Genotype
167 theses under this subject heading
Yoğun bakımda yatan hastalarda nozokomiyal çoklu ilaç dirençli acinetobacter enfeksiyonlarındaki risk faktörlerinin belirlenmesi ve izolatların genotiplendirilmesi
Bu çalışma ile erişkin yoğun bakım üniteleri (YBÜ)'nde hastane kökenli çoklu ilaç dirençli (ÇİD) Acinetobacter enfeksiyonları, özellikle Acinetobacter baumannii, gelişiminde etkili olabileceği düşünülen risk faktörlerini belirleyerek Acinetobacter enfeksiyonu oranlarını azaltmak için görüş ve önerilerde bulunmak ve antimikrobiyal duyarlılığın değerlendirilmesi ile tedavi protokollerinin geliştirilmesi ve izolatların genotiplendirilmesi amaçlanmıştır.Araştırma ileriye dönük vaka-kontrol çalışması olarak yapılmış olup, Nisan 2011-Mart 2012 tarihleri arasında İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Turgut Özal Tıp Merkezi erişkin YBÜ'de yatan ve hastane kökenli Acinetobacter enfeksiyon atağı saptanan 108 vaka ile aynı dönemde erişkin YBÜ'de takip edilen ve kültürlerinde üreme olmayan 105 kontrol grubu hastası karşılaştırılarak enfeksiyon gelişiminde rol oynadığı düşünülen risk faktörleri belirlenmeye çalışıldı. Tek ve çok değişkenli regresyon analizi yapılarak hastane kökenli Acinetobacter enfeksiyon atağı gelişimini ve mortaliteyi etkileyen risk faktörleri belirlendi.Çok değişkenli regresyon analizi sonrasında son modelde yaş, mekanik ventilatör uygulaması, trakeotomi uygulaması, PEG uygulaması, karbapenem kullanımı ve 3. kuşak sefalosporin kullanılmaması hastane kökenli Acinetobacter enfeksiyon atağı gelişimi için bağımsız risk faktörü olarak bulunmuştur. Mortalite için yapılan çok değişkenli lojistik regresyon analizinde son modelde, mortaliteyi etkileyen bağımsız risk faktörleri ise enteral beslenme şekli ve APACHE II skoru tespit edilmiştir. Bu risk faktörlerinin kontrolü, özellikle karbapenem gibi geniş spektrumlu antibiyotik kullanımının kısıtlanması ve ampirik tedavide 3. kuşak sefalosporinlerin uygun durumlarda tercih edilmesi desteklenmelidir.İzolatların %94'ünde çoklu antibiyotik direnci saptanmıştır. İmipenem direncinin %82.4 ve meropenem direncinin %88 oranında olduğu gözlenmiştir. Kolistin duyarlılığı %100 ve tigesiklin duyarlılığı %99,1 olarak bulundu.Çalışmamızda en fazla izolat sayısına sahip klonun hastanemizde yaklaşık 14 ay varlığını sürdürdüğü tespit edildi. Bu veri ile özellikle ÇİD Acinetobacter baumannii salgın klonlarının önlem alınmadığı durumda hastane ortamında uzun yıllar kalabileceği ve hastadan hastaya taşınabileceği ortaya konulmuştur.
Acinetobacter baumannii klinik suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması
Amaç: Acinetobacter baumannii suşları, dünya üzerinde yaygın görülen nozokomiyal patojenlerdir. Bu çalışmada 2018-2019 yılları arasında Hitit Üniversitesi-Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde çeşitli klinik örneklerden izole edilen A. baumannii izolatlarının fenotipik ve genotipik testlerle virülans faktörlerinin test edilmesi (biyofilm oluşumu, haraket yeteneği, hemoliz oluşturma), direnç genlerinin araştırılması, uluslararası klon analizi yapılması, izolatlar arasındaki klonal yakınlığın belirlenmesi ve plazmid profilinin tanımlanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 98 A. baumannii izolatının identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılığı Vitek 2 sistemiyle, kolistin antibiyotik duyarlılığı ise sıvı mikrodilüsyon metoduyla belirlendi. Karbapenem direnci ilişkili genler ve biyofilm ilişkili genler tarandı. İzolatlar moleküler yöntemlerle tiplendirildi, uluslararası klonları belirlendi ve alkali lizis yöntemiyle suşların plazmid profilleri çıkarıldı. İzolatların koloni tipi, hemoliz özelliği, motilitesi, biyofilm oluşumu ve metallobetalaktamaz üretimi fenotipik yöntemlerle test edildi. Biyofilm oluşumu seramik yüzey, plastik tüp, vasküler kateter ve foley kateter yüzeylerinde araştırıldı. Biyofilm seviyesi spektrofotometreyle ölçüldü, elektron mikroskobuyla görüntülendi. Bulgular: A. baumannii izolatlarının imipenem-meropenem direnci %87 (85/98), kolistin direnci %8 (8/98) olarak bulunmuştur. İzolatların %42'si çoklu ilaca dirençli, %45'i aşırı ilaç dirençli, %13'ü ise tüm antibiyotiklere duyarlı saptanmıştır. Suşların %83,5 (71/98)'inde metallobetalaktamaz enzimi pozitif bulunmuştur. Karbapenem dirençli izolatların %98,8 (84/85)'inde blaOXA-51, blaOXA-23, ISab1/blaOXA-51, ISAba1/blaOXA-23 genleri pozitif saptanırken, blaOXA-24/40 ve blaOXA-58 genleri saptanmamıştır. Hastane salgın izolatı Genotip D, uluslararası clon II olarak belirlenmiştir. Genel olarak, duyarlı ve dirençli izolatların plazmid profilleri, genotipleri ve klonalitesi arasında benzerlik gözlenmemiştir. İzolatların %88'inde farklı seviyelerde biyofilm oluşumu ölçülmüştür ve çoğunda biyofilm genleri saptanmıştır. Biyofilm oluşumu en güçlü foley kateter yüzeyinde gözlenmiştir. Çalışmada hemolitik aktivite haricinde virülansla direnç arasında ilişki bulunmamıştır. Sonuç: Dirençli A. baumannii suşlarının virülans özelliklerinin ve direnç mekanizmalarının belirlenmesi, suşların epidemiyolojik takibi A. baumannii enfeksiyonlarına karşı korunma ve tedavide fayda sağlayacak, olası komplikasyonları ve mortaliteyi azaltmada etkili olacak, gelecekte yeni tedavi yöntemlerin geliştirilmesine yardımcı olacaktır. Anahtar Kelimeler: A. baumannii, antibiyotik direnci, virülans, REP-PCR, plazmid
Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Amaç: Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle test edilmesi, karbapenemaz enzim tiplerinin dağılımının tespit edilmesi ve test yöntemleri arasındaki korelasyonun belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Mart 2022 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen ve karbapenem grubu antibiyotiklerden en az birine dirençli 100 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Bakterilerin tanımlanması ve antibiyogramı VITEK 2 Compact (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile yapılmıştır. Karbapenemaz direncini belirlemek amacıyla fenotipik yöntem olarak kombinasyon disk testi kullanılmıştır. Genotipik yöntem olarak ise en sık rastlanan karbapenemaz direnç genleri olan blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP ve blaOXA-48'i hedefleyen iki farklı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu uygulanmıştır. Bulgular: Kombinasyon disk testi ile tüm örneklerin karbapenemaz ürettiği saptanmış olup 87 (%87) izolatta OXA-48 benzeri, 13 (%13) izolatta MBL pozitifliği tespit edilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 91 izolatta pozitiflik saptanmış olup 76 (%76) izolat OXA-48, 13 (%13) izolat NDM, 2 (%2) izolat OXA-48 + NDM olarak sonuçlanmıştır. 9 (%9) örnekte araştırılan direnç genlerine rastlanmamıştır. Hiçbir izolatta KPC, VIM ve IMP gözlenmemiştir. İki test arasındaki uyum %89 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin karbapenemaz varlığını saptama açısından duyarlılığı %100, pozitif prediktif değeri %91 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin sadece OXA-48'e sahip izolatlar için duyarlılığı %100, özgüllüğü %54,1, pozitif prediktif değeri %87,3, negatif prediktif değeri %100 olarak saptanmıştır. Sadece NDM'ye sahip izolatlar için ise tüm değerler %100 olarak saptanmıştır. OXA-48 + NDM'ye sahip iki izolat kombinasyon disk testi ile OXA-48 benzeri olarak yorumlanmıştır. Sonuç: Türkiye'de OXA-48'in endemik olduğu düşünüldüğünde en sık saptanan karbapenemazın OXA-48 olması beklenen bir sonuç olmuştur. Kombinasyon disk testi ucuz maliyeti, uygulama kolaylığı, karbapenemaz direnç mekanizmalarını belirleyebilmesi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile büyük ölçüde uyumlu olması bakımından laboratuvarlarda karbapenemaz direnç genlerinin saptanması için kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: K. pneumoniae, Kombinasyon disk testi, Karbapenemaz, Karbapenem direnci, OXA-48
Türk toplumundaki RhD varyantlarının genotiplendirilerek serolojik tanı ile korelasyonunun araştırılması
Güçlü immün yanıt oluşturma potansiyeli nedeniyle "RhD", en önemli eritrosit antijenlerinden biridir. Bazı RHD mutasyonları "varyant D" fenotiplere neden olur. RhD varyasyonları "Zayıf D" ve "Parsiyel D" olmak üzere iki ana gruba ayrılır. RhD varyasyonlarının, bağışçılarda, hastalarda ve gebelerde doğru tiplendirilmesi önemlidir. Hatalı bir şekilde Rh (-) veya Rh (+) olarak saptanmaları anti-D alloimmünizasyonuna, hemolitik transfüzyon reaksiyonlarına ve gebelerde yenidoğanın hemolitik hastalığına (YDHH) yol açabilir. Bu nedenle hastalar ve gebelerde zayıf D/ parsiyel D ayrımının doğru yapılması son derece önemlidir. Zayıf D ve parsiyel D gibi RhD varyasyonlarının belirlenmesinde, genotiplendirme referans yöntem olarak kabul edilir. Ancak D antijeninin farklı epitoplarına karşı üretilmiş monoklonal anti-D antikorlar kullanılarak, serolojik tiplendirme yapılabileceği öne sürülmektedir. Çalışmamızda öncelikle bölgemizde sık görülen "RhD varyasyonlarını genotiplendirme ile belirlemeyi amaçladık. Ayrıca, rutin kan gruplamada "RhD varyant" olarak belirlenen bu örnekler, poliklonal (human) ve çeşitli monoklonal anti-D antikorlar kullanılarak serolojik yöntemle de tiplendirildi. Serolojik yöntemle elde edilen sonuçlar, etkinlik ve güvenilirlik açısından genotiplendirme ile karşılaştırıldı. Çalışmamızda değerlendirilen varyant D örneklerde "zayıf D" %48,8, parsiyel D ise %51,2 sıklıkta bulunmuştur. En sık görülen varyasyonlar "zayıf D tip 1" ve "zayıf D tip 15" olarak belirlenmiştir. Gerek zayıf D - parsiyel D ayrımı, gerekse RhD varyasyonlarının tiplendirilmesi amacıyla serolojik yöntemle elde edilen sonuçlar, genotiplendirme sonuçları ile karşılaştırıldığında etkin ve güvenilir bulunmamıştır.
Kilis Devlet Hastanesine başvuran ve anti HCV pozitif saptanan hastalarda HCV RNA ve genotip dağılımının araştırılması
Bu araştırmada Kilis Devlet Hastanesine başvuran ve anti HCV pozitif saptanan hastalarda HCV RNA ve genotip dağılımının araştırılması amaçlanmıştır. Araştırmanın amacı doğrultusunda Kilis Devlet Hastanesi'ne başvurup hepatit panelleri istemiyle kan örneği alınan ve anti-HCV pozitif tespit edilen 104 hastanın serumları toplanarak çalışılıncaya kadar -80°C de saklanmıştır. Anti HCV'leri ELISA yöntemiyle (Architect i2000, Abbott, Almanya) pozitif saptanan numunelerde Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarında HCV RNA araştırıldı. HCV RNA pozitif saptanan 61 örnekte üretici firmanın önerileri doğrultusunda, (Qiagen, Hilden Almanya) genotip çalışıldı. Altmış bir örneğin üçünde belirgin bir genotip saptanamadı. Genotip saptanan 58 hastanın 31'i (%53.4) kadın, 27'si (%46.6) erkek olup, 27'sinin (%46.6) Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı, 31'inin (%53.4) ise yabancı Uyruklu olduğu görüldü. Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı olan 27 kişide etkin olarak Tip 1b (%40.7), yabancı uyruklu 31 kişide ise en fazla görülen genotipin Tip 4 (%64.5) olduğu saptandı. Genotip dağılımının cinsiyet ile anlamlı bir farklılığı olmadığı saptandı. Baskın tipler olan Tip 1 ve Tip 4'ün ileri yaşlarda daha yüksek oranlarda olduğu görüldü. Çalışmada elde edilen bulgular, yabancı uyruklularda Tip 4 ve Tip 5'in daha fazla olduğunu göstermektedir. Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlarında ise Tip 1b'nin sık olduğu görülmektedir. Bu da, bölgedeki mültecilerin hastalığı kendi ülkelerinden getirdiğini düşündürmektedir. Çalışmamız, yabancı uyruklu kişilerdeki genotip dağılımını göstermesi açısından önemlidir. Yine tedavi rejimlerinin Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlarında daha dikkatli planlanmasının gerekliliğini gözler önüne sermektedir.
Antakya, Kayseri ve İzmir örneklerinde beta talasemi mutasyon tiplerinin saptanması
ÖZET ANTAKYA, KAYSERİ ve İZMİR ÖRNEKLERİNDE ? TALASEMİ MUTASYON TİPLERİNİN SAPTANMASI ? Talasemiler Dünyada en yaygın görülen kalıtsal hastalıktır. Dünyada yaklaşık 150 milyon insanın ? talasemik fenotipe sahip olduğu bilinmektedir. Çukurova bölgesi, Dünya Talasemi Kuşağı üzerinde bulunan Türkiye'nin güneyinde, Doğu Akdeniz kıyılarında yeralmakta olup yapılan çalışmalarda bölgemizde ? talasemi sıklığı %3.7 gibi yüksek oranda bulunmuştur. Daha çok P geni üzerinde oluşan nokta mutasyonlarla ortaya çıkan bu hastalık için 140' in üzerinde mutasyon tipi belirlenmiştir. Günümüzde halen kesin tedavisi bulunmayan bu hastalığın toplum sağlığını tehdit ettiği açıktır. Bu nedenle mutasyon tiplerinin belirlenerek bölgesel görülme sıklıklarının hesaplanması; ? talasemili olguların tedavilerinin daha doğru düzenlenebilmesi, moleküler yöntemler kullanılarak Prenatal Tanı'nın konulduğu laboratuvarların hızlı ve düşük maliyetlerle çalışması ve ailelere verilen genetik danışmanlık hizmetlerinin daha etkili yürütülmesi açısından önemlidir. Bu çalışmamızda Ç.Ü.Tıp Fakültesi ve Antakya Devlet Hastanesi tarafından ortaklaşa yürütülen evlilik öncesi talasemiler in taranmasına yönelik protokol kapsamında 33 heterozigot olgunun moleküler mutasyonları belirlenerek görülme sıklıkları saptandı. Çalışmamız sürerken Kayseri ve İzmir yöresinde bulunan Üniversite kliniklerinde fenotipleri belirlenerek gönderilen 50 ? talasemi olgusunun genotipik tanıları saptandı. Ayrıca İzmir'den gelen iki ailede Prenatal Tanı uygulayarak bir sağlam ve bir de hasta fetus belirlendi. Moleküler mutasyonları saptamak için ağırlıklı olarak ARMS yöntemi kullanıldı. Üç olguda ise DNA Dizi Analizi yöntemi kullanılarak sonuca ulaşıldı. Anahtar Sözcükler: ? talasemi, mutasyon tlplexl, ARMS, DNA Dizi Analizi, Prenatal Tanı. XXABSTRACT DETERMINING ? THALASSEMIA MUTATION TYPES OF SAMPLES FROM ANTAKYA, KAYSERİ and İZMİR ? Thalassemias are the most commonly inherited disorder in the World. It is known that about 150 million people have ? thalassemia phenotype. Çukurova region is in south Turkey where is on World Thalassemia Belt at the coasts of east Mediterranean. Studies which have been done in this region showed that the incidence of ? thalassemia is very high More than 140 mutation type defined for this disorder; mostly arise from point mutations on the human P globin gene. There is still no cure for this public health threatening problem. By the way characterization of mutation types and determining regional frequencies are important for clinicians to design treatment regimens, rapid and low costs in laboratories using molecular methods for prenatal diagnosis and effective genetic counseling of the families. In this study we characterize mutation types of 33 heterozygote cases in the content of the project for premarital carrier screening of the thalassemias in collaboration with Çukurova University Medical Faculty and Antakya Public Hospital. We detected the genotypes of 50 ? thalassemic cases whose phenotype s determined in the University clinics from Kayseri and İzmir region while our study was going on. We assessed a healthy and an affected fetus with Prenatal Diagnosis in two families came from İzmir. ARMS method was used for characterization of molecular mutation types, in three cases we obtained the results with DNA sequencing. Key Words: ? thalassemia, mutation types, ASMS, DNA Sequencing, Prenatal Diagnosis.
Çukurova koşullarında farklı buğday genotiplerinin hasat öncesi çimlenmeye duyarlılığı ve dayanıklılığının saptanması
Çukurova Bölgesi 'nde ticari olarak ekimi yapılan çeşitler ile farklı orijinlerden sağlanan ve Çukurova Bölgesi'ne adapte olmuş yüksek verimli buğday hatlarının, hasat öncesi çimlenmeye dayanıklılığının belirlenmesinin amaçlandığı bu araştırmada, İS ekmeklik ve 10 makarnalık buğday genotipi materyal olarak kullanılmıştır. Araştırma sonunda, kırmızı daneli buğdayların hasat öncesi çimlenmeye diğerlerine göre tolerant olduğu vurgulanmış; başaklanması erken olan erkenci çeşitlerin, başaklanması geç olan çeşitlere oranla hasat öncesi çimlenmeye daha duyarlı olduğu saptanmıştır. Ayrıca çimlenmeyi teşvik eden alfa-amilaz aktivitesini belirleyici bir unsur olan düşme sayısının hasat öncesi çimlenmeye dayanıklılıkta bir kriter olarak kullanılabileceği ortaya konulmuştur. Anahtar Kelimeler : Ekmeklik buğday, makarnalık buğday, hasat öncesi çimlenme, dormanci, dayanıklılık, duyarlılık, katlanma.
Situs inversus totalisi olan primer siliyer diskinezi tanılı hastaların demografik, fenotipik ve genotipik özellikleri
Situs İnversus Totalisi olan Primer Siliyer Diskinezi tanılı hastaların demografik, fenotipik ve genotipik özellikleri. Giriş: Primer siliyer diskinezi (PSD) 20.000 kişide bir görülen otozomal resesif bir hastalıktır. Siliyer fonksiyon bozukluğu nedeniyle infantil dönemden itibaren başlayan kronik üst ve alt solunum yolları enfeksiyonlarıyla seyreder. Siliyer hareketin azalması (immotil siliya) veya bozulması (siliyer diskinezi) ile karakterizedir. Embriyonik dönemde kalp ve iç organların normal pozisyonunu kontrol eden nodal siliya defektif olduğu için asimetri oluşur. Bundan dolayı primer siliyer diskinezi'li hastaların yaklaşık %50'sinde situs inversus totalis (SİT) mevcuttur. Hastalığın tanısı klinik, radyolojik, genetik özellikler, video ve elektron mikroskopisi incelemelerine dayanılarak konulmaktadır. Amaç: Çalışmada Situs İnversus totalisi olan Primer Siliyer Diskinezi tanılı hastaların demografik, fenotipik ve genotipik özelliklerinin ortaya konması amaçlandı. Material ve Metod: Bezmialem Vakıf Üniversitesi Çocuk Sağlığı ve hastalıkları Anabilim Dalı Çocuk Göğüs Hastalıkları Bilim Dalı polikliniğinden takipli Situs İnversus Totalisi olan Primer Siliyer Diskinezi tanılı 1-22 yaş arasındaki 48 hasta çalışmaya alındı. Hastaların demografik bilgileri, mikrobiyolojik ve radyolojik sonuçları, solunum fonksiyon testleri, genetik testleri, büyüme durumları, muayene bilgileri ve kullandıkları ilaçlar kaydedildi. Hastaların fenotipik ve genotipik özellikleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Veriler SPSS programında analiz edilmiştir. Bulgular: Genetik mutasyonu pozitif olan ve olmayan hastalarda cinsiyet, vücut kitle indeksi (VKİ), Bhalla skoru, Kuzey Amerika skoru, ailede astım hikayesi, cilt bulguları (atopi, ekzema, kaşıntı, kuruluk vb.), horlama, gastroözefageal reflü (GÖR), yenidoğan dönemi solunum sıkıntısı şikayeti, yenidoğan yoğun bakım ünitesine (YDYBÜ) yatış, servis yatışı, akraba evliliği , kronik rinit, kronik sinüzit, bronşiektazi, kronik otit ve işitme azlığı, konjenital kalp anomalileri, kulak burun boğaz (KBB) muayenesi, bronkoskopi öyküsü, mikrobiyoloji, solunum fonksiyon 10 testi (SFT), ilaç kullanım oranlarında anlamlı farklılık (p>0.05) görülmedi. DNAH5 mutasyon olan grupta YDYBÜ'sine yatış, yenidoğan dönemi solunum sıkıntısı şikayet ve PİCADAR (Primary Ciliary Dyskinesia Rule) skoru oranları mutasyon olmayan gruptan anlamlı (p<0.05) olarak daha düşük saptandı. Çalışmaya alınan 48 hastanın soygeçmişine bakınca 43(%90)'ünde akraba evliliği görüldü. 47(%98) hastanın term doğduğu öğrenildi. 36(%75) hastanın yenidoğan döneminden itibaren solunum sıkıntısı şikayetleri olduğu belirlendi. Bunlardan 30(%62)'unun yenidoğan yoğun bakım ünitesine yatışı ve 29(%60)'unun sonraki dönemlerde en az 2 kez alt solunum yolları enfeksiyonları nedeniyle servise yatışı olduğu saptandı. Hastaların 5(%10)'de kardiyak sorunlar görülmüştür. Hastaların 18(%37)'den horlama hikayesi alındı. 26(%56) hastaya tanısal ve tedavi amaçlı bronkoskopi yapılmıştır. Hastaların 20(%42)'sine 7 farklı nedenlerden 29 ameliyat yapılmıştır. Hastaların 22(%46)'sinde kronik rinit görüldü. 37(%77) hastada kronik sinüzit saptandı. 31(%65) hastada otit ve işitme azlığı tespit edildi. Hastaların 10(%21)'da GÖR saptandı. 31(%65) hastada bronşiektazi görüldü. 5(%10) hastada egzema, atopi, kaşıntı gibi cilt bulguları tespit edildi. Hastaların 24(%50)'ü VKİ'ine göre zayıf, 20(%42) hasta normal ve 4(%8) hasta fazla kilolu olarak saptandı. SFT yapılan 31 hastanın 10(%32)'da FEV1 değerleri >80, 14(%45) hastada 60-79, 6(%20) hastada 40-59 ve 1(%3) hastada <40 olarak görüldü. FVC değeri 10 hastada >80, 13(%42) hastada 60-79, 7(%23) hastada 40-59 ve 1(%3) hastada <40 saptandı. 42(%87) hastada 13 farklı etken olarak 86 üreme görüldü. 30(%35) hastada H. İnfluenzae, 19(%22) hastada S. Pneumoniae, 10(%12) hastada M. Catarrhalis, 10(%12) hastada P. Aeruginosa, 6(%7) hastada S. Aureus, 3(%4) hastada S. Marcescens, 2(%2) hastada S. Pyogenes ve daha 6 hastada sırasıyla A. Baumannii, E. Coli, S. Maltophilia, K. Oxytoca, C. Freundii, E. Cloacae saptandı. Çalışmaya alınan hastalara tanısal amaçlı PİCADAR skorlaması yapıldı. 34(%71) hastada bu skor 10 üzerinde, 11(%23)'de 7-9 ve 3(%6)'de 6 olarak saptandı. Bir diğer Kuzey Amerika skorlamasına göre hastaların 24(%50)'ü maksimal 4 puan, 21(%44)'i 3 puan ve 3(%6)'ü 2 puan almış oldu. 31 hastanın son 2 yılda çekilmiş olan bilgisayarlı tomografi (BT) sonuçlarına göre Modifiye Bhalla skorlaması yapıldı. 12 hastada bu skor hafif, 18 hastada orta ve 1 hastada ağır olarak saptandı. Hastaların 36(%75)'sının inhale steroid, 2(%4)'sinin teofillin, 26(%54)'sının 2 agonist, 20(%42)'sinin nazal streoid, 7(%15)'sinin bitkisel ilaçlar ve 31(%65)'inin 6 aylık süreyle azitromisin kullandığı öğrenildi. Çalışmaya dahil 48 11 hastanın 40(%83)'ına tüm ekzom dizileme genetik analizi yapılmıştır. Hastaların 8'de mutasyon bulunmamıştır. 5 hastanın sonuçları şüpheli olduğundan tekrar araştırılması için tıbbi genetiğe yönlendirilmiş ve çalışmada genetik verileri kullanılmamıştır. En sık saptanan mutasyon DNAH5 olup 8(%25) hastada görülmüştür. Primer mutasyonlar dışında 9 hastada ek olarak başka hastalıklara yol açabilecek mutasyonlar saptanmıştır. Bunlardan üçü anlamlı kabül edildi. DNAH5 mutasyonu taşıyan hastalardan birinde eş zamanlı homozigot Class 1 Herediter Hemokromatozise yol açabilecek HFE gen mutasyonu tespit edildi. Diğer bir DNAİ2 gen mutasyonu mevcut olan hastada homozigot Class 1 Fenilketonüriye sebep olabilecek PAH geninde mutasyon bulundu. Başka bir CCDC103 mutasyonu olan hastada, beraberinde homozigot Class 2 Kistik Fibrozise neden olabilecek CFTR geninde mutasyon saptandı. Kronik sinüziti olan 37 hastadan 4'de genetik analiz farklı nedenlerden yapılamadı, 5 hastada ise mutasyon saptanmadı. Tüm DNAH5(8), DNAİ2(2), CCDC151(2), ARMC4(1), CCDC39(3) ve CCDC40(2) mutasyonu taşıyan hastalarda, kronik sinüzit eşlik ettiği görüldü. CCDC103(3) mutasyonu bulunan hastaların ise %75'de kronik sinüzit saptandı. Daha 4 hastada ise genetik sonuçlar şüpheli çıktığından tekrar genetik analiz için araştırılması önerildi. Bronşiektazi 31(%65) hastada tespit edildi. Bu hastalarda en sık saptanan mutasyon DNAH5 oldu(7(%23)). Daha 7(%23) hastaya farklı nedenlerden genetik analiz yapılamadı. Hastaların 4(%13)'de mutasyon saptanmadı. CCDC103 mutasyonu 3(%10) kişide tespit edildi. CCDC151(2(%6,5)) ve DNAİ2(2(%6,5)) gen mutasyonları olan tüm hastalarımızda bronşiektazi görüldü. Riniti olan hastalarda en sık görülen mutasyon DNAH5 oldu. Hastaların 3'de mutasyon saptanmadı, 3'de farklı nedenlerden genetik analiz yapılamadı, 3'de ise CCDC103 mutasyonu tespit edildi. DNAİ2 mutasyonu olan 2 hastamızdada rinit mevcuttur. Sonuç: Genetiği pozitif ve negatif SİT'i olan PSD tanılı hastaların demografik, fenotipik, klinik, radyolojik bulgularında anlamlı fark olmadığı görüldü. DNAH5 mutasyonu olan hastaların diğer mutasyonu olan hastalarla karşılaştırınca yenidoğan dönemi daha az solunum sıkıntısı şikayeti, daha az YDYBÜ'sine yatışı olduğu ve PİCADAR skorlarının daha düşük saptandığı görüldü. Elde edilen genetik sonuçlarda, diğer literatür ve çalışmalardaki sonuçlara göre anlamlı fark olmadığı görüldü. 12 Anahtar kelimeler: situs inversus totalis; primer siliyer diskinezi; çocuk; bronşiektazi; kronik öksürük
The Effects of genotype, medium and growth conditions of donor plants on the haploid production from anthers of durum wheat (triticum turgidum L.) and cytological analyses of regenerants
ABSTRACT PHJD.THESIS THE EFFECTS OF GENOTYPE, MEDIUM AND GROWTH CONDITION OF DONOR PLANTS ON THE HAPLOID PRODUCTION FROM ANTHERS OF DURUM WHEAT (Triticum targidum L.) AND CYTOLOGICAL ANALYSES OF REGENERANTS Münevver DO?RAMACI-ALTUNTEPE DEPARTMENT OF FIELD CROPS INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES UNIVERSITY OF ÇUKUROVA Advisers: Prof. Dr. Rüştü HATİPO?LU Prof. Dr. Prem P. JAUHAR Yean 2000, Page, 135 Jury: Prof. Dr. Rüştü HATİPO?LU Jury: Prof. Dr. Prem P. JAUHAR Jury: Prof Dr. İbrahim GENÇ Jury: Prof. Dr. Ekrem KÜN Jury: Prof. Dr. Tacettin YA?BASANLAR Anther culture is being increasingly used in cereal crop improvement bom as a source of haploids and for inducing new genetic variation. In the present study, the androgenetic ability often cultivars of durum wheat {Triticum targidum L., In = Ax = 28; AABB) has been investigated, using three different growth conditions and four media. From a total of 86,400 anthers cultured, 324 plants were obtained: 248 green and 76 albino. Genotypes, growth conditions, and media significantly affected anther response and callus production; interactions were also significant Green plant regeneration was influenced significantly by genotype and growth condition, as well as by genotype * growth condition interactions. Albino plant regeneration was affected significantly only by growth condition. Regenerants showed gametoclonal/somaclonal variation. Differences in morphology, growth habit, adult plant height, spike size, and development of spikes at the first nodes were observed. Mitotic and meiotic chromosomes were studied by conventional staining and fluorescent genomic in situ hybridization techniques. Chromosome numbers of the regenerants ranged from 14 to 70. All 76 haploid plantlets (2/i = 2x = 14; AB) were albino. Some of the 28-chromosome regenerants also were albino. Chromosome number in the green plantlets ranged from 28 to 70. Chromosome number also varied in regenerants originating from the same callus. Both intergenomic and mtragenomic multivalents were recorded. An interesting feature was die preferential multiplication of B-genome chromosomes, which formed multivalents (trivalents, quadrivalents and hexavalents). We observed several chromosomal abnormalities, which seemed to increase with the level of polyploidy. Translocations, dicentric chromosomes, chromatid breaks and exchanges, and Robertsonian translocations involving the A- and B-genome chromosomes were observed. Chromosome breakages resulting in centric and acentric fragments, as well as telocentrics were also recorded. Chromosome multiplication and structural aberrations induced during culture may constitute the bases of gametoclonal and somaclonal variations. From the results of the study, it was concluded mat to standardize the anther culture technique for durum wheat new media formulations can be examined in future experiments using the successful cultivars for green plant regeneration from this study. Key words: Triticum turgidum, Anther culture, Genotype, Medium, Growth conditions of donor plants. -I
Orta anadolu ve gap bölgelerinde yetiştirilen değişik arpa ve buğday genotiplerinin çinko ile beslenme statüsünün belirlenmesi
Bu araştırma Orta Anadolu ve GAP bölgelerinde bitkisel verimi ciddi boyutlarda sınırlayan mineral beslenme problemlerinden Zn noksanlığı statüsünü belirlemek amacıyla yapılmıştır. Orta Anadolu ve GAP bölgelerinin değişik kısımlarında araştırma Enstitülerince kurulan tarla denemelerinden yaklaşık olarak 1120 yaprak, 560 dane örneği ile 226 adet toprak örneği alınmış ve analiz edilmiştir. Her iki bölge topraklarının çok düşük konsantrasyonlarda DTPA'da ekstrakte edilebilir (bitkiye yarayışlı) Zn içerdiği bulunmuştur. Ancak sadece Orta Anadolu Bölgesinde Zn noksanlığı s impt omları gözlenmiştir. Bunun Orta Anadolu bölgesinin (yaklaşık 320 mm/yıl) GAP bölgesinden (yaklaşık 480 mm/yıl) daha düşük yağış almasıyla ilişkili olabileceği düşünülmüştür. DTPA'da ekstrakte edilebilir Zn konsantrasyonlarının düşük olmasının aksine diğer mikroelementlerin konsantrasyonları yüksek bulunmuştur. Sonuç olarak özellikle Orta Anadolu'da cidi bir Zn noksanlığı problemi mevcuttur ve burada Zn noksanlığına dayanıklı genotiplerin seleksiyon ve ıslah çalışmalarının yapılması gereği ortaya çıkmaktadır. Bu konuda yapılacak çalışmaların Zn'ca zengin tahılların yetiştirilmesi ve buna bağlı olarak da insan sağlığı ve ekonomik açıdan yarar getireceği açıktır.
Tütün (Nicotiana tabacum L.) Anter kültüründe genotip ve besi ortamının hoploid bitki oluşumuna etkileri üzerine araştırmalar
V ÖZ Tütün (Nicotiana tabacum L.) anter kültüründe genotip ve besi ortamının haploid bitki oluşumuna etkisini saptamak amacıyla sürdürülen bu araştırmada, Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan 20 genotipten alınan anterler iki -Farklı besi ortamında (MS ve N^) kültüre alınmıştır. Araştırma sonuçları, reaksiyon gösteren anter oranı ve rejenerasyon oranının büyük ölçüde genotipik etki altında olduğunu, reaksiyon gösteren anter oranı açısından MS ortamının N& ortamına göre daha üstün olduğu, rejenerasyon oranı açısından ise ortamlar arasında istatistiksel olarak önemli bir farklılık olmadıkı ortaya çıkmıştır.
Influence of drought stress on the levels of antioxidative defense systems during germination and early tillering stages in wheat genotypes differing in drought susceptibility
V ABSTRACT: Wheat genotypes differing in drought resistance under field conditions were tested for their antioxidative potentials under drought stress both during germination and early tillering stages. The genotypes used were the bread wheats Dagdas (resistant) and SBVD 1-2 (sensitive) and the durum wheat BDMM-19 (sensitive). During the germination stage drought stress was created by PEG-6000 treatment. The PEG-6000 treatment at a rate of 20% (w/v) had resulted in severe depressions in germination and seedling growth. These depressions were associated with decreases in ascorbate peroxidase activity of genotypes, particularly in the drought sensitive wheat genotype. In the early tillering stage, drought stress was initiated by withholding water and lasted for 12 days. The activities of antioxidative enzymes were clearly affected and increased over 12 days of water deficiency. However, no remarkable difference among the genotypes in activities of enzymes was detected. By contrast, with severity of drought stress, the genotypes differed in their membrane permeability (membrane damage), chlorophyll concentration and content of SH-groups. Compared to the drought resistant genotype "Dagdas", the drought sensitive genotype "SBVD 1-2" showed more membrane and chlorophyll damage, and higher levels of SH-groups during the drought stress. The results obtained in this study are not conclusive to explain the genotypical differences in resistance to drought regarding to antioxidative potential and related free radical damage, but can be a basis for further studies.
Genotyping and detection of virulence genes for bacteria isolated from urinary tract infections in Salahuddin Hospital (Iraq)
This study is about the detection of microbial pathogens of urinary tract infection at Salah Al-Din General Hospital in Iraq in 2022. Urine samples were collected from 120 people with urinary tract infections aged between 2 and 70 years, after microscopic examinations and biochemical tests were performed to obtain (90) specimens (E.coli, Staphylococcus aureus and P. mirabilis) causing urinary tract infection and demographically has been distributed. An antibiotic susceptibility test was performed on 14 different antibiogram discs,90 specimens, E.coli, S.aureus and proteus mirabilis had the highest resistance to amikacin, nitrophenyl and imipenem, but were sensitive to amoxicillin, penicillin and cefixime. Polymerase chain reaction (PCR) was performed for four previously identified resistance genes (coA, rsbA, fimH and cnf1) for each of the following bacteria (E.coli, S.aureus and P. mirabilis) that were previously isolated.16S rRNA sequences were then studied using the DNA sequences method and all results were identical to those recorded in the NCBI program. From this study, we concluded that E. coli bacteria had the highest incidence of urinary tract infections as well as the highest rates of antibiotic resistance, it was for E. coli bacteria, followed by S. aureus and then P. mirabilis. For this reason, it is recommended that research to control these bacteria, which has increased recently in the hospital community, should focus on modern methods and control methods in hospitals.
Determination of the genetic structure of Pseudomonas aeruginosa isolated from Ramadi population/Iraq by using RAPD-PCR
Totally 100 samples were taken from patients at two Ramadi Teaching Hospitals in Ramadi. These samples were collected from patients depending on the origins of their illnesses. The isolates were obtained from wounds, ear infections, and urine infections. The 75 samples of P. aeruginosa were characterized and identified by using enrichment, selective media, and biochemical testing. The genomic DNA of 12 P. aeruginosa isolates were extracted from these various sources and the concentration and purity of these genomic DNA samples were determined to be adequate for RAPD-PCR analysis. The amplification process with the two primers produced 27 bands and 24 of which were polymorphic and ranged in size from 250 to 1500 bp. The phylogenetic connection dendrogram among 12 P. aeruginosa isolates were constructed using 24 polymorphic RAPD markers, the genetic distance, and cluster analysis among different P. aeruginosa isolates were estimated by using a Jaccard matrix of similarity and analyzed by the UPGMA computer program to supply a phylogenetic tree. The results show the RAPD-PCR analysis is a good epidemiological screening method to detect genetic variation among P. aeruginosa isolates.
Obezite ile D vitamini reseptör geninin moleküler korelasyonunun incelenmesi
The present study aimed to predict the concentration of vitamin D and to examine the molecular association of the vitamin D receptor gene with obesity. Our study was carried out in private laboratories in Baghdad, Iraq, on a total of 100 subjects, 30 healthy people and 70 obesity patients, as the control group, between January 2022 and May 2022. Electrophoresis was used to detect a beam size of the result of PCR interaction on agarose gel, to detect DNA fragments after the extraction procedure or to detect results of PCR interaction when standard DNA was present. This was done so that the results could be compared with standard DNA. Current findings have shown that the concentration of vitamin D3 in the serum of obesity patients (25.17±4.04) ng/mL, and the concentration in the control sample (25.17±4.04) ng/mL. The results of the statistical analysis showed that there was a significant decrease in D3 concentration between that obesity and the control sample and below the probability level of P < 0.05. It was determined that 20 (29.6%) of 70 patient subjects had CC homozygous genotype, 22 (31.4%) had TC heterozygous genotype and 28 (40%) had TT Wiled genotype. In the control group of 30 people, 15 (50%) CC genotype, 6 (20%) TC genotype and 9 (30%) TT genotype were detected.
Donor bitkilerin yetişme koşulları ve farklı kültür sıcaklıklarının ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) anter kültüründe haploid bitki rejenerasyonuna etkileri üzerine bir araştırma
Ekmeklik buğday anter kültüründe genotip, donor bitki yetiştirme koşulları ve anter kültürsıcaklığının haploid bitki rejenerasyonu üzerine etkisini saptamak amacı ile yürütülen bu araştırmada,tarla veya sera koşullarında yetiştirilen üç farklı ekmeklik buğday genotipinden (Seri 82, Genç 99,Balatilla) alınan anterler P2 ortamında dört farklı sıcaklıkta (25 ºC, 27 ºC, 30 ºC, 32 ºC) kültüredilmiştir. Kültüre alınan anterlerde, reaksiyon gösteren anter oranı, 100 anter başına rejenere olanbitki sayısı, yeşil bitki sayısı ve albino bitki sayısı saptanmıştır.Araştırma sonuçları, donor bitki yetiştirme koşullarının anter reaksiyon oranında istatistikselolarak önemli bir farklılık yaratmadığını, genotip ve anter kültür sıcaklığının anter reaksiyon oranındaistatistiksel olarak önemli farklılık yarattığını göstermiştir. Anter reaksiyon oranı ortalamasıgenotiplere bağlı olarak % 0.4 ile % 2.4 arasında değişmiş ve Seri 82 çeşidi incelenen diğer iki çeşidegöre daha yüksek anter reaksiyon oranı ortalaması göstermiştir. Kültür sıcaklığının 25 ºC'den 30ºC'ye kadar artırılması anter reaksiyon oranında artışa neden olmuş ve 30 ºC'de kültür edilen anterler25 ºC'de kültür edilen anterlere göre istatistiksel olarak daha yüksek anter reaksiyon oranı ortalamasıgöstermişlerdir. 32 ºC'de kültür edilen anterler 30 ºC'de kültür edilen anterlere göre istatistikselolarak önemli derecede daha düşük reaksiyon oranı ortalaması göstermişlerdir.Donor bitkilerin yetişme koşulları ve anter kültür sıcaklığı bitki rejenerasyon oranı, yeşil bitkirejenerasyon oranı ve albino rejenerasyon oranını istatistiksel olarak önemli derecede etkilememiştir.Bitki rejenerasyon oranı, yeşil bitki rejenerasyon oranı ve albino bitki rejenerasyon oranı genotiplerebağlı olarak önemli derecede farklılık göstermiş ve Seri 82 çeşidinin söz konusu özellikler açısındanincelenen diğer iki çeşide göre daha üstün olduğu ortaya çıkmıştır.Araştırmadan elde edilen bulgulara dayanarak, ekmeklik buğday anter kültüründe, haploid bitkirejenerasyonunu etkileyen en önemli faktörün genotip olduğu sonucuna varılmıştır.Anahtar Kelimeler: Buğday, Genotip, Donor, Anter, Sıcaklık
Güney ve Güneydoğu Anadolu bölgelerinden toplanan bazı kırmızı mercimek (Lens culinaris Medik.) yerel genotiplerinin bitkisel ve tarımsal özelliklerinin belirlenmesi üzerine bir araştırma
Bu araştırma Güney ve Güneydoğu Anadolu Bölgelerinden toplanan mercimek (lens culinaris Medik.) yerel genotiplerinin bitkisel ve tarımsal özelliklerini belirlemek amacıyla, Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümü Deneme Alanında 2004-2005 ve 2005-2006 yetiştirme dönemlerinde yürütülmüştür. Araştırmada 40 yerel mercimek genotipi ile çeşitli yerlerden temin edilen 3 tescilli çeşit (Kafkas, Seyran-96, Yerli Kırmızı) kullanılmıştır. Araştırmada, çıkış süresi 24.8-26.8 gün, çiçeklenme süresi 142.3-156.3 gün, olgunlaşma süresi 173.5-183.2 gün, bitki boyu 31.3-44.0 cm, ilk bakla yüksekliği 18.4-27.1 cm, ana dal sayısı 2.12-2.66 adet/bitki, yan dal sayısı 0.90-1.86 adet/bitki, metrekaredeki bitki sayısı 163.8-252.1 bitki/m2, dolu bakla sayısı 22.6-28.8 adet/bitki, boş bakla sayısı 3.4-9.9 adet/bitki, bitkideki tane sayısı 26.8-50.6 adet/bitki, tek bitki verimi 0.682-1.645 g/bitki, 100 tane ağırlığı 2.485-3.940 g, tane verimi 117.0-323.1 kg/da, hasat indeksi % 24.6-% 47.7 arasında değişim göstermiştir. İki yıllık ortalama sonuçlara göre bitki boyunda % 11.99, ilk bakla yüksekliğinde % 17.98, ana dal için % 20.59, yan dal için % 63.84, dolu bakla sayısında % 36.51, boş bakla sayısında % 71.36, bitkideki tane sayısında % 47.67 oranında varyasyon saptanmıştır. Path analizi sonucunda, ilk bakla yüksekliği, dolu bakla sayısı ile 100 tane ağırlığının, tane verimi üzerindeki doğrudan etkisi diğer olumlu etkilere oranla daha yüksek, bitkideki tane sayısının etkisi doğrudan, ancak olumsuz bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Mercimek, Genotip, Korelasyon Katsayısı, Path Katsayısı
Çukurova bölgesinde ana ürün koşullarında bazı soya çeşit ve hatlarının verim ve tarımsal özelliklerinin belirlenmesi
Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümü Araştırma Alanında 2007 yılında ana ürün yetiştirme sezonunda yürütülen bu çalışmada, Çukurova bölgesinde ana ürün koşullarında bazı soya çeşit ve hatlarının verim ve tarımsal özellikleri belirlenmeye çalışılmıştır. Araştırmada; Nazlıcan, S.4240, SA 88, A.3935, Nova, Atakişi, Arısoy, Omaha, Atem?7, Umut?2002 ve Türksoy çeşitleri ile AW?4, HA.36?37, HA.16?21, HA?11 ve HA-10A gibi soya genotipleri materyal olarak kullanılmıştır.Araştırma sonuçlarına göre, dekara tohum verimi en yüksek (314.6 kg/da) Omaha çeşidinden alınmış, bunu HA-11 (289.8 kg/da) genotipi izlemiş ve en düşük verim değeri ise Nazlıcan (190.8 kg/da) çeşidinden elde edilmiştir. Sonuç olarak; Çukurova Bölgesinde Omaha ve Atakişi çeşitleri ile HA?11 nolu genotipin ana ürün olarak başarıyla yetişebilecekleri kanısına varılmıştır.
Yanık enfeksiyonlu olan hastalardan izole edilen klebsiella pneumoniae'nin fenotipik ve genotipik karakterizasyonu
Yanık enfeksiyonu, gram negatif ve gram pozitif bakterilerin neden olduğu en önemli bakteriyel iltihaplardan olup ve K. pneumoniae, bu tür enfeksiyonlara neden olan en patojen etkenlerden biridir. Bu çalışmanın amacı Irak'ın Al-Najaf Şehrindeki hastalarında yanık enfeksiyonuna neden olan K. pneumoniae'nin fenotipik ve genotipik tespitini araştırmaktır. 1/5/2020 ile 1/12/2020 arasındaki dönemde Irak AL-Necef Valiliği'ndeki Orta Fırat Yanık Merkezi hastalarından toplam 175 yanık sürüntü çubuğu toplandı. Toplam 175 yanık sürüntü çubuğundan 103'ünde bakteri izolatı saptanmıştır. Sonuçta, toplam 103 bakteri izolatından 31'inde (%30) Pseudomonas spp, ve 23 izolatın (%22,3) K. pneumonia olduğunu göstermektedir. Ardından 22 izolat (% 21,4) ile Staphylococcus spp ve 11 izolat (% 10,6) E.coli olduğunu gösterilmiştir. 8 izolat (%7,8) Acinetobacter spp. ve 5 izolat (%4,9) Enterobacter spp bulunurken, en düşük prevalans Proteus spp. 3 izolatla (%3) saptanmıştır. Antimikrobiyal duyarlılık testine göre sonuçlar K. pneumoniae'nin Amoksisilin ve Ceftriaxone'a karşı tam dirençli (%100) ve Amoksisilin + Klavulanik aside (%91,3) yüksek dirençli olduğunu göstermiştir. K. pneumoniae ise sırasıyla Cefotaxime, Ceftazidime, Tetracycline, Tobramycin ve Ciprofloxacin'e yüzde (%73,9), (%43,4), (%69,5), (%60,9) ve (%47,8) direnç gösterirken, Levofloksasin (%17,1), Gentamisin (%13) ve Amikasin'e (%4,3) karşı düşük direnç gösterilmektedir. Imipenem, 23 izolatın tümünün üremesini inhibe eden tek antibiyotiktir. Diğer yandan, Sonuçlar toplam 23 izolattan 20 izolatın (%87) çoklu ilaç direnci ve 3 izolatın (%13) yaygın ilaç direnci olduğunu kanıtlamaktadır. Pan ilaç direnci herhangi bir izolatta görülmemiştir. Çift disk sinerji testine göre genişletilmiş spektrumlu beta laktamazın fenotipik tespiti, ESBL üretebilen 14 izolat (%61) olduğunu göstermektedir. Sekiz antibiyotik direnç geninin saptanması için polimeraz zincir reaksiyonu ile bakılan genotipik metoda göre, 13 izolatın (%56,5) tem geni taşıdığını ve 18 izolatın (%78,2) shv geni için pozitif olduğunu saptanmıştır. Sonuçlar sadece 8 izolatın (%34,7) ctxm geni barındırdığını gösterirken, üç izolatın (%13) oxa geni için pozitif ve 10 izolatın (%43,7) ampc geni için pozitif olduğu görünmekteydi. Veb geni izolatların hiçbirinde bulunmadı. Diğer yandan, sonuçlarda sadece bir izolat (%4,3) aacc1 barındırırken, aacc2 geni ise hiçbir izolatta saptanmadı. Sonuçlar: K. pneumoniae, yanık enfeksiyonuna neden olan ve antibiyotiklere yüksek direnç yeteneği olan ikinci en sık nedendir. Genişletilmiş spektrumlu beta laktamaz K. pneumoniae, yanık enfeksiyonunda oldukça yaygın olup, birçok beta laktamaz genini barındırıyordu. 2022, 97 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Fenotipik, Genotipik, K. Pneumoniae, Antibiyotik, Irak, Türkiye, ESBL
Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda onkojenik human papillomavirus genotiplerinin prevalansının belirlenmesi
Servikal kanser bütün dünyada kadınlar arasında görülen en yaygın ikinci kanserdir. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etyolojik ajanıdır. Bu çalışma Çukurova bölgesinde servikal kanser ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda HPV genotiplerinin prevalansını tespit için yapılmıştır. Bu amaçla skuamoz hücreli servikal kanser tanılı 27 kadın, 18 CIN1 (cervical intraepithelial neoplasia), 16 CIN2/3 ve kontrol grubu olarak normal servikal sitolojisi olan 122 kadına ait örneklerde HPV DNA tespiti için MY09/11 ve GP5+/6+ konsensus PCR (polymerase chain reaction) testi kullanılmıştır. HPV genotiplemesi multipleks floresan PCR testi olan f-HPV typing Kit (Molgentix, Barcelona, Spain) ile yapılmıştır. Floresan ile işaretli PCR ürünleri ABI 3130 genetic analyzer (Applied Biosystems) cihazında kapiller elektroforez ile analiz edilmiştir. HPV prevalansı servikal kanserde %92.5, CIN2/3'de %81.2, CIN1'de %66,6 ve kontrol grubunda ise %6.5 oranında bulunmuştur. Servikal kanser vakalarında en yaygın tip %66.6 oranla HPV16 olup ardından HPV18 (%11.1) ve HPV31, 58, 59 ve 68 (her biri %3.7) izlemiştir. CIN 2/3 lezyonlarında da HPV16 (%56.2) en baskın tip olup sonraki yaygın tipler HPV18 (%12.5), HPV11 (%12.5), HPV45, 51, 52, 58 ve 6 (her biri %6.2)'dır. CIN1'de en çok bulunan tip HPV59 (%22) olup diğer tipler HPV16 (%16.6), HPV11 (%11.1), HPV18, HPV31 ve HPV 35 (her biri %5.5)'dir. HPV16 ve/veya HPV18 enfeksiyonu servikal kanser vakalarının %74'ü (20/27) ve CIN2/3 vakalarının %62.5'inde (10/16) tanınmıştır. Sonuç olarak bölgemizde servikal kanser ve CIN2/3 tanılı kadınlarda bulunan en baskın iki tip HPV16 ve HPV18 olup günümüzde kullanılan profilaktik HPV aşılarının hedeflediği tiplerdir. Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonu olan kadınlarda HPV genotiplerinin dağılımının araştırılması HPV aşılarının etkinliğinin değerlendirilmesi için önemlidir.
Preeklampsi hastalarında interlökin 10 geni promotor (2849 A-G) ve anjiyotensin dönüştürücü enzim geni intron 16 insersiyon/delesyon polimorfizmlerinin ve genotip dağılımlarının araştırılması
Preeklampsi, patofizyolojisinde plasental, maternal, immün ve genetik faktörlerin önemli rol oynadığı düşünülen, hipertansiyon ve proteinüri ile karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Preeklampsi oluşumunu birçok çevresel faktör yanında genetik yapının da etkilediği ve birçok aday genin varlığı rapor edilmiştir. Ancak bu genlerin birbirleri ve çevresel etkenlerle olan etkileşimleri ile preeklampsi üzerine olan etkileri halen anlaşılmış değildir.Bu çalışmada, 126 preeklamptik ve 116 normal gebe kadın, preeklampsi ile interlökin-10 (IL-10) 2849 promotor ve anjiyotensin dönüştürücü enzim (ADE) geni intron 16 insersiyon/delesyon (I/D) polimorfizmleri arasındaki ilişki bakımından araştırılmıştır. Ayrıca çalışmamızda bu polimorfizmlere ait genotip ve allel frekanslarının normal ve preeklamptik olgulardaki dağılımı incelenmiştir.Çalışma sonuçlarımıza göre preeklamptik ve normal gebe kadınlar genotip frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenmiştir. IL-10 geni 2849 promotor polimorfizmi bakımından preeklamptik kadınlarda; AA genotipine sahip olguların normal gebe kadınlardan daha yüksek olduğu saptanmış (p=0,030), GG genotipi ile preeklampsi arasında ise bir ilişki saptanamamıştır. ADE geni I/D polimorfizminde kodominant, dominant ve resesif modeller uygulanmış ve kodominant modeli bakımından preeklamptik kadınlarda; DD genotipine sahip olguların normal gebe kadınlardan daha yüksek olduğu saptanmış (p=0,016),ancak II genotipi ile preeklampsi arasında bir ilişki saptanmamıştır. Dominant modelde de (DD, II+DI) DD genotipi ile preeklampsi arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır (p=0,006). Resesif modelde ise II genotipi ile preeklampsi arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır (p=0,977). IL-10 geni 2849 promotor polimorfizmi için, G allel frekansı hasta grubunda %85.7 bulunurken kontrol grubunda %87.5 olarak (p=0,564), ADE geni I/D polimorfizmi için D alleli hasta grubunda %64.6 bulunurken kontrol grubunda %56.1 olarak bulunmuştur (p=0,062). Preeklamptik ve normal gebe kadınlar allel frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenememiştir.
Çukurova bölgesinde izole edilen akciğer tüberkülozlu hastalara ait Mycobacterium tuberculosis suşlarının Spoligotyping ve Mycobacterial İnterspersed Repetetive Unit-Variable Number Of Tandem Repeat (MIRU-VNTR)) yöntemiyle tiplendirilmesi
Amaç: Tüberküloz gelişmekte olan tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemleri arasındadır. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili Spoligotyping ve Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasına rağmen, ülkemizde ve bölgemizde Mycobacterium tuberculosis'in epidemiyolojik özelliklerini tespite yönelik çalışma yok denecek kadar azdır. Bu çalışma ile moleküler epidemiyolojik yöntemler kullanılarak Mycobacterium tuberculosis'in Çukurova bölgesindeki epidemiyolojik özelliklerinin tespiti amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2007- Haziran 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 467 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile Spoligotyping ve 12 lokus MIRU-VTR yöntemleri ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Spoligotyping yöntemi ile 467 izolatın izolatın 443'ünün (% 94,9) 21 küme içerisinde yoğunlaştığı, 24'ünün (% 5,1) ise SpolDB4 veri bankasındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir kümeye uymayan orphan suşlar oldukları belirlenmiştir. Bölgemizde en yaygın olan ailenin 239 izolat (% 51,9) ile T1 ailesi olduğu bunu 54 izolat (% 11,5) ile LAM7 TUR ailesinin izlediği görülmüştür.Sonuç:Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan 5 çalışmaya ait sonuçlardan farklı olarak bölgemizde LAM7 TUR ailesinin değil T1 ailesinin daha yaygın olduğu görülmüştür.Anahtar Kelimeler: MIRU-VNTR, Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping
Mycobacterium tuberculosis izolatlarının 24 lokus mycobacterial interspersed repetitive units variable number of tandem repeats (MIRU-VNTR)yöntemi ile genotiplendirilmesi
Mycobacteriumtuberculosisizolatlarının 24 LOKUS MYCOBACTERIAL INTERSPERSED REPETITIVE UNITS VARIABLE NUMBER OF TANDEM REPEATS(MİRU ? VNTR)YÖNTEMİ İLE GENOTİPLENDİRİLMESİTüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek prevalansının yanı sıra HIV ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artma trendine giren insidansı, en az 2 major ilaca dirençli (MDR) ve florokinolonlarla birlikte en az enjektable minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları ve global yayılım gösterme eğilimleri M tuberculosis kontrol çalışmalarında moleküler düzeyde sürveyansın önemini artırmıştır. Bu çalışmada Ç.Ü Tropikal Hastalıklar Araştırma ve Uygulama Merkezi (THAUM) ve Bölge Tüberküloz laboratuarına gönderilen akciğer tüberkülozu şüphesi olan hastalardan gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi ön tanısı alan M.tuberculosis izolatları MIRU-VNTR yöntemi ile genotiplendirilmiştir.Anahtar Kelimeler :M.tuberculosis, MIRU-VNTR, PCR
Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji Bölümü'ne başvuran kadınlarda human papillomavirus genotiplerinin dağılımının araştırılması
Bu çalışmanın amacı Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji Bölümüne başvuran kadınlarda human papillomavirus (HPV) genotiplerinin dağılımını ve prevalansını tespit etmektir. Servikal sürüntü örnekleri yaşları 30 ile 64 arasında değişen 1017 kadından toplanmıştır. HPV genotiplemesi multiplex floresan PCR testi olan f-HPV typing kit (Molgentix, Barcelona, Spain) ile yapılmıştır. HPV prevalansı çalışma popülasyonunda %13.2 (134) olarak bulunmuştur. Multiple HPV infeksiyonu HPV pozitif kadınların %25.4'ünde gözlenmiştir. HPV ile infekte kadınların %21.6'sında bulunan HPV39 en yaygın HPV genotipi olarak tanınmıştır, bunu HPV16 (%20.9), HPV51 (%18.6), HPV52 (%11.9), HPV58 (%9.7), HPV6 (%9), HPV18 (%7.4), HPV35 (%7.4), HPV11 (%6), HPV31 (%6), HPV56 (%4.5), HPV45 (%4.5), HPV68 (%3.7), HPV33 (%3), HPV59 (%1.5) izlemiştir. Normal sitolojili kadınların %12.4'ünde ve anormal sitolojili kadınların %75'inde HPV tespit edilmiştir. Prekanseröz lezyonlarda baskın HPV genotipleri HPV16 ve HPV31'dir. Kadınlarda HPV prevalansı ve HPV genotiplerinin dağılımı ile ilgili bilgi servikal kanser taramasında HPV testlerinin kullanımının değerlendirilmesine ve profilaktik HPV aşılarının etkinliğinin izlenmesine katkıda bulunacaktır.Anahtar Sözcükler: HPV, Genotip, Prekanseröz lezyonlar, Prevalans, Servikal kanser.