Çölyak tanısı konmuş glutensiz diyet uygulayan hastalarda duodenal mikrobiyotanın yeni nesil dizileme yöntemi ile araştırılması

Amaç: Çölyak hastalığı (ÇH) diyetle alınan glutene kalıcı bir intolerans ile karakterize ince bağırsağın kronik iltihaplı bir hastalığıdır. ÇH'nin bilinen tek tedavi şekli glütensiz diyettir. Günümüzde beslenme ile diyet bileşenlerinin bağırsak mikrobiyotasını etkilediği literatürde gösterilmiştir. Bu çalışmada, glutensiz diyet uygulayan semptomsuz çölyak hastalarındaki yenilenmiş duodenal mikrobiyotanın spesifik bileşiminin yeni nesil dizileme yöntemi ile tanımlanması ve literatür temelli karşılaştırma ile verilerin irdelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Glütensiz diyet uygulayan 10 çölyak hastasından duodenum biyopsisi için endoskopi yapılıp uygun biyopsi örnekleri alınmıştır. Toplanan biyopsiler DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra sekanslama yapılana kadar -20°C'de saklanmıştır. Dizileme işlemi Illumina NextSeq 550 yeni nesil dizileme platformunda yapılıp duodenal mikrobiyota bileşimi analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışmaya 5 erkek 5 kadın dahil edilip yaş ortalamaları 38.1'dir. Örneklerde toplam 36 farklı bakteriyel filum tespit edilmiştir. En sık görülen filumlar %31.46 Firmicutes, %21.47 Proteobacteria, %10.6 Bacteroidetes ve %6.1 Actinobacteria olarak bulunmuştur. Örneklerin aile olarak analizine bakıldığında, Bacillaceae 1 (%3.35) ve Streptococcaceae (%2.94) gruplarının en yüksek bolluğa sahip iki aile olduğu görülmektedir. Cins düzeyinde Streptococcus (%1.44) ve Geobacillus (%1.31) türleri örnekler arası en yüksek yüzdeye sahip cinslerdir. Örneklerin tür sayısı ortalaması 232.2 olarak hesaplanmıştır. Shannon endeksine göre, temel bileşen analizinde farklı gruplanan üç örnekte çeşitlilik, diğer örneklere göre düşük bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmaya katılan glutensiz diyet uygulayan çölyak hastalarında Firmicutes en sık görülen filum olmuştur. Örneklerin 7 sinde baskın filum Firmicutes iken 3 ünde Proteobacteria baskın izlenmiştir. Temel bileşen analizinde ve hiyerarşik kümelenme ağacında 7 hasta birbirine yakın profil sergilerken 3 hasta onlardan farklı bir duodenal floraya sahiptir. Anahtar Kelimeler: çölyak hastalığı, duodenal mikrobiyota, yeni nesil dizileme, 16s rRNA