DCNA: Gen ifade verileriyle ko-ekspresyon analizi yapan ağ tabanlı uygulama

Bağlama özgü durumlardaki (hastalık ve sağlık durumunda veya kimyasal uygulanan ve uygulanmayan durumda) dokuların gen ifadesi değerlerinin karşılaştırılmasına dayanan ve iki farklı durumdaki gen anlatım seviyelerinin korelasyon ilişkilerine dayanarak, farklılaşan ortak gen ifadesi analizlerinin yapıldığı bir metot geliştirildi. Oluşturulan ağ yapılarında birbirleriyle yüksek etkileşime sahip gen kümeleri (modüller) elde edildi. Bu tezde, araştırma grubumuza ait olan yeni bir algoritma kullanılarak, DCNA olarak adlandırılan bir web-tabanlı araç geliştirildi. Kodlar ve ek veriler http://www.github.com/tyasird/differial-coexpression-network-analysis adresinde mevcuttur. Çalışmanın en önemli noktası, araştırmacıların kodlama ile zaman kaybı yaşamadan, gen ekspresyon verilerini kolayca analiz edebilecekleri kullanıcı dostu bir web tabanlı aracın tasarlanmasıdır. Araştırmacılar, DCNA aracına http://dcna.computationalbiology.org/ adresinden erişebilir. Bu metot ile mide kanseri mikro dizi veri setleri vaka çalışması olarak kullanıldı ve mide kanserine özgü korelasyon ağları oluşturuldu. İleri istatistiksel yöntemler ve algoritmalar ile geliştirilen DCNA web-tabanlı araç sayesinde anlamlı gen modülleri belirlendi. Geliştirilen web-tabanlı araç ile bulunan hastalığa özgü aday gen modüllerinin, hastalığının prognozu ve tedavisine yönelik stratejiler geliştirilmesine yardımcı olacağını öne sürüyoruz.