Drug resistance-microbial
156 theses under this subject heading
Karbapenem dirençli ve karbapenem duyarlı pseudomonas aeruginosa kökenlerinin antibiyotik duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli kökenlerde bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Karbapenem dirençli (CRPA) ve karbapenem duyarlı (CSPA) P. aeruginosa kökenlerinin diğer antibiyotiklere duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli olan kökenlerdeki karbapenemaz genlerinin varlığının tespit edilmesi amaçlandı. Çalışmaya 50 adet CRPA ve aynı dönemde izole edilen 251 tane CSPA dahil edildi. Antibiyotik duyarlılıkları otomatize sistem kullanılarak saptandı. CRPA kökenlerindeki karbapenemaz genlerinin (blaIMP, blaSPM, blaAIM, blaNDM, blaOXA-48, blaKPC) varlığı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırıldı. Kökenlerin en fazla yara (%32,6), idrar (%30,6) ve balgam (%16,9) örneklerinden ve yoğun bakım üniteleri dışındaki diğer kliniklerden izole edildiği tespit edildi. Kökenlerin en dirençli olduğu antibiyotikler netilmisin (%41,5), levofloksasin (36,5), piperasilin (%33,2) ve piperasilin/tazobaktam (%31,9) idi. İmipenem ve meropenem direnç oranları sırasıyla %15,6 ve %11,9 olarak bulundu. CRPA'lar amikasin, aztreonam, gentamisin, netilmisin, tobramisin, siprofloksasin, levofloksasin, sefepim, seftazidim, piperasilin, piperasilin/tazobaktama CSPA olanlardan daha dirençli olarak saptanmıştır (p<0,001). CSPA ve CRPA kökenlerde kolistine dirençte farklılık olmadığı tespit edilmiştir (p=1). CRPA kökenlerinde amikasin, aztreonam, seftazidim, siprofloksasin, kolistin, sefepim, gentamisin, levofloksasin, netilmisin, piperasilin, tobramisin, piperasilin/tazobaktam MİK değerleri CSPA olanlara göre daha yüksek saptandı dolayısıyla daha dirençli bulundu (p<0,001). Çoğul ilaca direnç (MDR) oranı %14,6 ve CRPA grupta MDR oranı daha fazla bulundu (P<0,001). CRPA kökenler içinde blaIMP, blaVIM, blaSPM, blaNDM, blaKPC, blaAIM ve blaOXA genleri arasında bir kökende blaIMP, üç kökende de blaVIM geni pozitif olarak bulundu. Sonuç olarak çalışmamızda karbapenem direnci ve MDR oranı ülkemizdeki oranlardan daha az oranda bulunmuştur. Daha önce hastanemizde yapılan çalışmalardaki oranlara göre de yıllar içinde oranların artmadığı görülmüştür. CRPA'ların CSPA'lara göre diğer antibiyotiklere de daha dirençli olduğu bulunmuştur. Çalışmamızda karbapenemazlardan IMP ve VIM tipi enzimler bulunmuştur. Hastanemizde yapılan diğer çalışmalarla birlikte bu çalışma hastanemizde izole edilen P. aeruginosa'larda karbapenemazların yaygın olmadığını göstermiştir. Bu enzimlerin epidemiyolojik olarak tanımlanması direnç yayılımını önlemede önemlidir ve bunları kodlayan genlerin tespiti; tedavide kullanılacak uygun antibiyotiklerin seçilmesinde yol gösterecektir.
Antimikrobiyal maddelerin etkinliğini arttıran uçucu yağ ve bileşenlerinin belirlenmesi
Bu tez projesi kapsamında antibiyotiklere dirençli Gram (+) Staphylococcus aureus; Gram (-) Escherichia coli ve antifungal ilaçlara duyarlı Candida albicans klinik ve standart suşları olmak üzere altı farklı hedef patojen seçilmiştir. Antimikrobiyal etkinlik testlerinde Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) in vitro mikrodilüsyon yöntemi uyarlanarak kullanılmıştır. Doğal antimikrobiyal madde olarak, öncelikle Avrupa Farmakope kalitesinde Matricaria recutita L., Lavandula latifolia Medik., Pinus mugo Turra, Citrus reticulata Blanco. uçucu yağları (Aetheroleum) seçilmiştir. Etkinliği arttırmak amacıyla uçucu yağlar sırasıyla kolon kromatografisiyle n-hekzan, dietil eter, diklorometan ve metanolle fraksiyonlanmıştır. Antimikrobiyal deneylerde ayrıca uçucu yağların ana bileşenlerinden R-(+)-limonen, (+)-linalol, 1,8-sineol, (±)-kafur, β-karyofillen, α- pinen, (-)-β-pinen, γ-terpinen, farnasen, bisabolol ve (+)-δ-3-karen kullanılmıştır. Test materyallerinin ampisilin, sefuroksim, tetrasiklin, flukonazol ve nistatin standart antimikrobiyal maddeleriyle farklı kombinasyonlarının etkileşimleri dama tahtası yöntemiyle sinerjik etkinlikleri açısından incelenmiştir. Tüm test numunelerinin dirençli mikroorganizmalara karşı etkinlikleri minimum inhibisyon konstrastrasyonu (MİK) olarak belirlenmiştir. Kombinasyon sonuçları, fraksiyonel inhibisyon konsantrasyonu (FİK) değerleri şeklinde sinerjik, aditif, bağımsız etki veya antagonist etkili olarak sınıflandırılmıştır. Aktif fraksiyon-antimikrobiyal madde kombinasyonu seçici toksisitesi karşılaştırmalı olarak değerlendirmek üzere in vitro WS1-XTT sitotoksisite (insan cilt fibroblast hücre dizileri) ve biyolüminesans yöntemiyle Aliivibrio fischeri NRRL B 11177 suşuna karşı çalışılmıştır. Sonuç olarak, tasarlanan doğal madde kombinasyonların sinerjik/aditif etkinlikleri ilk defa bu çalışma kapsamında gösterilmiştir. Etkinlikler değerlendirildiğinde, toplam 54 sinerjik, 75 aditif ve 108 adet bağımsız etkili antimikrobiyal kombinasyon aktivite sonucu elde edilmiştir. Genel olarak oluşturulan uçucu yağ kombinasyonları, in vitro antimikrobiyal aktivite açısından daha etkin ve daha az toksik olduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Antibiyotik dirençli bakteri, Candida albicans, Uçucu yağlar, Kombinasyon çalışmaları, Dama tahtası yöntemi, Sinerjik etki.
Çöp depolama sahalarının drenaj sularından izole edilen enterobacteriaceae üyelerinde antibiyotik dirençlilik profili ve transfer edilebilirliği
Bu çalışmada Çöp Depolama Sahalarının Drenaj Sulan izolatlarındaki toplam aerop bakteri, toplam koliform, fekal koliform sayısı, tür tayini, çeşitli enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılan antibiyotiklere dirençlilik frekansı, Ethidium Bromid ile plasmid eliminasyonu, plasmid-kodlu dirençlilik taşıdığı belirlenen suşlarla, hassas suşlar arasında konjugasyon ve konjugasyon frekansını belirlenmesi araştırılmıştır. Deneme istasyon örneklerinin tamamında fekal koliformlara rastlanmıştır. Ancak farklı zaman periyotlarında fekal kontaminasyon düzeyi farklılık göstermiştir. Örneğin 2. zaman diliminde tüm istasyonlardan alınan örneklerde fekal kontaminasyona rastlanırken, 5. zaman diliminde ise bu oran azalmıştır. Fekal koliform düzeyi 1. istasyondan 5. istasyona doğru gittikçe artmakta yine aynı zamanda sıcaklığın arttığı dönemlerde (6. ve 7. Dönemlerde) fekal koliform düzeyinde artış saptanmışlar. İzolatlar biyokimyasal testlere tabii tutulmuş ve toplam 138 izolattan 81 tanesi Kcoli olarak tiplendirilmiştir. İzolatlar antibiyogram testine tabii tutularak antibiyotik dirençliliği aranmıştır. Test edilen bütün izolatların IMP ve MER antibiyotiklerine karşı hassas olduğu saptanmış ve AMP antibiyotiğine ise dirençli olduğu saptanmıştır. Diğer antibiyotikler ise; %2.8'nin CRP, %2.,8'nin CAZ, %4.3'nün GEN'e, %0.72 CRO'ya, %22.4 FOX'a, %0.72 CTX'e, %31.8 CZ'ye dirençli olduğu saptanmıştır. 138 örneğe nitrosefin testi yapılarak (3-laktamaz üretip üretmedikleri araştırılmıştır.. Bunlardan 81 tanesinde (%59) bu enzimin varlığına rastlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Kcoli, Dirençlilik, Antibiyotik
Seyhan baraj gölünün bakteriyolojik kirlilik düzeyinin belirlenmesi ve Enterobacteriaceae üyelerinde antibiyotik dirençliliği
Bu çalışmada Seyhan Baraj Gölündeki toplam aerob bakteri, toplam koliform, fekal koliform, maya ve küf sayısı saptanmış ve izolatların günümüzde sıklıkla kullanılan antibiyotiklere dirençlilik frekansı saptanmaya çalışılmıştır. Seyhan Baraj Gölünden izole edilen izolatların biyokimyasal analizleri sonunda, 179'unun E. coli, 179'unun Enterobacter sp., 47'sinin Citrobacter sp., 21'sinin Klebsiella sp., olduğu tespit edilmiştir. Fekal koliform oranı %33 olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda Streptococcus feacalis, Vibrio spp., ve Cryptococcus spp., varlığı da araştırılmış olup, sadece Vibrio parahaemolyticus 3.1, 3.2, 7.1 nolu bölgelerde tesbit edilmiştir. İzolatlar antibiyotik hassasiyet testlerine tabi tutulmuş olup, beta-laktam antibiyotiklerden Cefazolin'e %47,7, Cefuroxim'e %18,3, Ampicilin'e %15,47, Streptomisin'e %12,64, Ceftriakson'a %11,32, Gentamicin'e %4,71, Imipenem'e %4,52 oranında dirençlilik gösterdikleri saptanmıştır. İzole edilen izolatların %46,14'ü birden fazla antibiyotiğe dirençlilik (MAR) gösterdiği tespit edilmiştir. Çalışma sonunda Seyhan Baraj Gölünün kirlilik düzeyinin yüksek olduğu ve ileriki zamanlarda halk sağlığı açısından ciddi problemler oluşturabileceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Enterobacteriaceae, Seyhan Baraj Gölü, Antibiyotik Dirençliliği
PCR kısıtlama fragman uzunluğu polimorfizmi ve virülans faktörü geninin DNA sırası analizine dayanan Staphylococcus aureus'un moleküler çalışması
Çalışma S.aureus bakterisinin varlığını araştırmak için Ramadi şehrinde 165 klinik numuneden 100 örnek toplanmıştır. İzolasyon kaynağına göre deriden 45, yaradan 32, kandan 17 ve idrardan 6 numune alınmıştır. Sonuçlar, S.aureus'un deri örneklerinde en yüksek yüzdesinin %45 olduğunu göstermektedir. Çalışmada Amikasin, Amoksisilin, Ampisilin, Eritromisin, Gentamisin, Klindamisin, Kloramfenikol, Penisilin, Sefoksitin, Siprofloksasin, Trimetoprim ve Vankomisin olmak üzere 12 çeşit antibiyotik için seçilen bakteri izolatlarına ve seçilen patolojik izolatlara karşı duyarlılık testi yapılmıştır. Test sonuçları Penisilin için %99, Ampisilin için %91 ve Trimetoprim için %85 ile bu antibiyotiklerin üç tipine oldukça dirençli olduğunu göstermektedir. Çalışmadaki diğer antibiyotikler için izolatların dirençleri farklılık göstermekle birlikte Vankomisin'e %99 Kloramfenikol'e %79 duyarlı olduğu görülmektedir. Çalışmada ayrıca izolatların genetik dizisini incelemek amacıyla, seçilen bakteri izolatları mecA ve pvl'den genomik DNA ekstrakte edilmiştir. MecA geninin analiz edilen 100 örneğin 64'ünde bulunduğu ve orantısal olarak %64'e tekabül ettiği ortaya çıkmıştır. Kısıtlama Fragman Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP) yaklaşımı, PCR alanlarının genetik içeriğinin çeşitliliğini doğrulamak için kullanılmakla birlikte coa ve spa genlerinin amplifikasyonu, coa geni ve spa geninin varlığı, bu genlerin spesifik primerleri kullanılarak ayrılmış S. aureus suşlarında araştırılmıştır. Her iki gen için 575 bp bandının görülmesi amaçlanmıştır. Sonuç olarak her birinin iki amplifikasyon paternine sahip olduğu ve genlerin farklı PCR ürün boyutlarına sahip olduğu belirlenmiştir. Coa geni için sırasıyla 405, 810 ve 891 bp değerleri gözlenirken, Spa geni için 240, 1200 ve 1296 bp değerleri görülmüştür. 2022, 66 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Staphylococcus aureus, Antibiyotik direnci, Virülans faktörleri, Ramadi, Iraq
Thi-Qar ilindeki bazı bölgelerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa'ya dirençli antibiyotiklerin moleküler ve serolojik tespiti
Pseudomonas aeruginosa, hastane kaynaklı enfeksiyonlarının en yaygın olanlarındandır. Geniş spektrumlu antibiyotiklere karşı azalan duyarlılık oranları, P. aeruginosa'nın antibiyotiklere direncini ve dirence neden olan genlerin araştırılması, dünya çapında klinisyenler için zorunlu bir hale gelmiştir. Yüz adet örnek üzerinde yürütülen tanımlayıcı çalışma da örnekler, Thi-Qar şehrindeki Al-Hussein Eğitim Hastanesi'ndeki ameliyathanelerden ve bu hastanenin yanık ünitesinden toplanmıştır. İzolatlar, MacConkey agar, CHROM agar üzerinde kültür edilmiş ve ardından teşhisleri yapılmıştır. İzolatlara katalaz testi ve oksidaz testi içeren biyokimyasal testler yapılmıştır. Yapılan çalışmada izole edilen P. aeruginosa'nın, Muller Hinton agar besiyerinde disk difüzyon yöntemi kullanılarak 6 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılığı belirlenmiştir. Sonuçlar, Pseudomonas aeruginosa bakterisinin 20'şerli izolatlarından 16'sı piperasiline, 18'i seftazidime, 16'sı tobramisin ve siprofloksasine, 19'u amikasine ve 20'si seftriakson direncine işaret etmiştir. P. aeruginosa 20 izolatının tümü, ticari antiserumlarla slayt aglütinasyon testi ile serotiplendirilmiştir. O1 2 (%10), O2 2(%10), O3 1(%5), O4 2(%10), O6 3(%15), O8 olmak üzere örneklerde 8 serotipte belirlenmiştir. Çalışmada, O1 2(%10), O9 2(%10), O11 6 (%30), O11 6 (%30) bildirilen en yaygın serotipler olmuştur. AlgD geninin dizileme sonucu, P. aeruginosa için sadece bir varyasyon göstermektedir. (Geçiş)A>G kodu ACT/GCT. lasB geninin dizileme sonucu, T>C kodu TGA/CGA olan P. aeruginosa için de bir varyasyon, lasB geninin dizileme sonucu, bir varyasyon T>C kodu TGG/CGG olan P. aeruginosa için göstermektedir. Filogenetik ağacın algD geni (313bp) ve lasB geni (284bp) analiz edildiğinde, bu filogenetik ağacın yalnızca bir tür P. aeruginosa bakterisinden oluştuğu ortaya çıkmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, Antibiyotik direnci, Seroloji, LasB, AlgD
A molecular study of interleukins IL-15 and IL-10 in infertile women infected with Streptocccus agalactiae in diyala governorate
The current study included the detection of S. agalactiae in infertile women, samples were collected by 140 samples (urine, vaginal secretions, and Pap smears), these samples were; urinary 60 (42.8%), vaginal secretions 45 (32.2%), and Pap smears 35 (25%). The bacteria was diagnosed based on culture, microscopic and biochemical tests, in addition, the Api20 system and Vitek2 device were used, and it appeared that these isolates belong to this bacteria, at a rate of 92-98%, according to the type of isolate, and this diagnosis S. agalactiae bacteria is excellent. In addition, the molecular study of the samples was carried out by extracting chromosomal DNA from blood samples taken from sterile women infected with S. agalactiae to detect some genes that included IL-10 and IL-15. The results showed that there is a discrepancy in the gene expression of IL-10 gene. The difference in the genetic makeup and allelic distributions of the IL-10 polymorphism suggests that genotype frequency may be associated with the occurrence of infertility in women with S. agalacticaae. The results of DNA electrophoresis using the initiator IL-15 also showed that there is a replication package, variation in the gene expression of the IL-15 gene.
Investigation of efflux pump and aminoglycoside resistance genes in Staphylococcus aureus strains isolated from clinical specimens in Iraq
Staphyӏococcus .aureus owing to its propensity for epidemic spread and antibiotic resistance, is among the most significant pathogenic bacteria encountered in therapeutic settings.. the current study aimed for Isoӏation and identification of S. aureus from different cӏinicaӏ specimens, detection resistance profiӏes of these bacteria, Screening of resistance genes (aacC1,and aacC2) to the prevaӏence of aminogӏycosides among aureus isothorses, aӏso scan extrovert pump genes (Ade-A, Ade-B, Ade-S, and Ade-M) for the prevaӏence of aminogӏycosides). Between 2 Apriӏ 2022 and 30 June 2022, two hundred cӏinicaӏ sampӏes were coӏӏected from Marjan Medicaӏ City and AӀ-Hiӏӏa Teaching Hospitaӏ in the province of Babyӏon in Iraq. The sampӏes were coӏӏected from the patients ( burns, sputum, wounds, and urinary tract infections). The steriӏized cotton swabs were brought to the ӏab and pӏaced in BHI agar tubes.. No dupӏicate sampӏes from the same patients and no environmentaӏ isoӏates were incӏuded in this study. The resuӏt showed out of 200 cӏinicaӏ specimens positive cases were 126(63%) and negative cases were 74(37%). staphyӏococcus bacteria appeared in 87 sampӏes S. aureus appeared in 21 . Urine is one of the most common sources of sampӏes that showed bacteriaӏ growth in the current study, foӏӏowed by sputum, then burns, and finaӏӏy wounds. Antimicrobiaӏ susceptibiӏity testing: S. aureus had the greatest ӏeveӏ of resistance to Kanamycin and the ӏowest ӏeveӏ of resistance to Neomycin. We use 15 of the most resistant isoӏates to drugs in this investigation. The isoӏates of S. aureus showed MDR, XDR and PDR. The positive ampӏification (band) were 11(73%) , 14(93%), 7(46%) and 15(100%) for ( AdeA, AdeB, AdeM and AdeS) genes respectiveӏy. Resuӏts of PCR assay for detection of aacC1 and aacC2 genes: In this study we take 15 most resistant isoӏate for antibiotcs., aӏӏ isoӏates screened by PCR for the presence of aacC1 and aacC2 genes. Of the 15 isoӏates, 15 were positive for aacC1 (100%), and thirteen for aacC2 (86%).
The molecular screening of the virulence gene and blaCTX gene of resistant Salmonella typhi in Iraq
The types of salmonella are among the most dangerous types of human health and safety, which are associated with many diseases. It is widespread and difficult to control. Preventive measures must be properly implemented to prevent the spread of this bacterium. The appearance of resistance strains of salmonella against some antibiotics led to serious complications in patients and thus inhibiting immunity with infection. Many different virulence factors play affects in the pathogenesis of this bacteria. The present project aimed to isolate and identify clinical Salmonella typhi in terms of antibiotic resistance, virulence genes and protein expression profiles (n = 139). 44 were excluded on suspicion of co-growth with other bacteria and final results showed only 11 positive (Salmonella typhoid). First, Salmonella verification was performed by chemical and molecular tests. Then electrophoresis gel test was performed. Finally, polymerase chain reaction test was performed. DNA was extracted from Salmonella samples for the investigation. After electrophoresis on an agarose gel, all of the isolates indicated the presence of bands at the same intensity. Extracted DNA was analyzed by spectrophotometer to determine concentration and purity using nanodrop technology. The purity of the DNA recovered from the tested isolates was found to be between fifteen and twenty five ng/μL. The Salmonella bacteria isolates were diagnosed using biochemical tests, as well as genetically characterized by 16SrRNA gene using polymerase chain reaction as a final diagnostic test. After diagnosis, we obtained isolates confirmed to be Salmonella. Its sensitivity to the antibiotics Piperacillin, Tazobactam, Ceftazidime, and Cefepime Aztreonam was tested. The results of Imipenem, Meropenem, Clavulanic Acid and Ticarcillin tests with the help of Vitek were as indicated in the results chapter. The genetic detection of some genes responsible for the virulence of Salmonella bacteria was conducted using the polymerase chain reaction the genes blaTEM, blaCTX, aadA, intI1, qnrA, qnrB, dfr and blaSHV were screened. blaTEM gene was not expressed in all isolates. While the blaCTX gene was expressed by 63% within the expected size of gene 754; the qnrA and qnrB genes were also revealed the qnrA gene was not expressed in the samples under study there is a 36% gene expression of qnrB within the 466 genome. The DNA samples were electrophoresed to detect blaSHV and Intl1 genes within the molecular size (865, 484) respectively, we did not observe any gene expression for all isolates.
Staphylococcus aureus'un klinik izolatlarında sınıf 1 integronları ve antibiyotik dirençle ilişkisi
Beta-laktamLarın bakterisidal etkisi, PLP'lere bağlanarak, bakteri duvarında eksik alanlar oluşturarak, maddelerin ortamdan mikroorganizmaların içine geçişine izin vererek, ozmotik şokla ölüme neden olarak transpeptidasyonun inhibisyonu ile bağlantılıdır. Bakteriyel Edinilmiş direnç, genetiğe dayanır ve bir kromozomal mutasyondan veya aktarılabilir (ekstrakromozomal) genetik materyalin edinilmesi yoluyla türetilebilir. Direnç kodlayan genler, hem bakteri kromozomu üzerinde hem de onun dışında, plazmitlerde, transpozonlarda ve integronlarda yer alabilir, ikincisi de kromozomal olarak bulunur. Hem Gram-pozitif hem de Gram-negatif bakterilerde beta-laktamLara direncin ana nedeni, beta-laktamaz üretimidir. Bu enzimLer, penisilinler, sefalosporinler, sefamisinler ve karbapenemLerin yapısında ortak bir element olan beta-laktam halkasının amid bağını hidrolize ederek antibakteriyel aktivitesi olmayan bir bileşiğe yol açar. MRSA'nın ortaya çıkması ve yayılması, hastanelerde mikroorganizmaların yayılmasını önlemek için hijyenik önlemLerin olmaması ve bu merkezlerde yüksek antibiyotik tüketiminin gerektirdiği seçici baskı tarafından desteklenmektedir.
Thi-Qar vilayetinde gebelerde iye nedeni olan çoklu antibiyotik dirençli gram negatif bakterinin tespiti
The goal of the current study is to identify the efflux pump found in Escherichia coli isolated from urinary tract infections, as well as its association to antibiotic resistance. A total of 100 clinical samples were taken from the urine of pregnant women with urinary tract ınfections (UTIs) from various hospitals in Thi-QAR. Traditional methods were utilized to identify bacterial isolates, including antibiotic sensetivity test their and PCR to detect the 16S rRNA and gene coding for bacerial resistance to antibiotics. Total collected samples number was 100 of which only 49 (100%) were positive for bacterial isolates, including 22 (44.9%) E. coli, 11 (22.4%) Klebsiella pneumonia, 3 (6.1%) Klebsiella oxytoca, 6 (12.2%) Proteus spp., 5 (10.2%) Enterobacter spp., and 2 (4.1%) Pseudomonas aeruginosa. Beta lactam antibiotics resistance E. coli and Klebsiella spp. were tested and outcomes were 19 (86.4%) from 22 for E. coli and 13 (92.8%) from 14 for Klebsiella spp. this number represent 32 (88.8%) of all tested 36 samples. ESBL production in E. coli and K. pneumonia results revealed that only 4 (12.5%) from 19 samples were positive and 5 (15.6%) from 13 were positive in K. pneumonia represented 9 (28.1%) from 32 isolates. Genes of bla TEM and bla SHV genes in ESBL positive E. coli and Klebsiella spp. isolates 2 (50%) of 2 tested E. coli isolates were positive for both bla TEM and bla SHV genes, while 3 (60%) and 2 (40%) of Klebsiella spp. isolates were positive for the same genes, recording 5 (55,6%) and 4 (44.4%) for the two genes respectively. Regarding bacerial resistance to antibiotics isolates tested positive for MDR for E. coli anlow for amikacin, piperacillin and ceftriaxone, while it was high for gentamycin, ceftazidime, nalidixic acid, cefixime, ciprofloxacillin, cefotaxime and cefipime respectively. This study reveales that there is a need to apply urine culture and sensitivity test to assess urinary tract infection (UTI) among pregnant women and detection of gram-negative resistant bacteria, this will help the patients to get safe and effective treatment. There is high prevalence of multi-drug resistance genes and in practical routine daily use among E. coli and K. pneumonia.
Detection of antibiotic resistance genes among Enterobacteriaceae isolated from clinical and different sites closed of Iraqi hospitals
For the purpose of obtaining pure isolates of the Enterobacteriaceae and for the evaluation of sensitivity to antibiotics and identification of resistance genes, a total of 134 clinical isolates were collected, 80 clinical isolates from multiple laboratories in Baghdad and 54 environmental isolates from nearby Tigris River. Samples were collected and studied during 6 months for the period from November 2021 to April 2022. Each isolate was identified using morphological, biochemical, and VITEK-2 System confirmatory tests. Where the environmental results showed Eschericha coli was a rate 44.44%, Klebsiella pneumoniae 31.48%, Proteus mirabilis 7.40%, Citrobacter freundii 1.85%, Citrobacter koseri 1.85%, Enterobacter aerogenes 12.96%. While the clinical results showed E. coli 33%, K. pneumoniae 28%, P. mirabilis 19%. The Antibiotic susceptibility test results indicated that all clinical 47 bacteria were unsusceptible to Penicillin, Amoxicillin, Cephalexin, Ceftazidime and Tetracycline by 100%, Amoxicillin–clavulanic acid 80.85%, Cefotaxime 65.95%, Cefixime 59.57, Cefoxitin 57.44%, Aztreonam 61.7%. While all isolates were sensitive to Meropenem 10.6% and Impenem 14.89%. On the other hand, the Antibiotic susceptibility test results for environmental 22 bacteria revealed unsusceptible to Penicillin, amoxicillin, Cephalexin, Ceftazidime, and Tetracycline by 100% Amoxicillin-clavulanic acid 77.27%, Cefotaxime 77.2%, Cefixime 63.63%, Cefoxitin 59.09%, Aztreonam 54.5% while all isolates were sensitive to Meropenem was rate 18.18% and Impenem 13.6%. Replication of the DNA sequence by PCR was performed for 69 clinical and environmental isolates of Enterobacteriaceae. The results showed that for the environmental isolates, all isolates contained the gene blaTEM and the blaSHV at a rate of 40.47%. While the 47 clinical isolates, all isolates contained the gene blaTEM was rate 85.10% and blaSHV 82.97%. The results showed that E. coli contained the blaTEM gene by 15 (31.91 %), K. pneumoniae 14 (29.78%), and P. mirabilis 11 (23.40 %). blaSHV E. coli 14 (29.78%), K. pneumonia 14 (29.78%) and P. mirabilis 11 (23.40%). Based on the findings, clinical isolates had a greater virulence factor than environmental isolates. This is so because they have resistance genes (blaTEM and the blaSHV) at higher rates than environmental isolates
Tarım alanlarından izole edilen gram negatif bakterilerde antibiyotik dirençliliği
Sunulan çalışmada tarım yapılma sıklığına göre (çok tarım, az tarım, tarım yapılmayan ve sera tarımı yapılan) dört farklı bölgeden izole edilen toplam 150 Gram (-) bakterinin antibiyotik direnç fenotipleri ve MAR indeksleri belirlenmiş ve 102 tanesinin identifikasyonu yapılmıştır.Çok tarım yapılan bölgelerden izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç oranları %38.13, az tarım yapılan bölgede %16.83, tarım yapılmayan bölgede %26.67 ve sera tarımı yapılan bölgelerde ise %22.83 olarak bulunmuş, istatistiksel olarak yalnızca çok tarım yapılan bölgeler ile az tarım yapılan bölgeler arasında fark gözlenmiştir.Çok tarım yapılan bölgelerde en yüksek MAR indeksi 0.73 ile 8 bakteride, az tarım yapılan bölgede 0.67 ile 1 bakteride, tarım yapılmayan bölgelerde 0.67 ile 3 bakteride ve sera tarımı yapılan bölgelerde 0.73 ile 1 bakteride gözlenmiştir. Ayrıca çok tarım yapılan bölgede 29, Aztarım yapılan bölgede 18, tarım yapılmayan bölgede 16 ve sera tarımı yapılan bölgede ise 28 bakterinin birden fazla sayıda antibiyotiğe dirençli oldukları bulunmuştur
Çukurova bölgesindeki helicobacter pylori suşlarının antibiyotik direnci
Giriş: Helicobacter pylori enfeksiyonu gastrit, peptik ülser ve mide kanserinin ana nedenidir. Bu nedenlerle ciddi mortalite ve morbiditeye neden olan H.pylorinin eradikasyonunda halen tüm dünyada en sık kullanılan tedavi amoksisilin, klaritromisin ve metronidazol arasında herhangi iki antibiyotik ile bir proton pompa inhibitörü veya bizmut sitrattan oluşan üçlü tedavidir. Birinci basamak tedavi için başarısızlık oranı, antibiyotiklerin gelişigüzel kullanımıyla gelişen direnç nedeniyle yüksektir. Bu sebeple H.pylori eradikasyonu için tedavi protokollerinin belirlenmesinde antibiyotik direnç tayini önem kazanmaktadır.Gereç ve Yöntem: Bu amaçla hastanemiz erişkin gastroenteroloji polikliniğine dispeptik şikayetlerle başvuran ve gayta tetkiki ile H. pylori antijeni pozitif saptanan 59 hastadan tedavi öncesi ve sonrası özofagogastroduodenoskopi yapılarak kültür, moleküler çalışmalar ve histopatoloji için antrum ve korpustan biopsiler alındı. Hastalara işlem sonrası 14 günlük Lansoprazol, Amoksisilin ve Klaritromisin'den oluşan üçlü eradikasyon tedavisi verilerek eradikasyon başarısı değerlendirildi.Bulgular: Kültür ile 50 hastada (% 84,7) H.pylori üretildi. Antibiyotik duyarlılık testleriyle % 5,1 amoksisilin, % 42,4 klaritromisin, % 15,3 tetrasiklin direnci saptandı. Çalışılabilinen tüm örneklerde ve dilüsyonlarda levofloksasin direncine rastlanmadı (% 0). Kontrole gelen ve biyopsi örneği alınan 40 hastadan 25'inde (% 62,5) H.pylori'nin eradike edildiği saptandı. Eradikasyon başarısının yaş, cinsiyet, daha önce eradikasyon tedavisi almış olmak, cagA pozitifliği, çoklu antibiyotik direnci ve dokudaki H.pylori yoğunluğu ile istatistiksel olarak anlamlı ilişkisi saptanmadı.Sonuç: Bulduğumuz antibiyotik direnç oranları diğer gelişmekte olan ülkelerdeki direnç oranlarıyla uyumluydu. Elde ettiğimiz antibiyogram sonuçları ışığında, amoksisilin + levofloksasin + proton pompa inhibitörü kombinasyonunun H. pylori eradikasyonunda birinci seçenek tedavisi olarak kullanılabileceğini düşünmekteyiz.Anahtar Sözcükler: Direnç, Eradikasyon, Helicobacter Pylori, Kültür, Levofloksasin
Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile araştırılması ve Pulsed Field Gel Electrophoresis yöntemi ile genotip tayini
Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde nozokomiyal infeksiyonlara ve salgınlara yol açan önemli bir patojendir. Karbapenem grubu antibiyotikler de dahil, çoklu ilaç direnci göstermesi bu patojenle olan infeksiyonların tedavisinde ciddi problemlere sebep olmaktadır. Karbapenem direnci sıklıkla OXA tipi karbapenemazlar ile oluşmaktadır. OXA tipi enzimler 4 subgrupta (OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24) toplanır. Acinetobacter izolatlarında OXA-51 subgrubundaki enzimler intrinsik olarak bulunurken, mobil elementler ile horizontal olarak kazanılan genlerle kodlanan OXA-58, OXA-23 ve OXA-24 subgrup enzimlerde beraberinde bulunabilmektedir. Ayrıca blaOXA-51 geninin upstream bölgesinde yerleşen ISAba 1 segmenti de transkripsiyonel bir promotor olarak ß-laktamaz gen ekspresyonunu indüklemektedir.Bu çalışmada hastanemizde hastane enfeksiyonlarndan izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii izolatlarında karbapenemaz enzimini kodlayan blaOXA genlerinin subgruplarının Multipleks PCR, ISAba1 segmentinin tek tüp PCR yöntemi ile araştırılması ve klonal ilişkilerinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır.İncelenen 55 izolatın tamamında(%100) OXA 51 ve ISAba1 geni tespit edilmiştir. İzolatların 4(%7.27)ünde OXA 58, OXA 51 ve ISAba1, 3(%5.45)ünde OXA24, OXA51 ve ISAba1 geni belirlenmişken OXA 23 geni hiç bir izolatta bulunamamıştır. PFGE ile klonal ilişkilerinin incelenmesi sonucu, 55 izolatın 29(%52.72)'unun yakın ilişkili olduğu ve aynı klondan köken aldığı görülmüştür.Anahtar sözcük: Anahtar Sözcük: Acinetobacter baumannii, blaOXA21, blaOXA23, blaOXA51, blaOXA58, PFGE
Klinik örneklerden izole edilen Streptococcus pneumoniae suşlarının direnç paterni
Hastanemizde izole edilen pnömokok suşlarının çeşitli antibiyotiklere direnç durumlarının belirlenmesi planlandı. Bu çalışmaya 2006 Mart -2007 Aralık tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi polikliniklerine başvuran veya çeşitli servislerde yatan hastalardan Merkez Laboratuvarına gönderilmiş olan klinik materyallerden izole edilen 92 adet Streptococcus pneumoniae suşu dahil edilmiştir. Bu suşların penisilin, seftriakson, meropenem, eritromisin, levofloksasin, klindamisin, tetrasiklin, trimetoprim, rifampin, kloramfenikol, telitromisin, vankomisine direnç durumları disk difüzyon ve E-test (AB Biodisk, Sweden) ile belirlendi. Sonuçların değerlendirilmesi NCCLS kriterlerine göre yapıldı.Çalışma sonucunda 29 çocuk ve 63 yetişkin örneğinde direnç oranları sırasıyla penisiline % 17,2 ve % 12,7 seftriaksona çocuklarda direnç rastlanmazken yetişkinlerde seftriakson direnci %3,2`di. Meropenem, eritromisin, levofloksasin, klindamisin, tetrasiklin trimetoprim/ sülfametoksa-zole çocuk ve yetişkinlerde % 3.4 ve % 6.3, % 51,7 ve % 30,2, %10,3 ve %3,2, %31,0 ve % 15,9 % 34,5 ve % 27,0 % 62,1 ve % 36,5 direnç oranları vardı. Çocuklarda rifampine direnç görülmezken, yetişkinlerde bu oran %3.2'di. Çocuk ve yetişkinlerde kloramfenikole direnç sırasıyla %3,4 ve %6,3 bulundu. Vankomisin ve telitromisine çocuklarda ve yetişkinlerde direnç görülmedi.Penisiline orta derecede ve yüksek derecede dirençli pnömokoklar tarafından oluşturulan ciddi pnömokok infeksiyonları için verilecek optimal tedavi tartışmalıdır. Hetorojen hasta popülasyonun varlığı, mortaliteyi etkileyen eş zamanlı risk faktörlerinin varlığı ve Penisilin direnci olan Streptecoccus pneumoniae suşları arasında orta derecede direncin ağırlıkta olması verileri yorumlamakta zorluklara neden olmaktadır. Klinik deneyimlerin yetersizliğine rağmen çalışmacıların çoğu penisilinlerin duyarlı suşlarla oluşan pnömokok infeksiyonları için halen temel tedavi olduğuna inanırlar. Pnömokok suşlarındaki artan penisilin direnci, ciddi boyutlarda bir problemle karşı karşıya olduğumuzu göstermektedir. Direnç gelişiminden dolayı tedavinin giderek zorlaşması, pnömokok enfeksiyonlarında aşı uygulamalarının biran önce hayata geçirilmesi gerekliliğini ortaya çıkartmaktadır.Anahtar Sözcükler: Antibiyotik direnci, Streptecoccus pneumoniae
Yöremizde izole edilen Brusella Spp suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının E-Test yöntemi ile değerlendirilmesi
Bruselloz tüm dünyada yaygın olarak görülen ve ülkemizde kırsal alanlar başta olmak üzere önemli bir sağlık sorunu oluşturan zoonotik bir hastalıktır. Ülkemiz brusellozun endemik görüldüğü coğrafyada bulunmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen Brusella cinsi bakterilerde tür tayini yapılması ve bu suşların klasik tedavi rejimlerinde kullanılan antibiyotiklere karşı in vitro duyarlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya 2010 ile 2012 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesinde, klinik örneklerden izole edilen 50 Brusella suşu dahil edilmiştir. İzolatlar Vitek 2 otomatize sistemiyle tür düzeyinde tanımlanmıştır Brusella cinsi 50 izolata karşı doksisiklin, streptomisin, rifampisin, siprofloksasin, tigesiklin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazole, eritromisin, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik asit'in in vitro aktivitesi E-Test yöntemi ile belirlenmiştir.Tüm izolatlar Brusella melitensis olarak belirlenmiştir. Tüm izolatlar doksisiklin, streptomisin, siprofloksasin, tigesiklin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazole, eritromisin, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik asit'e duyarlı (%100) olarak bulunmuştur. Rifampisin'e 11 suş (%22) orta duyarlı, bir suşta (%2) dirençli olarak tespit edilmiştir. Tüm Brusella melitensis izolatlarına karşı minimal inhibitör konsantrasyon (MIK50; 0,023 ug/ml ve MIK90; 0,064 ug/ml) değerleri en düşük Trimetoprim-sulfametoksazole'de belirlenmiştir.Brusella türlerinin antibiyotik duyarlılıklarının belirli aralıklarla tespit edilmesinin ve buna göre tedavinin yönlendirilmesinin uygun olacağını düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Antibiyotik duyarlılık, Brusella spp, Bruselloz tedavisi, E-Test
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) mycobacterium tuberculosis izolatlarının filogenetik ilişkilendirilmesinde kullanılan IS6110, MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemlerinin karşılaştırılması
Tüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek insidansı ve en az 2 major ilaca (MDR) ek olarak iki minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları,bu suşlarla birlikte özellikle anti-tüberküloz tedaviye cevap vermeyen Beijing suşlarının tüm dünyada yayılma eğilimi göstermesi tüberküloz kontrol programlarının en önemli handikapıdır. Bu global problem M tuberculosis suşlarının toplum içerisindeki hareketlerinin daha duyarlı ve yüksek ayırım gücüne sahip moleküler epidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile aşılabilir. Bu amaçla Hsp65, IS6110, ve genomdaki random dağılım gösteren kısa tekrarların polimorfizmini hedef alan PCR, PCR-RFLP, MIRU-VNTR ve spoligotipleme gibi moleküler yöntemler ve modifikasyonları denenmiştir. Yapılan çalışmalarda bu yöntemlerin tek başlarına ayırım güçlerinin iki veya daha fazla yöntemin birlikte kullanılması ile elde edilecek ayırım gücünden daha düşük olduğu gösterilerek birden çok yöntemin kullanıldığı çalışmalar önerilmiştir. Daha önceki çalışmalarımızda bölgemizde akciğer tüberkülozlu hastalardan izole edilen M tuberculosis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin tespiti için bu yöntemlerden bazıları laboratuarımızda denenmiş, Beijing suşunun bölgemizdeki varlığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada epidemiyolojik amaçlarla kullanılan IS6110 PCR-RFLP, 15 lokus MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemi ile M tuberculosis suşları arasındaki ilişkinin sorgulanması ve 3 yöntemin birlikteliği ile elde edilecek yüksek ayırım gücünün epidemiyolojik çalışmalara sağladığı muhtemel katkı tartışılacaktır. Bu proje kapsamında Ç.Ü THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi üyesi oldukları tespit edilen M.tuberculosis izolatları IS6110, MIRU-VNTR ve Spoligotyping yöntemleri ile tür düzeyinde tayin edilecek ve filogenetik ilişkileri irdelenecektir.
Klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında plazmid aracılı kinolon direnç geni QNR'nin araştırılması
K. pneumoniae bakterilere toplum ve hastane kökenli birçok enfeksiyonun etkeni olarak bilinmektedir. Özellikle son yıllarda ESBL üreten suşların artmasıyla K. pneumoniae?ya bağlı enfeksiyonların tedavisini güçleştirmiştir. 1962 yılından beri kullanımda olan kinolonlar hem Gram pozitif hem de Gram negatif bakterilere etkili ajanlardır. Kinolonlar, DNA giraz ve topoizomeraz IV enziminin inhibisyonu sonucu bakterisidal etki gösterir. Bakterilerdeki kinolon direnci, genellikle kromozomal genlerde meydana gelen mutasyonlar sonucunda ortaya çıkmaktadır. Ancak son yıllarda bu direnç mekanizmalarına ek olarak ortaya çıkan bir mekanizma da plazmid aracılı kinolon direncidir. Bu direnç genleri qnr olarak adlandırılmıştır. Son yıllarda artan plazmid aracılı kinolon direnç genleri enfeksiyonların tedavisinde güçlükler oluşturmaktadır. Qnr genleri tek başlarına kinolon direncine neden olmasa da kinolon duyarlılığında azalmaya ve minimum inhibitör konsantrasyonu değerlerinde artmaya neden olmaktadır. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 90 ESBL pozitif ve levofloksasin dirençli K. pneumoniae suşunda qnrA, qnrB ve qnrS genlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen suşlarda qnr genleri Real-time PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışma sonunda 30 (%33,3) izolatta qnrB geni, 5 (%5,6) izolatta ise qnrS geni pozitif olarak bulunmuştur. Hiçbir suşta qnrA genine saptanmamıştır. Plazmid aracılığıyla aktarılabilen qnr genlerinin prevalansının yıllar geçtikçe artması klinik açısından önemli sonuçlar doğurabilecektir. Bu nedenle aktarılabilen kinolon direncinin izlenmesi ve yayılım oranlarının saptanması, alınacak önlemlerin belirlenmesi için önemlidir.
Hepatit B virus ilaç direnci mutasyonlarının pyrosequencing metodu ile tespiti
Kronik hepatit B virus (HBV) enfeksiyonun uzun süreli tedavisi sırasında nükleoz(t)id analoglarına karşı ilaç direnci mutasyonlarının gelişmesi tedavi başarısızlığına yol açan önemli bir sorundur. Bu çalışmanın amacı kronik hepatit B enfeksiyonu olan hastalarda HBV ilaç direnci gen mutasyonlarının pyrosequencing metodu ile araştırılmasıdır. Kasım 2013 ve Mayıs 2014 tarihleri arasında kronik hepatit B enfeksiyonu olan 89'u tedavi almayan (naif) ve 48'i tedavi alan toplam 137 hastaya ait serum örnekleri lamivudin (LAM), adefovir (ADV), telbivudin (TEL), entecavir (ETV) ve tenofovir (TDF) ile ilişkili ilaç direnç mutasyonlarının tespiti için real-time PCR testi sonrası pyrosequencing metodu (PyroStar HBV Drug Resistance Test, Altona Diagnostics, Germany) ile analiz edilmiştir. Tedavi almayan 89 hastada TDF'e duyarlılığı azaltan rtA194T mutasyonu 1(%1.1) vakada bulunmuştur. Tedavi edilen 48 hastada LAM ve TEL'e ilaç direnci ve ETV'e karşı da çapraz dirence sebep olan rtM204I mutasyonu 1 (%2.1) vakada tespit edilmiştir. Kompensatuvar mutasyon olan rtL180M 2 (%4.2) hastada gözlenmiştir. ETV direncini gösteren rtT184S mutasyonu ile birlikte rtM204V'in varlığı 1 (%2.1) hastada tespit edilmiştir. Sonuç olarak, ilaç direnci mutasyonlarının insidansı tedavi alan hasta grubunda %8.3 ve tedavi almayan grupta %1.1 olarak bulunmuştur. Kronik hepatit B enfeksiyonu olan hastalarda tedavi öncesi ve sırasında pyrosequencing metodu ile ilaç direnci mutasyonlarının erken tanısı uygun antiviral ilaç seçimine katkıda bulunacaktır. Anahtar Sözcükler: Hepatit B virus ilaç direnci, pyrosequencing metodu, lamivudin, adefovir, telbivudin, entecavir, tenofovir.
Çukurova bölgesinde klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK)suşlarında çoklu ilaç direnci (ÇİD) ile beraber ikinci seçenek anti-tüberküloz ilaçlara da karşı gelişen yaygın ilaç direncinin (YİD) fenotipik ve genotipik olarak incelenmesi
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK) suşlarının, ikinci seçenek anti-tüberküloz (anti-TB) ilaçlara da direnç geliştirmesiyle yaygın ilaç dirençli (YİD) suşların ortaya çıkışı en önemli insan sağlığı tehditlerinden birini oluşturmaktadır. Bu sebeple, araştırmamızda bölgemizde izole edilen MTBK suşlarının birinci ve ikinci seçenek ilaç duyarlılık paterninin değerlendirilmesi, ÇİD ve YİD suşların hızlı tanısında mutasyonları tespit etmeye yönelik multipleks Real-Time PCR yönteminin kullanılması, böylece elde edilen fenotipik ve genotipik sonuçların karşılaştırılması amaçlandı. ÇÜ THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen klinik örnekler ÇİD MTBK suşunun izole edildiği 44 kültür örneği ve ARB pozitif 50 balgam örneğinden oluşan iki grup halinde incelendi. Fenotipik olarak, MTBK identifikasyonunu takiben suşların birinci ve ikinci seçenek anti-TB ilaçlara direnç paternleri BACTEC MGIT 960 sistemi ve Lowenstein Jensen agar proporsiyon duyarlılık (APD) yöntemleri ile belirlendi. Genotipik olarak ise, multipleks Real-Time PCR yöntemi ile yeni bir Anyplex™ II MTB/MDR/XDR Detection kit (Seegene) kullanarak bütün örneklerde aynı anda hem MTBK varlığı, hem de ÇİD ve YİD yönünden direnç durumu ortaya çıkarıldı. Çalışma sonucunda, fenotipik ve genotipik inceleme sonuçlarının çok uyumlu olduğu, ÇİD tespitinde fenotipik yöntemlere göre kullandığımız moleküler yöntemin duyarlılığının %80, özgüllüğünün de % 100 olduğu görüldü. Ayrıca, MTBK suşlarımız içerisinde YİD bulunamazken, her iki yöntemle de, ikisi florokinolonlara, biri de injektabl ilaçlara dirençli olmak üzere toplam üç ön-YİD MTBK tespit edildi. Sonuç olarak, yeni multipleks Real-Time PCR yönteminin MTBK, ÇİD ve YİD tespitinde kullanılabilir ve güvenilir bir yöntem olduğu kanaatine varıldı. Anahtar Kelimeler: Agar proporsiyon duyarlılık yöntemi, Çoklu İlaç Direnci (ÇİD), M.tuberculosis kompleks (MTBK), Real-Time PCR, Yaygın İlaç Direnci (YİD)
Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli gram olumsuz basillerde karbapenem direncinin moleküler analizi
Gram negatif basillerde görülen karbapenem direnci tüm dünyada ve ülkemizde uzun yıllardır süren bakteriyel direnç probleminin son basamağıdır. Tedavide klinisyenlerin çoğu zaman çaresiz kaldığı karbapenem dirençli gram negatif basil infeksiyonlarında uzun vadede başarıya ulaşmanın tek yolu mikrobiyolojik yöntemlerle mekanizma ve epidemiyolojiyi aydınlatacak çalışmalar yapmaktır. Ülkemizde bu konuda yapılan araştırmalar çok sınırlı ve geniş bir sürveyans çalışması mevcut değildir. Bu çalışmada çeşitli klinik infeksiyonlardan izole edilen karbapeneme dirençli olduğu belirlenem gram negatif bakterilerin fenotipik yöntemlerle çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve genotipik yöntemlerle dirence yol açan enzimlerin belirlenerek epidemiyolojik veriler sunulması amaçlanmıştır. Çalışma sonunda; karbapenem dirençli gram negatif bakteri infeksiyonlarında güvenle kullanılabilecek tek antibiyotiğin kolistin olduğu, diğer antibiyotiklere karşı %50-100 oranında direnç olduğu görülmüştür. Karbapenem direncinin genotipik olarak analiz edilmesinden sonra tüm türlerde en baskın karbapenemaz genlerinin OXA-48 ve OXA-58 olduğu, non-fermenterler türlerde GES ve PER genlerinin ayrıca Enterobacteriaceae türlerinde ise IMP, VIM ve NDM tipi genlerin karbapenem direncinden sorumlu karbapenemaz enzimleri olduğu belirlenmiştir.İzolatların %26.7`sinde ise direncin karbapenemazlar dışında kalan G.S.B.L. enzimlerinden kaynaklandığı belirlenmiştir.
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen enterokoklarda yüksek düzey aminoglikozid direncinin araştırılması ve moleküler analizi
Enterokoklar son yıllarda hastanelerde en sıklıkla izole edilen patojenler olup, sahip oldukları doğal direnç mekenizmaları yanı sıra, kazanılmış direnç genleri ile de en dirençli bakterilerden biridir. Aminoglikozid grubu antibiyotiklerin enterokok enfeksiyonlarında tek başına kullanımı bakterinin metabolik aktivitesine uygun olmadığından, genellikle bir hücre duvar sentezini inhibe eden antibiyotikle kullanımı gereklidir. Bununla birlikte eğer bakteride yüksek düzey aminoglikozid direnci de bulunuyorsa bu sinerjik etkili kombinasyon tedavide kullanılamamaktadır. Yüksek düzey aminoglikozid direnci kazanılmış bir direnç olup, genellikle aminoglikozid modifiye edici enzimler ile oluşmaktadır. Bu çalışma bir moleküler epidemiyolojik çalışma olarak, hastanemizde izole edilen enterokoklarda rastlanan aminoglikozid modifiye edici enzimlerin, yada bunları sentezleten genlerin neler olduğunun saptanması amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına sürveyans amacıyla gönderilen rektal sürüntü örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli enterokoklar (VRE) ile bu çalışma yapıldı. Sürveyans için gönderilen örnekler vankomisin selektif agar besiyerine ekildi. Üreme olan enterokok izolatlarının vankomisin için MİK değeri E test ile belirlendi. Bakterilerin tanımlaması, Bruker (BD, ABD) ile yapıldı. İzolatların 120 µg gentamisin içeren disk kullanılarak yüksek düzey aminoglikozid direnci belirlendi. Yüksek düzey aminoglikozid direnci saptanan izolatların multiplex PCR ile; [aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia, aph(2_)-Ib1, aph(2_)-Ic, aph(2_)-Id, aph(3_)-IIIa] gen bölgeleri çalışıldı. Gen dizaynı için literatür kullanıldı. Dizayn edilen bölgeler, Light Cycler (Roche) cihazı ile çalışıldı. Çalışmaya alınan, vankomisine ve, yüksek düzey aminoglikozid direçli 100 enterokok suşunun 82'si (% 82) E. feacium, 11'i (%11) E. faecalis, 7'si E. gallinarum olarak tanımlandı. Suşların 67'sinde (% 67) aph(3_)-IIIa gen bölgesi, 2'sinde (% 2) aph(2_)-Id gen bölgesi ve 1 izolatta aph(2_)-Ib1 bölgesinde pozitiflik bulundu. aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia ve aph(2_)-Ic bölgeleri hiçbir izolatta saptanmadı. İzolatların % 30'unda hiçbir gen bölgesinde pozitiflik saptanmadı. Enterokoklardaki aminoglikozid direncinden hastanemizde de çoğunlukla aminoglikozid modifiye edici enzimlerin sorumlu olduğu bulunmuştur. Bakteriler arasında bu enzimleri taşıyan ve kodlayan genler aktarılabileceğinden direnç gelişiminin kontrol altında tutulabilmesi için rasyonel antibiyotik kullanımı önemli olduğu görülmüştür.
Vaginal örneklerden izole edilen candida'ların tiplendirilmesi ve broth mikrodilüsyon yöntemi ile antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Candida türleri, dünya çapında görülen ikinci en yaygın vulvovajinit etkenidir. Klinik tablo,kalın veya çok ince olabilen beyaz renkli akıntı ve kaşıntı şikayetlerini içermektedir. Enfeksiyon, vulvovajinal mukozada, ayrıca perianal bölgede, kızarıklık ile ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmada, vajinal örneklerden izole edilen Candida'ların identifikasyonu ve antifungal direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniğine Aralık 2014-Temmuz 2015 tarihleri arasında vajinal kaşıntı, akıntı gibi şikayetler ile başvuran 481 hastadan mantar etkeni araştırmak amacıyla alınan vajinal örnek kültüründe saptanan 100 (%20.8) Candida suşu değerlendirmeye alınmıştır. İzole edilen Candida'ların identifikasyonu klasik yöntemler yanında, kromojenik agar ve otomatize identifikasyon yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Kökenlerin amfoterisin B, itrakonazol, flukonazol, ketokonazol vorikonazol ve kaspofungin duyarlılıkları, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) M27-A3, M27-S3 ve M27-S4 dökümanlarındaki referans broth mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Vulvovajinal kandidiyazis (VVC) olduğu belirlenen 100 kadından 21'i (%21) 18-25 yaşları arasında, 40'ı (%40) 26-40 yaşları arasında ve 39'u (%39) 41 ve üzeri yaşta idi. Hastaların 42'sinin (%42) tekrarlayan mantar enfeksiyonu, 58'inin (%58) akut mantar enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. Hastalarımızın 13'ü (%13) Diyabetes Mellitus tanısı almış hastalardı. Hastaların vajinal örneklerinden izole edilen 100 Candida suşunun 47'si (%47) Candida albicans, 43'ü (%43) C.glabrata, 5'i (%5) C.kefyr, 2'si (%2) C.krusei, 2'si (%2) C.tropicalis, 1'i (%1) C.guilliermondii olarak identifiye edilmiştir. Çalışmamızda, antifungal ilaçların MİK aralıkları amfoterisin B için 0.25-1 µg/mL itrakonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, flukonazol için 0.125-64 µg/mL arasında, ketokonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, vorikonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, kaspofungin için 0.015-2 µg/mL arasında saptanmıştır. İzole edilen Candida suşlarının 13'ü (%13) kaspofungine, 12'si (%12) flukonazole, 42'si (%42) itrakonazole dirençli olarak tespit edilmiştir. C.glabrata dışındaki Candida'ların 14'ü (% 24.6) vorikonazole dirençli bulunurken, amfoterisin B'ye dirençli suş tespit edilmemiştir. MİK değeri ≥16 µg/mL olan suşlar dirençli kabul edilerek, izole edilen Candida'ların 3'ü (%3) ketokonazole dirençli bulunmuştur. Çalışmamızda VVC'de C. albicans'dan sonra en sık saptanan etken C. glabrata olarak tespit edilmiştir. Tedavide sistemik olarak kullanılabilen azol grubu ilaçlara karşı saptanan direnç oranları ve kaspofungin direnci dikkat çekici boyutlardadır.