Marmara bölgesinde bazı sebze ve süs bitkilerinde tospovirüslerin biyolojik, serolojik ve moleküler karakterizasyonu

Bu çalışma 2012-2016 yılları arasında Marmara Bölgesi'nde (Bilecik, Bursa, Çanakkale, Edirne, Kocaeli, Kırklareli, İstanbul, Sakarya, Tekirdağ, Yalova il ve ilçeleri) domates, marul, kasımpatı, gerbera ve glayöl üretim alanlarında gerçekleştirilmiştir. Bu alanlarda zarara neden olan ve Tospovirus genusunda yer alan Groundnut bud necrosis virus (GBNV), Watermelon silver mottle virus (WSMoV), Groundnut ringspot virus (GRSV), Impatiens necrotic spot virus (INSV), Tomato chlorotic spot virus (TCSV), Chrysanthemum stem necrosis virus (CSNV) ve Tomato spotted wilt virus'un (TSWV) saptanması, toplanan örneklerde enfeksiyon oranlarının ortaya konması ve virüslerin moleküler karakterizasyonlarının yapılarak, flogenetik akrabalıklarının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Toplanan 1034 adet örneğin tamamı serolojik olarak DAS-ELISA yöntemine göre testlenmiştir. 2012-2015 yılları arasında toplanan domates bitkilerine ait 562 adet örneğin %41.10'unun TSWV ile enfekteli olduğu bulunmuştur. Farklı domates çeşitlerinde belirlenen enfeksiyon oranları Bilecik, Bursa ve İstanbul'da sırasıyla %69, %64,74 ve %52,94 olarak belirlenmiştir. Domates çeşitlerinde ise enfeksiyon oranları; Cibellia çeşidinde %83,33, Tybif çeşidinde %73,98, Sedir çeşidinde %66,66, Y65 çeşidinde %62,74, Alsancak çeşidinde %59,72 ve Pembe çeşidinde %41,66 olarak tespit edilmiştir. 2014-2016 yılları arasında 332 adet marul, 2013-2014 yıllarında ise 140 adet glayöl, gerbera ve kasımpatı bitkilerine ait yaprak örnekleri toplanmıştır. Bunlarda, araştırılan Tospovirus'lar açısından enfeksiyon tespit edilmemiştir. BST1 numaralı izolat, otsu indikatörlerden Capsicum annuum L., Datura stramonium L., Nicotiana tabacum cv. Samsun ve N. glutinosa L., BST2 numaralı izolat Petuia hybrida L., BYA4 numaralı izolat Solanum lycopersicum L. ve Arachis hypogaea L. bitkilerinde klorotik/nekrotik leke, mozaik, deformasyon ve bodurluk gibi belirtilerin oluşmasına neden olmuştur. Serolojik ve biyolojik testler sonucunda seçilen 486 adet bitki yaprak örneği Real-time RT-PCR yöntemi ile analizi edilmiştir. Domates bitkilerine ait 118 örnek TSWV ile enfekteli olarak tespit edilmiştir. Yerel TSWV izolatlarına ait nükleotit ve amino asit dizilerinin benzerlik oranları kendi aralarında ve NCBI gen bankasında kayıtlı referans izolatlarlarla oldukça yüksek bulunmuştur. Yerel izolatlar içerisinden seçilerek kısmi gen dizilimi gerçekleştirilen 2 adet izolat NCBI gen bankasına kayıt edilerek geçici erişim numaraları (ID:1939435 ve ID:1939395) alınmıştır.