Makine öğrenmesi yöntemleri ile mikrodizi hedef gen çıkarımı

Mikrodizi, mikrorna, dna, rna verileri gibi büyük tıbbi verilerin işlenmesi ve değerlendirilmesi zorlu bir süreçtir. Biyoenformatik, bu tür tıbbi bilgilerin makine öğrenmesi gibi bilgisayar teknolojileri kullanılarak işlenmesini sağlayan çok disiplinli bir araştırma alanıdır. Biyoloji, matematik, bilgisayar bilimlerinin bir arada çalıştığı biyoenformatik alanındaki çalışmalar; hastalık teşhisi, önleyici tedavi oluşturma, ilaç geliştirme ve kişiselleştirilmiş tedavi süreçleri gibi birçok konuda destek sağlamaktadır. Farklı organizmalarda görülebilen ve kanser ile ilişkili olduğu düşünülen mikroRNA(miRNA, miR olarak da isimlendirilir)ların genler üzerindeki etkisini araştırmada biyoenformatik yöntemler tercih edilmektedir. Mikrodizi teknolojisi mikroRNA, DNA, RNA gibi verilerin değerlendirilmesinde kullanılan tekniklerden biridir. Mikrodizi yöntemi ile gen ifadesinin analizi, hedef gen çıkarımı, mutasyon analizi ve biyomarker keşfi gibi birçok araştırma mümkün olabilmektedir. Mikrodizi verilerinin hazırlanmasına farklı yöntemler kullanılabilmekte ve bu yöntemlere bağlı olarak verinin incelenme şekli değişiklik göstermektedir. Bu çalışmada mikrodizi tekniği ile hazırlanmış biyolojik verilerin analizi ve hedef gen çıkarım çalışması yapılmıştır. Bu amaçla makine öğrenmesi yöntemlerini kullanan bir metot geliştirilmiş ve farklı verisetlerinde uygulanmıştır. Çalışmada açık erişimli iki verisetinin yanında özgün bir veriseti de kullanılmıştır. 3 farklı veriseti grubuna ait 11 deney için; verilerin bilgisayar ortamında işlenmeye hazır hale getirimesinden hedef genlerin tespitine kadar devam eden süreci detaylı olarak incelemektedir. Çalışma ham verinin bilgisayar ortamına aktarılması, veri kalitesi kontrolleri, kümeleme, normalizasyon, karşılaştırma grupları hazırlanması ve hedef gen çıkarım süreçlerinden oluşmaktadır.