Duhok-Irak'ta hastalar ve yolculardan alınan SARS-CoV-2 spikeproteinlerinin dizilim ve filogenetik analizinin karşılaştırılması

Arka Plan: İnsan sağlığı için önemli olan büyük bir Coronavirüs ailesi, tek sarmallı bir RNA virüsü olan SARS-CoV-2'yi içerir. Bu virüs şiddetli akut solunum sendromunun nedeniydi ve ilk kez 17 Kasım 2019'da insanlara bulaşabileceği tespit edildi. Amaçlar: Duhok'ta dolaşan SARS-CoV-2 virüslerinin soyunu, mutasyon kalıplarını, varyantlarını ve serotiplerini araştırmak. Epidemiyolojik kalıpların izini sürmek için valilik nüfusu ve bunları Türkiye'den sınırı geçen yolcularda tespit edilenlerle karşılaştırmak. Yöntemler: Duhok'ta yaşayan 700 kişiden ve Türkiye'den Duhok-Irak sınırını geçen 700 yolcudan nazofarenks sürüntüleri toplandı. Denekler rastgele örnekleme yoluyla toplandı ve demografik özellikler ve üst veya alt solunum yolu enfeksiyonlarının semptomları hakkında sorgulandı. Hariç tutma kriterleri, onaylanmış herhangi bir önceki enfeksiyonun COVID-19 aşılarıyla aşılanmasını içeriyordu. Numuneler RT-PCR'ye tabi tutuldu ve en yüksek viral yüke (en düşük Ct değerleri) sahip 30 pozitif numune, yeni nesil sekanslama (NGS) ile tam S geninin sekanslanması için seçildi. Varyantları, sınıfları ve soyları tanımlamak ve dizileri analiz etmek için Nextstrain, GISAID ve PANGO'nun üç platformu kullanıldı. Sonuçlar: 1400 katılımcıdan 353 (%25,21) pozitif örnek RT-PCR ile tanımlandı; bunlardan 30 temsili pozitif örnek (her gruptan 15: Hastalar ve gezginler) NGS kullanılarak S spike geninin tam dizilimi için gönderildi. Duhok sakinlerinden dokuz örnek ve gezginlerden on örnek dahil olmak üzere on dokuz örnek başarıyla sıralandı ve alındı. Nextclade sonuçları, 12 örneğin delta soyuna ait olduğunu (Pango soyları: B1.617.2.78, B1.617.2, B1.617.126 ve B.1.617.121) iki grup arasında dağıldığını, 5 omikron (BA.1.1) ve Gezginlerde 2 alfa (B.1.1.7) suşu tespit edildi. Benzersiz bir mutasyon tanımlanmadan 52'si eş anlamlı olmayan, 16'sı eşanlamlı ve 8'i silinmiş olmak üzere toplam 76 mutasyon tespit edildi. Sıralama sonuçları GISAID'e iletildi ve erişim numaraları alındı. GISAID'den Irak ve Irak dışı varyantlardan elde edilen diziler kullanılarak filogenetik bir ağaç oluşturuldu. Sonuçlar: Mevcut araştırma, dizileme sonuçlarına dayanarak SARS-CoV-2'nin Irak'taki genetik ve epigenetik durumunun bir tanımını ve gözlemini sunmaktadır. Çalışma, başak proteininin S1 bölgesinde reseptörlere viral bağlanmayı artırabilen mutasyonlar da dahil olmak üzere, ülkeye yeni varyantların getirilmesinde seyahatlerin etkisini ortaya çıkardı