489
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Melaleuca alternifolia (çay ağacı) yağının antileishmanial etkisinin araştırılması
Melaleuca alternifolia uçucu yağı üzerine yapılan literatür taramalarında, özellikle Leishmania tropica'ya karşı antileishmanial etkisi hakkında sınırlı sayıda çalışma olduğu görülmüştür. Türkiye'de ve Suriye'den göçlerle artan Şark Çıbanı olguları nedeniyle bu çalışmanın önemi artmaktadır. Leishmaniasis, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından ihmal edilen tropikal hastalıklardan biri olarak bildirilmiş ve 2019 yılında tahmini 700.000-1 milyon yeni vaka rapor edilmiştir. Tedavi yönetimi sınırlı olup, direnç gelişimi nedeniyle yeni ve etkili ilaç arayışları devam etmektedir. Bu nedenle bu araştırmanın amacı, deride enfeksiyon oluşturan ve ülkemizde gittikçe yaygınlaşan Şark Çıbanı etkeni Leishmania tropica'ya karşı çay ağacı uçucu yağının antileishmanial etkisini incelemektir. Bu doğrultuda Türkçe literatürde ilk kez çay ağacı yağı, farklı konsantrasyonlarda Leishmania tropica promastigotları üzerine uygulanmış ve antileishmanial etkisi ATP ölçümleri ile değerlendirilmiştir. Fenolik bileşiklerin düşük dozlarda antioksidan, yüksek dozlarda pro-oksidan etkileri gözlemlenmiştir. LD50 dozu 1/8 sulandırmada bulunmuştur. Bu sulandırma ve 1/1,1/2 ve ¼ sulandırmalarda anlamlı inhibisyon gözlenmiştir. Dolayısıyla çay ağacı yağının antileishmanial özellikleri, Leishmania tropica promastigotlarına karşı etkili bir inhibisyon sağlayarak deride oluşan Şark Çıbanı enfeksiyonunu baskılayabilir hipotezi doğrulanmıştır. Çay ağacı yağının antiparaziter ve antimikozal etkilerinin yanı sıra, Leishmania tropica üzerinde yapılan ilk çalışma olması açısından önem taşıyan bu araştırma Şark Çıbanı tedavisinde yeni ve etkili bir doğal tedavi alternatifi sunabilir ve daha ileri çalışmalar için temel oluşturabilir.
Aseptik menenjit/ensefalitli hastalarda herpes grubu virusların araştırılması
Viral menenjitler meningeal inflamasyon bulguları ile karakterize, bakteriyel ve fungal kültürlerin negatif olduğu merkezi sinir sistemi infeksiyonlarıdır. Viral ensefalitler bilinç bulanıklığı ve/veya nörolojik bozukluklar ile karakterize beyin parenkiminin inflamasyonudur. Bu çalışmaya, bölgemizde aseptik menenjit veya ensefalitli hastalarda Herpes Simpleks Virus infeksiyonlarının insidansını araştırmak amacıyla aseptik menenjitli 108 hasta ve ensefalitli 80 hasta olmak üzere toplam 188 hasta dahil edilmiştir. Hastalara ait beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde HSV-DNA tespiti için konsensus Herpes Simpleks Virus Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) testi kullanıldı. HSV tiplendirilmesi restriksiyon enzim analizi ile yapıldı. Ayrıca, intratekal sentezlenen HSV-1 ve HSV-2 spesifik İmmunglobulin G (IgG) antikorları ELISA (Enzyme Linked Immun Assay) testi ile araştırıldı. HSV-1 DNA toplam 188 hastanın 4'ünde (% 2,1) tespit edildi. HSV-1 IgG antikorları 3 hastadan alınan BOS örneğinde bulundu. HSV-1 IgG pozitif 3 hastanın 2'sinde HSV DNA da pozitif idi. HSV-2 DNA ve HSV-2 spesifik IgG hastalarımızın hiç birinde bulunmadı. Sonuç olarak, PCR ve ELISA testleri birlikte değerlendirildiğinde 188 hastanın 5'inde( % 2,6) HSV-1 infeksiyonu tespit edildi. Herpes simpleks virusa bağlı merkezi sinir sistemi infeksiyonlarında spesifik antiviral tedavi ile mortalite önemli ölçüde azaldığından, HSV infeksiyonunun erken tanısı son derece önemlidir. Merkezi sinir sistemi infeksiyonlarının erken tanısında PCR'ın hızlı ve güvenilir bir test olduğu ve intratekal sentezlenen HSV IgG testinin tek başına tanısal değerinin sınırlı olup PCR test sonuçları ile birlikte değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.
Akut ishallerde campylobacter jejuni ve diğer etyolojik ajanların hızlı tanısında moleküler yöntemlerin değeri
Termofilik kampilobakterler, gelişmekte olan ülkelerde özellikle 0-2 yaş arası çocuk ishallerinin en önemli etyolojik ajanlarındandır. Yüksek mortalite ile seyreden çocukluk dönemi ishallerinde; antibiyotik kullanımı için sınırlı endikasyonlar arasında yer alan kampilobakter enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hasta kayıplarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. İshalli hastaların dışkı örneklerinden kampilobakterlerin tanısında kullanılan klasik kültür bazlı izolasyon ve identifikasyon yöntemleri, uygulanması zor, pahalı, zaman alıcı, düşük duyarlılık ve özgüllüğe sahiptir. Bu sebeple son yıllarda klinik örneklerden kampilobakter tanısında, klasik kültür bazlı tanı yöntemlerinden daha yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olan Nükleik asit amplifikasyonu bazlı moleküler yöntemler kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada ishalle seyreden hastalıklarda, dışkı örneklerinden C.jejuni ve diğer termofilik kampilobakter türlerinin tanı ve tiplendirilmesinde, konvansiyonel kültür yöntemleri ile 23S rDNA bazlı PCR-RFLP yönteminin duyarlılığının tespiti amaçlanmıştır.Bu çalışmaya, Haziran-2006 ile Ekim-2007 tarihleri arasında kalan toplam 15 aylık süre içerisinde ishalli hastalardan alınan toplam 434 dışkı örneği dahil edilmiştir.Dışkı örneklerinden kampilobakter izolasyonu için, koyun kanı içeren Skirrow sellektif agar (SSA) besiyeri, Modifiye Kampilobakter Blood- Free Selective Agar (mCCDA agar) ve CAT suplement içeren CCDA besiyeri kullanıldı.Dışkı örneklerinden QIA-Gen dışkı ekstraksiyon kiti ile elde edilen DNA ekstraktı ile seçici besiyerlerinde üreyen, kampilobakter kolonilerinden dondurup çözme? yöntemi kullanılarak elde edilen DNA ekstraktı, termofilik kampilobakter türlerinin 23S rDNA geninde yer alan 491 bp uzunluğundaki dizilerin tespiti amacı ile çoğaltıldı. Amplikonlar Alu I ve Tsp 509I restriksiyon enzimi ile kesildikten sonra, jel elektroforezinde gösterdikleri fragment profil polimorfizmine göre tür düzeyinde tanımlandı.Çalışma sonunda bu yöntemlerden en az birisi ile; 13 (% 59)'ü kadın, 9 (% 41)'u da erkek hastalara ait olmak üzere 22 (% 5,1 ) örnekde kampilobakter pozitifliği tespit edildi. Örneklerin 16 (% 3,7)'sında mCCDA ve CAT besiyerlerinde, 13 (% 3 )'ünde de SSA besiyerinde üreme görüldü. PCR-RFLP ile dışkı örneklerinden 19 (% 4,5)'unda termofilik kampilobakter türleri için spesifik olan hedef dizilerin varlığı tespit edildi.Seçici besiyerlerlerinde izole edilen 17 izolatın hippurat hidroliz testi sonuçlarına göre yapılan tiplendirilmesi sonucunda, ensık tanımlanan türün 13 (% 76,5 ) izolatla C.jejuni olduğu görüldü. Aynı izolatlar PCR-RFLP ile tiplendirildiğinde en sık tanımlanan türün 14 (% 82,4) izolat ile yine C.jejuni olduğu tesbit edildi.Dışkıdan termofilik kampilobakterlerin tanısında ve tür düzeyinde identifikasyonunda moleküler yöntemlerin daha sensitif olduğu belirlendi
Bölgemizden izole edilen Helicobacter. pylori suşlarının moleküler epidemiyolojik özelliklerinin tespiti
Giriş ve Amaç: Helicobacter pylori (H.pylori), kronik olarak dünya nüfusunun yarısından fazlasını enfekte eden ve midede neoplastik ve inflamatuar gastroduodenal hastalıkların major nedeni olan bir gastrik patojendir. Bakteri ve konak genetik faktörleri ile çevresel faktörler arasındaki kompleks etkileşimlerin, kişilerdeki farklı klinik sonuçların belirlenmesinde önemli rol oynadıkları düşünülmektedir. cagA patojenite adası, s1m1 vacA alleleri, babA2, sabA ve oipA'yı içeren birçok bakteriyel virulans genleri, yüksek derecede mukozal inflamasyonla ilişkilidir. Aynı zamanda immün sistem de, H.pylori enfeksiyonuna inflamatuar cevabın yoğunluğunu düzenleyerek gastroduodenal hastalıkların patogenezinde önemli rol oynamaktadır. IL-1B'da traskripsiyon başlangıç bölgesinden 511. ve 31. pozisyonlarda, hepsi Sitozin/Timin baz transizyonu sergileyen bazı biallelik polimorfizmler ile gastrik inflamasyonun derecesiyle ilişkili IL-RN2 polimorfizmleri bildirilmiştir. Bununla birlikte farklı popülasyonlarda duodenal ülser, gastrit ve gastrik kanserle IL-1B polimorfizminin ilişkisiyle ilgili epidemiyolojik çalışmaların sonuçları bazı çelişkilere sahiptir. Bu çalışma, Çukurova bölgesinde, sitokin gen polimorfizmlerinin (IL-1B, IL-1RN) ve bakteriyel virulans markerlarının H.pylori enfeksiyonu süresince gastrointestinal hastalıkların gelişimindeki rolünü araştırmak için yapılmıştır.Gereç ve Yöntem: Gastrik semptomu olan 210 hasta ve 90 sağlıklı kontrolde, IL-1B'nın farklı lokusları ve IL-1 reseptör antogonist (IL-1RN) genlerindeki polimorfizm, PCR-RFLP ile genotiplendirildi. Gastrik doku örneklerinde, H.pylori varlığı ve bakteriyel virulans markerları glmM, cagA, vacAs1/2, and vacAm1/2 PCR ile araştırıldı.Bulgular: glmM-PCR analizi sonucunda, 110 semptomatik hastanın 89 (% 80,9)'unda H.pylori DNA'sı tespit edildi. Kolonize suşların % 64'ünün Tip I suşlar olduğu ve Tip I ve Tip II suşlarda en çok görülen vacA allelik kombinasyonun 25 (% 28,0) suş ile s1/m2 ve 23 (% 25,8) suş ile s1/m1 olduğu belirlendi. Gastrit hastalarında, heterozigot IL-1RN 1/2 ve IL-1B C/T genotipleri daha sık oranda tespit edildi. IL-1RN*2 genotipi taşıyıcılarının gastrit riskini 1,81 odds ratio ile bağımsız olarak artırdığı [% 95 güven aralığı (GA), 1,094?3,0], (p=0,02) ve IL-1 RN L allelinin gastrit riskini 0,168 odds ratio ile azalttığı [% 95 güven aralığı (GA), 0,039-0,725], (p= 0,007) bulundu. IL-1B (-511 ve -31 C/T) genotip/allelleri, gastroduodenal patoloji ile ilişkili bulunmadı.Sonuç: H.pylori enfeksiyonunda sitokin gen polimorfizmi, gastrik inflamasyonu etkilemektedir. Bakteri virulans faktörleri ve sitokin genotipleri arasındaki etkileşim, farklı gastrik hastalıklara yol açan H.pylori enfeksiyonda muhtemelen ana yoldur. Yüksek riskli kişilerde, H.pylori eradikasyonunda bakteriyel testler ve konak genotiplerinin kombinasyonu hedef olarak kullanılabilir.Anahtar sözcükler: H.pylori, glmM, cagA, vacA, IL-1ß polimorfizmi
Yöremizde izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında direnç profili
Dünya'da olduğu gibi ülkemizde de tüberküloz büyük bir sağlık sorunu olarak önemini korumaktadır. Akdeniz bölgesinde verem savaş dispanserinin 2006-2007 yıllarındaki tüberküloz insidansı sırasıyla 18.3/100.000 ve 17.8/100.000 olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada Adana ve çevre illerden Ocak 2008-Temmuz 2010 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesinin çeşitli kliniklerine başvuran hastaların, Mikrobiyoloji laboratuvarına tüberküloz ön tanısıyla gönderilen materyallerinden izole edilen 179 M. tuberculosis suşunun antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının BACTEC MGIT 960 sistemiyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Toplam 179 suşun 148(%82.6)'i solunum yolu materyallerinden, 31(%18.4)'i diğer materyallerden(Eklem Mayisi, Abse, Doku, Biopsi Materyali, Lenf Sıvısı, Bos, İdrar) izole edilmiştir. Suşların 131 (%73.18)'i antitüberküloz ilaçların tümüne duyarlı iken, 48(%26.82)'i en az bir ilaca dirençli ve 18(%10.05)'i en az 2 ilaca dirençli bulunmuştur. Bu çalışmanın duyarlılık testlerinde kalite kontrol olarak, ilaçlara duyarlı olduğu bilinen Mycobacterium tuberculosis ATCC 27294 (H37Rv) suşu kullanılmıştır. Bu suşların streptomisin, izoniyazid, rifampisin, etambutol'e direnci sırasıyla 22(%19.89), 30(%27.63), 9(%9.87), 7(%6.85) olarak bulunmuştur. Çoklu ilaç direnci gösteren suşların 16(%9.49)'sı iki ilaca dirençli, 2(%1.12)'si üç ilaca dirençli ve tüm ilaçlara dirençli suş bulunmamıştır. Sadece tek bir ilaca dirençli suşların sayısı ise streptomisin, izoniyazid, rifampisin ve etambutol direnci sırasıyla; 15 (%8.38), 13 (%7.26), 1 (%0.56) ve 1 (%0.56) olarak bulunmuştur. M.tuberculosis'in ilaçlara olan yüksek direnci izoniyazid (%27.63) olarak tespit edilmiştir.
Çocuklarda üst solunum yolu enfeksiyon etkenlerinin multipleks pcr yöntemiyle araştırılması
ÖZET ÇOCUKLARDA ÜST SOLUNUM YOLU ENFEKSİYON ETKENLERİNİN MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE ARAŞTIRILMASI Tuğba TEKEREK Yüksek Lisans Tezi, Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tez Danışmanı:Prof. Dr. Tekin KARSLIGİL 56 Sayfa, Mayıs 2024 Tüm yaş gruplarında sık görülen solunum yolu enfeksiyonları, dünya genelinde önemli bir halk sağlığı sorunudur. Virüs ve bakteri kaynaklı solunum yolu enfeksiyonlarının, kliniğe ve radyolojik duruma göre birbirinden ayırt edilmesi zordur. Bakteriyel ve viral enfeksiyon ayrımının erken dönemde yapılması, tedavinin başlatılması, mortalite ve morbiditenin azaltılmasında fayda sağlamaktadır. Çeşitli virüsleri ve bakterileri aynı anda kısa sürede tanımlayabilen Multipleks PCR testleri, doğru tedavinin başlatılmasına yardımcı olabilir. Çalışmamıza, Kasım -Aralık 2023 tarihleri arasında Gaziantep Abdulkadir Konukoğlu ASM'ne üst solunum yolu enfeksiyonu şikayetleriyle gelen 0-18 yaş arası 100 hasta dahil edildi. Hastalardan alınan solunum yolu örneklerinde M-PCR ile Adenovirus, influenza A, influenza B, PİV (1, 2, 3, 4), RSV (A/B), hMPV, HBoV, HCoV (HKU, 229E, NL63, OC43), Sars-CoV-2, paraechovirus, enterovirus / rhinovirus, Streptococcus pneumoniae, Bordetella pertussis, Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae ve Legionella pneumophila olmak üzere 18 virüs, 6 bakteri toplam 24 etken araştırıldı. Çalışmada 62 (%62) hastada en az bir etken saptandı. Multipleks PCR sonuçlarına göre en çok tespit edilen bakteriyel etkenler sırasıyla S.pneumoniae (n:28), H. influenzae (n:21) en sık tespit edilen viral etkenler ise hCoV türleri (n:10), enterovirüs /rhinovirus (n:9)' dür. 38 (%38) hastada negatif sonuç alındı. Koenfeksiyon oranı %18 olarak saptandı. Sonuçlar incelendiğinde pozitif etkenlerin; 50'si (%61.73) bakteriyel, 31'i (%38.27) viral etkendi. Etkenlerin cinsiyete göre dağılımı incelendiğinde sadece H. influenzae 'da erkeklerde kadınlardan anlamlı derecede fazlalık görüldü. Solunum yolu enfeksiyonlarında etkenlerin hızlı moleküler testlerle saptanması antimikrobiyal tedavinin ivedilikle düzenlenmesine olanak sağlayacak ve gereksiz antibiyotik kullanımın engellenmesine katkıda bulunacaktır. Ayrıca, enfeksiyonun yayılımını engellemek için gerekli izolasyon önlemlerinin vakit kaybedilmeden alınmasını sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Multipleks PCR, üst solunum yolu enfeksiyonu, bakteri, virüs, etken.
Hamburger etlerindeki hastalık oluşturan 'escheria coli ve salmonella ' bakterilerinin var olup olmadığının araştırılması
Hamburger köfteleri genellikle hızlı ısıl işleme tabi tutularak tüketilmekte olup, köftenin yapıldığı hayvansal kaynaklara bağlı önemli bazı bakteriyel etkenlerin bulaşına neden olabilmektedir. Bu çalışma hamburger etlerinden geçişi olan önemli zoonotik etkenlerden "EHEC ve Salmonella" bakterilerinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Çalışmada Gaziantep'te 60 farklı hamburgerciden normal müşteri olarak bir et ve bir tavuk hamburger siparişi yapılıp, istenen yemeğin içindeki etin farklı alanlarından (kenar ve orta kısmın), kürdanla parçalar alınarak, içerisinde 2 mL steril serum fizyolojik bulunan ependorf tüplerine konuldu. Toplam 240 numune (120 et, 120 tavuk) toplandı. Alınan örnekler 1 saat içerisinde laboratuara ulaştırıldı. Örnekler vorteksle homojenize edildikten sonra, 1 öze dollusu alınarak EMB agar ve Sorbitollü Mac Conkey agara ekimi yapıldı. 37 °C'de 24-48 saat inkübasyon sonunda üremiş olan bakteriler konvansiyonel olarak tanımlandı. Kenar ve orta alan olmak üzere kültürü yapılan 120 et örneğinin 40'ında (%33.3), tavuk örneklerinin 47'sinde (%39.2) üreme saptanmazken, et örneklerinin %66.7'sinde, tavuk örneklerinin %60.8'inde en az bir bakteri üremesi saptandı. Örneklerin hiçbirinde EHEC ve Salmonella spp. saptanmadı. Et ve tavuk örneklerinde sırasıyla; 50'sinde (%41.7) ve 29'unda (%24.2) Bacillus spp., 30'unda (%25) ve 42'sinde (%35) E.coli, 11'inde (%9.2) ve 11'inde (%9.2) Klebsiella spp, 3'ünde (%2.5) ve 4'ünde (%3.3) Proteus spp. üremesi tespit edildi. Et örneklerinde Bacillus spp. üreme oranının tavuk örneklerine oranla anlamlı şekilde daha yüksek olduğu saptanmıştır. Çalışmamızın sonuçları tüketime hazır hamburger köftelerinin patojen mikroorganizmalarla kontaminasyonunun bir halk sağlığı riski olmaya devam ettiğini göstermektedir. Bu nedenle, tüketicilerin ve bir bütün olarak halkın sağlığını korumak için etkili gıda hijyeni ve güvenliği sistemleri gereklidir. Anahtar Sözcükler: Hamburger, gıda zehirlenmesi, zoonoz, Enterohemorajik E. coli, Salmonella
0-17 yaş grubunda gastroenterit etkenlerinin multiplex PCR yöntemiyle değerlendirilmesi
Amaç; Çocukluk çağı morbidite ve mortalitelerinin ilk sebebi akut solunum yolu enfeksiyonları iken ikinci en sık sebebi akut enfeksiyöz ishallerdir. Tanıda öykü ve klinik muayene yol gösterici olabilir ama kesin tanıya gidebilmek için laboratuvar desteğine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada akut ishalli çocuklarda mikroskobik ve makroskobik incelemeye, immunokromotografik yönteme ve kültür yöntemine dayalı klasik testlerle moleküler yöntemleri birlikte kullanarak viral, bakteriyel, paraziter ajanları beraber değerlendirmek, etkenlerin sıklığını belirlemek ve ileride bu yönde yapılacak çalışmalara ışık tutmak amaçlanmıştır. Yöntem: Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuarına ishal şüphesiyle gönderilen 0-17 yaş arası toplam 101 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Gelen bütün örnekler makroskobik ve mikroskobik olarak incelenmeye alınmıştır. Örnekler rotavirus, enterik adenovirus, cryptosporidium, G. intestinalis, E. histolytica yönünden immunokromotografik yöntemle çalışan hızlı anijen testine alınmıştır. Örneklerin bakteriyolojik açıdan kültürü yapılmıştır. Multiplex PCR yöntemiyle de örnekler etkenler açısından bütüncül değerlendirme altına alınmıştır. Bulgular: Kız ve erkek çocuklarda benzer oranlarda enfeksiyon görülmüş olup cinsiyet açısından anlamlı bir farka rastlanmamıştır. En yüksek enfeksiyon oranının görüldüğü grup %100'lük bir oranla 2-5 yaş arası gruptur. Multiplex PCR yöntemi ile hastaların 84'ünde (%83.2) bakteriyel, 48'inde (%47.5) viral, 12'sinde (%11.9) protozoal etken saptanmıştır. Viral ajanların multiplex PCR sonuçları incelendiğinde rotavirusun ilk sırada yer aldığı, adenovirus ve nörovirusun da birbirine yakın oranlarda görülüp ikinci sırada birlikte yer aldıkları belirtilmiştir. Bakteriyel etkenlerin multiplex PCR yöntemi sonuçları incelendiğinde 84 hastada (%83,2) diyarojenik E. coli, 7 hastada (%6,9) campylobacter spp, 3 hastada (%3) Salmonella, 1 hastada da Shigella (%1) görüldüğü saptanmıştır. Klasik kültür yöntemiyle de 3 hastada Salmonella, 1 hastada Shigella tespit edilmiştir. Protozoal etkenlerin multiplex PCR yöntemiyle olan sonuçları incelendiğinde hastaların 2'sinde (%2) Cryptosporidium, 2'sinde (%2) Giardia lamblia etkeni saptanmıştır. İmmunokromotografik yöntemle de hastaların 2'sinde (%2) Cryptosporidium, 1'inde (%1) Giardia, 8'inde (%8) de E. histoytica saptanmıştır. Sonuç: Akut gastroenteritte etken virüs ya da parazit olduğunda tedavi destek tedavisinden oluşmaktadır. Antibiyotik tedavisi gerektiren gastroenteritler bakterilerden Shigella, parazitlerden ise E. histolytica kaynaklı ishallerdir. Yaptığımız çalışmada görmekteyiz ki moleküler yöntemler olmaksızın klasik yöntemlerle tanıya gidildiğinde gastroenterit tanısı ve tedavisi açısından önemli bir kayıp yaşanmayacaktır.
Çukurova bölgesinde izole edilen akciğer tüberkülozlu hastalara ait Mycobacterium tuberculosis suşlarının Spoligotyping ve Mycobacterial İnterspersed Repetetive Unit-Variable Number Of Tandem Repeat (MIRU-VNTR)) yöntemiyle tiplendirilmesi
Amaç: Tüberküloz gelişmekte olan tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemleri arasındadır. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili Spoligotyping ve Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasına rağmen, ülkemizde ve bölgemizde Mycobacterium tuberculosis'in epidemiyolojik özelliklerini tespite yönelik çalışma yok denecek kadar azdır. Bu çalışma ile moleküler epidemiyolojik yöntemler kullanılarak Mycobacterium tuberculosis'in Çukurova bölgesindeki epidemiyolojik özelliklerinin tespiti amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2007- Haziran 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 467 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile Spoligotyping ve 12 lokus MIRU-VTR yöntemleri ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Spoligotyping yöntemi ile 467 izolatın izolatın 443'ünün (% 94,9) 21 küme içerisinde yoğunlaştığı, 24'ünün (% 5,1) ise SpolDB4 veri bankasındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir kümeye uymayan orphan suşlar oldukları belirlenmiştir. Bölgemizde en yaygın olan ailenin 239 izolat (% 51,9) ile T1 ailesi olduğu bunu 54 izolat (% 11,5) ile LAM7 TUR ailesinin izlediği görülmüştür.Sonuç:Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan 5 çalışmaya ait sonuçlardan farklı olarak bölgemizde LAM7 TUR ailesinin değil T1 ailesinin daha yaygın olduğu görülmüştür.Anahtar Kelimeler: MIRU-VNTR, Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping
Çocuk yaş grubunda görülen gastroenteritlerde viral ve bakteriyel etkenlerin klasik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Amaç: Akut gastroenterit bütün dünyada, özellikle gelişmekte olan ülkelerde yenidoğan ve küçük çocuklar için önemli bir sağlık sorunu ve önde gelen bir ölüm sebebidir. Bu çalışmanın amacı bölgemizde çocuklarda görülen akut gastroenteritlerde klasik ve moleküler tanı yöntemleri kullanılarak viral ve bakteriyel etkenlerin araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Temmuz 2009 ile Ekim 2009 tarihleri arasında Adana Doğum ve Çocuk Bakımevi Hastanesi polikliniklerine ve acil servisine akut gastroenterit ile başvuran yaşları 0-12 yaş arasında değişen çocuklara ait 136 dışkı örneği dahil edildi. Dışkı örneklerinde bakteriyel enteropatojenlerin izolasyonu için klasik kültür yöntemi ve viral etkenlerden rotavirus, norovirus, astrovirus ve adenovirus antijenlerinin tanısı için Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) testi kullanıldı. Ayrıca rotavirus grup A antijeni pozitif bulunan dışkı örneklerinde önce reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) testi ile VP4 ve VP7 rotavirus genomları ve ardından semi-nested multipleks PCR testi ile G ve P genotipleri tespit edildi.Bulgular: Toplam 136 vakanın % 20,6'sında (28 vaka) viruslar ve % 8,1'inde (11 vaka) bakteriler olmak üzere % 28,7'sinde (39 vaka) gastroenterit etkeni tespit edildi. Akut gastroenterit etkenlerinden sırasıyla; norovirus vakaların % 11'inde (15 vaka), rotavirus % 7,3'ünde (10 vaka), Shigella sonnei % 6,6'sında (9 vaka), adenovirus % 2,2'sinde (3 vaka), Salmonella newport % 0,7'sinde (1 vaka) ve Campylobacter jejuni %0,7'sinde (1 vaka) bulundu. Miks infeksiyon ise 2 vakada (% 1,5) gözlendi. Rotavirus antijeni pozitif bulunan 10 örnekte en baskın bulunan genotip % 30 oranla G9P[8] olup, bunu G9P[11] % 20 ve G4P[8] % 10 oranla izledi. G genotiplerinden G9 % 60 ve P genotiplerinden P[8] % 50 oranla en yaygın bulunan genotiplerdi.Sonuç: Çalışmanın yapıldığı 2009 yaz döneminde akut gastroenteritli çocuklarda en fazla bulunan etkenler norovirus (% 11), rotavirus (% 7,3) ve Shigella sonnei (% 6,6)'dir. Akut gastroenteritlerin etyolojik tanısı ile destekleyici tedavi gerektiren viral etkenler ve antibiyotik tedavisi gerektiren shigella ve campylobacter gibi bakterilerin tespiti sonucu uygun hasta yönetimi sağlanacakır.Anahtar Kelimeler: Akut gastroenterit, bakteriler, çocuklar, ELISA, PCR, viruslar
0-5 yaş yabancı uyruklu çocuklarda saptanan gastroenterit olgularında rotavirüslerin moleküler tiplendirilmesi
Rotavirus (RV), çocukluk çağında görülen viral gastroenteritlerinin sebeplerindendir. Gelişmekte olan ülkelerde mortalite ve morbiditenin en yaygın nedenlerindendir. Bu çalışmada 0-5 yaş yabancı uyruklu çocuklarda saptanan gastroenterit olgularında rotavirüslerin moleküler tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışma Mayıs 2022- Kasım 2023 arasında Gaziantep bölgesinde 0-5 yaş arası 120 yabancı uyruklu çocuklardan dışkı örnekleri toplanarak yapılmıştır. İmmünokromatografik yöntem ile Rotavirus pozitif bulunan, 74 (33 kız, 41 erkek) hastanın örnekleri moleküler yöntemle tiplendirilmiştir.Çalışma Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında gerçekleştirilmiştir. Rotavirus VP7 ve VP4 genlerini amplifiye etmek için ileri (forward) ve geri (reverse) primerler (Macrogen, Kore Cumhuriyeti) kullanılmıştır. Genotiplendirme için de miRCURY LNA™ SYBR Green PCR Kitini kullanan (Qiagen, Hilden, Almanya) Tek Adımlı RT-PCR tekniği uygulanmıştır. Rotavirus antijen pozitifliği saptanan olguların cinsiyetler arasında dağılımı istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Çalışmaya alınan yabancı uyruklu çocukların (24) %32.4'ünde P4,(13)%17.6'sında P6,(28) %37.8'inde P8, pozitifliği saptanmıştır. G genotipleri ise örneklerin (24) %32.4'ünde G1, (14)%18.9'unda G4,(17) %23'ünde G9 olarak bulunmuştur. Hastaların hiçbirinde G8 pozitifliği bulunmamıştır. Hem G hem de P tipleri birlikte tespit edilen miks serotiplerde ise(15) %23.8 oranında G1P[8] genotip kombinasyonu görülmüş iken, (6) %9.5 G2P[4] ve G9P[6] saptanmıştır. VP7-G genotiplerinin dağılımı açısından yaş grupları arasında anlamlı farklılık saptanmadı. Kız çocuklarının %9'unda, erkek çocukların %22'sinde P9 genotipi saptanmış olup P9 genotip pozitifliği açısından kız ve erkek çocuklar arasındaki fark anlamlı bulunmuştur (p<0.05). Rotavirüs enfeksiyonu olan olgularda G1P[8], G2P[4], genotiplerinin en yaygın görülen genotiplerdi. Yabancı uyruklu çocuklarda bölgede yaygın görülen serotipler bulunmakla birlikte farklı serotiplerde saptanmıştır. Bu konuda daha detaylı çalışmaların yapılması gerekmektedir.
Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında CTX-M tipi geniş spektrumlu ß-laktamaz genlerinin PCR, PCR-RFLP, dizi analizi yöntemleri ile identifikasyonu ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi
CTX-M tipi GSBL üreten E.coli ve K.pneumoniae suşları tüm dünyada giderek artan prevalans oranları ile gerek toplum kökenli gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda tedavi başarısızlıklarının önemli bir sebebi haline gelmiştir. Alternatif tedavi seçeneklerinin başarısızlıkları ile çoklu ilaç dirençli hale gelen CTX-M tipi GSBL üreten suşların kontrolünde, en önemli alternatif klonal düzeyde etkin sürveyanstır.Ülkemizde CTX-M tipi Geniş Spektrumlu ß-laktamaz enzimi üreten E.coli ve K. pneumoniae türlerinin varlığı sınırlı sayıda çalışma ile gösterilmiştir. Ancak bölgemizde GSBL üreten suşların varlığı bilinmekle beraber CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşlar ve görülen subtipler hakkında bilgi mevcut değildir.Bu çalışmada hastanemizin Merkez Laboratuarında, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara ait klinik materyallerden izole edilen, G.S.B.L. üreten E.coli ve K. pneumoniae suşları arasında, moleküler epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşların prevalansının, enzim tiplerinin ve bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Çalışma sonunda; PCR yöntemi ile CTX-M tipi enzimleri, G.S.B.L. üreten E. coli izolatları arasında %87,31 (69/79), K. pneumoniae izolatları arasında da %88,88 (24/27) oranında belirlendi. Ayrıca Grup Spesifik PCR, PCR-RFLP ve Dizi Analizi çalışmalarıyla suşlarımızın % 94.6 (88/94)'sının CTX-M-1 grubu/CTX-M-15 alttipi enzim üreten suşlar olduğu, kalan 5 (%5.3) suşun da CTX-M-9 grubu/CTX-M-14 alt tipi enzim üreten suşlar oldukları belirlendi. İzolatlarımız arasındaki muhtemel klonal ilişkinin tespiti amacıyla kullandığımız PFGE yöntemi CTX-M tipi enzim üreten suşlar arasında klonal bir ilişkinin bulunmadığını gösterdi.
Endodontik enfeksiyonlu hastalarda moleküler ve konvansiyonel yöntemlerle etyolojik ajanların tespiti
Bu çalışmanın amacı, nekrotik pulpalı dişlerden ve endodontik tedavi başarısızlığı görülen kök kanallarından alınan örneklerde, belirlenmiş olan bazı anaerob bakterilerin varlığının PCR yöntemi kullanılarak araştırılması ve bu patojenlerin birbirleri ile ve klinik semptomlarla ilişkilerinin incelenmesidir.Çukurova Üniversitesi Diş Hastalıkları ve Tedavisi Anabilim Dalı kliniğine başvuran ve kök kanal tedavisi endikasyonu konmuş olan toplam 107 bireyin yer aldığı çalışmada, daha önce herhangi bir endodontik tedavi görmemiş 72 primer enfeksiyonlu (nekrotik pulpalı) ve endodontik tedavi görmüş ancak apikal periodontitis bulgusu gösteren 35 sekonder enfeksiyonlu (apikal periodontitisli ve eski kanal tedavili) dişlerden alınan kök kanalı örnekleri incelendi.Primer ve sekonder enfeksiyonu bulunan dişlerin kök kanallarından alınan klinik örneklerde anaerob bakterilerden Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas endodontalis, Prevotella intermedia, Prevotella melaninogenica, Prevotella nigrescens, Tannerelle forsythia, Peptostreptococcus micros suşlarının tanısı spesifik primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile yapıldı.Tüm örneklerdeki pozitiflik oranları değerlendirildiğinde 107 örnekten 55 (%51,4)'de pozitif bulunan P.gingivalis'in en yüksek orana sahip olduğu; bunu sırasıyla %46,7 ile P.micros, %44,9 ile P.endodontalis, %43,9 ile F.nucleatum, %33,6 ile P.intermedia, %30,8 ile T.forsythia, %22,4 ile P.melaninogenica ve %15,9 ile P. nigrescens' in takip ettiği belitlenmiştir.Hem primer hem de sekonder enfeksiyona sahip olan dişlerde pozitiflik oranları değerlendirildiğinde, P.gingivalis pozitifliğinin, sırasıyla %54,2 ve %45,7 oranlarında yer aldığı ve her iki grupta da en yüksek pozitifliğe sahip anaerob tür olduğu tespit edilmiştir.Tüm kök kanal örneklerinden elde edilen pozitiflikler değerlendirildiğinde, örneklerin %22,4'ü sadece tek bir tür bakteri pozitifliği gösterirken, %23,4'nün sadece iki bakteri, %13,1'nin sadece üç bakteri, %27,1'nin dört bakteri, %11,2'nin beş bakteri ve %2,8'nin ise 6 bakteri pozitifliği gösterdikleri tespit edilmiştir.Primer enfeksiyonlu dişlerde F.nucleatum ve P.gingivalis, sırasıyla %6,9 ve %4,2 ile tek başına en çok tespit edilen bakteri türleri olurken, sekonder enfeksiyonlu dişlerden alınan örneklerde, P.endodontalis ve P.gingivalis, sırasıyla %14,3 ve %8,6 oranları ile, sadece bir kanal örneğinde tek başına en çok bulunan bakteri türleri oldukları tespit edilmiştir.Tüm kök kanal içi örneği alınan 107 hastadan 21'nin klinik belirti ve bulgu göstermeyen asemptomatik vakalar oldukları, 86'nın da klinik olarak belirti ve bulgu gösteren semptomatik vakalar oldukları belirlenmiştir.Anahtar sözcükler: Anaerob bakteri, Endodontik, Primer enfeksiyon, Sekonder enfeksiyon, Semptom
Bölgemizdeki sağlıklı çocuklarda lenfosit subgruplarının referans aralıkları
Önceki yıllarda konu ile ilgili olarak bölgemizdeki yetişkin bireylerde lenfositsubgruplarının referans aralıkları belirlenmiş ve faydalı bilgiler elde edilmiştir. Buçalışma ile bölgemizdeki sağlıklı çocuklarda lenfosit subgruplarının referansaralıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışma Eylül 2010 ? Aralık 2010 tarihleri arasında yapılmıştır. Çalışmaya 0-18aralığında 48'i kız, 52'si erkek toplam 100 sağlıklı çocuk dahil edilmiştir. Çocuklar 0-4yaş, 5-9 yaş, 10-14 yaş ile 15-18 yaş olmak üzere 4 gruba ayrılmıştır. Tam kansayımları ve CD3, CD4, CD8, CD19, CD56 referans aralıkları ve CD4/CD8 oranlarınınbelirlemek için Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi MerkezLaboratuarında akım sitometrisi cihazı kullanılmıştır. Tüm verilerin istatistikselanalizleri Statistical Package for the Social Sciences (SPSS, version 18.0) programıyardımıyla yapılmıştır.İstatistiksel analizler ile 100 sağlıklı çocuğun total lökosit sayısı ve lenfosityüzdeleri sırasıyla; 7,943±2,232 ve 37,5±11,7 olarak bulunmuştur. Lenfosit subgrupyüzdeleri ise CD3, CD4, CD8, CD19, CD56 ve CD4/CD8 için sırasıyla; 69,4±4,9,40,5±4,9, 27,8±4,7, 14,6±4,3, 10,3±3,2 ve 1,51±0,36 olarak bulunmuştur.Çalışma sonunda bölgemizdeki sağlıklı çocukların CD3, CD4, CD8, CD19,CD16+56 (doğal öldürücü hücreler) lenfosit subgruplarının ve CD4/CD8 oranınınreferans aralıkları belirlenmiştir. Bu bilgiler doğrultusunda normal referans aralıklarının,bağışıklık sistemi ile ilgili dallarda konuyla ilgili hastaların takip ve tedavileriniyönlendirmede özellikle çocuk hematoloji kliniği hastalarına ciddi faydalar sağlamasıve böylece patolojik değerlere ışık tutarak çocukların sağlıklı olup olmaması ileilişkilendirilebilmesi beklenmektedir.Anahtar Sözcükler: Akım Sitometri, CD4, CD8, Lenfosit Subgrupları, SağlıklıÇocuklar.
Çukurova Üniversitesi Tropikal Hastalıklar Araştırma ve Uygulama Merkezi ve Bölge Tüberküloz Laboratuvarı'na gönderilen balgam örneklerinden izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarının major ve minör antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının belirlenmesi
Tüm dünyada ilaç dirençli tüberküloz olgularının sayısındaki artış, 20.yy ilk yarısına kadar başarı ile sürdürülen tüberküloz kontrol programlarının tartışılır hale getirilmiştir. Ayrıca bu durum dirençli suşların daha duyarlı epidemiyolojik yöntemlerle izlenerek yeni kontrol programlarının geliştirilmesine sebep olmuştur. Bu bağlamda çok ilaca dirençli ve artmış ilaç dirençli izolatlarının izlenmesi, tanımlanması ve minor ilaç duyarlılıklarının belirlenerek vakaların en kısa sürede uygun tedavi protokolleri kullanılarak tedavisi hayati önem taşımaktadır.Bu çalışmada Bölge Tüberküloz Laboratuarına 2 yıllık periyod içerisinde 20 merkezden gönderilen 27.457 akciğer tüberkülozlu hastaya ait balgam örneklerinden izole edilen 14'ü RIF+INH 19'u da RIF+INH dışı major ilaçlara karşı dirençli bulunan suşlardaki minor antibiyotik direnci belirlenmiştir. Bu amaçla kullanılan yöntem proporsiyon (PPD) duyarlılık yöntemi ve MGIT-960 duyarlılık testlerinin nitroredüktaz aktivitesinin ölçümü ve hızlı sonuç üreten nitroredüktaz proporsiyon (NRPPD) yöntemlerinin duyarlılıkları karşılaştırılmıştır.Sonuç olarak; RIF+INF dirençli suşların 1(%7)'inin çalışılan tüm yöntemlerle minor antibiyotiklerin en az 3`üne karşı direnç geliştirdiği tespit edildi. Ayrıca çok ilaca dirençli tüberkülozun bölgemiz için ülke ortalamalarının üzerinde prevalans gösterdiği ve artan genişletilmiş ilaç dirençli tüberküloz olgularının arttığı bir duruma doğru ciddi tehtid yarattığı tartışılmıştır.Anahtar kelimeler: INH, MGIT, Mycobacterium tuberculosis, RIF
Yöremizde izole edilen Brusella Spp suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının E-Test yöntemi ile değerlendirilmesi
Bruselloz tüm dünyada yaygın olarak görülen ve ülkemizde kırsal alanlar başta olmak üzere önemli bir sağlık sorunu oluşturan zoonotik bir hastalıktır. Ülkemiz brusellozun endemik görüldüğü coğrafyada bulunmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen Brusella cinsi bakterilerde tür tayini yapılması ve bu suşların klasik tedavi rejimlerinde kullanılan antibiyotiklere karşı in vitro duyarlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya 2010 ile 2012 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesinde, klinik örneklerden izole edilen 50 Brusella suşu dahil edilmiştir. İzolatlar Vitek 2 otomatize sistemiyle tür düzeyinde tanımlanmıştır Brusella cinsi 50 izolata karşı doksisiklin, streptomisin, rifampisin, siprofloksasin, tigesiklin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazole, eritromisin, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik asit'in in vitro aktivitesi E-Test yöntemi ile belirlenmiştir.Tüm izolatlar Brusella melitensis olarak belirlenmiştir. Tüm izolatlar doksisiklin, streptomisin, siprofloksasin, tigesiklin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazole, eritromisin, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik asit'e duyarlı (%100) olarak bulunmuştur. Rifampisin'e 11 suş (%22) orta duyarlı, bir suşta (%2) dirençli olarak tespit edilmiştir. Tüm Brusella melitensis izolatlarına karşı minimal inhibitör konsantrasyon (MIK50; 0,023 ug/ml ve MIK90; 0,064 ug/ml) değerleri en düşük Trimetoprim-sulfametoksazole'de belirlenmiştir.Brusella türlerinin antibiyotik duyarlılıklarının belirli aralıklarla tespit edilmesinin ve buna göre tedavinin yönlendirilmesinin uygun olacağını düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Antibiyotik duyarlılık, Brusella spp, Bruselloz tedavisi, E-Test
Hastane enfeksiyonlarından izole edilen a.baumannii suşlarının AFLP ve pfge yöntemi ile moleküler karakterizasyonu
A. baumannii?nin hastane infeksiyonlarında önemi giderek artmaktadır. Özellikle yoğun bakm ünitelerinde sıklıkla izole edilmektedir. Hastane infeksiyonlarının önlenmesinde hijyen, personel eğitimi, akılcı antibiyotik kullanımı ve surveyans önemlidir. Tüm hastane infeksiyonlarında olduğu gibi A. baumannii?nin neden olduğu infeksiyonlarda da infeksiyonun epidemiyolojik özelliklerini değerlendirmek ve infeksiyon ile ilişkili izolatların klonal özelliklerini ortaya koymak için genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden PFGE, A baumannii salgınlarının surveyansında, salgın izolatlarının klonal ilikisinin ve kaynağının tespit edilmesinde `?altın standart?? olarak kabul edilen bir yöntemdir. Ancak son yıllarda AFLP?nin sürveyans çalışmalarında PFGE yönteminin alternatifi olabileceği, yöntemin, PFGE?ye gore maliyet, geri dönüş süresi ve ayırım gücü yönünden avantajları olduğu ileri sürülmüştür. Bu çalışmada hastane infeksiyonlarının sürveyansında AFLP?nin kullanılabilirliğinin belirlenmesi amaçlanmış, test mikroorganizması olarak A. baumannii kontrol yöntem olarak da PFGE seçilmiştir. Çalışmada test suşu olarak Ç. Ü. Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuarına çeşitli servislerden gönderilen klinik materyalden izole edilen Karbapeneme dirençli 49 A. baumannii izolatıkullanılmıştır. Test suşları arasındaki klonal ilişki AFLP ve PFGE ile araştırılmıştır. PFGE yöntemi ile % 100 uyumlu bulunan ve A kümesi içerisinde alt kümelere dağılan 18 suşun 11?inin AFLP ile de % 100 ilişkili benzer alt kümelere dağıldıkları, bu küme içeriside yer alan 14 suşun da her iki yöntem ile bağımsız tek üyeli kümeler içerisine dağıldıkları görüldü. Böylece iki testin aynı suşları % 100 uyumlu ve ilişkisiz tek üyeli kümelere dağıtabilme yetenekleri dikkate alındığında AFLP?nin PFGE karşısında özgüllüğünün % 78.1 (25/32) olduğu görüldü. Ancak her iki yöntemin ayırım güçleri arasında anlamlı bir fark tespit edilemedi. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, Amplified Fragment Length Polymorphism, Pulsed Field Gel Electrophoresis.
Klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında plazmid aracılı kinolon direnç geni QNR'nin araştırılması
K. pneumoniae bakterilere toplum ve hastane kökenli birçok enfeksiyonun etkeni olarak bilinmektedir. Özellikle son yıllarda ESBL üreten suşların artmasıyla K. pneumoniae?ya bağlı enfeksiyonların tedavisini güçleştirmiştir. 1962 yılından beri kullanımda olan kinolonlar hem Gram pozitif hem de Gram negatif bakterilere etkili ajanlardır. Kinolonlar, DNA giraz ve topoizomeraz IV enziminin inhibisyonu sonucu bakterisidal etki gösterir. Bakterilerdeki kinolon direnci, genellikle kromozomal genlerde meydana gelen mutasyonlar sonucunda ortaya çıkmaktadır. Ancak son yıllarda bu direnç mekanizmalarına ek olarak ortaya çıkan bir mekanizma da plazmid aracılı kinolon direncidir. Bu direnç genleri qnr olarak adlandırılmıştır. Son yıllarda artan plazmid aracılı kinolon direnç genleri enfeksiyonların tedavisinde güçlükler oluşturmaktadır. Qnr genleri tek başlarına kinolon direncine neden olmasa da kinolon duyarlılığında azalmaya ve minimum inhibitör konsantrasyonu değerlerinde artmaya neden olmaktadır. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 90 ESBL pozitif ve levofloksasin dirençli K. pneumoniae suşunda qnrA, qnrB ve qnrS genlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen suşlarda qnr genleri Real-time PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışma sonunda 30 (%33,3) izolatta qnrB geni, 5 (%5,6) izolatta ise qnrS geni pozitif olarak bulunmuştur. Hiçbir suşta qnrA genine saptanmamıştır. Plazmid aracılığıyla aktarılabilen qnr genlerinin prevalansının yıllar geçtikçe artması klinik açısından önemli sonuçlar doğurabilecektir. Bu nedenle aktarılabilen kinolon direncinin izlenmesi ve yayılım oranlarının saptanması, alınacak önlemlerin belirlenmesi için önemlidir.
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) mycobacterium tuberculosis izolatlarının filogenetik ilişkilendirilmesinde kullanılan IS6110, MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemlerinin karşılaştırılması
Tüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek insidansı ve en az 2 major ilaca (MDR) ek olarak iki minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları,bu suşlarla birlikte özellikle anti-tüberküloz tedaviye cevap vermeyen Beijing suşlarının tüm dünyada yayılma eğilimi göstermesi tüberküloz kontrol programlarının en önemli handikapıdır. Bu global problem M tuberculosis suşlarının toplum içerisindeki hareketlerinin daha duyarlı ve yüksek ayırım gücüne sahip moleküler epidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile aşılabilir. Bu amaçla Hsp65, IS6110, ve genomdaki random dağılım gösteren kısa tekrarların polimorfizmini hedef alan PCR, PCR-RFLP, MIRU-VNTR ve spoligotipleme gibi moleküler yöntemler ve modifikasyonları denenmiştir. Yapılan çalışmalarda bu yöntemlerin tek başlarına ayırım güçlerinin iki veya daha fazla yöntemin birlikte kullanılması ile elde edilecek ayırım gücünden daha düşük olduğu gösterilerek birden çok yöntemin kullanıldığı çalışmalar önerilmiştir. Daha önceki çalışmalarımızda bölgemizde akciğer tüberkülozlu hastalardan izole edilen M tuberculosis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin tespiti için bu yöntemlerden bazıları laboratuarımızda denenmiş, Beijing suşunun bölgemizdeki varlığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada epidemiyolojik amaçlarla kullanılan IS6110 PCR-RFLP, 15 lokus MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemi ile M tuberculosis suşları arasındaki ilişkinin sorgulanması ve 3 yöntemin birlikteliği ile elde edilecek yüksek ayırım gücünün epidemiyolojik çalışmalara sağladığı muhtemel katkı tartışılacaktır. Bu proje kapsamında Ç.Ü THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi üyesi oldukları tespit edilen M.tuberculosis izolatları IS6110, MIRU-VNTR ve Spoligotyping yöntemleri ile tür düzeyinde tayin edilecek ve filogenetik ilişkileri irdelenecektir.
Çocuklarda viral solunum yolu enfeksiyonlarının multipleks real-time polymerase chain reaction (PCR) ve direkt immunfloresan test ile araştırılması
Viral solunum yolu enfeksiyonları, bütün dünyada çocuklarda morbidite ve mortalitenin önemli bir sebebidir. Bu çalışmanın amacı alt solunum yolu enfeksiyonu sebebiyle hastaneye yatırılan çocuklarda viral enfeksiyonların sıklığının multipleks real-time PCR ve direkt immunfloresan assay (DFA) ile araştırılmasıdır. Eylül 2012 ve Mart 2013 tarihleri arasında 17 yaş ve altındaki 158 çocuktan flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Örnekler 13 solunum yolu virusunun tespiti için multipleks real-time PCR (ARVI Screen Real-TM, Sacace, Italy) ve respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (hMPV), adenovirus ve parainfluenza virus (PIV) antijeni tespiti için DFA testi (Argene SA, France) ile analiz edilmiştir. Multipleks real-time PCR test ile 158 hastadan 114?ünün (%72.2) en az bir virus için pozitif olduğu bulunmuştur. Koenfeksiyon bütün hastaların 49?unda (%31) gözlenmiştir. Rhinovirus en yaygın virus olup 44 (%27.8) hastada tespit edilmiştir, bunu RSV (%17.7), adenovirus (%17.7), hMPV (%10.1), PIV 4 (%9.4), PIV 1 (%7.5), human bocavirus (%6.3), human coronavirus (HCoV) OC43/HKU1 (%4.4), PIV 2 (%3.1), PIV 3 (%3.1) ve HCoV 229E/NL63 (%1.8) izlemiştir. Real time PCR testine göre DFA testinin sensitivitesi RSV, hMPV, adenovirus ve PIV için sırasıyla %85.7, %75, %46.4 ve %70.4 ve spesifitesi %96.2, %96.5, %89.4 ve %94.7 bulunmuştur. Sonuç olarak çalışma grubumuzda viral solunum yolu enfeksiyonları %72.2 gibi yüksek bir oranda tespit edilmiştir. Gereksiz antibiyotik tedavisinin azaltılması ve nozokomiyal virus yayılımının önlenmesi için viral solunum yolu enfeksiyonlarının erken tanısında multipleks real-time PCR testinin yapılması önerilir ve daha hızlı test olan DFA testi de özellikle RSV ve hMPV için kullanılabilir.
Bakteriyel gastroenterit etkenlerinin araştırılması
Gastroenterit tüm dünyada, özellikle az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde önde gelen morbidite ve mortalite nedenlerindendir. Birçok etken gastroenterite yol açabilir. Bu etkenlerin tümünün rutin testlerle araştırılması hem pratik hem de ekonomik değildir. Genellikle epidemiyolojik amaçlı ya da tarama amaçlı elde edilen sonuçlarla tedavi yaklaşımı uygulanmaktadır. Tedavinin doğru yönlendirilmesi, mortalite ve morbiditeyi azaltmakla beraber gereksiz antibiyotik kullanımına engel olması açısından da önemlidir. Bu çalışma hastanemize başvuran hastalarda bakteriyel gastroenterit etkelerinin saptanması ve gastroenteritlerin tanısında kullanılan tanı yöntemlerinin irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına 15.02.-31.05.2015 tarihleri arasında, gaita kültürü yapılması amacıyla gönderilen 115 örnek çalışmaya dahil edildi. Gaita örneklerinde direk mikroskobi, kültür ve PCR testleri ile etken patojenler araştırıldı. Kültür için eosin metilen blue agar ve xsiloz lysin deoksicolat agar kullanıldı. Üreyen bakterilerin tanımlaması Phoenix (Becton Dickinson, USA) cihazı ile yapıldı. PCR testi BD Max Enterik Bakteriyel Paneli ile multipleks olarak yapıldı ve Salmonella spp., Campylobacter spp. (jejuni ve coli), Shigella spp./Enteroinvaziv E. coli (EİEC), Shiga toksin 1 (stx 1)/ Shiga toksin 2 (stx 2) varlığı araştırıldı. Örneklerin 35'inde (% 30.4) her sahada 3 ve üzerinde lökosit saptandı. Kültür ile 10 (% 8.7) hastada enterik bir patojen saptandı. Kültürde 7 örnekte (% 6.1), Salmonella group, 3 örnekte (% 2.6) Shigella spp. saptandı. PCR ile örneklerin 7'sinde (% 6.1) Salmonella spp., 4'ünde (% 3.5) Shigella spp. ve 4'ünde (% 3.5) Campylobacter spp. olmak üzere 15'inde (% 13.1) bir etken patojen saptandı. Gastroenteritlerde tüm etkenlerin aynı anda saptanması zor olduğundan bölgesel olarak saptanacak olan verilerin sık rastlanılan bu tür hastalıklarda tanı ve tedaviyi yönlendirmede faydası olacağı sonucuna varılmıştır.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae türlerinin rep PCR yöntemi ile dna parmak izi analizi
Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama hastanesinde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarının Diversilab rep-PCR (Biomerieux, Fransa) yöntemi ile DNA parmak izi analizinin yapılması ve böylelikle suşlar arasındaki yakınlık ve epidemiyolojik özelliklerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Rep-PCR ile yapılan klonal ilişki analizi sonucunda iki ana klon [A (7 izolat), B (5 izolat)], olmak üzere toplam 36 farklı klon tespit edilmiştir. 49 Klebsiella suşunun 7'sinin (%14) A klonunda; 5'inin (%10) B klonunda kümelendiği saptanmıştır. C, D ve E klonları ikişer suş şeklinde kümelenirken, örneklerin % 63'ü (n=31) tekli suştan oluşan kümeler şeklinde dağılım göstermiştir. A klonu pediatri ünitelerinden gönderilen örneklerden oluşmuş ve pediatri yoğun bakım ünitesi örneklerinin % 83'ü (5/6) A klonunda kümelenmiştir. B klonu erişkin hastalardan izole edilen suşlardan oluşmuştur; dahiliye yoğun bakım ünitesinden 3, genel cerrahi servisinden ve gastroenteroloji polikliniğinden birer suş B klonunda kümelenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada hastanemize ait Klebsiella suşlarının epidemiyolojik dağılımı değerlendirilmiştir. Çalışmadaki suşların % 63'ünün klonal ilişki göstermemesi hastanemizde yaygın bir Klebsiella epidemisi olmadığını göstermektedir. Anahtar Kelimeler. Klebsiella, Genotiplendirme, rep-PCR
Hepatit B virus ilaç direnci mutasyonlarının pyrosequencing metodu ile tespiti
Kronik hepatit B virus (HBV) enfeksiyonun uzun süreli tedavisi sırasında nükleoz(t)id analoglarına karşı ilaç direnci mutasyonlarının gelişmesi tedavi başarısızlığına yol açan önemli bir sorundur. Bu çalışmanın amacı kronik hepatit B enfeksiyonu olan hastalarda HBV ilaç direnci gen mutasyonlarının pyrosequencing metodu ile araştırılmasıdır. Kasım 2013 ve Mayıs 2014 tarihleri arasında kronik hepatit B enfeksiyonu olan 89'u tedavi almayan (naif) ve 48'i tedavi alan toplam 137 hastaya ait serum örnekleri lamivudin (LAM), adefovir (ADV), telbivudin (TEL), entecavir (ETV) ve tenofovir (TDF) ile ilişkili ilaç direnç mutasyonlarının tespiti için real-time PCR testi sonrası pyrosequencing metodu (PyroStar HBV Drug Resistance Test, Altona Diagnostics, Germany) ile analiz edilmiştir. Tedavi almayan 89 hastada TDF'e duyarlılığı azaltan rtA194T mutasyonu 1(%1.1) vakada bulunmuştur. Tedavi edilen 48 hastada LAM ve TEL'e ilaç direnci ve ETV'e karşı da çapraz dirence sebep olan rtM204I mutasyonu 1 (%2.1) vakada tespit edilmiştir. Kompensatuvar mutasyon olan rtL180M 2 (%4.2) hastada gözlenmiştir. ETV direncini gösteren rtT184S mutasyonu ile birlikte rtM204V'in varlığı 1 (%2.1) hastada tespit edilmiştir. Sonuç olarak, ilaç direnci mutasyonlarının insidansı tedavi alan hasta grubunda %8.3 ve tedavi almayan grupta %1.1 olarak bulunmuştur. Kronik hepatit B enfeksiyonu olan hastalarda tedavi öncesi ve sırasında pyrosequencing metodu ile ilaç direnci mutasyonlarının erken tanısı uygun antiviral ilaç seçimine katkıda bulunacaktır. Anahtar Sözcükler: Hepatit B virus ilaç direnci, pyrosequencing metodu, lamivudin, adefovir, telbivudin, entecavir, tenofovir.
Çukurova bölgesinde klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK)suşlarında çoklu ilaç direnci (ÇİD) ile beraber ikinci seçenek anti-tüberküloz ilaçlara da karşı gelişen yaygın ilaç direncinin (YİD) fenotipik ve genotipik olarak incelenmesi
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK) suşlarının, ikinci seçenek anti-tüberküloz (anti-TB) ilaçlara da direnç geliştirmesiyle yaygın ilaç dirençli (YİD) suşların ortaya çıkışı en önemli insan sağlığı tehditlerinden birini oluşturmaktadır. Bu sebeple, araştırmamızda bölgemizde izole edilen MTBK suşlarının birinci ve ikinci seçenek ilaç duyarlılık paterninin değerlendirilmesi, ÇİD ve YİD suşların hızlı tanısında mutasyonları tespit etmeye yönelik multipleks Real-Time PCR yönteminin kullanılması, böylece elde edilen fenotipik ve genotipik sonuçların karşılaştırılması amaçlandı. ÇÜ THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen klinik örnekler ÇİD MTBK suşunun izole edildiği 44 kültür örneği ve ARB pozitif 50 balgam örneğinden oluşan iki grup halinde incelendi. Fenotipik olarak, MTBK identifikasyonunu takiben suşların birinci ve ikinci seçenek anti-TB ilaçlara direnç paternleri BACTEC MGIT 960 sistemi ve Lowenstein Jensen agar proporsiyon duyarlılık (APD) yöntemleri ile belirlendi. Genotipik olarak ise, multipleks Real-Time PCR yöntemi ile yeni bir Anyplex™ II MTB/MDR/XDR Detection kit (Seegene) kullanarak bütün örneklerde aynı anda hem MTBK varlığı, hem de ÇİD ve YİD yönünden direnç durumu ortaya çıkarıldı. Çalışma sonucunda, fenotipik ve genotipik inceleme sonuçlarının çok uyumlu olduğu, ÇİD tespitinde fenotipik yöntemlere göre kullandığımız moleküler yöntemin duyarlılığının %80, özgüllüğünün de % 100 olduğu görüldü. Ayrıca, MTBK suşlarımız içerisinde YİD bulunamazken, her iki yöntemle de, ikisi florokinolonlara, biri de injektabl ilaçlara dirençli olmak üzere toplam üç ön-YİD MTBK tespit edildi. Sonuç olarak, yeni multipleks Real-Time PCR yönteminin MTBK, ÇİD ve YİD tespitinde kullanılabilir ve güvenilir bir yöntem olduğu kanaatine varıldı. Anahtar Kelimeler: Agar proporsiyon duyarlılık yöntemi, Çoklu İlaç Direnci (ÇİD), M.tuberculosis kompleks (MTBK), Real-Time PCR, Yaygın İlaç Direnci (YİD)
Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli gram olumsuz basillerde karbapenem direncinin moleküler analizi
Gram negatif basillerde görülen karbapenem direnci tüm dünyada ve ülkemizde uzun yıllardır süren bakteriyel direnç probleminin son basamağıdır. Tedavide klinisyenlerin çoğu zaman çaresiz kaldığı karbapenem dirençli gram negatif basil infeksiyonlarında uzun vadede başarıya ulaşmanın tek yolu mikrobiyolojik yöntemlerle mekanizma ve epidemiyolojiyi aydınlatacak çalışmalar yapmaktır. Ülkemizde bu konuda yapılan araştırmalar çok sınırlı ve geniş bir sürveyans çalışması mevcut değildir. Bu çalışmada çeşitli klinik infeksiyonlardan izole edilen karbapeneme dirençli olduğu belirlenem gram negatif bakterilerin fenotipik yöntemlerle çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve genotipik yöntemlerle dirence yol açan enzimlerin belirlenerek epidemiyolojik veriler sunulması amaçlanmıştır. Çalışma sonunda; karbapenem dirençli gram negatif bakteri infeksiyonlarında güvenle kullanılabilecek tek antibiyotiğin kolistin olduğu, diğer antibiyotiklere karşı %50-100 oranında direnç olduğu görülmüştür. Karbapenem direncinin genotipik olarak analiz edilmesinden sonra tüm türlerde en baskın karbapenemaz genlerinin OXA-48 ve OXA-58 olduğu, non-fermenterler türlerde GES ve PER genlerinin ayrıca Enterobacteriaceae türlerinde ise IMP, VIM ve NDM tipi genlerin karbapenem direncinden sorumlu karbapenemaz enzimleri olduğu belirlenmiştir.İzolatların %26.7`sinde ise direncin karbapenemazlar dışında kalan G.S.B.L. enzimlerinden kaynaklandığı belirlenmiştir.
Kan kültüründen izole edilen candida türü mayaların repetetive-PCR ile klonal dağılımlarının belirlenmesi
Yoğun bakım üniteleri (YBÜ) hastane enfeksiyonlarının en sık rastlandığı hastane birimleri olup, son yıllarda maya enfeksiyonlarında da artış gözlenmektedir. Maya enfeksiyonlarının çoğunun endojen kökenli olduğu bilinmekle birlikte çapraz bulaşın da olabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma, YBÜ'sinde yatmakta olan hastaların kan kültürü örneklerden izole edilmiş Candida izolatlarının DNA parmak izi analizi ile benzerliklerinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Mayıs-Aralık 2014 tarihinde, YBÜ'sinde yatmakta olan hastaların kan kültürü örneklerinden izole edilen Candida izolatları çalışmaya alındı. Kan kültürü örnekleri Bactec (BD, USA) sisteminde değerlendirildi. Üreme olan kan kültürü şişelerinden önerilen prosedüre uygun olarak subkültürler yapıldı. Tanımlama, konvansiyonel yöntemler ve Phoenix (BD, USA) kullanılarak yapıldı. Candida olarak saptanan mikroorganizmaların Diversilab (Biomerieux, Fransa) cihazı ile rep-PCR ile DNA parmak izi analizi yapıldı. Çalışma kapsamında 44 farklı hastadan soyutlanmış izolatta DNA parmak izi araştırması yapıldı. Bununla birlikte 40 izolatta sonuç alındı. Çalışmada değerlendirilen 40 izolatın, 21'i (% 52.5) C. albicans, 12'si (% 30) C. parapisilosis, 7'si (% 17.5) C. tropicalis, idi. DNA parmak izi analizi sonrasında 9 C. parapisilosis izolatının aynı klon olduğu saptandı. Ayrıca C. albicans izolatları arasında 3 farklı benzerlik (her birinde iki izolat bulunan) saptandı. Kandidemide mikroorganizmanın kaynağının sıklıkla endojen olduğu bilinmekle birlikte, izolatların bazılarının identik saptanması kandida için ekzojen kaynaklar olabileceğini düşündürmüştür. YBÜ gibi birçok risk faktörü taşıyan hastaların yattığı alanlarda enfeksiyon kontrol önlemlerinin doğru uygulanmasınınen önemli yaklaşım olacağı düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Kandidemi, Yoğun bakım ünitesi, rep-PCR
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde saptanan hıv-1 izolatlarında sekans analizi yöntemi ile alt grupların saptanması
Keşfedileli çok az zaman olmuş olmasına rağmen Human Immunodeficiency Virus(HIV) günümüzde enfeksiyon hastalıkları etkenleri içerisinde önemli bir yere oturmuştur. Özellikle CD4+T lenfositleri hedef alan virüsün, sahip olduğu bazı enzimatik mekanizmalarla konak hücre DNA'sına integre olmasıyla seyreden süreç, virüsün tüm bağışıklık mekanizmalarını yetersiz hale getirmesi, ardından gelişen malignite ve enfeksiyonlar ile hastanın ölümüne kadar giden bir seyir göstermektedir. Virüsün HIV-1 ve HIV-2 olarak iki alt türü tanımlanmış olup, coğrafik olarak dünya üzerindeki dağılımları farklılık göstermektedir. Gaziantep ili son yıllarda göçmen hareketliliğinin sık rastlandığı illerden biri olup, bu çalışma ilimizde saptanan HIV izolatlarının alt-tür dağılımının belirlenmesi ve HIV enfeksiyonlarındaki epidemiyolojik bulguların (bulaş kaynağı, yaş dağılımı, vb.) irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Mart-Kasım 2015 tarihleri arasında laboratuarımıza HIV RNA testi çalışılması amacıyla gönderilen ve RNA testi >1000 kopya/mL olarak saptanan 35 hasta çalışmaya dahil edildi. HIV-1 RNA testi real-time PCR ile QIAsymphony SP/Artus HIV-1 QS-RGQ Kit (QIAGEN GmbH, Almanya), kiti kullanılarak yapıldı. Çalışmaya dahil edilen hastalardan 2'sinde amplifiye edilen RNA dizileri, sekans için uygun olmadığından 33 örnekte sekanslama yapılarak subtip analizi ve filogenetik değerlendirme yapıldı. HIV-1 (ters transkriptaz domaini, kodon 41-232) dizilenmesinde, TheFrench ANRS (National Agency for AIDS Research) AC11 Direnç Grubu'nun PCR ve dizileme algoritmasından yararlanıldı. Filogenetik analiz çalışmaları sonucunda HIV-1 subtiplendirmesi sonucunda 33 hastanın 22'si (% 66.6) subtip B olarak saptanmıştır. Hastaların 7'sinde (% 21.21) subtip A1 saptanmıştır. Hastaların 3'ünde (% 9.09) CRF02_AG olarak saptanmıştır. Bir (% 3.03) hastada ise subtip C olarak saptanmıştır. Dünya üzerinde eskiye oranla sık yaşanan insan hareketliliğinin, enfeksiyon etkenlerinin dağılımına da etkisi olacağından, HIV'in subtip analizlerinin yapılması virüsün yayılımını gözlemlemek açısından önemlidir.
Diyabetik hastalarda latent tüberkülozun quantiferon gold testi ile araştırılması
Tüberküloz (TB), insanlık tarihi boyunca, enfeksiyon hastalıklar içinde her zaman önemli bir yere sahip olup son yıllarda yeni TB olgularının sayısı hızla artmaktadır. Bu artışta Latent tüberküloz (LTB) olgularının da önemli bir yeri bulunmaktadır. LTB enfeksiyonu olan bireylerdeki en önemli risk, hayatlarının bir döneminde aktif TB enfeksiyonu gelişmesidir. TB enfeksiyonunun hastalığa ilerleme riski konağa ait risk faktörlerine göre değişmektedir. Bu risk normal popülasyonda %5-10 arasındır ve aktif hastalık ve gelişme riski enfeksiyonun edinilmesinden sonraki ilk 2 yıl içinde maksimum düzeydedir. Bu yüzden gelişmiş ülkelerde TB kontrol stratejilerinin en önemli basamaklarından biri de enfekte olan kişilerin belirlenmesi ve bunların tedavi edilmesidir. Bu da LTB enfeksiyonu olan bireylerin doğru tanı ve tedavisini önemli kılmaktadır. Enfekte olduktan sonra hastalanma riskini arttıran en önemli neden kişinin immünsüpresyonudur. Diabetes Mellitus (DM) hastalığı toplumda yaygın olarak bulunan ve immün sistemi baskılayan önemli hastalıklardan biridir. Bu nedenle çalışmada, diyabetli hastalarda latent Mycobacterium tuberculosis prevalansının Quantiferon- TB Gold yöntemiyle saptanması amaçlanmıştır. Çalışmada, endokrinoloji polikliniğinde tanısı konmuş veya tedavi alan Tip 1 ve Tip 2 DM hastaları ve toplumdan randomize olarak oluşturulan kontrol grubu olmak üzere üç grup kendi arasında karşılaştırılmıştır. Her gruptan 25 er kişi olmak üzere toplam 75 kişiden kan alınarak çalışılmıştır. Bu çalışma sonucunda, Tip 1 DM hastalarda 5 (%20), Tip 2 DM grubunda 10 (%40) ve kontrol grubunda 6 (%24) olmak üzere 75 kişinin 21'inde (%28) pozitiflik saptanmıştır. Gruplar arasında ve grupların kontrol grubu ile yapılan istatistiksel değerlendirmesinde anlamlı bir farklılık saptanmamıştır. Cinsiyet olarak bakıldığında erkeklerde daha fazla görülmekle birlikte anlamlı farklılık bulunmamıştır. Yaş grupları arasında da anlamlı farklılık saptanmamıştır. Sonuç olarak LTB enfeksiyonunu,özellikle immünsüprese kişilerde daha sık saptandığı ve bu nedenle diyabetli kişilerde latent tüberkülozun araştırılması gerekliliği görülmektedir. Anahtar kelimeler: Diyabet, Latent tüberküloz, Quantiferon TB-Gold testi
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen enterokoklarda yüksek düzey aminoglikozid direncinin araştırılması ve moleküler analizi
Enterokoklar son yıllarda hastanelerde en sıklıkla izole edilen patojenler olup, sahip oldukları doğal direnç mekenizmaları yanı sıra, kazanılmış direnç genleri ile de en dirençli bakterilerden biridir. Aminoglikozid grubu antibiyotiklerin enterokok enfeksiyonlarında tek başına kullanımı bakterinin metabolik aktivitesine uygun olmadığından, genellikle bir hücre duvar sentezini inhibe eden antibiyotikle kullanımı gereklidir. Bununla birlikte eğer bakteride yüksek düzey aminoglikozid direnci de bulunuyorsa bu sinerjik etkili kombinasyon tedavide kullanılamamaktadır. Yüksek düzey aminoglikozid direnci kazanılmış bir direnç olup, genellikle aminoglikozid modifiye edici enzimler ile oluşmaktadır. Bu çalışma bir moleküler epidemiyolojik çalışma olarak, hastanemizde izole edilen enterokoklarda rastlanan aminoglikozid modifiye edici enzimlerin, yada bunları sentezleten genlerin neler olduğunun saptanması amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına sürveyans amacıyla gönderilen rektal sürüntü örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli enterokoklar (VRE) ile bu çalışma yapıldı. Sürveyans için gönderilen örnekler vankomisin selektif agar besiyerine ekildi. Üreme olan enterokok izolatlarının vankomisin için MİK değeri E test ile belirlendi. Bakterilerin tanımlaması, Bruker (BD, ABD) ile yapıldı. İzolatların 120 µg gentamisin içeren disk kullanılarak yüksek düzey aminoglikozid direnci belirlendi. Yüksek düzey aminoglikozid direnci saptanan izolatların multiplex PCR ile; [aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia, aph(2_)-Ib1, aph(2_)-Ic, aph(2_)-Id, aph(3_)-IIIa] gen bölgeleri çalışıldı. Gen dizaynı için literatür kullanıldı. Dizayn edilen bölgeler, Light Cycler (Roche) cihazı ile çalışıldı. Çalışmaya alınan, vankomisine ve, yüksek düzey aminoglikozid direçli 100 enterokok suşunun 82'si (% 82) E. feacium, 11'i (%11) E. faecalis, 7'si E. gallinarum olarak tanımlandı. Suşların 67'sinde (% 67) aph(3_)-IIIa gen bölgesi, 2'sinde (% 2) aph(2_)-Id gen bölgesi ve 1 izolatta aph(2_)-Ib1 bölgesinde pozitiflik bulundu. aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia ve aph(2_)-Ic bölgeleri hiçbir izolatta saptanmadı. İzolatların % 30'unda hiçbir gen bölgesinde pozitiflik saptanmadı. Enterokoklardaki aminoglikozid direncinden hastanemizde de çoğunlukla aminoglikozid modifiye edici enzimlerin sorumlu olduğu bulunmuştur. Bakteriler arasında bu enzimleri taşıyan ve kodlayan genler aktarılabileceğinden direnç gelişiminin kontrol altında tutulabilmesi için rasyonel antibiyotik kullanımı önemli olduğu görülmüştür.
Vaginal örneklerden izole edilen candida'ların tiplendirilmesi ve broth mikrodilüsyon yöntemi ile antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Candida türleri, dünya çapında görülen ikinci en yaygın vulvovajinit etkenidir. Klinik tablo,kalın veya çok ince olabilen beyaz renkli akıntı ve kaşıntı şikayetlerini içermektedir. Enfeksiyon, vulvovajinal mukozada, ayrıca perianal bölgede, kızarıklık ile ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmada, vajinal örneklerden izole edilen Candida'ların identifikasyonu ve antifungal direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniğine Aralık 2014-Temmuz 2015 tarihleri arasında vajinal kaşıntı, akıntı gibi şikayetler ile başvuran 481 hastadan mantar etkeni araştırmak amacıyla alınan vajinal örnek kültüründe saptanan 100 (%20.8) Candida suşu değerlendirmeye alınmıştır. İzole edilen Candida'ların identifikasyonu klasik yöntemler yanında, kromojenik agar ve otomatize identifikasyon yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Kökenlerin amfoterisin B, itrakonazol, flukonazol, ketokonazol vorikonazol ve kaspofungin duyarlılıkları, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) M27-A3, M27-S3 ve M27-S4 dökümanlarındaki referans broth mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Vulvovajinal kandidiyazis (VVC) olduğu belirlenen 100 kadından 21'i (%21) 18-25 yaşları arasında, 40'ı (%40) 26-40 yaşları arasında ve 39'u (%39) 41 ve üzeri yaşta idi. Hastaların 42'sinin (%42) tekrarlayan mantar enfeksiyonu, 58'inin (%58) akut mantar enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. Hastalarımızın 13'ü (%13) Diyabetes Mellitus tanısı almış hastalardı. Hastaların vajinal örneklerinden izole edilen 100 Candida suşunun 47'si (%47) Candida albicans, 43'ü (%43) C.glabrata, 5'i (%5) C.kefyr, 2'si (%2) C.krusei, 2'si (%2) C.tropicalis, 1'i (%1) C.guilliermondii olarak identifiye edilmiştir. Çalışmamızda, antifungal ilaçların MİK aralıkları amfoterisin B için 0.25-1 µg/mL itrakonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, flukonazol için 0.125-64 µg/mL arasında, ketokonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, vorikonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, kaspofungin için 0.015-2 µg/mL arasında saptanmıştır. İzole edilen Candida suşlarının 13'ü (%13) kaspofungine, 12'si (%12) flukonazole, 42'si (%42) itrakonazole dirençli olarak tespit edilmiştir. C.glabrata dışındaki Candida'ların 14'ü (% 24.6) vorikonazole dirençli bulunurken, amfoterisin B'ye dirençli suş tespit edilmemiştir. MİK değeri ≥16 µg/mL olan suşlar dirençli kabul edilerek, izole edilen Candida'ların 3'ü (%3) ketokonazole dirençli bulunmuştur. Çalışmamızda VVC'de C. albicans'dan sonra en sık saptanan etken C. glabrata olarak tespit edilmiştir. Tedavide sistemik olarak kullanılabilen azol grubu ilaçlara karşı saptanan direnç oranları ve kaspofungin direnci dikkat çekici boyutlardadır.
Kan donörlerinde leptospira seroprevalansının elisa yöntemi ile araştırılması
Leptospira'lar organik maddelerin yaygın bulunduğu lağım ve çamurlu sularda uzun süre canlı kalabilen ve hatta üreyebilen spiral bakterilerdir. Leptospiroz, Leptospira cinsi bakterilerin neden olduğu, dünyada geniş yayılıma sahip bir enfeksiyon hastalığıdır. İnsanlarda enfeksiyon kaynağı genellikle hayvan idrarı ile doğrudan veya dolaylı temastır. Doğadaki en önemli kaynak kemiricilerdir. Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma Ve Uygulama Hastanesi Kan Bankası'na başvuran kan donörlerinden elde edilen serum örneklerinde Leptospira IgG antikor varlığı araştırılması amaçlandı. Bu çalışmada 30'u (%47) kadın, 64'ü (%53) erkek, 18-24 yaş aralığında olan 94 donörden alınan kan örnekleri araştırmaya dahil edildi. Çalışmaya alınan donörlerin meslekleri; 47'si (% 50) esnaf, 16'sı (%17)öğrenci, 10'u (% 10.6) kamu çalışanı, 8'i (%8.5) çiftçi, 9'u (%9.6) ev hanımı, 4'ü (%4.3) sağlık çalışanından oluşmuştur. Serum örneklerinde Leptospira IgG antikor varlığı Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay (ELİSA) yöntemi ile araştırıldı. Çalışma kapsamına alınan 94 donör serumundan 88'inde (%93.6) antikor varlığı saptanmazken, 6'sında (%6.4) Leptospira antikor varlığı zayıf pozitif olarak saptandı. Leptospira IgG antikoru saptanan 6 donörün 4'ü (%6.2) erkek, 2'si (%6.7) kadın, meslek grubu olarak 2'si (%4.3) esnaf, 2'si (%22.2) ev hanımı, 1'i (%6.2) öğrenci, 1'i (%12.5) çifçiden oluşmuştur. Çalışmamızda sağlıklı donörlerde saptanan Leptospira IgG antikor pozitifliği, Leptospiroz'un bölgemizdeki zoonotik hastalıklar içersinde ele alınması gerektiğini düşündürmüştür. Anahtar Kelimeler: Leptospira spp., IgG, ELİSA
Vajinal akıntı şikayeti olan kadın hastalarda saptanan etkenlerin değerlendirilmesi
Vajinal enfeksiyonlar da servikal enfeksiyonlar gibi üst genital sistem enfeksiyonlarına zemin hazırlaması açısından önemlidir. Bu çalışma, vajinal akıntı-kaşıntı şikayeti olan hastalarda ve şikayeti olmayan kontrol grubunda etken dağılımının irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Vajinal akıntı ve/veya kaşıntı şikayeti olan, gebe olmayan, son 10 gün içerisinde antibiyotik kullanım öyküsü olmayan, yeterli örneğin alınabildiği (en az 2 sürüntü örneği) ve örnek vermeyi kabul eden hastaların servikal kanalından alınan sürüntü örnekleri çalışmaya dahil edildi. Çalışma 18-56 yaşları arasında, 105 hasta ile yapıldı. Çalışmada vajinal akıntı/kaşıntı şikayeti olmayan, farklı şikayetlerle polikliniğe başvurmuş olan ve diğer özellikleri çalışma grubuna benzer olan 40 hasta da kontrol grubu olarak alındı. Alınan örneklerden direk mikroskopik inceleme, Gram boyama, kültür yapıldı. BDMAX (Becton-Dickinson, USA) PCR cihazında genital panel kartuşları kullanarak, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis moleküler olarak araştırıldı. Kültür için koyun kanlı besiyeri, çikolata agar, Sabouraud Dekstroz agar ve eosin-metilen blue agara ekim yapıldı. Üreyen mikroorganizmaların tanımlanmasında Broker MS (Becton-Dickinson, USA) kullanıldı. Laktobasil, difteroid, alfa hemolitik streptokok, koagülaz negatif stafilokok (KNS) varlığı normal flora olarak değerlendirildi. Plakta bu bakteriler dışında baskın olarak saptanan bakteriler tanımlandı. Çalışmada hasta ve kontrol grubunda yer alan mikroorganizmaların dağılımı sırasıyla şu şekilde bulundu; normal flora 44 (% 41.9), 23 (% 57.5); Candida spp. 43 (%41.0), 10 (%25); Gardnerella vaginalis 17 (%16.2), 1 (%2.5); Escherichia coli 10 (%9.5), 4 (%10); Streptococcus agalactiae 11 (%10.5), 0; Trichomonas vaginalis 6 (%5.7), 0; Klebsiella pneumoniae 3 (%2.9), 2 (%5); Staphylococcus aureus 4 (%3.8), 0; Neisseria gonorrhoeae 2 (%1.9), 0 olarak saptandı. Alt genital sistem enfeksiyonları yol açabileceği komplikasyonlar gereği rasyonel olarak ve hızla değerlendirilmelidir.
Çukurova bölgesindeki klinik örneklerde tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Dünyada tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), özellikle immün sistemi zayıflamış kişilerde çevreden doğrudan bulaş yolu ile veya kolonizasyon sonucu ciddi enfeksiyonlara sebep olan mikroorganizmalardır. TDM'ler Mycobacterium tuberculosis kompleksinden ayrımındaki zorluklar sebebi ile yanlış tanı ve tedavilere yol açmaktadırlar. Son yıllarda AIDS gibi immun sistemi zayıflatan hastalıkların insidansındaki artış ile TDM enfeksiyonlarının önemini giderek artırmaktadır. Yapılan çalışmalarda şimdiye kadar tanımlanmış olan 140'dan fazla TDM türünden en az 25'i hastalık etkeni olduğu, geri kalanının çevresel olduğu ve nadiren klinik örneklerden izole edildiği bildirilmiştir. Bu mikroorganizmaların üretilmesi ve fenotipik açıdan tür ayrımının yapılması oldukça zor ve zaman alıcıdır. Bu sebeple, günümüzde TDM'lerin tür ayrımında revers hibridizasyon, PCR-RFLP, DNA dizi analizi gibi moleküler yöntemler önem kazanmışlardır. Ancak, mikobakteri türleri arasında genetik yapıdaki büyük benzerlik, her geçen gün yeni bir türün keşfedilmesi ve tür içinde alt türlerin tanımlanması gibi sebepler moleküler tanıyı da büyük oranda sınırlandırmaktadır. Son çalışmalar atipik mikobakterilerin iyi korunmuş olan Hsp65, 16S rRNA ve 16S–23S rRNA gen bölgelerinin dizi analizinin tür tanımlanmasında fenotipik testlerden daha duyarlı olduğunu göstermiştir. Bütün mikobakterilerde mevcut olan hsp65 geni 16S rRNA'ya göre daha değişken yapıya sahip olduğu için genetik olarak yakın olan türlerin tanımlanmasında daha kullanışlıdır. Bu çalışmanın amacı Çukurova bölgesindeki TDM tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıkları belirlemek, ayrıca, kullanılan yöntemlerin avantaj ve dezavantajları da irdelemektir. Bu araştırmada Kasım 2012 – Eylül 2014 tarihlerinde Adana ve çevre illerde pulmoner tüberküloz klinik tanısı almış ve/veya şüpheli temas öyküsü olan kişilerden alınan ve M. tuberculosis tanısı için değerlendirilmek üzere ÇÜ THAUM ve Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen 21918 klinik örnekten izole edilen 96 TDM suşu spesifik hsp65 gen bölgesini hedef alan DNA dizi analizi yöntemi ile tür düzeyinde tanımlandı. Klinik izolatların antibiyotik duyarlılıkları Löwenstein Jensen - Agar Proporsiyon Duyarlılık (LJ-APD) testi ile araştırılıldı. Bölgemizde en sık izole edilen TDM türünün % 24,7 ile M. abscessus (23/93) olduğu, TDM suşlarında en çok antimikrobiyal direncin % 17,2 ile Doxycycline ve Moxifloxacin'e (her ikisinde de 16/93) karşı geliştiği görülmüşken, en az direnç oranı Clarithromycin için % 5,4 (5/93) olarak bulundu. Sonuç olarak, incelenen bol miktarda örnek sayısı da göz önüne alındığında, Çukurova bölgesindeki TDM tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinin yanında, bölgede bilinen türlerin toplum içerisindeki hareketleri de izlenmiş oldu.
Trichophyton rubrum'un çabuk tanısında ksantomegninin hplc ile saptanması
Yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) hemoglobin varyantlarının saptanması, vitamin D seviyesinin tespit edilmesi ve deri ve tırnak örneklerinde Trichophyton rubrum'un belirlenmesi gibi tıbbi tanıda kullanılan güvenilir ve gerçekçi bir yöntemdir. T. rubrum'un deri ve tırnak örneklerinde belirlenmesi ile ilgili daha önceki bilgilerde, HPLC ile ksantomegnin etkinliğinin saptanması güvenilir bir yöntem kabul edilmiştir. Bu çalışmada HPLC yöntemi kullanılarak ksantomegnin aktivitesinin belirlenmesi ile en yaygın iki insan patojeni dermatofitin, T. rubrum ve T. mentagrophytes komplekslerinin, ayırt edilmesi amaçlandı. Bu amaçla, Arthroderma spp. (n=7), T. rubrum (n=18) ve T. mentagrophytes kompleks (n=7) kökenleri olmak üzere toplam 32 referans köken ile 13 klinik örnek ve bu örneklerin ITS dizi analizi ile T. rubrum (n=9) ve T. interdigitale (n=4) olarak tanımlanan izolatları incelendi. T. rubrum komplekse ilişkin 18 referans kökenden 12'sinde ksantomegnin belirlendi. Ayrıca, 2 A. vanbreuseghemii izolatı ve 1 T. interdigitale izolatında T. rubrum kompleks üyelerinde belirlenen değerlerle uyumlu ksantomegnin saptandı. Çalışmada 13 klinik örnekten 11'i ile, T. interdigitale kökenlerini de içeren 11 klinik izolatta ksantomegnin saptandı. Ksantomegnin saptanması hızlı ve ucuz bir yöntem olmasına karşılık, referans T. rubrum kompleks kökenlerinin yalnız üçte ikisinde ve T. mentagrophytes kompleks üyesi 3 izolatta ksantomegnin saptanması sebebiyle, T. rubrum ve T. mentagrophytes komplekslerini ayırt etmede güvenilir bir yöntem olmadığı önerildi. Çalışmada elde edilen sonuçların özellikle mikrobiyoloji alanındaki bilim insanları ve klinisyenler için ilgi çekici olduğu düşünüldü.
Brucella tanısında coombs testinin yeri
Ülkemizde ve Dünya'nın birçok yöresinde yaygın olarak görülen ve ekonomik anlamda ciddi kayıplara neden olan Bruselloz, önemli bir zoonotik hastalıktır. Çalışmada Çalışmada Çalışmada Çalışmada Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesinde Bruselloz ön tanısıyla laboratuvarımıza gönderilen 100 hasta serumu araştırılmıştır. Serum örneklerinde Wright ve Coombs aglütinasyon testleri çalışılmıştır. Wright testi ile negatif saptanan hastalarda Coombs testi ile Blokan antikor varlığı araştırılmıştır. Wright testi 1/20 titreden başlatılarak 1/2560 titreye kadar, Coombs testi ise 1/80 titreden başlatılarak 1/640 titreye kadar dilüsyonlar yapılarak çalışılmıştır. Çalışmada 100 hastanın 46'sında (%46) Wright testi ve Coombs testi negatif, 11'inde (%11) Wright testi pozitif, 43'ünde (%43) ise Wright testi negatif çıkarken Coombs testi pozitif bulunmuştur. Biyokimyasal parametrelerden WBC, RBC, HGB, HCT, CRP, Sedimantasyon, ALT ve AST ile gruplar karşılaştırıldığında, WBC için her iki tetkik de negatif olanlarla coombs pozitif hastalar arasında anlamlı bir farklılık görülmüştür (p=0.019). GGT ölçümlerinde ise Wright (-) Coombs (+) ile Wright (+) grupları arasında anlamlı bir farklılık vardır (p=0.038). Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Elde edilen veriler doğrultusunda Wright negatif, Coombs pozitif hasta sayısı oldukça yüksek bulunmuştur (%48.3). Çalışmada Brucella serolojisinde STA ile yalancı negatif sonuçlara yol açan blokan antikorların sıklığının ihmal edilemeyecek kadar yüksek oranda olduğu görülmektedir. Yapılan çalışmalarda bu yüksek oran nedeniyle STA sonuçlarının Coombs veya ELISA gibi diğer serolojik yöntemlerle doğrulanması önerilmektedir. Bu nedenle Brucella ön tanısı ile başvuran hastalarda mutlaka Coombs testinin de çalışılması ya da ekonomik kayıpları önlemek bakımından sadece Brucella Coombs testi çalışılması uygun olacaktır.
Pulmonar tüberkülozlu hastaların balgam örneklerinden izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında rifampisin direncinin moleküler mekanizmalarının araştırılması
Pulmonar Tüberkülozlu Hastaların Balgam Örneklerinden İzole Edilen MycobacteriumtuberculosisSuşlarındaRifampisin Direncinin Moleküler Mekanizmalarının Araştırılması Rifampin (RIF) direnci tüberküloz tedavi ve kontrolü için ciddi ve önemli bir tehdit oluşturmaktadır. İlaca dirençli tüberkülozun kontrolü, dirençli vakaların doğru tedavisine ve hızlı tanısına bağlıdır. Farklı bölgelerden izole edilen RIF dirençli M. tuberculosissuşlarınınmoleküler tanı metodları ile genetik karakterizasyonu; Çoklu ilaç Dirençli (ÇİD) ve Yaygın ilaç Dirençli (YİD)M. tuberculosisepidemiyolojisi hakkında faydalı bilgiler sağlayabilir. Bu araştırmanın amacı, Çukurova Bölgesi'nde izole edilenrifampisine dirençli Mycobacteriumtuberculosiskökenlerinin moleküler epidemiyolojisini incelemektir. Otomatize DNA dizi analizi yöntemi ile 50 kökenin rpoBgeninin 481-589. Kodonlarında yer alan 327 baz çifti dizisi mutasyon yönünden değerlendirilmiştir. Kökenlerin %98'inde mutasyon tespit edilirken, bir kökende (%2)mutasyon bulunmamıştır. En sık (%51,02) Ser531Leu mutasyonu izlenmiştir. Araştırmada toplam olarak 12 kodonu ilgilendiren 15 farklı mutasyon tespit edilmiştir. En sık 531 (%65,30), 516 (%10,20) ve 526. (%6,12)kodonlarda mutasyona rastlanmıştır. Sonuç olarak, araştırmadan elde edilen verilerin bölgemizde izole edilen ilaca dirençliM. tuberculosiskökenlerinin moleküler epidemiyolojisinin belirlenmesine yardımcı olacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: İlaç direnci, Mycobacteriumtuberculosis,rpoB geni, sekans analizi.
Karbapenemlere direnç gösteren gram negatif bakterilerde metallo-beta- laktamaz enziminin fenotipik yöntemlerle araştırılması
Karbapenemler, çoklu ilaç dirençli Gram negatif bakteri enfeksiyonlarında en sık kullanılan antibiyotiklerdir. Karbapenem direncinin en önemli mekanizmalarından biri Metallo-Beta-Laktamazların üretimidir. Metallo-Beta-Laktamaz genleri kromozomda ya da plazmidde bulunur ve bakteri kökenleri arasında kolayca yayılabilir. Çalışmamızda, Balcalı Hastanesi kliniklerinden Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji birimine gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen ve karbapenemlere direnç gösteren Gram negatif bakterilerde, Metallo-Beta-Laktamaz enzimi üreten suşların fenotipik yöntemlerle oranını belirlemek, Metallo-Beta-Laktamaz tayininde bu fenotipik yöntemleri karşılaştırmak ve Metallo-Beta-Laktamaz üretiminde fenotipik yöntemleri kullanarak hangisinin rutin uygulamalarda daha yararlı olabileceği amaçlanmıştır. Bu amaçla Haziran-Ekim 2012 ve Şubat-Mart 2014 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden Merkez Laboratuvarına gönderilen materyallerden karbapenem dirençli 261 Gram negatif bakteride fenotipik yöntemlerle Metallo-Beta-Laktamaz üretimi araştırıldı. Bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik dirençleri Clinical and Laboratory Standards Institute önerileri doğrultusunda Vitek 2 otomatize sistem ile belirlendi. Metallo-beta-laktamaz üretimi Modifiye Hodge Testi, Kombine Disk Difüzyon ve Çift Disk Sinerji Testi ile araştırıldı. Karbapenem dirençli suşlar arasında, imipenem %90.4, meropenem %74.3, ertapenem %46.6 dirençli olarak bulunmuştur. Karbapenem dirençli Gram negatif bakteri suşlarında Metallo-Beta-Laktamaz üretimi modifiye Hodge testi ile %76.2, Kombine disk difüzyon ile %27.2, Çift disk sinerji yöntemi ile %14.2 olarak bulunmuştur. Kombine disk difüzyon ve modifiye Hodge testi ile en çok A. baumannii, Çift disk sinerji testi ile en çok P. aeruginosa suşlarında Metallo-beta-laktamaz üretimi saptandı. Metallo-beta-laktamaz araştırılmasında hızlı, basit, duyarlılık ve özgüllüğü yüksek olan iyi bir fenotipik tarama yöntemine gerek vardır. Bu bulguların ışığı altında, fenotipik yöntemlerden hangisinin rutinde kullanılabileceği konusunda, bu suşlardaki Metallo-beta-laktamaz üretiminin moleküler yöntemlerle saptanması gerçeğini ortaya çıkarmıştır.
Pulmoner tüberkülozlu hastalardan izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında moksifloksasin direncinin epidemiyolojik özellikleri ve moleküler mekanizmalarının araştırılması
Amaç: Bu çalışmada bölgemizdeki klinik materyallerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis suşlarının moksifloksasin duyarlılıklarının fenotipik yöntemlerle tespit edilmesi ve bölgesel direnç oranlarının belirlenmesi ayrıca fenotipik direnç ile gyrA genindeki mutasyonların ilişkisinin araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen pulmoner tüberkülozlu hasta örneklerinden izole edilen Mycobacterium tuberculosis suşlarından çoklu ilaç direnci görülmeyen sıralı 100 izolat ile çoklu ilaç direnci tespit edilen 37 izolat dahil edilmiştir. Bu izolatların Löwenstein-Jensen proporsiyon yöntemi kullanılarak moksifloksasin'e duyarlılıkları belirlenmiş ve epidemiyolojik özellikleri araştırılmıştır. Yine bu izolatların gyrA bölgesinin dizi analizi yapılmış ve ilaç duyarlılık oranları ile karşılaştırılmıştır. Bulgular: Fenotipik duyarlılıkları test edilen 137 izolatın 25'inde (% 18,2) moksifloksasine karşı direnç bulunmuştur. Çoklu ilaç direnci görülmeyen ve çoklu ilaç direnci görülen suşlar arasındaki direnç oranları sırasıyla % 17 ve % 21,6 olarak tespit edilmiştir. 25 dirençli klinik izolatın gönderildiği bölgelere göre dağılımına baktığımızda; izolatlardan 10'unun Adana, 6'sının Gaziantep, 5'inin Hatay, 3'ünün Mersin ve 1'inin de Kahramanmaraş iline ait oldukları tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen tüm izolatların gyrA bölgesinin dizi analizi sonucuna göre toplamda 6 örnekte tek baz mutasyonuna rastlanmıştır. Mutasyonların pozisyonları Asp94Tyr, Asp94Gly, Ala90Val, Gly88Ala ve iki örnekte de Asp89Asn şeklinde tespit edilmiştir. Mutasyon görülen örneklerin ikisi moksifloksasine fenotipik olarak duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamız sonucunda moksifloksasine karşı gelişen direncin tüberküloz tedavisine sekonder olamayacağı tespit edilmiştir. Oluşan direnç ile genin analiz edilen kısmındaki mutasyonların ilişkisinin yetersiz olduğu ve yüksek dirençten farklı moleküler mekanizmaların sorumlu olacağı görülmüştür. Moksifloksasin direncinin araştırılmasının daha geniş vaka grupları ve izolatlar kullanılarak devam ettirilmesi ayrıca bu grup ilaçlara karşı kısa sürede direnç gelişme ihtimalinin varlığı ve non-spesifik endikasyonlarda daha sınırlı kullanılması gerektiğinin ısrarla anlatılmasının önemli olacağı sonucuna varılmıştır. Anahtar Sözcükler: gyrA, Moksifloksasin, Mutasyon, Mycobacterium tuberculosis, Proporsiyon.
Çukurova Bölgesindeki akciğer tüberkülozlu hastaların mononükleer hücrelerindeki mikrorna düzeylerinin incelenmesi
Tüberküloz, hayatı tehdit eden en eski enfeksiyonlardan birisi olup, tüm dünyada hala mortalitenin en önemli sebepleri arasında yer almaktadır. Dünyada her yıl yaklaşık olarak 8.7 milyon kişinin tüberküloza yakalandığı ve en az 2 milyon kişinin de tüberküloz sebebi ile hayatını kaybettiği dünya sağlık örğütü (DSÖ) tarafından bildrilmektedir. Multisistemik bir hastalık olan tüberkülozda olguların çoğunda akciğer ve plevra tutulumu mevcuttur. Ancak M.tuberculosis ile infekte kişilerin %5-10'unda aktif tüberküloz gelişmektedir. Aktif tüberküloz gelişimi, kronik enfeksiyon, reaktivasyonlar ve asemptomatik taşıyıcılığın sebepleri tam olarak aydınlatılamamış olmakla birlikte aktif tüberküloz gelişiminde konağın immun yapısının önemli rol oynadığına inanılmaktadır. Son yıllarda mikroRNA'ların (miRNA) immun sistemdeki rolünün belirlenmesine yönelik çalışmalara ilgi artmıştır. Birçok grup tarafından yapılan çalışmalarda miRNA'ların çeşitli bağışıklık hücreleri alt gruplarının yanı sıra bunların immünolojik işlevlerinin de farklılaşmasını etkileyerek hem kazanılmış, hem doğal immunitede önemli olduğu belirlenmiştir. miRNA'lar ayrıca, kanser, gibi önemli hastalıkların ve özellikle M. tuberculosis, ve H. pylori enfeksiyonları gibi geniş bir hastalık grubu ile ilişkilidir. Bu araştırmada; Çukurova Üniversitesi Tropikal Hastalıkları Merkezi Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen, mikrobiyolojik olarak tüberküloz tanısı konmuş, tedavi almamış 50 hasta ve 30 sağlıklı bireyden izole edilen mononükleer hücre ve plazma miR146a, miR424, miR365, miR223, miR144, miR421 miRNA'ları, yüksek kapasiteli real-time PCR cihazı ile değerlendirildi. Hasta ve kontrol grubu karşılaştırıldığında plazmada miRNA144, miRNA424, mononükleer hücrede miRNA146a ekspresyonları ile istatiksel olarak anlamlı bir ilişki mevcut idi. (p<0,005) Sonuç olarak, aktif tüberküloz hastalarının mononükleer hücrelerdeki mikroRNA düzeyleri farklılıkları incelenerek tüberküloz tanısında, takibinde ve aynı zamanda konağa yönelik direk immun terapide mikroRNA'ların biyobelirteç olarak kullanımı irdelenmiştir.
Metisilin dirençli staphylococcus aureus suşlarının spa typıng ve pulsed fıeld gel electrophoresıs yöntemleriyle klonal ilişkilerinin tespiti
Amaç: İlk olarak İngiltere'de ortaya çıkan Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus enfeksiyonu başta diğer Avrupa ülkeleri olmak üzere bütün dünyada hızla yayılmıştır. Hem toplumda hem de hastanelerde görülen Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus nedenli enfeksiyonların risk yönetiminde, etkenin kaynağının ve bulaş yollarının moleküler yöntemlerle hızlı tespiti enfeksiyon kontrolünde anahtar veriler sağlamaktadır. Çalışmamızda hastanemizde izole edilen Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus suşlarının klonal ilişkileri Pulsed Field Gel Electrophoresis ve spa tiplendirme yöntemi ile tespit edilerek, hastanemizde ve bölgemizde baskın olan klonların isimlendirilmesi ve yöntemlerin kıyaslanması amaçlanmaktadır. Gereç ve yöntem: Hastanemizde rutin olarak kullanılmakta olan Vitek 2 sistemi ile tanımlanan 75 Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus izolatı SmaI enzimi kullanılarak Pulsed Field Gel Electrophoresis ile tiplendirildi. spa gen bölgeleri amplifiye edilerek sekans analizi yapıldı. Elde edilen veriler StaphType (Ridom) yazılım programıyla değerlendirildi ve spa tipleri tespit edildi. Bulgular: İncelenen 75 örneğin Pulsed Field Gel Electrophoresis ile 11 küme içerisinde toplandıkları ve birbirlerine % 84,1 oranında benzeyen A (n:19) ve B (n:27) kümelerinin tüm suşların % 61,3'ünü oluşturduğu tespit edildi. Tüm izolatlar spa tiplendirme ile de değerlendirildiğinde suşların 18 spa tipine dağıldığı tespit edildi. En büyük spa kümesi 31 izolat (% 41,3) ile t030 iken, bunu 9 izolat ile t223 (% 12) tipinin izlediği görüldü. Sonuçlar: İzolatların genotipik incelemeleri, antibiyotik direnç profilleri ve hastane enfeksiyonu olarak tanımlanan olgulardan izole edilme oranları değerlendirilerek t030'un % 41,3'lük insidans ile dominant genotip olduğu ve bu gen kümesinin hastane klonu olduğu düşünülmüştür. Toplum kökenli olduğu düşünülen spa tiplerinin ise t223 ve t127 oldukları ve sırasıyla % 12 ve % 9,3 oranlarında görüldükleri tespit edildi. Kısa dönemli salgın incelemelerinde ve uzun dönemli soy ilişkisi araştırmalarında spa tiplendirme yönteminin Pulsed Field Gel Electrophoresis ile birlikte kullanılmasının ve bu çalışmanın daha uzun süre ve daha fazla örnek kullanılarak toplum ve hastane klonlarının takibinde kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmüştür.
Klinik örneklerden izole edilen brucella izolatlarının epidemiyolojik özelliklerinin multi-locus variable number tandem repeat analysis ve pulsed field gel electrophoresis yöntemleri ile tespiti
Bruselloz, insanlara bulaşabilen, ancak öncelikle çiftlik hayvanlarını hedef alan Brucella cinsi bakteriler tarafından oluşturulan infeksiyöz, genellikle subakut veya kronik seyirli zoonoz bir hastalıktır. Hayvanlarda sebep olduğu kayıplar dikkate alınırsa bruselloz evcil hayvanların en önemli hastalıklarından biri olarak kabul edilir. Brucella enfeksiyonlarının kontrol ve eradikasyonunda akut vakalarda erken tanı ve doğru tedavi, risk gruplarının zamanında aşılanması, salgın suşlarının genotiplendirilerek salgının kaynağının tespiti ve bakterinin insan ve hayvan popülasyonlarındaki hareketinin izlenmesi, böylece bulaş yolunun belirlenmesi, bölgesel hakim genotiplerin ortaya çıkarılması, bu genotiplerin eradikasyonu için aşı ve tedavi seçeneklerinin araştırılması, kısaca genotipik sürveyans hayati önem taşır. Son yıllarda Multi-Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis (MLVA) yönteminin Brucella türleri arasındaki genotipik ilişkinin araştırılmasında da kullanılabileceği gösterilmiştir. Çalışmamızın amacı Bölgemizde Brucella klinik izolatlarının epidemiyolojik özelliklerinin MLVA ve Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemleri ile tespit edilmesi ve bu yöntemlerin uygulanabilirliğinin incelenmesidir. Fenotipik olarak biyotiplendirilmiş olan 118 hayvan kaynaklı Brucella izolatı AMOS-ERY-PCR yöntemiyle tür düzeyinde identifiye edildikten sonra genotipik ilişkileri PFGE ve MLVA-16 yöntemleri ile araştırıldı. AMOS-ERY-PCR ile izolatların 101'i B. melitensis, 17'si ise B. abortus olarak tespit edildi ve biyotipleme sonuçları ile uyumlu olduğu görüldü. MLVA yöntemi ile toplam 28 genotip tespit edildi ve ayırt edici gücünün oldukça yüksek olduğu belirlendi (HGDI=0,9071). Ancak, B. melitensis Rev-1 aşı suşu olarak izole edilen 26 suşun tamamının MLVA profilinin aynı olduğu ve en baskın genotip olduğu tespit edildi. Sonuç olarak, MLVA-16 yönteminin bölgesel hakim olan genotiplerin belirlenmesinde ayırt edici olduğu gözlendi. Ayrıca, elde edilen sonuçlar Tarım, Gıda ve Hayvancılık bakanlığı ve ilgili kuruluşlarla paylaşıldı.
Yoğun bakım hastalarının idrar kültürlerinden izole edilen candida türlerinin dağılımı ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Candida`lar insanların normal florasının bir üyesi olup, doğada yaygın olarak bulunurlar. İdrarda Candida türlerinin varlığı kandidüri olarak adlandırılır. Bu durum klinik örneklerin kontaminasyonu, alt üriner sistem kolonizasyonu veya alt ya da üst üriner sistemin invaziv enfeksiyonunun göstergesi olabilir. Çalışmamızda yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen Candida'ların identifikasyonu ve antifungallere duyarlılık durumlarının belirlenmesi amaçlandı. Bu çalışma Kasım 2016-Haziran 2017 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi, Anasteziyoloji ve Reanimasyon ve İç Hastalıkları Yoğun Bakım ünite'lerinde yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen 100 Candida suşu (≥ 104 CFU/mL) değerlendirmeye alındı. Candida suşlarının identifikasyonu klasik yöntemler yanında, otomatize identifikasyon yöntemi kullanılarak yapıldı. Tanımlanan Candida suşlarının antifungal duyarlılıkları, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) M27-S3 ve M27-S4 dökümanlarındaki referans broth mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Çalışmada C.parapsilosis ATCC 22019 ve C.kruseiATCC 6258 kontrol suşları kullanılmıştır. İdrar kültürlerinde Candida izole edilen hastaların %60'ı kadın %40'ı erkek, yaş ortalaması 68.02±17.48'idi. Hastaların idrar örneklerinden izole edilen 100 Candida suşunun %54'ü Candida albicans, %34'ü C.glabrata, %7'si C.tropicalis, %2'si C.kefyr, %2'si C.lusitaniae, %1'i C.parapsilosis olarak identifiye edildi. Çalışmamızda, antifungal ilaçların MİK aralıkları kaspofungin için 0.015-0.5 µg/mL, flukonazol için 0.125-64 µg/mL, itrakonazol için 0.03-16 µg/mL, vorikonazol için 0.03-16 µg/mL arasında saptandı. Candida suşlarının, %1'i kaspofungine dirençli, %40'ı flukonazole dirençli; %69'u itrakonazole dirençli, C.glabrata dışındaki Candida'ların %54.5'i vorikonazole dirençli olarak tespit edildi. Amfoterisin B ve flusitozine dirençli Candida türü tespit edilmedi. Sonuç olarak idrar kültürlerinden izole edilen Candida türlerinde profilaksi ve tedavide en sık kullanılan azol grubundaki antifungallere yüksek oranda direnç saptanmıştır.
Solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olan bakteriyel etkenler ve antibiyotik hassasiyetlerinin belirlenmesi
Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarına çeşitli kliniklerden gönderilen 1076 solunum yolu örneğinden izole edilen 388'in de anlamlı (≥10.000 cfu/ml) üreme gerçekleşen suşların identifikasyon ve direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu suşların 331'i Trakeal aspirasyon (TA) ve 57'si Bronkoalveolar lavaj'dan (BAL) izole edilmiştir. Örnekler COS (Kanlı agar), MacConkey agar, PVX (çikolata agar) ve HAE2 (Haemophilus Chocolate agar 2) ekimi yapıldı ve bakterilerin identifikasyonu ve antibiyogramı Vitek 2 Otomatize Sistem de değerlendirildi. H.influenza suşlarının antibiyotik duyarlılıkları EUCAST kriterlerine uygun olarak disk difüzyon yönteminde değerlendirildi. Solunum sistemi enfeksiyonlarından en çok izole edilen bakteriler A.baumannii, P.aeruginosa, K.pneumoniae, H.influenzae şeklindeydi. TA'da en sık üreyen bakteriler A.baumannii (%34,47), P.aeruginosa (%16,62) ve K.pneumoniae (%9,97) şeklindedir. BAL da en sık üreyen bakteriler ise H.influenzae (%35,09), A.baumannii (%17,54) ve K.pneumoniae (%10,53) şeklindedir. H.influenzae'nın serotiplendirme sonucunda %70,58'i Tip b, %29,42'si ise tib b dışındaki diğer serotipler (a,c,d,e ve f) olarak saptanmıştır. H.influenzae izolatlarında en yüksek direnç Ampisilin de (%87,10) görülmüştür. H.influenzae suşlarının tamamı (%100) Siprofloksasin, Levofloksasin'e hassas olarak tespit edilmiştir. K.pneumonıae izolatlarının tamamı (%100) Ampisilin'e dirençli olarak tespit edilmiştir. Kolistin (%82,05) en etkili antibiyotik olarak saptanmıştır. P.aerugınosa izolatlarının tamamı (%100) Tetrasiklin, Tigesiklin ve Trimetoprim/Sulfametoksazol'e dirençli olarak tespit edilmiştir. Suşların tamamı (%100) Kolistine hassas olarak bulunmuştur. A.baumanii suşların tamamı (%100) Piperasilin, Piperasillin/Tazobaktam, Seftazidim, Sefepim, İmipenem ve Meropenem dirençli bulunmuştur. En yüksek hassasiyet Kolistinde (%100) görülmüştür. S.aureus izolatlarında tamamı (%100) Rifampisin'e dirençli olarak bulunmuştur. Suşların tamamı (%100) Linezolid, Trimetoprim/Sulfametoksazol, Fusidik Asit, Teikoplanin, Tigesiklin, Vankomisin'e hassas olarak saptanmıştır. S. pneumoniae da penisilin direnci ise %42,86 olarak tespit edilmiştir.
Human papillomavirus genotiplerinin pyrosequencing metodu ile tespiti
Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin başlıca sebebidir. Bu çalışmanın amacı Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Jinekoloji bölümüne başvuran kadınlarda HPV genotiplerinin pyrosequencing metodu ile tespitidir. Servikal sitoloji örnekleri 20-65 yaş arasındaki 1145 kadından toplanmıştır. HPV genotiplemesi için pyrosequencing metoduna dayanan HPV Sign PQ genotipleme testi (Diatech Pharmacogenetics, Italy) kullanılmıştır. Pyrosequencing PyroMark Q24 cihazında (Qiagen) yapılmıştır. HPV enfeksiyonunun prevalansı toplam 1145 kadında %20 (229) idi. Tek HPV enfeksiyonu ve çoklu HPV enfeksiyonu sırasıyla, çalışma grubunun %11.8'inde (136) ve %8.2'sinde (93) bulunmuştur. En baskın HPV genotipi HPV 16 (%9.4) olup bunu HPV 18 (%4.8) HPV 56 (%4), HPV 51 (%2.5), HPV 33 (%2.2), HPV 39 (%1.9), HPV 31 (%1.7), HPV 35 (%1.7), HPV 58 (%1.1), HPV 59 (%0.9), HPV 68 (%0.5), HPV 45 (%0.4), HPV 66 (%0.4) ve HPV 52 (%0.2 ) izlemiştir. Bu çalışmada en yaygın HPV tipleri olarak bulunan HPV 16 ve HPV 18 profilaktik HPV aşılarının hedefidir. Yeni jenerasyon dizi analizi metodu olan pyrosequencing test ile HPV genotiplerinin tanısı servikal kanser için risk altındaki kadınların tespitine katkı sağlayacaktır.
Klinik örneklerden ızole edilen gram-negatif basillerde metallo-β-laktamaz'ların fenotipik-genotipik olarak araştırılması ve suşların filogenetik analizi
Karbapenemler çoklu dirençli Gram-negatif bakteri enfeksiyonlarında en sık kullanılan antibiyotiklerdir. Karbapenem direncinin en önemli mekanizmalarından birisi de metallo-β-laktamazların (MBL) üretimidir. MBL genleri kromozomda ya da plazmidde bulunur ve bakteri suşları arasında kolayca yayılabilir. Bu nedenle MBL ̛ lara bağlı antimikrobiyal direncin epidemiyolojisi ile ilgili veriler antibiyotik politikasının ve tedavi şeklinin belirlenmesinde kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbı Mikrobiyoloji ABD ̛ da 01.03.2014-05.09.2015 tarihleri arasında çeşitli klinik infeksiyonlardan izole edilen karbapeneme dirençli olduğu belirlenen Gram-negatif bakterilerin, fenotipik yöntemlerle çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve genotipik yöntemlerle dirence yol açan enzimlerin belirlenerek epidemiyolojik veriler sunulması ve klonal ilişkilerinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlandı. Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi Balcalı hastanesinde çeşitli kliniklerde yatan hastalardan izole edilen 450 karbapenem dirençli Gram-negatif bakteri kombine disk ve modifıye Hodge testi yöntemleri ile araştırıldı ve metallo-β-laktamaz üreten 130 Gram-negatif bakteri tespit edildi. Bakterilerin invitro şartlarda antibiyotiklere direnç durumları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Çalışmaya dahil edilen suşlar arasında en yüksek direncin % 99.23 ile meropenem'e karşı, en düşük direncin ise %5.38 ile Kolistin'e karşı geliştiği görüldü. Çalışma sonunda; karbapenem dirençli Gram-negatif bakteri infeksiyonlarında güvenle kullanılabilecek tek antibiyotiğin kolistin olduğu görüldü. Karbapenem direncinin genotipik olarak analiz edilmesinden sonra tüm türlerde en baskın karbapenemaz genlerinin OXA-51, OXA-23-like ve OXA-24-like olduğu, non-fermenterler ve Enterobacteriaceae türlerinde ise NDM, TEM, VIM, GES ve CTX-M tipi genlerin karbapenem direncinden sorumlu karbapenemaz enzimleri olduğu belirlendi. Ayrıca suşların klonal ilişkisi PFGE yöntemiyle irdelendiğinde, yakın ilişkili olarak değerlendirilen klonların persiste olduğu, bu klonların hastanemizin farklı kliniklerinde yerleştiği ve çeşitli hastane kökenli enfeksiyonlara sebep olduğu tespit edildi.
İndirekt floresan antikor yöntemi ile 'granüler + granüler kromozom' paterninde ana pozitifliği saptanan hastalarda, immünblot yöntemi ile anti DFS-70 antikorlarının araştırılması
Hücre içi antijenlere karşı otoantikorların varlığı sistemik bağ dokusu hastalıklarının önemli göstergelerindendir. İndirekt Floresan Antikor (IFA) yönteminde nükleus ve sitoplazmik otoantikor pozitiflikleri klinik açıdan hastalıklarla ilişkilendirilebilen farklı boyanma paternleri gösterirler. Bu çalışmada, IFA yöntemi ile granüler + granüler kromozom paterninde Anti Nükleer Antikor (ANA) pozitifliği saptanan hasta serumlarında immünoblot yöntemi ile anti-DFS-70 antikorlarının araştırılması amaçlandı. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nin çeşitli kliniklerinden Nisan 2016-Eylül 2016 tarihleri arasında gönderilen hasta serumlarında IFA yöntemi ile granüler + granüler kromozom paterninde ANA pozitifliği saptanan 100 hasta serumunda immünoblot yöntemi ile 16 farklı antijene karşı oluşan antikorlar araştırıldı. Çalışma kapsamına alınan hastaların demografik bilgileri kaydedildi. Çalışma süresi içinde çeşitli kliniklerden gönderilen 4440 serum örneği IFA yöntemi ile ANA açısından değerlendirmeye alındı ve örneklerin 81'inde (% 1.82) tek olarak granüler +granüler kromozom tarzında ANA pozitifliği, 19'unda (%0.42 ) ise farklı paternlerle beraber granüler +granüler kromozom tarzında ANA pozitifliği saptandı. Pozitiflik saptanan 100 örnek immünoblot yöntemi ile çalışmaya alındı ve 70'inde (% 70) tek olarak anti-DFS70 antikoru, 30'unda (% 30 ) ise anti-DFS70 ile birlikte farklı antikor pozitiflikleri saptandı. Anti Sentromer pozitifliğine hiçbir hastada rastlanmadı. IFA yöntemi ile granüler +granüler kromozom paterninde ANA pozitifliği anti-DFS70 antikoru varlığı ile ilişkilendirilmektedir, bizim sonuçlarımızda bunu doğrulamaktaydı. Ancak birden fazla antijene karşı ANA pozitifliği olduğu durumlarda IFA ile boyanma paternlerinin birbirlerini maskeleyebileceği görüldü. İmmünoblot yönteminin birden fazla antikor varlığında oldukça yararlı olduğu sonucuna varıldı
Şizofreni ve bipolar bozukluklar ile enfeksiyon hastalıklar arasındaki ilişkinin araştırılması
Şizofreni, erken yaşta başlayıp devam eden yani kronik gidişli, kesin sebebi tam olarak bilinmeyen, negatif ve pozitif semptomlarla karakterize önemli bir mental hastalıktır. Bipolar Bozukluk, (BP) ise tekrarlayıcı manik ve depresif epizotlarla ötimi adı verilen iyilik dönemleriyle karakterize yaşamı etkileyen önemli zihinsel hastalıklardan biridir. Bu hastalıkların bütün dünyada ortalama prevalansının %1, insidans hızının ise 10-54/100.000 olduğu bildirilmektedir. Bu hastalıkların oluşmasında intrauterin dönemde özelliklede 2. Trimester de geçirilen bazı konjenital ve postpartum enfeksiyonların da rolünün olabileceği epidemiyolojik çalışmaların sonuçlarına dayanarak iddia edilmiştir. Bu çalışmada, mevcut literatür bilgileri ışığında ELISA yöntemi kullanılarak psişik bozukluklar ile ilişkilendirilen; Toxoplasma gondii', Chlamydia pneumonia, Chlamydia trachomatis, Cytomegalovirus (CMV), Herpes simplex Virus 1 (HSV1), Herpes simplex Virus 2 (HSV2), ve Treponema pallidum enfeksiyonlarını seroprevalansı araştırıldı. Ayrıca periferik kan örnekleride muhtemel Bornavirus enfeksiyonu tanısı için Endogenous Bornavirus Like Nucleoprotein 1 varlığını göstermek amacı ile sandiviç EIA yöntemi kullanılarak sorgulandı. Elde edilen seroprevalans ve EBLN1 insidans sonuçları Şizofreni ve bipolar bozukluk tanısı almış ve psikiyatri kliniklerinde takip edilmekte olan hastalarla, sağlıklı bireylerin kan ve serum örneklerinden elde edilen sonuçlar karşılaştırılarak, muhtemel bir ilişkinin tespiti amaçlanmıştır. Bu amaçla; psikiyatri kliniklerinde yatırılarak takip edilmekte olan 96'sı kadın 162'si de erkek olmak üzere toplam 258 hasta ile kan merkezlerine kan bağışı amacıyla gelen sağlıklı asemptomatik 50'si kadın 100'ü de erkek olmak üzere toplam 150 donöre ait serum örnekleri serolojik tanı yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Çalışma sonunda hasta ve kontrol grupları arasında CMV, HSV-I, HSV-II ve T.pallidum seropozitiflik oranlarında (T.gondii, T.pallidum, C.pneumonia, C.trachomatis, Bornavirus, CMV, HSV I, HSV II) anlamlı bir fark tespit edilememiştir. T. gondii ve C. pneumoniae seroprevalansının hasta gruplarında (% 93,02 ve % 68,99) kontrol gruplarına ait seropozitiflik oranından (% 63,33 ve % 50 ) istatistiki yönden anlamlı şekilde yüksek olduğu görülmüştür. C trachomatis hasta ve kontrol grubu kadınlarda hasta ve kontrol grubu erkeklere oranla istatistikki yönden anlamlı fark göstermesine rağmen hasta ve kontrol gruplarının genelinde bir fark tespit edilememiştir/Borna Virusa ait BVLN-1 sadece hasta grubundaki 4 (%2,46) erkeğin kan örneklerinde tespit edilmiştir. T. gondii ve C. pneumoniae seroprevalansına dayanan sonuçlarımız bu iki mikroorganizmanın şizofreni ve bipolar bozukluğu olan hastalarda kontrollere göre daha yüksek risk taşıdığını göstermiştir/seroprevalansa dahil edilen test serumlarının tamamında geçirilmiş/mevcut Bornavirus, Chlamydia pneumonia, Chlamydia trachomatis, CMV, HSV1, HSV2, Toxoplasma gondii ve Treponema pallidum enfeksiyonlarının tespiti için ELISA yöntemi kullanılıdı.
Determination of h. pylori prevalence and correlation between histopathologic diagnosis and h. pylori cagpai and vaca genotypes in paraffin embedded biopsy samples prepared from patients with upper gastrointestinal (gi) carcinoma and chronic gastritis
H. pylori is a Gram-negative, spiral shaped microaerophile pathogen which is colonized in more than half of the world population's stomach. It is a major cause of gastritis associated disease like gastritis, gastric ulcer, duodenal ulcer, gastric adenocarcinoma, mucosa associated lymphoid tissue lymphoma (MALT lymphoma). Helicobacter pylori is a gastric pathogen that colonizes majority of the world's population. World Health Organization classified Helicobacter pylori as a first class carcinogen in 1994. Genetic diversity within the virulence genes of bacteria such as Cytotoxin associated gene Pathogenicity Island (cagPAI) and vacuolating cytotoxinA (vacA) may have a modifying effect on the pathogenic potential of the infecting strain. This study aimed to investigate which genes can be suggested as potentially related virulence factors for H. pylori associated active chronic gastritis and stomach Adenocarcinoma in Iran and Turkey. We focused on some cag (PAI) components and vacA gene subtypes based on correlations shown in some previous studies. In order to achieve our goal, Formalin Fixed Paraffin Embedded (FFPE) tissues obtained from Iranian and Turkish patients. The prevalence of the cagA, cagE, cagT, cagG, cagM, vacA s1a, vacA s2, vacA m1 and vacA m2 genes were studied in these strains by using the polymerase chain reaction (PCR) method and specific primers. From all of 320 patients, H. pylori was detected in 28.43% of patients. We found that vacAs1a, vacAm2 and cagA genes with mean prevalence of 82.41%, 71.42% and 69.23% were dominant in Iranian and Turkish patients. In conclusion in Turkish and Iranian population the genes that were studied, was homogeneous and there is no significant differences in bacterial genetic and with the exception of H. pylori infection other factors such as host genetics and nourishment play an important role in the formation of gastric cancer. But it is possible that if statistical population increases, the cagA gene association with cancer will be meaningful.
Allojenik hematopoetik kök hücre transplant alıcılarında epstein-barr virus, cytomegalovirus ve adenovirus enfeksiyonlarının insidansı
Viral enfeksiyonlar hematopoetik kök hücre transplantasyonundan (HKHT) sonra yaygın görülür ve fatal komplikasyonlarla sonuçlanabilir. Cytomegalovirus (CMV), Epstein-Barr virus (EBV) ve adenovirus enfeksiyonlarının insidansının araştırılması amacıyla Mayıs 2014 ve Mayıs 2016 tarihleri arasında yapılan bu çalışmaya kök hücre nakli yapılan 35 çocuk hasta dahil edilmiştir. Hastalar transplantasyon sonrası ilk 100 gün haftada bir ve 1 yıla kadar ayda bir CMV, EBV ve adenovirus viral yükleri yönünden kantitatif real-time PCR (polymerase chain reaction) testiyle monitorize edilmiştir. Hastaların 30'una allojenik HKHT ve 5'ine otolog HKHT yapılmıştır. Allojenik HKHT hastalarının 24'ünde (%80) CMV enfeksiyonu, 11'inde (%36.7) ADV enfeksiyonu ve 8'inde (%26.7) EBV enfeksiyonu bulunmuştur. Bu gruptaki hastaların 8'inde (%26.7) CMV DNA, 1'inde (%3.3) EBV DNA ve 1'inde (%3.3) ADV DNA viral yükü preemptif tedavi için gereken 1000 kopya/mL'den yüksekti. Otolog HKHT yapılan 5 alıcının 2'sinde CMV DNA, 5'inde EBV DNA (iki vaka >1000 kopya/mL) ve 2'sinde ADV DNA (bir vaka >1000 kopya/mL) tespit edilmiştir. Toplam 35 hastanın 11'ine (CMV 6, EBV 2, ADV 1, CMV-EBV 1 ve CMV-ADV 1) preemptif tedavi verilmiştir ve sadece 2 (%5.7) hasta viral enfeksiyona bağlı kaybedilmiştir. Sonuç olarak HKHT hastalarında viral yüklerin prospektif monitorizasyonu ile viral enfeksiyonların erken tanısı preemptif tedaviye zamanında başlanmasını sağlayarak hastalığa progresyonu önlemede etkili olacaktır.
Ekstraintestinel enfeksiyonlardan izole edilen ve virulans faktörleri tanımlanan E.coli suşlarının filogenetik ilişkilerinin tespitinde rapd yönteminin önemi
İntestinal ekosistemin kommensal üyesi olmakla birlikte her türlü çevre şartına karşı yüksek rekombinasyon-mutasyon yeteneği ile büyük bir uyum gösteren E. coli suşları, yüksek GC oranına sahip olmakla birlikte ilginç şekilde genomik plastisite özelliğine sahiptir. Diğer taraftan bu özelliklerinin yanı sıra klasik besiyerlerinde hızlı üreme yeteneğini koruyan E. coli, prokaryotlardaki spontan DNA transfer olaylarının açıklanması için iyi bir modeldir. Genomda kodlanan yapısal genlerin yanı sıra, patojenite adaları (PI), plazmidler, bakteriyofajlar ve transpozonlar gibi mobil genetik elemanlarda kodlanan, esasen mikroorganizmaların içinde bulundukları mikro çevre şartlarına uyum sağlamasında rol oynayan ancak bazen mikroorganizmaya farklı virülans özellikler de kazandıran proteinlerin kodlandığı, genlerin transferi ile kendilerinde olmayan yeni virülans özellikler de kazanabilirler. İntestinal kaynaklı ExPEC suşlarının özel genotiplerin mutasyonu sonucumu oluştuğu yoksa rastgele mutasyonlarınmı ExPEC suşlarını oluşturduklarının bilinmesi bu suşların toplumdaki hareketlerinin izlenmesi ve enfeksiyon kontrol protokollerinin oluşturulabilmesine imkan sağlayacaktır. Bu amaçla yapılacak epidemiyolojik sürveyans da klinik ile ilişkisine dayalı patotipleme, fizyolojik özellikler, (MLEE) veya antibiyotik duyarlılık kalıplarının tespiti gibi düşük ayırım gücüne sahip fenotipik yöntemlerin yerine veya yanında genomdaki spesifik dizileri tanıyan nükleik asit amplifikasyon bazlı ve/veya restriksiyon enzimlerinin de kullanıldığı, filotipleme, PCR, PCR-RFLP, PFGE ve (MLST) gibi sekanslama yöntemlerine ihtiyaç bulunmaktadır. Bu çalışmada extra intestinal sistemden izole edilen ve bazı virülans genleri gösterilmiş ExPEC izolatlarının muhtemel klonal ilişkilerini tespit amacı ile, üç farklı kısa oligonükleotid dizisinin kullanıldığı RAPD ve XbaI-PFGE yöntemlerinin ayırım güçlerini tespiti amaçladık. Çalışmada farklı klinik örneklerden izole edilen 155 ExPEC suşu kullanılmıştır. Anahtar Kelimeler: ExPEC, CDT, CNF, PFGE ve RAPD