Prostat kanserli hastaların periferal kanlarında GSTP1 promotor bölge metilasyonunun araştırılması

Bu projede, periferal kanda GSTP1 genine ait promotör bölge metilasyon analizinin mümkün olup olamayacağı araştırılmıştır. Bu amaçla, prostat kanserli hastalardan alınan periferal kanlardan DNA izolasyonu yapılmış ve elde edilen izolat kullanılarak GSTP1 genine ait promotor bölge metilasyonu incelenmiştir. İzole edilen DNA'ların bisülfit çevirim işleminden sonra metile ve metile olmayan DNA dizileri için tasarlanan primer çiftleri ve metilasyona özgü polimeraz zincir tepkimesi (MS-HRM) gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak bu metot ile periferik kandan elde edilen DNA izolatı incelendiğinde, lökosit gDNA'sının içerdiği yoğun miktarda metile olmayan DNA varlığı nedeniyle, GSTP1 genine ait promotor bölge metilasyonunun tespit edilemediği gözlenmiştir. Aynı DNA izolatları, yüksek hassasiyeti ve özgünlüğü sayesinde en doğru ve güvenilir araçlardan biri olarak bilinen ddPCR ile incelenmiş ve 65 adet örnekten 2 tanesinde GSTP1 geni promotor bölgesi metile olarak saptanabilmiştir. Bu çalışmada, GSTP1 promotor metilasyonunu saptayabilmek için kullanılan üçüncü metot ise nested PZT ve ardından MS-HRM yöntemlerini içeren kantitatif Nested-MS-HRM metodudur. Bu metodun kullanılmasındaki amaç lökosit gDNA'sına ait metile olmayan GSTP1 fragmentleri ile kıyaslandığında konsantrasyonu çok düşük olan tümörlü hücrelere ait metile GSTP1 fragmentlerinin kopya sayısının arttırılması ve metilasyonu saptamak için gerçekleştirilecek MS-HRM' in hassasiyetinin ve özgünlüğünün arttırılmasıdır