Çeşitli kaynaklardan izole edilen Aspergillus section Nigri türlerinin fenotipik ve moleküler biyolojik yöntemlerle karakterizasyonu

Çalışmanın amacı, Aspergillus section Nigri grubu içerisinde yer alan mikrofungusların tür düzeyinde morfolojik ve moleküler biyolojik özelliklerine dayalı olarak karakterize edilmesidir. Bu amaç için, İzmir ili ve çevresinden çeşitli hava, toprak ve gıda örnekleri alınarak, bu örneklerde bulunan section Nigri üyesi Aspergillus kolonileri izole edilmiştir. İzole edilen mikrofungus türlerinin tanısı Klich 2002'de belirtildiği üzere 5 farklı besiyerinde makro ve mikromorfolojik özelliklerin tayini ile fenotipik olarak yapılmıştır. Moleküler tanılama amacıyla DNA izolasyonunda UltraClean® Microbial DNA Isolation Kiti (MoBio Laboratories, Inc.), EZNA Fungal DNA Kiti (Omega Bio-tek., Inc.) kullanılmıştır. Tüm Aspergillus section Nigri türlerinin kalmodulin sekans verisi ile birbirinden ayırt edilebilmesi sebebiyle Varga et al 2007'de belirtilen şekilde kalmodulin geninin filogenetik analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın sonucunda gıda ürünleri, toprak ve hava gibi çeşitli kaynaklardan toplam 150 adet Aspergillus section Nigri üyesi izole edilmiştir. Morfolojik çalışmalar sonucunda 5 farklı tür (A. awamori, A. carbonarius, A. foetidus, A. japonicus ve A. niger) elde edilirken moleküler çalışmalar sonucunda 10 farklı tür (A. acidus, A.acuelatus, A. awamori, A. carbonarius, A. foetidus, A. japonicus, A. neoniger, A. niger, A. tubingensis, A. uvarum) tanılanmıştır. Elde edilen moleküler veriler fenotipik tanıyla tanılamayan 5 türün varlığını göstermiştir. Böylelikle çalışma sonucunda özellikle Aspergillus section Nigri üyeleri olmak üzere mikrofungusların tanısında sadece fenotipik yöntemlerinin kullanımının subjektif gözlemlere dayalı olması, tanı anahtarlarının güncel olmaması nedeniyle yetersiz olduğu açığa konmuştur.