Bazı turunçgil anaçlarında demir (Fe) klorozuna dayanıklılıktan sorumlu genlerin SSCP markırlarıyla allelik çeşitliliğinin araştırılması

Turunçgil anaçlarında demir klorozundan sorumlu genlerde allelik çeşitliliği tespit etmek amacıyla SSCP analizleri gerçekleştirilmiştir. İlk olarak turunçgil EST lerinden demir klorozundan sorumlu üç aday gen belirlenmiştir. Turunçgil anaçlarını temsil eden 8 farklı turunçgil genotipi seçilerek, belirlenen aday genlere özgü PCR primerleri kullanılarak genlerin PCR amplifikasyonları gerçekleştirilmiştir ve PCR ürünlerinden direk DNA sekans yapılarak genlerin seçilen 8 genotip açısından DNA sekansları belirlenmiştir. DNA sekans sonuçlarının analizleri bilgisayar paket programları aracılığıyla yapılarak polimorfizmler belirlenmiştir. SSCP analizlerini gerçekleştirmek amacıyla bu mutasyonlu bölgeleri çoğaltacak yeni SSCP primerleri dizayn edilmiştir ve SSCP analizlerine geçilmiştir. Dizayn edilen SSCP primerleri ve tez kapsamında kullanılan toplam 35 farklı turunçgil anacına ait DNA materyalleri kullanılarak PCR reaksiyonları gerçekleştirilmiştir. PCR ürünleri poliakrilamid jel elektroforezinde koşturulmuştur, elde edilen DNA bant profillerinin cluster analizleri yapılarak dendogramlar oluşturulmuştur. Fe-S geni için elde edilen dendogramda demir klorozuna duyarlı oldukları bilinen üç yapraklı genotipleri aynı grup içinde kümelenmişlerdir, üç yapraklı melezleri ise kendi içerisinde aynı alt kollarda yer almışlardır. IRT1 geni için oluşturulan dendogramda ise benzer sonuçlar bulunmuştur, üç yapraklı ve melezleri aynı alt kollarda kümelenmişler ve mandarin genotipleri arasında yüksek bir varyasyon tespit edilmiştir. NRAMP3 geni ile PCR ürünü akrilamid jel içerisinde ayrılamadığından dolayı cluster analizleri yapılamamıştır.Anahtar Kelimeler: SSCP, Demir Klorozu, Turunçgil, Allelik Çeşitlilik