P. atlantica'da cinsiyet spesifik DNA dizilerinin belirlenmesi

P. atlantica, Anacardiaceae familyası içerisindeki Pistacia cinsine ait, dioik çiçek yapısı gösteren, endüstriyel ve tıbbi kullanımının yanısıra antepfıstığına anaç olarak değerlendirilen önemli bir türdür. Bu çalışmada, daha önce elde edilmiş P. atlantica türüne ait 15 dişi 15 erkek bireyde tüm genom tekrar-sekanslama verileri kullanılarak cinsiyet spesifik bölgelerin belirlenmesi, cinsiyetle ilişkili bulunan bölgelerin anotasyonu ve cinsiyeti %100 ayırabilen ıslahta kullanılabilir moleküler markör tasarlanması amaçlanmıştır. Sekanslama sonucu elde edilen verilerin kalite kontrolleri ve filtrelemesi yapıldıktan sonra 25-30x yoğunluğunda genom dizileri elde edilmiş ve bu diziler referans genoma (P. atlantica) hizalanmıştır. Yapılan hizalama sonucunda okumaların %98-%99'u genoma haritalanmıştır. Haritalama sonucunda yapılan genom boyunca derinlik analizleri sonucunda cinsiyet spesifik (dişi bireylerde okuma derinliğinin toplam okuma içerisinde %90'dan fazla olan) lokuslar Python ve R programlama dilleri ile analiz edilmiş ve görselleştirilmiştir. Cinsiyet spesifik bölgelerin belirlenmesi amacıyla yapılan analizlerde dişi spesifik 209 lokus belirlenmiş fakat erkeğe özgü lokuslar bulunamamıştır. Bu belirlenen bölgelerin anotasyonları incelendiğinde, çiçek gelişimi ile ilgili yolaklardaki genler belirlenmiştir. Bu lokusların validasyonu amacıyla dişi spesifik lokuslardan SCAR markörler geliştirilmiş ve bu markörler kullanılarak genetik kaynaktan alınan 100 dişi ve 100 erkek bireyi %100 doğrulukla ayırmıştır. Ayrıca sadece dişi spesifik bölgelerin varlığı ile P. atlantica' nın ZZ/ZW kromozom yapısına sahip olduğu ilk bu çalışma ile ortaya çıkartılmıştır. Bu çalışma ile P. atlantica türünde yapılacak markör destekli seleksiyon çalışmalarında agaroz jelde kolaylıkla uygulanabilen ve geniş ıslah programlarına uygun %100 doğrulukla çalışan moleküler markör elde edilmiştir.