Tek hücre jel elektroforezi için görüntü analizi

Genetik bilginin nesilden nesile sağlıklı olarak aktarılabilmesi için deoksiribonükleik asit (DNA) yapısının korunması son derece önemlidir. Ancak, hücrenin normal metabolik süreçlerinde ya da fiziksel veya kimyasal etkilerle DNA'da hasar oluşabilmektedir. Yaşam bilimlerinin çeşitli alanlarında ve bazı patofizyolojilerin klinik tanısında DNA hasarının tespiti oldukça önemlidir. Tek hücre jel elektroforezi (THJE) veya diğer adıyla Comet analizi fiziksel ve kimyasal etkilerin canlılar üzerinde yol açtığı genotoksik ve sitotoksik etkilerin bir göstergesi olan DNA hasar seviyelerinin ölçülmesinde kullanılan güvenilir ve kolay uygulanabilir bir yöntemdir. Yöntem genel olarak, canlı dokulardan izole edilen çekirdek içindeki DNA'nın, ince bir agaroz jel içine yerleştirilip elektroforetik ortamda yürütülmesini temel alır. Comet protokolü ile elde edilen DNA görüntüleri gözle değerlendirilebileceği gibi günümüzde çeşitli yazılımlar kullanılarak da analiz edilmektedir. Bu tür yazılımlar sayesinde kısa sürede ve araştırmacının deneyimine bağlı kalınmayarak objektif sonuçlar elde edilebilmektedir. Literatürde bulunan mevcut çalışmalar, Comet analiz sistemlerinin yarı otomatik ve otomatik olarak ikiye ayrıldığını göstermektedir. Yarı otomatik yazılımlar çoğunlukla kullanıcıdan bir eşik değeri, DNA'yı seçme ve Comet görüntüsünün baş kısmını seçmelerini ister. Otomatik yazılımlar ise kullanıcı tarafından seçilen veya görüntü boyunca yer alan Comet analiz görüntülerini otomatik olarak analiz edip ölçüm sonuçlarını sunar. Bu çalışmada, HepG2 (ATCC HB-8065) hepatosellüler karsinom karaciğer kanser hücrelerinden elde edilen Comet analiz görüntüleri kullanılmıştır. Kullanıcı tarafından seçilen bu görüntülerde, ölçüm sonuçlarının hesaplanması ve kullanıcıya parametrik veriler sunulması amaçlanmıştır.