Theses supervised by Prof. Dr. Mehmet Özaslan
28 theses · Gaziantep University
Karamuk (Berberis crataegina) meyvesinin oksidan/antioksidan kapasite ve stenotrophomonas maltophilia üzerine etkisinin araştırılması
Bitkiler çok eski zamanlardan beri hem ülkemizde hem dünyada tıbbi amaçlı olarak tüketilmektedir. Bu bitkilerin çoğu antimikrobiyal özellikte olup, pek çok hastalığın tedavisinde kullanılmıştır. Günümüzde ise bitkisel ilaç hammaddeleri ve ilaçların çoğunluğu bu tür bitkilerden elde edilmektedir. Bu sebeple bitkiler farmakolojik, mikrobiyolojik ve kimyasal olarak çok yönlü şekilde araştırılmaktadır. Ayrıca bu bitkilerin arasında yabani meyvelerin de bu amaçlarla kullanım yoğunluğu artmıştır. Bir yabani meyve türü olan Karamuk (Berberis crataegina) meyveleri tanen, organik asitler, yüksek oranda C vitamini ve antosiyanin içermekte olup; ateş düşürücü, kaşıntı önleyici ve diüretik etkilerinden dolayı yaygın olarak tüketilmektedir. Karamuk köklerinde bulunan berberin maddesi ve diğer alkoloidlerin antifungal, antibakteriyel ve ateş düşürücü etkilerinin olduğu bilinmektedir.Bu çalışmada, karamuk (Berberis crataegina) meyvesinin total oksidan/antioksidan kapasitesi ve Stenotrophomonas maltophilia isimli bakteriye karşı antibakteriyel özellikleri araştırılmıştır.
Meme kanseri ile ilişkili yeni bir gen MLH3: Genetik ve epigenetik araştırılması
Meme kanseri tüm dünyada kadınlarda en sık görülen kanserdir. Meme kanserine yatkınlık genlerinin saptanması hastalığın ve tedavisinin seyrinin belirlenmesinde büyük önem arz etmektedir. Ayrıca, MLH3 bir DNA yanlış eşleşme tamiri genidir ve bu gende meydana gelen mutasyonların farklı kanser türlerinde zararlı etkilerinin olduğu bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, ekzom dizileme yöntemi kullanarak daha önce saptanmamış meme kanserine yatkınlık oluşturan varyantları ortaya çıkarmaktır. Ayrıca, meme kanseri hastalarında, meme kanserine yatkınlık geni olabilecek MLH3 geninin ekspresyonu ve metilasyonu araştırılmıştır. Zheen Uluslararası Hastanesine (Irak, Erbil) başvuran 40 çift normal ve kanser dokusu örneği olmak üzere toplam 80 örnek toplandı. Mutasyonları tanımlamak için ekzom dizilimi kullanılmıştır. Mutasyonların yapısal özellikleri veya protein fonksiyonu üzerindeki etkisini tahmin etmek için farklı in silico araçlar kullanılmıştır. Meme kanseri hastalarında MLH3 ekspresyonunu değerlendirmek için Real-time PCR kullanılmıştır. MLH3, CHECK2, BRCA1, BRCA2, BLM, TP53, MSH6, NBN ve PTEN22 genlerinde 22 kalıtsal varyant ve PALB2, RAD50 ve RBM10 genlerinde 4 somatik varyant olmak üzere toplamda 26 varyant tanımlanmıştır. Tümör örneklerinde MLH3 geninin ekspresyonunun normal dokulara kıyasla önemli ölçüde azaldığı ortaya konulmuştur. Sonuçlar istatiksel olarak anlamlı çıkmıştır. Azalmış MLH3'ün ekspresyonu, tüm yaş aralıklarında ve tüm meme kanseri türlerinde anlamlıydı. Ayrıca, meme kanseri derecesi II ve III olan hastalarda MLH3 ekspresyonu önemli ölçüde azalmış olduğu bulunmuştur. Tümör dokusundaki genel metilasyon oranları, MLH3 geni için %3 olarak bulunmuş ancak MLH3 promotör metilasyonuna dair bir kanıt saptanamamıştır. Sonuç olarak, MLH3 geninin özellikle meme kanseri derece II ve III'te duyarlılık geni olarak kullanılabilir olduğu ortaya konulmuştur. Anahtar Kelimeler: DNA Onarımı, Ekzom Dizileme, Meme Kanseri, Metilasyon, MLH3,qPCR
Altın (AU) nano-parçacıkların sentezi tanımlanması, meme kanserine etkisi ve antimikrobiyal aktivitesinin araştırılması
Son yıllarda, nanopartiküller (NP) tıpta, veterinerlikte ve endüstrilerde olağanüstü tıbbi ve sosyal ilgi çekmektedir, ancak NP'lerin kullanımının güvenliği belirsizliğini korumaktadır. Bu bağlamda, bu çalışma, çeşitli antibiyotik bazlı altın nanopartiküllerin (AuNP) sentezini ve karakterizasyonunu ve ayrıca meme kanseri hücreleri ve inek sütü örneklerinde ilaca dirençli bakteriler için nanotıp şeklinde biyolojik uygulamaları ortaya koymaktadır. Çalışmada, metal öncülü ve antibiyotiklerle indirgeyici/kaplayıcı ajanlar olarak AuNP'ler hazırlanmıştır. AuNP'lerin oluşumu UV-Vis absorpsiyon spektroskopisi kullanılarak izlenmiştir. TEM ve XRD analizlerinden elde edilen kristal (11+3 nm) ve partikül boyutu (9,2+1,8 nm) birbiriyle örtüşmüştür. Bu AuNP'lere yanıt olarak, CRL-4010 hücrelerine kıyasla SKBR3 meme kanseri hücrelerinde aynı anda kaspaz (3, 8 ve 9), TLR'ler ve TRP'lerin seviyelerinin değiştiği, p53'ün aktive olduğu ve NF-κB'nin inhibe olduğu gözlemlendi. Ayrıca kaspazların gen ve protein ekspresyonları da verileri destekledi. Au(0)NP'lerle tedavi edilen meme kanseri hücrelerinde p53 ve NF-κB arasındaki ters ilişki bulundu. Dahası, bu Au(0)NP'ler inek sütü örneklerinde bulunan Staphylococcus aureus ATCC 2985 (24±1,5 mm), Salmonella typhi ATCC 6539 (15±2,2 mm), Escherichia coli ATCC 25922 (13±1,2 mm) ve Aspergillus flavus ATCC 9643 (15±1,3 mm) mantar ve bakterileri gibi ilaca dirençli mikroorganizmaları karşı kullanıldı. Çalışmanın sonunda, çalışmanın bu AuNP'lerin yeni olduğunu, yakın gelecekte SKBR3 meme kanseri hücrelerine ve ilaca dirençli bakterilere karşı alternatif bir nanotıp uygulaması olarak kullanılabileceğini ve benzer şekilde diğer indirgenebilir kontaminasyon kaynaklarının kontrolü gibi daha geniş bir uygulama alanında kullanılabileceğini kanıtladığı sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Nanotıp, Karakterizasyon, Meme kanseri, Antibakteriyel
Miyokard infarktüslü hastalarda trombospondin gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Ekstrasellüler matrikste bulunan protein ailelerinden biri olan trombospondinler (TSP), hücre-hücre ve hücre-matriks etkileşimini sağlayan adeziv proteinler olup, 5 subtipi tanımlanmıştır. Her biri farklı bir gen ürünü olan ve miyokardiyal damar tıkanıklığı ile ilişkili üyeler, TSP1, TSP2 ve TSP4 farklı kromozomlar üzerinde bulunmaktadır. TSP, anjiyogenik uyaranların değişik türlerine cevap olarak endotel hücrelerde hücre göçünü durdurma, apoptozu uyarma ve yeni damar oluşumunu önleme yeteneğine sahip potansiyel bir anjiyogenez baskılayıcısı olup miyokard infartüsü (MI) gelişiminde rol almaktadır. Bu çalışmada anti-anjiogenik faktörlerden olan TSP1, TSP2 ve TSP4 genlerinde meydana gelen SNP lerin MI ile ilişkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla akut MI tanısı konmuş 150 hasta ile kendisinde ve birinci derece yakınında herhangi bir kalp rahatsızlığı bulunmayan 150 sağlıklı birey çalışmaya dahil edilmiştir. TSP1 (N700S), TSP2 (3?UTR) ve TSP4 (A387P) gen bölgelerinde meydana gelen polimorfizmler PCR-RFLP yöntemi kullanılarak analiz edilmiştir. Verilerin istatiksel analizi sonucunda TSP2 (3?UTR) gen bölgesinde meydana gelen SNP?lerin MI ile ilişkisi anlamlı bulunmuştur. TSP1 ve TSP4 ile MI arasında ise herhangi bir ilişkiye rastlanmamıştır.
Mesane kanserinde 20q11-13 bölgesi heterozigotluk kaybı analizi
Mesane kanseri en yaygın görülen solid tümörlerden birisidir ve ülkemizde erkeklerde en sık görülen kanserler arasında 3. sırada yer almaktadır. Mesane kanseri heterojen histopatolojiye ve büyüme özelliklerine sahiptir. Mesane tümörlerinin gelişiminde çok aşamalı genetik değişiklikleri içeren çeşitli oluşum mekanizmalarının rol oynadığı düşünülmektedir. Mesane kanserlerinin moleküler patolojisi birçok kromozomda meydana gelen heterozigotluk kayıplarını (LOH) ve delesyonları içeren oldukça geniş bir heterojenite göstermektedir. Bu çalışmada mesane kanserli hastalarda 20q11-13 bölgesinin heterozigotluk kayıplarını belirlemek ve bu kayıpların tümör derece ve evresiyle ilişkili olup olmadığını belirlemek amaçlanmıştır. 20q11-13 bölgesindeki heterozigotluk kaybını tespit etmek için 33 mesane tümör ve normal dokusunda karşılaştırmalı olarak 9 polimorfik mikrosatellit markır kullanılmıştır. 33 hastanın 17' sinde (%51,5) en az bir bölgede heterozigotluk kaybı tespit edilmiştir. En yüksek LOH frekansı D20S872 (%30) lokusunda saptanmıştır. En düşük LOH frekansı (%5) D20S465 lokusunda saptanmış olup D20S443 lokusunda ise LOH saptanmamıştır. Tümör patolojik evresi ve derecesi ile LOH frekansı arasında istatiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilememiştir (p > 0,05). Anahtar Kelimeler: Mesane Kanseri, 20. Kromozom, Heterozigotluk Kaybı.
Endemik Iris junonia'nın biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Iridaceae familyası kozmopolit bir familya olup 92 cinse sahip bunlarda 6 cins ülkemizde yayılış göstermektedir. Iris cinsinin Türkiye'de 16'sı endemik olmak üzere 46 türü bulunmaktadır. Halk arasında rizomları tedavi amaçlı kullanılmaktadır. Iris junonia bitkisi ile ilgili biyoaktif bileşiklerine yönelik çalışma mevcut değildir. Bu nedenle çalışmamızda Iris junonia bitkisinin farklı kısımlarının hekzan, diklorometan, metanol ve su özütleri elde edilerek biyolojik aktiviteleri araştırılmıştır. Bu amaçla antioksidan, antibakteriyel ve DNA koruyucu aktiviteleri çalışılmıştır. Antioksidan aktivitesi için Rel Assay Diagnostics kitleri (TAS, TOS) ve DPPH yöntemi kullanılmıştır. Antibakteriyel aktivite testleri 9 farklı standart bakteri suşu kullanılarak CLS'ye göre MİK (minimum inhibisyon konsantrasyonu) yöntemi kullanılmıştır. DNA koruyucu aktivite için pBR322 plazmid DNA'sı ve UV-C kullanılarak yapılmıştır. Farklı özütler farklı antioksidan aktivite gösterdiği belirlenmiş olup özellikle su ve metanol özütlerinin oldukça yüksek aktivite gösterdikleri her iki yöntemde de saptanmıştır. En yüksek antioksidan aktivite kökün su özütünde olduğu görülmüştür. Yine antibakteriyel aktivite açısından en etkili kök su özütü olduğu gözlenmiştir. DNA koruyucu aktivite açısından en fazla koruyucu aktivite gösteren bitki kısımları yaprak ve çiçeğin su ve metanol özütlerin olduğu belirlenmiştir. Endemik Iris junonia bitkisinin antioksidan, antibakteriyel ve DNA koruyucu özellikte aktif bileşiklere sahip olduğu ortaya konulmuştur.
Pankreas kanserli hastalarda CRP, IL6, IL10 düzeyleri ve CRP polimorfizminin araştırılması
Pankreas kanseri, tüm kanser tiplerinin arasında en yaygın ölüm oranına sahiptir. Kanserin ilerlemesi ve inflamasyonun mekanizması ile ilgili bilinenler çok sınırlıdır. Bu çalışmanın amacı pankreas kanseri ve inflamasyon arasındaki bağlantıyı saptamaktır. C- reaktif protein (CRP) inflamasyonun en önemli belirteçlerinden biri olup bizim çalışmamızdaki pankreas kanserli hastalarda saptanmıştır. Bu çalışmanın kanser hastaları grubu numuneleri Gaziantep Üniversitesi Onkoloji hastanesinde toplanmıştır. 50 pankreas hastası ve 50 kontrol grubunda serum CRP seviyeleri nefolometrik yöntemle, IL-6 ve IL-10 serum seviyeleri de kemoluminesans yöntemi ile çalışılmıştır. DNA'lar tam kandan izole edilmiş ve CRP 1846 C>T ve 5922 T>A genotiplendirmesi polimeraz zincir reaksiyonu restriksiyon endonükleaz kesim (PCR-RFLP) yöntemi ile çalışıldı. CRP geni 1059 G>C bölgesi gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile çalışıldı. Serum CRP, IL-6 ve IL-10 seviyeleri hasta grupta control grubuna gore daha yüksek bulundu. 1846 C/T polimorfizmi hasta ve control grubları arasında önemli derecede farklı bulundu. 3'UTR bölgesindeki 5922 A/T polimorfizmi her iki grub arasında da önemli derecede farklı bulundu. CRP geni 1059 G/C bölgesi her iki grub arasında dağılım olarak faklılık göstermemiştir. Bu verilere gore CRP geninin 1846 C/T ve 5922 A/T polimorfizmleri pankreas kanserinin patogenezi ile ilişkilidir. Anahtar Kelimeler : CRP, Pankreas kanser, Polimorfizm
Kolorektal kanserli hastalarda 21q11-22 bölgesi LOH analizi
Colorectal cancer (CRC) is the most common cancers in western populations. In Iraq, a developing Asian country in the Eastern Mediterranean region, these rates reach four times less than in developed countries. The pathogenesis of CRC is very complex and diverse and it's also influenced by multiple processes. The detection of loss of heterozygosity (LOH) of tumor suppressor genes and deletion chromosome associated with colorectal cancer, so the microsatellite DNA loci are useful markers for which aims in our study. The present study examined 5 polymorphic microsatellite markers in along chromosome 21q11-22 region matched in 42 patients of CRC (tumor and normal) tissues identified frequency loss of heterozygosity of each loci of markers, Comparisons between LOH frequency and some of pathological etiology of the sampled tissues were performed by fisher's exact test, P<0.05 was considered as statistically significant. We get 29 (%57, 1) patients were detected LOH from sum of 42 cases at least in one locus. The highest frequency of LOH was found on D21S1839 (%19) loci. The lowest frequency of LOH was on D21S270 (%7, 1) loci. The occurrence of LOH in region 21q11-22 was extremely significant with gender (P=0.0001). It is concluded that LOH in region 21q11-22 is found to be associated with CRC in females. Keywords: Colorectal cancer, loss of heterozygosity, chromosome 21
Iris sari Schott ex Baker'in biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Iridaceae familyası yaygın bir familya olup 92 cinse sahip bir familyadaır ve bunlardan 6 cins ülkemizde yayılış göstermektedir. Iris sari bitkisi ile ilgili biyoaktif bileşiklerine yönelik çalışma mevcut değildir. Bu nedenle çalışmamızda Iris sari bitkisinin farklı kısımlarının hekzan, diklorometan, metanol ve su özütleri elde edildi ve antioksidan, anti bakteriyal ve DNA koruyucu etkileri gibi biyolojik aktiviteleri araştırıldı. Antioksidan aktivitesi için Rel Assay Diagnostics kitleri (TAS, TOS) ve DPPH yöntemi kullanılmıştır. Antibakteriyel aktivite testleri 9 farklı standart bakteri suşu kullanılarak CLS'ye göre MİK (minimum inhibisyon konsantrasyonu) yöntemi kullanılarak yapılmıştır. DNA koruyucu aktivite için pBR322 plazmid DNA'sı ve UV-C yöntemi kullanılmıştır. Farklı özütler farklı antioksidan aktivite gösterdiği belirlenmiş olup özellikle su ve metanol özütlerinin oldukça yüksek aktivite gösterdikleri her iki yöntemde de saptanmıştır. En yüksek antioksidan aktivite kökün su özütünde belirlenmiştir. Yine antibakteriyel aktivite açısından en etkili kök su özütü olduğu gözlenmiştir. DNA koruyucu aktivite açısından en fazla koruyucu aktivite gösteren bitki kısımları yaprak ve çiçekten elde edilen su ve metanol özütlerin olduğu belirlenmiştir. Endemik Iris sari bitkisinin antioksidan, antibakteriyel ve DNA koruyucu özellikte aktif bileşiklere sahip olduğu ortaya konulmuştur.
Ponceau 4R ve indigo karmin gıda boyalarının bağırsak florasında bulunan Escherichia coli üzerine etkilerinin araştırılması
İnsanlar, ilkel çağlardan bu yana besinlerini doğal yollardan karşılamalarına rağmen, teknolojik gelişmelerin bir sonucu olarak üretimde yeni teknikler kullanılmaya başlanmış ve bu durum gıda sektöründe sağlık açısından zararlı kimyasalların kullanılması ile kendini göstermiştir. Bu nedenle, neredeyse bütün gıda ürünlerinde bulunan gıda boyaları pek çok araştırmaya konu olmuştur. Bu çalışmada, gıda ürünlerinde yaygın olarak kullanılan İndigo karmin ve Ponceau 4R gıda boyalarının, Escherichia coli ATCC 10799' un yaşama yüzdesi üzerine etkileri araştırılmıştır ve 20 gün boyunca gıda boyası ile muamele edilmiş bakteri soylarının katı besiyerine günlük ekimleri yapılarak, gıda boyalarının üç farklı konsantrasyonunun bakteri gelişimi üzerine etkileri araştırılmıştır. Çalışmanın sonucunda, İndigo karmin ve Ponceau 4R gıda boyaları uygulanan bakteri gruplarında, bakteri büyümesinin kontrol grubuna göre azaldığı saptanmıştır. Bunun yanısıra, özellikle yüksek konsantrasyonda gıda boyasının bulunduğu solüsyonlarda bakteri koloni sayılarında daha fazla azalma gözlenmiştir. Gıda boyaları kendi aralarında kıyaslandığında, Ponceau 4R boyasının İndigo karmin gıda boyasına göre bakteriler üzerinde daha fazla inhibisyon etki oluşturduğu belirlenmiştir.
Irıs Pseudacorus' un biyolojik aktivitelerinin saptanması
Literatürde sarı süsen (Iris pseudacorus) bitkisiyle ilgili biyolojik aktivite çalışmasına rastlanmamıştır. Bu nedenle I. pseudacorus bitkisinin yaprak, çiçek, kök kısımlarının özütlerinin antioksidan, antibakteriyal, DNA hasarına karşı koruyucu aktivitelerinin saptanması amaçlanmıştır. I. pseudacorus çiçeklenme döneminde toplanmış; yaprak, çiçek, kök kısımları kurutulmuş, soxhlet aparatı kullanılarak hekzan, diklorometan, metanol, su özütleri elde edilmiştir. Özütlerin Total Antioksidan Seviye (TAS), Total Oksidan Seviye (TOS) ve % DPPH değerinden IC50 (yarı maksimal inhibitör konsantrasyonu) değeri hesaplanmıştır. Antibakteriyal aktivite tespiti için mikrodilüsyon yöntemi kullanılmış, 8 standart bakteri suşu kullanılmıştır. Özütlerin, DNA' yı UV ve oksidatif kaynaklı hasarlardan koruma etkinliklerinin tespiti için pBR322 plazmid DNA'sı kullanılmıştır. Plazmid DNA'sı, özütlerin varlığında H2O2 ve UV uygulanarak hasara uğratılmıştır. % 1.25' lik agaroz jel üzerinde görüntüleme gerçekleştirilmiştir. Antioksidan sonuçları değerlendirildiğinde en iyi aktivite gösteren Iris pseudacorus' un yaprak, kök ve çiçek kısımlarının methanol ve su özütlerinin oldukça güçlü antioksidan aktivite gösterdikleri saptanmıştır. Antibakteriyel aktivite ve DNA koruyucu aktivite gösterdikleri saptanmıştır. Sonuç olarak Iris pseudacorus bitkisinin farklı kısımlarından 4 farklı çözücü ile elde edilen özütleri değerlendirilmiş olup bioaktif bileşiklere sahip olduğu ortaya konulmuştur.
Karşılaştırmalı proteomiks ve biyoinformatik analizler ile küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde protein biyomarkırların belirlenmesi
Akciğer kanseri (AK), kanser kaynaklı ölümlerin en sık nedenleri arasında yer almakta olup, dünya genelinde görülme sıklığı giderek artmaktadır. AK vakalarının yaklaşık %83'ünü meydana getiren KHDAK, klinik olarak farklı histolojik alt gruplardan meydana gelmektedir. Bu çalışmada, jel temelli karşılaştırmalı proteomiks analizler ile KHDAK tümörlü doku ile tümörün yakınındaki tümörlü olmayan doku örnekleri arasındaki proteom seviye farklılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Ayrıca, biyoinformatik analiz yöntemlerinden PANTHER ile proteinler sınıflandırılmış, STRING ile protein – protein etkileşimleri gösterilmiş ve IPA network sistemi ile konanikal yolak analizleri yapılmıştır. Proteomiks olarak elde edilen veriler, western blot analizi kullanılarak doğrulanmıştır. MALDI-TOF/TOF kütle spektrometresi ile total olarak 40 tane protein spotu belirlenmiş olup, 33 protein spotu her iki doku grubu arasında farklı ekspresyon seviyesine sahip olarak tanımlanmıştır. Bu proteinlerden, 27 tanesi KHDAK tümörlü doku grubunda fazla ekspresyon seviyesine sahip iken, 6 tanesi ise düşük ekspresyon seviyesine sahip olarak belirlenmiştir. Farklı ekspresyon seviyesine sahip GDIR1, GDIR2, PARK7, CAPG ve PRDX proteinleri, KHDAK'leri için belirleyici olarak bulunmuştur. Bulgular, KHDAK tümörlü ve tümörlü olmayan dokular arasında proteom farklılıkları olduğunu göstermiştir. Farklı biyoinformatik araçlar ile kombineli olarak bu çalışmanın sonuçları; bazı proteinlerin ekspresyon seviyelerinin, KHDAK'lerinde hastalık ile ilişkili değişiklikler ile bağlantılı olabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, karşılaştırmalı proteomiks, kütle spektrometresi, küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (KHDAK), 2DE.
Gaziantep ilinin köylerinden toplanan geleneksel yoğurtlardan laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
Yoğurt sütün bakteriyel fermentasyonuyla elde edilen bir mandıra ürünüdür. Ticari yoğurtlar standart starterler kullanılarak üretilirken, geleneksel yoğurt üretimindeki mikrobiota, yıllardır starter olarak yoğurt kullanıldığından beri, oldukça farklıdır. Fermente ürünün final özelliklerini belirlemek için starter kültürlerin asitlik, aroma ve tat gibi biyokimyasal özelliklerinin bilinmesi gerekir. Bu sadece starter kültürlerdeki bakterilerin tanımlanması ve karakterizasyonunun yapılmasıyla başarılabilir. Bu çalışmada Gaziantep' te 9 farklı lokasyondan 208 adet geleneksel yoğurt örneği toplandı. Yoğurtların pH' ları ve LAB profilleri analiz edildi. Bakteri izolatlarının tanımlanmasında klasik laboratuvar yöntemlerine kıyasla daha hızlı hızlı ve güvenilir bir yöntem olan MALDI-TOF kütle spektrometrisi ile izole bakteriler tanımlandı. Bu çalışmada izolatların % 41' i bu yöntem kullanılarak ve % 99 ve % 34 benzerlikle tanımlandı. İzolatlar; iki farklı cins (Enterococcus, Lactobacillus) ve 4 farklı tür içeriyordu. Bu çalışmanın sonunda 4 farklı LAB fizyolojik ve biyokimyasal olarak tanımlandı ve onlar ticari yoğurt üretiminde kullanılan laktik asit bakterilerinden farklıydı.
Meme kanseri hastalarında LNCRNA-GAS5 ve hedef geni APOBEC3c ' nin miR-103 yoluyla ifadelenme modelleri
Son zamanlarda, LncRNA-GAS5 ve miR-103 arasındaki ilişki çalışılmıştır. Buna ek olarak, miR-103 ve APOBEC3C arasındaki etkileşim sayısal olarak tahmin edilmiştir. Bu sonuçlara göre meme karsinogenezinde ilk kez GAS5' in muhtemel gerekliliğini hesaplamak planlanmıştır ve GAS5, APOBEC3C ve miR-103 molekülleri arasındaki herhangi bir korelasyonun varlığının gösterilmesi planlanmıştır. APOBEC enzimleri immünitede önemli bir role sahiptir ve karsinogeneze katkı sağlayabilir. APOBEC3C sitidini üridine çevirerek DNA ve RNA' yı mutasyona uğratabilen sitidin deaminazlara aittir. Son zamanlarda bazı anahtar biyolojik süreçleri düzenlediği gösterilen kodlanmayan RNA' lar üzerinde büyük ilgi toplanmıştır. Güçlü kanıtlar lncRNA-GAS5 gibi bazı lncRNA' ların ve miR-103' ün anormal ifadelenmesi kanser biyolojisinde önemli işlevsel bir rol oynayabildiğini göstermiştir. Bu çalışmada hastaların klinik özellikleri ve meme kanserinin türüne göre gruplandırılan 40 tümör dokusu ve normal doku örneği gen ifadelenme analizinde ve APOBEC3C gen dizilenmesinde incelenmiştir. APOBEC3C ve lncRNA-GAS5' in ifadelenme seviyeleri önemli derecede baskılanmıştır. Bununla birlikte, miR-103 ifadelenme seviyesinin ise önemli derecede aşırı düzenlendiği gözlenmiştir. GAS5 ifadelenmesi APOBEC3C ifadelenmesi ile pozitif korelasyon gösterirken miR-103 ifadelenmesi ile negatif korelasyon göstermiştir. APOBEC3C geni taramasının sonucu ise herhangi mutasyon gözlenmemiştir. Sonuç olarak meme kanseri hastalarında APOBEC3C ve LncRNA-GAS5 ifadelenme seviyelerinde azalma ve miR-103 seviyesinde ise artış gözlenmiştir. Meme tümörleri ve biyobelirteçleri arasındaki ilişkiyi anlamak için daha fazla analiz yapılıp doğrulanması gerekmektedir.
Prunella vulgarisin biyolojik aktiviteleri üzerine araştırmalar
Dünyada 220 cinse sahip bir familya olan Lamiaceae Türkiye'de 49 cins doğal yayılış göstermektedir. Çalışmamızda Lamiaceaeya ait Prunella vulgaris bitkinin dal, yaprak ve çiçek kısımlarının hekzan, metanol ve su özütlerinin antioksidan, antibakteriyal, antifungal ve DNA koruyucu aktiviteleri çalışılmıştır. Antioksidan aktivitesini belirlemek amacıyla Rel Assay Diagnostics kitleri (TAS, TOS) ve DPPH testleri kullanılmıştır. Antibakteriyel ve antifungal aktivite testi için disk difüzyon metodu kullanılmıştır. DNA koruyucu aktivite için pBR322 plazmid DNA'sı üzerine test edilmiştir. Çalışmamızda farklı özütlerin farklı antioksidan aktivite gösterdiği gözlemlenmiştir. Özellikle su ve metanol özütlerinin TAS, TOS ve DPPH yöntemleri ile incelendiğinde oldukça yüksek aktivite gösterdikleri gözlemlenmiş. En yüksek antioksidan aktivite dal-hekzan özütünde belirlenmiştir. Prunella vulgaris'in antibakteriyel ve antifungal aktiviteleri açısından etkisinin olduğu gözlemlenmiştir. DNA Koruyucu aktivite açısından ise en fazla koruyucu aktivite gösteren bitki kısımları yaprak-hekzan özütü ve dal-su özütü olduğu belirlenmiştir.
Arap kahvesi (Coffea arabica) meyvesinin biyolojik aktivitesinin belirlenmesi
İlk defa Etiyopya'da keşfedilen kahvenin büyüleyici aroması ve tadı bütün kıtalara yayılmıştır. Bugün hala insanların vazgeçilmez rutini olan kahve tüm Dünya'da en çok tüketilen alkolsüz içecektir. Değişen alışkanlıklar, yaşam standartları ve modern hayatın yoğunluğuyla insanlar sosyalleşmek ve farklı aromaları denemek için kahve zincirlerinin dükkânlarına günün her saatinde uğramaktadırlar. Kahveye olan ilgi, zincirlere olan talep ve keşfinden itibaren hep tüketilen kahve bu tezin konusunun ortaya çıkmasında önemli sebeplerdendir. Kahvenin hepatoprotektif etkisini ise siroz gelişiminde hepatit B ve C enfeksiyonunun teşvik edici etkilerini antagonize ettiği ve alkolden alkolik olmayan siroza karşı koruyucu bir etkisi olduğunu Benoit ve ark. 2001 yılında rapor etmişlerdir.Kahve çekirdekleri sıcak su özütlerinin bileşenlerinden biri olan kafeinin, antiherpetik bir etkinliğe sahip olduğu bildirilmiştir.Bizim çalışmamız da, Arap Kahvesi (Coffea arabica)'nın Su, Metonol, Diklorometan ve Hekzan özütlerinin oksidatif nedenli hasarlaradan DNA'yı koruduğu tespit edilmiştir. mikrodilisyon sonuçları Arap Kahvesi (Coffea arabica)'nın tıbbi açıdan kullanılabilir olduğunu endistüriyel ve farmakolojik anlamda yapılacak olan daha detaylı çalışmalar ile fayda sağlıyacağı anlaşılmıştır. TAS ve TOS seviyelerine bakıldığında ise, Arap Kahvesi (Coffea arabica)'nın Su, Metonol, Diklorometan ve Hekzan özütlerinin çok iyi antioksidan etki gösterdiği ve oksidan seviyesinin normal düzeyde olduğu saptanmıştır.
Çivit otu (Isatis tinctoria L.) bitkisinden elde edilen doğal boyanın sitotoksik aktivitesinin araştırılması
Türkiye'de boya maddesi içeren ve boyama özelliğine sahip çok sayıda boya bitkisi bulunmaktadır. Mavi renk, çivit otu (Isatis tinctoria L.) ve indigo bitkisi (Indigofera indica Lam.) olmak üzere başlıca iki temel kaynaktan elde edilmektedir. Mardin yöresinde yaygın olarak üretilen yöre halkı için ciddi bir gelir kaynağı olan mavi bademler yerli ve yabancı turistlerin ilgisini çekmektedir.Üreticilerin hayalet ,şekersiz diye adlandırdıkları bu badem şekerlerini renklendirmek için lahor ağacının köklerinden elde edilerek yapıldığı ifade edilmektedir.Yapılan araştırmamızda üreticini iddiasının aksina bunun çivit boyası olduğunu,sentetik olarak üretildiğini ve yurtdışından ithal edildiği saptanmıştır.Ve bu boyanın genel olarak tekstil boyası olarak kullanımının yaygın olduğu gıda boyası olarak sadece mavi badem şekeri üretiminde kullanıldığı görülmüştür. Bu nedenle gıda boyası olarak kullanılan sentetik çivit otu yerine doğal olan I. tinctoria L.' nın badem şekerini renklendirmede kullanılabileceğini göstermek için sitotoksik bir etkiye sahip olup olmadığı araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla I. tinctoria L. hücre kültür yöntemiyle sitotoksisitesi araştırılmıştır. MTT canlılık testi uygulanmıştır. I. tinctoria L. yaprak özütünün H1299 hücreleri canlılık oranı üzerinde sitotoksik etki göstermeyip hücre sayısını arttırmıştır. I.tinctoria L. yaprak özütünün H1299 hattı üzerine ve HUVEC hücreleri üzerinde sitotoksik olmadığı bulunmuştur
Urmu Dut'un (Morus rubra L.) biyolojik aktivite potansiyelinin belirlenmesi ve Stenotrophomonas maltophilia üzerine etkilerinin araştırılması
Ülkemizde tıbbi amaçlı tüketilen birçok bitki türü bulunmaktadır. Bu bitkilerin çoğunun antimikrobiyal etkilerinin olduğu birçok kez bildirilmiştir. Bununla beraber bazı meyve ve sebzelerin de içerdiği antioksidan maddelerin kanser, kalp ve damar hastalıklarına karşı koruyucu etkisinin olduğu vurgulanmış ve tüketicilerde antioksidan madde açısından zengin ürünlere yönelme olduğu görülmüştür. Çalışmamızda Urmu Dut (Morus rubra) meyvesinin antioksidan kapasitesi araştırılmış ve DNA koruyucu aktivitesine bakılmıştır. Ayrıca Urmu Dut (M. rubra)' un Stenotrophomonas maltophilia bakterisine karşı antibakteriyel etkisi araştırılarak raporlanmıştır. Sonuç olarak Urmu Dut (M. rubra) meyvesinin özütlerinin antioksidan miktarının iyi olduğu gözlemlenmiş ve DNA koruyucu aktivitesinin ise DNA koruma üzerine etki potansiyelinin olduğu saptanmıştır. S. maltophilia bakterisi üzerine yapılan antibakteriyel çalışmada ise S. maltophilia bakterisi üzerine Urmu Dut özütünün antibakteriyel bir etkisi olmadığı saptanmıştır. Urmu Dut' un S. maltophilia bakterisi ve DNA hasarı üzerine etkileri ilk kez bu tez çalışmasında araştırılmıştır.
Citrus limon (limon) meyvesinin kabuk, iç zar ve yaprak özütlerinin biyolojik aktivite potansiyelinin belirlenmesi ve Stenotrophomonas maltophilia üzerine etkilerinin araştırılması
Dünya'da alternatif tedavilerde, bitkisel ekstreler birçok hastalıkta tedavi amaçlı olarak kullanıldığı bilinmektedir. Ülkemizin farklı iklim ve ekolojik koşullara sahip olması, floranın çok sayıda bitki türü ve çeşitliliği içermesi ve bundan dolayı da ülkemizde tıbbi amaçlı tüketilen bir çok bitki türü bulunmaktadır. Bu bitkilerin birçoğunun antimikrobiyal etkileri olduğu gerek yurt dışında, gerek ülkemizde yapılan çalışmalarda saptanmıştır ve bunlar üzerinde çalışmalar devam etmektedir. Limon üzerine yapılan çalışmalarda limonun antioksidan kapasitesinin çok olduğu çalışmalar ile gösterilmiştir. Kabuk uçucu yağı üzerinde yapılan çalışmalarda yoğunluktadır. Tüm bu bilgiler ışığında Limon meyvesinin kabuk, iç zar ve yaprak kısımlarının biyolojik aktivitesi yanında DNA koruyucu aktivitesinin belirlenmesi de büyük önem taşımaktadır. Bu amaçlar çalışmamızda Limon kabuk, iç zar ve yaprak kısımları çeşitli solventler (Su, Metanol, Hekzan, Diklorometan) yardımıyla özütleme işlemine tabii tutulmuş ve sonrasında elde edilen ekstraktlar biyolojik aktivite analizleri için hazır hale getirilmiştir. Daha sonra aynı ekstraktlar hazırlanarak diğer bir çalışma olan DNA koruyucu aktivite belirleme analizleri için uygun hale getirilmiştir. Çalışma sonucunda Limon yaprağından su çözücüsü ile ilde ekstraktın S. maltophilia bakterisi üzerine antibakteriyel etkisinin olduğu saptanmıştır. Antioksidan kapasitesi belirleme çalışması sonucunda ise en iyi antioksidan etkiyi Limon iç zar metanol özütünde olduğu saptanmıştır. DNA koruyucu aktivite analizi sonucunda tüm özütlerin DNA koruyucu etkisinin olduğu saptanmıştır.
Phoenix dactylifera (hurma) meyvesininözütlerinin biyolojik aktivite potansiyelinin belirlenmesi
Dünya nüfusunun giderek artması sağlıkla ilgili problemleri de beraberinde getirmiştir.Günümüz dünyasında bilim ve teknolojideki hızlı gelişim ve ilerlemeler doğal kaynakların çok amaçlı kullanılmalarını zorunlu kılmıştır.Diğer taraftan enfeksiyon hastalıklarına karşı mücadelede bugüne kadar geliştirilen doğal ve sentetik antibiyotiklerin, baterilerin direnç oluşturmaları sonucu antibiyotiklerin etkisiz kalmaları ve çeşitli yan etkilerinin bulunması, uzmanları organik bitkisel antibiyotklerin araştırılmasına yönelmiştir.Hurma enerji, vitamin ve mineraller bakımından zengin, yüksek besleyici değeri olan bir gıda ürünüdür.A, B1, B2 vitaminleri ve niasin içerdiği, iyi bir potasyum, kalsiyum ve magnezyum kaynağı olduğu ve bir miktar bakır, kükürt ve fosfor içerdiği belirtilmektedir.Ayrıca hurma ile ilgili yapılan çalışmalarda hurma meyvesinin yüksek antioksidan kapasiteye sahip olduğu aptanmıştır.Tüm bu bilgiler ışığında böyle potansiyel bir meyvenin antioksidan aktivite, antimikrobiyalaktivite, DNA koruyucu aktivite ve MTT potansiyelinin belirlenmesi büyük önem arz etmektedir.Bu amaçla hurma meyvesinin Metanol ve su özütlerinin antioksidan, antimikrobiyal, MTT ve DNA koruyucu aktiviteleri çalışılmıştır.Çalışma sonucunda hurma meyvesinin methanol ve su özütleri yüksek seviyede antioksidan ve DNA koryucu aktiviteye sahip olduğu tesbit edilmiştir.Ayrıca MTT sayımları sonucunda HUVEC hücrelerine karışı stotoksik etki göstermediğisaptanmıştır. Antimkrobiyal aktivite çalışması sonucunda hurma meyvesinin özütlerinin Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Klebsiella pneumoniae ATCC 700603, Staphylococcus aureus ATCC 29213,Stenotrophomonas maltophiliabakterileri üzerinde bakteriyosidal etki göstermediği tespit edilmiştir.
Moringa oleifera bitki özütlerinin biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Moringa oleifera, bazen Hayat Ağacı veya Mucize Ağacı olarak da adlandırılan ve tıbbi kullanımdaki potansiyeli nedeniyle ön plana çıkan bir bitkidir. Moringa hem sert kuraklığa hem de hafif don koşullarına dayanabilir ve bu sebepten dolayı dünya çapında yaygın olarak yetiştirilen bir bitkidir. Besin değeri yüksek olması, ağacın her kısmının değerli olması nedeniyle ticari amaç için uygundur. Moringa oleifera, dünyanın tropikal ve subtropikal bölgelerinde yetişir. Genellikle "baget ağacı" veya "yaban turpu ağacı" olarak bilinir. Moringa oleifera tohumu, doğal bir pıhtılaştırıcı ve su arıtımında yaygın olarak kullanılmaktadır. Yaprakları mineraller, vitaminler ve diğer temel fitokimyasallar bakımından zengindir. Bunların ötesinde insanların bir anti-diyabetik etkisi nedeniyle kullanımları yaygındır. Bu şekilde kulanım toksik etkisi nedeniyle risklidir. Etkin konsantrasyonların saptanması amacıyla planlanan bu çalışmada antioksidan, DNA koruyucu aktivite ve antimikrobiyal etkili konsantrasyonların saptanması amaçlanmıştır. Tüm bu bilgiler ışığında böyle potansiyel bir bitki antioksidan aktivite, antimikrobiyal aktivite ve DNA koruyucu aktivite potansiyelinin belirlenmesi büyük önem arz etmektedir. Bu amaçla Moringa oleifera bitki Metanol, hekzan, diklormetan ve su özütlerinin antioksidan, antimikrobiyal ve DNA koruyucu aktiviteleri çalışılmıştır. Çalışma sonucunda moringa bitkisinin methanol ve su özütleri yüksek seviyede antioksidan ve DNA koryucu aktiviteye sahip olduğu tespit edilmiştir. Antimkrobiyal aktivite çalışması sonucunda moringa bitkisin özütlerinin Escherichia coli ATCC 25322 Klebsiella pneumoniae ATCC 700603, Staphylococcus aureus ATCC 29213,MRSA bakterileri üzerinde bakteriyosidal etki göstermediği tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal, DNA koruyucu, Antioksidan aktivite, Moringa oleifera
Cinnamomum zeylanicum (Blume) kabuğundan elde edilen uçucu yağın anti-Alzheimer, anti-diyabetik, tirozinaz inhibitör ve antioksidan aktivitelerinin araştırılması ve ana bileşenlerin antagonistik/sinerjik etkileşimlerinin belirlenmesi
Bu çalışma, Cinnamomum zeylanicum (Blume) kabuğundan elde edilen uçucu yağın anti-Alzheimer, anti-diyabetik, tirozinaz inhibitör ve antioksidan aktivitelerinin ve ana bileşenlerin antagonistik/sinerjik etkileşimlerinin belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. GC-FID ve GC-MS analizleri sonucunda, yağın % 99.79'unu temsil eden 22 bileşen tanımlanmıştır. (E)-Sinnamaldehit (CAL) (% 81.39) ve (E)-sinnamil asetat (CAS) (% 4.20) yağın ana bileşenleri olarak tespit edilmiştir. Yağ ve ana bileşenler, kolinesterazlar üzerinde % 78.0'in üzerinde inhibitör aktivite göstermiştir. Monoamin oksidaz (MAO) A ve MAO-B inhibisyon analizinde, hem yağ hem de CAL rasagilin kadar yüksek aktivite göstermiştir. Yağ ayrıca, kendiliğinden ve Cu2+ ile indüklenen A1-42 birikimi üzerinde yüksek inhibitör aktivite göstermiştir. Uçucu yağ ve ana bileşenler, α-amilaz üzerinde ılımlı inhibitör aktivite sergilerken, tirozinaz inhibisyonu ve antioksidan aktivite testlerinde önemli aktivite sergilemişlerdir. Çalışmada ayrıca, CAL ve CAS'ın birbirleri üzerindeki antagonistik ve/veya sinerjik etkileşimleri de test edilmiştir.
Kronik hepatit C hastalarından izole edilen HCV NS5A geninin interferona duyarlılığı belirleyen bölgesi ve protein kinaz bağlama bölgesi mutasyon analizi
Hepatit C virüsü enfeksiyonları yaklaşık %80'inin kronikleşmesi ve buna bağlı siroz ve hepatosellüler karsinom gibi önemli komplikasyonları nedeniyle, HCV tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de önemli bir halk sağlığı sorunudur. HCV izolatlarının büyük çoğunluğu antiviral tedaviye dirençlidir. Direncin moleküler mekanizmaları gerek in vivo gerekse in vitro olarak birçok çalışmada araştırılmış ve oldukça önemli bulgular elde edilmiş olmasına rağmen sorun henüz çözülebilmiş değildir. Bu çalışmanın amacı, Gaziantep'te HCV pozitif hastaların ISDR ve PKR-BD bölgesindeki mutasyonların saptanarak tedavi yanıt ile ilişkisi araştırmaktır. Çalışmaya HCV RNA pozitif 34'ü kadın 25'i erkek olmak üzere toplam 59 hasta dâhil edilmiştir. Kalıcı virolojik yanıt alınan hastalarda PKRBD bölgesinde, 25'i (%27,83) ISDR bölgesinde olan 97 aminoasit değişimi ve tedaviye yanıt vermeyen hastalarda PKR-BD bölgesinde 12'si (%15,38) ISDR bölgesinde olan 78 aminoasit değişimi saptanmıştır. Çalışmamızda, NS5A geninin interferona duyarlılığı belirleyen bölgesi (İnterferon sensitivity determining region-ISDR) ve Protein kinaz bağlama domaininde (PKR-BD) saptanan mutasyon sayıları ile interferon-alfa+ribavirin kombinasyon tedavi arasında istatiki olarak anlamlı bir ilişki saptanmamıştır.
Ehrlich asit tümörü taşıyan Swiss albino türü farelerde Rho-kinaz inhibitörlerinden Y-27632 maddesinin antitümöral etkisinin in vivo olarak araştırılması
Sinyal iletiminden sorumlu olan Rho proteinleri ve effektörlerinden biri olan Rho-kinaz hücre tipine bağlı olarak kontraktilitede, hücre permeabilitesinde, migrasyonda ve proliferasyonda değisikliğe ve apoptozise neden olabilir. Bütün bu fonksiyonlar, kanser gelişmesi ve ilerlemesi için oldukça önemlidir. Bu çalışmada, Rho-kinaz inhibitörlerinden Y-27632 maddesinin Ehrlich asit tümörü (EAT) taşıyan Swiss Albino türü farelere intraperitonal olarak verilerek in vivo da antitümoral etkisi araştırılmıştır. Altısı deney, üçü kontrol olmak üzere dokuz grup oluşturulmuştur. (Her bir grupta n=10) Çalışma Y-27632 (0,1-1-10 mg/kg/gün) inhibitör maddesiyle 2 aşamalı olarak (tümör öncesi ve tümör sonrası) yapılmıştır. Deney süresince tüm grupların kilo değişimleri kaydedilmiştir. Her iki aşamalı çalışmanın sonucunda hayvanlar eter anestezisi altında sakrifiye edilmiştir. Hayvanların ince barsak ve kalın barsakları alınmış ve incelenmiştir. Deney başlangıcında ve sonrasında EAT hücreleri cedex XS cihazında sayılmış ve kıyaslama yapılmıştır. Tüm gruplarda tümör yükünden dolayı kilo artışı gözlenmiştir. Elde edilen bulgulara göre, tümör öncesi ve tümör sonrası gruplar kendi aralarında karşılaştırıldığında tümör öncesi ikinci gruba ait Y-27632 maddesinin 1 mg/kg olan dozunun EAT'ye karşı etkili olduğu belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Rho-kinaz, Y-27632, Ehrlich, antitümöral