Antepfıstığında yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak ssr markörlerin geliştirilmesi ve referans genetik haritanın oluşturulması

Pistacia türleri için literatürde sınırlı sayıda SSR markörleri vardır. Bu nedenle, bu çalışmada yeni nesil sekanslama (NGS) yöntemi ile in silico olarak yeni polimorfik SSR markörler geliştirilmesi ve antepfıstığında ilk SSR tabanlı genetik bağlantı haritalarının oluşturulması amaçlanmıştır. Üç Pistacia vera L. çeşidinden (Siirt, Ohadi ve Bağyolu) ve bir monoik P. atlantica Desf (Pa-18) genotipinden yaklaşık 10x yoğunluğunda elde edilen Illumina sekanslarından polimorfik SSR lokusları elde edilmiştir. Toplam 750 polimorfik SSR lokusu dizayn edilmiş ve 79 adedi (%10.5) yapılan PCR reaksiyonlarında amplifiye olmamıştır. Geri kalan markörler altı P. atlantica genotipi ve 18 P. vera çeşidinde kapiler elektroforez ile polimorfizm bakımından test edilmiştir. Kopleks bant üreten 53 SSR lokusu çalışma kapsamından çıkarılmıştır. Skorlanabilir bant veren toplam 618 SSR primer çiftinden 625 SSR lokusu elde edilmiştir. Gerek bu çalışmadaki gerekse literatürdeki SSR'lar ile Siirt x Bağyolu F1 populasyonu kullanılarak antepfıstığında SSR tabanlı ilk genetik bağlantı haritasını oluşturmak için kullanılmıştır. Ebeveynler, birleştirilmiş ve referans genetik haritalar ayrı ayrı oluşturulmuştur. Birleştirilmiş haritada %70.9'u ortak markör olmak üzere 15 bağlantı grubunda toplam 385 adet markör yer almıştır. Bağlantı gruplarının uzunluğu 61.3 cM (LG8) ile 131.0 cM (LG12) arasında değişmiş ve toplamda 1,511.2 cM uzunluğunda genetik harita elde edilmiştir. Markörler arasındaki uzaklık 3.9 cM ve markör yoğunluğu ise 0.25 olarak hesaplanmıştır. Bu çalışmada geliştirilen yeni SSR markörleri ve oluşturulan genetik haritalar bundan sonra antepfıstığında yapılacak genetik haritalama ve genetik karakterizasyon gibi çalışmalar için referans olacaktır.