Tüberküloza karşı bilgisayar destekli ilaç tasarımı; fosfodiesteraz için inhibitör geliştirilmesi

Tüberküloz, bakteriyel ve bulaşıcı bir hastalıktır. Mycobacterium tuberculosis mikrobu bu hastalığa neden olan bakteridir. Bakterilerin çoğu günümüzde antibiyotiklere karşı direnç kazanmışken yeni anti-tüberküloz ilaçlara sürekli ihtiyaç duyulmaktadır. Bu yüzden mevcut ilaçlar yerine bu bakterinin bulunduğu çevre ile adaptasyonu, büyümesi ve yaşamasını hedef alan mekanizmaları seçmek yeni ilaç hedefleridir. Bakteri dış koşullara karşı adaptasyon, çoğalma ve büyümeyi bir sinyal iletimi ile sağlamaktadır. Bakterilerin çoğu ikincil haberci sinyal iletimini kullanarak bu iletişimi sağlamktadır. Bu iletimde yer alan biyolojik aktif maddeleri hedef alan yaklaşımlar iyi bir ilaç tasarım hedefidir. Biz de bu çalışmada ikincil haberci işleminde yer alan ve c-di-AMP'nin açılma reaksiyonunda görevli fosfodiesteraz (PDE) enzimini hedef alan yeni anti-tüberküloz ilaçların belirlenmesini bilgisayar yaklaşımı (Docking) ile araştırdık. PDE inhibitörü olan ve halı hazırda tüberküloz tedavisinde kullanılan çeşitli bileşiklere (40 adet) ilaveten doğal kaynaklarda, başlıca zencefilde (Curcuma longa L.) bulunan (8 adet) olmak üzere toplam 59 adet ligant x-ray yapısı (5ceu) bilinen ve c-di-AMP ile kompleksi olan PDE ye dock edildi. Orijinal ligantın dock skoru -82.02 kcal mol-1 olarak belirlenirken bu lagntlardan 16 ligantın dock skoru -40 ve -50 kcal mol-1 arasında ve iki tanesinin ise -50 altında bulundu. Mevcut sonuçlar taranan ligantlar içinden M. tuberculosis PDE enzimi için potansiyeli olan inhibitörlerin olabileceği ve dolayısıyla bu veriler kullanılarak tüberküloza karşı etkin yeni ilaçların tasarlanmasına yol açabileceği düşünülmüştür