Çevresel DNA analizi kullanılarak Kızılırmak nehrinde bentik organizmaların belirlenmesi

Günümüzde, biyoçeşitlilik araştırmalarında, eDNA metoduyla yapılan çalışmaların artmakta olduğunu ve makrobentik topluluklar için çevresel DNA (eDNA) tabanlı metabarkodlama yaklaşımlarının uygun olduğunu gösteren çalışmalara rastlanmaktadır. Nehirlerde ve göllerde biyolojik izleme çalışmalarında, çevresel değişkenlere verdikleri tepkiler ve biyoindikatör özellikleri sebebiyle, makroomurgasızlar kullanılan biyolojik elemanlardan biridir. Bu çalışmada, makroomurgasız çeşitliliğini belirlemede hem morfolojik yöntem hem de sudan elde edilen DNA'nın kullanıldığı eDNA yöntemi kullanılmıştır. Kızılırmak nehrinin Nevşehir ili sınırları içerisinde kalan bölümünden 4 istasyon seçilmiş ve toplamda 8 örnekte eDNA analizi gerçekleştirilmiştir. Morfolojik örnekleme için örnekler el kepçesi ile (10dk) toplanmış, eDNA için su örnekleri dip suyu olacak şekilde alınmıştır. Ayrıca istasyonlardan su örneği alınmış ve bazı fizikokimyasal analizler yapılmıştır. Sudan DNA örnekleri santrifüjleme ve sonrasında izolasyon ile elde edilmiştir. Metabarkodlama için 18S rRNA gen bölgesi olarak V3 – V4 bölgeleri kullanılmıştır. Ayrıca morfolojik yöntem için alınan bentik örneklerin etil alkolde saklanan kaplarından örnek altı sularından da örnekler alınmış ve onlara da eDNA yöntemi uygulanmıştır. Takson sayısı; eDNA analizinde (16), morfolojik örneklemeden (11) daha yüksek olarak bulunmuştur. Ayrıca örnek altı suyu ve su örneği arasında da belirlenen gruplar açısından farklılıklar gözlemlenmiştir. Örnek altı suyu için gerçekleştirilen analiz sonucunda ise toplam 13 takson bulunmuştur. Sudan alınan eDNA sonuçları karşılaştırıldığında istasyonların sıralaması 3=2>1>4 şeklindedir. Nehirdeki makrobentik organizmaların birey sayılarına bakıldığında, Arthropoda, Insecta ve Annelida gruplarından atanamamış bireyler olduğu görülmektedir. İstasyonlardan alınan örnekler içerisinde Odonata, Hemiptera ve Spongilla grupları morfolojik ve dip suyu analizlerinde gözlemlenmemiş fakat örnek altı suyu analizlerinde tespit edilmiştir. Fizikokimyasal analizlerde Gülşehir istasyonunda düşük oksijen seviyesi (2,99 mg/l) ölçülmüştür. Çalışma sonucunda nehirdeki kirlilik düzeyinin kayda değer ölçüde fazla olduğu görülmektedir. Çalışma, önemli bir biyoçeşitlilik elemanı olan bentik organizmaların izleniminde eDNA analizi yönteminin kullanılabilir olduğunu göstermiştir.