İntragenik antimikrobiyal peptid türevlerinin karakterizasyonu, tek ve çift türlü biyofilm oluşumu üzerine etkilerinin incelenmesi

Çoğu enfeksiyon türü, özellikle kronik enfeksiyonlar, polimikrobiyal kökenlidir ve bu tür enfeksiyonlarda birden fazla mikroorganizma etkileşim hâlinde rol oynamaktadır. Staphylococcus aureus ve Pseudomonas aeruginosa, kronik polimikrobiyal enfeksiyonlarda etkileşimleri iyi bilinen iki önemli bakteriyel patojendir. Yapılan çalışmalar, bu iki bakterinin in vivo birlikte bulunmasının hastalık seyri üzerinde etkili olduğunu göstermektedir. Bu tez çalışmasında, S. aureus ve P. aeruginosa'nın birlikte çift türlü biyofilm oluşturabilmesi için uygun bir besiyeri ortamı belirlenmiş ve çift türlü biyofilm oluşumu gram boyama, taramalı elektron mikroskobu (SEM) ve floresan mikroskopisi gibi mikroskobik yöntemlerle doğrulanmıştır. Veritabanı filtreleme teknolojisi kullanılarak APD3 veritabanında yer alan antimikrobiyal peptitler arasından seçilen Hs02 peptidinden yola çıkarak yeni türevler (VR-10 ve GV-13) tasarlanmıştır. Bu antibiyofilm peptitler HPLC ile saflaştırılmış ve MS ile doğrulaması yapılmıştır. Saflaştırılan peptitlerin karakterizasyonu ise CD spektroskopisi ve FTIR ile gerçekleştirilmiştir. Karakterizasyonun ardından, peptitlerin hem tek hem de çift türlü biyofilm modellerine karşı antimikrobiyal ve antibiyofilm aktiviteleri değerlendirilmiş, biyofilm yapıları ve hücre morfolojileri SEM ve floresan mikroskopisi ile incelenmiştir. Ayrıca, bu peptitlerin bakteri hareketliliği üzerindeki etkileri ve hücre canlılığı üzerindeki etkileri de analiz edilmiştir. Virülansla ilişkili genlerin (icaA, hla, agrA, blaZ, pbp2a, lasB, pilA, algD ve oprL) ekspresyon seviyelerindeki değişiklikler kantitatif gerçek zamanlı PCR (qRT-PCR) yöntemi ile belirlenmiştir. Ayrıca, MTT testi ile peptitlerin sitotoksik etkileri ve hemoliz testi ile hemolitik aktiviteleri değerlendirilmiş; her iki peptidin de güvenli olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, biyoinformatik analizler sonucu potansiyel antibiyofilm aktivitesi gösterdiği öngörülen VR-10 ve GV-13 peptitlerinin, antimikrobiyal özellikleri ile birlikte tek ve çift türlü biyofilm modellerine karşı etkili olabilecek yeni adaylar olduğu ortaya konmuştur.