İdiyopatik pulmoner fibrozis tanılı hastalarda MUC5B ve tert genleri varyantlarının incelenmesi

Amaç: İdiyopatik pulmoner fibrozis (İPF), etyopatogenezi tam olarak aydınlatılamamış, hastalık gelişiminde genetik ve çevresel faktörlerin birlikte rol aldığı düşünülen bir hastalıktır. Çalışmamızda İPF'li olgularda MUC5B ve TERT allellerinin dağılım özellikleri, hastalık üzerindeki tek tek ve birlikte oluşturdukları etkileri, hastalığın fenotipik ve klinik özellikleri arasındaki ilişkinin belirlenmesini amaçladık. Yöntem: Bu çalışma, Kasım 2018 ile Ekim 2019 tarihleri arasında hastaneye başvuran İPF hastaları ve sağlıklı kontrol grubu üzerinde gerçekleştirildi. 2018 ATS/ERS/JRS/ALAT Klinik Uygulama Kılavuzu'na uygun olarak İPF tanı kriterlerini karşılayan, multidisipliner konseylerle tanı konulmuş İPF hastaları olgu grubuna dahil edildi. İAH için bilinen nedeni ve İPF dışında klinik olarak önemli hastalığı olan hastalar çalışma dışı bırakıldı. Kontrol grubu ise kendisinde ve ailesinde İPF tanısı olmayan, ayrıca bilinen bir malignite ve akciğer hastalığı, solunumsal yakınması olmayan bireylerden oluşturuldu. Olguların demografik, klinik, fizyolojik, radyolojik ve patolojik verileri muayene sırasında veya hastane elektronik veri kayıt sisteminden elde edildi. UİP radyolojik sınıflaması 2018 yılında yayınlanan ATS/ERS/JRS/ALAT Klinik Uygulama Kılavuzu'na göre yapıldı. Olguların periferik kan örneklerinden silika kolon yöntemi (Exgene Blood SV Mini, GeneAll, Korea) ile genomik DNA eldesi gerçekleştirildi. DNA konsantrasyonu spektrofotometrik olarak incelendi. TERT (NC_000005.10: g.1286401C>A, NM_198253.2: c.1574-3777G>T, rs2736100) ve MUC5B (NM_002458.2: c.-3133G>T, rs35705950) hedef varyant bölgeleri PCR yöntemiyle çoğaltıldı (LightSNiP Assay, TIB MOLBIOL, Germany). Allellere özgül floresan probların erime eğrisi (melting curve) analizi ile haplotip değerlendirmesi gerçekleştirildi. Kantitatif PCR analizleri LightCycler 480 II (Roche) cihazı ve LightCycler480 SW1.5 (Roche) programı ile gerçekleştirildi. Bulgular: Çalışmaya 82'si (%84,5) erkek, 15'i (%15,5) kadın olmak üzere 97 İPF hastası; 68'i (%80) erkek, 17'si (%20) kadın olmak üzere 85 sağlıklı toplam 182 olgu alındı. İPF hastalarının yaş ortalaması 67,6±8,6, kontrol grubunun ise 67,5±6,1 idi. Çalışmamızda İPF hastalarının %5,2'si ailesel, %94,8'i sporadik idi. İPF hastalarının %30,9'u A risk alleli taşımazken, %69,1'inin en az bir risk alleli taşıdığı gözlendi. Kontrol grubunun ise %35,3'ü A risk alleli taşımazken %64,7'si en az bir risk alleli taşımaktaydı. İPF olgularında, kontrol grubuna göre A allel frekansının hafif artmış olduğu gözlense de istatistiksel olarak anlamlı değildi. Çalışmamızda literatürle uyumlu olarak MUC5B rs35705950 varyantı ile İPF duyarlılığı arasında anlamlı bir ilişki bulundu. GG genotipine sahip bireylerle karşılaştırıldığında; bir risk alleli taşıyan olgularda (GT) hasta olma riskinin 7 kat (OR 7, 95 % CI 3.316-14.775, p<0.001), iki risk alleli taşıyan olgularda (TT) ise risk alleli dozuna bağlı olarak 10,5 kat daha fazla olduğu saptandı (OR 10.5, 95 % CI 2,209-49,902, p<0.001). TERT ve MUC5B geni birlikte değerlendirildiğinde; risk alleli sayısı 3-4 olan grubun İPF riski hiç risk alleli taşımayan gruba göre 14,545 kat daha fazla olduğu saptanmıştır (OR 14.545, 95% CI 2,811-75,271, p=0.004). İPF'li olgular MUC5B genotipleri bakımından GG ve GT+TT olarak sınıflandırıldığında en az bir risk alleli taşıyan olguların tanı yaşı ortalaması 68 iken, GG grubunun 62 idi. GG grubu ile karşılaştırıldığında GT+TT grubunun tanı yaşı istatistiksel olarak anlamlı seviyede daha yüksek saptandı (p<0,05). Literatürle uyumlu bir şekilde MUC5B için iki risk alleli taşıyan olgularda (TT) ortalama FVC (%PRED) değeri 1 risk alleli taşıyan olgulara (GT) göre istatistiksel olarak anlamlı daha yüksek saptandı (p<0,05). Ortalama FEV1/FVC (%PRED) değeri ise bu grupta istatistiksel olarak anlamlı seviyede daha düşük saptandı (p<0,05). İPF hastalarının bazal fizyolojik durumu, hastalık başlangıç yaşı, ailesel/sporadik durumları ile TERT geni allel dağılımları arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı. Ancak A risk allelini taşımayan grupta bu alleli taşıyan gruba göre GAP skoru istatistiksel olarak anlamlı seviyede daha yüksek bulundu (p= 0,040). Sonuçlar: Bu çalışma, literatürle uyumlu olarak MUC5B rs35705950 varyantı ile İPF riski arasında anlamlı ve güçlü bir ilişki ortaya koymuştur. Toplumumuzdaki İPF olgularında ise TERT geni varyant dağılımlarının kontrol grubuna göre farklılık olmadığı ayrıca TERT geni allelleri ile incelenen fenotipik özellikler arasında anlamlı bir ilişki olmadığı görülmüştür. Çalışmamız, sınırlılıkları bulunmakla birlikte özellikle Türk toplumuna ait ilk verileri oluşturması açısından literatüre katkı sağlamaktadır.