Karşılaştırmalı proteomiks ve biyoinformatik analizler ile küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde protein biyomarkırların belirlenmesi

Akciğer kanseri (AK), kanser kaynaklı ölümlerin en sık nedenleri arasında yer almakta olup, dünya genelinde görülme sıklığı giderek artmaktadır. AK vakalarının yaklaşık %83'ünü meydana getiren KHDAK, klinik olarak farklı histolojik alt gruplardan meydana gelmektedir. Bu çalışmada, jel temelli karşılaştırmalı proteomiks analizler ile KHDAK tümörlü doku ile tümörün yakınındaki tümörlü olmayan doku örnekleri arasındaki proteom seviye farklılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Ayrıca, biyoinformatik analiz yöntemlerinden PANTHER ile proteinler sınıflandırılmış, STRING ile protein – protein etkileşimleri gösterilmiş ve IPA network sistemi ile konanikal yolak analizleri yapılmıştır. Proteomiks olarak elde edilen veriler, western blot analizi kullanılarak doğrulanmıştır. MALDI-TOF/TOF kütle spektrometresi ile total olarak 40 tane protein spotu belirlenmiş olup, 33 protein spotu her iki doku grubu arasında farklı ekspresyon seviyesine sahip olarak tanımlanmıştır. Bu proteinlerden, 27 tanesi KHDAK tümörlü doku grubunda fazla ekspresyon seviyesine sahip iken, 6 tanesi ise düşük ekspresyon seviyesine sahip olarak belirlenmiştir. Farklı ekspresyon seviyesine sahip GDIR1, GDIR2, PARK7, CAPG ve PRDX proteinleri, KHDAK'leri için belirleyici olarak bulunmuştur. Bulgular, KHDAK tümörlü ve tümörlü olmayan dokular arasında proteom farklılıkları olduğunu göstermiştir. Farklı biyoinformatik araçlar ile kombineli olarak bu çalışmanın sonuçları; bazı proteinlerin ekspresyon seviyelerinin, KHDAK'lerinde hastalık ile ilişkili değişiklikler ile bağlantılı olabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, karşılaştırmalı proteomiks, kütle spektrometresi, küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (KHDAK), 2DE.