Samsun ili Trabzon hurması (Diospyros kaki L.) bahçelerinde Persimmon cryptic vırus enfeksiyonunun araştırılması

Trabzon hurması (Diospyros kaki L.), ilkbaharda geç çiçeklenen subtropikal bir meyve türüdür. Trabzon hurmasında günümüze kadar 8 virüs türü belirlenmiştir. Bu virüsler arasında Persimmon cryptic virus (PeCV) Partitiviridae familyası, Deltapartitivirus cinsine ait bir virüs türüdür. Virüsün çift sarmallı RNA (dsRNA) ve iki parçalı genom yapısı (RNA-1 ve RNA-2) bulunmaktadır. Ticari bir antiserumu bulunmadığından, PeCV'nin tanısında moleküler yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada, PeCV'nin tanısında dsRNA izolasyonu ve ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyon (RT-PCR) yöntemlerinin uygulanabilirliliği araştırılmıştır. Samsun ili Çarşamba ilçesinde Trabzon hurması yetiştiriciliğinin yapıldığı 2 adet bahçeden 2021 yılında 14 adet simptomlu ve 14 simptomsuz yaprak örneği alınmıştır. Toplanan yaprak örneklerinden viral dsRNA'lar izole edilmiştir. dsRNA izolasyonunda 0.5 g, 1 g ve 1.5 g olmak üzere 3 farklı yaprak ağırlığı kullanılmıştır. PeCV kapsid protein bölgesine özgü primer çifti kullanılarak, tek aşamalı RT-PCR yöntemi virüsün tanısı için uygulanmıştır. Çalışmada sadece 1.5 g yaprak ağırlığı kullanılarak izole edilen dsRNA örneklerinden RT-PCR yönteminde sonuç alınmıştır. Dört PeCV izolatından bir tanesinin (Çar-Eğri-13) kapsid protein geninin önemli bir bölümünün (994 bp) nükleotit dizisi elde edilmiştir. BLASTn analizi Çar-Eğri-13 izolatının hem nükleotit hem de amino asit dizisi bakımından İtalya'da belirlenen PeCV SSPI izolatı (HE805114) ile %99.69 benzerlik gösterdiğini ortaya koymuştur. Sonuç olarak, bu çalışmada virüsün hem simptomlu hem de simptomsuz yaprak örneklerinde tespit edilebildiği ve kullanılan yaprak dokusu miktarının PeCV dsRNA'larının izolasyonunda önemli olduğu belirlenmiştir. Yöntemin ekonomik olması sebebiyle, gelecekte Trabzon hurması anaç, kalem ve fidanlıklarının sertifikasyon amaçlı test edilmesinde kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.