Cevizde basit dizi tekrarları (SSR) ile primer geliştirme ve genetik haritalama

Literatürde cevizde bugüne kadar yayımlanan SSR (Basit Dizi Tekrarları) markör sayısı yeterli değildir ve SSR tabanlı bir genetik haritada da bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu çalışmanın birinci amacı cevizde gelecekte yapılacak genetik çalışmalarda kullanılmak üzere yeni SSR markör geliştirmektir. Bu çalışmanın ikinci amacı ise Chandler x Kaplan-86 F1 populasyonunu kullanarak cevizde ilk SSR tabanlı genetik haritayı oluşturmaktır. Bu çalışmada, J. regia'da 558 BES-SSR primer çifti dizayn edildi ve bunlardan 507 primer (%91) çifti başarılı olarak amplifikasyon göstermiştir. Polimorfik 307 SSR primer çifti 2 ile 11 arasında, toplamda 1097 allel ve lokus başına ortalama 3.6 adet allel üretmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.11 ile 0.88 arasında değişmiş ve ortalama 0.46 olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada, cevizde bugüne kadar geliştirilen tüm SSR markörleri kullanılarak genetik harita oluşturulmuş ve 285 SSR markörü 16 bağlantı grubu üzerinde haritalanmıştır. Toplam harita uzunluğu 1.320,2 cM ve markörler arasındaki ortalama uzaklık 4.63 cM olarak belirlenmiş olup bağlantı gruplarının uzunluğu 40.8 cM (LG16) ile 143.6 cM (LG8) arasında yer almıştır. Markörler arası ortalama mesafe 2.63 cM (LG10) ile 8.38 cM (LG15) arasında değişmiştir. Bağlantı gruplarındaki markör sayısı 6 (LG16) ile 27 adet (LG3) arasında değişmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada yeni geliştirilen SSR markörleri ile birlikte cevizde SSR tabanlı ile genetik harita oluşturulmuştur. Buna karşın, oluşturulan haritadaki kısa bağlantı gruplarını uzatmak ve haritadaki mevcut boşlukları doldurmak için daha fazla SSR markörün geliştirilmesine ve haritalanmasına gereksinim vardır.