Psoriazis hastalarında bağırsak mikrobiyomunun metagenomik DNA profili

Giriş ve Amaç: Bağırsak mikrobiyomu; gastrointestinal sistemde (GİS) bulunan geniş bir bakteri, virüs, mantar ve protozoa topluluğudur. Bu topluluğun yararlı bakterileri; konakçı tarafından sindirilemeyen bitki polisakkaritlerini sindirerek doğal sindirim organları olarak işlev görürler. Bazı gıdaların sindirim ve emilimine yardımcı olarak ilave enerji oluşumunda, B ve K2 vitamini ve aminoasit üretiminde, immün sistemin gelişmesi ve aktif halde tutulmasında görevlidirler. Disbiyozis bağırsak mikrobiyotasında var olan dengedeki bozulmadır. Yaş, genetik, beslenme alışkanlıkları, coğrafi konum ve antibiyotik kullanımı gibi çeşitli faktörlerden etkilenir. Yapılan çalışmalarda disbiyozis; diyabetes mellitus (DM), obezite, inflamatuar bağırsak hastalığı (İBH), spondiloartrit, kardiyovasküler hastalıklar, otizm, anksiyete, depresyon, otoimmün ve inflamatuar hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. Mikrobiyom analizleri; akne vulgaris, atopik dermatit gibi sık görülen bazı dermatolojik hastalıkların patogenezini açıklamak için de kullanılmıştır. Dermatolojik hastalıkların patogenezinde deri mikrobiyomunun dışında bağırsak mikrobiyomunun da rol oynadığı ortaya konulmuştur. Psoriazis, farklı şiddette klinik tabloları ve fenotipleri olan, çoğunlukla keskin sınırlı eritemli, skuamlı plaklarla karakterize immün aracılı kronik inflamatuar bir hastalıktır. Hastalığın etyopatogenezi tam olarak bilinmemekte birlikte genetik, çevresel ve immünolojik faktörlerin etkili olabileceği düşünülmektedir. Cilt tutulumu ile birlikte gastrointestinal, kardiyovasküler ve kas-iskelet sistemi dahil olmak üzere diğer birçok organ sistemi ile ilişkili komorbiditelere neden olabilir. Günümüzde henüz net bir tedavisi mevcut değildir. Bu tez çalışmasında, birçok hastalığın aydınlatılması için önemli hale gelmiş olan bağırsak mikrobiyomu, hasta ve kontrol gruplarında analiz edilmiş ve psoriazis ile bağırsak mikrobiyota değişiklikleri arasında bir ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca psoriazis hastalığının patofizyolojisinin daha iyi anlaşılmasına ve tedavisinin en doğru şekilde planlanmasına katkı sunulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bilinen bir sistemik ve/veya dermatolojik hastalığı olmayan, benzer yaş grubunda olan, en az 4 haftadır ilaç (antibiyotik, proton pompası inhibitörü, non-steroidal antiinflamatuar, immunsupresifler, metformin), probiyotik/prebiyotik kullanmamış, rezidü bırakan gastrointestinal cerrahi operasyon geçirmemiş 24 psoriasis hastası ve kontrol grubu olarak aynı şartları taşıyan 16 sağlıklı birey bu çalışmaya dahil edilmiştir. Fekal örneklerden nükleik asit izolasyonunu takiben bakteriyel 16S ribozomal RNA (rRNA) geni hedef dizilemesi, universal bakteri 16S primerleri (V3-V4) kullanılarak Illumina MiSeq sistemi ile gerçekleştirilmiştir. Biyoinformatik işlemlerden sonra istatistiksel analizler (LefSe, alfa ve beta çeşitlilik) yapılmıştır. Varsayılan ayarlarla (p<0.05 ve LDA skoru>2) gruplar arasında önemli farklılık gösteren taksonlar belirlenmiştir. Bulgular: Psoriazis hastalarında Firmucites/Bacteroidetes oranının sağlıklı kontrol grubuna göre daha yüksek olduğu saptandı (Psoriazis hastalarında; 4,91, sağlıklı gönüllülerde;1,85). Psoriazis hastalarında kontrol grubuna göre Lachnospiraceae, Peptostreptococcaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae aile, Prevotella, Megasphera, Blautia, Dorea, Lachnoclostridium, Fusicatenibacter, Terrisporobacter ve Bacteroides cins, Prevotella copri ve Faecalibacterium prausnitzii, Bacteroides plebeius türü bakterin anlamlı düzeyde yüksek olduğu saptandı (p<0.05 ve LDA skoru>2). Christensenellaceae, Ruminococcaceae, Victivallaceae, Oxalobacteriaceae, Porphyromonadoceae aile, Ruminococcus, Oxalobacter, Victivallis, Alistipes ve Odoribacter cins üyesi bakterilerin ise istatistiksel olarak anlamlı düzeyde düşük olduğu saptandı (p<0.05 ve LDA skoru>2). Alfa çeşitlilik analizinde, psoriazis hastalarında kontrol grubuna oranla azalmış mikrobiyom çeşitliliği saptanmıştır (PD ve Chao1 indekslerine göre). Beta çeşitlilikte ise Bray-Curtis analizleri sonucunda iki grupta tespit edilen tür içeriğinin birbirlerinden farklılaştığı saptandı (Amplikon sekans varyantına göre PC1: % 15.82). Cins düzeyine göre PC1: %40.31) Sonuç: Sekans analizi sonuçlarına göre; psoriazis hastalarında filogenetik çeşitliliğin azalmış olduğu görüldü. Psoriazis ile bağırsak disbiyozisi arasında ilişki olduğu saptanmış olup, psoriazis patogenezinde disbiyozis önemli bir etken olarak değerlendirilebilir ve tedavide prebiyotik veya probiyotikler seçenekler arasına eklenebilir. Literatürde bu konuyu irdeleyen az sayıda çalışma olduğu için daha fazla sayıda hastaların incelendiği daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: psoriazis, mikrobiyota, 16s rRNA, disbiyozis, mikrobiyom