilgili mikrobiyolojik analizler yapılmalıdır. İmmün düşkün hastaların risk altında olabileceği akılda tutulmalı ve kısa süreli sonuç veren dezenfeksiyon işlemleri yapılmalıdır.

Karbapenemaz üreten enterobacterıaceae kökenlerinde çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkinliklerinin araştırılması

Giriş ve Amaç: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae kökenleri, karbapenem dirençli ve mortalitesi yüksek enfeksiyonlara neden olmakta ve her geçen gün bu bildirimlerin sayısı artmaktadır. Yeni antibiyotik çalışmalarının istenilen etkinlikte olmaması ve karbapenem gibi son seçenek ilaçlara karşı direnç gelişimi tedavideki alternatifleri oldukça daraltmıştır. Öyle ki endikasyon ve toksisite endişesi ile sık kullanılmayan tedavi rejimleri gündeme gelmiştir. Çalışmamızda, karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae suşlarında etkili olabilecek antibiyotikler ve kombinasyonlarının in vitro etkinliği araştırılarak, tedavideki bu çıkmazlar için yol gösterici verilerin eldesi amaçlanmıştır. Bu doğrultuda karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae suşlarında; aztreonam, avibaktam, apramisin, seftolozan/ tazobaktam ve kolistin gibi antibiyotikler ile bunların bazı kombinasyonlarının in vitro etkinliği araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda yapılan rektal sürüntü tarama kültürlerinden ve çeşitli klinik örneklerden izole edilen suşlar içerisinden karbapenem dirençli olup karbapenemaz ürettiği saptanan ve yaygın ilaca dirençli olan Enterobacteriaceae ailesine ait 38 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edildi. Bakteri tanımlama ve antibiyotik duyarlılık çalışmaları VITEK 2® (bioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ve broth mikrodilusyon yöntemi ile yapıldı. Karbapenemaz üretimi, fenotipik olarak Modifiye Hodge Testi ile genotipik olarak da real-time Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi (Gene Xpert Carba-R kiti, Cepheid, ABD) ile belirlendi. Suşların tümünde aztreonam+avibaktam kombinasyonu ve kolistin dirençli 26 suşta ise kolistin/apramisin kombinasyonu checkerboard yöntemi ile çalışıldı. Seftolozan/tazobaktam kombinasyonunun etkinliği gradiyent strip test (Liofilchem®, İtalya) ile belirlendi. Bulgular: Aztreonam ve avibaktam, tek başlarına tüm suşlarda yüksek MİK değerlerine sahip olup, tüm suşlar aztreonama dirençli saptandı. Buna rağmen aztreonam-avibaktam kombinasyonunun tüm suşlarda sinerjik etkinliğinin olduğu belirlendi. Aynı zamanda aztreonamın kombinasyon MİK değerlerinin EUCAST sınır değerine göre %94.7 oranda duyarlılık sınır aralığında olduğu gözlendi. Seftolozan/tazobaktam kombinasyonuna karşı sadece 2 suş duyarlı iken 36 suş dirençli bulundu. Apramisin tek başına, suşların 30/38'unda (%79) etkili iken 8 suş (%21) dirençli bulundu. Kolistin dirençli 26 suşun Checkerboard yöntemi ile yapılan sinerji çalışmasında kolistin ve apramisin kombinasyonu, suşların 4'ünde sinerjik (%15.3), 8'inde antagonist (%30.7), 14'ünde ise aditif (%54) etkili olarak tespit edildi. Sonuç: Aztreonam-avibaktam kombinasyonunun, metallo-beta-laktamaz da dahil olmak üzere karbapenemaz üreten K. pneumoniae suşlarında in vitro sinerjik etkinliğinin yüksek ve tedavide oldukça umut vaadedici olduğu görülmüştür. Kolistin dirençli suşlarda denenen kolistin/apramisin kombinasyonunun sinerjik etkinliği düşük bulundu. Buna rağmen apramisinin tek başına bu suşlarda düşük MİK değerlerine sahip olması, klinik araştırmalar ve tedavi için potansiyel oluşturmaktadır. Bu ilaçlar, kısıtlı tedavi seçeneklerine sahip olduğumuz karbapenenemaz üreten Enterobacteriaceae suşlarında yeni tedavi seçenekleri olabilir. Anahtar Kelimeler: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae, Klebsiella pneumoniae, aztreonam-avibaktam, seftolozan/tazobaktam, apramisin, kolistin

Rosacea hastalarında bağırsak mikrobiyomunun metagenomik DNA profili

Giriş ve Amaç: Yeni nesil sekans analiz sistemlerinin kullanıma girmesi ile bağırsak mikrobiyomunun hemen hemen tamanını tespit etme olanağı sağlandığı için, mikrobiyomun öneminin daha iyi anlaşılmasına olanak sağlanmıştır. Yapılan çalışmalarda bağırsak mikrobiyomu diyabet, hipertansiyon, depresyon gibi birçok hastalıkla ilişkilendirilmektedir. Aynı şekilde diğer vücut bölgeleri için de kullanılan bu ileri teknoloji akne vulgaris, sedef hastalığı ve atopik dermatit gibi bazı dermatolojik hastalıkların patogenezini ortaya koymak için de kullanılmıştır. Dermatolojik hastalık mekanizmaları sadece deri mikrobiyomundan değil, aynı zamanda bağırsak mikrobiyomundan da etkilenmektedir. Kronik inflamatuar bir dermatoz olan rosacea hastalığının patofizyolojisi tam olarak aydınlatılamamış olup, tanısı klinik olarak konulabilmektedir. Bu çalışmanın amacı; rosacea hastalığı ile bağırsak mikrobiyomu arasındaki ilişkileri belirleyerek rosacea patogenezine ışık tutmak, yeni tanı ve tedavi yaklaşımlarına yardımcı olmaktır. Gereç ve Yöntem: Bilinen bir sistemik ve / veya dermatolojik hastalığı olmayan, 18-49 yaş aralığında olan, en az 4 hafta ve daha kısa süre antibiyotik, proton pompası inhibitörü ve / veya probiyotik, prebiyotik kullanmamış olan 20 rosacea tanılı gönüllü hasta ve aynı şartları taşıyan 10 sağlıklı gönüllü bu çalışmaya dahil edilmiştir. Gönllülere ilaç kullanımı dışında beslenme alışkanlıkları, sigara, alkol kullanımı sorularını kapsayan mini bir anket uygulanmıştır. Hastalardan steril olan numune kapları ile, taze gaita örneği hastane şartlarında alınmıştır. Tüm örneklerde Bristol dışkı skorlaması yapılmıştır. Toplanan gaita örneklerinden indikatör şeritleri ile (Merck, NJ, ABD) pH ölçümleri sonrası hasta ve kontrol grubundan alınan yaklaşık 1gram gaita örnekleri, stabilizasyon tamponuna (DNA/RNA Shield™ Collection Tube, Zymo Research, CA, ABD) konularak -20°C'de birkaç gün saklanmıştır. Daha sonra nükleik asit izolasyonu (ZymoBIOMICS DNA Mini kiti, Zymo Research, CA, ABD) yapılmıştır. Bakteriyel 16S ribozomal RNA (rRNA) geni hedef dizilemesi, universal bakteri 16S primerleri 16S rRNA geninin V3-V4 bölgesini hedefleyen 341f (CCTACGGGNGGCWGCAG) ve 805r (GACTACHVGGGTATCTAATCC) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Final kütüphane Illumina MiSeq ile oluşturulmuştur. Uygun amplikon dizi tanımları ve düzenlemeleri yapılarak takson ve numunelerin hiyerarşik kümelenmesiyle taksonomik haritalar hazırlanmıştır. Biyoinformatik işlemlerden sonra istatistiksel analizler yapılmıştır (LefSe). Varsayılan ayarlarla (p < 0.05 ve LDA etki boyutu > 2) gruplar arasında önemli farklılık gösteren taksonlar belirlenmiştir. Bulgular: Rosacea tanılı hastaların, kontrol grubu olan sağlıklı gönüllülere göre gaita pH ortalamaları ve Bristol skorları daha yüksek bulunmuştur. 16S rRNA sekans analizleri sonuçlarına göre rosacea tanılı hastalarda sağlıklı kontrol grubuna göre düşük alfa çeşitlilik ve beta çeşitlilikte farklılık görülmüştür. Metagenomik DNA analizleri sonuçlarına göre rosacea hastalarında; Lachnospira, Lachnoclostridium, Roseburia ve Roseburia intestinalis daha yüksek oranda, sağlıklı gönüllülerde ise Prevotellaceae, Prevotella copri, Coriobacteriaceae, Desulfovibrio, Ruminococcaceae, Ruminococcus, Clostridiales, Clostridiales Family 13, Selenomonadales, Succinivibrio, Hungatella, Mollicutes, Butyricimonas virosa, Alisitipes, Oscillospira ve Erysipelotrichaceae gibi cins, tür, aile, takım bazında etkenler istatistiki olarak daha yüksek oranda saptanmıştır. Sonuç: Rosacea hastalığı ile bağırsak disbiyozisi arasında ilişki olduğu saptanmıştır. Bu çalışmada sağlıklı gruba göre rosacea hastalarında; Lachnospira, Lachnoclostridium, Roseburia ve Roseburia intestinalis daha yüksek oranda, Prevotellaceae, Prevotella copri, Coriobacteriaceae, Desulfovibrio, Ruminococcaceae, Ruminococcus, Clostridiales, Clostridiales Family 13, Selenomonadales, Succinivibrio, Hungatella, Mollicutes, Butyricimonas virosa, Alisitipes, Oscillospira ve Erysipelotrichaceae daha düşük oranda içerdiği tespit edilmiştir. Ancak literatürde rosacea ve bağırsak mikrobiyomu ile yapılmış çok az çalışma (sadece bir çalışmaya ulaşılabilmiştir) olduğu için öne çıkan mikroorganizların anlamlandırılabilmesi için daha çok sayıda ve daha fazla örnekleme sahip çalışamalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Rosacea, bağırsak mikrobiyomu, 16S rRNA, Roseburia, yeni nesil sekans

HIV pozitif hastalarda hepatit E seroprevalansı

Giriş ve amaç: Hepatit E virüsü (HEV) enfeksiyonu genellikle akut kendi kendini sınırlayan bir hastalıktır, hematolojik malignitesi olan, kemoterapi gerektiren hastalarda ve HIV'li bireylerde hızla ilerleyen siroza ve kronik enfeksiyona neden olur. Bu çalışmada ülkemiz için bir ilk olduğunu düşündüğümüz HIV pozitif hastalarda HEV seroprevelansının araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Çalışmada Ekim 2017-Aralık 2018 tarihleri arasında HIV pozitifliği nedeniyle Sakarya Üniversitesi Eğitim Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji laboratuvarına başvuran hastaların serum örnekleri Anti-HEV IgG ve IgM açısından değerlendirilmiştir. Çalışma grubunu HIV enfeksiyonu olan 126 hasta oluşmuştur. Hastaların serum örneklerine ulaşarak öncelikle Anti-HEV IgG antikorları, Anti-HEV IgG pozitif saptanan hastalarda da Anti-HEV IgM ELFA (enzyme linked fluorescent assay) kitleri ile (bioMerıeux, Fransa) araştırılmıştır. Ayrıca hastaların kayıtları taranarak ALT, AST, CD4, CD8, HIV RNA viral yük değerleri ve Anti-HCV, HBsAg ve VDRL sonuçları değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışma grubunun 114'ü (%90.5) erkek, 12'si (%9.5) kadın olup yaş ortalaması 38.11 ± 13.32 (min: 18, max: 80) yıl idi. Çalışmada HIV pozitif hastalardan 5'inde (%4.0) Anti-HEV IgG pozitif saptanmıştır. Anti-HEV IgG pozitif hastalardan 1'inde HIV tanısı yeni olup diğer 4 hastanın ise HIV pozitifliği nedeniyle takipte olduğu tespit edilmiştir. Anti-HEV IgM ise hiçbir hastada pozitif olarak saptanmamıştır. Anti-HEV IgG pozitifliği olan hiçbir hastada Anti-HCV ve HBsAg pozitifliği yoktu. Çalışmada 77 (%61.1) hastada Anti-HAV IgG pozitif olup AntiHAV IgM ise tüm hastalarda negatifti. Anti-HCV pozitifliği 2 (%1.6) hastada, HBsAg pozitifliği 8 (%6.3) hastada, VDRL pozitifliği ise 18 (%14.3) hastada saptanmıştır. Anti-HEV IgG pozitif olan bireylerde ALT, AST, CD4 ve CD8, HIV Viral yük değerleri açısından istatistiksel anlamlı bir fark saptanamadı (Her biri için p>0.05). Sonuç: Çalışmada HIV pozitif bireylerde Anti-HEV IgG pozitifliği %4 saptanmış olup HIV-HEV birlikteliği olan hiçbir hastada HCV ve HBV ko-enfeksiyonu belirlenmemiştir. HEV enfeksiyonları, HIV ile enfekte kişiler arasında öncelikli ortaya çıkmaz ancak, belirsiz etiyolojili karaciğer anormallikleri olan HIV'li bireylerde HEV de araştırılmalıdır. Anahtar kelimeler: Hepatit E, HIV enfeksiyonu, seroprevalans

Hemovijilans hemşireliği ve transfüzyon güvenliğine katkısı

GİRİŞ VE AMAÇ: Hemovijilans, kan ve ürünlerinin elde edilmesinden son alıcıların takibine kadar bütün transfüzyon basamaklarını eksiksiz izleme prosedürüdür. Hemovijilansın ana hedefi, transfüzyonun güvenliğini arttırmaktır. Bu çalışmada Sakarya Eğitim Araştırma Hastanesi sağlık personelinin transfüzyon güvenliği hakkında bilgi düzeyi, eğitim sonrası değerlendirmeler ve hemovijilans hemşireliğinin transfüzyon güvenliğine katkısının irdelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışma, gerekli etik ve yasal izinler sonrası, Ocak-Temmuz 2018 tarihlerinde Sakarya Eğitim Araştırma Hastanesi'nde çalışmakta olan ve araştırmaya katılmayı kabul eden 432 sağlık personeli ile gerçekleştirilmiştir. Katılımcılara, transfüzyon güvenliği eğitimi öncesi ve eğitimi sonrası durumu değerlendiren literatürden yararlanılarak oluşturulmuş 20 soruluk bir anket uygulanmıştır. Veriler SPSS 20.0 istatistik paket programı kullanılarak değerlendirilmiştir. BULGULAR: Çalışma grubunu oluşturanların 329'u (%76.2) kadın, 103'ü (%23.8) erkek olup yaş ortalaması 29.1±8.7 yıl idi. Katılımcıların meslek dağılımına bakıldığında 48'i (%11.1) doktor, 256'sı (%59.3) hemşire ve 128'i (%29.6) diğer yardımcı sağlık personeli idi. Çalışanların meslekteki çalışma yılı ortancası 5.5 (1-43 yıl) iken bulunduğu klinikte çalışma yılı ortancası 2.0 (1-42 yıl) olarak bulunmuştur. Çalışma grubunun bilgi sorularından aldığı puan 1 ile 19 arasında değişirken ortalaması 9.7±4.2 olarak hesaplanmıştır. Çalışmada cinsiyet ile bilgi puan ortalamaları arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır. Eğitim sonrası test grubunun bilgi puan ortalaması 13.3±5.2 olup eğitim öncesine göre anlamlı düzeyde yüksektir (p<0.001). SONUÇLAR: Çalışmalarda eğitimin etkisi net bir şekilde görülmekte olup transfüzyon güvenliğinin sağlanması ve reaksiyonların azaltılmasında ilgili sağlık personelinin farkındalığının arttırmasının önemi yadsınamaz. Ayrıca bu tür çalışmalarla sağlık çalışanlarında hemovijilans takibi ve transfüzyon güvenliğinin hangi süreçlerinde aksama olduğunun tespit edilerek o konuya yönelik çalışmalar yapılması faydalı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Hemovijilans Hemşireliği, Kan Transfüzyonu, Transfüzyon Reaksiyonu, Transfüzyon Eğitimi, Transfüzyon Bilgi Düzeyi

Gastroenterit etkeni virüslerin immünokromatografik ve moleküler yöntemlerle saptanması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu tez çalışmasında Sakarya'da Rotavirus, Adenovirus ve Norovirus enfeksiyonunun tanısında immünokromatografik ve gerçek zamanlı PCR yöntemleri ile elde edilen sonuçlar analiz edilerek bu testlerin mukayesesi ve tanıdaki yerinin incelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Hastanemize ishal şikayetiyle başvuran hastalardan alınan 84 örnek çalışmaya dahil edilmiştir. Bunlardan 67'si, immünokromatografik test (ICT) ile Rotavirus ve Adenovirus'tan en az biri pozitif örneklerdir. Rota/Adenovirus ve bakteri/parazit yönünden negatif bulunan 17 örnekte alınmıştır. Tüm örnekler mültipleks-RT-PCR yöntemi kullanılarak test edilmiştir. BULGULAR: ICT yöntemi ile 84 örneğin 62'si (%74) Rotavirus pozitif, 22'si (%26) negatif iken; 5'inde Adenovirus (%6) pozitif, 79'unda (%94) negatif bulunan örnekler idi. Tüm örneklerden yapılan gerçek zamanlı PCR analizlerinde; 49'unda (%58.5) Rotavirus pozitif, 35'inde (%41.5) negatif, 40'ında (%48) Adenovirus pozitif, 44'ünde (%52) negatif olarak tespit edilmiştir. Gerçek zamanlı PCR ile Norovirus için 11(%13) pozitif, 73(%87) negatif sonuç alınmıştır. Rotavirus ve Adenovirus için ICT ve PCR yöntemleri arasında anlamlı, orta ve düşük düzeyde uyum olduğu gözlenmiştir (Rotavirus-ICT/Rotavirus-PCR; r:0.540, p<0.001, Adenovirus-ICT/Adenovirus-PCR; r:0.264, p<0.016). RT-PCR referans yöntem kabul edildiğinde; Rotavirus ICT duyarlılığı; %93, özgüllüğü; %54.3, PPD;%74, NPD;%76.4 ve Adenovirus ICT duyarlılığı; %12.5, özgüllüğü; %100, PPD;%100, NPD;%55.7 olarak hesaplanmıştır. SONUÇ: Rotavirus ve Adenovirus için ICT ve gerçek zamanlı RT-PCR yöntemleri arasında anlamlı ve orta ve düşük düzeyde uyum olduğu saptanmıştır. ICT; ucuz, hızlı sonuç alınan, kullanışlı, pratik, donanım gerektirmeyen, küçük laboratuvarlara ve kitle taramalarına uygun bir testtir. Gerçek zamanlı PCR daha duyarlı ve özgül bir yöntem olsa da pahalı, daha yavaş, donanım gerektiren ve her laboratuvarda kullanılamayan bir yöntemdir. Anahtar kelimeler: Gastroenterit, Rotavirus, Adenovirus, Norovirus, PCR.

Çay ağacı ve portakal yağlarının antibakteriyel ve antifungal etkinliğinin araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada çay ağacı ve portakal esansiyel yağlarının hem ayrı ayrı hem de bu iki yağ kombinasyonunun %10-100 aralığında 10 farklı dilisyon hazırlanarak bazı mikroorganizmalar üzerindeki antimikrobiyal etkinliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada mikroorganizmalardan bakteri grubunda Escherichia coli ATCC 8739, Salmonella typhimurium ATCC 14048, Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Bacillus subtilis ATCC 6633; patojen mantar grubundan ise Candida albicans ATCC 10231, Aspergillus brasiliensis ATCC 16404 kullanılmıştır. Bu çalışma için bakterilerde disk difüzyon yöntemi ve sıvı besiyeri makrodilisyon testi, mantarlarda ise yayma plak yöntemi kullanılmıştır. BULGULAR: Disk difüzyon testinde çay ağacı yağının tüm bakteriler üzerinde çalışılan dilisyonların neredeyse tamamında inhibisyon zonu oluşmuştur. Portakal yağı ve çay ağacı-portakal yağı kombinasyonunda zon oluşumu daha azdır. Yayma plak çalışmasında, çay ağacı esansiyel yağının %70 ve üstü konsantrasyonlarda daha iyi antifungal etki göstermiştir. Portakal yağında antifungal etki gözlenmemiştir. Portakal- çay ağacı yağı kombinasyonunun %60'lık konsantrasyonundan itibaren antifungal etki gözlenmiştir. Yapılan makrodilisyon testinde ise çay ağacı yağının MİK bulguları çalışılan tüm bakteriler %0,78 olarak, Portakal yağının ise E.coli'de % 25, S. aureus'da % 1,562'dir. Portakal-çay ağacı kombinasyonunun E. coli, S. typhimurium ve S. aureus üzerindeki MİK değeri % 0,78, P. aeruginosa'da ise %12,5'tir. SONUÇ: Bu sonuçlar çay ağacı ve portakal yağının çeşitli enfeksiyon hastalıklarına neden olan bazı mikroorganizmalar üzerinde inhibe edici etkisi olduğu göstermiştir.

Tarçın yağının ve karanfil yağının antimikrobiyal etkinliğinin mikrobiyolojik miktar tayini yöntemi ile araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada tarçın ve karanfil esansiyel yağlarının ayrı ayrı ve kombinasyonlarının bazı mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkinliğini, etkinlik görülen en uygun doz miktarını araştırmak ve çalışılabilecek alanların belirlenmesinde yol gösterici olabilmek amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEMLER: Çalışmamızda antimikrobiyal etken olarak tarçın ve karanfil esansiyel yağları kullanıldı. Bazı mikroorganizmalardan bakteri grubunda Escherichia coli ATCC 8739, Salmonella typhimurium ATCC 14048, Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Bacillus subtilis ATCC 6633, mantar grubunda ise Candida albicans ATCC 10231, Aspergillus brasiliensis ATCC 16404 araştırıldı. Esansiyel yağlardan 10 farklı dilüsyon hazırlanarak bakterilerde disk difüzyon yöntemi ile mantarlarda yayma plak yöntemi ile antimikrobiyal etki incelendi. BULGULAR: Tarçın ve karanfil yağlarının ayrı ayrı ve birlikte 10 farklı dilüsyon uygulanmasında, tüm mikroorganizmalar üzerinde en etkili sonuçlar, %50 ve üzerindeki dilüsyon oranlarında gözlendi. Sıvı besiyeri makrodilüsyon testinde karanfil yağının MİK bulguları çalışılan tüm bakterilerde %0,78, tarçın yağının ise E. coli ve P. aeruginosa'da %3,125, S. aureus ve B. subtilis'te %0,78, S. typhimurium'da %6,250 olarak belirlendi. Tarçın ve karanfil yağı kombinasyonunun E. coli, S. typhimurium, P. aeruginosa'da ve S. aureus üzerindeki MİK değeri %0,78, B. subtilis'te ise %6,25'tir. C. albicans ve A. brasiliensis ile yapılan yayma ekim çalışmasında, esansiyel yağların ayrı ayrı ve birlikte kombinasyonlarının 10 gün boyunca yapılan gözlem sonucunda üremeyi engellediği belirlendi. SONUÇ: Çalışmada kullandığımız esansiyel yağların, çalışmada kullanılan mikroorganizmalar üzerinde önemli derecede inhibe edici etkiye sahip olduğu saptandı. Elde edilen nominal değerler, kullanılan yağların ve çalışmaya alınan mikroorganizmların kullanımının amaçlandığı farklı çalışmalarda yol gösterici olacaktır. Anahtar Sözcükler: Antibakteriyel, Antifungal, Antimikrobiyal aktivite, Esansiyel yağlar, Karanfil yağı, Tarçın yağı

Flow sitometri yöntemi ile bakterilerin antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi

Giriş ve Amaç: Bu çalışmasında gram pozitif ve gram negatif bakterilerin in vitro antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amacıyla flow sitometri yöntemi kullanımı ve sonuç verme süresinin kısaltılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Altı standart suş ile 11 klinik izolat bu çalışmada incelenmiştir. Tüm suşların antibiyotik duyarlılıkları; VITEK 2 otomatize sistemi, sıvı mikrodilüsyon ve flow sitometrik yöntem ile test edilmiştir. Antibiyotik dilüsyonları güncel EUCAST kılavuzuna göre belirlenmiştir. Flow sitometrik analiz öncesi mikroplaktaki bakteri süspansiyonları, 120 rpm ve 35-37°C'de 2 saat inkübe edildikten sonra 100μl okuma tüplerine alınmıştır. Daha sonra her tüpe 10μl Syto 9 ve 10μl Propidium iodid boyası eklenerek karanlık ortamda 15 dk bekletilmiştir. Flow sitometrik analizde, üreme kontrol kuyucuğu ile antibiyotikli kuyucuklar FL1-H grafiğinde üstü üste getirilerek karşılaştırılmış ve antibiyotikli kuyucuklarda en az %55 oranında bakteri sayısında azalma duyarlılık kriteri olarak kabul edilmiştir. Bulgular: Flow sitometrik yöntemle belirlenen antibiyotik duyarlılık ile BMD ve VITEK 2 sistemi arasında saptanan uyum oranları sırasıyla; iki E. coli suşu için (%92.3, %84.6), dört K. pneumoniae suşu için (%88.7, %81.8), iki P. aeruginosa suşu için (%73, %73), iki A. baumannii complex suşu için (%81.8, %81.8), iki S. aureus suşu için (%86.1, %81.2), üç Enterococcus spp. suşu için (%81.8, %88.8) olarak saptanmıştır. Sonuç: Flow sitometrik yöntemle yapılan antibiyotik duyarlılık çalışmaları ile BMD ve VITEK 2 sistemi arasında yüksek düzeyde uyum saptanmıştır. Gram negatif bakterilerde gram pozitiflere göre flow sitometri ve diğer yöntemlerin uyumunun daha yüksek oranda olduğu tespit edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testlerinin sonuç verme süresini 12-14 saat kısaltmaktadır. Ancak henüz tüm laboratuvarlarda kullanılabilecek şekilde standardize edilememiştir. Antibiyotik duyarlılıklarının flow sitometri ile belirlenmesi konusunda daha detaylı ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Flow sitometri, antimikrobiyal duyarlılık, MİK, EUCAST