Irak/Babil'deki hastalardan Salmonella typhemurium'un izole moleküler tanımlanması

Kasım 2021-Şubat 2022 döneminde Babil ilindeki İmam Sadık Eğitim Hastanesi ve özel tıp kliniklerine başvuran tifolu hastalardan bu çalışmada kullanılmak üzere toplam 190 klinik kan örneği toplanmıştır. Klinik tanı, (6-18) gün boyunca ateş, baş ağrısı, iştahsızlık, bulantı ve kusma, karında rahatsızlık ile diyare veya kabızlık gibi bazı semptomlarla yapıldı. 190 örnek toplandı ve 120 kan örneği alındı 70 çıkış(?) örneği. Toplam 190 örnekten 44'ü salmonella bakterisi için pozitif ve 146'sı negatif örnek gösterdi Toplam 120 kan örneğinden 26'sı pozitif çıktı 15 örnek Salmonella Typhi,16 Paratyphi B, 1 Örnek S. paratyphi A ve Örnek S. paratyphi B ve 12 Örnek S. typhimurium idi. Enterik ateş, düşük gelirli ve Irak da dahil olmak üzere orta gelirli ülkelerde ciddi bir halk sağlığı sorunudur. Tifo olduğundan şüphelenilen hastalardan alınan 190 örnek kültürde 44 izolatın (%23) Salmonella testi pozitifdir. 190 örnekten 44'ü (%23) biyokimyasal testler, VITEK2 kompakt sistem ve spesifik primer kullanılarak PCR testi kullanılarak Salmonella typhi için pozitifdi. kandaki ve hastane öncesi antibiyotik tedavisindeki Salmonella izolasyonunun düşük prevalansının muhtemel sebebi hastaneye yatıştaki gecikmenin bir sonucu olarak hastanede kaynak sıkıntısına bağlı olmasıdır. Tanıyı doğrulamak için hastalığın ilk haftasında hastalardan kan kültürü yapılır. Bu yöntem oldukça spesifik olmasına rağmen, bir dizi faktör nedeniyle düşük bir duyarlılığa sahiptir; bunlardan biri, ciddi enfeksiyona neden olmak için gereken az sayıda bakteridir, bu da 10/mL'den daha az olabilir ve çok düşük bir pozitif kültür verimi ile sonuçlanır ve dolayısıyla kesin bir teşhis koymada yetersizdir. Antibiyotiklerin antibakteriyel etkisi dışında, diğer potansiyel sınırlamalar, kullanılan kültür ortamının tipi, kanın alınma zamanı (bazı hastalar için çok geç olabilir), konağın bağışıklık tepki sistemi ve Salmonella'nın hücre içi özellikleri gibi faktörleri içerir. Moleküler düzeyde, ana virülans faktörleri genlerini hedef alan PCR yöntemi kullanılarak genotipik özellikleri karakterize etmek için Salmonella typhi izolatlarının genotiplemesi gerçekleştirilmiştir. Toplam 34 Salmonella typhi pozitif örneğinden, (tyv F, tyv R) virülans genleri için tarandı. S. paratyphi'de gözlenen (prt F par R geni) PCR tekniği ile taranırken, (tym F, tym R) S.typhimurium tespiti için kullanılmıştır. Multiplex PCR, tek bir PCR deneyinde birden fazla hedefin aynı anda amplifikasyonu için yaygın bir moleküler biyoloji tekniğidir. Bir multiplex tahlilinde, aynı reaksiyon karışımında birden fazla primer çifti kullanılarak birden fazla hedef dizi amplifiye edilir. Multiplex PCR, aynı numuneden birkaç hedefin tespiti için uygun maliyetli bir çözümdür.