HIV pozitif hastalarda genotip tayini ve filogenetik analiz

HIV enfeksiyonunun klinik yönetiminde ilaç direncinin değerlendirilmesi önemlidir. HIV genotiplendirmesinde Sanger dizileme altın standart kabul edilsede, yeni nesil dizileme yöntemleri, düşük frekanslı direnç mutasyonlarını saptamasıyla ön plana çıkmaktadır. Bu çalışmada HIV/AIDS hastalarından izole edilen HIV-1 suşlarının genotiplendirmesi Sanger ve yeni nesil dizileme yöntemleriyle yapılmıştır. Yöntemlerin direnç mutasyonlarını saptamadaki etkinlikleri karşılaştırılmıştır. Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Viroloji Laboratuvarı'nda rutin çalışılan 47 HIV pozitif hasta örneği çalışmaya dahil edilmiştir. Viral nükleik asit ekstraksiyonunu takiben, HIV pol gen bölgesinin proteaz ve reverse transkriptaz proteinlerini kodlayan kısımları çoğaltılmıştır. Nükleotid dizileri Sanger ve yeni nesil dizileme yöntemleriyle belirlenmiştir. Sanger dizilemeyle en az bir ilaca %10,6, nükleozid ters transkriptaz inhibitörlerine %4,3, nükleozid olmayan ters transkriptaz inhibitörlerine %6,4 direnç bulunmuştur. Proteaz inhibitörlerine direnç mutasyonu görülmemiştir. Yeni nesil dizilemeyle %1 eşik değer ve üzerinde en az bir ilaca %46,8, proteaz inhibitörlerine %19,1, nükleozid ters transkriptaz inhibitörlerine %27,7 ve nükleozid olmayan ters transkriptaz inhibitörlerine %19,2 direnç bulunmuştur. %5 ve üzerindeki eşik değerlerde %14,9 en az bir ilaca direnç bulunmuştur. %1 eşik değer üzerinde proteaz inhibitörleri için direnci mutasyonu görülmemiştir. Sanger dizilemeyle saptanan mutasyonların tamamı yeni nesil dizilemeyle tespit edilmiştir. Hastaların %66'sının alt tip B ile enfekte olduğu gözlenmiştir. Bunu %13 ile A, %9 ile G, %4 ile C, CRF_02AG, %2 ile B/CRF02_AG, %2 ile CRF63_02A1 tipleri takip etmektedir. Direnç mutasyonlarının yüksek prevalansı, HIV-1 genotiplendirmesinin önemini vurgulamaktadır. Yeni nesil dizileme, %5 eşik değerin altındaki düşük frekanslı direnç mutasyonlarının tespitinde artan duyarlılığa sahiptir. %5 eşik değerin altında düşük frekanslı direnç mutasyonlarının sayısında anlamlı artış görülmüştür. Türkiye'de HIV-1 genotiplerinin dağılımı çeşitlilik göstermektedir.