565
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Kolza fidelerinde selenyum teşvikli krom toleransının fizyolojik ve moleküler analizleri
Endüstriyel faaliyetler çevredeki krom (Cr) kirliliğini arttırmaktadır. Toprakta artan Cr içeriği bitkiler tarafından alınıp emilip birikebilmekte, toksisiteye yol açabilmekte, besin zinciri yoluyla doğrudan veya dolaylı olarak insan sağlığına zarar verebilmektedir. Bu nedenle, Cr ile kirlenmiş topraklarda yetişen bitkiler tarafından Cr alımını azaltacak ve böylece Cr tehditlerinden kaynaklanan sağlık risklerini azaltacak yaklaşımların bulunması gerekmektedir. Bitkiler için faydalı bir element olan selenyum (Se), çeşitli biyotik ve abiyotik stres altındaki bitkilerde olumlu roller oynamaktadır. Selenyumun Cr stresi altındaki bitkilerdeki faydalı etkileri, bitki büyümesini iyileştirme ve Cr birikimini azaltılması ile kanıtlanmıştır. Bununla birlikte, kolza bitkilerinin Cr stres toleransını iyileştirmede Se'un koruyucu mekanizmasını ortaya çıkarmak için çok az bilgi bulunmaktadır. Bu çalışmada, kolza (Brassica napus L.) fidelerinin Cr stresine karşı tolerans oluşturmadaki Se'un rolü, fizyolojik ve biyokimyasal analizlerle kombine edilmiş jel temelli proteomik yaklaşım ile ortaya konulmuştur. Hidroponik olarak büyütülen yedi günlük kolza fideleri, 14 gün boyunca 10 μM Cr stresi ve 5 μM Se uygulamalarına maruz bırakılmıştır. Sonuçlar, Cr stresinin kolza fidelerinde büyümeyi azalttığını ve Cr birikimine ve lipid peroksidasyonuna neden olduğunu göstermiştir. Dışsal olarak uygulanan Se, Cr stresine maruz bırakılan kolza fidelerinde bitki büyümesini arttırmış, ancak lipid peroksidasyonunu ve Cr birikimini azaltmıştır. Ek olarak, Se uygulaması yapraklarda azalmış katalaz ve askorbat peroksidaz aktivitelerini artırmış ve ayrıca yaprak süperoksit dismutaz ve guaiakol peroksidaz aktivitelerinde Cr kaynaklı artışta ilave artışa neden olmuştur. Proteomik analizde, Cr stresi altındaki yapraklarda Se toplam 60 proteinin ifadesini önemli ölçüde etkilenmiş ve kütle spektrometrisi ile 54 protein tanımlanmıştır. En büyük üç fonksiyonel kategori, fotosentez (%48,1), savunma tepkisi (%27,8) ve protein metabolizmasında (%11,1) yer alan proteinleri içermektedir. Dışsal Se, fotosentezde fonksiyon gören proteinlerin çoğunu düzenlemiştir ve bu durum CO2 fiksasyonunda bir düzenlemeyi işaret etmektedir. Savunma cevabı ve protein metabolizmasında yer alan proteinler, Se tarafından farklı şekilde düzenlenmiştir ve bu durum Se'un stres direnci ve proteom yeniden düzenlenmesindeki rollerini göstermiştir. Selenyum, fotosentez verimini, ROT süpürme kabiliyetini, protein biyosentezi ve işlenmesini ve diğer adaptif tepkileri teşvik ederek Cr toleransını artırabilir.
Sandıklı (Afyonkarahisar) çevresinde yetiştirilen patates (Solanum tuberasum L.) çeşitlerinin ekolojik istekleri
Bu çalışma Afyonkarahisar İli Sandıklı İlçesi, ilçeye bağlı bir kasaba (Akharım) ve 7 farklı köyde (Kızılca, Kızık, Çevrepınar, Akin, Ballık, Kusura, Örenkaya) patates yetiştirilen tarım arazilerinden alınan toprak örneklerinin, fiziksel ve kimyasal özelliklerinin belirlenerek, verimlilik düzeylerini araştırmak için gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla alınan toprak örneklerinde satürasyon ve bünye, pH, elektriksel iletkenlik, kireç, organik madde, potasyum ve fosfor analizleri yapılmıştır. Elde edilen analiz sonuçlarına göre ise her bir toprak örneği, toprak değerleri için belirtilen sınır değerlere göre sınıflandırılmış ve örnekler kendi aralarında kıyaslanarak karşılaştırılmıştır. Buna göre; 4 örnekleme alanı (Sandıklı, Akharım, Çevrepınar ve Ballık) killi tınlı, 2 örnekleme alanı (Kızılca ve Örenkaya) kumlu, 2 örnekleme alanı (Akin ve Kusura) tınlı ve 1 örnekleme alanı killi (Kızık) olduğu saptanmıştır. Bununla birlikte alınan örneklerin çoğunlukla pH açısından 'hafif alkali', kireç açısından 'az', organik madde açısından 'az ve çok az', potasyum açısından 'çok yüksek' ve fosfor açısından 'orta' sınıfında yer aldığı saptanmıştır. Analiz sonuçları değerlendirildiğinde Sandıklı İlçesi'nden alınan örnekleme alanlarındaki toprakların, patates yetiştiriciliği açısından bakılarak, gübreleme programları oluşturulması ve üreticilerin bilinçlendirilmesi önerilmektedir.
Beyşehir kurbağası (Pelophylax caralitanus) üzerine kriyobiyoloik araştırmalar
Bu araştırmada, Ova kurbağalarından ve Türkiye'de endemik olarak yaşayan Pelophylax caralitanus türünün, kış döneminde maruz kaldıkları donma derecesindeki sıcaklıklarda hayatta kalmasını ve bu düşük sıcaklık maruziyetine karşı hayatta kalma stratejisi araştırılmıştır. Bu araştırmada, P. caralitanus türüne ait bireylerin dehidrasyon, donma ve anoksi koşullarıyla karşılaştığında; kriyoprotektan olarak görev yapan glikozun kan, karaciğer ve iskelet kası dokularındaki seviyeleri, karaciğer ve iskelet kası dokularındaki su miktarı, bireylerin soğuk maruziyeti öncesi ve sonrası vücut ağırlıklarındaki değişiklikler ve amfibilere özgü antifriz proteinlerin (AFP'ler; FR10, Fr47 ve Li16) transkript ekspresyon seviyeleri incelendi. Soğuk stresi esnasında P. caralitanus'un kanında bulunan glikoz seviyesi 2,32 kat (2,01 mL- 1'den 4,66 μmol mL- 1'ye) artış göstermiştir. Kanda bulunan glikoz düzeyi, oksijensizlik stresi altna (1,98 µmol mL-1 ) ve dehidratasyon stresi altında ise (1,28 µmol mL-1) artış göstererek stres koşullarına karşı cevap verdiği tespit edildi. Donma stresi sonrası karaciğer dokusundaki glikoz seviyesi 6,2 kat, dehidrasyon stresi sonrası 5,01 kat ve anoksia stresi sonrası ise 2,9 kat artış göstermiştir. Tüm stres ve yeniden normale gruplarındaki bireylerden alınan kan örneklerinde fr47 genin ifadesi yukarı yönde düzenlendiği tespit edildi. Donma grubunda bulunan bireylerde fr47 geninin ifadesi 1,52 kat, çözünme grubunda bulunan bireylerde 1,71 kat, dehidrasyon grubundaki bireylerde 1,37 kat, rehidrasyon grubundaki bireylerde 1,19 kat, anoksia grubundaki bireylerde 0,773 kat, reoksia grubundaki bireylerde ise fr47 geninin ifadesi 0,381 kat yukarı yönde artış göstermiştir. Çalışmamızın sonucu olarak Afyonkarahisar Eber Gölü ve çevresinden yakalanan endemik Pelophylax caralitanus türünün, sert sayılabilecek 0 °C' nin altında kış koşullarında hayatta kalabildiğini ve bu hayatta kalımı sağlayan en büyük etkenin, bir kriyoprotektan olan glikozun ve amfibilere özgü antifiriz proteinlerinin (AFP) bireylerde mevcut olmasından dolayı olduğu tespit edilmiştir. AFP'lerin genomik, transkriptomik ve proteomik araştırmalarının biyoinformatiği üstüne yoğunlaşılmasını sayesinde, AFP'lerin buz kristallerine bağlanma ve test etme mekanizmalarının aydınlatılmasının sağlanacaktır. Bu sayede günümüz biyoteknolojisi ve uzay teknolojisi alanında faydalı gelişmeler sağlanacaktır.
Molecular description of medicinal leech (Hirudo verbana carena, 1820) based on DNA sequences
In this study, 641-736 bp partially distinctive nucleotide sequences belonging to the mtCOI and 18S rRNA gene locus from Hirudo verbana samples were identified as identical and registered in GenBank (OM010329, OM010332-37, OM033510, OK091623-32). Among the mtCOI nucleotide sequences of 6 of these isolates (OM010329, 32, 33, 35, 37, OM033510), 1 variation (A > G) was observed at nucleotide 431. The nucleotide percentages in the mtCOI gene sequences of Hirudo verbana samples are (A 24.5-26.0%; T 24.3-25.2%; G 28.1-29.6%; C 20.9-21.6%). The nucleotide percentages in the 18S rRNA gene sequences are (26.9-27.2% A; 26.7-26.8% T; 28.3-28.6% G; 17.4-17.9% C). According to the mtCOI sequence dataset distance matrix obtained by the Pairwise comparison method, there was a complete agreement between the H.verbana isolates identified in this study and the H.verbana isolate registered in the GenBank. mtCOI gene sequence results of the isolates confirmed the taxonomic position of H.verbana, which was defined according to its anatomical and morphological features. As a result, mtCOI and 18S rRNA gene sequences were defined for the first time in this study on the samples belonging to H.verbana species in Karamık Lake, and it contributed to the determining the genetic characteristics of this species on a local and global scale.
Eğirdir gölü'nden Sander lucioperca'daki Eustrongylides excisus larvalarının (NEMATODA) DNA dizisi tabanlı olarak moleküler tanımlaması
Bu çalışmada, 3 Eustrongylides excisus örneğinden 18S rDNA ve 28S rDNA gen lokusuna ait 926-954 bp kısmi belirgin nükleotid dizileri özdeş olarak tanımlanmış ve GenBank'ta kayıt altına alınmıştır (OP480437-39). Eustrongylides excisus örneklerinin 18S rDNA gen dizilerindeki nükleotid değerleri tanımlanmıştır: % 26,94-27,26 A; %26,78-26,84 T; % 28,30-28,62 G; % 17,39-17,92 C. Pairwise comparison metodu ile elde edilen 18SrDNA dizi veri kümesi mesafe matrisine göre, bu çalışmada tanımlanan Eustrongylides excisus izolatları (OP480437-39) ile GenBank'ta kayıtlı Eustrongylides excisus izolatları (MK007967, MT415236, MK545494) arasında tam bir uyum görülmüştür (%0,0). Bu Eustrongylides excisus izolatları Maximum likelihood filogram analizinde aynı kümede toplanmıştır. İzolatların internal transkripsiyonlu ayırıcı (ITS) bölgesi 18S rDNA ve28S rDNA gen sekansı sonuçları, Eustrongylides excisus'un anatomik ve morfolojik özelliklerine göre tanımlanan taksonomik konumunu doğrulamıştır. Ayrıca, Eğirdir Gölü'ndeki Eustrongylides excisus türüne ait 3 örnek üzerinden 18S rDNA ve 28SrDNA gen dizileri ilk defa bu çalışmada tanımlanmış ve bu türe ait genetik özelliklerin belirlenmesi çalışmalarına katkı yapılmıştır.
Mentha pulegium L. ekstraktları kullanılarak çinko oksit nanopartikülünün yeşil sentezi, karakterizasyonu ve biyolojik aktiviteleri
Lamiaceae familyasında yer alan Mentha pulegium L. bitkisi günlük hayatta yaygın olarak geleneksel tıpta ve beslenmede kullanılmaktadır. Bu sebeplerden yola çıkarak toksik etkilerinin belirlenmesi oldukça önemlidir. Bitkilerin kullanım alanlarındaki çeşitlilik, bitkinin mevcut aktivitelerinin arttırılabileceğini göstermektedir. Bu çalışmada Mentha pulegium L. ekstraktı kullanılarak yeşil sentez yoluyla çinko oksit nanopartikülleri (ZnO) sentezlendi. ZnO nanopartiküllerinin karakterizasyonu için Görünür Bölge Spektrofotometresi (UV-Vis), Fourier Dönüşümlü Kızılötesi Spektroskopisi (FT-IR), X-Işını Difraksiyonu (XRD) ve Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) analizleri yapıldı. ZnO nanopartiküllerinin UV-Vis maksimum absorbans değeri 385 nm olarak tespit edildi. FT-IR analizinde ZnO nanopartikülleri 464 cm-1 değerinde pik gösterdi. XRD analizinde elde edilen sonuçlarda nanopartiküllerin 28.16 nm boyutunda olduğu belirlendi ve JCPDS (36-1451) modeline uyumlu bulundu. SEM analizindeki verilerde küresel ve altıgen şekle sahip olduğu görüldü. Mentha pulegium L. ekstraktı ve ZnO nanopartikülleri, A549 hücrelerine uygulanarak sitotoksik ve genotoksik etkileri 24 ve 48 saatlik uygulamalar yapılarak tespit edildi. MTT yöntemi ile belirlenen sitotoksisite sonuçlarında LD50 değeri 5 mg/mL olarak saptandı. Komet yöntemi ile belirlenen genotoksisite sonuçlarında ise en yüksek DNA hasarı 3.75 mg/mL konsantrasyonunda görüldü. ZnO nanopartiküllerinin antimikrobiyal aktivitesi belirlenirken Escherichia coli (ATTC 25922), Staphylococcus aureus (ATTC 29213), Candida albicans (ATTC 90028), Klebsiella pneumoniae (ATTC 700603) ve Salmonella enteritidis (ATTC 13076) mikroorganizma suşları üzerinde disk difüzyon testi kullanıldı. İnhibisyon değerlerinde en düşük konsantrasyonda S. aureus (12.5 mg/mL) ve en yüksek konsantrasyonda C. albicans (30 mg/mL)'a etki gösterdiği belirlendi. Disk difüzyon testinde 15.6-500 mg/mL konsantrasyonları aralığında doz uygulaması yapıldı ve tüm konsantrasyonlarda inhibisyon zonu oluştuğu görüldü. Elde edilen sonuçlar, M. pulegium L. ekstraktları ve sentezlenen ZnO nanopartiküllerinin antibakteriyel ve antifungal etkileri ve farklı kanser tiplerine karşı alternatif tedavi geliştirilmesinde etkili olabileceğini göstermektedir.
Tıbbi adaçayı (Salvia officinalis L.) bitkisinde nitrik oksit uygulamalarının fenolik bileşiklerin biyosentez yolakları üzerine etkisi
Nitrik oksit (NO), bitkilerde büyüme, gelişme ve stres tepkileri dahil olmak üzere çeşitli fizyolojik süreçlerde rol oynayan önemli bir sinyal molekülüdür. Son yıllarda, bitkilerde, özellikle de Salvia officinalis gibi tıbbi bitkilerde, fenolik maddelerin birikimini ve antioksidan kapasiteyi artırmada NO'nun rolünün anlaşılmasına yönelik ilgi artmaktadır. Bu nedenle bu çalışmada, S. officinalis yapraklarında dışsal NO uygulamalarının fenolik ve flavanoid içeriği, antioksidan kapasite ve fenolik asit kompozisyonunun yanı sıra fenolik bileşiklerin sentezinde rol oynayan bazı önemli genlerin ifadesi üzerindeki etkisi değerlendirilmiştir. S. officinalis fidelerinin yapraklarına 0, 100 ve 1000 M NO donörü dietilentriamin NONOat püskürtülmüştür. Son uygulamadan 24 saat sonra yaprak örnekleri analizler için hasat edilmiştir. Dışsal NO uygulaması, toplam fenolik ve flavonoid içeriğinin artmasına neden olmuştur. Ekstraktların antioksidan kapasiteleri tamamlayıcı yöntemlerle [toplam antioksidan kapasite (TAK), 1,1-difenil-2-pikrilhidrazil (DPPH) antiradikal kapasite, bakır iyonu indirgeyici antioksidan kapasite (CUPRAC) ve demir iyonu indirgeyici antioksidan potansiyel (FRAP)] test edilmiş ve NO uygulaması antioksidan aktiviteyi önemli ölçüde artırmıştır. HPLC analizi, ekstraktlarda ana bileşik olarak rosmarinik asidin varlığını ortaya çıkarmış ve 100 M NO uygulaması ferulik ve rozmarinik asit içeriğini artırmıştır. Dışsal NO uygulaması hem fenilpropanoid hem de tirozin türevli yolaklarda yer alan anahtar genlerin (PAL, C4H, 4CL, TAT, HPPR ve RAS) ifade seviyelerinde değişikliğe neden olmuştur. Bulgularımız, NO uygulamasından sonra S. officinalis'in yaprak dokularında PAL, TAT ve RAS ifade seviyelerindeki artışın fenolik asit içeriği ve antioksidan kapasite ile ilişkili olduğunu göstermektedir.
Mısır (Zea mays L.) fidelerinde sistein teşvikli kadmiyum toleransının transkriptomik analizleri
Kadmiyum (Cd), toprakta birikebilen, bitki büyümesi ve gelişimi için ciddi bir tehdit oluşturabilen oldukça toksik bir ağır metaldir. Sülfür içeren bir amino asit olan sisteinin (Cys), bitkilerdeki Cd detoksifikasyonunda çok önemli bir rol oynadığı gösterilmiştir. Bununla birlikte, mısır fidelerinde Cys aracılı Cd toleransının altında yatan moleküler mekanizmalar tam olarak anlaşılmamıştır. Bu nedenle bu çalışmada, mısır (Zea mays L. cv. Capuzi) fidelerinde Cys aracılı Cd detoksifikasyonunun olası moleküler mekanizmaları fizyolojik ve transkriptomik analizlerle araştırılmıştır. Hidroponik olarak büyütülen mısır fideleri 75 µM Cd ve 250 µM Cys uygulamalarına maruz bırakılmıştır. On gün sonra, muamele edilmiş mısır fideleri, büyüme, Cd birikimi, klorofil içeriği, enzimatik antioksidanları ve diferansiyel olarak ifade edilen genleri (DEG'ler) incelenerek metal tolerans mekanizmasını analiz etmek için hasat edilmiştir. Cd stresi, daha fazla Cd birikimine bağlı olarak fide büyümesini ve klorofil içeriğini azaltmıştır. Ayrıca Cd stresi, süperoksit dismutaz ve katalaz aktivitelerindeki azalmaya bağlı olarak lipid peroksidasyonu gibi oksidatif stres belirteçlerini arttırmıştır. Dışsal Cys uygulanmasının, Cd birikimini ve lipit peroksidasyonunu azaltarak ve fotosentetik pigmentleri ve antioksidan enzimlerin aktivitelerini iyileştirerek bitki büyümesi üzerinde koruyucu bir etkiye sahip olduğu belirlenmiştir. Karşılaştırmalı transkriptom analizi, Cd stresi altında 2422 genin ifade seviyesinin değiştiğini (953 artan ve 1469 azalan) göstermiş. Cys+Cd uygulamasında ise 2577 genin (1540 artan ve 1037 azalan) ifade seviyesi değişmiştir. Gen ontolojisi (GO) sınıflandırmasında, kontrol/Cd karşılaştırmasında küçük moleküllü metabolik süreç, transmembran taşıma ve karbohidrat metabolik süreci ile ilgili genler ve Cd/Cys+Cd karşılaştırmasında transmembran taşıma, fotosentez ve karbohidrat metabolik süreci ile ilgili çok sayıda DEG zenginleştirilmiştir. Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) zenginleştirme analizi, kontrol/Cd karşılaştırmasındaki DEG'lerin metabolik yollar, fotosentez ve ikincil metabolitlerin biyosentezi ile ilişkili olduğunu, Cd/Cys+Cd karşılaştırmasında ise DEG'lerin fotosentez, metabolik yollar ve fenilpropanoid biyosentezi ile ilişkili olduğunu ortaya koymaktadır. Sonuçlar, dışsal Cys uygulamasının fotosentez, klorofil biyosentezi, membran taşınımı, antioksidan enzim sistemi ve ikincil metabolit biyosentezi gibi farklı yollardaki genlerin ifadesini düzenleyerek mısır fidelerinin Cd toleransını iyileştirdiğini göstermiştir. Bu araştırma, tarımsal bitkilerin ağır metal stresine karşı toleransını iyileştirmek ve sonuçta tarımsal üretkenlik ve çevresel sürdürülebilirliğe fayda sağlamak için yenilikçi stratejilerin geliştirilmesine katkıda bulunma potansiyeline sahiptir.
Dapagliflozin'in genotoksisitesinin drosophila melanogaster'de COMET, SMART ve davranış testleriyle araştirilmasi
Bu çalışmada bir sodyum glikoz kotaşıyıcı inhibitörü olan, tip 2 diyabetes mellitus (T2DM) tedavisinde kullanılan ve klinik araştırmalarda karaciğer hasarının yanı sıra ilaç kullanımına bağlı bildirilen mesane ve meme kanseri vakalarının yarattığı endişe nedeniyle Dapagliflozin'in (DAPA) olası genotoksik ve sitotoksik etkilerinin Drosophila melanogaster üzerinde araştırılması amaçlanmıştır. DAPA, Amerika Birleşik Devletleri Gıda ve İlaç Dairesi izleme listesindedir ve ülkemizde de ek izleme listesinde yer alan bir ilaçtır. DAPA kullanımına bağlı olarak meme ve mesane kanser vakaları bildirilmesine rağmen hayvan deneylerinde kanser bulgusuna rastlanmamıştır. Ancak insan üzerindeki potansiyel etkileri hakkındaki bilgi eksikliği nedeniyle DAPA'nın genotoksik değerlendirmelerinin yapılması ve değerlendirmeler sonucu kullanımının tekrar gözden geçirilmesi oldukça önemlidir. Bu çalışma ile DAPA'nın 0.1, 1, 5 ve 10 mM olmak üzere dört farklı konsantrasyonunun D. melanogaster üzerinde davranış toksisitesi ve Comet testi ile DNA hasar tespiti araştırılmıştır. Bunun yanı sıra DAPA'nın 0.225, 0.45 ve 0.9 mM olarak belirlenen üç farklı konsantrasyonu ile genotoksik potansiyeli Drosophila Smart testi ile değerlendirilmiştir. Yapılan davranış toksisitesi deneylerinin sonuçlarına göre, larval ağırlıkta kontrol grubuna göre azalma tespit edilmiş ve 1, 5, 10 mM'lık dozlardaki bu azalış istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Larval sürünme ve negatif jeotaksis deney sonucunda ise son doz olan 10 mM'lık uygulama grubundaki azalmalar istatistiksel olarak anlam ifade etmiştir. Ergin birey oluşturma başarısında ise 5 ve 10 mM'lık uygulama gruplarındaki değişimler istatistiksel olarak anlamlı bulunurken, pupa oluşturma başarısı, pupa pozisyonu ve ergin birey ağırlık deneylerinde meydana gelen değişimler kontrol grubu ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak herhangi bir anlam ifade etmemiştir. D. melanogaster'de gerçekleştirilen Comet testi sonuçlarında kontrol grubu değerlerine kıyasla gerçekleşen değişimler tüm uygulama gruplarında anlamlı bulunmuştur. Smart test sisteminde ise 0.225, 0.45 ve 0.9 mM'lık uygulama dozlarından sadece son doz olan 0.9 mM'lık uygulama grubundaki frekans artışları istatistiksel olarak anlamlıdır. Yaygın kullanım alanına sahip olan DAPA'nın daha önceki yıllarda güvenirlik açısından piyasadan bir kez kaldırılmış ve sonrasında piyasaya tekrar sürülmüş olması, bu farmasötik ajanın farklı etkilerinin ortaya çıkarılması noktasında değişik test sistemleri ile değerlendirilmesi gerekliliğini ortaya koymaktadır. DAPA ile ilişkili bu test sistemleri ile elde edilen verilerin literatüre ilk kez kazandırılmış olması bu çalışmanın önemini artırıp, temel bir çalışma niteliği taşımaktadır.
Caryophyllaeus laticeps'in (Cestoda) DNA tabanlı moleküler tanımlaması
Bir balık sestodu olarak Caryophyllaeus laticeps üzerine yapılan bu çalışmada, Türkiye'de sazan (Cyprinus carpio) balıklarından izole edilen Caryophyllaeus laticeps türünün COX1 ve 18s rDNA dizileri ilk defa tanımlandı. Çalışmada BM-COX-F, BM-COX-R, 18s-C, 18s-Y primerleri kullanıldı. C. laticeps örneklerinin COX1 gen dizilerindeki nükleotid değerleri %26,93-27,24 A; %26,71-26,89 T; % 28,32-28,61 G; % 17,32-17,91 C idi. Pairwise ikili analiz sonucuna göre, mevcut araştırma örneklerinin COX1 dizi verileri ile GenBank'ta kayıtlı C. laticeps izolatları (KF051117, KF051131, KF051104, KF051093, KF051127, KF051129, KF051130, JQ034070, JQ034066, KY617009, KY617001, KT781573, KT781574) arasında tam bir uyum görüldü. Tüm C. laticeps izolatları Maximum Likelihood filogram analizinde aynı kümede toplandı. Morfolojik ve moleküler verilerin kombinasyonu gibi entegre bir yaklaşım metodu ile C. laticeps örneklerinin COX1 dizi verileri ve morfolojik özellikleri birlikte değerlendirildi. Bu verilere göre araştırma alanındaki C. laticeps örneklerinin morfotip 3 kladında oldukları rapor edildi. Çalışma sonucunda, Caryophyllaeus cinsinin yedi türünden biri olan ve beş morfotipin ayırt edildiği C. laticeps türünün morfolojik esnekliğini belirleme ve bu morfotiplerin coğrafik dağılışlarını tanımlama çalışmalarına katkıda bulunuldu.
Mısır (Zea mays L.) fidelerinde tiyoüre teşvikli kadmiyum toleransının biyokimyasal ve proteomik analizi
Toprağın kadmiyum (Cd) ile kirlenmesi, bitkilere olan yüksek toksisitesi nedeniyle dünya genelinde önemli bir çevresel sorundur. Hareketliliğinin kolay olması nedeniyle Cd bitkiler tarafından kolaylıkla alınmakta ve tarım ürünlerinin verimini olumsuz etkilemektedir. Tiyoüre (TÜ), kükürt içeren bir bitki büyüme düzenleyicisidir ve bir dizi gelişimsel, fizyolojik ve biyokimyasal değişimde rol oynamaktadır. TÜ uygulamasının, stresli koşullar altında bitkilerin büyümesini ve toleransını artırdığı bilinmesine rağmen, TÜ'nün mısır (Zea mays L.) fidelerinde Cd toleransı üzerindeki moleküler düzenleyici mekanizmaları hala net değildir. Bu nedenle, bu araştırma Cd stresi altındaki mısır fidelerinde TÜ uygulamasının iyileştirici etkisini fizyolojik ve proteomik analizlerle değerlendirmek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, hidroponik kültürde yetiştirilen beş günlük mısır fideleri, besin çözeltisine ilave edilen TÜ ve CdCl2'ün farklı uygulamalarına maruz bırakılmıştır: Kontrol (sadece besin çözeltisi), TÜ (35 μM), Cd (50 μM) ve TÜ+Cd (35 μM TÜ ve 50 μM Cd). Sonuçlar, Cd stresinin fide büyümesi ve klorofil içeriğini azalttığı, Cd stresi koşulları altında TÜ uygulamasının ise büyümeyi ve fotosentetik pigmentleri artırdığını ortaya koymuştur. Cd'a göre TÜ+Cd uygulaması mısır fidelerinin kökleri ve yapraklarında Cd birikimini azaltmıştır. Ek olarak, Cd stresi yaprak dokularındaki malondialdehit (MDA) içeriğini artırmıştır. Buna karşın, TÜ+Cd uygulamasının muhtemelen antioksidan enzimlerin aktivitelerini düzenleyerek MDA üretimini azalttığı belirlenmiştir. Katalaz (CAT) aktivitesindeki Cd teşvikli inhibisyon, TÜ+Cd uygulaması ile azalmıştır. Ayrıca TÜ+Cd uygulaması askorbat peroksidaz (APX) aktivitesinde ilave artışa neden olurken, guaiakol peroksidaz (POD) aktivitesinde azalmaya neden olmuştur. Kontrole göre Cd ve/veya TÜ+Cd uygulamalarına maruz bırakılan yapraklarda 1573 diferansiyal olarak ifade edilen protein (DEP) yüksek verimli proteom analizi (nLC˗MS/MS) ile tanımlanmıştır. Bu DEP'ler arasında, 1237 protein artan yönde düzenlenirken, 336 protein azalan yönde düzenlenmiştir. Gen ontolojisi (GO) ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) yolaklarının analizi ile tanımlanan DEP'lerin sitrat döngüsü (TCA döngüsü), fotosentez, glutatyon metabolizması, sistein ve metiyonin metabolizması, pirüvat metabolizması, glikoliz/glukoneogenez, metabolik yolaklar ve sekonder metabolitlerin biyosentezinde fonksiyon gördüğü saptanmıştır. Sonuç olarak, mısır fidelerinde proteomik analizlerle tespit edilen DEP'lerin TÜ teşvikli Cd toleransında önemli rolleri olduğu ileri sürülebilir.
Ödemiş (İzmir) ilçesinde kırmızı et ürünlerinin menşeinin DNA-bazlı belirlenmesi
Et ve et ürünleri, yüksek kaliteli protein maddeleri kaynağı olmaları nedeniyle değerli gıda kaynaklarıdır. Et ürünlerinde yanlış etiketleme ve tağşiş, bu gıda grubu için önemli zorluklar teşkil etmektedir. Et ve et ürünlerinin tür kökeninin tespit edilmesi, tüketicileri korumak için önemlidir. Et ve et ürünlerinin menşeini tanımlamak için hızlı ve basit yöntemler, kimlik doğrulaması için önemlidir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) gibi moleküler yöntemler, et türlerindeki tağşiş maddelerini tespit etmek ve miktarını belirlemek için geliştirilen güçlü tekniklerden biridir. Yöntemler arasında, TaqMan gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPZR) testi, et tür tayini için araştırılan güncel yöntemlerden biridir. Bu çalışmada, et ürünlerinde sığır, koyun ve tavuk bileşenlerin tespiti için TaqMan qPZR yöntemi ve türe özgü primer ve problarla analiz amaçlanmıştır. Numunelere ait et karışımlarından DNA izolasyonu, Eurofins GeneSpin DNA Isolation Kit ile üretici firmanın protokol önerileri takip edilerek yapılmıştır. Standart özellikli analiz kitleri yardımıyla, et ürünlerini meydana getiren tür menşeinin 0.01 ng gibi düşük yoğunlukta bile ayırt edilebileceği belirlenmiştir. Çalışma sonuçları, et ürünlerinde taklit ve tağşişlerin tespit edilmesi ve caydırma olgusu için TaqMan GZ-PZR yönteminin başarıyla uygulanabileceğini göstermiştir.
Mısır (Zea mays L.) fidelerinde tiyoüre teşvikli tuz toleransının transkriptomik ve proteomik analizleri
Tuz stresi, bitkisel üretimin önündeki en büyük kısıtlamaların başında gelmektedir. Bu araştırmada, mısırda (Zea mays L.) tuz stresine tolerans kazandırmak için tiyoüre (TÜ) kullanımının etki mekanizmasını ortaya koymak amacıyla fizyolojik, biyokimyasal, transkriptomik ve proteomik analizler gerçekleştirilmiştir. Mevcut araştırmada, mısır fideleri kontrol, TÜ (35 μM), NaCl (100 mM) ve TÜ+NaCl uygulamalarına maruz bırakılmıştır. Tuz stresi mısır fidelerinin gövde taze ve kuru ağırlığında önemli bir azalmaya neden olmuş, ortama TÜ ilavesi gövde taze ve kuru ağırlığını önemli ölçüde artırmıştır. Tuz stresi mısır fidelerinin yapraklarında MDA içeriğini artırmış ve antioksidan enzimlerin ifade seviyelerini değiştirmiştir. TÜ+NaCl uygulamasında MDA içeriğinde azalmaya neden olmuş ve antioksidan enzim aktivitesini teşvik etmiştir. Tuz stresi yaprak prolin içeriğinde önemli bir artışa neden olmuş, ortama TÜ ilavesi ile yaprak prolin birikimini önemli düzeyde azaltmıştır. Transkriptomik ve proteomik analizler, bitki gelişim evrelerine veya farklı çevresel faktörlere bağlı olarak ifadesinde değişiklik gösteren genlerin ve proteinlerin belirlenmesini sağlamaktadır. NaCl'ün tek başına ve TÜ ile birlikte uygulandığı durumlarda, mısır yaprak dokusunda ifadesi artan ya da azalan yönde değişen çok sayıda gen ve protein saptanmıştır. RNA−seq analizi ile NaCl'e göre TÜ+NaCl uygulamalarına maruz kalan mısır fidelerinin yapraklarında çoğu strese yanıtın belirteçleri olan 49 genin ifade profillerinde değişiklik gösterdiği belirlenmiştir. NaCl'e göre TÜ+NaCl uygulamasında, gen ontolojisi (GO) analizlerine göre DEG'lerin strese yanıt, sekonder metabolit biyosentezi, karbohidrat metabolizması, hücre duvarı sentezi ve hormon biyosentezi ile ilgili genler olduğu tespit edilmiştir. nLCMS/MS analizi ile kontrole göre NaCl ve NaCl'e göre TÜ+NaCl uygulamalarında 145 proteinin ifade seviyelerinde değişiklik gösterdiği tespit edilmiştir. GO analizlerine göre DEP'lerin fotosentez, taşıma sistemi, antioksidan sistem, protein metabolizması ve trikarboksilik asit döngüsü ve elektron taşıma sistemi ile ilgili proteinler olduğu tespit edilmiştir. İfadesinde değişiklik gösteren dokuz genin qPCR ile yapılan validasyon sonuçları, RNA−seq verileri ile korelasyon göstermiştir. TÜ uygulamasının tuz stresini hafifletmek için farklı sinyal ve efektör mekanizmalarını, mısırın erken fide gelişimi evresinde düzenlediği belirlenmiştir. Bu sonuçlar, bitkilerde TÜ'nün tuza tolerans kazanılması bakımından etkili bir biyodüzenleyici olarak kullanılma potansiyelinin olabileceğini göstermektedir.
Bazı Sideritis taksonlarında antioksidan potansiyel ve uçucu bileşen profillerinin belirlenmesi
Bu araştırmada, Denizli ve Antalya'nın yüksek kesimlerinde doğal olarak yayılış gösteren bazı endemik Sideritis taksonlarında toplam fenolik madde miktarı (TPC), toplam flavanoid madde miktarı (TFC),antioksidan kapasite ve uçucu bileşenlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada Sideritis galatica Bornm. (SG), Sideritis pisidica Boiss. & Heldr. apud Bentham (SP), Sideritis libanotica Labill. subsp. linearis (Bentham) Bornm. (SL) ve Sideritis stricta Boiss. & Heldr. (SS) türlerinin çay olarak tüketilen toprak üstü çiçekli kısımları %80'lik metanolde ekstrakte edilmiştir. TPC en yüksek (30.41 mg GAE/g) Sideritis galatica'da, TFC (25.89 mg KE/g) ve antioksidan kapasite (0.54 mg/mL) ise Sideritis stricta'da en yüksek saptanmıştır. GC-MS (Headspace) ile belirlenen uçucu bileşenleri bakımından SG'de -pinene, SP'de -myrcene, SL'de -pinene ve SS'de -pinene major bileşen olarak belirlenmiştir. İncelenen dört Sideritis taksonunun her birinin farklı biyolojik özellikler sergilediği belirlenmiştir. Uçucu bileşenlerinde ise her takson kendine özgü dominant bileşenleriyle farklılık göstermiştir. Bu bulgular, ilgili Sideritistaksonlarının farmakolojik ve aromatik açıdan potansiyel kullanım alanlarına ışık tutmaktadır.
Sorafenib ve lansoprazol kombinasyonunun hepatosellüler karsinom hücreleri üzerindeki sinerjistik antikanser etkilerinin in vitro analizleri
Karaciğer tümörünün en sık karşılaşılan türü olan Hepatosellüler Karsinoma (HSK) dünyada kanserin sebebiyet verdiği ölümlerin ilk sırasında yer almaktadır. HSK tedavisinde kullanılan tek kemoterapotik ilaç olan Sorafenib, uygulanan tedavilere kısıtlamalar getirmektedir. Bu sebeple kanser tedavisinde kullanılan halihazırda mevcut ajanla birlikte bitki kökenli maddeler veya ilaç kombinasyonları üzerinde çalışmalar gerçekleştirilmektedir. Bu tez çalışmasında HSK tedavisinde hem Sorafenib'in kombinasyonla birlikte etkisini arttırmak hem de yeni tedavi yöntemleri gerçekleştirmek amacıyla HSK olan HepG2 hücrelerinde ilaç kombinasyonlarının sinerjistik antikanser etkileri araştırılmıştır. Bu tez çalışmasında mevcut ajan olan Sorafenib ile proton pompa inhibitör grubundan bir antiülser ilaç olan Lansoprazol'ün belirlenmiş doz ve süre zarfında tek ve kombine şeklinde HepG2 hücrelerine maruz bırakılmasının ardından MTT yöntemi ile hücre canlılığı üzerindeki etkilerine bakılmıştır. Genotoksik etkilerinin belirlenmesi amacıyla Komet testi yapılmıştır. Böylelikle Sorafenib ve Lansoprazol kombinasyonunun HepG2 hücre DNA'sında bıraktığı hasar incelenmiştir. Ayrıca apoptoz bağlantılı genlerde mRNA düzeyindeki değişimlerin tespiti için PCR testi yapılmıştır. MTT sonucuna bağlı olarak Sorafenib ve Lansoprazol kombinasyon dozunun tekli olarak uygulanan dozlara kıyasla hücre canlılığının azalmasındaki etkisinin daha anlamlı olduğu görülmüştür. PCR sonuçlarına bakıldığında Bax, Bcl-2, Kaspaz-3 ve Tnf-ɑ protein seviyelerindeki değişmeler belirlenmiştir. Sonuç olarak kombine grupların tekli gruplara kıyasla apoptotik mekanizmayı indüklediği belirlenmiştir. Bu tez çalışması kapsamında sonuç olarak Sorafenib ile Lansoprazol kombinasyonunun HepG2 hücrelerindeki sitotoksik, sinerjistik ve anti-kanser etkileri in vitro olarak incelenmiş olup, Sorafenib ile Lansoprazol'ün antagonist etki gösterdiği tes-pit edilmiştir.
Sorafenib ve parasetamol kombinasyonunun hepatosellüler karsinom hücreleri üzerine antikanser etkilerinin in vitro analizleri
Karaciğer kanseri, dünya genelinde yüksek mortaliteye sahip kanser türleri arasında yer almaktadır. Hepatosellüler karsinom (HCC) en sık görülen primer karaciğer kanseri tipidir. HCC tedavisinde kullanılan Sorafenib'in sınırlı olan etkinliği ve ilaç direnci sorunları nedeniyle yeni kombinasyon türlerinin araştırılması da önem taşımaktadır. Parasetamol ise yaygın kullanılan bir ağrı kesici ve ateş düşürücü olup, yüksek dozlarda hepatotoksik ve olası antikanser etkiler gösterebilmektedir. Bu çalışmada, Sorafenib ve Parasetamol kombinasyonunun HepG2 insan karaciğer kanseri hücre hattı üzerindeki sitotoksik, genotoksik ve apoptotik etkileri in vitro olarak değerlendirilmiştir. Hücrelere 24 ve 48 saatlik sürelerle farklı dozlarda Sorafenib ve Parasetamol, tek başına ve kombinasyon halinde uygulanmıştır. Hücre canlılığı, MTT testi ile değerlendirilmiş ve Sorafenib için LD₅₀ =20 µM, Parasetamol için LD₅₀ = 5 mM olarak belirlenmiştir. DNA hasarı, Sorafenib 48 saatlik uygulamada Komet testi ile analiz edilmiş; en yüksek DNA hasarı 25.33 ± 4.16 değer ile 20 µM dozunda tespit edilmiştir. Buna en yakın DNA hasarı ise 23.33 ± 1.15, 20 µM Sorafenib + 5 mM Parasetamol 48 saatlik kombinasyon uygulamasında gözlenmiştir. Ayrıca, BAX, BCL-2, kASPAZ-3 ve TNF-Α gen ekspresyonları qRT-PCR ve protein düzeyleri ELISA yöntemi ile analiz edilmiştir. Sonuçlar, kombinasyon uygulamasının BAX ve KASPAZ-3 ekspresyonunu artırırken, BCL-2 düzeylerini azalttığını ve TNF-Α düzeylerini yükselttiğini göstermektedir. Bu bulgular, Sorafenib ve Parasetamol kombinasyonunun HepG2 hücrelerinde doza ve süreye bağlı olarak güçlü sitotoksik ve genotoksik etkiler oluşturduğunu, apoptotik yolakları aktive ettiğini ve olası sinerjistik antikanser etkiye sahip olabileceğini göstermektedir. Bu veriler, HCC tedavisinde kombinasyon stratejilerinin potansiyelini vurgulamakta ve ileri preklinik çalışmalar için önemli bir temel oluşturmaktadır.
Sorafenib ve favipiravir kombinasyonunun hepatosellüler karsinom hücreleri üzerine antikanser etkilerinin in vitro analizleri
Hepatosellüler karsinom (HSK), karaciğerin en yaygın görülen malign tümörü olup, dünya genelinde kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenlerinden biridir. Genellikle kronik karaciğer hastalıkları, hepatit virüsleri (HBV, HCV), alkol tüketimi ve siroz gibi etkenlerle ilişkilendirilen HSK'nin tedavisinde sistemik kemoterapiler sınırlı başarı sağlamaktadır. HSK tedavisinde yaygın olarak kullanılan ve hedefe yönelik ilk onaylı ajan olan Sorafenib, hücre proliferasyonunu ve anjiyogenezi baskılayarak tümör büyümesini engellemekte, ancak zamanla tedaviye karşı gelişen direnç mekanizmaları ve yan etkiler nedeniyle tek başına yeterli etkinlik gösterememektedir. Bu nedenle, Sorafenib'in farklı ilaçlarla kombine kullanımı, tedavi etkinliğini artırma ve direnç gelişimini önleme açısından önemli bir araştırma alanı haline gelmiştir. Bu tez çalışmasında, antiviral ajan olarak bilinen ve RNA polimeraz inhibitörü etkisiyle ön plana çıkan Favipiravir ile Sorafenib'in birlikte kullanımının HSK üzerindeki antikanser etkileri in vitro olarak değerlendirilmiştir. Araştırmada, insan HSK hücre hattı olan HepG2 hücreleri kullanılmış ve ilaçların belirlenen dozlarda tekli ve kombine uygulamaları gerçekleştirilmiştir. Uygulama sonrasında hücre canlılığı MTT testi ile ölçülmüş, genotoksik etkiler Komet testi ile değerlendirilmiş ve apoptotik genlerdeki değişimler qRT-PCR (Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemiyle analiz edilmiştir. Ayrıca, ELISA testi ile protein düzeylerindeki değişimler de incelenmiştir.Çalışma sonuçları, Sorafenib ve Favipiravir kombinasyonunun hücre canlılığını tek başına uygulanan ilaçlara kıyasla daha anlamlı bir şekilde azalttığını ortaya koymuştur. Apoptozla ilişkili genlerden BAX, BCL-2, KASPAZ-3 ve TNF-α'nın ekspresyon düzeylerinde anlamlı düzeyde değişiklikler gözlemlenmiş ve bu kombinasyonun apoptoz mekanizmalarını aktive ettiği belirlenmiştir. Komet testi bulguları ise kombinasyon grubunda DNA hasar düzeylerinin arttığını ve bu durumun genotoksik etkiyi işaret ettiğini göstermiştir. Sonuç olarak, elde edilen veriler doğrultusunda Sorafenib ve Favipiravir kombinasyonunun HepG2 hücreleri üzerinde sinerjistik, sitotoksik ve antikanser etkiler oluşturduğu belirlenmiştir. Bu bulgular, söz konusu kombinasyonun HSK tedavisinde yeni bir terapötik yaklaşım olarak değerlendirilebileceğini göstermektedir. Ayrıca bu çalışma, ileriye dönük preklinik ve klinik araştırmalara temel oluşturabilecek nitelikte önemli veriler sunmaktadır.
Hepatosellüler kanser hücrelerinde sorafenib, spirulina platensis ektresi ve kombine uygulamalarının antikanser etkilerinin araştırılması
Hepatosellüler karsinom, dünya genelinde yüksek ölüm oranlarına sahip olan en yaygın primer karaciğer tümörlerinden biridir. Hastalığın ileri evrelerinde sistemik tedavi seçeneği olarak kullanılan Sorafenib, hücre proliferasyonunu baskılayan, anjiyogenezi engelleyen ve apoptozu indükleyen bir multikinaz inhibitörü olarak bilinmektedir. Ancak Sorafenib'in tek başına kullanımı sınırlı etkinlik göstermekte ve çeşitli advers etkilerle birlikte direnç gelişimi riski taşımaktadır. Bu durum, tamamlayıcı ve sinerjik etki gösterebilecek yeni ajanların araştırılmasını gerekli kılmaktadır. Bu tez çalışmasında, doğal kaynaklı bir mikroalg olan Spirulina platensis'in Sorafenib ile kombine olarak hepatosellüler karsinom hücreleri üzerindeki antikanser etkileri ilk kez araştırılmış ve çalışmanın özgünlüğü bu bileşimin deneysel olarak değerlendirilmiş olmasıyla ortaya konmuştur. Çalışmada, kanser hücresi modeli olarak insan hepatosellüler karsinom hücre hattı (HepG2) ve sağlıklı hücre modeli olarak insan göbek kordonu ven endotel hücre hattı (HUVEC) kullanılmıştır. Hücrelere 24 ve 48 saatlik inkübasyon süreleri boyunca farklı konsantrasyonlarda Sorafenib (1–15 µM) ve Spirulina platensis ekstraktı (1–100 µg/mL) uygulanmıştır. Uygulanan bu tedavi rejimlerinin etkileri hücre canlılığı, gen ve protein ekspresyon düzeyleri ile DNA hasarı yönünden değerlendirilmiştir. Hücre canlılığı, hücresel metabolik aktiviteye duyarlı MTT testi ile belirlenmiş; gen ekspresyon düzeyleri, apoptozis ve inflamasyonla ilişkili BAX, CASP3, BCL-2 ve TNF-α genleri üzerinden qRT-PCR yöntemiyle analiz edilmiştir. Bu genlerin translasyon düzeyinde karşılık gelen protein miktarları ise ELISA yöntemi ile ölçülmüştür. Ek olarak, Komet testi ile uygulanan ajanların hücre DNA'sında oluşturduğu hasar düzeyleri değerlendirilmiştir. Elde edilen veriler, 5 µM Sorafenib ile 100 µg/mL Spirulina ekstraktının kombinasyon halinde uygulandığında HepG2 hücre canlılığında anlamlı bir azalma sağladığını, buna karşın HUVEC hücrelerinde hücre hayatta kalım oranlarının görece daha yüksek olduğunu ortaya koymuştur. Moleküler düzeyde, BAX ve CASP3 genlerinin yukarı regülasyonu ile apoptozun arttığı, BCL-2 geninin baskılanması ile antiapoptotik etkinin azaldığı ve TNF-α geninde meydana gelen değişikliklerin anti-enflamatuar bir yanıtı desteklediği belirlenmiştir. ELISA sonuçları gen düzeyinde elde edilen bulguları doğrulamış; Komet Test verileri ise özellikle yüksek doz kombinasyonlarında DNA hasarının arttığını göstermiştir. Bu bulgular doğrultusunda, Spirulina platensis'in Sorafenib ile birlikte kullanımının Hepatosellüler karsinom tedavisinde sinerjik bir antikanser etki oluşturabileceği ancak bu etkinin doz ve hücre tipi bağımlı olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Çalışma, doğada bulunan biyoaktif bileşiklerin modern tıbbi ajanlarla birlikte kullanımının, geleneksel tedavilere katkı sağlayabileceğini göstermesi açısından önemli bir öncü nitelik taşımaktadır.
Kurşun stresine maruz kalan mısır (zea mays L.) fidelerinde tiyoüre uygulamasının iyileştirici etkilerinin araştırılması
Bu çalışmada, mısır (Zea mays L. cv. Capuzi) fidelerinde büyüme, klorofil içeriği, kurşun birikimi, lipid peroksidasyonu, antioksidan enzim aktiviteleri ve transkriptom değişimleri üzerine kurşunun (Pb) olumsuz etkilerinin yanı sıra bu olumsuz etkilerin tiyoüre (TÜ) ile iyileştirilme potansiyeli araştırılmıştır. Mısır fideleri kontrol, TÜ, Pb ve TÜ+Pb uygulamalarına maruz bırakılmış ve fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler parametreler değerlendirilmiştir. Pb, fidelerin hem gövde hem de kök taze ve kuru ağırlıklarında önemli düzeyde (p <0.05) azalmalara neden olmuştur. Pb teşvikli bu azalma, TÜ uygulaması ile önemli düzeyde hafifletilmiş, özellikle kök kuru ağırlığında %65.50 oranında iyileşme belirlenmiştir. Pb stresine maruz kalan mısır fidelerinin gövdelerine göre köklerinde daha yüksek düzeyde Pb birikimi belirlenmiştir. Bu Pb birikimi, TÜ uygulaması ile yalnızca gövde dokularında önemli düzeyde (%18.77) azalmıştır. Ayrıca, Pb stresi klorofil içeriğini önemli düzeyde (%63.4) azaltmış, bu azalmanın TÜ uygulaması ile önemli düzeyde arttığı (%60.0) belirlenmiştir. Lipid peroksidasyonu göstergesi olan malondialdehit (MDA) içeriği Pb uygulamasıyla artmış, ancak TÜ uygulaması MDA içeriğini kontrol seviyesine düşürmüştür. Pb uygulaması, katalaz (CAT) hariç diğer antioksidan enzimlerin [süperoksit dismutaz (SOD), askorbat peroksidaz (APX), guaiakol peroksidaz (POD)] aktivitelerini artırmıştır. Diğer taraftan, Pb'a göre TÜ+Pb uygulamasında SOD, CAT ve APX aktivitelerinde azalma ve POD aktivitesinde artma belirlenmiştir. Bu çalışmada kontrol, Pb ve TÜ+Pb uygulamalarına maruz bırakılan mısır fidelerinin yaprak dokularında RNAseq analizi gerçekleştirilmiş ve Pb toksisitesine karşı yanıt mekanizmaları ile TÜ uygulamasının iyileştirici etkileri araştırılmıştır. Analizler sonucunda, kontrol ile Pb karşılaştırmasında 204 artan ve 357 azalan yönde; kontrol ile TÜ+Pb karşılaştırmasında 1.037 artan ve 718 azalan yönde; Pb ile TÜ+Pb karşılaştırmasında ise 171 artan ve 175 azalan yönde diferansiyel olarak ifade edilen gen (DEG) belirlenmiştir. Uygulamalar arasında ortak olarak ifade edilen 253 DEG, Pb stresine karşı TÜ'nün düzenleyici rolünü ortaya koyan önemli adaylar olarak öne çıkmıştır. Fonksiyonel zenginleştirme analizleri, Pb uygulamasının fotosentez, karbon fiksasyonu ve enerji metabolizmasıyla ilişkili genleri baskıladığını, buna karşılık TÜ+Pb uygulamasının özellikle kükürt ve glutatyon metabolizması, küçük molekül süreçleri ve antioksidan savunma ile ilişkili yolakları uyardığını göstermiştir. RNAseq sonuçlarının güvenilirliği, on genin qRTPCR analiziyle doğrulanmış ve elde edilen ifade profillerinin RNAseq verileriyle uyumlu olduğu gösterilmiştir. Biyodüzenleyici olan TÜ'nün Pb stresinin olumsuz etkisini büyüme, pigment düzeyi ve oksidatif stres gibi parametreler üzerinde koruyucu ve düzenleyici bir etkiye sahip olarak iyileştirdiği ve mısırın erken büyüme ve gelişme evresini olumlu yönde etkilediği saptanmıştır. Bu bulgular, TÜ uygulamasının Pb toksisitesine karşı mısır fidelerinde büyüme, pigment düzeyi ve oksidatif stres parametreleri üzerinde koruyucu ve düzenleyici bir etkiye sahip olduğunu göstermektedir.
Brassica elongata (Brassicaceae) bitkisinde fenolik madde içeriği ve antioksidan kapasitesinin belirlenmesi
Brassicaceae familyası, dünya genelinde en yaygın tüketilen bitki grupları arasındadır. Çeşitli fenolik bileşikleri nedeniyle, araştırmalar giderek potansiyel farmakolojik uygulamalarına odaklanmaktadır. Bu çalışmada, Brassica elongata'nın yaprak, çiçek ve meyve dokularından elde edilen metanol ekstraktlarının toplam fenolik ve flavonoid içeriğini ve antioksidan özelliklerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Özütlerin antioksidan kapasitesini test etmek için radikal süpürme yeteneği (DPPH), metal iyonu indirgeme potansiyeli (CUPRAC ve FRAP) ve toplam antioksidan kapasite (fosfomolibden) testleri dahil olmak üzere dört test kullanılmıştır. Ayrıca, mevcut fenolik bileşikleri tanımlamak için sıvı kromatografisi-tandem kütle spektrometrisi (LC-MS/MS) kullanılmıştır. Bulgular, yaprak özütlerinin en yüksek toplam fenolik ve flavonoid içeriğini sergilediğini, en yüksek içeriğin yaprak (sırasıyla 61,4 mg GAE/g özüt ve 53,2 mg KE/g ekstrakt), çiçek (sırasıyla 31,7 mg GAE/g özüt ve 29,6 mg KE/g ekstrakt) ve meyve (21,2 mg GAE/g ekstrakt ve 44,1 mg KE/g ekstrakt) ekstraktlarından elde edildiğini ortaya koymuştur. Yaprak ekstraktı (221,1 mg AAE/g ekstrakt), çiçek (162,3 mg AAE/g ekstrakt) ve meyve (165,8 mg AAE/g ekstrakt) ekstraktlarından önemli ölçüde daha yüksek toplam antioksidan aktivite göstermiştir. En yüksek DPPH temizleme aktivitesi çiçek (58,6 mg TE/g ekstrakt) ve yaprak (56,9 mg TE/g ekstrakt) ekstraktlarından elde edilmiştir. En yüksek FRAP değerleri çiçek ekstraktlarında (17,3 mg TE/g ekstrakt) belirlenirken, bu değeri meyve (14,8 mg TE/g ekstrakt) ve yaprak ekstraktı (10,9 mg TE/g ekstrakt) takip etmiştir. Diğer taraftan, en yüksek CUPRAC değeri yaprak ekstraktında (0,48 mM TE/g ekstrakt) belirlenirken, bu değerler çiçek ve meyve ekstraktlarında sırasıyla 0,37 mM TE/g ekstrakt ve 0,33 mM TE/g ekstrakt olarak belirlenmiştir. Tüm dokularda en baskın fenolik bileşik olarak hiperozit belirlenirken en yüksek konsantrasyon (897,7 g/g ekstrakt) yaprak dokularında belirlenmiştir. Mevcut çalışma, B. elongata bitkisinin önemli antioksidan özelliklere sahip olduğunu ve terapötik amaçlar için yeni bir doğal antioksidan olarak kullanılabileceğini göstermiştir.
Campanula cymbalaria (Campanulaceae) türünün fitokimyasal bileşimi ve potansiyel antioksidan aktivitesinin araştırılması
Mevcut tez çalışmasında, Campanula cymbalaria var. papillosa bitkisinin yaprak ve çiçek dokularından elde edilen metanol (MetOH) ekstraktlarının antioksidan özellikleri ve fenolik bileşik içerikleri kapsamlı şekilde değerlendirilmiştir. Yaprak ve çiçek MeOH ekstraktlarında toplam fenolik madde içeriği (TFC) sırasıyla 54.39 mg GAE/g ve 40.80 mg GAE/g olarak belirlenmiştir. Toplam flavonoid içeriği (TFC) ise yaprak ekstresinde 58.89 mg QE/g, çiçek ekstresinde ise 33.54 mg QE/g bulunmuştur. Toplam antioksidan kapasite değerlendirildiğinde, yaprak ekstresinin 150.98 mg AE/g, çiçek ekstresinin ise 122.83 mg AE/g askorbik asit eşdeğerine sahip olduğu tespit edilmiştir. CUPRAC yöntemi ile belirlenen bakır iyonu indirgeyici kapasite yapraklarda 128.73 mg TE/g, çiçeklerde 99.18 mg TE/g ve FRAP yöntemiyle ölçülen demir iyonu indirgeyici kapasite ise yapraklarda 63.24 mg TE/g, çiçeklerde 61.79 mg TE/g olarak saptanmıştır. Ayrıca, yaprak ve çiçek MeOH ekstraktlarının ABTS⁺ ve DPPH radikal süpürme aktiviteleri de değerlendirilmiş olup, yaprak ekstresinin ABTS⁺ aktivitesi 74.39 mg TE/g ve DPPH aktivitesi 69.39 mg TE/g; çiçek ekstresinin ise ABTS⁺ aktivitesi 50.03 mg TE/g ve DPPH aktivitesi 54.99 mg TE/g olarak bulunmuştur. Fenolik asit kompozisyonları 53 standart kullanılarak yapılan LC-MS/MS analizinde 25 fenolik asit belirlenmiştir. Fenolik bileşikler arasında en yüksek değere sahip olan kuinik asit yaprak dokusuna (38.253 mg analit/ekstrakt) göre çiçek dokusunda (54.418 mg analit/ekstrakt) daha yüksek miktarda saptanmıştır. Diğer yüksek değere sahip siranosid ise çiçeğe (11.868 mg analit/ekstrakt) göre yaprak (19.615 mg analit/ekstrakt) dokusunda daha fazla miktarda bulunmuştur. Tannik asit, astragalin, kersetin, naringenin, hesperedin ve kampeferol bileşikleri yalnızca çiçek dokusunda belirlenmiştir. Bu veriler, C. cymbalaria var. papillosa bitkisinin özellikle yaprak dokusunun yüksek fenolik içerik ve güçlü antioksidan kapasiteye sahip olduğunu göstermektedir.
Rosa canina L. meyve ekstraktlarının fitokimyasal bileşimi ve antioksidan aktivitesi üzerine kurutma sıcaklıklarının etkisi
Bu çalışmada, taze ve farklı kurutma sıcaklıklarına (50 ve 70°C) maruz bırakılan kuşburnu (Rosa canina) meyvelerinin metanol ekstraktları üzerinde fenolik içerik, flavonoid profili, antioksidan kapasite ve enzim inhibisyon aktiviteleri incelenmiştir. LC–MS/MS analizi sonucunda toplam 53 fenolik bileşik arasında kinik asit baskın olarak saptanmış; gallik asit, protokateşik asit, tanik asit, elagik asit ve çeşitli flavonoidler (mikelianin, izokersitrin, kersitrin, kersetin, astragalin, naringenin, luteolin, apigenin, amentoflavon, akasetin) tespit edilmiştir. Kurutma işlemi kinik asitte başlangıçta artışa neden olurken, yüksek sıcaklıkta düşüş gözlenmiştir. Gallik asit, protokateşik asit ve elagik asit ise kurutma sıcaklığıyla birlikte artış göstermiştir. Toplam fenolik madde içeriği taze örneklerde en yüksek (65,05 mg GAE/g ekstrakt) olarak belirlenmiş, 50°C'de kurutulan örneklerde 43,60 mg GAE/g, 70°C'de ise 33,79 mg GAE/g değerleri gözlenmiştir. Buna karşılık toplam flavonoid içeriği taze örneklerde 2,59 mg QE/g iken, 70°C'de kurutulan örneklerde 3,33 mg QE/g ekstrakt ile en yüksek değere ulaşmıştır. Antioksidan kapasite değerlendirmeleri (TAK, FRAP, CUPRAC, DPPH, ABTS) kurutma sıcaklığının artmasıyla önemli ölçüde azalmış, en yüksek değerler taze örneklerde ölçülmüştür. Enzim inhibisyonu çalışmalarında, asetilkolinesteraz (AChE) ve bütirilkolinesteraz (BChE) inhibisyon aktiviteleri kurutma sıcaklığıyla hafifçe artarken, tirozinaz inhibisyonu taze örneklerde en yüksek olup kurutmayla azalma göstermiştir. Karbonhidrat metabolizmasında görevli α-amilaz aktiviteleri örnekler arasında değişmemiş, α-glukozidaz inhibisyonu ise kurutma sıcaklığına göre farklılık göstermiştir. Bu sonuçlar, kuşburnu meyvelerinin fenolik içerik, antioksidan kapasite ve bazı enzim inhibisyon potansiyellerinin kurutma sıcaklığına duyarlı olduğunu göstermektedir; özellikle 50°C'de kısa süreli kurutmanın fenolik içerik ve antioksidan kapasitenin korunmasında daha uygun olduğu görünmektedir.
Hydrachna processifera, Eylais setosa ve Hydrodroma despiciens (Acari,Hydrachnidia) türlerinde yağ asitlerinin moleküler taksonomik açıdan değerlendirilmesi
Bu araştırmada, Karamık Gölü'nden toplanan su kenesi (Acari, Hydracnidia) türlerinden, Hydrachna processifera, Eylais setosa ve Hydrodroma despiciens'in yağ asiti kompoziyonu gaz kromotografisi(GC) ile analiz edilmiştir. Doymuş yağ asitlerinden miristik asit (C14:0), palmitik (C16:0), Heptadekanoik (C17:0) ve stearik asit (C18:0) yüksek oranda bulunmuştur. Toplam doymuş yağ asiti oranları, türler arasında önemli derecede farklılık göstermiştir (p<0,05). Palmitoleik (C16:1), oleik (C18:1) ve erusik (C22:1) asit en fazla bulunan tekli doymamış yağ asitleridir. Toplam tekli doymamış yağ asitleri oranı türler arasında önemli ölçüde farklılık göstermiştir (p<0,05). Başlıca çoklu doymamış ω3 yağ asitleri linolenik (C18:3ω3), eikosatrienoik (C20:3ω3), eikosapentaenoik (C20:5ω3) ve dokosaheksaenoik (C22:6ω3) asit; ω6 yağ asitleri ise linoleik (C18:2ω6), γ-linolenik (C18:3ω6), eikosadienoik (C20:2ω6) ve araşidonik (C20:4ω6) asittir. Çoklu doymamış yağ asitleri arasında da türler arasında önemli ölçüde farklılıklar gözlenmiştir (p<0,05). Bu çalışmada Hydrachna processifera, Eylais setosa ve Hydrodroma despiciens türlerinin morfolojik özellikleri, Türkiye'deki ve dünyadaki yayılış alanları verilmiş ve yağ asiti oranları karşılaştırılmıştır.
Farklı boyutlardaki Fe2O3 nanopartiküllerinin genotoksik potansiyellerinin drosophila melanogaster somatik hücreleri ve allium test yöntemleri ile araştırılması
Nanopartiküller (NP) doğada yaygın olarak bulunmaktadır. Örneğin tüm biyolojik sistemlerde var olan proteinler gibi metal oksit nanopartikülleri de kolaylıkla üretilebilmektedir. Benzersiz manyetik özelliklere sahip olan demir oksit nanopartikülleri (Fe2O3 NP) birçok biyomedikal, biyomühendislik ve in vivo uygulamalarda, doku onarımı da dahil manyetik rezonans görüntüleme, immunoassay, ilaç dağıtımı, hipertermi ve biyolojik sıvıların detoksifikasyonu için yüksek bir potansiyele sahiptir. Nanopartiküller; çeşitli yüzey modifikasyonuna sahip olmasına rağmen biyolojik olarak parçalanamayan biyouyumlu maddelerdir. Ancak nanopartiküllerin toksik potansiyeli hala önemli bir husustur. Bu nedenle nanopartiküllerin etkilerini öğrenmek için daha fazla çalışma yapılması gereklidir. Bu çalışmada Fe2O3'in farklı formlarının (<50 nm, <100 nm ve iyonik) muhtemel genotoksik etkisi Drosophila melanogaster'de (D. melanogaster) kanat somatik mutasyon ve rekombinasyon testi (SMART) ve Allium test yöntemi kullanarak belirlenmesi amaçlandı. SMART yöntemi için, genomlarında çekinik flare (flr3) ve çoklu kanat kılı (mwh) genlerini taşıyan üçüncü evre transheterozigot larvalar söz konusu Fe2O3'ün NP ve iyonik formunun dört farklı konsantrasyonu (1mM, 2 mM, 5 mM ve 10 mM ) ile kronik olarak beslenmiştir. Söz konusu Fe2O3'ün genotoksik etkileri, larvaların kanat imajinal disk hücrelerinde meydana gelen genetik değişimlerin sonucunda oluşan mutant trikomlara göre değerlendirildi. <100 nm NP ve iyonik form uygulamasında toplam klonlarda genotoksik etki gözlenmezken; <50 nm Fe2O3 NP'ünün 1 ve 10 mM'lık konsantrasyon uygulanması ile elde edilen sonuçlarda toplam klonlarda genotoksik etki gözlenmiştir. Allium test hızlı, güvenilir, uygulanması kolay ve ekonomik bir test sistemidir. Ayrıca prokaryotik veya ökaryotik canlılarla yapılan diğer, alternatif kısa dönem toksisite test sistemleriyle iyi bir korelasyon göstermektedir. Fe2O3'in farklı formlarının (<50 nm, <100 nm ve iyonik) Allium cepa (A. cepa) kök ucu hücrelerindeki mitoz bölünme ve kromozomlar üzerine olan etkileri incelendi. <100 nm Fe2O3 NP'ü için Allium kök büyüme inhibisyon testinde EC50 değeri 5 mM olarak belirlendi ve Fe2O3 NP'ünün 0,5xEC50, EC50 and 2xEC50 konsantrasyonları soğan kök hücrelerine uygulandı. Distile su ve metil metan sülfanat (MMS, 10 ppm) sırasıyla negatif ve pozitif kontrol grubu olarak kullanıldı. A. cepa'nın hücre döngüsü 24 saat olduğu için uygulama süresi 24 ve 96 saat olarak belirlendi. <50 nm Fe2O3 NP ve iyonik formunun uygulama süresi 4 saat olarak belirlendi. Mitotik indeks ve mitotik faz frekansları her bir konsantrasyon ve süre için ayrı ayrı hesaplandı. <100 nm boyutundaki Fe2O3 NP'ünün mitotik faz frekanslarına etkisi incelendiğinde kontrol grubuna göre 24 saatlik uygulamanın 5 mM'lık konsantrasyonu, 96 saatlik uygulamanın ise tüm konsantrasyonlarının faz frekansları istatiksel açıdan anlamlı bulundu. Ayrıca <50 nm Fe2O3 NP'ünün ve iyonik formunun 4 er saatlik uygulamalarının ise tüm konsantrasyonlarının faz frekansları istatiksel açıdan anlamlı bulundu. Anafaz telofaz hücrelerinde kalgın kromozom, bozulmuş anafaz telofaz, yapışıklık ve anafaz köprüsü gözlemlendi. Komet testinde; Fe2O3 NP'ünün <100 nm boyutunun 24 ve 96 saat'lik uygulama süresine ve konsantrasyon artışına; <50 nm boyutunun ve iyonik formunun 4'er saatlik uygulamanın konsantrasyon artışına bağlı olarak DNA hasarındaki artış istatistiksel açıdan önemli olduğu bulundu (p<0,05). Sonuç olarak çalışmamızda kullanılan test sistemlerinde, Fe2O3'ün <50 nm boyutunun <100 nm boyutu ve iyonik formuna göre genotoksisiteyi indüklediği gözlendi. NP ve iyonik formu kıyaslandığında küçük boyutlu ve geniş yüzeye sahip olan maddelerin daha toksik olduğu sonucuna varılmıştır.
Türkiye endemiği Thermopsis turcica'da farklı gelişim evrelerindeki çiçeklerin karşılaştırmalı proteomik analizleri
Çiçek gelişimi birçok çevresel uyarıcı ve içsel sinyal tarafından kontrol edilen karmaşık bir fizyolojik olaydır. Şimdiye kadar birkaç moleküler çalışma çiçek gelişimi ile ilgili fizyolojik süreçler hakkında önemli bilgiler sağlamış olmasına karşın çiçek gelişimi sırasında meydana gelen proteom değişimleri hakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada tek bir çiçekte 3-4 serbest karpele sahip sıra dışı legüm türü ve Türkiye endemiği Thermopsis turcica Kit Tan, Vural & Küçüködük bitkilerinde çiçek gelişimi sırasında gerçekleşen proteom değişimleri araştırılmıştır. Çiçek tomurcukları ve tamamen açmış çiçeklerinden protein ekstraksiyonu yapılmış ve iki-yönlü jel elektroforezi (2-DE) ile bu proteinler ayrıştırılmıştır. Görüntü analizleri çiçek gelişimi sırasında 66 protein beneğinin farklı şekilde ifade olduğunu ortaya çıkarmıştır. Bu proteinlerden 32'si MALDI-TOF/TOF (matrix-assisted laser-desorption ionization-time of flight/time of flight) kütle spektrometrisi (MS) ve veri tabanı taraması ile başarılı bir şekilde tanımlanmıştır. Çiçek gelişimi sırasında farklı şekilde ifade olan bu proteinlerin transkripsiyon ve protein metabolizması, enerji ve karbonhidrat metabolizması, bitki savunma sistemi, fotosentez, hücre çeperi, sekonder metabolizma ve amino asit metabolizmasında fonksiyon gördüğü belirlenmiştir. Bununla birlikte, tanımlanan birçok proteinin ifade seviyesinin tamamen açmış çiçeklerde azalan yönde düzenlendiği bulunmuştur. Protein metabolizması, şeker metabolizması ve stres savunması ile ilişkili birçok proteinin çiçek gelişimi sırasında düzenlenmesi bu proteinlerin gelişimsel regülasyondaki muhtemel rollerini göstermektedir. Bu sonuçlar, çiçek gelişimi sırasında meydana gelen proteom değişimleri hakkında yeni bilgiler sağlamıştır.
Meyve posalarının biyoenerji kaynağı olarak kullanılabilirliği
Bu araştırmada Biyodizelin üretim maliyetinin düsürülmesi adına son yıllarda dünyada pek çok çalışma yapılmaktadır. Bu çalışmaları mikrobiyal hücrelerde biriktirilen yağların biyodizel üretiminde hammadde olarak kullanımları ve kimyasal katalizörlerin yerine mikrobiyal lipazların kullanımları olmak üzere iki önemli başlık altında toplamak mümkündür. Bu amaçla, gerçekleştirilen bu projede meyve posalarından izole edilen fungusların lipit birikimleri belirlenerek. Hücrelerden elde edilen lipitler alkali bir katalizörle transesterifikasyon reaksiyonuna uğratıldıktan sonra olusan yag asidi metil esterleri (biyodizel) Gaz Kromatografi cihazında belirlenmiştir
Endoplazmik retikulum stres modeli oluşturulan insan meme kanseri (MCF-7) hücrelerinde linearolün endoplazmik retikulum stres markerleri üzerine etkilerinin araştırılması
Kanser, hücrelerin kontrolsüz çoğalmalarına, bağışıklık sisteminin denetiminden kaçmalarına ve sonuç olarak dokularda metastazlar oluşturmalarına neden olan işlevsel ve davranışsal farklılıklar geçirdikleri çok aşamalı bir süreçtir. Meme kanseri, meme epitel dokusundaki kötü huylu hücrelerin kontrolsüz büyümesiyle karakterizedir. Hastalık her iki cinsiyette de etkili olabilmektedir. Endoplazmik retikulum (ER) protein sentezinin düzenlenmesi, proteinlerin katlanması, kalsiyum depolaması, kolesterol ve lipid-membran biyosentezinin kontrolü gibi normal hücresel süreçler için gerekli olan önemli bir organel türüdür. ER'de yanlış katlanmış proteinlerin birikmesi, yeni başlayan protein sentezini azaltan, protein katlanmayı kolaylaştıran ve yanlış katlanmış proteinlerin proteozomal bozunmasını arttıran bir koruyucu tepki olarak katlanmamış protein yanıtı (UPR) oluşturulur. Bu araştırmada, insan meme kanseri (MCF-7) hücrelerinde thapsigargin (T) ile endoplazmik retikulum stresi oluşturularak, strese girmiş hücrelerde linearol kaynağı olarak Sideritis akmanii'nin aseton ekstresinin (SAE) sitotoksisitesi 3-(4,5-dimetiltriazol-2-il)-2,5-difeniltetrazolium bromid (MTT) yöntemiyle belirlendi. Hücrelere SAE 1000, 750, 500, 250, 100, 50, 25 µg/mL konsantrasyonlarda ve kontrol olarak hücrelere % 1 dimetilfülfoksit (DMSO) uygulandı. MTT yöntemi ile SAE'nin MCF-7 hücreleri üzerindeki olası etkisi mikroplak okuyucu ile 540 nm'de okutularak sonuçlar yüzde olarak ifade edildi. Kontrol yüzde yüz canlı olarak kabul edilerek SAE'nin letal dozu (LD50) probit analizi ile 38,851 µg/mL olarak belirlendi. Çalışmada ayrıca SAE ER stresi ile ilgili genler olan aktive edici transkripsiyon faktörü-4 (ATF4), aktive edici transkripsiyon faktörü-6 (ATF6), protein kinaz RNA (PKR) benzeri ER kinaz (PERK) ve glukoz ile düzenlenen protein 78 (GRP78) ile inflamatuvar yanıtta rol alan genlerin (tümör nekroz faktör alfa (TNFα), interferon gama (IFN-γ), interlökin-6 (IL-6), interlökin-8 (IL-8), interlökin-12 (IL-12)) mRNA ekspresyonlarına etkisi belirlendi. Araştırmamızın sonuçlarına göre ER stresinde UPR yanıtta rol alan GRP78 geninin SAE50 ve SAE50+T uygulama gruplarında ekspresyon seviyelerinin kontrole göre attığı görüldü. ER stresinde UPR yanıtta rol alan PERK geninin bütün uygulama gruplarında baskılandığı ancak SAE100+T uygulanmasında kontrolle kıyaslandığında artış olduğu gözlenmiştir. Ayrıca ER stresinde UPR yanıtta rol alan ve GRP78 kontrolünde olan ATF-6'nın GRP78 gibi SAE50 ve SAE50+T uygulama gruplarında ekspresyonu arttığı bulunmuştur. SAE'nin IL-6 sitokininin ekspresyon seviyeleri kontrolle kıyaslandığında bütün uygulama gruplarında artış gözlenmiştir. Bir kemokin olan IL-8 gen ekspresyon düzeyleri ise SAE10, SAE10+T ve SAE50+T uygulamalarında baskılanırken diğer uygulamalarda artış göstermiştir. SAE'nin IL-12 ve TNFα genleri üzerindeki etkisi benzer olduğu görülüp bütün uygulama gruplarında baskılanmışlardır. IFN-γ geni sitotoksiste testi ile elde edilen konsantrasyonunda kontrolle aynı etkiyi gösterirken, diğer uygulama gruplarında baskılanmıştır. SAE ve thapsigargin uygulamasının sonuçlarına göre en yüksek DNA hasar skoru, 100 µg/mL S. akmanii ekstresi + Thapsigargin uygulanan grupta 94,00±5,29 olarak bulundu. Sonuç olarak S. akmanii'nin MCF-7 hücreleri üzerinde genotoksik ve sitotoksik etkilerinin olabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: MCF-7, ER stresi, Komet Yöntemi, Sideritis akmanii, Real Time PCR, genotoksisite, sitotoksisite, endemik bitki
Oxadiazon ve pendimethalin herbisitlerinin muhtemel genotoksik etkileririnin komet ve mikronükleus test sistemleriyle araştırılması
Bu çalışmada, tarım alanlarında yüksek verim elde etmek, kaliteyi arttırmak, istenmeyen organizmaları yok etmekte kullanılan ve hedef dışı organizmaları da etkileyebilen herbisitlerden Oxadiazon (OD) ve Pendimethalin (PM) herbisitlerinin Eisenia hortensis (E. hortensis) türü üzerine muhtemel genotoksik etkileri Komet ve Mikronükleus (MN) test yöntemleri kullanılarak belirlendi. E. hortensis sölomasitleriyle yapılan çalışmada Probit analiz yöntemi ile OD herbisitinin LD₅₀ dozu 0, 255 ppm ve PM herbisitinin LD₅₀ dozu 0, 243 ppm olarak bulundu. Araştırmada, OD ve PM herbisitlerinin 0,5xLD₅₀, LD₅₀ ve 2xLD₅₀ konsantrasyonları, 48 saat süreyle E. hortensis'lere uygulandı. Negatif kontrol grubu olarak distile su (dH₂O) kullanıldı. Komet testi sonucunda kontrol grubu ile karşılaştırılan OD ve PM herbisitlerinin LD₅₀ ve 2xLD₅₀ dozlarında, DNA hasar derecesindeki artış anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Aynı zamanda MN oluşumunun da konsantrasyon artışına bağlı olarak arttığı görülmüştür. Bununla birlikte OD herbisiti kontrol grubuna göre 0,5xLD₅₀, LD₅₀ dozlarında binüklear hücre oluşumunu anlamlı bir şekilde arttırmıştır. PM herbisitinde binüklear hücre oluşumu konsantrasyon artşına bağlı olarak anlamlı derecede artmıştır. OD ve PM herbisitlerinin Komet ve MN Test yöntemiyle E. hortensis sölomasitlerinde, DNA hasarındaki artış istatistiksel açıdan önemli bulunmuştur (p<0,05). Tarım alanlarında, solucanlar toprak kalitesinin belirlenmesinde ve ekolojik denge açısından çok önemli organizmalardır. Bu nedenle solucanların, toprağa bilinçsizce uygulanan kimyasallardan olumsuz etkilenecekleri göz önünde bulundurularak kimyasal kullanımına ve uygulanacak doz miktarına dikkat edilmesi gerekmektedir.
Eber Gölü (Afyonkarahisar) kuş faunası
Besin zincirinde önemli rolü olan kuşlar, ekosistemlerin sağlığı ve devamlılığı için gösterge olarak kullanılmaktadır. Bu çalışma, Eber Gölü'nün (Afyonkarahisar) kuş türlerinin belirlenmesi, türlerin göç statülerinin tespit edilmesi, alanın kuş çeşitliliği bakımından değerlendirilmesi amacıyla Ocak 2015 - Şubat 2016 arasında gerçekleştirilmiştir. 8 farklı gözlem noktası çalışma alanının tamamının örneklenmesi için dikkatlice seçilmiştir. Bu noktalar çalışma süresince 11 kez ziyaret edilmiş; habitat şartlarına uygun olarak transekt ve noktasal sayım yöntemleri uygulanmıştır. Yapılan gözlemler sonucunda 18 takıma ait 46 familyadan 145 kuş türü kaydedilmiştir. IUCN (2016) Tehdit Altındaki Türlerin Kırmızı Listesi verilerine göre 145 türün 137'si LC (asgari endişe); 6'sı NT (tehdide yakın) ve 2'si VU (hassas) kategorisindedir. Bu türler içerisinde Altın yağmurcun (Pluvialis apricaria), Terek düdükçünü (Xenus cinereus) ve Ala sığırcık (Pastor roseus) Eber Gölü için yeni tür olarak kaydedilmiştir. Bu çalışma, alanda yapılan genel kapsamlı ilk ornito-fauna tespit çalışması olması nedeniyle önemlidir. Elde edilen veriler doğrultusunda alanın ornitolojik öneminin ve biyoçeşitliliğinin belirlenmesine katkı sağlanmıştır.
Ekstrem Halofit Salsola crassa'nın Tohum Çimlenmesi ve Erken Fide Evresinde Tuz Toleransı Üzerine Bazı Çevresel Faktörlerin Etkilerinin Araştırılması
Halofit bitki türlerinde tohum çimlenmesi özellikle ışık, sıcaklık ve tuzluluk gibi çevresel faktörler tarafından kontrol edilmektedir. Salsola crassa oldukça tuzlu topraklara adapte olmuş tek yıllık halofitik bir türdür. Bu türün tuz stresine karşı tolerans seviyesi fide evresinde değerlendirilmiş olmasına karşın çimlenme evresindeki tuz toleransı hakkında herhangi bir literatür bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu araştırmada S. crassa'nın tohum çimlenmesi üzerine 9 tuz konsantrasyonu (0, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700 ve 800 mM NaCl), 6 sıcaklık uygulaması (10, 15, 20, 25, 30 ve 35C) ve fotoperiyodun (12 saat fotoperiyot ve tamamen karanlık) etkileri araştırılmıştır. En yüksek çimlenme yüzdeleri (%98-99) distile suda, 20 ve 25C sıcaklık uygulamalarında ve 12 saatlik fotoperiyotta elde edilmiştir. Tuz konsantrasyonundaki artış özellikle düşük ve yüksek sıcaklık uygulamalarında tohum çimlenmesinde belirgin bir azalışa neden olmuştur. Düşük (10 ve 15C) ve yüksek (35C) sıcaklık uygulamaları hem kontrol hem de tuz uygulamalarında tohum çimlenmesinde belirgin bir şekilde inhibisyona neden olmuştur. Tüm sıcaklık uygulamalarında ve özellikle tuz uygulamalarında ışık ve karanlık uygulamaları arasında önemli farklılıklar bulunmuştur (P < 0.05). Bu sonuçlar, S. crassa'da çimlenme evresi stres toleransının ışık, sıcaklık ve tuzluluk etkileşimleri tarafından etkilendiğini göstermektedir. Bu çalışmanın ikinci aşamasında, hidroponik olarak büyütülen S. crassa fidelerinde bazı büyüme parametreleri (taze ve kuru ağırlık), Na+-K+ içerikleri ve süperoksit dismutaz (SOD), peroksidaz (POD) ve katalaz (CAT) aktivitesi üzerine farklı NaCl konsantrasyonlarının (0, 100 ve 300 mM) etkisi araştırılmıştır. Kontrole göre 100 ve 300 mM NaCl konsantrasyonu gövde dokusunun büyüme parametrlerini arttırırken, kök dokusunda sadece 100 mM NaCl uygulaması artışa neden olmuştur. Tuz konsantrasyonundaki artışla Na+ içeriği artarken, K+ içeriği azalmıştır. Ayrıca toprak üstü dokularda daha fazla Na+ birikimi belirlenmiştir. Tuz stresi sadece kök dokusunun POD ve CAT aktivitesinde artışa neden olurken, yaprak dokusunda inhibisyona neden olmuştur. Bu sonuçlar, S. crassa'nın tuz stresine oldukça toleranslı olduğunu ileri sürebilir.
Deresinek (Afyonkarahisar) havzası florası
Bu araştırmada, Sultandağlarının Kuzey yamacında bulunan Deresinek vadisi ve çevresinin florası araştırılmıştır. Araştırma sonucu 78 familya ve 270 cinse ait 455 damarlı bitki taksonu tespit edilmiştir. Taksonların 9' u (Alyssum lepidotum Boiss., Aster alpinus L., Digitalis lamarckii Ivanina, Hypericum montbretii Spach, Muscari discolor Boiss. & Hausskn. ex Boiss., Oenothera biennis L., Polygonum alpinum All., Sideritis phrygia Bornm., Symphytum orientale L.) Afyonkarahisar florası için yenidir.55 adet takson endemiktir. Endemizm oranı % 12.08' dir. Araştırma alanındaki türlerin bitki coğrafyasına göre dağılımı; Akdeniz (66), Avrupa-Sibirya (50), İran-Turan (47) ve bilinmeyen (292).
Hydrachna globosa, Hydryphantes dispar ve Limnesia fulgida (Acari, Hydrachnidia) türlerinde spektrofotometrik analizler
Bu çalışmada, Karamık Gölü'nden toplanan farklı su kenesi türlerinde (Hydrachna globosa, Hydryphantes dispar ve Limnesia fulgida) UV ve FT-IR teknikleri ile spektrofotometrik analizleri ilk kez uygulandı. İncelenen üç türün titreşim frekansları okundu ve fonksiyonel gruplar (OH, C-H, C=O, C-O, C-N) tanımlanarak çalışılan örneklere ait UV ve FT-IR spektrum frekans aralıkları belirlendi. Elde edilen sonuçlar tür düzeyinde değerlendirildi. Tür düzeyindeki farklılıklar ele alındığında Hydryphantes dispar ve Limnesia fulgida türleri arasındaki fonksiyonel grupların daha yakın olduğu görüldü. Tüm türler için elde edilen veriler grafiksel olarak incelendi ve dört farklı spektrum bölgesi tanımlandı. Sonuç olarak bu türlere ait spektroskopik analiz grafikleri karşılaştırıldı. Buna göre; çalışılan türlerin spektrum grafik aralıklarının üç türde de oldukça yakın olduğu görüldü. Fakat her bir türün pik aralıklarında kendine özgü değerlere sahip olduğu gözlendi.
HepG2 hücrelerinde rosmarinik asidin cisplatin toksikasyonuna etkileri
Tıbbi bitkiler yalnızca terapötik ajan olarak değil, farmakolojik araştırmalar ve ilaç geliştirme için önemlidir. Günümüzde fitoterapiye (phytos: bitki, therapy: tedavi) ilgi artmıştır. Özellikle dermatolojik hastalıklar, enfeksiyonlar ve çeşitli kanser hastalıklarının tedavisinde fitoterapi kullanılmaktadır. Biberiye, kekik gibi bitkilerde bulunan, doğal antioksidan olan rosmarinik asit (RA), antimikrobiyal etkiye de sahiptir. Kemoterapik ajan olan sisplatin (CisP), kanser hücrelerinde gelişimi ilerlemeyi durdurucu etki gösterirken bununla birlikte sağlıklı hücreleri de yok etmektedir. Kemoterapik ilaçlarla birlikte fitoterapik bileşikler kullanılarak antikanser etkinin arttırılması ve yan etkilerin ise azaltılması amaçlı çalışmalar yapılmaktadır. Sunulan çalışmada karaciğer karsinom hücrelerini (HepG2) kullanarak, rosmarinik asitin sisplatin toksikasyonuna etkilerini; MTT yöntemi (3-(4,5-dimetiltriazol-2-il)-2,5-difeniltetrazolium bromid), mikronükleus testi ve komet yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Bu amaçla RA ve CisP'nin HepG2 hücrelerinde MTT yöntemi ile sitotoksisitesi belirlendi ve farklı konsantrasyonlarda hücre canlılığı etkisine bakıldı. Sonrasında RA'in CisP ile kombinasyonunda mikronükleus testi ve komet yöntemi ile DNA hasar tespiti ile antikanser etkilerine açıklık getirilmesi incelenmiştir. RA'in HepG2 hücrelerinde sitotoksisitesi belirlenirken kontrol grubu, 0,125 mM, 0,25 mM, 0,5 mM, 1,25 mM, 2,5 mM, 6,25 mM, 12,5 mM, 25 mM, 50 mM dozları kullanıldı. RA'in LD50 değeri 13,8 mM ve LD0 değeri ise 0,01 mM bulundu. Sitotoksisite analizi sonuçlarına göre RA konsantrasyonu arttıkça hücre canlılığı azalmıştır. CisP dozları ise 10 µg/mL, 20 µg/mL, 50 µg/mL, 100 µg/mL, 200 µg/mL, 400 µg/mL, 600 µg/mL, 800 µg/mL, 1000 µg/mL kullanıldı. Sisplatinin HepG2 hücrelerinde LD50 değeri 11,06 µg/ml olarak bulundu. RA ve CisP'e ait LD50 dozları belirlendikten sonra, HepG2 hücreleri yeterince çoğaltılarak hücrelerden 4 grup oluşturuldu. Her grupta n sayısı en az 3 olacak şekilde çalışıldı. Gruplar; kontrol grubu, RA grubu, CisP grubu ve RA+CisP grubu şeklinde planlandı. RA'in CisP toksikasyonuna etkisi belirlenirken LD0 dozu kullanıldı. CisP 'in ise LD50 dozu kulanıldı. Deney gruplarına uygulamalar yapıldıktan 24 saat sonra elde edilen hücreler komet ve mikronükleus testlerinde kullanıldı. Elde edilen sonuçlar CisP'nin HepG2 hücrelerinde genotoksisiteyi artırdığını, LD0 dozunda RA'in ise CisP toksikasyonu sonucu oluşan genotoksisiteyi azaltabileceğini akla getirmektedir. Fakat bunun daha net ortaya konabilmesi için, bu tez çalışmasında yapılan uygulamaların, sağlıklı hücrelerle eş zamanlı bir şekilde tekrarlanmasının yararlı olabileceği düşünülmektedir.
Kuraklık stresi altındaki Cleome spinosa (C3) ve Cleome gynandra (C4) bitkilerinin karşılaştırmalı proteomik analizleri
Toprak ve atmosferik su eksikliğinden kaynaklanan kuraklık stresi dünyadaki bitki büyümesini ve verimliliğini etkileyen en önemli çevresel faktörlerden biridir. Karboksilasyon yoluna bağlı olarak bitkilerin kuraklık stresine toleranslarında önemli farklılıklar vardır. C4 bitkilerinin, C3 bitkilerinin aksine, su stresine daha iyi adapte olduğu bildirilmektedir. Bitkilerin kuraklık stresine adaptasyon mekanizmaları proteom düzeyinde yoğun bir şekilde çalışılmış olmasına rağmen, kuraklık stresi altında büyüyen C3 ve C4 bitkilerinin adaptasyon stratejileri tanımlanmamıştır. Kuraklık stresinin proteom değişiklikleri üzerindeki etkilerini belirlemek için iki boyutlu poliakrilamid jel elektroforezi (2-DE) ve MALDI-TOF/TOF (matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight/time-of-flight) kütle spektrometresi Cleome spinosa (C3) ve C. gynandra (C4) bitkilerinin yapraklarında kullanılmıştır. 2-DE jellerinde toplam 96 farklı şekilde ifade olan protein beneği tespit edilmiş ve bunlardan 65'i MALDI-TOF/TOF kütle spektrometrisi ile tanımlanmıştır. Her iki türde de fotosentez ve enerji metabolizması ile ilgili proteinler, kuraklık stresi altında büyük ölçüde etkilenmiştir. RuBisCO küçük alt birimlerinin bolluğu C. spinosa'da artmış olmasına rağmen, RuBisCO aktivaz proteinlerinin bolluğu azalmıştır. Ayrıca, OEE ve FNR proteinleri gibi fotosentezin ışık reaksiyonları ile ilgili proteinlerin bolluğu C. spinosa'da azalmıştır. Kuraklık stresi altında, triosfosfat izomeraz ve fruktoz-bifosfat aldolaz gibi glikoliz ile ilişkili proteinlerin bolluğu C. spinosa'da azalmıştır; ancak, enolaz proteini C. gynandra'da artmıştır. Kuraklık stresi altında kloroplastik ATP sentaz enziminin ifade seviyesi her iki türde de azalan yönde düzenlenirken, mitokondriyal ATP sentaz artan yönde düzenlenmiştir. Annexin ve 14-3-3 proteinleri gibi sinyal iletimi ile ilgili proteinlerin bolluğu C. spinosa'da artmıştır. Reaktif oksijen türlerinin detoksifikasyonu ile ilişkili proteinlerin bolluğu genellikle her iki türde artmıştır. Bu bulgular, karboksilasyon yolunda farklılık gösteren türlerin kuraklık stresi altındaki proteomik cevaplarının daha iyi anlaşılmasını sağlayacaktır.
DNA dizisi tabanlı olarak Raphidascaris acus'un moleküler tanımlaması
Bu araştırmada, müze materyali olarak etil alkol ortamında korunan Raphidascaris acus türünün (Nematoda, Ascarididae) 5.8S gen dizisi üzerinden moleküler tanımlaması yapılmıştır. 5.8S rRNA gen bölgesi dizi verileri, anatomik ve morfolojik yapılarına göre tanımlaması yapılan R. acus türünün taksonomik konumunu doğrulamıştır. Bu süreçte, özel olarak tasarlanan AcusF ve AcusR primerleri kullanılmıştır. gDNA (5.8S rRNA) geninin 750 bp kısmi belirgin nükleotidleri, her numuneden doğrudan dizilenmiştir. Araştırmada incelenen 12 R.acus örneğine ait 5.8S gen dizilerinde hiçbir nükleotid varyasyonu tespit edilmedi. 5.8S hizalı nükleotid dizileri bakımından, bu araştırmanın Raphidascaris acus izolatları (MK271779-MK271790) ile iki R.acus izolatı (KT633862, KM047505) arasında minimum varyasyon görülmüştür. Buna karşın, AY603537 R.acus izolatı ile %4.11 farklılık bulunmuştur. R.acus izolatlarımız, dört Raphidascaris türü ile (JN102362.1 Raphidascaris longispicula, FJ009682.1 Raphidascaris trichiuri, JF809816.1 Raphidascaris lophii, KR232377.1 Raphidascaris macrouri) %13.03-14.97, GQ215514.1 Eustrongylides sp. dış grubu ile %26 farklılık göstermiştir. Ayrıca bu çalışma sonuçları ile etanolde fikse edilen ve uzun süre etanolde korunan R.acus gDNA'larının hasar görmediğini ve rutin olarak çoğaltılabildiği gösterilmiştir.
DNA dizisi tabanlı olarak Ligula intestinalis L.'in moleküler tanımlaması
Bu çalışmada, müze meteryali olarak etil alkol ortamında korunan Ligula intestinalis (Pseudophyllidea, Cestoda) türünün, COI gen dizisi üzerinden moleküler tanımlaması yapılmıştır. Elde edilen genetik veriler, anatomik ve morfolojik özelliklerine göre teşhisi yapılan Ligula intestinalis türünün taksonomik konumunu doğrulamıştır. Bu süreçte COIA2 ve COIB2 primerleri kullanılmıştır. COI geninin 480 bp kısmi belirgin nükleotidleri, her örnekten doğrudan dizilenmiştir. Bir örnekteki bir C nükleotidi hariç, COI gen dizilerinde hiçbir nükleotid varyasyonu tespit edilmemiştir. COI geni hizalı nükleotid dizileri bakımından, bu araştırmanın L.intestinalis izolatları (MK286929-MK286934) ile bir AF153910.1 L.intestinalis izolatı arasında %7 farklılık bulunmuştur. Bu çalışma sonuçları ile etanolde fikse edilen ve uzun süre etanolde korunan L.intestinalis gDNA'larının hasar görmediği ve rutin olarak çoğaltılabildiği gösterilmiştir.
Doğu Karadeniz'de bazı amfibi türlerinde fungal patojeninin (Batrachochytrium dendrobatidis) real-time PCR tekniği ile araştırılması
Bu araştırmada, Türkiye'nin Doğu Karadeniz Bölgesinde dünya çapında amfibi ölümlerine yol açan Chytridiomycosis hastalığına sebep olan Batrachochytrium dendrobatidis'in Real-time PCR tekniği ile ilk kez çalışılmıştır. Ülkemizin en önemli ormanlık ve doğal sulak alanlarının bulunuşu ve türlere ait birey sayısı açısından zengin olan bölgemizde, dünyanın birçok bölgesinde toplu amfibi ölümlerine neden olan Batrachochytrium dendrobatidis yapılan bu çalışma sayesinde bölgemizdeki varlığı tespit edilmiş olacaktır. Yapılan bu çalışma, 2015 yılında (Haziran –Ağustos ayları boyunca), ülkemizin Doğu Karadeniz Bölgesinde (Trabzon, Rize, Artvin) 4 farklı lokaliteden (Uzungöl/Çaykara, Karagöl/Yusufeli, Sahra Milli Parkı/Artvin, Şavşat Gölü/Artvin) arazi çalışmaları yapılmıştır. Bu arazi çalışmaları sonucunda toplanan 47 örnekten 6 tanesinde pozitif sonuç alınmıştır. Ülkemizde sadece Doğu Karadeniz Bölgesinde bulunan, IUCN kriterlerine göre "Nesli tehlike altında bulunan hayvanlar (Near Threatened, NT)" kategorisinde yer alan ve azalmakta olan Pelodytes caucasicus türü bu fungal patojenin tehdidi altında olduğu görülmüştür. Pozitif sonuç alınan ve ülkemizde Doğu Karadeniz'de bulunan nesli tehlike altında olan Ommatotriton ophryticus örneklerinde de Bd pozitif sonuca rastlanmıştır. Bu araştırmada, ülkemizde Doğu Karadeniz Bölgesinin ekolojik zenginliğinin, amfibi türlerinin yok olmasından sorumlu tutulan Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) fungusu tarafından tehdit edildiği görülmüştür. Yapılmış olan bu tez çalışması sonucunda bölgemizdeki amfibi türlerinin korunması için yasal düzenlemeler yapılabilir ve bu patojenin hangi yollar ile bölgemize geçtiği daha sonraki çalışmalar ile araştırabilir.
Bolvadin, Çay ve Sultandağı'nda (Afyonkarahisar)yetişen doğal bitkilerin halk tarafındangeleneksel kullanımı
Bu araştırma, Türkiye'nin İç Batı Ege Bölgesi'nde bulunan Afyonkarahisar iline bağlı Bolvadin, Çay ve Sultandağı ilçelerindeki doğal olan bitkilerin yerel halk tarafından kullanımı üzerinedir. Çalışma için 15 köy, 5 belde ve 3 ilçe merkezinden 49 kişi ile görüşülmüştür. Araştırmamız sonucunda 41 familyaya ait 95 bitki türünün çeşitli kullanımları tespit edilmiştir. Bu tespit edilen bitkilerden 67'i insan sağlığı için, 48'i gıda olarak, 3'ü hayvan hastalıkları için 10'u hayvan yemi olarak, 6'sı baharat olarak ve 17 'si farklı maksatlar için kullanılmaktadır.
Eylais setosa (Acari, Hydrachnidia) türünde kurşun (Pb2+) uygulamaları ve enzim aktivitelerinin tespiti
Bu çalışmada, toksik bir ağır metal olan kurşunun (Pb2+), su kenesi türlerinden Eylais setosa (Acari, Hydrachnidia)'da antioksidan enzim aktivite düzeyleri farklı enzim kitleri ile (Süperoksit dismutaz, katalaz, glutatyon redüktaz, glutatyon peroksidaz ve glutatyon S-transferaz) belirlendi. Çalışmanın temel amacı, iç sularda ağır metal birikimlerine maruz kalan zooplanktonik organizmalardaki toksik etki düzeylerinin tespit edilmesidir. Bu amaçla, Nisan, Mayıs ve Haziran aylarında Işıklı Gölü'nden toplanan Eylais setosa örnekleri laboratuvar ortamında oluşturulan 4 farklı akvaryuma örnekler eşit miktarlarda olacak şekilde konuldu. Her bir akvaryuma farklı oranlarda Pb2+ (10-5 M, 10-4 M ve 10-3 M) yüklemesi yapıldı. Akvaryumlardaki canlı örnekler 7 gün boyunca gözlendi. Daha sonra her bir akvaryumdan hem su hem de canlı örnekler alınarak ICP-MS cihazı ile analizleri yapıldı. Bu analizler ile Eylais setosa örneklerinin absorpladığı kurşun miktarı ve örneklemelerin yapıldığı akvaryum sularındaki bu metalin miktarları ölçüldü. Buna göre, Eylais setosa'nın artan oranlarda kurşunu absorbe ettiği görüldü. Ayrıca, bu örnekler üzerinde antioksidan enzim aktiviteleri 5 farklı enzim belirleme kitleri kullanılarak gözlendi. Elde edilen bulgularda, Süperoksit Dismutaz (SOD), Glutatyon Redüktaz (GR) ve Glutatyon Peroksidaz (GSH-Px)'ın arttığı (p<0.05), Glutatyon S-transferaz (GST) ve Katalaz (CAT) enzim aktivitelerinde azalmaların (p<0.05) olduğu saptandı. Analiz sonuçları değerlendirildiğinde, akvaryumlarda bulunan Eylais setosa örneklerinde ortama ilave edilen kurşun miktar oranlarına bağlı olarak enzim aktivitelerinin değişkenlik gösterdiği gözlenmiştir.
Sandıklı'da (Afyonkarahisar) yetişen doğal bitkilerin halk tarafından geleneksel kullanımı
Bu araştırmada, Afyonkarahisar İli Sandıklı İlçesinde yetişen doğal bitkilerin etnobotanik kullanımları incelenmiştir. 12 köy ve 3 ilçe merkezinde 49 kişi ile görüşüldü. 28 familyaya ait 71 bitkinin kullanım alanları tespit edildi. Bu bitkilerin fotoğrafları da çekildi. 71 bitki türü, (44) İnsan hastalıkları tedavisinde (99), Gıda (38), Çay (27), Baharat (6), Hayvan hastalıkları (2), Hayvan yemi (6), Ev- Eşyası (6), İlaç yapımında (2), Süs bitkisi (1), Boya (2) yapımında kullanılmıştır.
Arpa fidelerinde sodyum nitroprussid teşvikli NaCl toleransı üzerine proteomik analizler
Tarım topraklarının tuza maruz kalması dünya çapında ciddi bir sorun teşkil etmektedir. Bitkilerde tuz toleransını artırmak için farklı stratejiler geliştirilmiştir. Dışsal sodyum nitroprussid (SNP) uygulamasının tuzluluğun zararlı etkilerini hafifletebileceği ve bitkilerin tuz toleransını teşvik edebileceği gösterilmiş olmasına karşın, SNP'nin proteomik değişikliklerin düzenlenmesindeki rolleri tam olarak anlaşılamamıştır. Bu amaçla, arpa (Horedum vulgare L.) fidelerinin tuz stresine verdiği tepkileri daha iyi anlamak ve tuz kaynaklı hasarı hafifletmede dışsal SNP'nin koruyucu rollerini anlamak için NaCl ve/veya SNP uygulamalarına maruz bırakılan arpa fidelerinin yaprak dokularında karşılaştırmalı proteomik analizler yapılmıştır. Dışsal SNP uygulamasının NaCl stresi tarafından inhibe edilen fide büyümesini iyileştirdiği belirlenmiştir. Proteomik analizler, 24 proteinin SNP ve/veya NaCl stresi uygulamalarında farklı şekilde ifade olduğunu göstermiştir. Bu proteinlerden 15'i MALDI-TOF/TOF kütle spektrometrisi ile başarıyla tanımlanmıştır. Gen ontolojisi analizi; fotosentez, protein metabolizması, stres savunma ve enerji metabolizması gibi yolakların SNP ve/veya NaCl uygulamaları ile düzenlendiğini ortaya koymuştur. Dışsal SNP uygulaması, tuz stres altındaki arpa fidelerinin yapraklarında 20 kDa şaperonin, proteazom altbirim beta tip-2, 2-Cys peroksiredoksin BAS1, tiyazol biyosentetik enzim 1-1, ferredoksin-NADP redüktaz, S-adenozilmetiyonin sentetaz 3 ve uzama faktörü Tu proteinlerinin ekspresyon seviyelerini arttırmıştır. Mevcut sonuçlar, SNP'nin fotosentezin düzenlenmesi, yanlış katlanmış veya hasarlı proteinlerin parçalanması, stres savunmasının aktivasyonu ve poliaminler, prolin ve GABA sentezinin teşvik edilmesi yoluyla NaCl'nin neden olduğu büyüme inhibisyonunu hafifletebileceğini ileri sürmektedir. Bu çalışma, arpa fidelerinde tuz stresine yanıt olarak SNP'nin moleküler mekanizmasına proteomik düzeyde bilgi sağlayan ilk çalışmadır.
Afyonkarahisar'da farklı ağaç türleri üzerinde yetişen Viscum album L.'un biyolojik özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Afyonkarahisar ili sınırlarında çeşitli konakçıl bitkiler üzerinde yetişen Viscum album örneklerinin içerdikleri etken maddelerdeki farklılıklar karşılaştırılmıştır. Nitel analizler sonucu fenolik bileşikler, flavonoidler, kuercetin, rosmarinik asit, para-koumarik asit ve sinapink asit gibi madde gruplarının varlığı tespit edilmiştir. Çalışmamızda V. album'un toplam fenolik madde içerikleri incelendiğinde, karaçamdan alınan V. album örnekleri hariç diğer tüm konakçı bitkilerde yaşayan V. album örneklerinde en yüksek fenolik ve flavonoid bileşen değerleri V. album meyve örneklerinde tespit edilirken en düşük değerlerin ise V. album dal örneklerinde belirlenmiştir. Bu çalışmada gentisik asit, armut ağacında yaşayan V. album'un yaprakları ile karaçam, aksöğüt, kayısı ve dahum üzerinde yaşayanların ise meyvelerinde saptanmamıştır. Kuersetin, bütün örneklerde tespit edilmiştir. En yüksek kuersetin miktarı ise ahlat üzerinde yaşayan V. album yapraklarında belirlenmiştir. Rosmarinik asit, tüm örneklerde görülmüştür. En yüksek değer 486,06 ile Çöğür armudu üzerinde yaşayan yarı parazit V. album yapraklarında belirlenmiştir. Para-koumarik asit, en yüksek değer 268,53 ile aksöğüt üzerinde yaşayan V. album'un dallarında saptanmıştır. Sinaptik asit, alıç ve karadut ağaçları üzerinde yaşayan V. album meyvelerinde tespit edilirken; armut, Çöğür armudu, dahum, karaçam, Yalancı akasya, badem, aksöğüt, ahlat, muşmula ve kayısı ağaçları üzerinde yaşayan V. album meyvelerinde tespit edilememiştir. Öte yandan sinaptik asit, armut, Çöğür armudu, dahum, karaçam, Yalancı akasya, badem, aksöğüt, ahlat, muşmula, kayısı, alıç ve karadut ağaçları üzerinde yaşayan V. album dal ve yapraklarında tespit edilmiştir, en yüksek değer ise 146,64 ppm ile kayısı yapraklarında bulunmuştur. En yüksek % inhibisyon değerleri V. album dal örneklerinde saptanmış olup %inhibisyon değeri 91,74-84,68 değerleri arasında değişmektedir. Vanilik asit ve protokatekhuik asit ise hiçbir V. album örneğinde belirlenememiştir.
Anadolu dağ kurbağalarının kriyobiyolojisi üzerine araştırmalar
Bu araştırmada, Anadolu dağ kurbağalarından R. macrocnemis ve R. holtzi'nin donma sıcaklıklarına maruz kaldıkları kış dönemini hayatta kalarak atlatmalarını sağlayan stratejiler araştırıldı. Bu kapsamda kurbağaların donma, anoksi ve dehidrasyon koşullarına maruz kaldıklarında; önemli bir kriyoprotektan olan glikozun kan, iskelet kası ve karaciğer dokularındaki seviyeleri, kas ve karaciğer dokularındaki su miktarı, vücut ağırlıklarındaki değişiklikler ve amfibilere özgü antifriz proteinlerin (AFP'ler; FR10, Li16 ve Fr47) transkript ekspresyon seviyeleri incelendi. Donma sırasında R. macrocnemis kan glikoz seviyesinde 3,3 kat (1,35 ± 0,25'ten 4,45 ± 0,51 μmol mL-1'ye), R. holtzi kan glikozunda da 4,5 kat (1,90 ± 0,25'ten 8,67 ± 2,22 μmol mL-1'ye) olarak artış kaydedilmiştir. Karaciğer dokusu glikoz miktarı; R. macrocnemis'de 6,7 kat (5,66 ± 0,15'ten 38,27 ± 8,53 μmol g-1'ye) ve R. holtzi'de de yaklaşık 6 kat (2,25 ± 0,46'dan 13,36 ± 1,32 μmol g-1'ye) artış göstermiştir. Karaciğer dokusu glikoz seviyesi anoksi ve dehidrasyon streslerine cevap olarak her iki türde de artış gösterdi. Dehidrasyon koşulları, kas dokusundaki glikoz seviyesini her iki tür için de donma ve anoksi koşullarına göre daha fazla arttırmıştır. Stres ve normalleşme koşullarında bazı AFP'lerin gen ekspresyon seviyelerinde önemli değişiklikler kaydedilmiştir. R. macrocnemis karaciğer dokusunda donma stresi li16 geni transkript seviyesini yaklaşık 3,5 kat, anoksi stresi ise fr47 ifadesini 2,7 kat artırmıştır. R. holtzi karaciğer dokusunda donma, anoksi ve dehidrasyon koşullarının tamamında fr10 geni yukarı yönlü regülasyon göstermiştir. Sonuç olarak, bu tez çalışmasının sonuçları Anadolu dağ kurbağalarının dondurucu sıcaklıklarda hayatta kalabildiklerini ve donma toleransına sahip olduklarını göstermiştir. Bunun yanında bu süreçteki stratejilerinde önemli kriyoprotektanlardan biri olan glikozu kullandıkları ve kurbağalara özgü AFP'lerin donma ve ilişkili streslerde rol aldığı kaydedilmiştir. AFP'lerin genomik, transkriptomik ve proteomik araştırmalarının biyoinformatiği üzerine yoğunlaşılmalısı, AFP'lerin buz kristallerine bağlanma ve kontrol etme mekanizmalarının aydınlatılmasını sağlayacaktır. Kriyoprotektanlar üzerine daha fazla araştırma yapılması Anadolu dağ kurbağalarının kriyobiyolojisinin daha iyi anlaşılmasını sağlayacaktır.
Afyonkarahisar'da doğal olarak yayılış gösteren bazı Crataegus taksonlarının antioksidan içeriklerinin incelenmesi.
Bu araştırmada, Afyonkarahisar'da doğal olarak yayılış gösteren bazı Crataegus taksonlarının teşhisleri ve antioksidan içeriklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma alanı Davis'in kareleme sistemine göre B3 karesinde bulunmaktadır. Çalışma alanı az yağışlı soğuk Akdeniz biyoiklimine sahip olup Doğu Akdeniz Tipi yağış rejimi görülür. Çalışma alanında Kolüvyal, Kireçsiz Orman, Kahverengi Orman ve Kahverengi büyük toprak grupları bulunmaktadır. Çalışma alanı içindeki Crataegus cinsine ait üç tür iki alttür teşhis edilmiş olup bunlar; C. microphylla, C. monogyna, C. orientalis subsp. orientalis, C. orientalis subsp. szovitsii, C. tanacetifolia'dır. Araştırmada tespit edilen bu türlerin olgunlaşmış meyvelerinin antioksidan içerikleri belirlenmiştir. Toplanan örnekler ilk olarak ekstraksiyon metoduna göre hazırlanmış olup; fenolik bileşikler DPPH yöntemi, karotenoid bileşikler Folin-Ciocalteu yöntemiyle ve antioksidan kapasiteleri ise HPLC ile incelenmiştir. Gallik asit 30.32 mg g-1 ve 1,2-Dihydroxybenzene 178.63 mg g-1 olup en fazla C. orientalis subsp. szovitsii türünde; (+)-kateşin miktarı 163.08 mg g-1 olup en yüksek C. monogyna türünde tespit edilmiştir. Türler arasında en düşük miktara sahip olan bileşik naringenindir. Antioksidan aktivite tayinleri 517 nm'de ölçümü yapılan alıç meyvelerinde en yüksek değer C. monogyna'da ~ 0.257 mg g-1; toplam fenolik tayinleri 765 nm'de en yüksek C. microphylla ~ 0.682 mg g-1; toplam karotenoid miktarı 450 nm'de en yüksek C. orientalis subsp. orientalis olup ~ 0.698 mg g-1 olarak tespit edilmiştir.
HepG2 hücrelerinde cisplatin toksikasyonuna silymarinin koruyucu etkilerinin araştırılması
Tıbbi bitkilerin tarihi insanlık tarihi kadar eskidir. Tıbbi bitkiler terapötik ajan olarak kullanılmakla birlikte, sentetik ilaçların geliştirilmesi için de çok önemlidir. Günümüzde bitkisel tedaviye olan ilgi tüm dünyada artmıştır. Deve dikeninden (Silybum marianum) elde edilen ve flavonoid yapısında aktif bir bitki ekstresi olan silymarin (SLM), antioksidan etkiye sahiptir. Aynı zamanda, silymarinin antiproliferatif, antiinflamatuar ve antikarsinojenik etkilere sahip olduğu başka çalışmalarda da gösterilmiştir. Cisplatin (CP), çeşitli kanserlerin tedavisinde yaygın olarak kullanılan bir kemoterapötik ajandır. Kanser hücrelerinin gelişimini engellemektedir ve ancak sağlıklı hücreleri de yok ettiği bilinmektedir. Bitkisel bileşiklerin kemoterapötik ilaçlarla birlikte kullanılmasıyla antikanser etkisinin artırılması ve yan etkilerin azaltılması için birçok çalışma yapılmaktadır. Bu çalışmada karaciğer karsinom hücreleri (HepG2) kullanılmıştır. HepG2 hücrelerinde SLM'nin CP toksikasyonuna etkileri MTT yöntemi (3-4,5-dimetil-tiyazolil-2,5-difeniltetrazolyum bromid), comet (tek hücre jel elektroforezi) ve mikronükleus testi yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Yapılan çalışmada, SLM ve CP'nin HepG2 hücrelerindeki sitotoksisitesi MTT yöntemi ile belirlenmiştir ve farklı konsantrasyonlarda hücre canlılığı etkisine bakılmıştır. Sonrasında SLM'nin CP ile kombinasyonu ile comet yöntemi ve mikronükleus testi yapılarak genotoksisite çalışmaları yapılmıştır. SLM'nin HepG2 hücreleri üzerindeki sitotoksisitesinin belirlenmesi için kontrol grubu, 1000 - 500 - 250 - 150 ve 75 µg/mL dozları kullanıldı. Mikroplak okuyucu ile 540 nm'de okutularak bulunan değerler yüzde (%) olarak ifade edildi. SLM'nin LD0 değeri 75 µg/mL bulunmuştur. SLM'nin artan dozlarında hücre canlılığı artarken doz azaldıkça hücre canlılığı da azalmıştır. CP'nin HepG2 hücrelerinde LD50 değeri 65,6 µg/mL olarak bulunmuştur. Gruplar; kontrol grubu, SLM (LD0) grubu, CP grubu (LD50) ve SLM+CP (LD50+LD0) grubu olacak şeklinde planlandı. 24 saatlik uygulama sonrasında genotoksisiteyi belirlemek üzere comet ve mikronükleus testleri çalışıldı. CP'nin HepG2 hücrelerinde DNA hasarı oluşturarak toksisiteyi arttırdığı, SLM'nin LD0 dozu CP toksikasyonu sonucu oluşan genotoksisiteyi azalttığı gözlemlenmiştir. Böylece SLM'nin DNA koruyucu özellikte olduğu düşünülmektedir.
A549 hücrelerinde Sideritis phrygia ekstresinin cisplatin toksisitesi üzerine etkileri
Akciğer kanseri dünya genelinde hem erkek hem de kadınlarda kanser ölümlerinin birinci nedenleri arasındadır. Son yıllarda çok sayıda klinik çalışmalara rağmen, akciğer kanserinde belirgin bir iyileşme sağlanamamıştır. Kemoterapik ajan olan cisplatin, kanser hücrelerinde gelişimi ilerlemeyi durdurucu etki gösterirken bununla birlikte sağlıklı hücreleri de yok etmektedir. Kemoterapik ilaçlarla birlikte fitoterapik bileşikler kullanılarak antikanser etkinin arttırılması ve yan etkilerinin azaltılmasına yönelik çalışmalar yapılmaktadır. Tıbbi bitkiler sadece terapötik ajan olarak değil, farmakolojik araştırmalar ve ilaç geliştirme için önemlidir. Sunulan çalışmada, akciğer kanserine etkileri araştırılan bitki endemik Sideritis phrygia dır. Böylelikle kemoterapetik ajan olarak kullanılan Cisplatin in akciğer kanseri hücre hattı olan küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (A549) hücrelerinde, etkinliği ve Sideritis phrygia sulu ekstresinin muhtemel koruyucu etkinliği belirlenmeye çalışılmıştır. A549 hücre hattında Sideritis phrygia ekstresinin antikanserojenik etkinliği sitotoksisite ve genotoksisite parametreleriyle araştırılmıştır. A549 hücre hattı üzerine Sideritis phrygia ekstraktlarının en etkin dozunun belirlenmesi amacıyla MTT yöntemi kullanılarak hücre canlılığı belirlendi. A549 hücre hattı üzerine Sideritis phrygia ekstraktlarının sitotoksik olmayan dozları (100 µg/mL kadar olan) bulunmuş ardından genotoksite analizlerine geçilmiştir. Bu tez çalışmasında Sideritis phrygia ekstraktlarının (10 µg/mL ve 1 µg/mL) genotoksik bir hasar oluşturmadığı görülmüştür. Cisplatin uygulanan gruplarda bir genotoksik hasar meydana gelmiştir ve kanser hücrelerinin sağ kalımını ortadan kaldırabildiği çalışmamızla da gösterilmiştir. Cisplatin tarafından oluşturulmuş toksisiteyi engelleme amaçlı Sideritis phrygia ekstraktı nin 100 µg/mL ve 10 µg/mL uygulamalarının etkili olduğu görülmüştür. Uygun doz seçimlerinde cisplatin hem akciğerde hemde diğer dokularda genotoksisitesini azaltmaya yönelik koruyucu tedavilere takviye edici olarak koruyucu etkisinin olduğu düşüncesini desteklemektedir. Mikronükleus frekansları incelendiğinde gruplar arasındaki farklılıklar istatiksel olarak anlamlı bulunmamıştır.
COVİD-19 testi pozitif çıkan bireylerin hemogram ve C-reaktif protein değerlerinin incelenmesi
Bu araştırmada, Afyonkarahisar Devlet Hastanesi'ne Covid-19 hastalığı şüphesi ile başvuran ve Covid-19 test sonucu pozitif (+) çıkan bireylerin Hemogram ve C-reaktif Protein ölçüm değerleri incelenmiştir. Bu çalışmanın materyalini Covid-19 test sonucu pozitif (+) çıkmış (n=357) hasta birey ve Covid-19 test sonucu negatif (-) çıkmış (n=50) sağlıklı bireyin Hemogram ve C-reaktif Protein parametre ölçüm değerleri oluşturmuştur. Elde edilen verilerin istatistiksel analizinde IBM SPSS 20.0 paket programından yararlanılmıştır. Çalışmanın analiz sonuçları bütünsel olarak değerlendirilip, çalışma grupları ve bütün yaş aralıklarının istatistiksel olarak karşılaştırılması sonucunda, hasta çalışma grubunun kontrol grubuna göre CRP ölçüm değerinin yüksek oranda artış gösterdiği görülmüştür. Hemogram ölçüm değerleri bakımından hasta çalışma grubunun kontrol grubuna göre NEU, NEU% ölçümleri artış göstermiş, PLT, LYM, EOS, LYM% ölçümlerinde ise düşüş görülmüş ve istatistiksel fark anlamlılığı tespit edilmiştir (p<0,05). Bu çalışmada, Covid-19 hastalığının etkeni olan SARS-CoV-2 virüsünün hasta bireylerin biyokimyasal ve hematolojik kan parametre değerlerindeki değişimler incelenmiştir. Çalışma sonucunda elde edilen verilerin bu alanda çalışma yapan araştırmacılara katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Karamık Gölü'ndeki turna balıkları (Esox lucius L.)'nın DNA dizileme yöntemiyle moleküler tanımlanması
Çalışmanın amacı, Karamık Gölü'nde (Afyonkarahisar) turna (Esox lucius L.) türlerinin mitokondriyal sitokrom oksidaz (COI) gen lokus sekanslarının belirlenmesi ve DNA sekanslama yöntemi ile turna balıklarının moleküler tanımlamasının yapılmasıdır. Bu amaç için evrensel FishF1 ve FishR1 primerleri kullanılmıştır. mtCOI geninin 653 bp kısmi belirgin nükleotidleri, her örnekten doğrudan dizilenmiştir. 3 Esox lucius örneğine ait mtCOI gen dizilerinin tam özdeş olduğu tanımlanmış ve dizilerde hiçbir nükleotid varyasyonu tespit edilmemiştir. COI gen dizilerindeki nükleotid yüzdesi %23.1 (A) ve %32.1 (T) dir. PAUP ile elde edilen COI dizi veri kümesi mesafe matrisine göre, bu çalışmada tanımlanan Esox lucius izolatları (MW315200-MW315202) ile genbankta kayıtlı Esox lucius izolatları (KT716353, KT124233, MG951592, KC500713) arasında minimum varyasyon görülmüştür (%0.1). UPGMA analizinde, Esox lucius izolatları COI gen dizi verilerine göre aynı küme altında gruplanmıştır. Sonuç olarak, Karamık Gölündeki turna balıklarının COI gen dizileri ilk defa bu çalışmada tanımlanmış ve bu türe ait genetik özelliklerin küresel ölçekte belirlenmesi çalışmalarına katkı yapılmıştır. COI gen dizi sonuçları, anatomik ve morfolojik özelliklerine göre tanımlanan Esox lucius'un taksonomik konumunu doğrulamıştır.
İnfertilite tanısı alan çiftlerde polimorfik varyant kabul edilen kromozom değişikliklerinin değerlendirilmesi
İnfertilite, kişinin üreme kapasitesinin bozulması olarak tanımlanan bir hastalıktır. İnfertilitenin patogenezinde genetik faktörlerin etkisi olduğu bilinmektedir. Bu noktada kromozom polimorfizmleri ve infertilite arasındaki ilişki hala tartışmalıdır. Bu nedenle mevcut araştırmada, infertilite tanısı almış ve karyotip analizi yapılmış 178'i kadın, 213'ü erkek toplamda 391 vakanın verileri kromozomal polimorfizmler açısından retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Kontrol grubu olarak bilinen herhangi bir kalıtsal hastalığı olmayan, akraba evliliği yapmamış, sağlıklı çocuk sahibi olabilen, düşük ve/veya ölü doğum öyküsü bulunmayan 40 çift sitogenetik açıdan değerlendirilmiştir. Vaka grubunun kromozom polimorfizmleri için arşivdeki dosyalarından karyotip örnekleri ve preparat arşivindeki preparatları değerlendirilmiştir. Kontrol grubuna ait kan örneklerinden kapalı lenfosit kültürü yapılmış ve elde edilen kromozom preparatlarındaki karyotipler analiz edilmiştir. Bu çalışmada, toplam satellit polimorfizmleri (13 ps+,14 ps+, 15 ps+, 21 ps+ ve 22 ps+) kadın vaka grubunda kontrole göre önemli düzeyde yüksek bulunmuştur. Vakalarda (178'si kadın, 213'ü erkek) 1qh+, 9qh-, inv(9), 13ps+, 14ps+, 15ps+, 16qh+, 21ps+, 22ps+ polimorfizmlerinin dağılımlarında cinsiyetle ilişkili bir farklılık belirlenmemiştir. İnfertil kadınlarda en sık 9qh+ (%14,04) varyantına rastlanmıştır. Vaka grubunda (391 kişi) 9qh+ polimorfizmi 40 kişide (%10,23) görülmüştür. Bu oranın kontrol grubundan daha yüksek olduğu göze çarpmakla birlikte bu fark istatistiksel olarak anlamsız bulunmuştur. Bu bağlamda, infertilite ve kromozom polimorfizmleri arasındaki ilişkinin varlığını daha net ortaya koyabilmek için örneklem sayılarının fazla olması ve homojen örnek gruplarının seçilmesinin son derece önemli olduğu gözlenmiştir.
Arpa (Hordeum vulgare L.) fidelerinde nitrik oksit teşvikli kadmiyum toleransının araştırılması
Tarım topraklarında kadmiyum (Cd) kirliliği yaygın bir çevre sorunudur ve gıda güvenliği için potansiyel tehditler oluşturmaktadır. Nitrik oksit (NO), çevresel stres tepkilerini düzenleyen gaz halinde biyoaktif bir sinyal molekülüdür. NO'nun Cd toksisitesini hafiflettiği bildirilmiş olsa da, arpa fidelerinde NO teşvikli Cd toleransı hakkında moleküler düzeyde sınırlı bilgi mevcuttur. Bu nedenle bu çalışmada, NO'nun Cd stresine yanıttaki potansiyel rolü arpa (Hordeum vulgare L.) fidelerinin yapraklarında fizyolojik, biyokimyasal ve proteomik analizlerle incelenmiştir. Sonuçlar, 50 µM Cd stresinin bitki büyümesini ve klorofil içeriğini önemli ölçüde azalttığını ve lipid peroksidasyonu ve H2O2 içeriğini arttırdığını göstermiştir. Bununla birlikte, dışsal 100 µM sodyum nitroprussit (SNP; NO donörü) uygulaması, fide büyümesindeki Cd kaynaklı inhibisyonu ve klorofil içeriğindeki azalmayı önemli ölçüde hafifletmiş ve yaprak malondialdehit (MDA) birikimini önemli ölçüde azaltmıştır. Cd stresi, süperoksit dismutaz (SOD), guaiakol peroksidaz (POD) ve askorbat peroksidaz (APX) aktivitesini önemli ölçüde artırmıştır. Diğer taraftan, dışsal SNP uygulaması, Cd uygulamasına göre APX aktivitesinde daha fazla artışa neden olurken, SOD ve POD seviyelerini önemli ölçüde azaltmıştır. İfade seviyelerinde değişiklik (2 kat ve üzeri) gösteren yaprak proteinleri, iki boyutlu jel elektroforezi (2-DE) ile ayrıştırılmıştır. Otuz dört protein, MALDI TOF/TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight/ time-of-flight) kütle spektrometrisi ile başarıyla tanımlanmıştır. Kontrol ile karşılaştırıldığında, 28 proteinin ifade seviyesi artarken, 6 protein ifade seviyesi SNP ve/veya Cd stresi tarafından azaltılmıştır. Bununla birlikte, dışsal SNP uygulaması, protein seviyelerini farklı şekilde düzenlemiştir. Farklı şekilde ifade olan proteinler fonksiyonel olarak fotosentez ve karbohidrat biyosentezi (%47.1), protein metabolizması (%23.5), primer metabolizma (%11.8), enerji metabolizması (%11.8), stres savunma (%5.9) ve sinyal iletimi (%2.9) olmak üzere altı gruba ayrılmıştır. Metabolik yolak analizleri, fotosentez, protein sentezi, redoks homeostazı ve sinyal iletimi gibi Cd stresi tarafından bozulmuş yolakların SNP uygulaması tarafından belirgin şekilde iyileştirildiğini göstermiştir. Dışsal SNP uygulaması ile enerji metabolizması ile ilgili proteinlerin artan yönde düzenlenmesi artan enerji üretimini ihtiyacını göstermektedir. Protein metabolizmasında fonksiyon gören proteinlerin SNP uygulaması ile artan yönde düzenlenmesi, NO'nun stres direnci ve proteomun yeniden düzenlenmesindeki rolünü göstermektedir. Bu sonuçlar, NO'nun daha fazla enerji için fotosentezin teşvik edilmesi, proteinlerin korunması ve stres savunmasının aktivasyonu yoluyla Cd'un neden olduğu büyüme inhibisyonunu hafifletebileceğini ileri sürebilir.