Kedilerde PRNP geni polimorfizmlerinin ve genetik özelliklerinin belirlenmesi

Bulaşıcı Süngerimsi Ensefalopatiler (TSE'ler), prion proteininin yanlış katlanmasından kaynaklanan, hem insanları hem de hayvanları etkileyen bulaşıcı, ölümcül nörodejeneratif bozukluklardır. Bazı türlerde, prion protein genindeki (PRNP) varyasyonlar, prion hastalıklarına yatkınlıkla ilişkilendirilmiştir. Bugüne kadar, prion proteinini evcil kedilerde araştıran sınırlısayıda çalışma vardır. Bu nedenle, bu çalışma rastgele yetiştirilen kedilerde kedi PRNP polimorfizmlerini tanımlamayı amaçlamaktadır. Bu amaçla, PRNP gen varyantlarını saptamak için Türkiye'den toplanan 74 kedi örneğinde DNA izolasyonu, PZR ve amplikon dizilemesi yapılmıştır. Dokuz adet SNP ve tandem tekrar bölgesinde 27 bp in/del polimorfizmi olmak üzere toplam 10 polimorfizm gözlenmiştir. Bu SNP'ler arasında üç adedi (c.201C>A, c.225C>T ve c.228A>C) ilk kez tanımlanmıştır. Açık okuma çerçevesindeki tüm SNP'ler eş anlamlıdır, prion protein dizisinde amino asit varyasyonuna yol açmamaktadır. Polimorfizmlerin alel ve genotip frekansları hesaplanmış, her lokus için Hardy-Weinberg dengesine uyumu hesaplamak için ki-kare testi yapılmıştır. Bu veriler kullanılarak haplotip tahmini ve frekans hesaplaması yapılmış, toplamda 28 haplotip gözlemlenmiştir. Frekansları 0,05'ten büyük veya eşit olan sekiz ana haplotip bulunmuştur. Haplotipler için bir ağ oluşturulmuştur. Kedi PRNP genindeki SNP'ler arasındaki bağlantı dengesizliği hesaplanmış ve altı lokus arasında istatistiksel olarak anlamlı, rastgele olmayan bir ilişki olduğu gözlemlenmiştir. R2 değerleri hesaplanmış ve bu değerlere göre bir ısı haritası oluşturulmuştur. Buna göre; 10 adet SNP 0,8 kb'lik bir bölgede yer almaktadır. Belirlenen 10 adet SNP'den; c.201C>A'nın, c.171C>T ve c.264T>C ile arasında daha düşük R2 değerleriyle LD bulunduğu görülmektedir. Isı haritasına göre; c.171C>T ile c.264T>C, ve c.-3G>A ve c.797G>A arasında ise 0,5'ten büyük R2 değerleri hesaplanmıştır. SNP'ler arasında başka bir korelasyon gözlenmemiştir. Bulgular, prion proteininin Türkiye'nin diğer bölgelerindeki popülasyonların aksine kuzeybatı Türkiye'deki kedilerde korunduğunu ve coğrafi olarak yakın gruplar arasında olası PRNP gen farklılıkları olduğunu göstermektedir.