Irak'ta dirençli Salmonella typhi'nin virülans gen ve blaCTX geninin moleküler taraması

Mevcut çalışma, klinik Salmonella typhi'yi antibiyotik direnci, virülans genleri ve protein ekspresyon profilleri açısından izole etmeyi ve karakterize etmeyi amaçlamıştır. Salmonella türleri, birçok hastalıkla ilişkilendirilen insan sağlığı ve güvenliğinin en tehlikeli türleri arasındadır. Geniş bir alana yayılmıştır ve önleyici tedbirler uygun şekilde yapılmadığından dolayı yayılıp etrafa dağıldığı için kontrol edilmesi zordur. Salmonella'nın bazı antibiyotiklere karşı direnç suşlarının ortaya çıkması hastalarda ciddi komplikasyonlara ve dolayısıyla enfeksiyonla bağışıklığın engellenmesine neden olmuştur. Bu bakterinin patogenezinde birçok farklı virülans faktörü etkilidir. Çalışmamızda toplanan toplam numune sayısı n = 139'dur, 44'ü diğer bakterilerle birlikte büyüme şüphesiyle ayrı tutuldu ve nihai sonuçlar sadece 11 pozitif (Salmonella typhy) gösterdi ve DNA içeren testler yapıldı. Bunlar kimyasal ve moleküler testleri içeren doğrulama, ardından elektroforez jel testi ve son olarak polimeraz zincir reaksiyonu testleridir. Araştırma için Salmonella örneklerinden DNA ekstrakte edilmiştir. Bir agaroz jel üzerinde elektroforezden sonra tüm izolatlar aynı yoğunlukta bantların varlığını gösterdi. Ekstrakte edilen DNA, nanodrop teknolojisi kullanılarak konsantrasyonu ve saflığı belirlemek için spektrofotometre ile analiz edildi. Test edilen izolatlardan elde edilen DNA'nın saflığının on beş ile yirmi beş ng/μL arasında olduğu bulundu. Salmonella bakteri izolatları, biyokimyasal testler kullanılarak teşhis edildi ve ayrıca son teşhis testi olarak polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak 16SrRNA geni ile genetik olarak karakterize edildi. Teşhis sonrası Salmonella olduğu doğrulanan izolatlar elde ettik. Piperasilin, Tazobaktam, Ceftazidime ve Cefepime, Aztreonam antibiyotiklerine duyarlılık testi yaptık. Bir Vitek cihazı kullanılarak Imipenem, Meropenem, Clavulanic Acid ve Ticarcillin kullanılarak test sonuçları sonuçlar bölümünde belirtildiği gibidir. Salmonella bakterilerinin virülansından sorumlu bazı genlerin genetik tespiti, polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak blaTEM, blaCTX, aadA, intI1, qnrA, qnrB, dfr ve blaSHV genleri tarandı. blaTEM geni tüm izolatlarda eksprese edilmedi. blaCTX geni, gen 754'ün beklenen boyutu içinde %63 oranında eksprese edilirken; qnrA ve qnrB genleri de ortaya çıkarılmıştır, qnrA geninin çalışma kapsamındaki örneklerde ifade edildiği 466 genomunda qnrB'nin %36'lık bir gen ifadesi vardır. DNA örnekleri, sırasıyla moleküler boyutta (865, 484) blaSHV ve Intl1 genlerini saptamak için elektroforeze tabi tutuldu, tüm izolatlar için herhangi bir gen ekspresyonu gözlemlemedik.