Klinik örneklerden üretilen anaerop bakterilerde antibiyotiklere direnç genlerinin araştırılması

Anaerop bakterilen klinik örneklerden izolasyonu, tanımlanması ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi zor ve zahmetlidir. Bu nedenle klinikte ampirik tedavi uygulanmaktadır. Bu durum, anaerop bakteriler arasında artan antimikrobial direncin en önemli nedenlerinden biridir. Çalışmamızda klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin Sanger sekans ile tanımlanması ve beta-laktamaz (cepA) oluşumundan metronidazol (nim), karbapenem (cfxA) ve klindamisin (ermF) direncinden sorumlu direnç genlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Haziran-Kasım 2024 tarihleri arasında, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen, doku parçası, dren sıvıları, vücut sıvıları ve abse cerahatlerinden anaerop kültürler yapıldı. Kültür sonucunda anaerop olduğu saptanan 50 izolat 16S rRNA gen bölgesine göre Sanger sekans yöntemi ile dizileme yapılarak tanımlandı. Beta-laktamaz oluşumu, metronidazol, karbapenem ve klindamisin direnci , sırasıyla cepA, nim, cfxA ve ermF genleri araştırılarak Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile saptandı. Üretrilen anaerop bakterilerin %64'ü gram pozitif, % 36'sı gram nagatiftir. Gram pozitif bakterilerden %40'ı kok (5 Peptoniphilus spp., 8 P.anaerobius, 7 F.magna), %24'ü ise çomaktır.(3 Actinomyces spp., 2 Schaalia odontolytica , 3 Schaalia turicensis, 4 Bifidobacterium spp.) . Gram negatif bakterilerden % 28'i çomak (2 F.nucleatum, 10 B. fragilis, 2 P. melaninogenica), %8'i ise kok şeklindedir (1 Veillonella spp, 3 V. parvula). nim,cfiA ve cfxA genleri hiç bir izolatta saptanmamıştır. cepA geni 6 B.fragilis, ermf geni ise 1 Veillonella spp, 2 F.nucleatum ,1 P. meloninogenica, 3 Peptoniphilus spp, 1Actinomyces spp. ve 1 Schaalia turicensis izolatında saptanmıştır. Sonuç olarak, hem gram negatif hem de gram pozitif anaeroplarda klindamisin direncinin (ermF) yüksek olduğunu, beta laktamaz oluşumunun (cepA) yalnızca B.fragilis ile sınırlı kaldığını saptadık. Klinik örneklerde enfeksiyon etkeni olabilecek üretimi güç ve maliyetli bakteri cins ve türlerinin dizileme yöntemleri ile daha kapsamlı ve doğru tanımlanabileceği, bunun da enfeksiyonların epidemiyolojisine ışık tutacağı kanaatindeyiz.