Thi-Qar eyaletinde Streptococcus pneumoniae'nın moleküler ve epidemiyolojik çalışması

03/05/2022 ile 28/08/2022 tarihleri arasında, Irak'ın Dhi-Qar Eyaleti'ndeki Göğüs ve Solunum Hastanesi ve valilikte yer alan Solunum Hastalıkları Merkezleri de dahil olmak üzere çeşitli hastanelerde görülen her iki cinsiyetten solunum yolu enfeksiyonu (15-80 yaş arası) olan hastalardan 100 balgam örneği alınmıştır. Bu örneklerden sadece 88 bakteri izolatı izole edilebilmiş ve tanımlanabilmiştir. Morfolojik ve kültürel özelliklere dayalı tanımlama bulguları dolayısıyla bakteri izolatı 30 (%34,1) Streptocoocus spp., 36 (%40.90) Staphylococcus spp. 9 (%10,23) Pseudomonas spp., 13 (%14.7) ise Klebsiella spp.'ye ait bulunmuştur. Biyokimyasal testler, API 20 STEP sistemi ve kan hemoliz paternleri kullanılarak daha fazla Streptokok izolatlarından türlar tanımlanmıştır. Tam tanımlama açısında, otuz Streptococcus izolatının sadece 20'sinin (%66,7) Streptococcus pneumoniae olduğunu ortaya koymuştur. Erkeklerde ise (%65) saptanan S. pneumoniae izolatlarının kadınlara (%35) göre istatistiksel olarak anlamlı bir fark yoktu. Yirmi S. pneumoniae izolatı için antibiyotik duyarlılığı araştırılarak Sonuçlar, bu izolatların çeşitli antibiyotik duyarlılığı modellerine sahip olduğunu çıkartmıştır. Eritromisin (%100), azitromisin (%85,0) ve klindamisin (%80,0) en yüksek direnç oranlarına sahipken seftriakson (%70,0), sefotaksim (%65,0), kloramfenikol (%65,0), tetrasiklin (%60,0) ve penisilin (%45,0) orta direnç oranlarına sahip olup diğer antibiyotiklerin direnç oranları nispeten daha düşüktü. Bu araştırmanın bulguları, S. pneumoniae izolatlarının Imipenem (% 100) ve Vankomisin (% 100) için yüksek derecede duyarlı olduğunu göstermiştir. Kesin tanı açısından 20 izolatın hepsinde Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) teknolojisi kullanılarak S. pneumoniae'nin tanımlanması için spesifik olarak LytA, Ply ve CpsA genlerinin varlığını gerektirdi. Tüm S. pneumoniae izolatları sırasıyla 480 ve 420 baz çifti bant boyutuna sahip olan LytA geni ve Ply geni için pozitif test edildi. Bu çalışmanın sonuçları, İran'da yapılan bir çalışmanın sonuçlarıyla %100 aynı görüşlere sahiptir (Hajia ve ark. 2013). Ancak İspanya'da yapılan bir çalışma, S. pneumoniae izolatlarında LytA ve Ply'nin saptanması için duyarlılığın% 100 olduğunu göstermiştir. İran'da bildirilen sonuç %84,74 iken, Birleşik Krallık'ta yayınlanan sonuç (%97,5) olmuştur.Bu çalışmada bulunan sonuçlar, bu rakamların her ikisinden de daha yüksek olup LytA geni, tanıda faydalı olmasının yanı sıra LytA olarak da bilinen otolizin enziminin kodlamasını da taşır. Bu enzim, bakteri hücrelerinin peptidoglikan omurgasını çözer ve sonuçta bakteriyel otolizle sonuçlanır. Zira LytA, pnömokokun ayırt edici özelliği olan otolitik etkiden sorumlu enzimdir. Hücre zarfına yerleştirilir ve çeşitli fizyolojik hücre işlemleriyle meşgul olur. Araştırmalar ışığında LytA, pnömolizin (Ply) gibi hücre içi toksinlerin salınmasını kolaylaştırmaktan ve proinflamatuar hücre duvarı fragmanları üretmekten sorumlu olabilir. Bu faktörlerin her ikisi de pnömokok hastalığının patogenezine katkıda bulunabilir. CpsA geni, izole edilmiş tüm S. pneumoniae suşlarında bulunabilir, Bu nedenle, bu bulgulardan çıkarılabilecek sonuç; CpsA'nın bu bakteride bulunmasıdır. Bu gen, moleküler tanımlama için seçilerek bir temizlik geni olarak çalıştığı biliniyor. Ayrıca, PCR doğrulaması için pozitif izolatlar nigrosin leke testi sonuçları ile tamamen tutarlıydı. Bu sonuçlar, elde edilen sonuçlarla ilişkilidir, bu da S. pnumoniae'nin tüm klinik izolatlarının örneklerinde bu geni içerdiğini göstermiştir. Belirli izolatların invazivliği, pnömokok kapsülü operonundaki ilk gen olan CpsA geninin ekspresyon seviyesi ile ilgilidir.