Major histokompatibilite antijen bölgesini temsil ettiği düşünülen (TAG) single nükleotid polimorfizmlerinin HLA-B27'i tanımlamadaki geçerliliğinin değerlendirilmesi

Arkaplan: Ankilozan spondilit (AS) HLA-B27 ile güçlü bir ilişki göstermektedir. Bu etkileşimin en iyi bilinen hastalık ilişkisi olması ve 1973?den beri biliniyor olmasına rağmen HLA-B27 tiplendirmesi teknik olarak bazı güçlükler göstermektedir. Daha önce yapılan çalışmalarda Avrupalı ve Asyalı AS?li hastalarda, rs4349859 ve rs13202464 no?lu tek nükleotid polimorfizmlerinin (single nucleotide polymorphisms; SNPs) major histokompatibilite kompleksi ile (MHC) tag olduğu ve HLA-B27 tespitinde kullanılabileceği gösterilmiştir. Amaç: Bu çalışmanın amacı HLA-27 tespitinde daha önce bahsedilen SNP?lerin sensitivite ve spesifisitesini değerlendirmektir. Yöntem: Polimeraz zincir reaksiyonu restriksiyon fragmanı uzunluk polimorfizmi (polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism;(PCR-RFLP) yöntemi kullanılarak iki SNP (rs13202464 and rs4349859) genotiplendirildi. Bu genotiplendirme için gerekli primerler primer-BLAST arayüzü kullanılarak Primer3 algoritması ile dizayn edildi. PCR ürünleri BmrI ve Taq?I restriksiyon enzimleri ile sindirime uğratıldı. Gentiplerin kalite kontrolü için random seçilen bazı örnekler aynı zamanda ABI 3130 automated DNA sequencer cihazı kullanılarak sekanslandı. HLA-B27 analizi ticari olarak bulunan SSP-typing kit kullanılarak genotiplendirildi. SSP-tiplendirme sonuçları %2 agarose jel üzerinde gösterildi Sonuçlar: Çalışmaya toplamda modifiye New York kriterlerine göre AS olarak izlenen 207 hasta (%72 erkek, ortalama yaş 42.3 ± 10.8 ve 146 [%71] HLA-B27 pozitif) ve 32 sağlıklı kontrol (%78 erkek, ortalama yaş 52.7 ± 10.8 ve 2 [%6] HLA-B27 pozitif) dahil edildi. rs4349859 no?lu SNP için efekt alleli (A) yüksek spesifiteye sahipti (1.000) ancak sensitivite değeri 0.469 idi. rs13202464 no?lu SNP için efekt alleli (G) için spesifite 0.967 ve sensitivite 0.530 olarak hesaplandı. Yorum: Bu çalışmanın sonuçları daha önce HLA-B27 için oldukça güçlü tag olduğu bildirilen SNP?lerin, Türk popülasyonunda, klasik HLA-B27 tayin yöntemlerine göre avantajı olmadığını düşündürmektedir. Bizim toplumumuzda HLA-B27 ile daha güçlü ilişki gösteren SNP?lerin saptanabilmesi için başka çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.