Kolistin dirençli acinetobacter baumannii suşlarında PmrA gen polimorfizmi ve mutasyonu

Acinetobacter baumannii, son yıllarda dünya çapında yaygın yüksek morbidite ve mortalite oranları ile ilişkili nozokomiyal salgınların majör nedeni olarak tanımlanmaktadır. Yoğun bakım üniteleri (YBÜ) başta olmak üzere hastane enfeksiyonlarında en sık izole edilen etkenlerin başında gelmektedir. Çoklu ilaca dirençli (ÇİD) A. baumannii enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılacak antibiyotiklerin sayısının sınırlı olması ciddi klinik problemlere neden olmaktadır. Son yıllarda izlenen ÇİD Gram negatif bakteriler ile oluşan enfeksiyonların sıklığında artış ve tedavilerinde yaşanan sorunlar kolistinin üyesi olduğu polimiksinler gibi eski antibiyotiklerin yeniden kullanımını zorunlu kılmıştır. Tedavide kullanılmaya başlanmasını takip eden süreçte kolistine dirençli A. baumannii suşları rapor edilmiştir. A. baumannii'deki kolistin direncinin esas mekanizması, lipopolisakkarit (LPS) tabakaya PmrAB gen bölgesindeki mutasyona bağlı katyonik grup eklenmesidir. Çalışmamızda kolistin tedavisi alan hastalardan gönderilen çeşitli klinik örnekler arasından etken olarak izole edilen kolistine dirençli A. baumannii izolatlarında PmrA gen polimorfizminin ve mutasyonunun belirlenmesi, PmrA genleri arasındaki filogenetik ilişkinin anlaşılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda Haziran 2019-Haziran 2020 tarihleri arasında Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na yoğun bakım ünitelerinde ve servislerde takip edilen hastalardan gönderilen çeşitli klinik örneklerde üreyen 29 A.baumannii suşu dahil edilerek dizi analizi yapıldı. A. baumannii strain AB030 referans suşu kullanılarak, Clustal 2.1 Multiple Sequence Alignment'te filogenetik analizi yapıldı. PCR sonrası PmrA pozitif olan suşların PCR ürünlerinin sekans sonuçlarının filogenetik analizinde amplifiye edilen bölgenin tamamına yayılan nokta mutasyonlar (SNPs) görülmekle birlikte nokta mutasyonların ilk 60 bp'lik kısımda nispeten daha fazla olduğu görüldü. İncelenen SNP'ler ile referans suştan farklılık gösteren 6 suş olduğu tespit edildi. Çalışmamız filogenetik ilişki açısından değerlendirildiğinde örneklerde oluşan mutasyonlar birbirleriyle yakın ilişki içindeydi. PmrA geninin 175 bp'lik bölgesinde saptanan mutasyonlarla kolistin direncini ilişkili bulmamız bu bölgedeki mutasyonların kolistin direnci ile ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. PmrA gen bölgesinin dizi analizinin yapılması ve ortaya çıkan değişikliklerin belirlenmesi; bu alanda ülkemizde yapılan ilk çalışmalardandır. Bu çalışmanın, bu alanda yeni yapılacak çalışmalara zemin hazırlayacağını düşünmekteyiz. ÇİD A. baumannii izolatlarında kolistin direnç mekanizmasının tam anlamıyla ortaya çıkarılması için yeni nesil genom teknolojileri çok iyi bir seçenektir. Bununla birlikte maliyeti yüksek teknolojiler olduğu için bu konuda referans merkezler oluşturulmalı ve ülkede tanımlanan dirençli suşlar burada ileri araştırılmaya tabii tutulmalıdır. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, kolistin, mutasyon, PmrA, polimorfizm